Wildlife epidemiological surveillance ‐ 

Results of analyses performed from 2006 to 2008 within the framework of the SAGIR network 

 

 Anouk Decors, Olivier Mastain Translation by Catherine Carter 

National hunting and wildlife agency (ONCFS) Department of studies and research 

Edition July 2010 

2 

                                                

Suggested citation : 

Decors A., Mastain O., 2010, Wildlife epidemiological surveillance, results of analyses performed from 2006 to 2008 within the framework of the SAGIR network, ONCFS/FNC/FDC network. National hunting and wildlife agency (ONCFS) (ed.), Paris, 48p. http://www.oncfs.gouv.fr/Reseau‐SAGIR‐ru105  

 

3Epidémiosurveillance de la faune sauvage – Bilan des analyses effectuées de 2006 à 2008 dans le cadre du réseau SAGIR. Juillet 2010. Pour toute utilisation de ces données, en particulier à des fins scientifiques, merci de prendre contact avec le réseau sagir@oncfs.gouv.fr  

TABLE OF CONTENTS 

INTRODUCTION .......................................................................................................................................................7

I METHODS ..........................................................................................................................................................8 I.A EPIDEMIOLOGICAL CHARACTERISTICS OF THE SAGIR NETWORK .............................................................................8 I.B DEFINITION OF THE CASE..........................................................................................................................................8 I.C INTERPRETATION OF RESULTS..................................................................................................................................8

II SPATIO‐TEMPORAL DISTRIBUTION OF CASES FROM 2006 TO 2008......................................................................9 II.A ANNUAL DISTRIBUTION OF CASES............................................................................................................................9 II.B MONTHLY DISTRIBUTION OF CASES .......................................................................................................................10 II.C DISTRIBUTION OF CASES PER MUNICIPALITY .........................................................................................................12

III SAMPLE DESCRIPTION ...................................................................................................................................... 14 III.A SPECIES ...................................................................................................................................................................14 III.B DEAD ANIMALS VS. SICK ANIMALS .........................................................................................................................16

IV MAIN INFECTIOUS AND  PARASITIC  DISEASES DIAGNOSED BETWEEN 2006 AND 2008 ...................................... 16 IV.A NEW PATHOGENS AND DISEASES IDENTIFIED BETWEEN 2006 AND 2008 .............................................................16 IV.B DISEASES WITH AN IMPACT ON WILDLIFE SPECIES’ POPULATIONS OBSERVED BETWEEN 2006 AND 2008 ..........17

IV.B.1 Species whose hunting is authorized, key events .....................................................................................................17 IV.B.1.1 Wood pigeon................................................................................................................................................................. 17 IV.B.1.2 Stock dove ..................................................................................................................................................................... 17 IV.B.1.3 Collared dove ................................................................................................................................................................ 18 IV.B.1.4 European rabbit ............................................................................................................................................................ 18 IV.B.1.5 Roe deer ........................................................................................................................................................................ 18 IV.B.1.6 Chamois ........................................................................................................................................................................ 18 IV.B.1.7 Red fox .......................................................................................................................................................................... 18 IV.B.1.8 European brown hare.................................................................................................................................................... 18 IV.B.1.8.1 Dominant pathological features............................................................................................................................. 18 IV.B.1.8.2 Zoom on European brown hare syndrome (EBHS) ................................................................................................. 20

IV.B.1.8.2.1 EBHS macroscopic findings................................................................................................................ 20 IV.B.1.8.2.2 Distribution of cases per departement from 2005 to 2008 ............................................................... 22

IV.B.2 Protected species, key events...................................................................................................................................23 IV.B.2.1 Alpine ibex..................................................................................................................................................................... 23 IV.B.2.2 Brent goose ................................................................................................................................................................... 24 IV.B.2.3 Red squirrel ................................................................................................................................................................... 24 IV.B.2.4 Gulls .............................................................................................................................................................................. 24 IV.B.2.5 Black‐headed gull .......................................................................................................................................................... 24 IV.B.2.6 Siskin ............................................................................................................................................................................. 24 IV.B.2.7 Greenfinch..................................................................................................................................................................... 25

