CentoXome® &

CentoGenome®

WHOLE EXOME AND WHOLE GENOME ANALYSIS FOR YOUR PATIENTS

Llevamos toda la vida dedicándonos a nuestros pacientes

CENTOGENE es una empresa especializada en enfermedades raras que se centra en transformar datos clínicos, genéticos y bioquímicos en soluciones médicas para los pacientes. Nos dedicamos a proporcionar un diagnóstico médico preciso de las enfermedades hereditarias lo más precoz posible, y a transformar la experiencia

médica y la información analítica en resultados accionables para médicos, pacientes y colaboradores del sector farmacéutico.

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Estamos a la vanguardia en el desarrollo de análisis genéticos, equilibrando el poder diagnóstico con la costo-efectividad a través de nuestro portafolio.

CENTOGENE ofrece un portafolio de análisis genético amplio para nuestros colaboradores clínicos que ninguna otra empresa supera, incluyendo análisis de puntos de interés para genes específicos, genoma completo y biomarcadores complementarios.

La elección del “análisis ideal” depende de la sospecha diagnóstica. Recomendamos realizar análisis con la exhaustividad que se requiera para

Innovación para rápidos y mejores resultados Somos pioneros en el diagnóstico de enfermedades genéticas raras desde 2006

Opciones para elegir en el portafolio de CENTOGENE

SECUENCIACIÓN DEL EXOMA COMPLETO

PANELES DE GENES

ANÁLISIS DE GENES INDIVIDUALES

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO

ANÁLISIS DE PUNTOS DE

INTERÉS

INNOVACIÓN PARA ACELERAR EL DIAGNÓSTICO

• Invertimos en investigación sobre el diagnóstico para mejorar su rendimiento y ofrecer los resultados más precisos

• Mejoramos continuamente nuestras bases de datos de referencia e inteligencia bioinformática

VENTAJAS DEL CONOCIMIENTO EXHAUSTIVO

• Nuestra experiencia en enfermedades raras hereditarias y nuestra interpretación de los datos de secuenciación y biomarcadores son únicas

• Por tanto, ofrecemos una elaboración de informes médicos de máximo nivel

poder cubrir todos los aspectos sugeridos por el fenotipo ó síntomas del paciente.

Nuestras amplias soluciones de análisis CentoXome®, de secuenciación del exoma completo (WES, por sus siglas en inglés), o CentoGenome®, de secuenciación del genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés), permiten acortar la odisea diagnóstica de sus pacientes.

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El diagnóstico preciso de pacientes con enfermedades raras puede resultar difícil. Con los análisis exhaustivos WES y WGS, los casos complejos y ambiguos se suelen solucionar con rapidez y con un alto rendimiento diagnóstico.1–7

CENTOGENE lleva proporcionando soluciones de análisis genéticos en todo el mundo desde 2006. Hemos realizado miles de análisis WGS y decenas de miles de análisis WES, ayudando constantemente a los profesionales sanitarios a diagnosticar a sus pacientes y a mejorar sus decisiones sobre tratamientos.

¿Dónde ofrecen los mejores resultados CentoXome® y CentoGenome®?

Se recomienda elegir el análisis WES (CentoXome®) o incluso WGS (CentoGenome®), que es más exhaustivo, en estos casos:

Cuándo se deben analizar todos los genes en un solo paso

Ya está demostrado que el uso de análisis WES y WGS como primera opción en lugar de un análisis de último recurso beneficia a diferentes poblaciones de pacientes.1–7 Los dos análisis ofrecen alto valor diagnóstico en:

• Los síntomas son muy amplios, complejos o inespecíficos y no apuntan a ninguna enfermedad concreta ni a un fenotipo característico

O bien:

• Un análisis específico anterior no proporcionó un diagnóstico concluyente

Enfermedades neurológicas complejas y heterogéneas

Enfermedades neonatales y pediátricas inespecíficas

Motivos por los que se debe elegir un análisis del exoma o el genoma completos Examen de todos los genes cuando el nivel de ambigüedad clínica es elevado

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El análisis genómico puede solucionar el diagnóstico de un 20–70 % de pacientes bajo sospecha de sufrir alguna enfermedad genética rara. 2,3,5–12

Máxima calidad para ambos análisis

Independientemente de que elija CentoXome® o CentoGenome®, garantizamos una experiencia, superior, desde el punto de vista técnico, científico y médico, lo que reduce la incertidumbre diagnóstica y respalda los diagnósticos de los pacientes.

