UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim...

42
UNITED STATES SECURITIES AND EXCHANGE COMMISSION Washington, D.C. 20549 FORM 10-Q (Mark One) QUARTERLY REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the Quarterly Period Ended March 31, 2017 or TRANSITION REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the Transition Period from to Commission File Number: 001-33004 Opexa Therapeutics, Inc. (Exact name of registrant as specified in its charter) 2635 Technology Forest Blvd. Texas The Woodlands, Texas 77381 76-0333165 (State or other jurisdiction of (Address of principal executive (I.R.S. Employer Incorporation or organization) offices and zip code) Identification No.) (281) 272-9331 Registrant’s telephone number, including area code Indicate by check mark whether the registrant (1) has filed all reports required to be filed by Section 13 or 15(d) of the Securities Exchange Act of 1934 during the preceding 12 months (or for such shorter period that the registrant was required to file such reports) and (2) has been subject to such filing requirements for the past 90 days. Yes No Indicate by check mark whether the registrant has submitted electronically and posted on its corporate Web site, if any, every Interactive Data File required to be submitted and posted pursuant to Rule 405 of Regulation S-T (§232.405 of this chapter) during the preceding 12 months (or for such shorter period that the registrant was required to submit and post such files). Yes No Indicate by check mark whether the registrant is a large accelerated filer, an accelerated filer, a non-accelerated filer, smaller reporting company, or an emerging growth company. See the definitions of “large accelerated filer,” “accelerated filer”, “smaller reporting company”, and “emerging growth company” in Rule 12b-2 of the Exchange Act. Large accelerated filer Accelerated filer Non-accelerated filer (Do not check if a smaller reporting company) Smaller reporting company Emerging growth company If an emerging growth company, indicate by check mark if the registrant has elected not to use the extended transition period for complying with any new or revised financial accounting standards provided pursuant to Section 13(a) of the Exchange Act. Indicate by check mark whether the registrant is a shell company (as defined in Rule 12b-2 of the Exchange Act). Yes No As of May 1, 2017, there were 7,657,332 shares of the issuer’s Common Stock outstanding.

Transcript of UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim...

Page 1: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

 

UNITED STATESSECURITIES AND EXCHANGE COMMISSION

Washington, D.C. 20549 

FORM 10-Q(Mark One)

☑ QUARTERLY REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934  For the Quarterly Period Ended March 31, 2017

or  ☐ TRANSITION REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934

  For the Transition Period from to  

Commission File Number: 001-33004 

 Opexa Therapeutics, Inc.

(Exact name of registrant as specified in its charter) 

  2635 Technology Forest Blvd.          Texas   The Woodlands, Texas 77381          76-0333165

(State or other jurisdiction of    (Address of principal executive       (I.R.S. EmployerIncorporation or organization)    offices and zip code)     Identification No.)

(281) 272-9331

Registrant’s telephone number, including area code 

Indicate by check mark whether the registrant (1) has filed all reports required to be filed by Section 13 or 15(d) of the Securities Exchange Act of 1934 during thepreceding 12 months (or for such shorter period that the registrant was required to file such reports) and (2) has been subject to such filing requirements for the past 90 days.Yes  ☑ No ☐  Indicate by check mark whether the registrant has submitted electronically and posted on its corporate Web site, if any, every Interactive Data File required to be submittedand posted pursuant to Rule 405 of Regulation S-T (§232.405 of this chapter) during the preceding 12 months (or for such shorter period that the registrant was required tosubmit and post such files).    ☑ Yes    ☐ No 

Indicate  by  check mark  whether  the  registrant  is  a  large  accelerated  filer,  an  accelerated  filer,  a  non-accelerated  filer,  smaller  reporting  company,  or  an  emerginggrowth company.  See the definitions of “large accelerated filer,” “accelerated filer”, “smaller reporting company”, and “emerging growth company” in Rule 12b-2 of theExchange Act. 

Large accelerated filer  ☐   Accelerated filer    ☐Non-accelerated filer    ☐ (Do not check if a smaller reporting company)      Smaller reporting company   ☑Emerging growth company ☐  

 If an emerging growth company, indicate by check mark if the registrant has elected not to use the extended transition period for complying with any new or revised

financial accounting standards provided pursuant to Section 13(a) of the Exchange Act. ☐ 

Indicate by check mark whether the registrant is a shell company (as defined in Rule 12b-2 of the Exchange Act).    Yes  ☐    No ☑ 

As of May 1, 2017, there were 7,657,332 shares of the issuer’s Common Stock outstanding. 

 

Page 2: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

OPEXA THERAPEUTICS, INC.For the Three months ended March 31, 2017

  

INDEXPART I – FINANCIAL INFORMATION Page   

Item 1. Financial Statements         Unaudited Consolidated Balance Sheets as of March 31, 2017 and December 31, 2016 1       Unaudited Consolidated Statements of Operations: For the three months ended March 31, 2017 and 2016 2       Unaudited Consolidated Statement of Changes in Stockholders’ Equity: For the three months ended March 31, 2017 3       Unaudited Consolidated Statements of Cash Flows: For the three months ended March 31, 2017 and 2016 4       Notes to Unaudited Consolidated Financial Statements 5     

Item 2. Management’s Discussion and Analysis of Financial Condition and Results of Operations 9      

Item 3. Quantitative and Qualitative Disclosures About Market Risk 14     

Item 4. Controls and Procedures 14     PART II – OTHER INFORMATION     

Item 1A. Risk Factors 15     

Item 6. Exhibits 34     

Signatures   35  

Page 3: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

PART I - FINANCIAL INFORMATION Item 1. Financial Statements. 

OPEXA THERAPEUTICS, INC.CONSOLIDATED BALANCE SHEETS

(Unaudited)

     March 31,   

    December 31,   

     2017   

    2016   

Assets        

        

         

        

Current assets:        

        

Cash and cash equivalents   $  2,822,677  

   $  3,444,952  

Other current assets       237,331  

       371,562  

Total current assets       3,060,008  

       3,816,514  

           

          

Property & equipment, net of accumulated depreciation of $0 and $3,194,029, respectively       —  

       50,000  

Total assets   $  3,060,008  

   $  3,866,514  

           

          

Liabilities and Stockholders' Equity          

          

           

          

Current liabilities:          

          

Accounts payable   $  298,050  

   $  377,956  

Accrued expenses       428,394  

       625,890  

Notes payable - insurance       91,871  

       156,642  

Total current liabilities   $  818,315  

   $  1,160,488  

           

          

Total liabilities   $  818,315   

   $  1,160,488  

           

          

           

          

Stockholders' equity:          

          

Preferred stock, no par value, 10,000,000 shares authorized, none issued and outstanding       —  

       —  

Common stock, $0.01 par value, 150,000,000 shares authorized, 7,657,332 and 7,141,054 shares issued and outstanding       76,573  

       71,411  

Additional paid in capital       164,410,992  

       163,954,215  

Accumulated deficit       (162,245,872 )

       (161,319,600 )

Total stockholders' equity       2,241,693  

       2,706,026  

Total liabilities and stockholders' equity   $  3,060,008  

   $  3,866,514  

 

Page 4: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

See accompanying notes to unaudited consolidated financial statements  

1

Page 5: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

OPEXA THERAPEUTICS, INC.CONSOLIDATED STATEMENTS OF OPERATIONS

(Unaudited) 

    

Three Months Ended March 31,  

 

     2017   

    2016   

Revenue:        

        

Option revenue   $  —  

   $  726,291  

           

          

Research and development       206,024  

       1,829,062  

General and administrative       719,869  

       987,248  

Depreciation and amortization       —  

       72,589  

Operating loss       (925,893 )

       (2,162,608 )

Interest income (expense), net       (846 )

       108  

Other income (expense), net       467  

       2,106  

Net loss   $  (926,272 )

   $  (2,160,394 )

           

          

Basic and diluted loss per share   $  (0.12 )

   $  (0.31 )

           

          

Weighted average shares outstanding - Basic and diluted       7,597,769  

       6,982,909  

 See accompanying notes to unaudited consolidated financial statements

  

2

Page 6: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

OPEXA THERAPEUTICS, INC.CONSOLIDATED STATEMENT OF CHANGES IN STOCKHOLDERS’ EQUITY

(Unaudited) 

     Common Stock   

        

        

        

     Shares   

    Par   

   

AdditionalPaid inCapital  

    

AccumulatedDeficit  

     Total   

Balances at December 31, 2016       7,141,054  

   $  71,411  

   $  163,954,215  

   $  (161,319,600 )

   $  2,706,026  

Shares sold for cash, net       516,278  

       5,162  

       408,500  

       —  

       413,662  

Option expense       —  

       —  

       48,277  

       —  

       48,277  

Net loss       —  

       —  

       —  

       (926,272 )

       (926,272 )

Balances at March 31, 2017       7,657,332  

   $  76,573  

   $  164,410,992  

   $  (162,245,872 )

   $  2,241,693  

 See accompanying notes to unaudited consolidated financial statements

  

3

Page 7: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

OPEXA THERAPEUTICS, INC.CONSOLIDATED STATEMENTS OF CASH FLOWS

(Unaudited) 

     Three Months Ended   

     March 31,   

     2017   

    2016   

Cash flows from operating activities        

        

Net loss   $  (926,272 )

   $  (2,160,394 )

Adjustments to reconcile net loss to net cash used in operating activities:          

          

Depreciation       —  

       72,589  

Option expense       48,277  

       153,853  

Changes in:          

          

Other current assets       134,231  

       98,565  

Accounts payable       (79,906 )

       (186,027 )

Accrued expenses       (197,496 )

       202,531  

Deferred revenue       —  

       (726,291 )

Net cash used in operating activities       (1,021,166 )

       (2,545,174 )

           

          

Cash flows from investing activities          

          

Proceeds from sale of property & equipment       50,000  

       (485 )

Net cash provided/(used) in investing activities       50,000  

       (485 )

           

          

Cash flows from financing activities          

          

Common stock sold for cash net of offering cost       413,662  

       —  

Note payable - insurance       (64,771 )

       (55,144 )

Payment of deferred offering costs       —  

       (27,512 )

Net cash provided/(used) in financing activities       348,891  

       (82,656 )

           

          

Net change in cash and cash equivalents       (622,275 )

       (2,628,315 )

Cash and cash equivalents at beginning of period       3,444,952  

       12,583,764  

Cash and cash equivalents at end of period   $  2,822,677  

   $  9,955,449  

           

          

Cash paid for:          

          

Interest   $  1,182  

   $  1,371  

Income taxes       —  

       —  

                   

Page 8: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

NON-CASH TRANSACTIONS    

Unpaid deferred offering cost       —  

       8,395  

   See accompanying notes to unaudited consolidated financial statements

  

4

Page 9: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

OPEXA THERAPEUTICS, INC.NOTES TO CONSOLIDATED FINANCIAL STATEMENTS

(Unaudited) Note 1. Basis of Presentation and Going Concern 

The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa” or the “Company”), have been prepared in accordancewith accounting principles generally accepted in the United States of America and the rules of the Securities and Exchange Commission (“SEC”) and should be read inconjunction  with  the  audited  financial  statements  and  notes  thereto  contained  in Opexa’s  latest  Annual  Report  filed  with  the  SEC  on  Form  10-K.    In  the  opinion  ofmanagement, all adjustments, consisting of normal recurring adjustments, necessary for a fair presentation of financial position and the results of operations for the interimperiods presented have been reflected herein. The results of operations for interim periods are not necessarily indicative of the results to be expected for the full year.  Notesto the consolidated financial statements that would substantially duplicate the disclosure contained in the audited consolidated financial statements for the most recent fiscalyear as reported in Form 10-K have been omitted. 

The accompanying consolidated financial statements include the accounts of Opexa and its wholly owned subsidiary, Opexa Hong Kong Limited (“Opexa HongKong”). All intercompany balances and transactions have been eliminated in the consolidation. 

Going Concern. The accompanying interim unaudited consolidated financial statements for the three months ended March 31, 2017 have been prepared assumingthat  the  Company will  continue  as  a  going  concern,  meaning  the  Company  will  continue  in  operation  for  the  foreseeable  future  and  will  be  able  to  realize  assets anddischarge liabilities in the ordinary course of operations. As of March 31, 2017, the Company had cash and cash equivalents of $2.8 million as well as accounts payable,short-term notes payable and accrued expenses aggregating $818,315. While the Company has historically recognized revenue related to certain upfront payments receivedfrom Ares Trading SA (“Merck Serono”),  a  wholly owned subsidiary of Merck Serono S.A.,  in connection with the Option and License Agreement  and an amendmentthereto between Merck Serono and the Company, the Company has never generated any commercial revenues, nor does it expect to generate any commercial revenues forthe foreseeable  future or  other revenues in the near  term that  will  result  in  cash receipts.  Opexa continues to incur net  losses,  negative operating cash flows and has anaccumulated deficit of approximately $162.2 million as of March 31, 2017. These factors raise substantial doubt as to the Company's ability to continue as a going concern.  

Following the October 28, 2016 announcement that the Abili-T trial did not meet its primary or secondary endpoints, and in order to conserve cash resources while itreevaluated  its  programs  and  explored  various  strategic  alternatives,  during  the  fourth  quarter  of  2016  and  first  quarter  of  2017  the  Company  implemented  severalreductions in workforce totaling 90% of its then 20 full-time employees. As of March 31, 2017 Opexa has two full-time employees. After further analysis of the data fromthe Abili-T trial,  the Company has determined that it  will  not move forward with further studies of Tcelna in SPMS at this time and is conducting a review of its  otherresearch and development programs, including the preclinical program for OPX-212 in NMO, to assess the viability of continuing to pursue one or more of these programs.The Company is also exploring its strategic alternatives. The Company cannot fully predict its future cash needs until it completes this analysis. The financial statements donot include any adjustments that might result from the outcome of this uncertainty. 

 The Company continues to explore potential opportunities and alternatives to obtain the additional resources that will be necessary to support its ongoing operationsthrough  and beyond the  next  12  months,  including  raising  additional  capital  through  either  private  or public  equity  or  debt  financing  as  well  as  using  its  at-the-marketoffering program and cutting expenses where possible. However, in light of the disappointing Abili-T study results, there can be no assurance that the Company will be ableto secure additional funds or, if such funds are available, whether the terms or conditions would be acceptable to the Company. Note 2. Significant Accounting Polices 

Cash and Cash Equivalents.  Opexa  considers  all  highly  liquid  investments  with  an  original  maturity  of  three  months  or  less,  when  purchased,  to  be  cashequivalents. Investments with maturities in excess of three months but less than one year are classified as short-term investments and are stated at fair market value. 

Opexa primarily maintains  cash balances on deposit  in accounts at  a U.S.-based financial  institution.    The aggregate cash balance on deposit  in these accounts isinsured by the Federal Deposit  Insurance  Corporation  up  to $250,000.    Opexa’s  cash  balances  on deposit  in  these  accounts  may,  at  times,  exceed  the  federally  insuredlimits.  Opexa has not experienced any losses in such accounts.  

5

Page 10: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

As of March 31, 2017, Opexa had approximately $1.8 million in a savings account.  For the three months ended March 31, 2017, the savings account recognized anaverage market yield of 0.06%.  Interest income of $336 was recognized for the three months ended March 31, 2017 in the consolidated statements of operations. 

Recent Accounting Pronouncements. The Company has implemented all new accounting pronouncements that are in effect and that may impact its consolidatedfinancial  statements.  Management  has  also  considered  all  recent  accounting  pronouncements  issued  since  the  last  audit  of  the  Company’s  financial  statements.  TheCompany’s management believes that these recent pronouncements will not have a material effect on the Company’s financial statements. Note 3. Other Current Assets 

Other current assets consisted of the following at March 31, 2017 and December 31, 2016: 

Description   

March 31,2017  

    

December 31,2016  

 

Deferred offering costs   $  49,918  

   $  111,641  

Prepaid expense       187,413  

       259,921  

Total Other Current Assets   $  237,331  

   $  371,562  

 Deferred offering costs at March 31, 2017 and December 31, 2016 were $49,918 and $111,641 respectively. The March 31, 2017 balance includes costs incurred

from third  parties  in  connection  with  the  March  25,  2016  implementation  of  a  new Sales  Agreement  (“ATM Agreement”)  with  IFS Securities,  Inc.  (doing  business  asBrinson Patrick, a division of IFS Securities, Inc.) as sales agent, pursuant to which Opexa can offer and sell shares of common stock from time to time depending uponmarket demand, in transactions deemed to be an “at the market” offering as defined in Rule 415 of the Securities Act of 1933.   These are included in other current assets inthe consolidated balance sheets. Upon the sales of shares of common stock under the ATM Agreement, these capitalized costs will be offset against the proceeds of suchsales of shares of common stock and recorded in additional paid in capital. As of March 31, 2017, $61,723 of deferred offering costs were recorded in additional paid incapital. 

