TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02...

13
TAE‐YOUNG YOON Associate Professor Department of Biological Sciences Seoul National University Seoul 08826, South Korea E‐mail: [email protected]   RESEARCH INTEREST  Single‐Molecule Biophysics: My research group aims to understand molecular mechanisms of “the integral membrane proteins”, which have been largely shunted aside in spite of their biological and practical importance. My group employs an arsenal of single‐molecule techniques to observe both conformational changes and consequential function of the membrane proteins, which allows direct determination of their structure‐function relationship. We recently reported the disassembly mechanism of the SNARE complex by a proteasome system (20S complex), which provides insights into how AAA+ ATPases tightly couple their ATP hydrolysis and unfolding of protein substrates (JACS 2013 and Science 2015). In addition, my research group is pioneering an approach where we apply mechanical tension to the integral membrane proteins while observing their function, which allows determination of the energy landscape governing conformational changes of the membrane proteins (Nat. Comm. 2013, 2014 and Nat. Chem. Biol. 2015). This series of works is being supported by the National Creative Research Initiative Program (창의적연구진흥과제단분자시스 템생물학 연구단).  Development of Tools for Precision Medicine: My research group is also interested in development of new single‐molecule imaging tools. We recently developed single‐molecule version of co‐immunoprecipitation (co‐ IP) analysis (Nat. Comm. 2013, Nat. Prot. 2013). In molecular biology, the co‐IP analysis has been the gold standard of determining protein‐protein interactions (PPIs) for several decades. By adopting single‐molecule fluorescence microscopy as the detection method (instead of SDS PAGE‐gel and western blotting), we have improved the sensitivity and time‐resolution of the co‐IP analysis by five orders of magnitude, respectively. With the extreme sensitivity and quantitativeness of the developed tool, we demonstrate development of PPI biomarkers that allow precision prediction of drug responses of individual tumors, even in cancer types without actionable genomic mutations. Thus, this suggests a path toward “personalized diagnosis of cancers at the PPI level”, which would expand the concept and scope of the targeted cancer therapy. This work is supported by the Samsung Science and Technology Foundation (삼성미래기술육성재단).    Updated May 20, 2017

Transcript of TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02...

Page 1: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

TAE‐YOUNG YOON 

Associate Professor 

Department of Biological Sciences 

Seoul National University 

Seoul 08826, South Korea 

E‐mail: [email protected] 

 

 

RESEARCH INTEREST  

Single‐Molecule Biophysics: My research group aims to understand molecular mechanisms of “the integral membrane  proteins”,  which  have  been  largely  shunted  aside  in  spite  of  their  biological  and  practical importance. My group  employs  an  arsenal  of  single‐molecule  techniques  to  observe  both  conformational changes and consequential function of the membrane proteins, which allows direct determination of their structure‐function relationship. We recently reported the disassembly mechanism of the SNARE complex by a proteasome system (20S complex), which provides insights into how AAA+ ATPases tightly couple their ATP hydrolysis and unfolding of protein substrates (JACS 2013 and Science 2015). In addition, my research group is  pioneering  an  approach where we  apply mechanical  tension  to  the  integral membrane  proteins  while observing  their  function,  which  allows  determination  of  the  energy  landscape  governing  conformational changes of the membrane proteins (Nat. Comm. 2013, 2014 and Nat. Chem. Biol. 2015). This series of works 

is being supported by the National Creative Research Initiative Program (창의적연구진흥과제, 단분자시스

템생물학 연구단). 

 

Development of Tools for Precision Medicine: My research group is also interested in development of new single‐molecule imaging tools. We recently developed single‐molecule version of co‐immunoprecipitation (co‐IP) analysis  (Nat. Comm. 2013, Nat. Prot. 2013).  In molecular biology, the co‐IP analysis has been the gold standard of determining protein‐protein interactions (PPIs) for several decades. By adopting single‐molecule fluorescence microscopy as the detection method (instead of SDS PAGE‐gel and western blotting), we have improved the sensitivity and time‐resolution of the co‐IP analysis by five orders of magnitude, respectively. With the extreme sensitivity and quantitativeness of the developed tool, we demonstrate development of PPI biomarkers  that  allow  precision  prediction  of  drug  responses  of  individual  tumors,  even  in  cancer  types without actionable genomic mutations. Thus, this suggests a path toward “personalized diagnosis of cancers at the PPI  level”, which would expand the concept and scope of the targeted cancer therapy. This work is 

supported by the Samsung Science and Technology Foundation (삼성미래기술육성재단).   

