Aquifex/Hydrogenobacter

4Quimiolitotrofas (H2)

4Aerobias

4Termofílicas

Thermatoga...Thermotoga (único género descrito)

...aisló de sedimentos marinos geotermalmente

calentados

...anaerobio estricto (fermentador)

...crecimiento 55 a 90oC, óptimo a 80 oC

...lípidos especiales de largas cadenas de ácidos grasos

...filogenéticamente distanciado de otras bacterias

Bacterias Verde NO-Sulfurosas

...grupo de Chloroflexus

...fenéticamente parecido a Bacterias verdes sulfurosa

(pigmentos, fisiología y estructura), pero

filogenéticamente NO

...incluye dos géneros de bacterias no fotosintéticas

(Herpetosiphon y Thermomicrobium )

...la naturaleza generalizada del caracter termofí lico de muchos

del grupo parece sugerir que este caracter es más

importante en definir su posición filogenética

Bacterias FOTOTROFICASBacterias Verde NO-Sulfurosas

4 Bacterioclorofilas a y c4 Aparato fotosintético parcialmente localizado en

clorosomas cuando crecen anaeróbicamente4 Donante de electrones: variedad de azúcares,

amino ácidos y otros orgánicos4 Tipo fotosíntesis: anoxigénica4 Fotoheteroorganotrofos, fotoautotrofos (en

ocasiones) y quimiorganotrofos (cuando crecenaeróbicamente en la oscuridad)

4 Motilidad por desplazamiento (Gliding)4 53-55 %GC

Bacterias Verdes-Sulfurosas

...fototróficas

...Chlorobium (no mótiles), Chloroherpeton

(motilidad por desplazamiento)

...pigmentos únicos y clorosomas (asimilación de

luz)

Géneros principales de bacterias púrpuras “fotosintéticas”*

Alfa:Rhodospirillum*, Rhodopseudomonas*, Rhodobacter*,Rhodomicrobium*, Rhodovulum*, Rhodopila*, Rhizobium,Nitrobacter, Agrobacterium, Aquaspirillum,Hyphomicrobium, Acetobacter, Gluconobacter,Beijerinckia, Paracoccus, Pseudomonas (algunas especies)

Beta:Rhodocyclus*, Rhodoferax*, Rubrivivax*, Spirillum,Nitrosomonas, Sphaerotilus, Thiobacillus, Alcaligenes,Pseudomonas, Bordetella, Neisseria, Zymomonas

Gamma:Chromatium*, Thiospirillum* y otras bacterias púrpurassulfurosas*, Beggiatoa, Leucothrix, bacterias entéricas,Legionella, Azotobacter, especies de Pseudomonasfluorescentes, Vibrio

Delta:Myxococcus, Bdellovibrio, Desulfovibrio y otras bacteriasreductoras de azufre, Desulfuromonas

Epsilon:Thiovulum, Wolinella, Campylobacter, Heliobacter

*Mas allá del nombre, la moyoría de estas bacterias no son fotosintetizadoras.Se incluye un asterístco (*) al final del nombre de representantes fototrofos .

Bacterias FOTOTROFICASBacterias púrpura sulfurosas4 Bacterioclorofilas a ó b.4 Aparato fotosintético contenido en complejos

membranosos esféricas o laminales contínuoscon la membrana plasmática.

4 Donante de electrones: H2, H2S, S.4 Tipo fotosíntesis: anoxigénica.4 Deposición de S; dentro de la célula.4 Anaerobios obligados.4 Fotolitotrofos.4 Mótiles con flagelo polar; algunos tienen flagelos

peritríqueo.4 45-70 %GC

Bacterias fototróficas

4Bergey’s Manual of SystematicBacteriology. Sección 18, Volumen 3:1635-1709.

Deinococales

...dos géneros principalmente descritos:

a. Deinococcus: gram positiva y altamente resistentes

a radiación

b.Thermus: gram negativa, heterotrofa, termofílica

...pared celular atípica que contiene ornitinina

en vez de ácido diaminopimélico en el

peptidoglícano

Deinococcus

Usualmente esféricas(pares/tétradas); no- mótiles niformadores de esporas; grampositiva; altamente resistentes aradiación ionizante y UV;respiradores aerobiosquimiorganotrofos; contienenmembrana externa.

Thermus

40.5-0.8 µm X 5-10 µm; filamentos de 20-200 µm bajo ciertas condiciones decrecimiento; no mótiles ni esporas; Gramnegativas, usualmente pigmentadas;aerobios; 70-75 oC; GC 61-71%.