• Los dos análisis ofrecen un rendimiento elevado en diferentes y variadas etiologías moleculares11,13

• CentoGenome® puede ofrecer un diagnóstico incluso en casos en los que WES no lo proporcionó13

SNV: variantes de un solo nucleótido InDel: pequeñas inserciones y delecionesCNV: variantes del número de copias; la *detección de CNV es una opción adicional para todos los análisis de CentoXome®

CentoXome® y CentoGenome® Expectativas

CentoGenome® CentoXome®

COBERTURA Cubre aproximadamente un 99 % del genoma a ≥ 10x.

Cubre ≥ 98  % de las regiones objetivo a ≥ 20x.

REGIONES DE LOS GENES Regiones codificantes (exónicas) y no codificantes (regiones intrónicas y reguladoras, y sitios de empalme)

Regiones codificantes (exónicas) y límites entre exones e intrones

UNIFORMIDAD DE LOS DATOS DE SECUENCIACIÓN Máxima Alta

TIPOS DE VARIANTES PATOGÉNICAS DETECTADAS

SNV, InDel y CNV* Sí Sí

Variantes estructurales extensas y más complejas

Sí Con limitaciones

UTILIDADCLÍNICA

Rendimiento diagnóstico Máximo (revela también variantes no identificadas por WES)

Alto

Reducción del tiempo de obtención del diagnóstico

Máxima (si se realiza como primera

opción) En promedio, inferior al de WGS

Valor de los datos para la posible repetición del análisis en el futuro

Máximo Alto

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Cuando hay tiempo para elegir un análisis

El análisis WGS puede ofrecer resultados de diagnóstico superiores a los de WES o los de los paneles de genes,2,3,7 pero el coste inicial es mayor. Merece la pena plantearse el análisis WGS porque, con frecuencia, puede reducir el periodo de hospitalización o evitar los costes que suponen hacer otros análisis o incluso la recomendación de terapias erróneas. 4,6,16,17 No obstante, en los casos en los que el coste inicial del análisis WGS es una barrera importante, empezar con WES o con un panel de genes extenso siguen siendo opciones muy razonables.

CentoXome® es la mejor opción cuando necesita una solución eficaz para el diagnóstico de casos complejos y no resueltos.

Cuando obtener un diagnóstico rápido es vital

No siempre se dispone de tiempo para adoptar estrategias de análisis en serie que pueden tardar, más si es médicamente necesario obtener un diagnóstico rápido.6,8,16,17 En esos casos, se recomienda elegir el análisis WGS como primera opción.

CentoGenome® es la solución más exhaustiva para diagnosticar casos complejos y sin diagnosticar, con rapidez y con el máximo de opciones posibles para obtener un diagnóstico correcto.

Cuando se tiene una hipótesis de diagnóstico sólida y se necesita una solución inteligente

NGS Panel Genomic es una solución de análisis de paneles de genes basada en el análisis WGS. Puede elegir el panel en la lista de paneles de genes de CENTOGENE extensa y bien seleccionada que mejor se adapta a las necesidades de sus pacientes o respalda su hipótesis de diagnóstico:

PASO 1 - Se secuencia el genoma completo, pero al principio se analiza y se emite un informe solo de los genes elegidos.

PASO 2 - Si el resultado es negativo (tras su solicitud y con una tasa incremental), se analizan todos los datos genómicos sin muestreos repetidos y con una secuenciación sin esfuerzo.

es nuestro producto de análisis más flexible y potente que combina un diagnóstico de alto rendimiento con la posibilidad de diagnosticar a un precio inicial más asequible en comparación con el de un análisis de genoma completo.

