Zoeken in Pubmed

Marianne van der Heijden

Bureau Andromeda

5 november 2002

Andromeda

Adviesbureau voor bibliotheek en informatieInternetcursussen voor medisch

bibliothecarissenPubmedcursussen voor (para) medici Advisering bij samenwerking op Internet op

Europese en internationale schaal http://www.bureau-andromeda.nl

Internet == Bibliotheek

A good description of the World Wide Web ...

"It's as if the Library of Congress had exploded in midair. There's all kinds of information strewn over the countryside, approximately laid out according to its logical relationship. If you want a particular piece of information, it's probably not there, although some corpuses of data have landed intact. And the professional librarians haven't arrived yet to sort out the mess..." From: David Brooks on the WWW.

Internet =/= Bibliotheek

Waarom is Internet niet om te zoeken?

de selectie de meta-informatiehet opsporen van informatie

Zoeken naar

Known item exact antwoord te geven b.v. adres, exacte naam van een geneesmiddel

Onderwerpsgericht geen exact antwoord mogelijk b.v. nieuwste data over toepassing van een

middel

Zoeken via

Webgids een internet directory, handmatig ingedeeld via boomstructuur, doorwandelen via

hyperlinks ook verzameling links

Zoekmachine een database ingericht door robotje woord matching, ranking van resultaat

Webgidsen

Yahoo http://www.yahoo.com

WWW Virtual Library http://vlib.org/Medicine.html

Startpagina http://start.pagina.nl + dochters

NL-menu http://www.nl-menu.nl

GG -paginahttp://geestelijke-gezondheidszorg.pagina.nl/

Zoekmachines

Alta Vista http://www.altavista.nl

Google http://www.google.com

Vindex http://www.vindex.nl

Ilse http://www.ilse.nl

Conclusies werkgroep Information Retrieval Tools

Internet search engines: conclusions of our research

Search engines differ in depth of indexing. Search engines make mistakes:

They are subject to changes in indexing policy. (“indexing fluctuations”) They forget documents completely (“document fluctuations”) They miss documents in their result sets (“element fluctuations”).

Internet search engines: recommendations related to fluctuations

Fluctuations are “normal”; do not be surprised; do not worry. Do not try to find a simple explanation to fully understand what happens. Known item searchers should repeat the search

when using an engine with many element fluctuations; use other search terms when using an engine with many document fluctuations: repeat later.

http://www.cwi.nl/cwi/projects/IRT/

Problemen met zoekmachines

alle zoekmachines omvatten slechts een fractie van het totale WWW

binnen het door de zoekmachine geïndexeerde deel wordt ongeveer eenderde van de te vinden sites ook daadwerkelijk gevonden

de zoekresultaten van een zoekmachine zijn over langere tijd genomen inconsistent

het duurt meestal maanden voordat een nieuwe site wordt geïndexeerd en nog langer voordat zogenoemde "dode" links verwijderd zijn

Medische gidsen en zoekmachines

MedHunt http://www.hon.ch/MedHunt/

Medical World Search http://www.mwsearch.com/

OMNI http://www.omni.ac.uk - browse -meshDutchess http://www.kb.nl/dutchess.ned/ bladeren

- 44 e.v.

Zoekstrategie

Stap 1: soort (bibliografisch, statistisch, opinie)

Stap 2: medium (handboek,, Medline, Internet)

Stap 3: bron (WWW, FAQ, nieuwsgroep)

Stap 4: formulering (synoniemen, spelling)

Stap 5: klaar voor start (download, kladblok)

Stap 6: evaluatie (waardering, opslaan strategie)

Zoekwijzer

begin een puur medische vraag in Medline, ga pas het Net op als u daar niets vinden kunt

zoek eerst in een 'portal' - site of medische zoekmachine voor u naar algemene zoekmachines gaat

begin een onderwerpsgerichte zoekvraag bij de website van een gerenommeerde instelling en kijk wat voor links zij aanbieden

PUBMED

www.Pubmed.org

PUBMED - MEDLINE - MEDLARS - INDEX MEDICUS

bibliografisch bestandverwijst naar tijdschriftartikelen

PUBMED onderdeel ENTREZ

Entrez databases van de NCBINLM en NIH onderdeel NCBIAmerikaanse overheid

[zwarte balk]

