2006 ROMS/TOMS European Workshop Universidad Alcalá, Alcalá de Henares, Spain November 6-8, 2006
Universidad de Alcalá (UAH) Madrid · 2015. 2. 27. · ID Block Block description Desc. No. 1...
Transcript of Universidad de Alcalá (UAH) Madrid · 2015. 2. 27. · ID Block Block description Desc. No. 1...
������������ �������������
���������� ������ ������� ���
������������ � ��������������������� ��� ����������������������
�� ������������ ����� �����
�
��� ���� ��� ���������
Paul Ehrlich“Address in Pathology on Chemotherapeutics:
Scientific Principles, Methods, and Results”Lancet II, 445 (1913)
“Corpora non agunt nisi fixata”
FORCES THAT DETERMINE LIGAND-RECEPTOR INTERACTIONSFavourable forces
Unfavourable forces
� electrostatic interactions� hydrogen bonds� hydrophobic effect� van der Waals interactions� desolvation of receptor and ligand
� loss of translational and rotational entropy� loss of internal rotations in ligand (entropic)� loss of solvation energy of receptor and ligand (enthalpic)� conformational changes in receptor
P. G. Strange TiPS 17, 238 (1996)
������ ������ ��
N
O
CH3
OHOH
Morphine
N
O
CH3
OOH
CH3
Codeine
N
NCH3
Nicotine
NO
O
N
H
H
H
H
H
Strychnine
CH3
N+
N+
CH3
CH3O
OHO
H
OCH3
O
CH3
OH
d-tubocurarine
“ρ−σ−π Analysis, A Method for the Correlationof Biological Activity and Chemical Structure”
C. Hansch & T. FujitaJ. Am. Chem. Soc. 86, 1616 (1964)
“A Mathematical Contribution to Structure-Activity Studies”
S. M. Free, Jr. & J. W. WilsonJ. Med. Chem. 7, 395 (1964)
��������!!�� ��������
Physiological activity Φ = f (C) (Brown & Fraser, 1868)
∆Φ = f (∆C)
Biological activity = f (ai Xi, m) Linear Free Energy Relationships
B.a. = µ + Σ aij Xij de novo model (Xij = 1, 0)µ = overall mean of b.a. values (Free & Wilson, 1964)
µ = b.a. of unsubstituted parent molecule (Fujita & Ban, 1971)
Biological activity = log (1/C) = k1 (XH) + k2 (XE) + k3 (XS) + ε parametric model(Hansch & Fujita, 1964)
� � �! " # ��$ " # " � �% �# & ��! & �' ���( ��) & " # *
���������� σ �������� "∆ # �� �� ��$��% �� �& �������& �'��� �������& �������( �������� '������� ��)������������ �� ���������* )����� ��������� ������������� �������+++
& � ��� & �)�� π � �� �� "∆��� , � �� ��$��-,./ �����0 1+++
������ �� �& �2�������� 3'�1�� �������� # ���1������� �� ��������� ��� �������� 4 ����� 1����������� �������+++
& �� 225 5 5 +�����+��+��2�����+& ��
�������� ��� ����������������������� ���
ID Block Block description Desc. No.