 

 Updated May 20, 2017

Page 2: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

PROFESSIONAL EXPERIENCE 2017. 03 –    Seoul National University, Associate Professor 

Department of Biological Sciences 

2016. 03 –2017.02    Yonsei University 

Yonsei‐IBS Institute 

2014. 02 –2016.02    KAIST, Associate Professor with tenure 

Department of Physics 

2014. 01 –    Samsung Science and Technology Foundation, Principal Investigator 

Fundamental Sciences, Physics discipline 

2011. 04 –    National Creative Research Initiative, Principal Investigator 

Ministry of Science, ICT and Future Planning, South Korea 

2010. 09 –2014.02    KAIST, Associate Professor 

Department of Physics 

2007. 10 –2010.08    KAIST, Assistant Professor 

Department of Physics and KAIST Institute for the BioCentury 

2006. 7 – 2007. 10    Howard Hughes Medical Institute, Research Associate 

University of Illinois, Urbana‐Champaign 

2005. 7 – 2006. 7    University of Illinois, Urbana‐Champaign, Research Associate 

Department of Physics 

2004. 9 – 2005. 6    Seoul National University, Research Fellow 

Inter‐University Semiconductor Research Center 

 

EDUCATION 

2000. 3 – 2004. 8    Seoul National University, Ph.D. in Electrical Engineering 

      Thesis advisor: Prof. Sin‐Doo Lee 

      Thesis title: Control of Supramolecular Orderings by Patterned Surface   

      Microstructures for Liquid Crystal Displays and Artificial Lipid Rafts 

1998. 3 – 2000. 2    Seoul National University, M.S. in Electrical Engineering 

1994. 3 – 1998. 2    Seoul National University, B.S. in Electrical Engineering 

 

   

Page 3: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

HONORS & AWARDS 30 Young Scientists who will shine the future of South Korea (commemorated with the 30th anniversary of the 

Pohang University of Science and Technology) (December 2016) 

(포항공대 개교  30주년 기념, 한국을 빛낼 젊은 과학자  30인) 

2015 FILA Basic Science Award (awarded by the Korean Academy of Science and Technology) (November 2015) 

(제2회  FILA 기초과학상, 한국과학기술한림원) 

Blue Ribbon Lecture, Korean Society of Molecular and Cellular Biology (January, 2015) 

(한국분자세포생물학회  Blue Ribbon Lecture) 

Selected as Principal Investigator of Samsung Science and Technology Foundation (one of two recipients in the 

physics discipline), Samsung Science and Technology Foundation (November, 2013)   

(삼성미래기술육성재단 연구책임자 선정) 

Outstanding lecture award (2012 Fall Semester, Statistical Physics), College of Natural Science   

(2012 자연과학대학 우수강의 교원), KAIST (Feb. 2013) 

Outstanding research award, College of Natural Science   

(2012 자연과학대학 우수연구 교원), KAIST (December, 2012) 

2011 100 Outstanding Research Achievements funded by the Korean government   

Selected as one of the Top 5 achievements, First placed in the basic science discipline 

(16개 범부처 국가연구개발 우수성과  100선, TOP5 선정, 기초연구부문 최우수성과) 

2011 50 Outstanding Research Achievements funded by the Ministry of Education and Science of Korea 

(교육과학기술부 선정 기초연구 우수성과  50선) 

2011 Selected as Principal Investigator of National Creative Research Initiative of Korea (April, 2011) 

(2011 창의적 연구진흥과제 선정, 단분자 시스템 생물학 연구단) 

Scientist of the Month, January 2011 awarded by the city of Daejeon 

(대전광역시 수여 이달의 과학기술인 상, 2011년  1월) 

Outstanding academic achievement award, 40th Anniversary of Foundation of KAIST 

(KAIST 개교  40주년 기념 학술상) (Feb. 16, 2011) 

    

Page 4: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

SELECTED PUBLICATIONS   

[1] J.‐K. Ryu, S. J. Kim, S.‐H. Rah, J. I. Kang, H. E. Jung, D. Lee, H.‐K. Lee, J.‐O. Lee, B. S. Park, T.‐Y. Yoon1 & H. 