4Thermus aquaticus (“Type culture” aisladode “hots springs”)(Brock & Freeze, 1969).

Espiroquetas

...Spirochaeta, Borrelia, Treponema, Leptospira, Cristispira.

...vividores libres o asociados a hospederos (patógenos ).

Morfología helical, gram negativo, mótiles, 0.1-3.0 µm X

5-250 µ m, unicelulares (quizá s una excepción

[Spirochaeta plicatilis]). Multicapas membranosas

(envoltura externa). Flagelo periplásmico ( filamentos

axiales); 2-100/célula.

Quimiorganotrofos: carbohidratos, amino ácidos, ácidos

grasos (fuentes de carbono); anaerobios

(fermentación), facultativos y aerobios. GC: 25-65%.

Características Spirochaeta Crisispira Treponema Borrelia LeptospiraVividor libreAsociado a hospederoAerobio obligadoAnaerobio obligadoFacultativo anaerobioFuente deenergía/carbono: Carbohidratos Amino ácidos Acidos grasos largosMol% GC

+--++

+--

51-65

-+

-+-+-

++-

25-54

-++--

+

+++--

--+

35-53

Bacterias Verdes-Sulfurosas

...fototróficas

...Chlorobium (no mótiles), Chloroherpeton

(motilidad por desplazamiento)

...pigmentos únicos y clorosomas (asimilación de

luz)

Bacterias FOTOTROFICASBacterias Verde-Sulfurosas

4 Bacterioclorofilas a, más c, d, y e4 Aparato fotosintético parcialmente localizado en

clorosomas que están independiente de lamembrana plasmática

4 Donante de electrones: H2, H2S, S4 Tipo fotosíntesis: anoxigénica4 Deposición de S; fuera de la célula4 Anaerobios obligados4 Fotolitotrofos4 No-mótiles, algunas con vacuolas de gas4 48-58 %GC

Bacteroides/Flavobacterias

...gram negativas

...dos linajes:

a. Bacteroides y Fusobacterium, anaerobios

estrictos, principalmente bacilos fermentadores

b.Flavobacterium: Cyrophaga, Flexibacter,

Sporocytophaga y Saprospira, principalmente

respiradores aerobios, bacilos o filamentosos,

motilidad por desplazamiento

Planctomycetos

...Planctomyces y Pirella

...reproducción por gemación

...no tienen pared celular de peptidoglícano

...pared celular compuesta por proteínas

...aerobios

...requieren medios diluídos para crecer

…típicas de ambientes acuáticas

Clamidias

...hasta hoy, consiste de especies parasíticas

intracelulares obligadas (evolución

degenerativa)

... pared celular tipo Gram negativo, pero no

de peptidoglícano

...Chlamydia spp.

…enfermedades sexualmente transmitidas o

patógenos aéreos

…tiempos de generación de 2 a 3 horas

Bacterias Gram Positivo

...cocos y bacilos (con excepción deDeinococcus, este es un grupofilogené ticamente coherente)

...incluye formadores de endoesporas, bacteriasácido lácticas , la mayoría de los cocosaerobios y anaerobios, corineformes,actinomicetos y la mayoría de lasmicoplasmas quienes están relacionadas aClostridium, pero sin pared celular

...Heliobacterias, fotosinté ticas

Géneros principales de bacterias gram positivas

Grupo de bajo contenido de GC: Clostridium y relativosClostridium, Bacillus, Thermoactinomyces, Sporosarcina,Acetobacterium, Streptococcus, Peptococcus,Lactobacillus, Staphylococcus, Ruminococcus,Mycoplasmas, Acholeplasma, Spiroplasma

Grupo de alto contenido de GC: ActinomicetosActimyces, Bifidobacterium, Propionibacterium,Streptomyces, Nocardia, Actinoplanes, Arthrobacter,Corynebacterium, Mycobacterium, Micromonospora,Frankia, Cellulomonas, Brevibacterium

Subdivisión fotosintética:Heliobacterium, Heliospirillum, Heliobacillus

Glycolípidos en las Mycobacterias

Cianobacterias

...actualmente se agrupan principalmente por

caracteres morfológicas

...filamentosas y ramificadas (filogenéticamente

coherente)

...unicelulares ( filogenéticamente diversas)

...algunas forman heterocistos (fijación de N2)

…algunas producen akinetos

...algunas almacen un polímero de asp-arg

(cianoficinas)