IV.C ZOONOTIC PATHOGENS IDENTIFIED  BETWEEN 2006 AND 2008 ...........................................................................25 IV.C.1 Tularemia ..................................................................................................................................................................25 IV.C.2 Swine erysipelas........................................................................................................................................................25 IV.C.3 Leptospirosis .............................................................................................................................................................25 IV.C.4 Pseudotuberculosis...................................................................................................................................................25

IV.D PATHOGENS SHARED WITH DOMESTIC ANIMALS IDENTIFIED BETWEEN 2006 AND 2008 ....................................26

V INTOXICATIONS IDENTIFIED BY  SAGIR FROM 2006 TO 2008.............................................................................. 26 V.A IDENTIFIED CAUSATIVE AGENTS OF INTOXICATIONS .............................................................................................26

V.A.1 Intoxications by anticoagulants  from 2006 to 2008.................................................................................................29 V.A.2 Intoxications by cholinesterase inhibitors from  2006 to 2008.................................................................................30 V.A.3 Intoxications by organochlorines from 2006 to 2008 ...............................................................................................31 V.A.4 Intoxications by chloralose from 2006 to 2008.........................................................................................................31 V.A.5 Intoxications by toxicant associations from 2006 to 2008........................................................................................33

V.B DISTRIBUTION PER DEPARTEMENT OF INTOXICATION CASES FROM 2006 TO 2008..............................................34 V.C INTENTIONAL INTOXICATION .................................................................................................................................34

VI EXAMPLES OF COMPLEMENTARY SAGIR EPIDEMIOLOGICAL MONITORING PROGRAMMES ............................... 35 VI.A MONITORING OF INFLUENZA VIRUSES IN THE WILD AVIFAUNA............................................................................35 VI.B MONITORING OF THE WEST‐NILE VIRUS IN THE WILD AVIFAUNA .........................................................................36 VI.C SAGIR, AN ESSENTIAL LINK FOR THE MONITORING OF CLASSICAL SWINE FEVER ..................................................37 VI.D MONITORING OF TUBERCULOSIS IN WILD ANIMALS IN FRANCE ...........................................................................38 VI.E AVIAN SCHISTOSOMA : BIODIVERSITY,  HOST – PARASITE RELATIONSHIPS, IMPLICATIONS  IN CERCARIAL 

DERMATITIS ............................................................................................................................................................39

CONCLUSIONS ....................................................................................................................................................... 41

VII REFERENCES ..................................................................................................................................................... 43  

4Epidémiosurveillance de la faune sauvage – Bilan des analyses effectuées de 2006 à 2008 dans le cadre du réseau SAGIR. Juillet 2010. Pour toute utilisation de ces données, en particulier à des fins scientifiques, merci de prendre contact avec le réseau sagir@oncfs.gouv.fr  

 

TABLES AND FIGURES  Figure 1 : Number of cases recorded from 2005 to 2008 by the SAGIR network....................................................................................9 Figure 2 : Monthly distribution of cases in 2006, 2007, 2008................................................................................................................11 Figure 3 : Monthly distribution of roe deer cases in 2006, 2007, 2008. ................................................................................................12 Figure 4 : Monthly distribution of  European brown hare cases in 2006, 2007, 2008...........................................................................12 Figure 5 : Distribution of cases per municipality in metropolitan France and in Martinique in 2006, 2007 and 2008..........................13 Figure 6 : Ranking  of species in the SAGIR sample sinced 1986 according to the number of cases .....................................................14 Figure 7 : Species richness of the SAGIR sample in 2005, 2006, 2007 and 2008 ...................................................................................15 Figure 8 : Monthly distribution of cases in 2006 for the common buzzard, starling, grey heron, blackbird, house sparrow, siskin, 

collared dove and greenfinch. ..............................................................................................................................................15 Figure 9 : Dominant pathological features in the European brown hare – Relative  evolution between 2005 and 2008.....................19 Figure 10 : Cumulated presence and distribution per departement of pasteurellosis in the European brown hare from 2005 to 2008.

..............................................................................................................................................................................................19 Figure 11 : Frequency of lesions associated with EBHS in the European brown hare between 2006 and 2008 ...................................20 Figure 12 : Frequency of affected organs in EBHS cases in the European brown hare between 2006 and 2008..................................21 Figure 13 : Representation of the principal lesion/organ associations in EBHS cases in the European brown hare from 2006 to 2008.