Prepaid expenses  at  March  31,  2017 and  December  31,  2016 were  $187,413 and $259,921 respectively.  Included in  the  March  31,  2017 balance  is $138,723 ofprepaid insurance as well as the remaining balance of Opexa’s NASDAQ Capital Market All-Inclusive Annual Fee of $41,250. The remaining balances are attributable tovarious service contracts and deposits. Note 4. Notes Payable 

Notes payable consists of a commercial insurance premium finance agreement - promissory note with AFCO of which $78,075 and $136,038 was outstanding as ofMarch 31, 2017 and December 31, 2016, respectively. The loan has an interest rate of 3.5% per annum and matures July 1, 2017. The second note is also a commercialinsurance  premium  finance  agreement  –  promissory  note  with AFCO  of  which  $13,796  and  $20,604  was  outstanding  as  of  March  31,  2017  and  December  31,  2016,respectively. The loan has an interest rate of 3.5% per annum and matures September 1, 2017. Payments on the above notes are due and payable monthly until maturity. Note 5. Equity 

For the three months ended March 31, 2017, equity related transactions were as follows: 

During January  2017,  Opexa  sold  an  aggregate  of  516,278  shares  of  common  stock  under  its  ATM facility  with  IFS  Securities,  Inc.  (doing business  as  BrinsonPatrick, a division of IFS Securities, Inc.) as sales agent, for gross proceeds of $490,098. Proceeds net of fees and deferred offering costs were $413,662.  

6

Page 11: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  Note 6. Stock-Based Compensation Stock Options 

Opexa accounts  for  stock-based compensation,  including options and nonvested  shares,  according  to  the  provisions  of  FASB ASC 718,  "Share Based Payment.”During the three months ended March 31, 2017, Opexa recognized stock-based compensation expense of $48,277. Unamortized stock-based compensation expense as ofMarch 31, 2017 amounted to $235,340. Stock Option Activity 

A summary of stock option activity for the three months ended March 31, 2017  is presented below: 

    Number of Shares  

   Weighted Avg.Exercise Price  

    

WeightedAverage

RemainingContract Term

(# years)   

    Intrinsic Value   

Outstanding at December 31, 2016       481,947  

   $  12.14  

       7.60  

       —  

Exercised       —  

       —  

          

          

Forfeited and canceled       (187,351 )

       11.93  

          

          

Outstanding at March 31, 2017       294,596  

   $  12.28  

       7.19  

   $  —  

Exercisable at March 31, 2017       244,868  

   $  13.69  

       6.92  

   $  —  

 Employee Options and Non-Employee Options 

Option awards are granted with an exercise price equal to the market price of Opexa’s stock at the date of issuance, generally have a ten-year life, and have variousvesting dates that range from no vesting or partial vesting upon date of grant to full vesting on a specified date. Opexa estimates the fair value of stock options using theBlack-Scholes option-pricing model and records the compensation expense ratably over the service period. 

Opexa recognized stock based compensation expense of $48,277 and $153,853 during the three months ended March 31,  2017 and 2016, respectively, for grantsmade to employees. 

In addition, during the three months ended March 31, 2017 there were 187,351 shares underlying options that were forfeited and cancelled. 

There were no stock options or restricted stock awards granted during the three months ended March 31, 2017. Warrant Activity 

A summary of warrant activity for the three months ended March 31, 2017  is presented below: 

    Number of Shares  

   Weighted Avg.Exercise Price  

    

WeightedAverage

RemainingContract Term

(# years)   

    Intrinsic Value   

Outstanding at December 31, 2016       3,596,625  

   $  12.39  

       1.21  

       —  

Forfeited and canceled       (127,894 )

       12.72  

          

          

Outstanding at March 31, 2017       3,468,731  

       12.38  

       1.00  

   $  —  

Exercisable at March 31, 2017       3,468,731  

       12.38  

       1.00  

   $  —  

  

7

Page 12: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  Note 7. Licenses License Agreement with Baylor College of Medicine 

In  2001,  Opexa  entered  into  an  agreement  with  Baylor  College  of  Medicine  for  the  exclusive  worldwide  license  to  a  patient-specific,  autologous  T-cellimmunotherapy for the treatment of MS, which is the initial T-cell technology on which Tcelna is based, including rights to certain patents held by Baylor. In considerationfor the right and license to commercially exploit such technology, Opexa agreed to pay the following (per scenario 1 of the license agreement): (i) a 2% royalty on net salesof licensed patented products sold by Opexa or its affiliates where annual gross sales of such products is less than or equal to $500 million; (ii) a 1% royalty on net sales oflicensed patented products sold by Opexa or its affiliates where annual gross sales of such products exceed $500 million; (iii) a 1% royalty on net sales of licensed patentpending  products  sold  by  Opexa  or  its  affiliates;  and  (iv)  a  1%  royalty  on  net  sales  of  licensed  patented  products  or  licensed  patent  pending  products  sold  by  anysublicensees of Opexa. Unless earlier terminated, the Baylor license agreement expires in 2025 upon expiration of the last of the licensed patent rights. Note 8. Commitments and Contingencies 

On February 1, 2017, Opexa entered into an Assignment and Assumption of Lease with KBI Biopharma, Inc. (KBI), pursuant to which Opexa assigned to KBI, andKBI assumed from Opexa, all of Opexa’s remaining rights and obligations under the lease for Opexa’s 10,200 square foot corporate headquarters facility located in TheWoodlands, Texas. The facility was originally leased by Opexa from Dirk D. Laukien, as landlord, pursuant to a lease dated August 19, 2005 as amended by that certainFirst Amendment to Lease Agreement dated May 11, 2015. In light of Opexa’s continuing evaluation of its strategic alternatives following the release of the data from theAbili-T clinical study, management deemed it advisable to reduce the office, R&D and manufacturing space and corresponding rent obligations. The lease had a remainingterm through September 2020 and current monthly base rental payments of $16,666.67 with payment escalations to $17,500 over the remaining term. In connection with thelease assignment, Opexa also sold certain furniture, fixtures and equipment (including laboratory and manufacturing equipment) as well as its laboratory supplies located atits corporate headquarters to KBI for cash consideration in the amount of $50,000.  

8

Page 13: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  Item 2. Management’s Discussion and Analysis of Financial Condition and Results of Operations. 

The following discussion and analysis of our financial condition is as of March 31, 2017. Our results of operations and cash flows should be read in conjunctionwith our unaudited consolidated financial statements and notes thereto included elsewhere in this report and the audited financial statements and the notes thereto includedin our Form 10-K for the year ended December 31, 2016. Forward-Looking Statements 

This Quarterly Report on Form 10-Q contains forward-looking statements which are made pursuant to the safe harbor provisions of Section 27A of the Securities Actof 1933, as amended, and Section 21E of the Securities Exchange Act of 1934, as amended. Statements contained in this report,  other than statements of historical  fact,constitute  “forward-looking  statements.”  The  words  “expects,”  “believes,”  “hopes,”  “anticipates,”  “estimates,”  “may,”  “could,”  “intends,”  “exploring,”  “evaluating,”“progressing,” “proceeding” and similar expressions are intended to identify forward-looking statements.   

These  forward-looking  statements  do  not  constitute  guarantees  of  future  performance.    Investors  are  cautioned  that  statements  which  are  not  strictly  historicalstatements, including, without limitation, statements regarding current or future financial payments, costs, returns, royalties, performance and position, plans and objectivesfor future operations, plans and objectives for product development, plans and objectives for present and future clinical trials and results of such trials, plans and objectivesfor  regulatory  approval,  litigation,  intellectual  property,  product  development,  manufacturing  plans  and  performance,  management’s  initiatives  and  strategies,  and  thedevelopment of Opexa’s product candidates, including Tcelna (imilecleucel-T) and OPX-212, constitute forward-looking statements.  Such forward-looking statements aresubject to a number of risks and uncertainties that could cause actual results to differ materially from those anticipated.  These risks and uncertainties include, but are notlimited to, those risks discussed in “Risk Factors,” as well as, without limitation, risks associated with: 

● the  continued  development  of  Tcelna  for  the  treatment  of  secondary  progressive  multiple  sclerosis  “SPMS”),  the  continued  development  of  OPX-212  forneuromyelitis optica (“NMO”), or any continued research or development;

● market conditions;● our capital position;● our ability to compete with larger, better financed pharmaceutical and biotechnology companies;● new approaches to the treatment of our targeted diseases;● our expectation of incurring continued losses;● our uncertainty of developing a marketable product;● our ability  to  raise  additional  capital  to  continue  our  development programs  (including  to  undertake  and  complete  any  ongoing  or  further  clinical  studies  forTcelna or OPX-212);

● our ability to regain or maintain compliance with NASDAQ listing standards;● the outcome of our clinical trials;● the efficacy of Tcelna for any particular indication, such as for relapsing remitting multiple sclerosis or SPMS, and the efficacy of OPX-212 for NMO;● our ability to develop and commercialize products;● our ability to obtain required regulatory approvals;● our compliance with all Food and Drug Administration regulations;● our ability to obtain, maintain and protect intellectual property rights (including for Tcelna and OPX-212);● the risk of litigation regarding our intellectual property rights or the rights of third parties;● the success of third party development and commercialization efforts with respect to products covered byintellectual property rights that we may license or transfer;

● our limited manufacturing capabilities;● our dependence on third-party manufacturers;● our ability to hire and retain skilled personnel;● our volatile stock price; and● other risks detailed in our filings with the SEC.

  

9

Page 14: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

These forward-looking statements speak only as of the date made.  We assume no obligation or undertaking to update any forward-looking statements to reflect anychanges in expectations  with  regard  thereto  or  any change in  events, conditions  or  circumstances  on which any such statement  is based.    You should,  however,  reviewadditional disclosures we make in our Annual Report on Form 10-K, Quarterly Reports on Form 10-Q and Current Reports on Form 8-K filed with the SEC. Overview 

Unless otherwise indicated, we use “Opexa,” “the Company,” “we,” “our” and “us” to refer to the businesses of Opexa Therapeutics, Inc. 

Opexa  is  a  biopharmaceutical  company  that  has  historically  focused  on  developing  personalized  immunotherapies  with  the  potential  to  treat  major  illnesses,including  multiple  sclerosis  (MS)  as  well  as  other  autoimmune  diseases  such  as  neuromyelitis  optica  (NMO).  These  therapies  are  based  on  our  proprietary  T-celltechnology. Information related to our product candidates, Tcelna® and OPX-212, is preliminary and investigative. Tcelna and OPX-212 have not been approved by theU.S. Food and Drug Administration (FDA) or other global regulatory agencies for marketing. 

On October 28, 2016, we announced that our Phase IIb clinical trial (“Abili-T”) of our lead product candidate, Tcelna, in patients with secondary progressive MS(SPMS) did not meet its primary endpoint of reduction in brain volume change (atrophy), nor did it meet the secondary endpoint of reduction of the rate of sustained diseaseprogression. Abili-T is a 183-patient, randomized, double-blind, placebo-controlled Phase IIb study that was conducted at 35 clinical trial sites in the U.S. and Canada anddesigned to evaluate the safety and efficacy of Tcelna (imilecleucel-T) in patients with SPMS. Patients in the Tcelna arm of the study received two annual courses of Tcelnatreatment consisting of five subcutaneous injections per year. We completed enrollment of the Abili-T study in May 2014 and un-blinded the results from the study in lateOctober 2016. 

The primary endpoint for the Abili-T study was the percentage of whole brain volume change as measured by magnetic resonance imaging (“MRI”) at two years.The analysis was conducted using a mixed model of repeated measures to include data from months 6, 12 and 24, relative to baseline normalized brain volume values. Themean  percentage  (and  standard  deviation)  brain  volume  loss  at  two years  for  placebo-treated  subjects  was  -0.657  (0.7598),  and  for Tcelna-treated  subjects  was  -0.886(0.7519) [p=0.043]. Further analysis of the data may be conducted to evaluate the potential for pseudo-atrophy to be a primary driver in the change in whole brain atrophyfor Tcelna versus placebo-treated subjects. 

Secondary  endpoints  included  percentage  of  subjects  with  confirmed  disease  progression  of  disability  in  one  or  more  of  the  Expanded  Disability  Status  Scale(“EDSS”), Timed 25-foot Walk (“T25FW”), or 9-Hole Peg Test (“9HPT”). For each test, the following definitions were applied: EDSS score increased from baseline by atleast 1 point if baseline EDSS <6.0, or by at least 0.5 points if baseline EDSS ≥6 sustained for 12 weeks; for T25FW, time increased by at least 20% of the baseline walksustained for six months; and for 9HPT, time increased by at least 20% of the time taken at baseline sustained for six months. After two years on study, 32.2% of placebo-treated subjects were scored as progressed, compared to 33.3% of Tcelna-treated subjects [p=0.873]. A further secondary endpoint monitored time to sustained progressionof  disability  by  EDSS confirmed  over  three  months,  but  not  associated  with  an  acute  relapse.  17.8% of  placebo  subjects  versus  20.4% of  Tcelna-treated  subjects werescored as progressed by EDSS after two years on study. Time (in months) to sustained progression by Kaplan-Meier analysis generated values for the 25% quartile of 24.9for placebo, versus 25.0 for Tcelna [p=0.697]. 

The overall  summary  of  adverse  events  (“AEs”)  in  the  safety population  consisting of  93 placebo subjects  and 96 Tcelna-treated  subjects  found no difference intreatment-emergent  adverse  events  (“TEAE”)  possibly,  probably  or  definitely  related  to  study  treatment.  The  number  of  subjects  with  a  TEAE  leading  to  early studytermination was 9 (9.7%) in the placebo treatment arm, versus 6 (6.3%) in the Tcelna treatment arm. Tcelna was considered safe and well tolerated. 

An  immune  monitoring  program  was  conducted  on  blood  samples  collected  over  time  to  detect  Tcelna-induced  immune  modulation.  The  analysis  of  thedifferentiation  and  functional  status  of  various  anti-inflammatory/regulatory  CD4+  T-cells  showed  no  difference  between  Tcelna  and  placebo-treated  subjects.  Astatistically significant increase in CD4+ T-cells displaying a Th17 (IL-17+) and Th1 (IFNg+) profile was recorded in Tcelna-treated subjects. This inflammatory responseto the Tcelna product may correlate with priming of the immune response to target myelin-reactive T-cells (MRTC). A correlation analysis of immune monitoring T-cellphenotypes to MRTC bio-activity has not yet been conducted. 

After further analysis of the data from the Abili-T trial, we have determined that we will not move forward with further studies of Tcelna in SPMS at this time. Weare conducting a review of our other research and development programs, including our preclinical program for OPX-212 in NMO, to assess the viability of continuing topursue one or more of these programs. We are also exploring our strategic alternatives. We cannot fully predict our future cash needs until we complete this analysis.  

10

Page 15: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

We implemented a reduction in workforce of 40% of our then 20 full-time employees, announced on November 2, 2016, while we reevaluated our programs andvarious strategic  alternatives  in  light  of  the disappointing Abili-T study data.  On December 14, 2016,  a further  workforce reduction was implemented to conserve cash,reducing the number of full-time employees by an additional 25% of the then 12 employees. As of December 31, 2016, we had nine full-time employees. During January2017, an additional workforce reduction of seven full-time employees was implemented to conserve cash. As of March 31, 2017 we had two full-time employees. 

On February 1, 2017, we assigned to a third party all of our rights and obligations under the lease for our 10,200 square foot corporate headquarters facility located inThe Woodlands, Texas. In light of our continuing evaluation of our strategic alternatives following the release of data from the Abili-T clinical study, management deemedit advisable to reduce our office, R&D and manufacturing space and corresponding rent obligations. 

To date, we have devoted substantially all of our resources to research and development efforts relating to Tcelna, including conducting clinical trials and developingmanufacturing  capabilities,  providing  general  and  administrative  support  for  these  operations,  and  protecting  our  intellectual  property.  We  do  not  have  any  productsapproved for sale and have never generated any commercial revenues, nor do we expect to generate any commercial revenues for the foreseeable future or other revenues inthe near term that will result in cash receipts. From inception, we have funded our operations primarily through the sales of equity and debt securities. 