1 constitutional descriptors 48
2 topological descriptors 1193 walk and path counts 474 connectivity indices 335 information indices 476 2D autocorrelations 967 edge adjacency indices 1078 BCUT descriptors 649 topological charge indices 21
10 eigenvalue-based indices 44
11 Randic molecular profiles 41
12 geometrical descriptors 7413 RDF descriptors 15014 3D-MoRSE descriptors 16015 WHIM descriptors 9916 GETAWAY descriptors 19717 functional group counts 15218 atom-centred fragments 120
19 charge descriptors 1420 molecular properties 29
+����, - ��� �
6 � ������� ��� , ��� � ����.�/ � �����������������������$ .0�
6
6 �� �$ �1 �2 ��*���������, ����� �$ �3 �2 ��*��0� ����, ���
Log PA = Log[A]1-octanol
[A]water
���������� �7 ������� π = logP - logPCH3
CH3
http://www.biobyte.com/bb/prod/bioloom.html
/ ���,�→ 8��.���������������� � �������������������� � �������������������� � �������������������� � �������� �������� �������� �������� ������� ������������������������������������������������
�������������������������������������������������������� ��������������������������������������������
http://www.logp.com/
�� ���� �4 �� � 5 0 �5 0/ ���
� ���������� � ����� ���� �� ������������ ��� ���������!���������������"������������ ����������� ���� �"�������������������� ��#$%&&&�� �� ����'�(���"����������������������������%����������������� ������������ �'�
http://www.syrres.com/esc/est_kowdemo.htm
� ������ � ���''�����������������& ���& �� ���������'��& ������ ��� � �'� �� �)�� ������� ��� +
� ������ � ���''�����������������& ���& �� ���������'��& ������ ����'� �� �)�� ������� ��� +�
3& ��� 9� ����/ ����������/ ��''���������:
3����� � ���'�� 9� ���
;7 ������� � ���'�� 9� ���
������ ��� � ���'�� 9� ���
2
1
)(�=
−=N
ii yyTSS
2
1, )(�
=
−=N
iicalc yyESS
2
1, )(�
=
−=N
iicalci yyRSS
TSSRSS
TSSRSSTSS
TSSESS
R −≡−≡= 12
"A QSAR Investigation of Dihydrofolate Reductase Inhibition by Baker Triazines Based Upon Molecular Shape Analysis"
A. J. HopfingerJ. Am. Chem. Soc. 120, 7196 (1980)
"Molecular Graphics and QSAR in the Study of Enzyme-Ligand Interactions. On theDefinition of Bioreceptors"
C. Hansch & T. E. KleinAcc. Chem. Res. 19, 392 (1986)
"Comparative Molecular Field Analysis (CoMFA). 1. Effect of Shape on Binding of Steroids to Carrier Proteins"
R. D. Cramer, III, D. E. Patterson & J. D. BunceJ. Am. Chem. Soc. 110, 5959 (1988)
"Prediction of Drug Binding Affinities by Comparative Binding Energy Analysis"
A. R. Ortiz, M. T. Pisabarro, F. Gago & R. WadeJ. Med. Chem. 38, 2681 (1995)
� & ��������������������� �������������)������������
6 ' �) & " #
6 / ��� ���<� �'����� ����������� ����6 ( '������� ��� ������������� �������'������� �����
�+�+��� ��� ��'�'�����6 ��9� ��������& ����'��������������� �������<� �
"������ ����� �� �������$6 ���5 ������)������ ���� �������� ��� �������<� �
�� ������)��� �������)� �����= & ���� & ���>�5 & ��& �������)����& ��'��� �������������
�����������'����� ��� �������<�� ��������& ������� �������
$ , ������, �� ' � �� ��
6 � � ���� ������� ���������� �������<�
6 / ��� ������������� �)��5 ���������� ���
6 4 ��� ��* �������� ������������
6 8� ������������'����� ���
6 ,& ���� & ��� ���������������
6 ?�'���& �5 ������� ������& ��)������� ������
)���������� ���)���������� ���)���������� ���)���������� ��������������������������������������� �� �� �� �� � ��� ���������������� ��� ���������������� ��� ���������������� ��� ��������������������������������������������������������������� � ��� �*������������ ��� �*������������ ��� �*������������ ��� �*�����������
NN
N N
S
N
N
N
N
@+A BC +<�D
@+C BE +��D
@+:BC +<�D
� �� ��� & ���� & ��� '�����-� ���& �������?������ ������& ��<�� ���������
<� ��� ���"/ ����$
�=�F �F
F�
!������������ �
99
G@HH�
; � −=−�F
I�F
�F�:�F
�FJ����.����� �
8
�
�;
��������
� ��� ��
NON-BONDING TERMS � 7 "
6 � �����'���/ �� ���� �������� ������������� ���
6 � ����'���������� ����* ���� ���� ��'��� ��� ������� ��� ����)�������'��� ��������������)������ K ;������������
K � ������
K -� ��� & �)���
6 ���������������� �����& ��'��������������������5 ��& ����� ���
6 ��9� ������& ������ ��� ����)����� ��� ����� ��������� �������
6 / ��)��� ���� �������� ��� ���'���� ��� ��* ����
6 ?���������5 ��& �� L 8L .