..............................................................................................................................................................................................21 Figure 14 : Classification of lesion associations most frequently described in EBHS cases in the European brown hare between  2006 

and 2008...............................................................................................................................................................................22 Figure 15 : Cumulated presence  and distripution per departement of EBHS in the European brown hare from 2005 to 2008. .........23 Figure 16 : Cumulated  presence  and distribution per departement of tularemia in the European brown hare from 2005 to 2008. .25 Figure 17 : Cumulated presence and distribution per departement of pseudotuberculosis in the European brown hare from 2005 to 

2008......................................................................................................................................................................................26 Figure 18 : Departements concerned by  anticoagulant intoxications from 2006 to 2008....................................................................30 Figure 19 : Proportion of chloralose intoxications among confirmed intoxication cases in wild birds..................................................32 Figure 20 : Weekly distribution of chloralose intoxication cases in wild birds in  France and  highly pathogenic avian influenza cases 

in Europe in 2006 .................................................................................................................................................................33 Figure 21 : Number of intoxication cases per departement from 2006 to 2008 identified by SAGIR....................................................34  Table I : The 7 most represented species in the database in 2005, 2006, 2007 and 2008. ...................................................................16 Table II : List of the new pathogens and diseases  identified by SAGIR between 2006 and 2008. ........................................................17 Table III : Toxicants quantified per species and per year from 2006 to 2008........................................................................................27 Table IV : Number of anticoagulant intoxication cases per species from 2006 to 2008........................................................................29 Table V : Number  of cholinesterase inhibitor intoxication cases per species from  2006 to 2008. ......................................................30 Table VI : Number of organochlorine intoxication cases per species from 2006 to 2008. ....................................................................31 Table VII : Number of individuals per species, intoxicated by chloralose in 2006. ................................................................................31 Table VIII : Toxicant associations and  species concerned.....................................................................................................................33 Table IX : Number of individuals per species intoxicated intentionally from 2006 to 2008. .................................................................35 Table IX : Observed prevalences of avian schistosoma in 16 bird species according to the visceral or nasal localization of parasites 39  

 

LIST OF ABBREVIATIONS 

ADILVA : French association of directors and managers of public veterinary laboratories  

ANSES : French agency for food, environmental and occupational health safety 

CSF: Classical swine fever 

DDD : dichlorodiphenyldichloroethane 

DR : Interregional delegation of the ONCFS 

EBHS : European brown hare syndrom 

FDC : Departemental hunting federation  

FNC : National hunting federation  

FRC : Regional hunting federation  

H5N1 HP : Highly pathogenic avian influenza H5N1  

ITD : Technical departemental representative 

LDAV : Departemental veterinary laboratory  

MAC : Abnormal roe deer mortality 

ONCFS : National hunting and wildlife agency 

PCB : Polychlorobiphenyles 

SAGIR : The term SAGIR  was created by Claude Mallet, first national manager of the network. SAGIR is not an acronym, but rather sounds like a motto, SAGIR, surveiller pour agir ! 

SD : Departemental  service of the ONCFS 

WN : West‐Nile 

5Epidémiosurveillance de la faune sauvage – Bilan des analyses effectuées de 2006 à 2008 dans le cadre du réseau SAGIR. Juillet 2010. Pour toute utilisation de ces données, en particulier à des fins scientifiques, merci de prendre contact avec le réseau sagir@oncfs.gouv.fr  

FOREWORD 

I am pleased to present you the results of analyses performed within the framework of the SAGIR network during the years 2006, 2007 and 2008. 

In 2006, and to a lesser extent in 2007, the network was mobilized in the participation to the management of health crises related to the highly pathogenic avian influenza H5N1. All the network’s organisation levels were  involved.    The  observers,  the  technical  departemental  representatives  (ITD),  the  technicians  and veterinarians  of  the  departemental  veterinary  laboratories,  managed  the  inflow  of  notifications  and analyses. But this resourcefulness has also shown  its  limitations at the data centralization and processing level.    This  explains  the delay  in  the  exploitation of  results  and  in  the production of  this  special  report covering three years of monitoring.  

These results rely on an exceptional network, both in its human dimensions with its regular collaborations and  in  its  technical  and  scientific  achievements  at  an  unequalled   geographical  scale.  They  provide invaluable information to hunters, hunting managers, biologists, epidemiologists,  public policy makers and the general public. 