We have incurred net losses in each year since our inception. As of March 31, 2017, we had an accumulated deficit of approximately $162.2 million. Substantially allof our net losses, including those incurred during the periods presented in this report, have resulted from costs incurred in connection with our research and developmentprograms and from general and administrative costs associated with our operations. 

We cannot  predict  whether  and  to  what  extent  we  will  resume  drug development  activities.  If  we  determine  to  continue  the  development of  one  or  more  of  ourprograms, we expect to continue to incur significant expenses and increasing losses for at least the next several years. We would need to raise additional capital in order toconduct further development. We continue to explore potential opportunities and alternatives to obtain the additional resources that will be necessary to support our ongoingoperations through and beyond the next 12 months, including raising additional capital through either private or public equity or debt financing as well as using our ATMfacility and cutting expenses where possible. However, given the disappointing results of our Abili-T trial, we believe our ability to issue equity securities or obtain debtfinancing in the future on favorable terms, or at all, has been substantially impaired, particularly if the intended use of proceeds would be for the continued development ofTcelna. 

 If we are unable to obtain additional funding to support our current or proposed activities and operations, we may not be able to continue our operations as proposed,which may require us to suspend or terminate any ongoing development activities, modify our business plan, curtail various aspects of our operations, cease operations orseek relief under applicable bankruptcy laws. In such event, our shareholders may lose a substantial portion or even all of their investment. 

Our future funding requirements, both near and long-term, will depend on many factors, including, but not limited to the results of our identification and evaluationof potential strategic alternatives and the extent to which we elect to pursue drug development activities in the future. 

If we are unable to seek an appropriate use for our remaining assets, our board of directors may decide to pursue a dissolution and liquidation of our company. Insuch an event, the amount of cash available for distribution to our shareholders will depend heavily on the timing of such liquidation as well as the amount of cash that willneed to be reserved for commitments and contingent liabilities. 

Opexa was incorporated in Texas in March 1991. Our principal executive offices are located at 2635 Technology Forest Blvd., The Woodlands, Texas 77381, andour telephone number is (281) 775-0600.  

11

Page 16: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  License Agreement with Baylor College of Medicine 

In 2001, we entered into an agreement with Baylor College of Medicine for the exclusive worldwide license to a patient-specific, autologous T-cell immunotherapyfor the treatment of MS, which is the initial T-cell technology on which Tcelna is based, including rights to certain patents held by Baylor. In consideration for the right andlicense to commercially exploit such technology, we agreed to pay the following (per scenario 1 of the license agreement): (i) a 2% royalty on net sales of licensed patentedproducts sold by Opexa or its affiliates where annual gross sales of such products is less than or equal to $500 million; (ii) a 1% royalty on net sales of licensed patentedproducts sold by Opexa or its affiliates where annual gross sales of such products exceed $500 million; (iii) a 1% royalty on net sales of licensed patent pending productssold by Opexa or  its  affiliates;  and (iv)  a  1% royalty on net  sales  of  licensed patented products  or  licensed patent  pending products  sold by any sublicensees  of  Opexa.Unless earlier terminated, the Baylor license agreement expires in 2025 upon expiration of the last of the licensed patent rights.  Critical Accounting Policies 

General. Our discussion and analysis of our financial condition and results of operations is based on our unaudited, consolidated financial statements, which havebeen prepared  in  accordance  with  accounting  principles  generally accepted  in  the  U.S.  The  preparation  of  these  financial  statements  requires  us  to  make  estimates  andjudgments  that  affect  the reported  amounts  of  assets,  liabilities  and expenses.  We base our estimates  on historical  experience  and on various  other  assumptions  that webelieve to be reasonable under the circumstances, the results of which form the basis for making judgments about the carrying values of assets and liabilities that are notreadily apparent from other sources. Actual results may differ from these estimates under different assumptions or conditions. We believe the following critical accountingpolicies affect our most significant judgments and estimates used in preparation of our unaudited, consolidated financial statements.

 Stock-Based Compensation. We adopted the provisions of FASB ASC 718 which establishes accounting for equity instruments exchanged for employee service.

We utilize the Black-Scholes option pricing model to estimate the fair value of employee stock-based compensation at the date of grant, which requires the input of highlysubjective assumptions, including expected volatility and expected life. Changes in these inputs and assumptions can materially affect the measure of estimated fair value ofour share-based compensation. These assumptions are subjective and generally require significant analysis and judgment to develop. When estimating fair value, some ofthe  assumptions will  be  based  on,  or  determined  from,  external  data  and  other  assumptions  may  be  derived  from  our  historical  experience  with  stock-based paymentarrangements. The appropriate weight to place on historical experience is a matter of judgment, based on relevant facts and circumstances. 

We estimated volatility by considering historical stock volatility. We have opted to use the simplified method for estimating expected term of options as equal to themidpoint between the vesting period and the contractual term. 

Research and Development. The costs of materials and equipment or facilities that are acquired or constructed for research and development activities and that havealternative future uses are capitalized as tangible assets when acquired or constructed. The cost of such materials consumed in research and development activities and thedepreciation of such equipment or facilities used in those activities are research and development costs. However, the costs of materials, equipment, or facilities acquired orconstructed for research and development activities that have no alternative future uses are considered research and development costs and are expensed at the time the costsare incurred. Results of Operations and Financial Condition Comparison of the Three Months Ended March 31, 2017 with the Three Months Ended March 31, 2016. 

Revenue. Revenues of $0 and $726,291 for the three months ended March 31, 2017 and 2016, respectively, included $0 and $307,686, respectively, related to the $5million payment from Merck Serono in connection with the Merck Serono Agreement.   Revenues for the three months ended March 31, 2017 and 2016 also include $0 and$418,605, respectively, related to the $3 million payment from Merck Serono in connection with the Merck Serono Amendment (see Revenue Recognition). 

Research and Development Expenses. Research and development expenses were $206,024 for the three months ended March 31, 2017, compared with $1,829,062for the three months ended March 31, 2016. The decrease in expenses is primarily due to cost reductions in connection with the winding down of the clinical trial of Tcelnain SPMS, including our site expenses as well as additional expense reduction due to a pause in NMO study development cost. Additionally, expenses were further reduceddue to the workforce reductions over the past year. The reduction in expense was slightly offset by the severance accrual for our former Chief Scientific Officer.  

12

Page 17: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

General and Administrative Expenses. General and administrative expenses were $719,869 for the three months ended March 31, 2017, compared with $987,248for the three months ended March 31,  2016.  The decrease  in  expenses  is  primarily due to the workforce reduction over the past  year  as  well  as  a  reduction in rent andproperty  taxes.  These  reductions  were  slightly  offset  by  an  increase  in  professional  services  and  no  reallocation  of  general  and administrative  expenses  to  research  anddevelopment.

 Depreciation and Amortization Expenses. Depreciation and amortization expenses for the three months ended March 31, 2017 were $0, compared with $72,589

for  the  three  months  ended  March  31,  2016.  The  decrease  in  depreciation  is  due  to  the  sale  of  certain  furniture,  fixtures,  laboratory  and  manufacturing  equipment inconnection with the assignment of our facilities lease to a third party. 

Interest Income, Net.    Net  interest  expense was $846 for the three months ended March 31, 2017, compared to net income of $108 for the three months endedMarch 31, 2016. 

Other Income and Expense, Net .  Other Income and Expense, net was net income of $467 for the three months ended March 31, 2017, compared to net income of$2,106 for the three months ended March 31, 2016. The decrease is due to a reduction in the number of Canadian clinical sites still treating patients and the related realizedgain in currency fluctuation between the US dollar and the Canadian dollar for payments made to clinical sites located in Canada. 

Net Loss. We had  a  net  loss  for  the  three  months  ended  March  31,  2017  of  $926,272,  or  $0.12  loss  per  share  (basic  and  diluted),  compared  with  a  net  loss  ofapproximately $2.2 million or $0.31 loss per share (basic and diluted) for the three months ended March 31, 2016. The decrease in net loss from March 31, 2016 to March31,  2017  is  due  to  the  cost  reduction  efforts  taken  over  the  last  year.  The  reduction  in  both  general  and  administrative  expenses  as  well  as  research  and  developmentexpenses, was offset by the completed term for revenue recognition of the Option and License Agreement with Merck Serono in December 2016. Liquidity and Capital Resources 

Historically, we have financed our operations primarily through the sale of debt and equity securities. The report of our independent auditors in respect of the 2016fiscal  year  expressed  substantial  doubt  about  our  ability  to  continue  as  a  going  concern.  Specifically,  it  noted  our  recurring  losses,  negative  operating  cash  flows  andaccumulated deficit. The accompanying unaudited consolidated financial statements for the three months ended March 31, 2017 have been prepared assuming that Opexawill  continue  as  a  going  concern, meaning  Opexa  will  continue  in  operation  for  the  foreseeable  future  and  will  be  able  to  realize  assets  and  discharge  liabilities  in  theordinary course of operations. As of March 31, 2017, we had cash and cash equivalents of $2.8 million as well as accounts payable, short-term notes payable and accruedexpenses aggregating $818,315. While we have historically recognized revenue related to certain upfront payments received from Ares Trading SA (“Merck Serono”),  awholly  owned  subsidiary  of  Merck  Serono  S.A.,  in  connection  with  the  Option  and  License  Agreement  and  an  amendment  thereto,  we  have  never  generated  anycommercial revenues, nor do we expect to generate any commercial revenues for the foreseeable future or other revenues in the near term that will result in cash receipts. 

We believe that we have sufficient liquidity to support our current activities in winding down the Abili-T trial and for general operations to sustain the Company andsupport such activities through at least the second quarter of 2017. However, if our projections prove to be inaccurate, or if we encounter additional costs to wind down thetrial  or  to sustain our  operations,  or  if  we  incur other  costs  such as those associated with pursuing further  research and development,  we would need to raise  additionalcapital to continue our operations. 

On March 25, 2016, we entered into a new Sales Agreement with IFS Securities, Inc. (doing business as Brinson Patrick, a division of IFS Securities, Inc.) as salesagent,  pursuant  to which we can offer  and sell  shares  of  our  common stock from time to time depending upon market  demand,  in transactions deemed to be an “at themarket” offering.  We registered up to 1,000,000 shares of common stock for potential  sale under the new ATM facility.  During January 2017, we sold an aggregate of516,278 shares of common stock for gross proceeds of $490,098, with the average share price ranging from $0.90 to $0.97. Proceeds net of fees and deferred offering costwere $413,662. We will need to keep current our shelf registration statement and the offering prospectus relating to the ATM facility in order to use the program to sellshares of common stock in the future. 

If we determine to continue the development of one or more of our programs, we expect to continue to incur significant expenses and increasing losses for at least thenext several years. We would need to raise additional capital in order to conduct further development. Given the disappointing results of our Abili-T trial, we believe ourability  to  issue  equity  securities  or  obtain  debt  financing  in  the  future  on  favorable  terms,  or  at  all,  has  been  substantially  impaired,  particularly  if  the  intended  use  ofproceeds would be for the continued development of Tcelna.  

13

Page 18: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

We continue to explore potential opportunities and alternatives to obtain the additional resources that will be necessary to support our ongoing operations throughand beyond the next 12 months, including raising additional capital through either private or public equity or debt financing as well as using our ATM facility and cuttingexpenses  where  possible.  However,  in  light  of  the Abili-T study results,  there  can be  no assurance  that  we will  be able  to  secure  additional  funds or,  if  such funds  areavailable, that the terms or conditions would be acceptable to us. If we are unable to obtain additional funding to support our current or proposed activities and operations,we may not be able to continue our operations as proposed, which may require us to suspend or terminate any ongoing development activities, modify our business plan,curtail various aspects of our operations, cease operations or seek relief under applicable bankruptcy laws. In such event, our shareholders may lose a substantial portion oreven all of their investment. 

We do not maintain any external lines of credit or have any sources of debt or equity capital committed for funding, other than our ATM facility. Should we need anyadditional capital in the future beyond the ATM facility,  management will  be reliant upon “best efforts” debt or equity financings.  As our prospects for funding, if any,develop, we will assess our business plan and make adjustments accordingly. Although we have successfully funded our operations to date by attracting additional investorsin our equity and debt securities, given the disappointing results of our Abili-T study, there is no assurance that our capital raising efforts will be able to attract additionalcapital necessary for future operations. Off-Balance Sheet Arrangements 

None. Recent Accounting Pronouncements 

For the three months ended March 31, 2017, there were no accounting standards or interpretations issued that are expected to have a material impact on our financialposition, operations or cash flows.    Item 3. Quantitative and Qualitative Disclosures About Market Risk. 

Not Applicable. Item 4. Controls and Procedures. Evaluation of Disclosure Controls and Procedures 

We maintain disclosure controls and procedures that are designed to ensure that information required to be disclosed by us in the reports that we file or submit to theSecurities and Exchange Commission under the Securities Exchange Act of 1934, as amended, is recorded, processed, summarized, and reported within the time periodsspecified  by  the  Securities  and  Exchange  Commission’s  rules  and  forms,  and  that  information  is  accumulated  and  communicated  to  our  management,  including  ourprincipal  executive  (whom  we  refer  to  in  this  periodic  report  as  our  Certifying  Officer),  as  appropriate  to  allow  timely  decisions  regarding  required  disclosure.  Ourmanagement  evaluated,  with  the participation  of  our  Certifying  Officer,  the  effectiveness  of  our  disclosure  controls  and  procedures  as  of  March  31,  2017,  pursuant  toRule 13a-15(b) under the Securities Exchange Act. Based upon that evaluation, our Certifying Officer concluded that, as of March 31, 2017, our disclosure controls andprocedures were effective. Changes in Internal Control Over Financial Reporting 

There were no changes in our internal control over financial reporting that occurred during our most recently completed fiscal quarter that have materially affected,or are reasonably likely to materially affect, our internal control over financial reporting.  

14

Page 19: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  PART II - OTHER INFORMATION Item 1A. Risk Factors. 

  Investing in our securities involves a high degree of risk. You should consider the following risk factors, as well as other information contained or incorporated byreference in this report, before deciding to invest in our securities. The following factors affect our business, our intellectual property, the industry in which we operate andour securities. The risks and uncertainties described below are not the only ones we face. Additional risks and uncertainties not presently known or which we considerimmaterial as of the date hereof may also have an adverse effect on our business. If any of the matters discussed in the following risk factors were to occur, our business,financial condition, results of operations, cash flows or prospects could be materially adversely affected, the market price of our securities could decline and you could loseall or part of your investment in our securities.  Risks Related to Our Business Our business to date has been almost entirely dependent on the development of Tcelna, which recently failed to show a treatment effect in the Phase IIb clinical trialknown as the Abili-T study. We are continuing to assess the viability of our other research and development programs and conduct a review of strategic alternatives,and it is possible that we may ultimately decide not to pursue any further drug development of Tcelna or our other programs. Although we have decreased our cashburn substantially, our cash needs over the next few months may be unpredictable. 

On October 28, 2016, we announced that the Phase IIb Abili-T clinical trial designed to evaluate the efficacy and safety of Tcelna (imilecleucel-T) in patients withSPMS did not meet its primary endpoint of reduction in brain volume change (atrophy), nor did it meet the secondary endpoint of reduction of the rate of sustained diseaseprogression.  We  had  previously  devoted  substantially  all  of  our  research,  development,  clinical  efforts  and  financial  resources  toward  the  development  of  Tcelna.  Weimplemented  a  reduction  in workforce  of  40% of  our  then  20  full-time  employees,  announced  on November  2,  2016,  while  we  reevaluated  our  programs  and  variousstrategic alternatives in light of the disappointing Abili-T study data. On December 14, 2016, a further workforce reduction was implemented to conserve cash, reducing thenumber  of  full-time employees  by  an  additional  25% of  the  then  12  employees.  In  January 2017,  an  additional  workforce  reduction  of  seven  full-time  employees wasimplemented to conserve cash. As of March 31, 2017 we had two full-time employees. After further analysis of the data from the Abili-T trial, we have determined that wewill not move forward with further studies of Tcelna in SPMS at this time. We are conducting a review of our other research and development programs, including ourpreclinical program for OPX-212 in NMO, to assess the viability of continuing to pursue one or more of these programs. We are also exploring our strategic alternatives.We cannot fully predict whether or to what extent we will resume drug development activities, and we cannot predict our future cash needs until we complete this analysisand while we are evaluating strategic alternatives. If we decide to continue one or more of our development programs, we will be required to raise additional capital, and our ability to obtain funding in light of thedisappointing results of the Abili-T study is likely to be challenging. If sufficient capital is not available, we may not be able to continue our operations, which mayrequire us to suspend or terminate any ongoing development activities, modify our business plan, curtail various aspects of our operations, cease operations or seekrelief under applicable bankruptcy laws. 

