Web based Interface for biological data management
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DEVELOPPEMENT DrsquoUNE INTERFACE GRAPHIQUE
LOCAL WEB GUI FOR BLAST (LWBG) POUR LES
TRAITEMENTS DE DONNEES BIOLOGIQUES
Fida KHATER amp Abdoulaziz MOUSSA
03 mars 2012 - Journeacutee Portes Ouvertes agrave lUM2
Plan
Introduction
Etat de lrsquoart
Reacutesultats
Perspectives
BIO-INFORMATIQUE
- Enormes volumes de donneacutees heacuteteacuterogegravenes
- Manipulation des donneacutees difficiles
Poin
t F
ort
s le plus utiliseacute
prend en charge tout type de format
alignements tregraves rapides et bonne sensibiliteacute
Poin
ts f
aible
s
Temps de calcul trop important
interrogation des donneacutees indexeacutees par NCBI
une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des
outils en ligne optant ainsi pour une installation locale
Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes
utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences
Minimiser le temps de calcul
Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande
requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees
Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil
Poin
t F
ort
s
Poin
ts f
aible
s
1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera
mise en ligne bientocirct
2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices
3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales
4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques
Nucleacuteiques)
5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que
NCBI
6- Parsing des sorties blast
7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de
plateforme (linux MS-DOS MacOs)
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast
Makeblastdb
Local parser
Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
Local Web Gui for Blast
Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie
moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des
sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins
speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial
La formation sorganise en deux ans
Contact
Pr Vincent Berry vberrylirmmfr
Dr Alban Mancheron albanmancheronlirmmfr
httpwww2lirmmfrBIM
Lrsquouniversiteacute Montpellier II repreacutesenteacute par Mr Le directeur Gilles Halbout
Mr Le-Guennec
Nos enseignants du Master BIM et les responsables de cette formation
Et tous ceux qui ont contribueacutes de pregraves ou de loin agrave lrsquoavancement de ce projet
Remerciements
Contact
Fida Khater fidakhaterhotmailcom
Abdoulaziz Moussa abdoulazizmoussahotmailfr
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Introduction
Etat de lrsquoart
Reacutesultats
Perspectives
BIO-INFORMATIQUE
- Enormes volumes de donneacutees heacuteteacuterogegravenes
- Manipulation des donneacutees difficiles
Poin
t F
ort
s le plus utiliseacute
prend en charge tout type de format
alignements tregraves rapides et bonne sensibiliteacute
Poin
ts f
aible
s
Temps de calcul trop important
interrogation des donneacutees indexeacutees par NCBI
une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des
outils en ligne optant ainsi pour une installation locale
Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes
utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences
Minimiser le temps de calcul
Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande
requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees
Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil
Poin
t F
ort
s
Poin
ts f
aible
s
1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera
mise en ligne bientocirct
2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices
3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales
4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques
Nucleacuteiques)
5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que
NCBI
6- Parsing des sorties blast
7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de
plateforme (linux MS-DOS MacOs)
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast
Makeblastdb
Local parser
Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
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speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial
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alignements tregraves rapides et bonne sensibiliteacute
Poin
ts f
aible
s
Temps de calcul trop important
interrogation des donneacutees indexeacutees par NCBI
une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des
outils en ligne optant ainsi pour une installation locale
Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes
utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences
Minimiser le temps de calcul
Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande
requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees
Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil
Poin
t F
ort
s
Poin
ts f
aible
s
1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera
mise en ligne bientocirct
2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices
3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales
4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques
Nucleacuteiques)
5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que
NCBI
6- Parsing des sorties blast
7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de
plateforme (linux MS-DOS MacOs)
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Nucleotideblast
Makeblastdb
Local parser
Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques
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Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
Local Web Gui for Blast
Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie
moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des
sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins
speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial
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alignements tregraves rapides et bonne sensibiliteacute
Poin
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aible
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Temps de calcul trop important
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outils en ligne optant ainsi pour une installation locale
Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes
utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences
Minimiser le temps de calcul
Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande
requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees
Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil
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t F
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s
Poin
ts f
aible
s
1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera
mise en ligne bientocirct
2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices
3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales
4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques
Nucleacuteiques)
5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que
NCBI
6- Parsing des sorties blast
7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de
plateforme (linux MS-DOS MacOs)
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Nucleotideblast
Makeblastdb
Local parser
Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
Local Web Gui for Blast
Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie
moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des
sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins
speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial
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Lrsquouniversiteacute Montpellier II repreacutesenteacute par Mr Le directeur Gilles Halbout
Mr Le-Guennec
Nos enseignants du Master BIM et les responsables de cette formation
Et tous ceux qui ont contribueacutes de pregraves ou de loin agrave lrsquoavancement de ce projet
Remerciements
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une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des
outils en ligne optant ainsi pour une installation locale
Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes
utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences
Minimiser le temps de calcul
Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande
requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees
Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil
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s
1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera
mise en ligne bientocirct
2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices
3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales
4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques
Nucleacuteiques)
5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que
NCBI
6- Parsing des sorties blast
7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de
plateforme (linux MS-DOS MacOs)
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Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
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Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
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Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie
moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des
sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins
speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
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1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera
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4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques
Nucleacuteiques)
5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que
NCBI
6- Parsing des sorties blast
7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de
plateforme (linux MS-DOS MacOs)
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Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
Local Web Gui for Blast
Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie
moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des
sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins
speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial
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Lrsquouniversiteacute Montpellier II repreacutesenteacute par Mr Le directeur Gilles Halbout
Mr Le-Guennec
Nos enseignants du Master BIM et les responsables de cette formation
Et tous ceux qui ont contribueacutes de pregraves ou de loin agrave lrsquoavancement de ce projet
Remerciements
Contact
Fida Khater fidakhaterhotmailcom
Abdoulaziz Moussa abdoulazizmoussahotmailfr
Nucleotideblast
Makeblastdb
Local parser
Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees
Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques
Local Web Gui for Blast
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn
- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast
- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees
- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune
liste deacuteroulante
- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour
optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value
Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques
- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun
alignement
- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees
statistiques sont de mecircme calculeacutes
Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de
banque de reacutefeacuterences
Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees
Locales
- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun
ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de
plusieurs fichiers preacutesents en local
- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et
plusieurs autre
Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence
Local parser Outil de recherche drsquoinformations
speacutecifiques
- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de
gegravenes drsquointeacuterecirct
- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou
ASCII (Txt)
Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast
Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip
- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees
publiques
- Problegraveme de stockage des donneacutees
Quelques exigences et perspectives
- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers
- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des
utilisateurs
- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition
- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la
communauteacute scientifique
Local Web Gui for Blast
Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie
moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des
sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins
speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes
dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial
La formation sorganise en deux ans
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Pr Vincent Berry vberrylirmmfr
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plusieurs autre
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publiques
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Quelques exigences et perspectives
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dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences
et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en
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gegravenes drsquointeacuterecirct
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