This is the occasion to express my deep gratitude to all the people, Presidents, administrators, staff and ITD of the departemental, regional and national hunting federations, hunters and naturalists, agents and ITD of the ONCFS, staff of the departemental veterinary laboratories, the other laboratory partners  of SAGIR and the  rabies  and  wildlife  laboratory  of  ANSES  in  Nancy,  Presidents  and  local  councillors,  officials  of  the Ministry of  the Environment, who daily participate  to  the surveillance of wildlife diseases  in a direct and practical way or by  investing their own means, for a sustainable hunting and the protection of wild birds and mammals. 

I hope this report will  inform and  interest you. You will find a satisfaction questionnaire at the end of this report, which I invite you to fill in with comments and suggestions so as to make the next report of analyses performed in 2009 a document satisfying all ambitions. 

Lastly,  I  invite you  to disseminate  this  report around you.  It  is available  in French and  in English, on  the  Internet pages of the SAGIR network www.oncfs.gouv.fr/Reseau‐SAGIR‐ru105.      Administrator and scientific manager of the SAGIR 

network  

    

Olivier MASTAIN  

6Epidémiosurveillance de la faune sauvage – Bilan des analyses effectuées de 2006 à 2008 dans le cadre du réseau SAGIR. Juillet 2010. Pour toute utilisation de ces données, en particulier à des fins scientifiques, merci de prendre contact avec le réseau sagir@oncfs.gouv.fr  

ACKNOWLEDGEMENTS 

The authors would  like  to  thank Philippe Aubry  (ONCFS), Philippe Berny  (veterinary VetAgro Sup Campus of Lyon), Catherine  Carter  (ONCFS),  Charlotte  Dunoyer  (FNC),  Hubert  Ferté  (University  of  Reims  Champagne‐Ardenne), Dominique  Gauthier  (ADILVA),  Sophie  Grammont  (ONCFS),  Jean‐Sébastien  Guitton  (ONCFS),  Jean  Hars  (ONCFS), Philippe Landry  (ONCFS), Marie Moinet  (ANSES), Viviane Moquay‐Tkaczuk  (ADILVA), Sophie Rossi  (ONCFS) and Alain VIRY (LDAV du Jura) for their careful reading and their contribution to this report.  

The  SAGIR  network  is  grateful  to  all  the  observers,  in  particular  the  hunters  and  technicians  of  the ONCFS who relentlessly submit their observations, for the knowledge, hunting management and environmental protection. 

The SAGIR network sincerely  thanks  all the actors of the network for their contribution :  

The hunters and naturalists, the veterinary practitioners at their side ; 

The national, regional and  departemental hunting federations, FNC,  FRC Alsace,  FRC Auvergne,  FRC Bourgogne,  FRC Centre,  FRC Corse,  FRC Haute‐Normandie,  FRC  Languedoc‐Roussillon,  FRC Lorraine, FRC Nord Pas‐de‐Calais, FRC Picardie, FRC Provence Alpes Côte d’Azur, FRC Rhône‐Alpes, FRC Poitou‐Charentes, FRC Pays‐de‐la‐Loire, FRC Midi‐Pyrénées, FRC Limousin, FRC Ile‐de‐France, FRC Franche‐Comté, FRC Champagne‐Ardenne, FRC Bretagne, FRC Basse‐Normandie, FRC Aquitaine, FDC 01,FDC 02, FDC 03, FDC 04, FDC 05, FDC 06, FDC 07, FDC 08, FDC 09, FDC 10, FDC 11, FDC 12, FDC 13, FDC 14, FDC 15, FDC 16, FDC 17, FDC 18, FDC 19, FDC 2A, FDC 2B, FDC 21, FDC 22, FDC 23, FDC 24, FDC 25, FDC 26, FDC 27, FDC 28, FDC 29, FDC 30, FDC 31, FDC 32, FDC 33, FDC 34, FDC 35, FDC 36, FDC 37, FDC 38, FDC 39, FDC 40, FDC 41, FDC 42, FDC 43, FDC 44, FDC 45, FDC 46, FDC 47, FDC 48, FDC 49, FDC 50, FDC 51, FDC 52, FDC 53, FDC 54, FDC 55, FDC 56, FDC 57, FDC 58, FDC 59, FDC 60, FDC 61, FDC 62, FDC 63, FDC 64,FDC 65, FDC 66, FDC 67, FDC 68, FDC 69, FDC 70, FDC 71, FDC 72, FDC 73, FDC 74, FDC 75, FDC 76, FDC 77, FDC 78, FDC 79, FDC 80, FDC 81, FDC 82, FDC 83, FDC 84, FDC 85, FDC 86, FDC 87, FDC 88, FDC 89, FDC 90, FDC 972 and in particular the technical departemental representatives ; 