Estrategias de diagnóstico: equilibrio entre costes y beneficios Los factores para tomar una decisión a la hora de dar el siguiente paso son diversos

NGS Panel Genomic

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Estrategias de análisis para casos difíciles WGS es la opción rápida o de último recurso

Paciente con diagnósticos difíciles y casos sin diagnosticar

CentoGenome® NGS Panel Genomic

• Fenotipos heterogéneos • Síntomas clínicos confusos o atípicos• Historial de análisis insatisfactorio

• Confirmación de hipótesis clínicas • Presentaciones clínicas atípicas y raras• Reflejo sencillo y rápido a WGS

Más completo y rápido Más flexible

WGS

CentoXome®

Más asequible

WES

DIAGNÓSTICODIAGNÓSTICODIAGNÓSTICO

REFLEJOSIGUIENTE

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Experiencia en análisis del genoma complementada con interpretaciones médicas

• CentoXome® y CentoGenome® siempre incluyen informes médicos basados en nuestra experiencia en interpretación clínica. Realizamos análisis adicionales en caso de obtener resultados dudosos o inespecíficos

• Un equipo de genetistas y científicos expertos interpretan los datos y verifican cada informe médico

• Los informes de análisis siempre contienen resultados clínicos, recomendaciones y opciones de seguimiento

Clasificación de variantes y monitoreo de nuevos conocimientos

• La clasificación de variantes de CENTOGENE sigue las directrices del Colegio de Genética Médica y Genómica de EE. UU. (ACMG por sus siglas en inglés).18 Siempre que nuestros análisis de biomarcadores complementarios o datos internos lo permiten, validamos la patogenicidad de las variantes detectadas

• Todas las clasificaciones históricas de alta calidad se seleccionan y codifican en nuestro repositorio de datos CentoMD®: una referencia para decisiones y clasificaciones de diagnósticos futuras. Este repositorio de datos cubre una amplia gama de orígenes étnicos e incluye también datos metabólicos y proteómicos complementarios

• Tenemos un compromiso de por vida con nuestros pacientes con la opción de repetir el análisis de los datos genómicos y una continua reclasificación de las variantes reportadas. Si nuevas investigaciones u otros casos médicos sugieren una clasificación diferente de las variantes y, por tanto, una interpretación médica diferente, proporcionamos automáticamente un nuevo informe médico a través del facultativo solicitante

El asesoramiento de confianza y la privacidad son nuestra prioridad

• Nos comprometemos a proteger los datos personales de nuestros pacientes siguiendo las directrices y legislaciones internacionales sobre la privacidad de los datos más estrictas. Esto incluye un cumplimiento íntegro del Reglamento General de Protección de Datos (RGPD19) europeo y de la ley de transferencia y responsabilidad de los seguros médicos (HIPAA por sus siglas en inglés)20 de EE. UU., la que sea aplicable en cada caso21

• Somos asesores de confianza de los profesionales sanitarios, y no solo en casos de pacientes concretos, sino también para proporcionar detalles y estrategias sobre los análisis

• Si tiene alguna duda general sobre nuestras soluciones o sobre informes médicos que haya recibido, nuestro equipo de atención al cliente está a su disposición para ayudarle por teléfono y por correo electrónico

Más allá de la secuenciación La interpretación que hace CENTOGENE de los datos y el respaldo médico marcan la diferencia

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La solución CentoXome® Solo identificó una deleción homocigótica causante de una enfermedad en una niña con historial prolongado de enfermedad inflamatoria intestinal con un inicio muy prematuro.