As of March 31, 2017, we had cash and cash equivalents of $2.8 million as well as accounts payable, short-term notes payable and accrued expenses aggregating$818,315.    Our  operating  cash  burn  rate  during  the  three  months  ended  March  31,  2017  was  approximately  $324,000  per  month,  which  was  mainly  general  andadministrative expenses. 

We believe that we have sufficient liquidity to support our current activities in winding down the Abili-T trial and for general operations to sustain the Company andsupport such activities through at least the second quarter of 2017. However, if our projections prove to be inaccurate, or if we encounter additional costs to wind down thetrial  or  to sustain our  operations,  or  if  we  incur other  costs  such as those associated with pursuing further  research and development,  we would need to raise  additionalcapital to continue our operations. 

If we decide to continue the development of one or more of our programs, we expect to continue to incur significant expenses and increasing losses for at least thenext several years. We would need to raise additional capital in order to conduct additional clinical trials of Tcelna or any other product candidates. Given the disappointingresults  of  our  Abili-T  trial,  we  believe  our  ability  to  issue  equity  securities  or  obtain  debt  financing  in  the  future  on  favorable  terms,  or  at  all,  has  been  substantiallyimpaired, particularly if the intended use of proceeds would be for the continued development of Tcelna.  

15

Page 20: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

We continue to explore potential opportunities and alternatives to obtain the additional resources that will be necessary to support our ongoing operations throughand beyond the next 12 months, including raising additional capital through either private or public equity or debt financing as well as using our ATM facility and cuttingexpenses  where  possible.  However,  in  light  of  the Abili-T study results,  there  can be  no assurance  that  we will  be able  to  secure  additional  funds or,  if  such funds  areavailable, that the terms or conditions would be acceptable to us. If we are unable to obtain additional funding to support our current activities and operations, we may notbe able to continue our operations as proposed, which may require us to suspend or terminate any development activities, modify our business plan, curtail various aspectsof  our  operations,  cease  operations  or  seek  relief  under  applicable  bankruptcy  laws.  In  such  event,  our  shareholders  may  lose  a  substantial  portion  or  even  all  of  theirinvestment. 

If we are not successful in attracting another partner, we may not be able to complete development of or commercialize any product candidate.   In such event, ourability to generate revenues and achieve or sustain profitability would be significantly hindered and we may not be able to continue operations as proposed, requiring us tomodify our business plan, curtail various aspects of our operations or cease operations. In such event, our shareholders may lose a substantial portion or even all of theirinvestment. 

We do not maintain any external lines of credit or have any sources of debt or equity capital committed for funding, other than our ATM facility. Should we need anyadditional capital in the future beyond these sources, management will be reliant upon “best efforts” debt or equity financings. We can provide no assurance that we will besuccessful in any funding effort.  The timing and degree of any future capital requirements will depend on many factors, including: 

● our ability to establish, enforce and maintain strategic arrangements for research, development, clinical testing, manufacturing and marketing;● the accuracy of the assumptions underlying our estimates for capital needs;● scientific progress in our research and development programs;● the magnitude and scope of our research and development programs;● our progress with preclinical development and clinical trials;● the time and costs involved in obtaining regulatory approvals;● the costs involved in preparing, filing, prosecuting, maintaining, defending and enforcing patent claims; and● the number and type of product candidates that we pursue.

 If  we  raise  additional  funds  by  issuing  equity  securities,  shareholders may  experience  substantial  dilution.    Debt  financing,  if  available,  may  involve  restrictive

covenants that may impede our ability to operate our business. Any debt financing or additional equity that we raise may contain terms that are not favorable to us or ourshareholders. There is no assurance that our capital raising efforts will be able to attract the capital needed to execute on our business plan and sustain our operations. There is substantial doubt as to our ability to continue as a going concern, which may make it more difficult for us to raise capital. 

   The report of our independent auditors in respect of the 2016 fiscal year expressed substantial doubt about our ability to continue as a going concern.  Specifically,it noted our recurring losses, negative operating cash flows and accumulated deficit. Our consolidated financial statements as of March 31, 2017 and for the three-monthperiod then ended were prepared assuming that we will continue as a going concern, meaning that we will continue in operation for the foreseeable future and will be able torealize assets and discharge liabilities in the ordinary course of operations.  While we have historically recognized revenue related to the $5 million and $3 million paymentsfrom Merck Serono received in February 2013 and March 2015 in connection with the Option and License Agreement and the Amendment over the exclusive option periodbased  on  the  expected  completion  term  of  the  Abili-T  clinical  trial,  we  have  never  generated  any  commercial  revenues,  nor  do  we  expect  to  generate  any  commercialrevenues for the foreseeable future or other revenues in the near term that will result in cash receipts.  As of March 31, 2017, we had cash and cash equivalents of $2.8million as well as accounts payable, short-term notes payable and accrued expenses aggregating $818,315.   

On October  28,  2016,  we  announced  that  the  Abili-T  trial  did  not  meet  its  primary  or  secondary  endpoints,  and,  in  order  to  conserve  cash  resources  while  wereevaluated our programs and explored various strategic alternatives, during the fourth quarter of 2016 and the first quarter of 2017 we implemented several reductions inworkforce totaling 90% of our then 20 full-time employees. As of March 31, 2017 we had two full time employees. After further analysis of the data from the Abili-T trial,we  have  determined  that  we  will  not  move  forward  with  further  studies  of  Tcelna  in  SPMS  at  this  time,  and  we  are  conducting  a  review  of  our  other  research  anddevelopment programs. We believe that we have sufficient liquidity to support our current activities in winding down the Abili-T trial and for general operations to sustainthe Company and support such activities at least through the second quarter of 2017.  

16

Page 21: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

We continue to explore potential opportunities and alternatives to obtain the additional resources that will be necessary to support our ongoing operations, includingraising additional capital through either private or public equity or debt financing as well as using our ATM facility and cutting expenses where possible. In the absence ofsignificant additional funding to support our operations, there is substantial doubt about our ability to continue as a going concern.  Our financial statements do not includeany adjustments that might result from the outcome of this uncertainty. 

Additionally,  in  light  of  the  disappointing  Abili-T  study  results,  there  can  be  no  assurance  that  we  will  be  able  to  secure  additional  funds,  or  if  such  funds  areavailable, that the terms or conditions would be acceptable to us. If we are unable to obtain additional funding to support our current activities and operations, we may notbe able to continue our operations as proposed, which may require us to suspend or terminate any development activities, modify our business plan, curtail various aspectsof  our  operations,  cease operations  or  seek  relief  under  applicable  bankruptcy  laws.  In  such  event,  our  shareholders  may  lose  a  substantial  portion  or  even  all  of theirinvestment. We have a history of operating losses and do not expect to be profitable in the foreseeable future. 

We have not generated any profits since our entry into the biotechnology business and we have incurred significant operating losses.  We expect to incur additionaloperating  losses  for  the  foreseeable  future.  We  have  not  received,  and  we  do  not  expect  to  receive  for  at  least  the  next  several  years,  any  revenues  from  thecommercialization of any potential products. We do not currently have any sources of revenues and may not have any in the foreseeable future. The employment agreement with our President and Chief Executive Officer may require us to pay severance benefits if he is terminated under specified circumstances,including in connection with a change of control of us, which could harm our financial condition or results. 

The employment  agreement  with  our  President  and  Chief  Executive  Officer  contains  change  of  control  and  severance  provisions  providing  for  the  payment  ofseverance  and  other  benefits,  including  accelerated  vesting  of  stock  options,  in  the  event  of  a  termination  of  employment  under  specified  circumstances,  including  inconnection with a change of control of us. The accelerated vesting of options could result in dilution to our existing stockholders and harm the market price of our commonstock. The payment of severance benefits could harm our financial  condition and results  of operation.  In addition,  these potential  severance  payments  and benefits  maydiscourage or prevent third parties from seeking a business combination with us. Our business is at an early stage of development. To date, we have devoted substantially all of our resources to research and development efforts relating to Tcelna. 

Our business is at an early stage of development. We do not have any products on the market. We have only one product candidate, Tcelna, which has progressed tothe stage of  being studied in  human clinical  trials  in  the United States.  To date,  we have devoted substantially  all  of  our  resources  to  research  and development effortsrelating to  Tcelna,  including conducting clinical  trials and developing manufacturing capabilities,  providing general  and administrative  support  for  these  operations  andprotecting our intellectual property. The disappointing results of our Abili-T trial have resulted, at a minimum, in a development delay of at least a few years. If we decideto  continue  the  development  of  one  or  more  of  our  programs,  we  will  need  to  commence  and  complete  additional  clinical  trials,  manage  clinical  and  manufacturingactivities,  and obtain  necessary  regulatory  approvals  from the FDA in  the  United  States  and  from foreign  regulatory  authorities  in other  jurisdictions.  Additionally,  oursecond pipeline candidate, OPX-212 has been in preclinical development for the treatment of NMO. Any of our potential products will require regulatory approval prior tomarketing in the United States and other countries. Obtaining such approval requires significant research and development and preclinical and clinical testing. We may notbe able to develop any products, obtain regulatory approvals, enter clinical trials (or any development activities) for any product candidates, or commercialize any products.Any of our potential products may prove to have undesirable or unintended side effects or other characteristics adversely affecting their safety, efficacy or cost-effectivenessthat could prevent or limit their use. Any product using any of our technology may fail to provide the intended therapeutic benefits or to achieve therapeutic benefits equalto or better than the standard of treatment at the time of testing or production. The Abili-T trial results cast doubt about the probative value of our results in earlier clinical trials of Tcelna. 

Trial designs and results from previous trials are not necessarily predictive of our future clinical trial designs or results. For example, although the results of priorclinical trials of Tcelna for the treatment of MS included evidence of efficacy, the Abili-T trial for the treatment of patients with SPMS failed to meet either its primary orsecondary endpoints.  

17

Page 22: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

There  is  a  high  failure  rate  for  drug  candidates  proceeding  through  clinical  trials.  Data  obtained  from  preclinical  and  clinical  activities  are  subject  to  varyinginterpretations, which may delay, limit or prevent regulatory approval. In addition, regulatory delays or rejections may be encountered as a result of many factors, includingchanges in regulatory policy during the period of product development. We will need regulatory approvals for any product candidate prior to introduction to the market, which will require successful testing in clinical trials. Clinical trialsare subject to extensive regulatory requirements, and are very expensive, time-consuming and difficult to design and implement. Any product candidate may fail toachieve necessary safety and efficacy endpoints during clinical trials in which case we will be unable to generate revenue from the commercialization and sale of ourproducts. 

Human clinical trials are very expensive and difficult to design and implement, in part because they are subject to rigorous FDA requirements, and must otherwisecomply  with  federal,  state  and  local  requirements  and  policies  of  the  medical  institutions  where  they  are  conducted.  The  clinical  trial  process  is  also  time-consuming.Failure can occur at any stage of the trials, and problems could be encountered that would cause us to be unable to initiate a trial, or to abandon or repeat a clinical trial.

  The commencement and completion of clinical trials may be delayed or prevented by several factors, including:

 ● FDA or IRB objection to proposed protocols;● discussions or disagreement with the FDA over the adequacy of trial design to potentially demonstrate effectiveness, and subsequent design modifications;● unforeseen safety issues;● determination of dosing issues, epitope profiles, and related adjustments;● lack of effectiveness during clinical trials;● slower than expected rates of patient recruitment;● product quality problems (e.g., sterility or purity);● challenges to patient monitoring, retention and data collection during or after treatment (e.g., patients’ failure to return for follow-up visits or to complete thetrial, detection of epitope profiles in subsequent visits, etc.); and

● failure of medical investigators to follow our clinical protocols. 

In addition, we or the FDA (based on its authority over clinical studies) may delay a proposed investigation or suspend clinical  trials in progress at any time if itappears that the study may pose significant risks to the study participants or other serious deficiencies are identified.  Prior to approval of any product candidate, the FDAmust determine that the data demonstrate safety and effectiveness.  The large majority of drug candidates that begin human clinical trials fail to demonstrate the desiredsafety and efficacy characteristics. 

Furthermore, changes  in  regulatory  requirements  and  guidance  may  occur  and  we may  need  to  amend  clinical  trial  protocols,  or  otherwise  modify  our  intendedcourse of clinical development, to reflect these changes.  This, too, may impact the costs, timing or successful completion of a clinical trial.  In light of widely publicizedevents concerning the safety risk of certain drug products, regulatory authorities, members of Congress, the U.S. Government Accountability Office, medical professionalsand the general public have raised concerns about potential drug safety issues. These events have resulted in the withdrawal of drug products, revisions to drug labeling thatfurther limit use of the drug products, and establishment of risk management programs that may, for instance, restrict distribution of drug products. The increased attentionto drug safety issues may result in a more cautious approach by the FDA to clinical trials. Data from clinical trials may receive greater scrutiny with respect to safety, whichmay make the FDA or other regulatory authorities more likely to terminate clinical trials before completion or require longer or additional clinical trials that may result insubstantial additional expense and a delay or failure in obtaining approval or approval for a more limited indication than originally sought. 

Even  if  regulatory  approval  is  obtained  for  any  product  candidate,  any  such  approval  may  be  subject  to  limitations  on  the  indicated  uses  for which  it  may  bemarketed. Our ability to generate revenues from the commercialization and sale of any potential products, whether directly or through any development arrangement, willbe limited by any failure to obtain or limitation on necessary regulatory approvals.  

18

Page 23: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  As a result of the disappointing data from the Abili-T trial and the reductions in our workforce during 2016 and early 2017, our workforce has been reducedsubstantially. If we are unable to retain our remaining employees, or rebuild our workforce if we decide to continue one or more of our development programs, ourbusiness will be seriously jeopardized. It will be difficult to grow or operate our business with the limited number of employees we currently have.

 On November 2, 2016, we announced a reduction of 40% of our then full-time workforce of 20 employees as a result of the disappointing data from the Abili-T

study. On December 14, 2016, a further workforce reduction was implemented to conserve cash, reducing the number of full-time employees by an additional 25% of thethen 12 employees. During January 2017, an additional workforce reduction of seven full-time employees was implemented to conserve cash, leaving us at this point withonly two full-time employees. Our Chief Development Officer resigned in November 2016 after announcement of the Abili-T trial results and the employment of our ChiefScientific  Officer  was terminated as part  of  the January 2017 reduction.  We have only one officer  remaining,  who serves as our President,  Chief  Executive Officer  andActing Chief Financial Officer. 

Our exploration of strategic alternatives and cash conservation activities may yield unintended consequences, such as attrition beyond our planned reductions inworkforce and reduced employee morale which may cause our remaining employees to seek alternate employment. In such event, we may be unable on a timely basis tohire suitable replacements to operate our business effectively. The loss of the services of any of our employees could have a material adverse effect on our business andresults of operations.  Our restructuring initiatives have caused disruption in our business operations, and we may not be able to effectively realize the savings anticipated byany restructuring initiative and reductions-in-force.    Additionally,  there may be future  changes in our  workforce,  including as  a  result  of changes that  may occur in ouroperations or operating plan, or other reasons or events.  There may also be possible changes in the amount of charges and cash payments associated with any workforcereduction, including the possibility that we may incur unanticipated charges or make cash payments that are not contemplated. 

Additionally, if we ultimately decide to pursue one or more of our development programs, we will need to rebuild our workforce and management team. We maybe unable on a timely basis to hire and train suitable new employees to continue to operate our business and further any such development programs. It will be difficult togrow or operate our business with the small number of employees we currently have. Funding from our ATM facility may be limited or be insufficient to fund our operations or to implement our strategy. 

We  will  need  to  keep  current  our  shelf  registration  statement  and  the  offering  prospectus  relating  to  ATM facility  with  Brinson  Patrick  (now a  division  of  IFSSecurities, Inc.) in order to use the program to sell shares of our common stock. The number of shares and price at which we may be able to sell shares under our ATMfacility may be limited due to market conditions and other factors beyond our control. We may make changes to discretionary R&D investments that may have an impact on costs. 