http://www.tripos.com/sciTech/inSilicoDisc/strActRelationship/qsar.html
/ ���� ���� ���
6 � �� ��� �9� ������� ������ ��� ��B���� ��� ���������& � ��6 ,��������& �� �� �������������� �������'�� �������������� ����6 / �� �����''�������� ��������������������� ����� ��� ��� �6 ( ����* ���& �� �� ��������'��������� �� ���6 4 ��������������'����� ����)�������������6 �������& � ��& �����)�� ���& ���& �������������'��
���� ����)������������6 ,�������* ����� �� ����'����� ��& ������������������6 � ���������0 �� ����� ��� �����9� ���������'���& ��& �''����� �
���� �����������
3-;��;� � ;% / ;��( ���<� B�� ����?�
M ������ ���� ��'������� ���� ��& � ��������� ���� ����)����������� ����
M ����������� ��������������������� ����������������������� �� ���
M����� ���� �����'�� ����� ��� ������� ��������'�����& ������� ������������� �� �& � ���� ��� � ����� ���� �������& �������� ������
M������ �� '� ��������& � ������ ��& ������� ��N� � ���� ���������� �& ������� ����� ��)��������� �� ����
M ���)���& ����'B����������� ���� �������� ��)����� ��'��& ������� ���'� ������
���� O ���& ��� �� � � ��� � � �� � � � �
��� ���,����� )������/ �� ������# ��)���� P ����
=� ������� �'����& ������� ��������'�5 ���������� ���� ������ ��������� )����������� ���� �<� ��� �� ��� ���>
� �� �� �� ��� � � � ��@!Q A B@�!:�"�A A C $http://www.moldiscovery.com/
/ ���� ����"<� B�$� ������& ��
�� ���9� ����
,.�
/ ����� �� �
,����������
�� ���3)���R�� L 8L .��� �
8��
,/ �����,.�
• Principal Component Analysis �� �)��� ������� ��B������� ����� ����� �������"�+�+��& �������� �����5 & ��& ����� ���'����& �������� ����������& ������ �������� ��)���$��5 & ��& �����& ���� ������������'��& ���������������� ���������& ���9� �����
• Partial Least Squares �������& ���5 & ��& ������0 ������������ ����& ��� ����������& ���� �������� ��)�� �������� �����''���������& ��5 ���& ��& ���� ��������'���& �������)� ���������& ����''��������������� ��� +
/ ����B� �������,.� ���� ���
Differences
(PRESS)
Compoundsexcluded
Groups ofcrossvalidation
OriginalTable
Derivationof a model
� �������
" � �4 � �
$ ����� ��
" � �4 � �
Prediction of excludedcompounds
Predictive Residual Sum of Squares
NN
N
i PRESS)Ypred(i)Yexp(i)(
SDEP 1
2
=−
=�
=
���
�
���
�
−−
−=��
2
22
)Yexp (Yexp(i)
Ypred(i))Yexp(i)(1Q
,��'������
� ������� �� �������'�;��������,����������
/ ����������/ ��''����������/ ����B4 �������
% # " ' �% �� ( " �) & " #� ���� �����
B / ����������������
B �������� & � �����& ������ �������� �� ��
B .�0 ��' <� ���� ��� �����'�������
B ���� �����7 ����������� �� �� ��������9� ����
B / ���������� ��'� ���������� �� )� � �����
B ?���9� ��������� ������' ������ �''����
B ?���9� ��������� ������'�& � �������)������
6 ' 8) & " #��� �����
B ��7 �� ������
B % � ���������� �� )� ��������
B <� ���� ��� �����'������������� ���
B ���� ��� ���)� �� & ����� ���� �� �� ���<�
B ;����� �'����� ���)� ��������
B ���������� ������' ������ �''�����
B ���������� ������'�& � �������)������
# +�-+ # ��������� �! �" # ��$� %& ' ��' $�
��( %) � � �*�( � ��$� �" + + ��, �*�( $� "�A A <$
% # " ' �% �� ( " �) & " #��� �����
B � �� ������ ����� ���
B % � )������ �����'����������9� ����
B % � ���������������
B �� ��7 �� ���� ������ ��7 ������������5 ��& ����
B ���� ������ ����* �� ������� �� �9� ����
B � ��'� ����'����������� ��� ���� )� �& �����''������� �� �& ��������������9� ����
B % � 5 ���& ������'� �������������������
B � �� ���� �� �'��������� � ��)���
6 ' 8) & " #� ���� �����
B ���� ��� ������������ �
B � )������ �����'���������� �� )� ��� ���
B � � �� ������� �� ��� ������������ ��)����
B � �''��� ����� �7 �� ���� ������ ��7 ������������
B ���� ��������� �� ��� ��� ����* �� �� ���9� ����
B .����� ��'� ����'��������'�����& �����''��������)����� �� �& ��������������9� ����
B ��� ��F� ��)��� ����������� ��� ��
B � �� �'��������� � ��)��� ������������& �'��5 ��
# +�-+ # ��������� �! �" # ��$� %& ' ��' $�
��( %) � � �*�( � ��$� �" + + ��, �*�( $� "�A A <$
http://www.moldiscovery.com/
�.�( % ��.�( % �
MODEL
UPDATEDMODEL
Training set Test set3D-QSAR
Predictions
Comparisons
interpretation synthesis
evaluation
)( .�.�)������ ;;;; +−=∆
+�.
�.
;% ;�;3?/ � �( ��/ ( �,.;S ��( ���3?( %
)������
�:�R�!+Q �T�9:�R�!+C A� � ;,�� �R�!+I�� � ;,�7 �R��+!Q
�:�R�!+C C T�9:�R�!+C E� � ;,�� �R�!+IE� � ;,�7 �R��+:<
� �� R�<:� �: R��I
C. Pérez, M. Pastor, A. R. Ortiz & F. Gago
J. Med. Chem. 41, 836 (1998)
.������������������� ���
" , *�- �*) �. ����/ �$*�%��0 �1
� ���������������������
�� � � �( ��
" ������� ����� �4 ��������� �������! ��9 �
� ������� ����������������������
�� 7 " �
" ������� ����� �4 ���������� ���������
,�;� ?/ 3?( % � ����������������
�( � ;.�4 �.?� �3?( %
�( � ;.�� ;�?4 �3?( %
;% ;�L �/ �./ � .�3?( % ��% � �,��3?3?( % ?% �2�
��3�?S �,�;3�;�3�;% 3
�;�?% ;�;% 3�� 3�;
�( � ;..?% �,-�� ;
� �)�� ������� ����"�$
$ � �)�� ����������".$
$ "� .$���� ��7 ��
$ ��'�����"� .$���� ��7 ��
����� ��� �������
������������������ �����
∆� �R�;.��K ";.U�;�$ ������ ������ �������
C�uw seli
n
ii +�
=1����� ��� �R�
� %�$, �+ ��
� ( � + ( $�$*
" $��) ��
�� � " �
B �����B� �������B ���� �������'����� ��� ����", %�� 1 ��$' $B �������� �)���
� �%*���
2 ��*
�3 & �%��
�� 2 ��
�:�R�!+Q A T�9:�R�!+C !� � ;,�� �R�!+C :� � ;,�7 �R�!+Q <
�:�R�!+A !T�9:�R�!+C <� � ;,�� �R�!+IA� � ;,�7 �R�!+E A
� �� R�<:� �: R��I
C. Pérez, M. Pastor, A. R. Ortiz & F. Gago
J. Med. Chem. 41, 836 (1998)
/ ( �8?% ;���� ���
C�uw seli
n
ii +�
=1
��R�@Q
�:�R�!+A �T�9:�R�!+Q �� � ;,�� �R�!+II
-���0 �� ��& ������� '����4 �$*�( 1 �, *�%��& *( *%( + ��, & J�!