M. Kim1 

Reconstruction of LPS Transfer Cascade Reveals Structural Determinants within LBP, CD14, and TLR4‐MD2 for 

Efficient LPS Recognition and Transfer 

Immunity 46, 38 (2016). 1 Corresponding author 

 

Summary: Lipopolysaccharide (LPS), the major component of the 

outer  membrane  of  Gram‐negative  bacteria,  binds  Toll‐like 

receptor  4  (TLR4)‐MD2  complex  and  activates  innate  immune 

responses.  To  define  the  sequential  molecular  interactions 

underlying this transfer, we reconstituted in vitro the entire LPS 

transfer  process  from  LPS micelles  to  TLR4‐MD2.  Using  single‐

molecule  approaches,  we  characterized  the  dynamic 

intermediate complexes for LPS transfer: LBP‐LPS micelles, CD14‐

LBP‐LPS  micelle,  and  CD14‐LPS‐TLR4‐MD2  complex.  The 

definition  of  the  structural  determinants  of  the  LPS  transfer 

cascade  to  TLR4  may  enable  the  development  of  targeted 

therapeutics for intervention in LPS‐induced sepsis. 

 

 

[2] D. Min, R. E. Jefferson, J. U. Bowie1 & T.‐Y. Yoon1 

Mapping the energy landscape for second stage folding of a single membrane protein 

Nature Chemical Biology 11, 981 (2015). 1 Corresponding author 

‐‐ Featured in more than 10 media worldwide including Phys.org, EureaAlert! and Science Daily 

 

  

In this work, we reported a single‐molecule method that allows folding study of membrane proteins in a lipid 

bilayer environment. Our work suggests a moderate thermodynamic stability for an integral membrane 

protein, but with a high kinetic energy barrier that imparts rigidity to the structure. 

 

 

 

Page 5: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

[3] J.‐K. Ryu, D. Min, S.‐H. Rah, S. J. Kim, Y. Park, H. Kim, C. Hyeon, H. M. Kim, R. Jahn1 & T.‐Y. Yoon1 

Spring‐loaded unraveling of a single SNARE complex by NSF in one round of ATP turnover 

Science 347, 1485 (2015). 1 Corresponding author 

‐‐ Featured in more than 30 media worldwide including EurekAlert!, ScienceDaily and PhysOrg 

 

  

In this work, we reported that NSF disassembles the SNARE complex, the core machinery for membrane 

fusion in all eukaryotes, with a spring‐loaded mechanism that exploits a single round of ATP turnover. This 

answers a long‐standing question in the membrane trafficking field. 

 

[4] W. Bae, K. Kim1, D. Min, J.‐K. Ryu, C. Hyeon & T.‐Y. Yoon1 

Programmed folding of DNA origami structures through single‐molecule force control 

Nature Communications 5, 5654 (2014). 1 Corresponding author 

 

  

Design rules for DNA nanostructures have been remarkably advanced in recent years, but their folding 

mechanism remains largely elusive. In this work, using single‐molecule magnetic tweezers, we demonstrated 

a capability to control the folding pathway of DNA nanostructures for the first time. 