We conducted  an  immune  monitoring  program on  blood  samples  collected over  time  to  detect  Tcelna-induced  immune  modulation.  While  certain data has beenanalyzed  to  date,  a  correlation  analysis  of  immune monitoring  T-cell  phenotypes  to  MRTC bio-activity  has  not  been  conducted.  Expenses  associated  with  the  immunemonitoring program are incurred at our discretion and are not required to satisfy any FDA-mandated criteria. Consequently, we may make changes to the parameters thatare being analyzed, or we may elect not to proceed with certain analyses, and these changes may result in either increased or decreased expenses for any such study. 

We may also incur discretionary expenses related to preclinical, Phase I, Phase II and/or Phase III development programs, manufacturing scale-up/automation andtechnology transfer, research on additional indications and business development activities. There is no assurance that any such future expenses would be recovered by us. We would need to rely on third parties to conduct our clinical trials and perform data collection and analysis, which may result in costs and delays that may hamper ourability to successfully develop and commercialize any product candidate. 

Although we have participated in the design and management of our past clinical trials, we do not have the ability to conduct clinical trials directly for any productcandidate. We would need to rely on contract research organizations, medical institutions, clinical investigators and contract laboratories to conduct any clinical trials and toperform data collection and analysis. 

Any clinical trials we may conduct could be delayed, suspended or terminated if: 

● any third party upon whom we rely does not successfully carry out its contractual duties or regulatory obligations or meet expected deadlines;● licenses needed from third parties for manufacturing in order to conduct Phase III trials or to conduct commercial manufacturing, if applicable, are notobtained;

● any such third party needs to be replaced; or● the quality or accuracy of the data obtained by the third party is compromised due to its failure to adhere to clinical protocols or regulatory requirementsor for other reasons.

  

19

Page 24: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

Failure to  perform  by  any  third  party  upon  whom we  rely  may  increase  our  development  costs,  delay  our  ability  to  obtain  regulatory  approval  and  prevent  thecommercialization of any product candidate.    While we believe that there are numerous alternative sources to provide these services, we might not be able to enter intoreplacement arrangements without delays or additional expenditures if we were to seek such alternative sources. If we fail to identify and license or acquire other product candidates, we will not be able to expand our business over the long term. 

We have focused on MS as the first disease to be pursued off our T-cell platform technology, and in 2014, we initiated development activities for OPX-212, our drugcandidate for NMO, as the second disease we are pursuing. As a platform technology, there exists the potential to address other autoimmune diseases with the technology.While  preclinical  development  and  manufacturing  activities  have  been  conducted  for  OPX-212  in  NMO,  such  work  is  modest  compared  to  the  effort  that  has  beencommitted to Tcelna for the lead MS indication. However, inasmuch as the Abili-T study of Tcelna in SPMS did not meet either its primary or secondary endpoints, wehave determined that we will not move forward with further studies of Tcelna in SPMS at this time and are assessing whether to continue our development activities. Ourbusiness over the long term is substantially dependent on our ability to develop, license or acquire product candidates and further develop them for commercialization. Thesuccess of this strategy depends upon our ability to expand our existing platform or identify, select and acquire the right product candidates. We have limited experienceidentifying,  negotiating and implementing economically viable product  candidate  acquisitions or  licenses,  which is  a lengthy and complex process.  Also,  the market  forlicensing and acquiring product candidates is intensely competitive, and many of our competitors have greater resources than we do. We may not have the requisite capitalresources to consummate product candidate acquisitions or licenses that we identify to fulfill our strategy. 

Moreover, any product candidate acquisition that we do complete will involve numerous risks, including: 

● difficulties in integrating the development program for the acquired product candidate into our existing operations;● diversion of financial and management resources from existing operations;● risks of entering new potential markets or technologies;● inability to generate sufficient funding to offset acquisition costs; and● delays that may result from our having to perform unanticipated preclinical trials or other tests on the product candidate.

 If we fail to meet our obligations under our license agreements, we may lose our rights to key technologies on which our business depends. 

Our business depends on licenses from third parties.  These third party  license agreements  impose obligations on us,  such as payment obligations and obligationsdiligently to pursue development of commercial products under the licensed patents. If applicable, we may also need to seek additional licenses to move into Phase III trialsor the commercial stage of operations. These licenses may require increased payments to the licensors. If a licensor believes that we have failed to meet our obligationsunder a license agreement, the licensor could seek to limit or terminate our license rights, which could lead to costly and time-consuming litigation and, potentially, a loss ofthe licensed rights. During the period of any such litigation, our ability to carry out the development and commercialization of potential products could be significantly andnegatively affected. If our license rights were restricted or ultimately lost, our ability to continue our business based on the affected technology platform could be adverselyaffected. We no longer lease a research and manufacturing facility in which to conduct development or manufacture product candidates for our programs or clinical trialactivities or, if any such clinical trials were to be successful, commercial applications. 

Through January 2017, we conducted our research and development in a 10,200 square foot facility in The Woodlands, Texas, which included an approximately1,200 square foot suite of three rooms for the manufacture of T-cell therapies. On February 1, 2017, we assigned the facility lease to a third party, who assumed from us allof our remaining rights and obligations under the lease. In connection with the lease assignment, we also sold certain furniture, fixtures and equipment (including laboratoryand manufacturing equipment) as well as our laboratory supplies located at our corporate headquarters to the third party for cash consideration. In light of the continuingevaluation of our strategic alternatives following the release of data from the Abili-T clinical study, we deemed it advisable to reduce our office, R&D and manufacturingspace and corresponding rent obligations. As a result, we are currently using temporary office space in the same facility but no longer have the capacity for any research anddevelopment or for any manufacturing operations. If we decide to continue to pursue development of any of our product candidates, we would need to locate and obtain anew  facility,  arrange  for  R&D  and  manufacturing  staff,  contract  with  corporate  collaborators  or  other  third  parties  to  assist  with  future  drug  production  andcommercialization, or defer to a collaborative partner or third party to address these needs.  

20

Page 25: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

In the event that we decide to again establish a R&D or manufacturing facility, we would require substantial additional funds and would be required to hire and trainsignificant numbers of employees and comply with applicable regulations, which are extensive.  We do not have funds available for building an R&D or manufacturingfacility, and we may not be able to build a facility that both meets regulatory requirements and is sufficient for our needs. 

We may arrange with third parties for the manufacture of our future products, if any. However, our third-party sourcing strategy may not result in a cost-effectivemeans for manufacturing our future products. If we employ third-party manufacturers, we will not control many aspects of the manufacturing process, including complianceby these third parties with cGMP and other regulatory requirements.  We further may not be able to obtain adequate supplies from third-party manufacturers  in a timelyfashion for development or commercialization purposes, and commercial quantities of products may not be available from contract manufacturers at acceptable costs. 

Problems  with  our manufacturing  process  or  with  a  manufacturing  facility  (whether  ours  or  a  third  party’s)  could  result  in  the  failure  to  produce,  or  a  delay  inproducing,  adequate  supplies  of  any  of  our product  candidates.  A  number  of  factors  could  cause  interruptions  or  delays,  including  equipment  malfunctions  or  failures,destruction or damage to a manufacturing facility  due to natural disasters or otherwise,  contamination of materials,  changes in regulatory requirements or standards thatrequire modifications to our manufacturing process, action by a regulatory agency or by a manufacturer (whether us or a third party) that results in the halting or slowdownof production due to regulatory issues, any third-party manufacturer going out of business or failing to produce as contractually required, or other similar factors. 

Difficulties,  delays  or  interruptions  in  the  manufacture  and  supply  of  any  of  our  product  candidates  could  require  us  to  stop  treating  patients  in  our  clinicaldevelopment of such product candidate and/or require a halt to or suspension of, or otherwise adversely affect, a clinical trial, thus increasing our costs and damaging ourreputation. If a product candidate is approved, difficulties, delays or interruptions in the manufacture and supply of such product candidate could cause a delay in or evenhalt or suspend the commercialization of such product candidate, potentially causing a partial or complete loss of revenue or market share. Tcelna was manufactured using our proprietary ImmPath® technology for the production of an autologous T-cell immunotherapy utilizing a patient’s own blood. Ourmanufacturing process may raise development issues that may not be resolvable, regulatory issues that could delay or prevent approval, or personnel issues that mayprevent the further development or commercialization, if approved, of any product candidate. 

Tcelna was  based  on  our  novel  T-cell  immunotherapy  platform,  ImmPath, which  produces  an  autologous  T-cell  immunotherapy  utilizing  a patient’s  own blood.OPX-212  may  be  similarly  produced.    The  manufacture  of  living  T-cell  products  requires  specialized  facilities,  equipment  and  personnel  which  are  different  than  theresources required for manufacturing chemical  or biologic compounds.   Scaling-out the manufacture of  living cell  products to meet demands for commercialization willrequire  substantial  amounts  of  such  specialized  facilities,  equipment  and  personnel,  especially  where  the  products  are  personalized  and  must  be  made  for  each  patientindividually.    Because  our  manufacturing  processes  are  complex,  require  facilities  and  personnel  that  are  not  widely  available  in  the  industry,  involve  equipment  andtraining  with  long  lead  times,  and the  establishment  of  new manufacturing  facilities  is  subject  to  a  potentially  lengthy regulatory  approval  process, alternative qualifiedproduction capacity may not be available on a timely basis or on reasonably terms, if  at  all.    In addition, not many consultants or advisors in the industry have relevantexperience  and  can  provide  guidance  or  assistance  because  active  immune  therapies  are  fundamentally  a  new category  of  product  in  two  major  ways:    (i)  the  productconsists of living T-cells, not chemical or biologic compounds; and (ii) the product is personalized.  There can be no assurance that manufacturing problems will not arise inthe future which we may not be able to resolve or which may cause significant delays in development or, if any product candidate is approved, commercialization. 

Regulatory approval of  product  candidates  that  are  manufactured  using novel manufacturing  processes  such as  ours  can  be  more  expensive  and take  longer thanother,  more  well-known  or  extensively  studied  pharmaceutical  or  biopharmaceutical  products,  due  to  a  lack  of  experience  with  them.    FDA  approval  of  personalizedimmunotherapy products  has been limited to date.    This  lack of experience and precedent  may lengthen the regulatory review process,  require  that  additional  studies orclinical trials be conducted, increase development costs,  lead to changes in regulatory positions and interpretations,  delay or prevent approval and commercialization, orlead to significant post-approval limitations or restrictions.  

In addition, the novel nature of product candidates also means that fewer people are trained in or experienced with product candidates of this type, which may makeit difficult to find, hire and retain capable personnel for research, development and manufacturing positions.  

21

Page 26: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  If any product we may eventually have is not accepted by the market or if users of any such product are unable to obtain adequate coverage of and reimbursement forsuch product from government and other third-party payors, our revenues and profitability will suffer. 

Our ability  to successfully  commercialize  any product  we may eventually have,  to the extent  applicable,  and/or our ability to receive any revenue will depend insignificant part on the extent to which appropriate coverage of and reimbursement for such product and any related treatments are obtained from governmental authorities,private health insurers and other organizations, such as health maintenance organizations, or HMOs.  Third-party payors are increasingly challenging the prices charged formedical  products  and  services.    We  cannot  provide  any  assurances  that  third-party  payors  will  consider  any  product  cost-effective  or  provide  coverage  of  andreimbursement for such product, in whole or in part. 

Uncertainty  exists  as  to  the  coverage  and  reimbursement  status  of  newly  approved medical  products  and  services  and  newly  approved  indications  for  existingproducts.  Third-party payors may conclude that any product is less safe, less clinically effective, or less cost-effective than existing products, and third-party payors maynot  approve  such  product  for  coverage  and  reimbursement.    If  adequate  coverage  of  and  reimbursement  for  any  product  from  third-party  payors  cannot  be  obtained,physicians may limit how much or under what circumstances they will prescribe or administer them.  Such reduction or limitation in the use of any such product wouldcause sales to suffer.  Even if third-party payors make reimbursement available, payment levels may not be sufficient to make the sale of any such product profitable. 

In  addition,  the  trend  towards  managed  health  care  in  the  United  States  and  the  concurrent  growth  of  organizations  such  as  HMOs,  which  could  control  orsignificantly  influence  the  purchase  of  medical  services  and  products,  may  result  in  inadequate  coverage  of  and  reimbursement  for  any  product  we  may  eventuallyhave.    Many  third-party  payors,  including  in  particular  HMOs,  are  pursuing  various  ways  to  reduce  pharmaceutical  costs,  including,  for  instance,  the  use  offormularies.  The market for any product depends on access to such formularies, which are lists of medications for which third-party payors provide reimbursement.  Theseformularies are increasingly restricted, and pharmaceutical companies face significant competition in their efforts to place their products on formularies of HMOs and otherthird-party payors.  This increased competition has led to a downward pricing pressure in the industry.  The cost containment measures that third-party payors are institutingcould have a material adverse effect on our ability to operate profitably. Any product candidate, if approved for sale, may not gain acceptance among physicians, patients and the medical community, thereby limiting our potential to generaterevenues. 

Even if a product candidate is approved for commercial sale by the FDA or other regulatory authorities, the degree of market acceptance of any approved productcandidate by physicians, healthcare professionals and third-party payors, and our profitability and growth, will depend on a number of factors, including: 

● demonstration of efficacy;● relative convenience and ease of administration;● the prevalence and severity of any adverse side effects;● availability and cost of alternative treatments, including cheaper generic drugs;● pricing and cost effectiveness, which may be subject to regulatory control;● effectiveness of sales and marketing strategies for the product and competition for such product;● the product labeling or product insert required by the FDA or regulatory authority in other countries; and● the availability of adequate third-party insurance coverage or reimbursement.

 If any product candidate does not provide a treatment regimen that is as beneficial as the current standard of care or otherwise does not provide patient benefit, that

product  candidate,  if  approved  for  commercial  sale  by  the  FDA  or  other  regulatory  authorities,  likely  will  not  achieve  market  acceptance  and  our  ability  to  generaterevenues from that product candidate would be substantially reduced.  

22

Page 27: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  We have incurred, and expect to continue to incur, increased costs and risks as a result of being a public company. 

As a public company, we are required to comply with the Sarbanes-Oxley Act of 2002, or SOX, as well as rules and regulations implemented by the SEC and TheNASDAQ Stock Market (NASDAQ).  Changes in the laws and regulations affecting public companies, including the provisions of SOX and rules adopted by the SEC andby NASDAQ, have resulted in, and will continue to result in, increased costs to us as we respond to their requirements.  Given the risks inherent in the design and operationof  internal  controls over  financial  reporting,  the  effectiveness  of  our  internal  controls  over  financial  reporting  is  uncertain.    If  our  internal  controls  are  not  designed  oroperating effectively, we may not be able to conclude an evaluation of our internal control over financial reporting as required or we or our independent registered publicaccounting firm may determine that our internal control over financial reporting was not effective.  We currently have a very limited workforce, and it may be difficult toadhere to appropriate internal controls over financial reporting or disclosure controls with such limited staffing. In addition, our registered public accounting firm may eitherdisclaim an  opinion  as  it  relates  to  management’s  assessment  of  the  effectiveness  of our  internal  controls  or  may  issue  an  adverse  opinion  on  the  effectiveness  of  ourinternal controls over financial reporting, especially in light of the fact that we currently have a very limited workforce.  Investors may lose confidence in the reliability ofour financial statements, which could cause the market price of our common stock to decline and which could affect our ability to run our business as we otherwise wouldlike to.  New rules could also make it more difficult or more costly for us to obtain certain types of insurance, including directors’ and officers’ liability insurance, and wemay be forced to accept reduced policy limits and coverage or incur substantially higher costs to obtain the coverage that is the same or similar to our current coverage.  Theimpact  of  these events  could also  make it  more  difficult  for  us  to  attract  and  retain  qualified  persons  to  serve  on our  Board  of  Directors,  our Board committees  and asexecutive officers.  We cannot predict or estimate the total amount of the costs we may incur or the timing of such costs to comply with these rules and regulations. 

Under the corporate governance standards of NASDAQ, a majority of our Board of Directors and each member of our Audit and Compensation Committees must bean independent director.  If any vacancies on our Board or our Audit or Compensation Committees occur that need to be filled by independent directors, we may encounterdifficulty in attracting qualified persons to serve on our Board and, in particular, our Audit Committee.  If we fail to attract and retain the required number of independentdirectors, we may be subject to SEC enforcement proceedings and delisting of our common stock from the NASDAQ Capital Market. Any acquisitions that we make could disrupt our business and harm our financial condition. 

