Structuri supersecundare · 2020. 3. 5. · Harta de densitate electronica a moleculelor unghi de...
Transcript of Structuri supersecundare · 2020. 3. 5. · Harta de densitate electronica a moleculelor unghi de...
-
Structuri supersecundare
Motivul
Michael Rossmann
βββ
3-fosfoglicerat-dehidrohgenaza (leaga NAD)
https://proteopedia.org/
>1000 proteine / motiv Michael Rossmann
-
Structura butoi TIM Structura butoi TIM (rotatie 90 de grade)
Structuri supersecundare
proteine /
8 lanţuri paralele ()
- conexiune – ext. butoiului
TIM - triozfosfat izomeraza
-
N
C
1 2 3 4
1,2 2,3 3,4
N
C
1 24 3
1,2
3,4
Structura butoi Structura deschisa
Structuri supersecundare
Carboxipeptidaza (Zn)
(proteină deschisă)
-
N C
1 234
N C
1 23 4
Motivul cheii grecesti
Nuclează stafilococica
www.slideshare.net
-
Motivul ruladei
Motivul
Structura proteinei umane
care leaga retinolul
Concavalina A
(fasole)
www3.nd.edu
-cristalin
(in cristalin)
www.slideshare.net
-
Motivul proteine care interactioneaza
cu ADN-ul)
www.studyblue.com
Motivul -intoarcere-
www.quora.com
-
Determinarea structurii tertiare
Functia
proteinelor
Specificitatea
enzimelor
Structura
tertiara
Structura
primara
Structura
3DDifractie
raze XRMN
-
Determinarea structurii proteinelor prin difractie cu raze X:
1. Cristalizarea proteinei
2. Imprastierea radiatiei X de catre planurile cristalului
3. Din diagrama de difractie este modelata harta densitatii electronice
4. Contruirea unui model de proteina pe baza densitatii electronice
Difractia cu raze X
-
Harta densitatii electronice a complexului
Proteina talomera-ADN
Cristalografie cu raze XHarta tridimensionala
de densitate electronica
Difractia cu raze X
-
Harta de densitate electronica a moleculelor
unghi de refractie mic Rezolutie modesta (5-6 Å)Forma
generala
Spoturi cu unghi
de refractie mai mareRezolutie medie (3,5 Å)
Traseu lant
polipetidic
Spoturi cu unghi
de refractie mai mareRezolutie medie (3 Å)
Catena
laterala
Spoturi cu unghi
de refractie mai mareRezolutie buna (2,5 Å) Determinarea
pozitiei atomilor
±0,4 Å
Spoturi cu unghi
de refractie mai mare
cristal omogenRezolutie mare (1,9 Å) Pozitia atomilor
±0,2 Å
-
Harta densitatii electronice
Structura primara
Legaturi
amidice
Resturi din
catena laterala
Structura tridimensionala
Structura quasistatica
rotatii vibratii
Harta de densitate electronica a moleculelor
-
Determinarea structurii in solutie
Stingerea fluorescentei
Schimb izotopic (H-D)
RMN
Structuri
flexibile
Dicroism circular
in solutie
pubs.rsc.orgwww.isa.au.dk
-
Structura 3D
a proteinelor
Modele teoretice
Mecanisme de reactie
Similaritati structurale (functionale)
Motivul Rossman Caseta de legare
a nucleotidelor
alcool dehidrogenazalactate dehidrogenaza
Motiv
Rossman
-
Structura cuaternara
Marianayagam,, N. J. et al., TRENDS in
Biochemical Sciences, 29 (11), 2004
-
Interactiuni dintre monomeri
Aldolaza KDPG
trimer
Determinarea structurii cuaternare
Structura cuaternara
pubs.rsc.org
Complexul aldolaze KDPG-piruvat
situsul activ (Allard et al., PNAS, 98 (7), 3679, 2001)
-
Interactiuni dintre monomeri
Determinarea structurii cuaternare
Structura cuaternara
Neuramidaza
Tetramer
(Influenza virus)
Air, G.M.-Influenza Other Respi Viruses. 2012 Jul; 6(4): 245–256.
-
Interactiuni dintre monomeri
Determinarea structurii cuaternare
Structura cuaternara
Agregarea insulinei intarzie preluarea
acesteia in circulatieInsulina hexamer
http://watcut.uwaterloo.ca/webnotes/Pharmacology/
-
Interactiuni dintre monomeri
Determinarea structurii cuaternare
Structura cuaternara
UDP-glucoz pirofosforilaza (UGP): a) octamer; b) interactiuni
intre 2 subunitati; c) interactiuni dintre gruparile functionale
-
Nivele de organizare a structurii proteinelor
Primara
Secundara
Super-secundara
Tertiara
Cuaternara