Page 6: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

[5] H.‐W. Lee, J. Y. Ryu, J. Yoo, B. Choi, K. Kim1 & T.‐Y. Yoon1 

Real‐time single‐molecule co‐immunoprecipitation of weak protein‐protein interactions 

Nature Protocols 8, 2045 (2013). (Invited contribution) 1 Corresponding author 

 

[6] W. Bae, M.‐G. Choi, C. Hyeon1, Y.‐K. Shin1 & T.‐Y. Yoon1 

Real‐Time Observation of Multiple Protein Complex Formation with Single‐Molecule FRET 

JACS (communication) 135, 10254 (2013).   1 Corresponding author 

‐‐ Featured in ASBMB today (American Society for Biochemistry and Molecular Biology) 

‐‐ Featured in JACS Select for “Protein Dynamics Simulation and Experiments” 

 

[7] D. Min, K. Kim, C. Hyeon, Y. H. Cho, Y.‐K. Shin1 & T.‐Y. Yoon1 

Mechanical unzipping and rezipping of a single SNARE complex reveals large hysteresis as force‐generating 

mechanisms 

Nature Communications 4, 1705 (2013). 1 Corresponding author 

‐‐ Recommended in F1000.com 

 

[8] H.‐W. Lee, T. Kyung, J. Yoo, T. Kim, C. Chung, J. Y. Ryu, H. Lee, K. Park, S. Lee, W. D. Jones, D.‐S. Lim, C. 

Hyeon, W. D. Heo1 & T.‐Y. Yoon1 

Real‐time single‐molecule co‐immunoprecipitation analyses reveal cancer‐specific Ras signaling dynamics 

Nature Communications 4, 1505 (2013).   1 Corresponding author 

‐‐ Invited by Nature Protocols for contribution        ‐‐ Highlighted in more than 30 Korean newspapers and 

major media including KBS News 9, MBC News Desk and YTN News 

 

  

In this work, we reported single‐molecule version of the co‐immunoprecipitation analysis that allows 

application of single‐molecule imaging to endogenous, cellular proteins. Based on this work, we are now 

developing a molecular diagnostics tool for targeted cancer therapy. 

 

 

 

Page 7: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

[9] H.‐K. Lee, Y. Yang, Z. Su, C. Hyeon, T.‐S. Lee, H.‐W. Lee, D.‐H. Kweon, Y.‐K. Shin1 & T.‐Y. Yoon1 

Dynamic Ca2+‐Dependent Stimulation of Vesicle Fusion by Membrane‐Anchored Synaptotagmin 1 

Science 328, 760 (2010).   1 Corresponding author 

‐‐ Selected as Editors’ choice        ‐‐ Selected as 2011 100 Outstanding Research Achievements funded by the 

Korean government (Selected as one of the Top 5 achievements, First placed in the basic science discipline) 

 

  

This work reports the first in vitro reconstitution of the fusogenic function of Synaptotagmin, which is the 

main Ca2+ sensor of presynaptic fusion. 

 

SELECTED PRESENTATIONS (during the last two years) 

Plenary lecture at 18th Biophysics Conference and Annual Meeting of the Biophysics Society of ROC (Academia 

Sinica, Taipei, June 29, 2013) 

Invited talk at Frontiers in Membrane Protein Structural Dynamics 2014 (University of Chicago, May 7, 2014) 

Invited talk at Gordon Research Conference on Single‐Molecule Approaches to Biology (Lucca, July 14, 2014) 

Invited talk, Frontier in Biological Science Seminar series (Tsinghua University, Beijing, Oct. 8, 2014) 

Invited talk, Blue Ribbon Lecture of Korean Society of Molecular and Cellular Biology (January 22, 2015) 

Invited talk, Yonsei Nobel Forum 2015 for Dr. Randy W. Schekman (May 28, 2015) 

Invited  talk,  Inaugural  Gordon  Research  Conference  on  Membrane  Protein  Folding  (Bentley  University, 

Waltham, USA, June 21‐26, 2015) 

Invited talk, DGIST Global Innovation Festival (DGIF) 2015 (November 19, 2015) 

Plenary talk, 2016 Annual Meeting of Korean Society for Structural Biology (July 4, 2016) 

Invited talk, Third International Symposium on Protein Folding and Dynamics (November 10, 2016, Bangalore, 

India) 

Organizer,  1st  Korea‐Japan  Joint  Symposium on  Single‐Molecule  Biophysics  (November 26,  2016,  Tsukuba, 

Page 8: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

Japan) 

Invited talk, 31st Annual Symposium of the Protein Society (to be July 24‐27, 2017, Montreal, Canada) 

 PUBLICATIONS 

[44] J.‐K. Ryu, S. J. Kim, S.‐H. Rah, J. I. Kang, H. E. Jung, D. Lee, H.‐K. Lee, J.‐O. Lee, B. S. Park, T.‐Y. Yoon1 & H. 

