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20161005-06 トーゴーの日シンポジウム GlytouCan-Partner · 2017-02-09 ·...
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⼭⽥⼀作1,松原正陽1,新町⼤輔2,⻘⽊ポール信⾏2,⽊下聖⼦2,成松久3
1)野⼝研究所 2)創価⼤学 3)産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループトーゴーの⽇シンポジウム2016 〜統合データベース、実りの時へ〜@東京⼤学弥⽣講堂 ⼀条ホール(東京都⽂京区),2016年10⽉5⽇(⽔)〜6⽇(⽊)
GlyTouCanPartner糖鎖データ連携のためのプログラム
ポスター番号:3410月6日(木)13:45〜15:05
要旨
GlyTouCanは国際糖鎖構造リポジトリです。本リポジトリを利⽤することにより、ユーザーは任意の糖鎖構造に対してグローバルに⼀意のアクセッション番号を割り当てることができます。登録できる糖鎖構造は単糖組成から様々な曖昧さを含む糖鎖、完全に構造の明確な糖鎖です。
糖鎖は分岐を含む複雑な化学構造であり、糖鎖研究では単糖の種類や結合位置が不明などの曖昧さを含む構造も利⽤される。我々は糖鎖構造を明確に す る た め 、 新 し い 糖 鎖 構 造 表 記 法 で あ るWURCS(PMID: 24897372)やGlyTouCan(国際糖鎖構造リポジトリ: https://glytoucan.org PMID: 26476458)を開発してきた。GlyTouCanは糖鎖構造に対してアクセッション番号を付与するとともに、糖鎖構造ハブとして様々なデータベースとの連携を進めている。このようなデータ
ベース連携のためのデータはGlyTouCan Partnerから提供される。GlyTouCan Partnerの⼀つであるG l y c o N A V I ( h t t p : / / g l y c o n a v i . o r g ) は、PDB(PMID: 14634627)やPubChem(PMID: 26400175)などの化学構造とGlyTouCanの糖鎖構造を橋渡しするデータをWURCSを利⽤することで提供している。本発表ではGlyTouCan PartnerによるGlyTouCanの利活⽤と糖鎖データの統合化について紹介する。
GlyTouCanpartnerのコンセプト
G00051MO
GlyTouCanEntryPage
Accessionnumber
LewisX
GlyTouCanh7ps://glytoucan.org
GlyTouCan partners provide glycan structure related information
G00051MO
GlyTouCanPartnerGlyTouCan:poster#36
Accessionnumber
GlyTouCanPartnerProgram
GlyTouCan Partner Programは、パートナーの組織・団体のデータベースエントリーとGlyTouCanのAccession Numberとの関係を登録するシステム• Java Client, REST, SOAP
Licensed under a Creative Commons 表示2.1日本 license (c)2016 山田一作(公益財団法人野口研究所)
ChemicalComponents
Sugars
データベース連携のための処理フロー例
A#:Accessionnumber
GlycoCTRES1b:…
GlycoCT
mmCIFData_!GOF#_entry.id
mmCIF
TSVIDAC#WURCS…
TSV
GlycoCTRES1b:…
GlycoCT
V2000xyz……><ID>G00051MO
CTFile
TSVSID,REGID,CID
CSV
ID
WURCSWURCS=…
WURCS
IDWURCS
WURCS=…
WURCS
A#
CTFileV2000xyz… IDs
IDs
Query
ID
A#A#
A#CID&SID
A#CID&SID
SPARQLEndpoint
A#
GlyTouCanClientCLI(GTCC)API
CTFile
1. WURCS:theWeb3uniquerepresentaZonofcarbohydratestructures,JChemInfModel.2014Jun23;54(6):1558-66.PMID:24897372DOI:10.1021/ci400571e
2. GlyTouCan1.0--TheinternaZonalglycanstructurerepository,NucleicAcidsRes.2016Jan4;44(D1):D1237-42.PMID:26476458PMCID:PMC4702779DOI:10.1093/nar/gkv1041
3. CTfileformats(MDLMOLfile),[h7p://accelrys.com/products/collaboraZve-science/biovia-draw/clile-no-fee.html]
4. AnnouncingtheworldwideProteinDataBank,NatStructBiol.2003Dec;10(12):980.PMID:14634627DOI:10.1038/nsb1203-980
5. PubChemSubstanceandCompounddatabases,NucleicAcidsRes.2016Jan4;44(D1):D1202-13.PMID:26400175PMCID:PMC4702940DOI:10.1093/nar/gkv951
6. TheFiohACGG-DBMeeZngReport:TowardsanInternaZonalGlycanStructureRepository,Glycobiology(2013)23(12):1422-1424.DOI:10.1093/glycob/cwt084
参考⽂献
謝辞糖鎖構造情報について川嵜敏祐先⽣、Matthew Campbell先⽣、René Ranzinger先⽣のデータを利⽤させて頂き、奥⽥修⼆郎先⽣、Evan Balton先⽣、⾦城玲先⽣には貴重な助⾔とアドバイスを頂きました。⼼より感謝いたします。 本研究は、国⽴研究開発法⼈科学技術振興機構(JST)・バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)により実施されているライフサイエンスデータベース統合推進事業における「統合化推進プログラム」の助成により実施しました。
WhatdoesGlyTouCanPartnerprovide?
Species• Taxon name • Taxonomy ID
… LinktoNCBItaxonomy
Literature• PMID
...• LinktoNCBIPubMedEntry
ExternalID• BCSDB• GlycoEpitope• GlycomeDB• UniCarbKB
...LinktoPartnerEntry
ExternalID• PubChemCID• PubChemSID• PDBe,PDBjRCSBPDB• PDBchemicalcomponent
...LinktoexternalDBEntry
GlyTouCanEntry
Licensed under a Creative Commons 表示2.1日本 license (c)2016 山田一作(公益財団法人野口研究所)
データ形式変換
WURCSFramework(WFW):poster#35
WFW
GlycoCTCTFile
WURCSmmCIF
CTFile
TSV CSV