J. Kmuní≠εk, S. Luengo, F. Gago, A.R. Ortiz, R.C. Wade & J. Damborsk� Biochemistry, 40, 8905-8917 (2001)
Selected energy contributions in the
best COMBINE model
training set
prediction set
’ Phe172Trp mutant enzyme
” Trp175Tyr mutant enzyme
new substrate + Phe172Trp mutant enzyme
Modulation of Binding Strength in Active Site Inhibitors ofAcetylcholinesterase Studied by Comparative Binding Energy (COMBINE) Analysis
Martín-Santamaría, S.; Muñoz-Muriedas, J.; Luque, F.J.; Gago, F. J. Med. Chem. 47, 4471-4482 (2004)
N
NH2
H
+6
8
N
NH2
H
+6
8
N
H
NH2
+3
9
�I�������� C �& � �����
N
N
H
X
+
1
3
C ���& � ���9� ��* ������E ���@B���& � �����������
3������
-� �����
� �& � ���9� ��* ������
� � ����� P �� � ��)���� �������������� ��)���
/ ����B� ���������'��& ��/ ( �8?% ;������ ��: R�!+C I��� � ;,�R�!+C Q ������ ����
��R�<E
% �����* ���,.� ����''��������"� ����� P ��$ % �����* ���,.� ����''��������"������������$
,�������� ��)����� M��'��& ��/ ( �8?% ;������ �� � ;,�R�!+A <������ ����
M���� ���A B����B��:�<�@B����& � ���������� ����� ��� ��
Chemometrical Identification of Mutations in HIV-1 Reverse Transcriptase Conferring Resistance or Enhanced
Sensitivity to Arylsulfonylbenzonitriles
������������� �* B8������O������������������������ �� ������ �����!��������:I"A $ �:C �Q B:C �A �":!!@$
�: R�!+A E T�9: R�!+Q A T�� � ;,�R�!+@!�"<�,/ $
��R�:E
�: R�!+A E A ����9: R�!+Q E � "�R�:C T�@�,/ $
L �Q �/ ��� ����� R���5 �����''�����
4 �!I���� ����� R����������''�����
% ��B�� ��)�� ���������
Apo enzyme Inhibited enzyme
: ;< <
: ;< ;5 ;2 6
5 ;2 ;
�;6 <
/ = = >
Targeted molecular dynamics
E = 0.5 kr N (rmsd – trmsd)2
Apo K103N enzyme Inhibited K103N enzyme
� �������������& ��)�����'���������������& ����0 �����.� ��!<����-?4 B����� ������������ ������ �����& ��� �& ��������������� ����� ���������� ������
������� �* B8��������+T������+�=� �������������& ��)�����'���������������& ����0 �����.� ��!<����-?4 B����� ������������ ������ �����& ��� �& ��������������� ����� ���������� ������> ������������ �� ������ �����!��������:I"@C $ ��E <Q IB�E <Q C �= 2 2 ? �
3������ ��� ������'��& �����B5 ���& ��������B���B�9� ������ ������"����$��'�����& �����������& ������ ��������� ��� ������� ��������& ����'����������� ��� ����
"'�������������R !+E �0 ������B� DB:$
������������'��& ������������ � �� �
��� ��� �� ���'���5 �B�3��� ��� �� ���'���# �!<% ��3
0.5_250ps
0
50
100
150
200
250
300
350
400
1 51 101 151 201
0.5
0
50
100
150
200
250
300
350
400
1 51 101 151 201 251 301 351 401 451 501
0.5_750ps
0
50
100
150
200
250
300
350
400
1 51 101 151 201 251 301 351 401 451 501 551 601 651 701
0.5_1ns
0
50