...posiblemente precursores de plastidio eucariota

Cianobacterias...actualmente se agrupan principalmente por

caracteres morfológicas

...filamentosas y ramificadas (filogenéticamente

coherente)

...unicelulares ( filogenéticamente diversas)

...algunas forman heterocistos (fijación de N2)

…algunas producen akinetos

...algunas almacen un polímero de asp-arg

(cianoficinas)

...posiblemente precursores de plastidio eucariota

Grupo GéneroGrupo IUnicelulares; célulassencillas o agregadoscelulares

Grupo IIPleurocapsalean; sereproducen formandopequeñas células esféricasllamadas baeocitosproducidos por fisiónbinaria múltiple

Grupo IIIOscillatorian; filamentosasque se dividen en un planosencillo por fisión binaria

Grupo IVNostocalean; célulasfilamentosas que producenheterocistos

Grupo VRamificadas; las células sedividen formandoramificaciones

Gleothece, Gloeobacter,Synechococcus, Cyanothece,Gleocapsa, Synechocystis,Chamaesiphon

Dermocarpa, Xenococcus,Dermocarpella, Pleurocapsa,Myxosarcina, Chroococcidiopsis

Oscillatoria, Spirulina, Arthrospira,Lyngbya, Microcoleus,Pseudanabaena

Anabaena, Nostoc, Calothrix,Nodularia, Cylinodrosperum,Scytonema

Fischerella, Stigonema,Chlorogloeopsis, Hapalosiphon

Proteobacterias

...el grupo fisiológico más diverso

...consiste de cinco subdivisiones reconocidas:

alfa, beta, gamma, delta y epsilon

...organotrofos y litotrofos

Géneros principales de bacterias púrpuras “fotosintéticas”*

Alfa:Rhodospirillum*, Rhodopseudomonas*, Rhodobacter*,Rhodomicrobium*, Rhodovulum*, Rhodopila*, Rhizobium,Nitrobacter, Agrobacterium, Aquaspirillum,Hyphomicrobium, Acetobacter, Gluconobacter,Beijerinckia, Paracoccus, Pseudomonas (algunas especies)

Beta:Rhodocyclus*, Rhodoferax*, Rubrivivax*, Spirillum,Nitrosomonas, Sphaerotilus, Thiobacillus, Alcaligenes,Pseudomonas, Bordetella, Neisseria, Zymomonas

Gamma:Chromatium*, Thiospirillum* y otras bacterias púrpurassulfurosas*, Beggiatoa, Leucothrix, bacterias entéricas,Legionella, Azotobacter, especies de Pseudomonasfluorescentes, Vibrio

Delta:Myxococcus, Bdellovibrio, Desulfovibrio y otras bacteriasreductoras de azufre, Desulfuromonas

Epsilon:Thiovulum, Wolinella, Campylobacter, Heliobacter

*Mas allá del nombre, la moyoría de estas bacterias no son fotosintetizadoras.Se incluye un asterístco (*) al final del nombre de representantes fototrofos .

Bacterias FOTOTROFICASBacterias púrpura sulfurosas4 Bacterioclorofilas a ó b.4 Aparato fotosintético contenido en complejos

membranosos esféricas o laminales contínuoscon la membrana plasmática.

4 Donante de electrones: H2, H2S, S.4 Tipo fotosíntesis: anoxigénica.4 Deposición de S; dentro de la célula.4 Anaerobios obligados.4 Fotolitotrofos.4 Mótiles con flagelo polar; algunos tienen flagelos

peritríqueo.4 45-70 %GC

Capítulo 100

Volumen II, Págs. 2111-2140.

The Prokaryotes

Introduction to the Proteobacterias.

Joz de Ley

Subdivisión Gamma

4Superfamilia I (rRNA)

4Superfamilia II (rRNA)

4Otros

Gamma: Superfamilia I (rRNA)

4Enterobacteriaceae (aprox. 25 géneros)

4Aeromonadaceae (1 género)

4Vibrionaceae (aprox. 30 spp.)

4Pasteurellaceae (aprox. 30 spp.)

4 Otros: Colwellia (barofílicos obligados), Alteromonas(aerobios, quimiorganotrofos que requieren agua marina),Ruminobacter (pequeño bacilo, anaerobio estrictofermentador dependiente de succinato).