We expect to evaluate potential strategic acquisitions of complementary businesses, products or technologies on a global geographic footprint.  We may also considerjoint ventures, licensing and other collaborative projects.  We may not be able to identify appropriate acquisition candidates or strategic partners, or successfully negotiate,finance or integrate acquisitions of any businesses, products or technologies.  Furthermore, the integration of any acquisition and management of any collaborative projectmay divert our management’s time and resources from our core business and disrupt our operations.  We do not have any experience with acquiring companies, or withacquiring products outside of the United States.  Any cash acquisition we pursue would potentially divert the cash we have on our balance sheet from our present clinicaldevelopment  programs.  Any  stock  acquisitions  would  dilute  our  shareholders’  ownership.    While  we  from  time  to  time  evaluate  potential  collaborative  projects  andacquisitions of businesses, products and technologies, and anticipate continuing to make these evaluations, we have no present agreements with respect to any acquisitionsor collaborative projects. We plan to do business internationally, which may prove to be difficult and fraught with economic, regulatory and political issues. 

We may acquire or in-license foreign companies or technologies or commercialize our T-cell or stem cell platform in countries where the business, economic andpolitical climates are very different from those of the United States.  We may not be aware of some of these issues and it may be difficult for a U.S. company to overcomethese issues and ultimately become profitable.  Certain foreign countries may favor businesses that are owned by nationals of those countries as opposed to foreign-ownedbusiness operating locally.  As a small company, we may not have the resources to engage in the negotiation and time-consuming work needed to overcome some of thesepotential issues.  

23

Page 28: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  Risks Related to Our Intellectual Property Patents obtained by other persons may result in infringement claims against us that are costly to defend and which may limit our ability to use the disputed technologiesand prevent us from pursuing research and development or commercialization of potential products, such as Tcelna. 

If third  party  patents  or  patent  applications  contain  claims  infringed by  either  our  licensed  technology  or  other  technology required  to make or  use our  potentialproducts, such as Tcelna, and such claims are ultimately determined to be valid, there can be no assurance that we would be able to obtain licenses to these patents at areasonable cost, if at all, or be able to develop or obtain alternative technology.  If we are unable to obtain such licenses at a reasonable cost, we may not be able to developany affected product candidate commercially.  There can be no assurance that we will not be obliged to defend ourselves in court against allegations of infringement of thirdparty patents.  Patent litigation is very expensive and could consume substantial resources and create significant uncertainties.  An adverse outcome in such a suit couldsubject us to significant liabilities to third parties, require disputed rights to be licensed from third parties, or require us to cease using such technology.   If we are unable to obtain patent protection and other proprietary rights, our operations will be significantly harmed. 

Our  ability  to  compete  effectively  is  dependent  upon  obtaining  patent  protection  relating  to  our  technologies.    The  patent  positions  of  pharmaceutical  andbiotechnology companies, including ours, are uncertain and involve complex and evolving legal and factual questions.  The coverage sought in a patent application can bedenied or significantly reduced before or after the patent is issued.  Consequently, we do not know whether pending patent applications for our technology will result in theissuance of patents, or if any issued patents will provide significant protection or commercial advantage or will be circumvented by others.  Since patent applications aresecret until the applications are published (usually 18 months after the earliest effective filing date), and since publication of discoveries in the scientific or patent literatureoften lags behind actual discoveries, we cannot be certain that the inventors of our owned or licensed intellectual property rights were the first to make the inventions atissue or that any patent applications at issue were the first to be filed for such inventions.  There can be no assurance that patents will issue from pending patent applicationsor, if issued, that such patents will be of commercial benefit to us, afford us adequate protection from competing products, or not be challenged or declared invalid. 

Issued U.S. patents require the payment of maintenance fees to continue to be in force.  We rely on a third party payor to do this and their failure to do so could resultin the forfeiture of patents not timely maintained.  Many foreign patent offices also require the payment of periodic annuities to keep patents and patent applications in goodstanding.  As we may not maintain direct control over the payment of all such annuities, we cannot assure you that our third party payor will timely pay such annuities andthat the granted patents and pending patent applications will not become abandoned.  In addition, we or our licensors may have selected a limited amount of foreign patentprotection, and therefore applications have not been filed in, and foreign patents may not have been perfected in, all commercially significant countries. 

The patent protection of product candidates, such as Tcelna, involves complex legal and factual questions.  To the extent that it would be necessary or advantageousfor  any  of  our  licensors  to  cooperate  or  lead  in  the  enforcement  of  our  licensed  intellectual  property  rights,  we  cannot  control  the  amount  or  timing  of  resources suchlicensors  devote  on  our  behalf  or  the  priority  they  place  on  enforcing  such  rights.    We  may  not  be  able  to  protect  our  intellectual  property  rights  against  third  partyinfringement, which may be difficult to detect.  Additionally, challenges may be made to the ownership of our intellectual property rights, our ability to enforce them, or ourunderlying licenses. 

We cannot be certain that any of the patents issued to us or to our licensors will provide adequate protection from competing products.  Our success will depend, inpart, on whether we or our licensors can: 

● obtain and maintain patents to protect our product candidates such as Tcelna;● obtain and maintain any required or desirable licenses to use certain technologies of third parties, which may be protected by patents;● protect our trade secrets and know-how;● operate without infringing the intellectual property and proprietary rights of others;● enforce the issued patents under which we hold rights; and● develop additional proprietary technologies that are patentable.

  

24

Page 29: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

The degree of future protection for our proprietary rights (owned or licensed) is uncertain.  For example: 

● we or our licensor might not have been the first to make the inventions covered by pending patent applications or issued patents owned by, or licensed to, us;● we or our licensor might not have been the first to file patent applications for these inventions;● others may independently develop similar or alternative technologies or duplicate any of the technologies owned by, or licensed to, us;● it is possible that none of the pending patent applications owned by, or licensed to, us will result in issued patents;● any  patents  under  which  we  hold  rights  may  not  provide  us  with  a  basis  for  commercially  viable  products,  may  not  provide  us  with  any  competitiveadvantages or may be challenged by third parties as invalid, or unenforceable under U.S. or foreign laws; or

● any  of  the  issued  patents  under  which  we  hold  rights  may  not  be  valid  or  enforceable  or  may  be  circumvented  successfully  in  light  of  the  continuingevolution of domestic and foreign patent laws.

 Confidentiality agreements with employees and others may not adequately prevent disclosure of our trade secrets and other proprietary information and may notadequately protect our intellectual property, which could limit our ability to compete. 

We rely in part on trade secret protection in order to protect our proprietary trade secrets and unpatented know-how.  However, trade secrets are difficult to protect,and we cannot be certain that others will not develop the same or similar technologies on their own.  We have taken steps, including entering into confidentiality agreementswith our employees,  consultants,  outside scientific  collaborators  and other advisors,  to  protect  our  trade secrets  and unpatented know-how.   These agreements  generallyrequire that the other party keep confidential and not disclose to third parties all confidential information developed by the party or made known to the party by us duringthe course of the party’s relationship with us.  We also typically obtain agreements from these parties which provide that inventions conceived by the party in the course ofrendering  services  to  us  will  be  our  exclusive property.    However,  these  agreements  may  not  be  honored  and  may  not  effectively  assign  intellectual  property  rights  tous.  Further, we have limited control, if any, over the protection of trade secrets developed by our licensors.  Enforcing a claim that a party illegally obtained and is usingour trade secrets  or  know-how is  difficult,  expensive  and time consuming,  and the  outcome is unpredictable.    In  addition,  courts  outside  the  United States  may be  lesswilling to protect trade secrets or know-how.  The failure to obtain or maintain trade secret protection could adversely affect our competitive position. A dispute concerning the infringement or misappropriation of our proprietary rights or the proprietary rights of others could be time consuming and costly, and anunfavorable outcome could harm our business. 

A number of pharmaceutical,  biotechnology and other companies, universities  and research institutions have filed patent applications or  have been issued patentsrelating to cell therapy, T-cells, and other technologies potentially relevant to or required by our product candidates such as Tcelna.  We cannot predict which, if any, ofsuch applications will issue as patents or the claims that might be allowed.  We are aware of a number of patent applications and patents claiming use of modified cells totreat disease, disorder or injury. 

There is significant litigation in our industry regarding patent and other intellectual property rights.  While we are not currently subject to any pending intellectualproperty litigation, and are not aware of any such threatened litigation, we may be exposed to future litigation by third parties based on claims that our product candidates,such  as  Tcelna,  or  their  methods  of  use, manufacturing  or  other  technologies  or  activities  infringe  the  intellectual  property  rights  of  such  third  parties.    If  our productcandidates, such as Tcelna, or their methods of manufacture are found to infringe any such patents, we may have to pay significant damages or seek licenses under suchpatents.  We have not conducted comprehensive searches of patents issued to third parties relating to Tcelna or OPX-212.  Consequently, no assurance can be given thatthird-party patents containing claims covering Tcelna or OPX-212, their methods of use or manufacture do not exist or have not been filed and will not be issued in thefuture.  Because some patent applications in the United States may be maintained in secrecy until the patents are issued, and because patent applications in the United Statesand many foreign jurisdictions are typically not published until 18 months after filing, we cannot be certain that others have not filed patent applications that will matureinto issued patents that relate to our current or future product candidates that could have a material effect in developing and commercializing one or more of our productcandidates.    A  patent  holder  could  prevent  us  from  importing,  making,  using  or  selling  the  patented  compounds.    We  may  need  to  resort  to  litigation  to  enforce ourintellectual property rights or to determine the scope and validity of third-party proprietary rights.  Similarly, we may be subject to claims that we have inappropriately usedor disclosed trade secrets or other proprietary information of third parties.  If we become involved in litigation, it could consume a substantial portion of our managerial andfinancial  resources,  regardless  of  whether  we win  or  lose.    Some  of  our  competitors  may  be  able  to  sustain  the  costs  of  complex  intellectual  property  litigation  moreeffectively  than  we  can  because  they  have  substantially  greater  resources.    We  may  not  be  able  to  afford  the  costs  of  litigation.    Any  legal  action  against  us  or  ourcollaborators could lead to:  

25

Page 30: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

● payment of actual damages, royalties, lost profits, potentially treble damages and attorneys’ fees, if we are found to have willfully infringed a thirdparty’s patent rights;

● injunctive or other equitable relief that may effectively block our ability to further develop, commercialize and sell our products;● we or our collaborators having to enter into license arrangements that may not be available on commercially acceptable terms if at all; or● significant cost and expense, as well as distraction of our management from our business.

 As a result, we could be prevented from commercializing current or future product candidates.

 Risks Related to Our Industry We are subject to stringent regulation of our product candidates, which could delay development and commercialization. 

We, our third-party contractors and suppliers, and our product candidates are subject to stringent regulation by the FDA and other regulatory agencies in the UnitedStates and by comparable authorities in other countries.  None of our product candidates can be marketed in the United States until it has been approved by the FDA.  Noproduct candidate of ours has been approved, and we may never receive FDA approval for any product candidate.  Obtaining FDA approval typically takes many years andrequires substantial resources.  Even if regulatory approval is obtained, the FDA may impose significant restrictions on the indicated uses, conditions for use and labeling ofsuch products. Additionally, the FDA may require post-approval studies, including additional research and development and clinical trials. These regulatory requirementsmay limit  the size of the market  for  the product  or  result  in  the incurrence  of  additional costs.    Any delay or  failure  in obtaining required approvals could substantiallyreduce our ability to generate revenues. 

In addition,  both  before  and  after  regulatory  approval,  we  and  our product  candidates  are  subject  to  numerous  FDA requirements  covering,  among other  things,testing,  manufacturing,  quality  control,  labeling,  advertising,  promotion,  distribution  and  export.  The  FDA’s  requirements  may  change  and  additional  governmentregulations may be promulgated that could affect us and our product candidates.  Given the number of recent high profile adverse safety events with certain drug products,the  FDA  may  require,  as  a  condition  of  approval,  costly  risk  management  programs,  which  may  include  safety  surveillance,  restricted  distribution  and  use,  patienteducation, enhanced labeling, special packaging or labeling, expedited reporting of certain adverse events, preapproval of promotional materials and restrictions on direct-to-consumer advertising. Furthermore, heightened Congressional scrutiny on the adequacy of the FDA’s drug approval process and the agency’s efforts to assure the safetyof  marketed  drugs  resulted  in  the  enactment  of  legislation  addressing  drug  safety  issues,  the  FDA Amendments  Act  of  2007.    This  legislation  provides  the  FDA withexpanded  authority  over  drug  products  after  approval  and  the  FDA’s  exercise  of  this  authority  could  result  in  delays  or  increased  costs  during  the  period  of  productdevelopment,  clinical  trials  and  regulatory  review  and  approval,  and  increased  costs  to  assure  compliance  with  new  post-approval  regulatory  requirements.  We  cannotpredict the likelihood, nature or extent of government regulation that may arise from this or future legislation or administrative action, either in the United States or abroad. 

In order  to  market  any  of  our  products  outside  of  the  United  States, we must  establish  and  comply  with  numerous  and varying  regulatory  requirements of othercountries regarding safety and efficacy. Approval procedures vary among countries and can involve additional product testing and additional administrative review periodsand the time required to obtain approval in other countries might differ from that required to obtain FDA approval.  The regulatory approval process in other countries mayinclude all of the risks detailed above regarding FDA approval in the United States.  Approval by the FDA does not automatically lead to the approval of authorities outsideof the United States and, similarly, approval by other regulatory authorities outside the United States will not automatically lead to FDA approval.  In addition, regulatoryapproval in one country does not ensure regulatory approval in another, but a failure or delay in obtaining regulatory approval in one country may negatively impact theregulatory process in others.  Our product candidates may not be approved for all indications that we request, which would limit uses and adversely impact our potentialroyalties  and product  sales.  Such approval  may be subject  to  limitations  on the indicated uses for which any potential  product  may be marketed or require  costly, post-marketing follow-up studies. 

If we fail to comply with applicable regulatory requirements in the United States and other countries, among other things, we may be subject to fines and other civilpenalties, delays in approving or failure to approve a product, suspension or withdrawal of regulatory approvals, product recalls, seizure of products, operating restrictions,interruption of manufacturing or clinical trials, injunctions and criminal prosecution, any of which would harm our business.  

26

Page 31: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  We may need to change our business practices to comply with health care fraud and abuse regulations, and our failure to comply with such laws could adversely affectour business, financial condition and results of operations. 

If we are  successful  in  achieving approval  to market  one or  more of  our product  candidates,  our operations will  be directly,  or  indirectly  through our customers,subject to various state and federal fraud and abuse laws, including, without limitation, the federal Anti-Kickback Statute and False Claims Act. These laws may impact,among other things, our proposed sales, marketing, and education programs.

  The federal Anti-Kickback Statute prohibits persons from knowingly and willfully soliciting, offering, receiving or providing remuneration, directly or indirectly, in

exchange for or to induce either the referral of an individual, or the furnishing or arranging for a good or service, for which payment may be made under a federal healthcareprogram such as the Medicare and Medicaid programs. Several courts have interpreted the statute’s intent requirement to mean that if any one purpose of an arrangementinvolving remuneration is to induce referrals of federal healthcare covered business, the statute has been violated.  The Anti-Kickback Statute is broad and prohibits manyarrangements and practices that are lawful in businesses outside of the healthcare industry. Recognizing that the Anti-Kickback Statute is broad and may technically prohibitmany innocuous or beneficial arrangements, Congress authorized the Department of Health and Human Services, Office of Inspector General, or OIG, to issue a series ofregulations, known as the “safe harbors.” These safe harbors set forth provisions that, if all their applicable requirements are met, will assure healthcare providers and otherparties that they will not be prosecuted under the Anti-Kickback Statute. The failure of a transaction or arrangement to fit precisely within one or more safe harbors does notnecessarily mean that it is illegal or that prosecution will be pursued.  However, conduct and business arrangements that do not fully satisfy each applicable safe harbor mayresult in increased scrutiny by government enforcement authorities such as the OIG.  Penalties for violations of the federal Anti-Kickback Statute include criminal penaltiesand civil sanctions such as fines, imprisonment and possible exclusion from Medicare, Medicaid and other federal healthcare programs. Many states have also adopted lawssimilar to the federal Anti-Kickback Statute, some of which apply to the referral of patients for healthcare items or services reimbursed by any source, not only the Medicareand Medicaid programs. 