100
150
200
250
300
350
400
1 51 101 151 201 251 301 351 401 451 501 551 601 651 701 751 801 851 901 951
= @ 2 ��� @ 2 2 ���
A @ 2 ��� ;2 2 2 ���
B �C �2 D@ �B ���.��
—: ;< < ��0 � —: ;< < ��5 ;2 6 ( ����������� —: ;< ;��0 � —: ;< ;��5 ;2 6 ( �
�����" �$ �����" �$
�����" �$ �����" �$
:+E �± !+C @E +@�± !+@A,���"'�������$
!+!�I�± !+!!<!+!<C �± !+!!:��3,
!+!<:�± !+!�E!+!:A �± !+!�@;��� ����� "3�/ B�:E $
!+�@�± !+!I@!+!!@�± !+!!:;'� ����*
!+!!@�± !+!!�!+!!E �± !+!!�/ �� ������"�2�E @A $
!+@<�± !+!<E!+!�C �± !+!!Q�� ���7 �����"P Q IC $
!+!!C �± !+!!!E!+!!:�± !+!!�,;33�"�� # B!C I$
!+Q <�± !+I:!+!<I�± !+!�@3& ����)�7 �������"� / BC Q �$
:+��± !+:�!+!E A �± !+!��;��� ������"�# / B@@:$
Q +E �± !+E C!+Q E �± !+!Q E3� �( B�<3
C +!�± !+:Q!+:E �± !+!Q E� ��� ������
≥ �!!+<A �± !+!Q E% �� �� ���
5 ;2 6 (/ ���8 ��������
� ������� ��� �"µ�$ �' -?4 B���3 �����''������% % �3?�
8�* ���������+�":!!@$
E !V ���& �)����� �������������������� �� ������������������9� ����������& �)��������)�����-?4 B���3�)� E !V +�3�� ���2 ����� �" ��� $�/ W"�����$�T �����)���� �� )����� �X<-Y�3,+
5 ;2 6
( ;2 6
N
N NHO
CH3CH3
NN
Br
NH2
: ;< <
: ;< <
2 �2 ����� →→ = @ 2 �= @ 2 ����� →→ = > 2 �= > 2 ����� →→ @ 2 2 �@ 2 2 �����
2 �2 ����� →→ = @ 2 �= @ 2 ����� →→ = > 2 �= > 2 ����� →→ @ 2 2 �@ 2 2 �����
ETRAVIRINE
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
1 51 101 151 201 251 301 351 401 451
rmsd
(Å)
time (ps)0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
# �!<% �-?4 B���3�)�0 )���
5 ���B�� � -?4 B���3�)�0 )���
% �����4 �� ����� , ������80��� , ���� 8����8�� �������4 �� �������������� � , �������� ��� ����
� ��4 ����� �0 �
� ��4 ����� �5 ;2 6 ( �
������� �* B8��������+T�8�* ������J+T������+�=3& �������� ���)�����'����������������& ���''�����'��& ��.� ��!<��� �� ������������B�� ���������-?4 K����� ������������ ������& �)��������� �����)� ��������������� �� �� ���������� ������>������������ �� ������ �����!��������:C ":!$ �C E C !BC E C Q �= 2 2 @ �
?�& �)���Z� ��������������� �������� � ��� ��,��� ��������/ �� ����������� �)[�����
Tolrestat
N
COOH
S
CF3
H3CO
O
NHHN
O
OF
Sorbinil
NN
COOH
O
S
N
CF3
Zopolrestat
N
N
COOH
O
Zenarestat
Cl O
F
Br
NADPH NADHNADP+ NAD+
GlucoseAldose reductase Sorbitol dehydrogenase
Sorbitol Fructose
� � ��& ����������� ��� ����������� ������������� �� ������'�% �� ���-� �������������� ���� ?�& �)������8��������������% �� ���,���� ��
de la Fuente, J.A.; Manzanaro, S.; G. de Quesada, T.; Reymundo, I.; Luengo, S.M.; Gago, F. J. Med. Chem. 46: 5208-5221 (2003)
OOH OH
Br
BrBr
BrBr
Br
1
OOR1 OR1
R2
BrR3
BrBr
Br
2 R1=R3=H, R2=Br3 R1=CH3, R2=H, R3=Br
3� ���
.�� <!!