M. Kim1 

Reconstruction of LPS Transfer Cascade Reveals Structural Determinants within LBP, CD14, and TLR4‐MD2 for 

Efficient LPS Recognition and Transfer 

Immunity 46, 38 (2016). 1 Corresponding author 

 

[43] J. Yoo, T.‐S. Lee, B. Choi, M. J. Shon & T.‐Y. Yoon 

Observing Extremely Weak Protein‐Protein Interactions with Conventional Single‐Molecule Fluorescence 

Microscopy 

JACS (communication) 138, 14238 (2016). 

 

[42] T.‐S. Lee, J.‐Y. Lee, J. W. Kyung, Y. Yang, S. J. Park, S. Lee, I. Pavlovic, B. Kong, Y. S. Jho, H. J. Jessen, D.‐H. 

Kweon, Y.‐K. Shin, S. H. Kim1, T.‐Y. Yoon1 & S. Kim1 

Inositol Pyrophosphates Inhibit Synaptotagmin‐Dependent Exocytosis 

PNAS 113, 8314 (2016). 1 Corresponding author 

‐‐Recommended in F1000.com 

 

[41] J. Kim, H. Kang, J. Park, W. Kim, J. Yoo, N. Lee, J. Kim, T.‐Y. Yoon & G. Choi 

PIF1‐interacting transcription factors and their binding sequence elements determine the in vivo targeting 

sites of PIF1 

Plant Cell, Advance online publication. 

 

[40] J.‐K. Ryu, R. Jahn1 & T.‐Y. Yoon1 

Progresses in understanding NSF‐mediated disassembly of SNARE complexes 

Biopolymers 105, 518 (2016).   

‐‐Invited review 

‐‐Special Issue for GTP and ATP Hydrolysis in Biology, edited by Alfred Wittinghofer 1 Corresponding author 

 

[39] D. Min, R. E. Jefferson, J. U. Bowie1 & T.‐Y. Yoon1 

Mapping the energy landscape for second stage folding of a single membrane protein 

Nature Chemical Biology 11, 981 (2015). 1 Corresponding author 

‐‐ Featured in more than 10 media worldwide including Phys.org, EureaAlert! and Science Daily 

 

[38] L. Zhang, Q. Feng, J. Wang, S. Zhang, B. Ding, Y. Wei, M. Dong, J.‐Y. Ryu, T‐.Y. Yoon, X. Shi, J. Sun, & X. 

Jiang   

Microfluidic Synthesis of Hybrid Nanoparticles with Controlled Lipid Layers: Understanding Flexibility‐

Page 9: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

Regulated Cell‐Nanoparticle Interaction 

ACS Nano 9, 9912 (2015). 

 

[37] J.‐K. Ryu, D. Min, S.‐H. Rah, S. J. Kim, Y. Park, H. Kim, C. Hyeon, H. M. Kim, R. Jahn1 & T.‐Y. Yoon1 

Spring‐loaded unraveling of a single SNARE complex by NSF in one round of ATP turnover 

Science 347, 1485 (2015). 1 Corresponding author 

‐‐ Featured in more than 30 media worldwide including EurekAlert!, ScienceDaily and PhysOrg 

 

[36] W. Bae, K. Kim1, D. Min, J.‐K. Ryu, C. Hyeon & T.‐Y. Yoon1 

Programmed folding of DNA origami structures through single‐molecule force control 

Nature Communications 5, 5654 (2014). 1 Corresponding author 

 

[35] J. Y. Ryu, I. T. Song, K.H.A. Lau, P. B. Messersmith, T.‐Y. Yoon1, and H. Lee1 