Zoeken in Pubmed

Direct intikken in zoekbalkGebruik van diverse browsersGebruik van opgeslagen zoekactiesInperking zoekactie door limitsZoeken via indexen op veldenCombineren van zoekresultaten

Zoekbalk

Databases op zwarte balkZoekvensterGrijze balk voor nadere informatie

Zijbalk

Blauwe balk aan zijkant

Toegang tot browsersBowsers =

zoekmachines van Pubmed

Hulp en Tutorial

Depressie

Details

Zoekvraag wordt automatisch gemapped

Kijk in Details tussen vierkante haken

gezocht als MeSH Terms en als Text Word

MeSH

Medical Subject HeadingsTrefwoordensysteem van de NLMTrefwoorden = MeSH terms worden

afzonderlijk en handmatig aan ieder artikel toegekend

MeSH terms zijn hiërarchisch gerangschikt in een boomstructuur

Depression

als Behavioral symptom

Lees Scope note, ev. Datum en let op boom

Let op! MeSH heeft aparte boom voor fysiologie en aparte voor pathologie

Depressive disorder

Onder Mental Disorders - Mood disorders

Heeft zelf ook onderverdelingen

zoals Depression, postpartum

Zoek op Depression + Depressive Disorder

Kies Depression in MeSH BrowserKies ADDKies Depressive Disorder in MeSH

BrowserKies ADD and ANDSearch PUBMEDKijk naar Details, Sla URL op in Favorieten

Explode

Zoek in MeSH browser naar Depressive disorder

Kies voor Detailed DisplayKlik op Do not explode

Aspect

Via de MeSH browser kunt u ook aangeven welk aspect u belicht wilt zien

Zoek op Depression, postpartumKies voor Detailed Display en dan voor de

behandelingsaspecten (drug therapy, therapy)

Kies voor ADD en Search Pubmed

Alzheimer in MESH

Brain in MESH

Brain valt in de MESH onder de Anatomy Category

Brain diseases valt onder de Diseases category

History

Grijze balk kies voor HistoryOverzicht van zoekvragen genummerd #1, #2Combineren van zoekresultaten is mogelijk Booleaanse operatoren AND, OR, NOT

Combineer

Limits

Beperk uw zoekvraagDierproeven uitsluitenLeeftijdcategorie aangevenDatum limiet, bijv. laatste jaarPublicatietype[NB gebruik voor meta-analyses liever geen

limit, maar de clinical queries]

Indexen

Bijvoorbeeld zoeken op auteursnaamKlik op Preview/Index in grijze balkHelemaal onderaan kiest u het veld Author

Zoek in veld Author met index

Journal browser / databases

Journals openen

Klik onder LINKSKies PUBMEDEn alle artikelen uit dat tijdschrift worden

gezocht.

Bijvoorbeeld ook alles uit Cochrane Systematic Reviews

Clinical Queries

Zoekvraag kopiëren en via Clincal queries scherm invullen om systematic reviews, meta-analyses en clinical trials op te sporen

……. AND systematic[sb])

Zoekvraag bewaren

Via Details - URL Zoekvraag komt volledig in de locatiebalk van

uw browser Opslaan in een mapje onder Favorieten Alleen handig op dezelfde computer

Via Cubby Registreren (= gratis, maar je moet inloggen) Op iedere plek en tijd is de zoekvraag te herhalen

Cubby

Uitvoer/presentatie resultaat

Sort - Kies Sort by Date - Kies daarna DISPLAY

In plaats van Summary kunt u bijv. kiezen voor uitvoer in Medline formaat (tbv invoer in Reference manager)

Save als TEXTVink titels - Clip ADD - ook uit andere

resultaten toevoegen aan clipboard

Balk met uitvoer opties

Uitvoer = literatuurverwijzing

Bij sommige documenten is een link aanwezig naar het full text artikel

Niet altijd heeft u toegang tot full textTekst van sommige artikelen zijn niet full

text aanwezig

Dan artikel aanvragen

Tutorial