The federal False Claims Act prohibits persons from knowingly filing or causing to be filed a false claim to, or the knowing use of false statements to obtain paymentfrom, the federal government. Suits filed under the False Claims Act, known as “qui tam” actions, can be brought by any individual on behalf of the government and suchindividuals, sometimes known as “relators” or, more commonly, as “whistleblowers,” may share in any amounts paid by the entity to the government in fines or settlement.The frequency of filing of qui tam actions has increased significantly in recent years, causing greater numbers of healthcare companies to have to defend a False Claims Actaction.    When  an  entity  is  determined  to  have  violated  the  federal  False  Claims  Act,  it  may  be  required  to  pay  up  to  three  times  the  actual  damages  sustained  by  thegovernment, plus civil penalties. Various states have also enacted laws modeled after the federal False Claims Act. 

In addition to the laws described above, the Health Insurance Portability and Accountability Act of 1996 created two new federal crimes: healthcare fraud and falsestatements relating to healthcare matters.    The healthcare fraud statute prohibits  knowingly and willfully executing a scheme to defraud any healthcare benefit program,including  private  payors.    A  violation  of  this  statute  is  a  felony  and  may  result  in  fines,  imprisonment  or  exclusion  from  government  sponsored  programs.  The  falsestatements statute prohibits knowingly and willfully falsifying, concealing or covering up a material fact or making any materially false, fictitious or fraudulent statement inconnection with the delivery of or payment for healthcare benefits, items or services.  A violation of this statute is a felony and may result in fines or imprisonment. 

Beginning August 1, 2013, the Physician Payments  Sunshine Act (the “Sunshine Act”),  which is part  of the Patient Protection and Affordable Care Act, requiresmanufacturers of drugs, medical devices, biologicals or medical supplies that participate in U.S. federal health care programs to track and then report certain payments anditems  of  value  given  to  U.S.  physicians  and  U.S.  teaching  hospitals  (defined  as  “Covered  Recipients”).    The  Sunshine  Act  requires  that  manufacturers  collect  thisinformation on a yearly basis and then report it to Centers for Medicare & Medicaid Services by the 90th day of each subsequent year. 

If our operations are found to be in violation of any of the laws described above and other applicable state and federal fraud and abuse laws, we may be subject topenalties, including civil and criminal penalties, damages, fines, exclusion from government healthcare programs, and the curtailment or restructuring of our operations.  

27

Page 32: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  If our competitors develop and market products that are more effective than our product candidates, they may reduce or eliminate our commercial opportunities. 

Competition in the pharmaceutical industry, particularly the market for MS products, is intense, and we expect such competition to continue to increase.  We facecompetition from pharmaceutical and biotechnology companies, as well as numerous academic and research institutions and governmental agencies, in the United Statesand abroad.  Our competitors have products that have been approved or are in advanced development and may succeed in developing drugs that are more effective, saferand  more  affordable  or  more  easily  administered  than  ours,  or  that  achieve  patent  protection  or  commercialization  sooner  than  our  products.    Our  most  significantcompetitors are fully integrated pharmaceutical companies and more established biotechnology companies.  These companies have significantly greater capital resourcesand expertise in research and development, manufacturing, testing, obtaining regulatory approvals, and marketing than we currently do.  However, smaller companies alsomay prove to  be  significant  competitors, particularly  through proprietary  research  discoveries  and collaboration  arrangements  with  large  pharmaceutical  and establishedbiotechnology  companies.    In  addition  to  the  competitors  with  existing  products  that  have  been  approved,  many  of  our  competitors  are  further  along  in  the  process  ofproduct  development  and  also  operate  large,  company-funded  research  and  development  programs.    As  a  result,  our  competitors  may  develop  more  competitive  oraffordable products, or achieve earlier patent protection or further product commercialization than we are able to achieve. Competitive products may render any products orproduct candidates that we develop obsolete. 

Our competitors may also develop alternative therapies that could further limit the market for any products that we may develop. Rapid technological change could make our products obsolete. 

Biopharmaceutical technologies have undergone rapid and significant change, and we expect that they will continue to do so.  As a result, there is significant risk thatour product candidates may be rendered obsolete or uneconomical by new discoveries before we recover any expenses incurred in connection with their development. If ourproduct candidates are rendered obsolete by advancements in biopharmaceutical technologies, our future prospects will suffer. Consumers may sue us for product liability, which could result in substantial liabilities that exceed our available resources and damage our reputation. 

Developing and commercializing drug products entails significant product liability risks. Liability claims may arise from our and our collaborators’ use of productsin clinical trials and the commercial sale of those products. 

In the event that any of our product candidates becomes an approved product and is commercialized, consumers may make product liability claims directly against usand/or  our  partners,  and our  partners  or others  selling these products  may seek contribution from us if  they  incur  any loss  or  expenses  related  to  such claims.  We haveinsurance that covers clinical trial activities. We believe our insurance coverage as of the date hereof is reasonably adequate at this time.  However, we will need to increaseand  expand  this  coverage  as  we  commence  additional  clinical  trials,  as  well  as  larger  scale  trials,  and  if  any  product  candidate  is  approved  for  commercial  sale.  Thisinsurance  may  be  prohibitively  expensive  or may  not  fully  cover  our  potential  liabilities.  Our  inability  to obtain  sufficient  insurance  coverage  at  an  acceptable  cost  orotherwise  to  protect  against  potential  product  liability  claims  could  prevent  or  inhibit  the  regulatory  approval  or  commercialization  of  products  that  we  or  one  of  ourcollaborators develop.  Product liability claims could have a material adverse effect on our business and results of operations.  Liability from such claims could exceed ourtotal assets if we do not prevail in any lawsuit brought by a third party alleging that an injury was caused by one or more of our products.   

28

Page 33: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

   Government controls and health care reform measures could adversely affect our business. 

The business and financial condition of pharmaceutical and biotechnology companies are affected by the efforts of governmental and third-party payors to contain orreduce the costs of health care.  In the United States and in foreign jurisdictions, there have been, and we expect that there will continue to be, a number of legislative andregulatory proposals aimed at changing the health care system.  For example, in some foreign countries, particularly in Europe, the pricing of prescription pharmaceuticalsis subject to governmental control. In these countries, pricing negotiations with governmental authorities can take considerable time after the receipt of marketing approvalfor a product  candidate.  To obtain reimbursement  or  pricing approval  in some countries,  we may be required to conduct  additional  clinical  trials  that  compare the cost-effectiveness of any product candidate to other available therapies. If reimbursement of any product candidate is unavailable or limited in scope or amount in a particularcountry, or if pricing is set at unsatisfactory levels, we may be unable to achieve or sustain profitability in such country.  In the United States, the Medicare PrescriptionDrug, Improvement, and Modernization Act of 2003 (MMA) changed the way Medicare covers and pays for pharmaceutical products. The legislation established MedicarePart D, which expanded Medicare coverage for outpatient prescription drug purchases by the elderly but provided authority for limiting the number of drugs that will becovered  in  any  therapeutic  class.  The  MMA also  introduced  a  new  reimbursement  methodology  based  on  average  sales  prices  for  physician-administered  drugs.  Anynegotiated prices for any product candidate covered by a Part D prescription drug plan will likely be lower than the prices that might otherwise be obtained outside of theMedicare Part D prescription drug plan. Moreover, while Medicare Part D applies only to drug benefits for Medicare beneficiaries, private payors often follow Medicarecoverage policy and payment limitations in setting their own payment rates. Any reduction in payment under Medicare Part D may result in a similar reduction in paymentsfrom non-governmental payors. 

The United States and several other jurisdictions are considering, or have already enacted, a number of legislative and regulatory proposals to change the healthcaresystem in ways that could affect our ability to sell any product candidate. Among policy-makers and payors in the United States and elsewhere, there is significant interestin promoting changes in healthcare  systems with the stated goals of containing healthcare costs,  improving quality and/or expanding access to healthcare.  In the UnitedStates,  the pharmaceutical  industry has been a particular  focus of  these efforts  and has been significantly  affected by major  legislative  initiatives.  There have been,  andlikely will continue to be, legislative and regulatory proposals at the federal and state levels directed at broadening the availability of healthcare and containing or loweringthe cost of healthcare. We cannot predict the initiatives that may be adopted in the future. The continuing efforts of the government, insurance companies, managed careorganizations and other payors of healthcare services to contain or reduce costs of healthcare may adversely affect: the demand for any product candidate; the ability to set aprice that we believe is fair for any product candidate; our ability to generate revenues and achieve or maintain profitability; the level of taxes that we are required to pay;and the availability of capital.

  Risks Related to Our Securities There is currently a limited market for our securities, and any trading market that exists in our securities may be highly illiquid and may not reflect the underlyingvalue of our net assets or business prospects. 

Although our common stock is traded on the NASDAQ Capital Market, there is currently a limited market for our securities and there can be no assurance that anactive market will ever develop.  Investors are cautioned not to rely on the possibility that an active trading market may develop. Our stock may be delisted from NASDAQ, which could affect its market price and liquidity. 

We are required to meet certain qualitative and financial tests (including a minimum bid price for our common stock of $1.00 per share and a minimum stockholders’equity of $2.5 million), as well as certain corporate governance standards,  to maintain the listing of our common stock on the NASDAQ Capital  Market.    While we areexercising diligent efforts to maintain the listing of our common stock and warrants on NASDAQ, there can be no assurance that we will be able to do so, and our securitiescould be delisted.     

29

Page 34: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

For example, as a consequence of our announcement on October 28, 2016 that the Abili-T trial did not meet either its primary or secondary endpoints, our stock hastraded below $1.00 per share at times. On April 10, 2017, we received a staff deficiency letter from NASDAQ indicating that our common stock failed to comply with theminimum bid price requirement because it closed below the $1.00 minimum closing bid price for 30 consecutive business days. The notice further stated that we will beprovided  a  period  of  180  calendar  days  to  regain  compliance.  If  our  common  stock  maintains  a  closing  bid  price  of  $1.00  per  share  or  more  for  a  minimum  of  10consecutive business days (or such longer period of time as the NASDAQ staff may require in some circumstances, but generally not more than 20 consecutive businessdays)  before  October  9,  2017,  we will  achieve compliance with this  listing standard.  If  our common stock does not achieve compliance with the minimum bid price byOctober 9, 2017, we may be eligible for an additional 180-day grace period to regain compliance if we meet the continued listing requirement for market value of publiclyheld shares and all other initial listing standards, with the exception of the bid price requirement, and provide timely notice of our intention to cure the deficiency during thesecond grace period by effecting a reverse stock split, if necessary. However, if it appears to the NASDAQ staff that we will not be able to cure the deficiency, or if we donot meet the other listing standards, NASDAQ could provide notice that our stock will become subject to delisting. We are actively monitoring the closing bid price of ourcommon stock and evaluating available options to resolve this deficiency and regain compliance with the minimum bid price rule. 

Additionally, our stockholders’ equity as of March 31, 2017 was $2,241,693, which is below the NASDAQ minimum continued listing requirement of $2.5 million.It is also possible that we could fail to satisfy another NASDAQ requirement for continued listing of our stock, such as the market value or number of publicly held sharesor number of shareholders, or a corporate governance requirement. In addition to the minimum bid price deficiency notice we received on April 10, 2017, we may receiveadditional future notices from NASDAQ that we have failed to meet its requirements including for minimum stockholders’ equity, and proceedings to delist our stock couldbe commenced.  In such event,  NASDAQ rules  permit  us  to appeal any delisting determination  to  a  NASDAQ Hearings Panel.      If  we are  unable  to  maintain  or  regaincompliance in a timely manner or if we do not meet the other listing standards and our common stock is delisted, it could be more difficult to buy or sell our common stockand obtain accurate  quotations,  and the price  of our  stock could suffer  a  material  decline.  Delisting may also  impair  our  ability  to  raise  capital  or  enter  into a  potentialstrategic transaction. Our share price is volatile, and you may not be able to resell our shares at a profit or at all. 

The market prices for securities of biopharmaceutical and biotechnology companies, and early-stage drug discovery and development companies like us in particular,have historically been highly volatile and may continue to be highly volatile in the future.  The following factors, in addition to other risk factors described in this section,may have a significant impact on the market price of our common stock: 

● the disappointing results recently announced on October 28, 2016 for the Abili-T clinical study of Tcelna in SPMS;● announcements of significant changes in our business or operations, including the decision not to pursue one or more of our drug development programs orthe decision to implement restructurings such as reductions in our workforce;

● the development  status  of  any  drug  candidates,  such  as  Tcelna,  including  clinical  study results  and determinations  by regulatory authorities with respectthereto;

● the initiation, termination or reduction in the scope of any collaboration arrangements or any disputes or developments regarding such collaborations;● our inability to obtain additional funding;● announcements of technological innovations, new commercial products or other material events by our competitors or us;● disputes or other developments concerning our proprietary rights;● changes in, or failure to meet, securities analysts’ or investors’ expectations of our financial performance;● additions or departures of key personnel;● discussions of our business, products, financial performance, prospects or stock price by the financial and scientific press and online investor communities;● public  concern  as  to,  and  legislative  action  with  respect  to,  the  pricing  and  availability  of  prescription  drugs  or  the  safety  of  drugs  and  drug  deliverytechniques;

● regulatory developments in the United States and in foreign countries; or● dilutive effects  of  sales  of  shares  of  common  stock  by  us  or  our  shareholders,  and  sales  of  common stock  acquired  upon  exercise  or  conversion  by  theholders of warrants, options or convertible notes.

  

30

Page 35: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

Broad market and industry factors, as well as economic and political factors, also may materially adversely affect the market price of our common stock. We may be or become the target of securities litigation, which is costly and time-consuming to defend. 

In the past, following periods of market volatility in the price of a company’s securities or the reporting of unfavorable news, security holders have often institutedclass action litigation.  This risk is especially relevant for us because biotechnology companies have experienced significant stock price volatility in recent years. Moreover,following the announcement on October 28, 2016 of disappointing results of the Abili-T study, our stock price decreased substantially, which may portend securities classaction  litigation  against  us.  If  we  become  involved  in  this  type  of  litigation,  regardless  of  the  outcome,  we  could  incur  substantial  legal  costs  and  our  management’sattention could be diverted from the operation of our business, causing our business to suffer. Our “blank check” preferred stock could be issued to prevent a business combination not desired by management or our majority shareholders. 

Our charter authorizes the issuance of “blank check” preferred stock with such designations, rights and preferences as may be determined by our Board of Directorswithout  shareholder  approval.    Our  preferred  stock  could  be  utilized  as  a method  of  discouraging,  delaying,  or  preventing  a  change  in  our  control  and  as  a  method  ofpreventing shareholders from receiving a premium for their shares in connection with a change of control.

 Future sales of our securities could cause dilution, and the sale of such securities, or the perception that such sales may occur, could cause the price of our stock to fall. 

On March 25, 2016, we entered into a new Sales Agreement with IFS Securities, Inc. (doing business as Brinson Patrick, a division of IFS Securities, Inc.) as salesagent,  pursuant  to which we can offer  and sell  shares  of  our  common stock from time to time depending upon market  demand,  in transactions deemed to be an “at themarket” offering.    We registered up to 1,000,000 shares of common stock for potential  sale under the new ATM facility.  From August  17,  2016 through December 31,2016, we  sold  an  aggregate  of  66,184  shares  of  our  common  stock  under  our ATM facility.  We  generated  gross  and  net  proceeds,  including  amortization  of  deferredoffering  costs,  of  $293,345 and $276,912,  respectively,  with  the  average  share  price  ranging  from $4.12  to $4.73 per  share.    During  January  2017, we further  sold  anaggregate of 516,278 shares of common stock for gross and net proceeds of $490,098 and $413,662 respectively, with the average share price ranging from $0.90 to $0.97.We will need to keep current our shelf registration statement and the offering prospectus relating to the ATM facility in order to use the program to sell shares of commonstock in the future. 

Sales of additional  shares of our common stock,  as well  as securities convertible  into or exercisable  for common stock,  could result  in substantial dilution to ourshareholders and cause the market price of our common stock to decline.  An aggregate of 7,657,332 shares of common stock were outstanding as of March 31, 2017.  As ofsuch date, another (i) 244,868 shares of common stock were issuable upon exercise of outstanding options and (ii) 3,468,736 shares of common stock were issuable uponthe exercise of outstanding warrants.  A substantial majority of the outstanding shares of our common stock and warrants (as well as a substantial majority of the shares ofcommon stock issuable upon exercise of outstanding options and warrants) are freely tradable without restriction or further registration under the Securities Act of 1933. 