The interregional delegations and departemental services of the National hunting and wildlife agency (ONCFS), DR Alpes Méditerranée – Corse, DR Bretagne Pays de  la  Loire, DR Nord‐Ouest, DR Nord‐Est, DR Poitou‐Charente  Limousin, DR Bourgogne Franche‐Comte, DR Sud‐Ouest, DR Auvergne Languedoc‐Roussillon, DR Centre Ile‐de‐France, SD 01, SD 02, SD 03, SD 04, SD 05, SD 06, SD 07, SD 08, SD 09, SD 10, SD 11, SD 12, SD 13, SD 14, SD 15, SD 16, SD 17, SD 18, SD 19, SD 2A, SD 2B, SD 21, SD 22, SD 23, SD 24, SD 25, SD 26, SD 27, SD 28, SD 29, SD 30, SD 31, SD 32, SD 33, SD 34, SD 35, SD 36, SD 37, SD 38, SD 39 ,SD 40, SD 41, SD 42, SD 43, SD 44, SD 45, SD 46, SD 47, SD 48, SD 49, SD 50, SD 51, SD 52, SD 53, SD 54, SD 55, SD 56, SD 57, SD 58, SD 59, SD 60, SD 61, SD 62, SD 63, SD 64, SD 65, SD 66, SD 67, SD 68, SD 69, SD 70, SD 71, SD 72, SD 73, SD 74, SD 75, SD 76, SD 77, SD 78, SD 79, SD 80, SD 81, SD 82, SD 83, SD 84, SD 85, SD 86, SD 87, SD 88, SD 89, SD 90, SD972 and in particular the technical departemental representatives ; 

The departemental veterinary laboratories and the “Conseils généraux”,  LDA  01,  LVD  02,  LVD  03,  LVD  04,  LVD  05,  LVD  06,  LDA  08,  LVD  09,  LDA  10,  LVD  11,  Aveyron  Labo,  LDA  13,  Laboratoire départemental Franck Duncombe, LASAT, LDA 18, LDA 19, Laboratoire départemental d'analyses vétérinaires, agricoles et des eaux d'Ajaccio, LDA 2B, LDA 21, Laboratoire de développement et d'analyse de Ploufragan, LDA 23, LDA 24, LVD 25, LDA 26, LDA 27, IDHESA Bretagne – Océane, LDA 30, LVD 31, LVD 32, LABSA 33, LVD 34, Institut en santé Agro ‐ environnement 35, LDA 36, LDA 37, LVD 38, LDA 39, LDA 40, LVD 42, LDA 43, Institut départemental d'analyses et conseil de Nantes, LVD 46, LVD 47, LDA 48, LVD 49, LDA 50, LDA 52, LVD 53, LVD 54, LVD 55, LDA 56, Laboratoire central d'analyses de Metz, LDA 58, LDA 59, LDA 60, LDA 61, LDA 62, LDA 63, Laboratoire des Pyrénées, Centre d'analyses Méditerranée – Pyrénées, LVD 67, LVD 68, LVD 69, LVD 70, LVD 71, LVD 72, LDA 73, LVD 74, LVD 76, LVD 77, LDA 78, LVD 79, LVD 80, Laboratoire départemental d'hygiène d'Albi, LVD 82, LDA 83, LDA 84, LDA 85,  Laboratoire d'analyse et de  sécurité  alimentaire de Poitiers,  LVD 87,  LVD 88,  Institut départemental de  l'environnement et d'analyses d'Auxerre, LDAV972 ; 

The toxicology laboratory of the veterinary VetAgro Sup Campus of Lyon ; 

The Biomathematics and epidemiology unit of the veterinary VetAgro Sup Campus of Lyon ; 

The Vectorial  transmission and epidemiosurveillance of parasitic diseases    laboratory of  the University of   Reims Champagne‐Ardenne ; 

The national reference laboratories of ANSES and the Pasteur Institute ; 

Vet Diagnostics ; 

The rabies and wildlife laboratory of ANSES in Nancy which centralizes the network’s data since 1993, participes to the network’s running  and  contributes to the scientific valorisation of results. 

