Top-Down, Middle-Down and Bottom-Up—Choose …...Compared to bottom-up method, it can analyze a...

1
TOP-DOWN MIDDLE-DOWN BOTTOM-UP PROTEOMICS TOP-DOWN MIDDLE-DOWN BOTTOM-UP Bottom-up is a traditional method that digests large fragment mixtures of proteins/enzymes into small fragments of peptides for analysis. It is a mass spectrometry technique widely used in proteomics research. Middle-down proteomics strategy uses different enzymes to obtain longer peptides. It can analyze and identify several simultaneous posttranslational modifications on longer peptide chains. Compared to bottom-up method, it can analyze a wider range of peptides. Top-down proteomics strategy does not need the enzyme digestion process, but directly analyzes the complete protein. This technique can provide more accurate and rich biological information of the complete protein. Sample Preparation Protein Fractionation Protein Fractionation Protein Fractionation Sample Preparation Sample Preparation SDS-PAGE, LC Full proteolysis (e.g. trypsin) Restricted proteolysis (e.g. Asp-N,Glu-C) ESI-CID/ETD/ECD ESI-CID/ETD/ECD ESI-CID/ETD/ECD MALDI MS Analysis Data Evaluation Data Evaluation Data Evaluation Enzymatic Digestion Size dependent SDS-PAGE, LC, CE Enzymatic Digestion MS Analysis MS Analysis © 2008-2019 Creative Proteomics. All rights reserved. Email: [email protected] Tel: 1-631-275-3058 ~

Transcript of Top-Down, Middle-Down and Bottom-Up—Choose …...Compared to bottom-up method, it can analyze a...

Page 1: Top-Down, Middle-Down and Bottom-Up—Choose …...Compared to bottom-up method, it can analyze a wider range of peptides. Top-down proteomics strategy does not need the enzyme digestion

TOP-DOWN MIDDLE-DOWN BOTTOM-UP

PROTEOMICS

TOP-DOWNMIDDLE-DOWNBOTTOM-UP

Bottom-up is a traditional method that digests large fragment mixtures of proteins/enzymes into small fragments of peptides for analysis. It is a mass spectrometry technique widely used in proteomics research.

Middle-down proteomics strategy uses different enzymes to obtain longer peptides. It can analyze and identify several simultaneous posttranslational modifications on longer peptide chains. Compared to bottom-up method, it can analyze a wider range of peptides.

Top-down proteomics strategy does not need the enzyme digestion process, but directly analyzes the complete protein. This technique can provide more accurate and rich biological information of the complete protein.

Sample Preparation

Protein Fractionation Protein Fractionation Protein Fractionation

Sample Preparation Sample Preparation

SDS-PAGE, LC

Full proteolysis(e.g. trypsin)

Restricted proteolysis(e.g. Asp-N,Glu-C)

ESI-CID/ETD/ECD

ESI-CID/ETD/ECDESI-CID/ETD/ECDMALDI

MS Analysis

Data Evaluation Data Evaluation Data Evaluation

Enzymatic Digestion

Size dependent SDS-PAGE, LC, CE

Enzymatic Digestion

MS Analysis MS Analysis

���������� ����������� ��������

��������������������������������������

��������������������� ������������������������������������������������������������������������ ������������

������������������������������������������������������������������

��������������� ����� ����� ­������������������������������������������������������������������

�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������� �������������������������������

��������������������������������������������������������

�����������������

�� �������������

������������������������������������������������������������������������������

�������������������������������������������������������������

���������������������������������������������� ��������

���������������������������������������������������

© 2008-2019 Creative Proteomics. All rights reserved.

Email: [email protected]: 1-631-275-3058

����� ��

����� ����������

��� �����

�������������������������� �������������� ������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������

�������

����������

�����:

��������� ������������������������������������������������ ����� ���������������������������������������������������������������������������������

�����:

���������� �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������

�������������������������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������

�������

����������

�������������������������������������������~�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������

����������������������­������­��������

��������������������������������������������� ���������������������������­��������������������­�������������������������������������������������­�� ������������������������������������������������������������ ������������������������������������

���������������������­�������������������¡