New Anti‐fouling Platform Characterized by Single‐molecule Imaging 

ACS Applied Materials & Interfaces 6, 3553 (2014). 1 Corresponding author 

 

[34] Y. Lai, X. Lou, Y. Jho, T.‐Y. Yoon1 & Y.‐K. Shin1 

The synaptotagmin 1 linker may function as an electrostatic zipper that opens for docking but closes for 

fusion pore opening 

Biochemical Journal 456, 25 (2013).   1 Corresponding author 

 

[33] H.‐W. Lee, J. Y. Ryu, J. Yoo, B. Choi, K. Kim1 & T.‐Y. Yoon1 

Real‐time single‐molecule co‐immunoprecipitation of weak protein‐protein interactions 

Nature Protocols 8, 2045 (2013). (Invited contribution) 1 Corresponding author 

 

[32] W. Bae, M.‐G. Choi, C. Hyeon1, Y.‐K. Shin1 & T.‐Y. Yoon1 

Real‐Time Observation of Multiple Protein Complex Formation with Single‐Molecule FRET 

JACS (communication) 135, 10254 (2013).   1 Corresponding author 

‐‐ Featured in ASBMB today (American Society for Biochemistry and Molecular Biology) 

‐‐ Featured in JACS Select for “Protein Dynamics Simulation and Experiments” 

 

[31] D. Min, K. Kim, C. Hyeon, Y. H. Cho, Y.‐K. Shin1 & T.‐Y. Yoon1 

Mechanical unzipping and rezipping of a single SNARE complex reveals large hysteresis as force‐generating 

mechanisms 

Nature Communications 4, 1705 (2013). 1 Corresponding author 

‐‐ Recommended in F1000.com 

 

[30] H.‐W. Lee, T. Kyung, J. Yoo, T. Kim, C. Chung, J. Y. Ryu, H. Lee, K. Park, S. Lee, W. D. Jones, D.‐S. Lim, C. 

Hyeon, W. D. Heo1 & T.‐Y. Yoon1 

Page 10: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

Real‐time single‐molecule co‐immunoprecipitation analyses reveal cancer‐specific Ras signaling dynamics 

Nature Communications 4, 1505 (2013).   1 Corresponding author 

‐‐ Invited by Nature Protocols for contribution 

‐‐ Highlighted in more than 30 Korean newspapers and major media including KBS News 9, MBC News Desk 

and YTN News 

 

[29] S. Cho, J. Jang, C. Song, H. Lee, P. Ganesan, T.‐Y. Yoon, M. W. Kim, M. C. Choi, H. Ihee, W. D. Heo & Y. K. 

Park 

Simple super‐resolution live‐cell imaging based on diffusion‐assisted Förster resonance energy transfer 

Scientific Reports 3, 1028 (2013).   

 

[28] S. Heo, K. Kim, R. Christophe, T.‐Y. Yoon & Y.‐H. Cho 

Simultaneous detection of biomolecular interactions and surface topography using photonic force 

microscopy 

Biosensors and Bioelectronics 42, 106 (2013). 

 

[27] J. Diao, Y. Ishitsuka, H. Lee, C. Joo, Z. Su, S. Syed, Y.‐K. Shin, T.‐Y. Yoon & T. Ha 

A single vesicle‐vesicle fusion assay for in vitro studies of SNAREs and accessory proteins 

Nature Protocols 7, 921 (2012). 

 

[26] J.‐H. Kang, K. Kim, H.‐S. Ee, Y.‐H. Lee, T.‐Y. Yoon, M.‐K. Seo & H.‐G. Park 

Low‐power nano‐optical vortex trapping via plasmonic diabolo nanoparticles 

Nature Communications 2, 582 (2011). 