DIAGNÓSTICO DE ENFERMEDAD INFLAMATORIA INTESTINAL DE TIPO 25

• CentoXome® Solo identificó una deleción homocigota probablemente patogénica abarcando completamente el exón 3 del gen IL10RB

• Trastorno: enfermedad inflamatoria intestinal de tipo 25 con un inicio prematuro (# 612567 del catálogo OMIM, patrón de herencia autosómica recesiva)

IMPACTO DEL ANÁLISIS

• CentoXome® Solo proporcionó un diagnóstico genético definitivo porque pudo identificar la deleción causante. Esta deleción no habría sido captada por microarreglos por ser de un tamaño inferior al límite de detección y por no haberse detectado mediante el análisis WES anterior en otro laboratorio

• Un trasplante de médula ósea está indicado en esta enfermedad y, debido al diagnóstico, el paciente pudo optar al tratamiento y se inició la búsqueda de un donante compatible

• La familia recibió asesoramiento genético

DESCRIPCIÓN CLÍNICA

• La paciente es una niña de 4 años que manifiesta la enfermedad desde las 2 semanas de edad

• Tiene un historial prolongado de enfermedad inflamatoria intestinal con un inicio muy prematuro, no responde a las terapias actuales y presenta recaídas de acidosis recurrentes y leucomalacia periventricular

• Progenitores sin relación consanguínea, historial familiar negativo

ESTRATEGIA DE ANÁLISIS

Después de que el análisis WES en otro laboratorio no determinara ningún diagnóstico, el médico decidió utilizar la solución CentoXome® Solo debido a la necesidad de formular un diagnóstico para poder prescribir una medicación eficaz, ya que la paciente no respondía a las terapias actuales.

ESTUDIO DE CASOS

CentoXome® Solo: DIAGNÓSTICO DE UNA ENFERMEDAD INMUNOLÓGICA TRATABLE

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DIAGNÓSTICO DE UNA EPILEPSIA DEPENDIENTE DE PIRIDOXINA

• CentoXome® identificó una variante homocigota patogénica en el gen ALDH7A1

• Heredada de los progenitores, que son heterocigotos• Trastorno: Epilepsia dependiente de piridoxina

(# 266100 del catálogo OMIM, patrón de herencia autosómica recesiva) IMPACTO DEL ANÁLISIS

• CentoXome® Trio proporcionó un diagnóstico genético rápido y precoz que hubiera tardado más tiempo en obtenerse con paneles de genes porque los síntomas del niño eran muy heterogéneos y habrían implicado a diversos genes candidatos

• Un diagnóstico más precoz permitió iniciar un tratamiento con piridoxina para mejorar el desarrollo psicomotor y el control de las crisis así como el comportamiento del paciente

• La familia recibió asesoramiento genético

La solución CentoXome® Trio identificó una variante homocigótica causante de enfermedad en un niño con retraso en el desarrollo y síntomas muy heterogéneos.

c.328C>T heterocigota,

p.(R110*)

c.328C>T homocigota, p.(R110*)

c.328C>T heterocigota,

p.(R110*)

DESCRIPCIÓN CLÍNICA

• Niño de 1,5 años de edad • Retraso general del desarrollo, irritabilidad, crisis,

estatus epiléptico, vermis cerebeloso hipoplásico, nistagmo, hiperreflexia, acidosis metabólica, leucomalacia periventricular

ESTRATEGIA DE ANÁLISIS

El facultativo recurrió a la solución CentoXome® Trio porque el paciente mostraba síntomas muy heterogéneos relacionados con la epilepsia y la familia no presentaba un historial de epilepsia.

ESTUDIO DE CASOS

CentoXome® Trio: DIAGNÓSTICO DE UNA EPILEPSIA QUE RESPONDE A LOS FÁRMACOS

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Tras obtener resultados negativos en el análisis WES, la solución CentoGenome® Solo identificó variantes heterocigotas compuestas patogénicas, siendo una de ellas la deleción heterocigota de un exón.