…superfamilia I (rRNA)

Relativamente pequeños bacilos rectos oencurvados (0.2-1.5 X 0.3-3.5, hasta 6 µm)o cocoides (Pasteurellaceae); no formanesporas ni microquistes; muchos requierenfactores de crecimiento (vitaminas, aminoácidos, etc.); quimioorganotrofos; mayoríaaerobios y/o fermentadores; variospatógenos humanos: salmonellosis,shigellosis, plaga, cólera, varias formas dediarreas y gastroenteritis, conjuntivitis …

Gamma: Superfamilia II (rRNA)

4Pseudomonas (“versión original”; desde el 1894,bacilos aerobios, Gram negativos, con flagelos polares)

4Marinomonas4Halomonadaceae (bacilos aerobios halofílicos

moderados y quimioorganotrofos; Halomonas, Deleya)

4Oceanospirillum4Azotobacter, Azomonas (fijadores libres de N2)

4Acinetobacter, Moraxella, Psychrobacter,Xanthomonas

…superfamilia II (rRNA)

Comunes en suelo, agua y ambientesmarinos; algunos patógenos oportunistas opatógenos de plantas, animales y humanos(aunque usualmente no son tan letales comorRNA Tipo I); casi todos aerobios estrictos.

…superfamilia II (rRNA)

4 Legionella (causantes de pneumonía humana)

4 Francisella (causante de tularemia en humanos yanimales)

4 Cardiobacterium (bacilos facultativos, fermentanglucosa a ác. láctico, flora nativa de la cavidadoral, nasal faringe.

4 Bacterias fototróficas: Chromatiaceae

4 Oxidadoras-S, “colorless”: Beggiatoa, Leucothrix

4 Methylomonas (Oxidadoras de metano)

Beta: Superfamilia III (rRNA)

4 Familia Neisseriaceae

4 Género Chromobacterium (facultativos “violetas”)

4 Aquaspirillum

4 Alcaligenaceae

4 Thiobacillus

4 Nitrosomonas y oxidadores de amonia a nitrito)

4 Metanotróficos obligados

4 Otros

…Superfamilia III (rRNA)

Superfamilia extremadamente heterogénea,algunas fototrofas y quimiolitotrofas; lamayoría son quimiorganotrofas que nofermentan; muchas de suelo y agua.

Alfa: Superfamilia IV (rRNA)

4 Muy heterogénea, muchos fototrofos (familiaRhodospirillaceae), quimiolitotrofos yquimiorganotrofos

4 Agrobacterium, Rhizobium, Acetobacter,Zymomonas

4 Beijerinckia, Azorhizobium, Bradyrhizobium,Xanthobacter, Rhodopseudomonas, Nitrobacter,Blastobacter

4 Bacterias con prosteca y gemadoras:Hyphomicrobium, Caulobacter

Subdivisión Delta

4Bacterias reductoras de S:Desulfotomaculum, Desulfovibrio,Desulfuromonas, etc.

4Bdellovibrio

4Myxococcales (quimioorganotrofosaerobios, “gliding motility”, generalmentepigmentados, unicelulares o agregados,forman cuerpos fructíferos y producenmyxoesporas o myxoquistes.

Bdellovibrio

Subdivisión Epsilon

4Bacilos Gram negativos; bacilos, vibroideso helicales.

4Un Orden: Campylobacterales4Dos familias: Campylobacteraceae &

Helicobacteraceae4Microaerofílicos y mótiles4No patógenos humanos; C. fetus causante

de enfermedades reproductivas y abortos enobejas y ganado

…diversidad biológica

4Diversidad morfológica4Diversidad fisiológica4Diversidad metabólica4Diversidad mecanismos de locomoción4Diversidad mecanismos de resistencia a

condiciones adversas4Diversidad estilos de vida4Diversidad mecanismos de reproducción

Number of species Material held in culturecollections

Group Known Estimated Totalnumber

Knownspecies

(%)

Estimatedspecies

(%)

Algae

Fungi

Prokaryotes

Viruses

40,000

69,000

4,204

5,000

60,000

1,500,000

40,000 to

3,500,000

130,000

1,600

11,500

2,300

2,200

4.0

16.7

54.7

44.0

2.6

0.8

0.07 to 5.8

1.7

Canhos & Manfio (2000). Applied Microbial Systematics. Kluwer Academic Pub.

Otros “web sites”

• Sobre filogenia:

4RDP, www.cme.msu.edu/RDP

4Species 2000, www.sp2000.org

4Tree of life,phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.html

Nomenclatura:

4List of bacterial names with standingnomenclature: www-sc.cict.fr/bacterio/

4Latin names (guidelines):www.bdt.org.br/bdt/about/truper/

Otros “Databases”:

4Pendiente