7 

INTRODUCTION 

SAGIR is a network for the epidemiological surveillance of wild birds and terrestrial mammals, in particular species whose hunting is authorized in France. This surveillance, based on a constant  partnership  between the Hunting federations  and the National hunting and wildlife agency (ONCFS) has been carried out since 1955  (de Lavaur, 1978),  it was consolidated  in 1972 and has  taken on  its    its present dimension  in 1986 under the name SAGIR. It has four main objectives :  i) characterization  in time and space of wild bird and mammal diseases with priority  stake ? for the health of populations , ii) early detection of the appearance of new wildlife diseases, iii) monitoring of acute non‐intentional effects of the use of phytopharmaceutical products  in  agriculture  on  wild  birds  and  mammals,  iv)  knowledge  of  wildlife  pathogens  that  are transmissible to humans, with a view to the  latter’s protection,  in particular that of hunters. This general long‐term monitoring  also  contributes  to  the  knowledge  of  pathogens  that  are  shared  by wildlife  and domestic animals. This data is fundamental for hunting managers and for risk managers and  assessors. 

To  carry  out  this  epidemiological  surveillance,  the  SAGIR  network  uses  the  detection  of wild  bird  and mammal mortality and the determination of its aetiology. 

This  report presents  the  results of  the SAGIR network  recorded  from 2006  to 2008,  representing 11 634 wild bird and mammal specimens. These animals were discovered dead or sick in the field, collected by the network  observers  and  then  analyzed  by  the  departemental  veterinary  laboratories.  The  analysis systematically consists of an autopsy and, when necessary, further examinations are performed to specify and  confirm  the  post mortem  diagnosis.  The  data  sources  of  this  report  are macroscopic  findings,  the results  of  the  histology,  bacteriology,  virology,  parasitology,  toxicology  and  other  veterinary  areas  of specialization. 

After outlining the methods, we detail the results per species, per year and per “département”. The main  diagnosed  infectious and parasitic diseases are presented  in a specific chapter and  the  following chapter presents intoxication cases. Although the results generated by the network can generally only be analysed in a descriptive way, they can extend scientific questioning through new analytical hypotheses. In this case, another  research  team  takes  over  or  works  in  partnership  with  the  network.  Indeed,  for  a  sound  understanding of a health phenomenon,  general surveillance data are insufficient, and must be completed with  further  results  steming  from  a  strengthened  and  targeted  surveillance,  bringing  together  different specialists  in ecology, veterinary diagnostic, pathology, epidemiology,  to have an  integrated vision of  the phenomenon. Six examples are highlighted  in  this  report  to  illustrate  the  complementarity between  the SAGIR and other epidemiosurveillance systems.    

8 

I METHODS 

I.A Epidemiological characteristics of the SAGIR network The SAGIR network  is a generalist1 epidemiological surveillance2 network with a nationwide geographical coverage. The data’s mode of production  is passive3 but can, on  the occasion of a  special operation, be active4. The network uses  opportunistic  or convenience sampling (Dohoo et al., 2003),  in other words, the most accessible dead or sick animals. For  all  these  reasons,  the  collected  sample  is  not  a  representative  sample  of  the  population.  It  is  a qualitative monitoring, it enables the detection of the presence of a species’ pathogen at a place and time t, but it does not for the time being  allow the quantification of a health phenomenon and hence calculation of prevalence5. The SAGIR network  is a participative network, which means that  its smooth running relies predominantly on  the  contribution of  field actors  in  the network, on  their motivation and  the  information available  to them on health episodes affecting wildlife.   I.B Definition of the case A    SAGIR  case  corresponds  to  an  animal observed  dead or  sick,  incapable  of  returning  to  the natural environment or a hunter‐killed animal showing signs of disease at the opening of the carcass.  Healthy animals, showing no signs of disease and shot or trapped for the screening of a specific disease are not considered as a SAGIR case and are not  exploited within the framework of this report.  An   exploitable SAGIR case  is a SAGIR case with an autopsy report  and a SAGIR form, whose  information has been centralized in the SAGIR database. A  non exploitable SAGIR case is thus  a case for which : 

- the SAGIR form is missing; 

- the case history is vague6 or incomplete7 ; 

- the autopsy has not been performed ; 

- or the autopsy report  has not been submitted for the data centralization. 