DIAGNÓSTICO DE SÍNDROME DE BLOOM

• La solución CentoGenome® Solo identificó dos variantes heterocigóticas compuestas patogénicas en el gen BLM

• Se realizó un análisis de portador de los progenitores que confirmó el estado heterocigótico compuesto de las variantes

• Trastorno: síndrome de Bloom (# 210900 del catálogo OMIM, patrón de herencia autosómica recesiva)

IMPACTO DEL ANÁLISIS

• CentoGenome® Solo proporcionó un diagnóstico definitivo porque detectó los dos tipos de variantes del paciente. El análisis WES anterior realizado en otro laboratorio no detectó la deleción

• Tras el diagnóstico, el paciente empezó a tomar medidas preventivas y para combatir los síntomas, como evitar la exposición al sol y la radiación y un programa de seguimiento para la detección precoz de varios tipos de cáncer

• La familia recibió asesoramiento genético

c.3164G>C heterocigota,

p.(Cys1055Ser)

c.3164G>C heterocigoto compuesto, p.(Cys1055Ser) y

una deleción abarcando los exones 11 y 12

Deleción heterocigota abarcando los exones

11 y 12

CentoGenome® Solo: DIAGNÓSTICO DE SÍNDROME DE BLOOM

DESCRIPCIÓN CLÍNICA

• Niño de 1 año con manifestaciones desde el nacimiento• Retraso del desarrollo motor, retraso del desarrollo

del lenguaje, discapacidad intelectual, microcefalia, pigmentación anormal de la piel, erupción cutánea reticular en la cara y fotofobia

• Los progenitores no tienen relación consanguínea y no hay ningún otro miembro de la familia afectado

ESTRATEGIA DE ANÁLISIS

El facultativo eligió la solución CentoGenome® Solo después de realizarse un análisis WES Trio (en otro laboratorio) y no obtenerse un diagnóstico debido a la gravedad de la enfermedad y a la necesidad de determinar un diagnóstico para orientar la intervención.

ESTUDIO DE CASOS

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La solución CentoGenome® Trio identificó una variante homocigota intrónica profunda tras un análisis WES negativo por sospecha de síndrome de Bartter.

DIAGNÓSTICO DE SÍNDROME DE GITELMAN

• La solución CentoGenome® Trio identificó una variante homocigota intrónica profunda en el gen SLC12A3

• Heredada de los progenitores, que son heterocigotos• Trastorno: síndrome de Gitelman (# 263800 del catálogo

OMIM, patrón de herencia autosómica recesiva) IMPACTO DEL ANÁLISIS

• La solución CentoGenome® Trio proporcionó un diagnóstico correcto de síndrome de Gitelman porque cubre también las regiones intrónicas; el análisis WES está limitado a los exones

• El análisis con CentoGenome® Trio permitió identificar la variante; se realizó un análisis de portador a un hermano afectado en el que se detectó también la variante familiar en estado homocigoto

• La familia recibió asesoramiento genético sobre el riesgo de recurrencia• El paciente y los hermanos afectados iniciaron un tratamiento sintomático para aliviar las manifestaciones

clínicas comunes asociadas a alteraciones electrolíticas

CentoGenome® TRIO: DIAGNÓSTICO DE SÍNDROME DE GITELMAN

PACIENTE Y PRESENTACIÓN CLÍNICA

• Niño de 2 años con sospecha clínica de síndrome de Bartter

• Retraso del crecimiento, hipocalemia, hipomagnesemia y alcalosis

• Progenitores sanos con relación consanguínea y otros dos hijos afectados

ESTRATEGIA DE ANÁLISIS

El facultativo eligió la solución CentoGenome® Trio, tras varias evaluaciones y un análisis WES con resultado negativo, con el objetivo de determinar un diagnóstico y de realizar análisis prenatales en embarazos posteriores.

ESTUDIO DE CASOS

Variante heterocigota intrónica profunda

c.1670-191C>T

Variante homocigota intrónica profunda

c.1670-191C>T

No está disponible

para análisis

Variante heterocigota intrónica profunda

c.1670-191C>T

Variante homocigota intrónica profunda

c.1670-191C>T

12

NUESTROS SERVICIOS DE DIAGNÓSTICO SON MUCHO MÁS QUE UN LABORATORIO Y UN SISTEMA DE INTELIGENCIA BIOINFORMÁTICA.