 

[25] M.‐H. Seo, T.‐S. Lee, E. Kim, Y. L. Cho, H.‐S. Park, T.‐Y. Yoon1 & H. S. Kim1 

Efficient Single‐Molecule Fluorescence Resonance Energy Transfer Analysis by Site‐Specific Dual‐Labeling of 

Protein Using an Unnatural Amino Acid   

Analytic Chemistry 83, 8849 (2011).   1 Corresponding author 

 

[24] T.‐Y. Yoon, D.‐H. Kweon & Y.‐K. Shin 

Chasing the Trails fo SNAREs and Lipids Along the Membrane Fusion Pathway (Invited Review) 

Current Topics in Membranes 68, 161 (2011). 

 

[23] C. Jeong, W.‐K. Cho, K.‐M. Song, C. Cook, T.‐Y. Yoon, C. Ban, R. Fishel & J.‐B. Lee 

MutS Switches Between Two Fundamentally Distinct Clamps during Mismatch Repair 

Nature Structural and Molecular Biology 18, 279 (2011). 

 

[22] Y. Yang, J. Y. Shin, J.‐J. Oh, C. H. Jung, Y. Hwang, S. Kim, J.‐S. Kim, K.‐J. Yoon, J.‐Y. Ryu, J. Shin, J. S. Hwang, 

T.‐Y. Yoon, Y.‐K. Shin & D.‐H. Kweon 

Dissection of SNARE‐driven membrane fusion and neuroexocytosis by wedging small hydrophobic molecules 

into the SNARE zipper 

PNAS 107, 22145 (2010). 

 

[21] H.‐K. Lee, Y. Yang, Z. Su, C. Hyeon, T.‐S. Lee, H.‐W. Lee, D.‐H. Kweon, Y.‐K. Shin1 & T.‐Y. Yoon1 

Page 11: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

Dynamic Ca2+‐Dependent Stimulation of Vesicle Fusion by Membrane‐Anchored Synaptotagmin 1 

Science 328, 760 (2010).   1 Corresponding author 

‐‐ Selected as Editors’ choice 

‐‐ Selected as 2011 100 Outstanding Research Achievements funded by the Korean government (Selected as 

one of the Top 5 achievements, First placed in the basic science discipline) 

 

[20] J. Diao, Z. Su, T.‐Y. Yoon, Y.‐K. Shin & T. Ha 

Single‐Vesicle Fusion Assay Reveals Munc18‐1 Binding to the SNARE Core is Sufficient for Stimulating 

Membrane Fusion 

ACS Chem. Neurosci. 1, 168 (2010). 

 

[19] Y. Na, T.‐Y. Yoon, S. Park, B. Lee & S.‐D. Lee 

Electrically Programmable Nematofluidics with a High Level of Selectivity in a Hierarchically Branched 

Architecture 

Chem. Phys. Chem. 11, 101 (2009). 

 

[18] J. Diao, T.‐Y. Yoon, Z. Su, Y.‐K. Shin & T. Ha 

C2AB: A molecular glue for lipid vesicles with a negatively charged surface 

Langmuir 13, 7717 (2009). 

 

[17] T.‐Y. Yoon1 & Y.‐K. Shin1   

Progress in understanding the SNARE function and its regulation (Invited Review) 

Cell. Mol. Life Sci. 66, 460 (2009). 1 Corresponding author 

 

[16] T.‐Y. Yoon1, X. Lu1, J. Diao1, T. Ha, & Y.‐K. Shin   

Complexin and Ca2+ stimulate SNARE‐mediated membrane fusion.   

Nature Structural and Molecular Biology 15, 707 (2008). 1 These authors equally contributed to this work. 

 

Before the Yoon Lab 

 [15] T.‐Y. Yoon1, B. Okumus1, F. Zhang1, Y.‐K. Shin & T. Ha 

From the Cover: Multiple intermediates in SNARE‐induced membrane fusion.   

Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103, 19731 (2006). 1 These authors equally contributed to this work. 

‐‐ Featured in This Week in PNAS 

‐‐ Featured in Commentary of PNAS (PNAS 103, 19611 (2006)) 

‐‐ Featured in News and Views of Nat. Struct. Mol. Biol. (Nat. Struct. Mol. Biol. 14, 13 (2007))   

 

[14] Y.‐T. Kim, J.‐H. Hong, T.‐Y. Yoon & S.‐D. Lee 

Pixel‐encapsulated flexible displays with a multifunctional elastomer substrate for self‐aligning liquid crystals. 

