Vs 1 komputasi
-
Upload
mochamadfathurr -
Category
Documents
-
view
225 -
download
2
description
Transcript of Vs 1 komputasi
Vs 1
-7,40767 (1)
-8,34385 (2)
-8,55515 (3)
-8,70052
-9,59441
-8,02407
-9,35726
-7,97061
-10,2806
-8,13017
-7,79384
-10,5168
-10,5384
-9,53634
-10,3915
-8,96437
-8,90885
-8,0689
-10,6266
-8,82741
-9,41718
-10,7087
-10,8533
-8,55476
-12,1056
-7,33687
-8,24354
-9,22296
-9,78635
-8,11058
GADOCK
-7,47089, -7.16978
Vs1
-7,88633
-8,27202
-9,14837
-9,50096
-10,2333
-8,55664
-9,24929
-8,52098
-9,26007
-6,12738
-5,754
-10,1769
-9,26162
-8,94027
2,35211
-9,46333
-9,63944
-9,02038
-8,51353
-8,93518
-8,03775
-7,89391
-10,1553
-8,73837
-9,98367
-9,78829
-10,9073
-8,33632
-9,47873
-8,28414
ArgusLab menyediakan dua jenis perangkat docking,yaitu ArgusDock dan GADock yang mampu melakukandocking molekular dengan cara menempatkan suatuligan pada suatu tempat pengikatan (binding site) dari reseptor, dengan memanfaatkan data struktur kristalsinar-x dari Protein databank. Akurasi dan signifikansibiologis GADock lebih baik dari pada ArgusDock,
Perhitungan docking dilakukan denganmenggunakan metode docking Lamarckian GeneticAlgorithm (GADock) dan Exhaustive Search(ArgusDock), dengan resolusi grid 0,4 Ǻ, dengan fungsiperhitungan energi bebas ikatan Ascore.
ArgusLab menyediakan dua fasilitas dockingengine, yaitu ArgusDock (ShapeDock atau ExhaustiveSearch) dan GADock (Lamarckian Genetic AlgorithmDock). Kedua metode docking ini berbeda dalam halpendekatan yang digunakan. Pada metode ArgusDockligan hanya diarahkan pada suatu posisi tertentu dalamstruktur molekul target, sedangkan pada metodeGADock, ligan diarahkan pada berbagai posisi yangmemungkinkan. Hal ini menyebabkan metodeArgusDock bersifat reprodusibel sedangkan metodeGADock bersifat nonreprodusibel.