BLAST: Guía rápida

BLAST

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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

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Diversas versiones de BLAST

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BLASTN

Query sequence:

Database:

Typical uses:

Nucleotide

1.- Mapping oligonucleotides, cDNA and PCR productos to a genome

2.- Screening repetitive elements

3.- Cross-species sequence exploration

Nucleotide

4.- Annotation of genomic DNA

5.- Clustering sequence reads

6.- Vector clipping

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BLASTP

Query sequence:

Database:

Typical uses:

Protein

1.- Identifying common regions between proteins

2.- collecting related proteins for phylogenetic analysis

Protein

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BLASTX

Query sequence:

Database:

Typical uses:

Nucleotide translated into protein (6)

1.- Finding protein-coding genes in genomic DNA

2.- Determining if a cDNA corresponds to a known protein

Protein

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TBLASN

Query sequence:

Database:

Typical uses:

Nucleotide translated into protein (6)

1.- Identifying transcripts, potentially from multiple organisms, similar to a given protein

2.- Mapping a protein to genomic DNA

Protein

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TBLASX

Query sequence:

Database:

Typical uses:

Nucleotide translated into protein (6)

1.- cross-species gene prediction, at the genome or transcript level

2.- Searching for genes missed by traditional methods or not yet in protein databases

Nucleotide translated into protein (6)

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Página principal de BLAST

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¿ Para qué sirve BLAST ?

BLAST compara una secuencia problema (query sequence) con todas las secuencias de una base de datos para encontrar regiones de

similitud local. Al mismo tiempo calcula la significancia estadística de cada resultado

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Basic Local Alignment Search Tool

― Es la herramienta de software más importante de la Bioinformática porque:

1.- La comparación de secuencias es una poderosa herramienta para obtener información a partir de secuencias desconocidas

2.- Es rápida

3.- Es fiable, tanto por la solidez de su análisis estadístico como por el grado de desarrollo del software

4.- Es flexible, permite comparar secuencias en múltiples escenarios

5.- Es una herramienta consolidada y de uso generalizado: cualquier persona con un ordenador conectado a Internet la puede utilizar

Características de BLAST

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¿ Cómo se hace una búsqueda con BLAST ?

Para hacer una búsqueda con BLAST:

1.- Escoge el programa BLAST adecuado

2.- Introduce la secuencia problema

3.- Selecciona la base de datos

4.- Selecciona la versión del programa

5.- Selecciona los parámetros de búsqueda

6.- Inicia la búsqueda

7.- Analiza los resultados de la búsqueda

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1.- Escoge el programa BLAST adecuado

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Formulario de búsqueda en BLAST

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2.- Introduce la secuencia problema

1.- Teclea la secuencia completa

2.- Pega un fichero en formato FASTA

3.- Introduce el identificador de la secuencia

OpcionesOpciones

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3.- Selecciona la base de datos

OpcionesOpciones

1.- Selecciona un organismo

2.- Introduce uno o varios términos para limitar la búsqueda

Botones de ayuda

Menú desplegable para seleccionar la base de datos

donde se va a buscar

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4.- Selecciona una versión del programa (blastp)

1.- blastp (protein-protein BLAST)

2.- PSI-BLAST

3.- PHI-BLAST

OpcionesOpciones

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1.- megaBLAST

2.- discontiguous megaBLAST

3.- blastn

OpcionesOpciones

4.- Selecciona una versión del programa (blastn)

BLAST: Guía rápida

5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda

― Utiliza los parámetros que aparecen por defecto

― La selección de los parámetros condiciona notablemente los resultados de la búsqueda

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6.- Inicia la búsqueda

BLAST: Guía rápida

La búsqueda se está realizando…

BLAST: Guía rápida

Página con los resultados de la búsqueda

Se puede cambiar el formato de presentación

de los resultados

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Cambiar el formato de los resultados de la búsqueda

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― La página con los resultados de BLAST contiene la siguiente información:

La página de los resultados de BLAST

1.- El encabezamiento

2.- Gráficos: Alineamientos y árboles filogenéticos

3.- Listado de hallazgos (hits)

4.- Alineamientos detallados (todos)

5.- Pie de página (parámetros de búsqueda, estadísticas)

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7.- Resultados de la búsqueda: el encabezamiento

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7.- Resultados de la búsqueda: gráficos

Alineamientos encontrados

NOVEDADES

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7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

BLAST: Guía rápida

7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

BLAST: Guía rápida

7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

BLAST: Guía rápida

7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

BLAST: Guía rápida

7.- Resultados de la búsqueda: estructuras relacionadas

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7.- Resultados de la búsqueda: listado de “hits”

Enlaces a la base de datos de proteínas Enlaces a

bases de datos de estructuras 3D o de genes

Ir al alineamiento

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7.- Resultados de la búsqueda: alineamientos

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7.- Resultados de la búsqueda: pie de página