La ventaja de CENTOGENE Una solución de diagnóstico amplia más allá del análisis de ADN

CentoCard®

Nuestro dispositivo de recogida de muestras de sangre en papel filtro convierte la logística de muestras global en una tarea tan sencilla como mandar una carta. Las muestras recogidas no se ven afectadas por el tiempo de envío o la temperatura, y con una sola tarjeta se pueden realizar pruebas genéticas y metabólicas.

Fenotipado ampliado Estructurar los síntomas de un paciente en términos de Ontología del Fenotipo Humano (HPO, por sus siglas en inglés) garantiza una información clínica de máxima calidad para interpretar los datos.

Seguridad de los datos y uso en investigaciónGracias a nuestros formularios de consentimiento transparentes y fáciles de entender, sus pacientes podrán tomar decisiones bien informadas sin tener que preocuparse de la protección de datos. Si se acepta la opción de investigación y almacenamiento, tanto usted como sus pacientes colaborarán en el avance de la investigación, el conocimiento de las enfermedades raras y la calidad de los diagnósticos y las terapias del futuro.

Análisis multiómico Con la investigación continua se identifican y validan los biomarcadores, lo que mejora el conocimiento de las enfermedades y permite monitorear las terapias. Esto ya ha mejorado la certeza en el diagnóstico de trastornos lisosomales y de otras enfermedades.

CentoPortal®

Es un servicio totalmente seguro y fácil de usar diseñado para facilitar la petición de análisis, la transferencia de datos de pacientes, la administración de muestras de pacientes y el acceso a sus informes diagnósticos las 24 horas.

CentoMD® Es la base de datos de mutaciones de enfermedades raras más extensa del mundo. Incluye más de 400.000 casos analizados y más de 12 millones de variantes únicas, y respalda nuestra interpretación médica.22

Estudios clínicos y colaboraciones con el sector farmacéuticoLos pacientes que participan en estudios clínicos se benefician porque ellos mismos fomentan el desarrollo de nuevas terapias y la mejora en el seguimiento. Mediante colaboraciones con el sector farmacéutico, también aprovechamos nuestra experiencia para acelerar el desarrollo de fármacos destinados a tratar las enfermedades raras.Experiencia de primer nivel La reputación de CENTOGENE se ha construido gracias a un equipo internacional de expertos en genética y bioinformática, lo último en tecnología de laboratorio, procesos y protocolos mejorados continuamente y un software exclusivo de análisis de datos.

13

1 Bowling et al., 2017; PMID: 28554332 2 Clark et al., 2018; PMID: 30002876 3 Lionel et al., 2018; PMID: 28771251 4 Farnaes et al. 2018; PMID: 29644095 5 Fogel, 2018; PMID: 29325607 6 Soden et al., 2014; PMID: 25473036 7 Stavropoulos et al., 2016; PMID: 28567303 8 Kingsmore et al., 2019; PMID: 315644329 Niguidula, et al. 2018; PMID: 30318729 10 Taylor et al., 2015; PMID: 25985138 11 Trujillano et al., 2017; PMID: 2784894412 Vissers et al. 2017, PMID: 28333917 13 Datos de archivo de CENTOGENE 14 Gilissen et al., 2014; PMID: 24896178 15 Ostrander et al., 2018; PMID: 30109124 16 Petrikin et al., 2018; PMID: 29449963 17 Willig et al., 2015; PMID: 25937001 18 Kalia et al., 2017; PMID: 27854360 19 The European General Data Protection Regulation (GDPR) 20 USA Health Insurance Portability and Accountability Act (HIPAA)21 Consulte información detallada en www.centogene.com/data-protection.html22 CentoMD® 5.7

Referencias

Llevamos toda la vida dedicándonos a nuestros

pacientes

V2sp

a_V2

eng_

July2

020

CLIA #99D2049715

customer.support-us@centogene.com+1 (617) 580 - 2102

customer.support@centogene.com+49 (0)381 80 113 - 416+49 (0)381 80 113 - 401

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