Applied Physics Letters 88, 263501 (2006). 

 

[13] T.‐Y. Yoon, C. Jeong, S.‐W. Lee, J. H. Kim, M. C. Choi, S.‐J. Kim, M. W. Kim & S.‐D. Lee 

Page 12: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

Topographic control of lipid‐raft reconstitution in model membranes.   

Nature Materials 5, 281 (2006). 

 

[12] C. Jeong, T.‐Y. Yoon, S.‐D. Lee, Y.‐G. Park & H. Kwon 

Patterning Process of Membrane‐Associated Proteins on a Solid Support with Geometrical Grooves.   

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 434, 297 (2005). 

[11] T.‐Y. Yoon, C. Jeong, J. H. Kim, M. C. Choi, M. W. Kim & S.‐D. Lee 

Spontaneous aggregation of lipids in supported membranes with geometrical barriers.   

Applied Surface Science 238, 299 (2004). 

[10] T.‐Y. Yoon, C. Jeong, S.‐J. Kim, C.‐J. Yu & S.‐D. Lee 

UNDULATION PATTERNS IN PATTERN FORMATION OF CHOLESTERIC LIQUID CRYSTALS AS WAVELENGTH‐CHANGING 

INSTABILITIES. 

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 413, 489 (2004). 

 

[9] J.‐H. Park, Y. Choi, T.‐Y. Yoon, C.‐J. Yu & S.‐D. Lee 

A self‐aligned multi‐domain liquid‐crystal display on polymer gratings in a vertically aligned configuration.   

Journal of the Society for Information Display 11, 283 (2003). 

[8] T‐Y. Yoon, J.‐H. Park, J. Sim & S.‐D. Lee 

Self‐formation of microdomains by the topographical and fringe field effects in a liquid crystal display with 

dielectric surface gratings. 

Applied Physics Letters 81, 2361 (2002). 

 

[7] T.‐Y. Yoon, C.‐J. Yu, W.‐J. Lee, J.‐S. Sim, J.‐H. Park & S.‐D. Lee 

Control of electric equi‐potential in a liquid crystal film on a grating surface. 

Opt. Mater. 21, 647 (2002). 

[6] Y.‐J. Cho, T.‐Y. Yoon, S.‐D. Lee & H.‐W. Rhee 

Laser Etchings on Polyimide Alignment Layers in Multi‐Domain VA Mode. 

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 377, 317 (2002). 

[5] T.‐Y. Yoon, J.‐H. Park, W.‐J. Lee & S.‐D. Lee 

Self‐Induced Array of Micro‐Domains in a Twisted Nematic Structure on a Surface Geometric Grating. 

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 375, 215 (2002). 

[4] J.‐H. Park, T.‐Y. Yoon, W.‐J. Lee & S.‐D. Lee 

Multi‐domain Liquid Crystal Display with Self‐Aligned 4‐Domains on Surface Relief Gratings of Photopolymer. 

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 375, 433 (2002). 

[3] T.‐Y. Yoon, H. Baac, & S.‐D. Lee 

Optical Properties of a Chiral Liquid Crystal in a Generalized Coupled Mode Formalism. 

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 371, 203 (2002). 

[2] T.‐Y. Yoon & S.‐D. Lee 

Analysis of the Optical Properties of a Helicoidal Liquid Crystal in a General Coupled Mode Formalism. 

Page 13: TY Yoon CV Short version with full publication recordsyoonlab.snu.ac.kr/TY Yoon_CV.pdf2014. 02 –2016.02 KAIST, Associate Professor with tenure ... Invited talk, Frontier in Biological

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 366, 387 (2001). 

 

[1] J.‐H. Lee, H.‐R. Kim, T.‐Y. Yoon & S.‐D. Lee 

Wavelength Selection in a Fabry‐Perot Filter with an Axially Aligned Nematic Liquid Crystal. 

Mol. Cryst. Liq. Cryst. 337, 19 (1999).