Advanced state of decomposition  of the dead bodies is not a criterion for exclusion of the exploitable SAGIR case since their autopsy has, in many cases, revealed the presence of a pathogen of relevance for the species’  conservation or human health. 

For the present report, in 2006, 2007 and 2008, respectively 3,5 % , 2,6 % and 2,1 % of SAGIR cases could not be considered  as exploitable. 

Throughout this report, the term « case » is used for exploitable SAGIR cases.   I.C Interpretation of results For the interpretation of the SAGIR network data, it is essential to bear in mind the constraints imposed by the sampling and the various  filters applied to the different stages   of the SAGIR protocol. They are not detailed in the present report and mainly come within the following :  

                                                            1 Non specialized. The network is interested in several diseases and in several animal species. 2  This more    general  term  is used  to  refer  to  all  epidemiosurveillance  et  and  epidemiovigilance networks. An  epidemiosurveillance network  is devoted to the surveillance of diseases that are present in a territory, as opposed to an epidemiovigilance network, which enables the detection of the appearance of a new or exotic disease (Dufour and Hendrikx, 2007). 3 One describes as passive any surveillance activity relying on the spontaneous notification of cases or suspected cases of the disease monitored by the actors as data sources. It is thus impossible to know in advance the number, nature and localization of the data collected by the network. This type of organization is adapted to situations where the purpose is to give an early warning in case of the appearance or re‐appearance of a disease (Dufour et Hendrikx, 2007). 4 The production  is active when  it  is organized  specifically, with  for example a  sampling design,  sampling and analyses performed  for  the  sole purpose of epidemiosurveillance (Toma et al.,  2001). 5 Measurement of the frequency of a disease existing at a time t (P = total number of cases at a time t / total population at this time). 6 For example, with only the observed species, the municipality and the date of discovery mentioned. 7 For example, with only the specimen’s genus, without mention of the species. 

9 

- mortality detection probability. The dead bodies are not actively searched for, they are discovered  in a fortuitous manner. The observed apparent mortality does not represent the true mortality and  largely underestimates it; 

- the reporting of spontaneous information based on the motivation of observers and SAGIR ITD ; - a  non‐homogeneous  sampling  process  from  one  departement  to  another.  Indeed,  the  selection  of individuals whose  analysis  results will  be  entered  into  the  database  is  subjected  to  a  series  of  non standardized filters, which are as many sources of selective forces (and hence of bias) coming into play in the building  of the sample, from the reporting of the  dead body to the collection, transport and analysis to the centralization.  

For all these reasons, caution is required in the data exploitation, notably with regard to the quantification of  a  health  phenomenon  or  the  data  representativeness  for  a  wildlife  species.  The  SAGIR  network  is adapted  to    the detection of  the presence   of a disease,  so we  shall  restrict  this  report  to  the disease outbreaks8. On the other hand, it is difficult to conclude on the absence of a disease in the absence of data. The  absence  of  data  in  a municipality  does  not  necessarily  imply    that  there  is  no wildlife mortality  or disease  in  this  municipality.  It  can  result  from  the  true  absence  of  the  pathogen  or  from  a  lack  of observation  (hostile  environment,  presence  of  important  vegetation  cover,  absence  of  ITD  in  the departement, …), or lack of reporting or analysis (absence of LDAV in the departement, dead body in a too advanced state of decomposition, …).  Similarly,  SAGIR  data  allow  the  comparison  in  time  and  place  of  a  pathogen’s  presence  with  all  the necessary  caution. On  the other hand,  to  compare  the amplitude of a health phenomenon  in  time and space, a prior analysis of the increase in case numbers  and an assessment of the portion due to  a higher observation pressure  and  that attributable  to  the  true  progression of  the disease are required, which  is impossible with the general SAGIR protocol.   