We may sell additional shares of common stock, as well as securities convertible into or exercisable for common stock, in subsequent public or private offerings. Wemay also issue additional shares of common stock, as well as securities convertible into or exercisable for common stock, to finance future acquisitions.  We may need toraise  additional  capital  in  order  to  initiate  or  complete  additional  development  activities  for  Tcelna  in  MS  and  for  OPX-212  in  NMO,  or  to  pursue  additional  diseaseindications for our T-cell technology, and this may require us to issue a substantial amount of securities (including common stock as well as securities convertible into orexercisable for common stock).    There can be no assurance that  our capital  raising efforts  will  be able  to attract  the capital  needed to execute on our business plan andsustain  our  operations.  Moreover,  we cannot  predict  the  size  of  future  issuances  of  our  common stock,  as  well  as  securities  convertible  into or exercisable  for commonstock, or the effect, if any, that future issuances and sales of our securities will have on the market price of our common stock.  Sales of substantial amounts of our commonstock, as well as securities convertible into or exercisable for common stock, including shares issued in connection with an acquisition or securing funds to complete ourclinical trial plans, or the perception that such sales could occur, may result in substantial dilution and may adversely affect prevailing market prices for our common stock.  

31

Page 36: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  We presently do not intend to pay cash dividends on our common stock. 

We currently anticipate that no cash dividends will be paid on the common stock in the foreseeable future.  While our dividend policy will be based on the operatingresults and capital needs of the business, it is anticipated that all earnings, if any, will be retained to finance the future expansion of our business. Our shareholders may experience substantial dilution in the value of their investment if we issue additional shares of our capital stock. 

Our  charter  allows  us  to  issue  up  to  150,000,000  shares  of  our  common  stock  and  to  issue  and  designate  the  rights  of,  without  shareholder  approval,  up  to10,000,000 shares of preferred stock.  In order to raise additional capital, we may in the future offer additional shares of our common stock or other securities convertibleinto  or  exchangeable  for  our  common  stock  at  prices  that  may  not  be  the  same  as  the  price  per  share  paid  by  other  investors,  and  dilution  to  our  shareholders  couldresult.  We may sell shares or other securities in any other offering at a price per share that is less than the price per share paid by investors, and investors purchasing sharesor other securities in the future could have rights superior to existing shareholders.  The price per share at which we sell additional shares of our common stock, or securitiesconvertible or exchangeable into common stock, in future transactions may be higher or lower than the price per share paid by other investors.

  We may issue debt and equity securities or securities convertible into equity securities, any of which may be senior to our common stock as to distributions and inliquidation, which could negatively affect the value of our common stock. 

In the future, we may attempt to increase our capital resources by entering into debt or debt-like financing that is unsecured or secured by up to all of our assets, or byissuing additional debt or equity securities, which could include issuances of secured or unsecured commercial paper, medium-term notes, senior notes, subordinated notes,guarantees, preferred stock, hybrid securities, or securities convertible into or exchangeable for equity securities.  In the event of our liquidation, our lenders and holders ofour debt and preferred securities would receive distributions of our available assets before distributions to the holders of our common stock.  Because our decision to incurdebt and issue securities in future offerings may be influenced by market conditions and other factors beyond our control, we cannot predict or estimate the amount, timingor nature of our future offerings or debt financings.  Further, market conditions could require us to accept less favorable terms for the issuance of our securities in the future. Our management has significant flexibility in using our current available cash. 

In addition to general corporate purposes (including working capital, research and development, business development and operational purposes), we currently intendto use our available cash to continue to assess the viability of pursuing one or more of our research and development programs, including our preclinical program for OPX-212 in NMO, and to explore our strategic alternatives. We cannot fully predict our future cash needs until we complete this analysis. However, after further analysis of thedata from the Abili-T trial, we have determined that we will not move forward with further studies of Tcelna in SPMS at this time. 

Depending on future developments and circumstances, we may use some of our available cash for other purposes which may have the potential to decrease our cashrunway.  Notwithstanding our current intentions regarding use of our available cash, our management will have significant flexibility with respect to such use.  The actualamounts  and timing of  expenditures  will  vary  significantly depending  on  a  number  of  factors,  including  the  amount  and  timing of  cash  used  in  our  operations  and  ourresearch and development efforts.  Management’s failure to use these funds effectively would have an adverse effect on the value of our common stock and could make itmore difficult and costly to raise funds in the future. An active trading market may never develop for our Series M warrants, which may limit the ability to resell the warrants. 

There is no established trading market for the Series M warrants we issued in April 2015.  While the warrants have been listed for trading on NASDAQ under thesymbol “OPXAW,” there can be no assurance that that a market will develop for the warrants.  Even if a market for the warrants does develop, the price of the warrants mayfluctuate and liquidity may be limited. If a market for the warrants does not develop, then holders of the warrants may be unable to resell the warrants or be able to sell themonly at an unfavorable price.  Future trading prices of the warrants will depend on many factors, including our operating performance and financial condition, our ability tocontinue the effectiveness of the registration statement covering the warrants and the common stock issuable upon exercise of the warrants, the interest of securities dealersin making a market and the market for similar securities.  

32

Page 37: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  The market price of our common stock may not exceed the exercise price of the Series M warrants. 

The Series M warrants issued in April 2015 will expire on April 9, 2018.  The warrants entitle the holders to purchase shares of common stock at an exercise price of$12.00 per share through their expiration.  There can be no assurance that the market price of our common stock will exceed the exercise price of the warrants at any or alltimes prior to their expiration. Any warrants not exercised by their expiration date will expire worthless and we will be under no further obligation to the warrant holder.

   The Series M warrants may be redeemed on short notice. This may have an adverse impact on their price. 

We  may  redeem  the  Series  M  warrants  for  $0.01  per  warrant  if  the  closing  price  of  our  common  stock  has  equaled  or  exceeded  $20.00  per  share,  subject  toadjustment, for 10 consecutive trading days.  If we give notice of redemption, holders will be forced to sell or exercise their warrants or accept the redemption price.  Thenotice of redemption could come at a time when it is not advisable or possible to exercise the warrants.  As a result, holders would be unable to benefit from owning thewarrants being redeemed. Our ability to use net operating loss carryovers to reduce future tax payments may be limited. 

As of December 31, 2016, we had net operating loss carryforwards (NOLs) for federal income tax purposes of approximately $74 million. These NOLs are generallycarried forward to reduce taxable income in future years.  If unused, the NOLs will begin to expire December 31, 2024.  However, our ability to utilize the NOLs is subjectto the rules under Section 382 of the Internal Revenue code. 

In general, under Section 382 of the Internal Revenue Code of 1986, as amended, a corporation that undergoes an “ownership change” is subject to limitations on itsability to utilize its pre-change net operating losses (“NOLs”), to offset future taxable income. In general, an ownership change occurs if the aggregate stock ownership ofcertain stockholders (generally 5% shareholders, applying certain look-through and aggregation rules) increases by more than 50 percentage points over such stockholders'lowest percentage ownership during the testing period (generally three years).  In the event of an ownership change, Section 382 imposes an annual limitation on the amountof taxable income a corporation may offset with NOL carryforwards. This annual limitation is generally equal to the product of the value of our stock on the date of theownership change, multiplied by the long-term tax-exempt rate published monthly by the Internal Revenue Service. Any unused annual limitation may be carried over tolater years until the applicable expiration date for the respective NOL carryforwards. 

The rules of Section 382 are complex and subject to varying interpretations. As a result of our numerous capital raises, which have included the issuance of variousclasses of convertible securities and warrants, uncertainty exists as to whether we may have undergone an ownership change in the past. Based on our recent stock prices,we believe any ownership change would severely limit our ability to utilize the NOLs. Limitations imposed on our ability to utilize NOL carryforward amounts could causeU.S. federal income taxes to be paid earlier  than if  such limitations  were not  in effect  and could cause such NOL carryforward amounts  to  expire unused, in each casereducing or eliminating the expected benefit to us. Furthermore, we may not be able to generate sufficient taxable income to utilize our NOL carryforward amounts beforethey expire. If any of these events occur, we may not derive some or all of the benefits from our NOL carryforward amounts.  Presently, impairment tests have not beenconducted to verify NOL preservation.  Accordingly, no assurance can be given that our NOLs will be fully available.

 Item 1B. Unresolved Staff Comments. 

None. 

Item 2. Properties. 

Through January 2017, we leased a 10,200 square foot facility located on three acres at 2635 Technology Forest Boulevard in The Woodlands, Texas. This locationprovided space for research and development and manufacturing capacity for clinical trials; a specialized Flow Cytometry and Microscopy lab; support of clinical trials with800 square feet  of cGMP manufacturing suites; Quality Systems management with a Quality Control Laboratory, Regulatory Affairs,  and Quality Assurance;  as well  asadministrative support space. Approximately 2,500 square feet of space remained available for future build-out. We leased the facility for a term ending in September 2020with two options for an additional five years each at the then prevailing market rate. 

On February 1, 2017, we assigned the facility lease to a third party, who assumed from us all of our remaining rights and obligations under the lease. In connectionwith the lease assignment,  we also sold certain furniture,  fixtures and equipment (including  laboratory and manufacturing equipment)  as  well  as our laboratory supplieslocated at our corporate headquarters to the third party for cash consideration. In light of the continuing evaluation of our strategic alternatives following the release of datafrom the Abili-T clinical study, we deemed it advisable to reduce our office, R&D and manufacturing space and corresponding rent obligations. As a result, we are currentlyusing temporary office space in the same facility but do not have any long-term arrangements. Item 3. Legal Proceedings. 

We are not currently a party to any material legal proceedings. 

Item 4. Mine Safety Disclosures. 

Not applicable.  

33

Page 38: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  Item 6. Exhibits 

Exhibit No.   Description

     10.1   Assignment and Assumption of Lease, dated February 1, 2017, by and between Opexa Therapeutics, Inc. and KBI Biopharma, Inc. (incorporated byreference to Exhibit 10.1 to the Company’s Current Report on Form 8-K filed on February 1, 2017).     31.1*   Certification of Principal Executive Officer and Principal Financial Officer pursuant to Section 302 of the Sarbanes-Oxley Act of 2002.     32.1*   Certification of Principal Executive Officer and Principal Financial Officer pursuant to Section 906 of the Sarbanes-Oxley Act of 2002.     101*

 Financial statements from the Quarterly Report on Form 10-Q of the Company for the period ended March 31, 2017, formatted in Extensible BusinessReporting Language (XBRL): (i) Consolidated Balance Sheets; (ii) Consolidated Statements of Operations; (iii) Consolidated Statements of Changes inStockholders’ Equity; (iv) Consolidated Statements of Cash Flows; and (v) Notes to Consolidated Financial Statements.

 _______________*  Filed herewith.  

34

Page 39: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

SIGNATURES 

Pursuant to the requirements of the Securities Exchange Act of 1934, the registrant has duly caused this report to be signed on its behalf by the undersigned thereuntoduly authorized.    OPEXA THERAPEUTICS, INC.         Date: May 12, 2017  By:   /s/  Neil K. Warma      Neil K. Warma        President, Chief Executive Officer and Acting

    Chief Financial Officer(Principal Executive Officer and Principal Financial and Accounting Officer)   

 

 

    

35

Page 40: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

  

EXHIBIT INDEX 

Exhibit No.   Description

     10.1   Assignment and Assumption of Lease, dated February 1, 2017, by and between Opexa Therapeutics, Inc. and KBI Biopharma, Inc. (incorporated byreference to Exhibit 10.1 to the Company’s Current Report on Form 8-K filed on February 1, 2017).     31.1*   Certification of Principal Executive Officer and Principal Financial Officer pursuant to Section 302 of the Sarbanes-Oxley Act of 2002.     32.1*   Certification of Principal Executive Officer and Principal Financial Officer pursuant to Section 906 of the Sarbanes-Oxley Act of 2002.     101*

 Financial statements from the Quarterly Report on Form 10-Q of the Company for the period ended March 31, 2017, formatted in Extensible BusinessReporting Language (XBRL): (i) Consolidated Balance Sheets; (ii) Consolidated Statements of Operations; (iii) Consolidated Statements of Changes inStockholders’ Equity; (iv) Consolidated Statements of Cash Flows; and (v) Notes to Consolidated Financial Statements.

  _____________*  Filed herewith.   

Page 41: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

 EXHIBIT 31.1

   

CERTIFICATION PURSUANT TOSECTION 302 OF THE SARBANES-OXLEY ACT

 I, Neil K. Warma, certify that: 1.  I have reviewed this Quarterly Report on Form 10-Q of Opexa Therapeutics, Inc.; 2.  Based on my knowledge, this report does not contain any untrue statement of a material fact or omit to state a material fact necessary to make the statements made, in

light of the circumstances under which such statements were made, not misleading with respect to the period covered by this report; 3.  Based  on  my  knowledge,  the  financial  statements,  and  other  financial  information  included  in  this  report,  fairly  present  in  all  material  respects  the  financial

condition, results of operations and cash flows of the registrant as of, and for, the periods presented in this report; 4.  The registrant’s  other  certifying officer(s)  and I  are  responsible  for  establishing and maintaining disclosure  controls and procedures  (as  defined in  Exchange Act

Rules 13a-15(e) and 15d-15(e)) and internal control over financial reporting (as defined in Exchange Act Rules 13a-15(f) and 15d-15(f)) for the registrant and have: 

a.  Designed  such disclosure  controls  and  procedures,  or  caused  such  disclosure  controls  and  procedures  to  be  designed  under  our  supervision,  to  ensure thatmaterial information relating to the registrant, including its consolidated subsidiaries, is made known to us by others within those entities, particularly duringthe period in which this report is being prepared;

 b.  Designed  such  internal  control  over  financial  reporting,  or  caused  such  internal  control  over  financial  reporting  to  be  designed  under  our  supervision,  to

provide reasonable assurance regarding the reliability  of  financial  reporting  and the  preparation  of  financial  statements  for  external  purposes in accordancewith generally accepted accounting principles;

 c.  Evaluated the effectiveness of the registrant’s  disclosure controls and procedures and presented in this report our conclusions about the effectiveness of the

disclosure controls and procedures, as of the end of the period covered by this report based on such evaluation; and 

d.  Disclosed in this report any change in the registrant’s internal control over financial reporting that occurred during the registrant’s fourth fiscal quarter that hasmaterially affected, or is reasonably likely to materially affect, the registrant’s internal control over financial reporting; and

 5.  The registrant’s other certifying officer(s) and I have disclosed, based on our most recent evaluation of internal control over financial reporting, to the registrant’s

auditors and the audit committee of the registrant’s board of directors (or persons performing the equivalent functions): 

a.  All  significant  deficiencies  and  material  weaknesses  in  the  design  or  operation  of  internal  control  over  financial  reporting  which  are  reasonably  likely toadversely affect the registrant’s ability to record, process, summarize and report financial information; and

 b.  Any fraud, whether or not material, that involves management or other employees who have a significant role in the registrant’s internal control over financial

reporting.        Date: May 12, 2017    By: /s/  Neil K. Warma         

 

  Neil K. WarmaPresident, Chief Executive Officer and Acting Chief Financial Officer(Principal Executive Officer and Principal Financial and Accounting Officer)

  

Page 42: UNITED STATESd18rn0p25nwr6d.cloudfront.net/CIK-0001069308/e2377c55-5d...The accompanying interim unaudited consolidated financial statements of Opexa Therapeutics, Inc. (“Opexa”

 EXHIBIT 32.1

  

CERTIFICATION PURSUANT TO18 U.S.C. SECTION 1350,

AS ADOPTED PURSUANT TO SECTION 906OF THE SARBANES-OXLEY ACT OF 2002

 In connection with the Quarterly Report of Opexa Therapeutics, Inc. (the “Company”) on Form 10-Q for the period ending March 31, 2017 (the “Report”), as filed

with the Securities and Exchange Commission on the date hereof, I, Neil K. Warma, President, Chief Executive Officer and Acting Chief Financial Officer of the Company,certify, pursuant to 18 U.S.C. §1350, as adopted pursuant to §906 of the Sarbanes-Oxley Act of 2002, to the best of my knowledge, that: 1.  The Report fully complies with the requirements of section 13(a) or 15(d) of the Securities Exchange Act of 1934; and 2.  The information contained in the Report fairly presents, in all material respects, the financial condition and results of operations of the Company.        Date: May 12, 2017     By: /s/  Neil K. Warma         

 

  Neil K. WarmaPresident, Chief Executive Officer and Acting Chief Financial Officer(Principal Executive Officer and Principal Financial and Accounting Officer)