/ � �:A Q
,& ��::
3& ���<
% �� ,U
OOH OH
BrBr
Br Br
BrBr
OOH OH
BrH
Br Br
BrBr
IC50 = 6.4 ± 1.1 µM
IC50 = 25%
,���� �)��Z��;������.�)��=��9� ����/ �� � ������>
������'����=�������;��& ��>
Estado
AEstado
B
∆G1
Σ∆Gi (ruta 1) = Σ∆Gi (ruta 2) = Σ∆Gi (ruta 3)
∆G2 ∆GN-1λ3λ2 λN-1
(λ1) (λN)
∆G1 ∆G2 ∆GN-1λ3λ2 λN-1
∆G1 ∆G2 ∆GN-1λ3λ2 λN-1
G(λ) = – k T ln ∆(λ)
∆GBA + ∆GAB = 0
,���� �)��Z��;������.�)��
/ ��������������������
� .����������)������� ��'� ���Z����������������������� �����������9� ��������������)������'������� ����)���������)���������������)����∆����������� ���������������� �+
� � ������ �����������'�������������� ��������������������[��������� � ��������������������������& ������������� ��7 ����Z�+
RA + L RAL
RB + L RBL
∆G1
∆G2
∆G3 ∆G4
R + L1 RL1
R + L2 RL2
∆G1
∆G2
∆G3 ∆G4
∆∆G = ∆G2 – ∆G1 = ∆G4 – ∆G3
hALR2:NADP+ + 1
hALR2:NADP+ + 2
hALR2:NADP+:1
hALR2:NADP+:2
∆Gbinding(1)
∆Gbinding(2)
∆G3 ∆G4
OOH OH
BrBr
Br Br
BrBr
OOH OH
BrH
Br Br
BrBr
IC50 = 6.4 ± 1.1 µM
IC50 = 25%
5.90 ± 0.04 kcal mol-1
-5.83 ± 0.04 kcal mol-1
3.60 ± 0.52 kcal mol-1
-4.33 ± 0.52 kcal mol-1∆∆∆∆∆∆∆∆E �C �;D@ 2 �± 2 D6 2 �B ������8;
de la Fuente et al. J. Med. Chem. 46(24): 5208-5221 (2003)
Glu356
Arg364 Asp533
Asn722T-1
G+1
C20 C8
� % � �F�������� �
������;+T�.�����P +T�3��� ��/ +T�.���� 7 ���+T�?5 ����+T�?�& �)�& ����+T�8���� ��/ +T������+ =������ ����������������' �� ��������� ?� ���������)� ���������� ���� ������5 ��& ��� ���& ���� ������� ��� ��B���� ��� ���������& � �> �" ��" " @Q "��$ <C A IB<Q !C �= 2 2 @ �
��� ���"� 3?E C �2�?�����)$ ��������� ���� ��� ������������������������ �
��������������������� ����
NN
N
N
N N
H
N
O
H
CH3
CH3
d
��� � �����������������������������������
a
� ������ ����
N
N N
H
��� ��� ���������������
b
N
N
N N
H
N R1
O
H
c
�� �� ����������������� �
������������������������� ���������
� ������
N
N
N N
H
N R1
O
H
CH3
��� ������ ��� �������������
,�;� % 3�� ��,( ����4 ( �
;B��� [email protected]