II SPATIO‐TEMPORAL DISTRIBUTION OF CASES FROM 2006 TO 2008  

II.A Annual distribution of cases After a substantial increase in the number of cases in 2006, the collection in 2007 and 2008 decreased to its usual level, with a number of cases close to that recorded in 2005 (Figure 1).   

   

Figure 1 : Number of cases recorded from 2005* to 2008 by the SAGIR network. * from Terrier et al., 2006 

  In  relation  with  the  international  context  of  the  highly  pathogenic  avian  influenza  virus  (H5N1  HP) circulation, the monitoring of wild bird mortality and the screening of higly pathogenic viruses (H5 or H7) were  strengthened  from  September  2005  onwards,  relying  on  the  SAGIR  network  in  rural  areas.  The 

                                                            8 Epidemiological unit of pathological cases, clinically expressed or not, occurring  in the same place during a  limited period of time  (Toma et al., 2001). 

Source :  SAGIR data..  ONCFS/FNC/FDC netw

ork 

Number of cases 

2005  2006 2007 2008

1000 

2000 

3000 

4000 

5000 

6000 

n = 3475 

n = 6271

n = 3043

n = 2320

10 

general  system aimed at  collecting dead birds  in a good  state of preservation  in a  context of abnormal mortality, i.e., at least five birds found dead at the same site within a radius of 500 meters, within 7 days. Following  the  discovery  of  three  dead  common  pochards  Aythya  ferina  in  the  Dombes  (Ain)  and  the detection  of  the  highly  pathogenic  avian  influenza  virus  (H5N1 HP)  on  13  February  2006,    the  general system was strengthened, including any dead swan observed in  France and any dead anatid observed in an at‐risk wetland area, notably  in  this  region where  the wild bird mortality  surveillance pressure was very high.  From  February  to  August  2006,    734  dead  birds were  collected  in  the  Ain,  including  470  on  the Dombes ponds, showing evidence of the avian influenza epizootic in this territory (Baroux et al., 2007 ; Hars et al., 2007a ; Hars et al., 2008). Apart from this mortality episode in the Ain, the increase in SAGIR cases in 2006 compared to 2005, related to  the  increase  in  the  number  of  birds  collected  by  the  network  (Figure  1), was  not  associated with  a mortality  caused  by  avian  influenza.  On  the  other  hand,  this  increase  was  the  consequence  of  the strengthening of  the  surveillance  following  the  vigilance  appeal  in  the  avian  influenza  context.  This increased surveillance  led to an  increase  in the number of notifications by observers9 and  in SAGIR cases. Meanwhile, the notifications by new observers among the public were taken into account in this particular context, thereby increasing the « avian influenza » effect on the SAGIR network.  The intervention of these new observers likely explains the increasing  proportion of non exploitable SAGIR cases in 2006 (cf. Chapter I.1.),  which  reminds  one  that  the  intervention  of  trained  people  guarantees  the  effectiveness  of  the territory surveillance. This  episode  in  2006  is  a  new  illustration   of  SAGIR’s    capacity  to  strengthen  its  surveillance  to  face  a particular health event,  thanks  to the mobilization of  the network’s observers under  the  coordination of departemental technical representatives 10 (ITD) and the national team. In 2007, 949 dead birds11 were collected and analysed in France within the framework of the monitoring  of  avian influenza virus circulation among wild birds, which is much less than in 200612. In 2008, slightly over 350 dead birds were subjected to a search for the highly pathogenic influenza virus. This significant decrease in the number of dead birds analysed in 2007 and 2008 is the expression of  lower levels of awareness  of the new observers  outside of a health crisis period. It is above all indicative of a lack of clarity for the network of the role officially entrusted to it.   II.B Monthly distribution of cases  SAGIR cases  are recorded  continuously throughout the year (Figure 2). The substantial increase in cases recorded in February and March 2006 reflects the public reaction to the announcement of the first avian influenza case in the Ain in February 2006 (cf. Chapter II.1.). This effect becomes less marked in April and even less marked as from May 2006.  

                                                            9 Observers of the SAGIR network are mainly hunters, technicians of hunting federations and agents of the ONCFS. 10  ITD  are  in  charge  of  the  running  of  the  SAGIR  network  in  their  departement.  There  are  two  of  them  in  each  departement,  one  from  the 

departemental hunting federation and the other from the ONCFS departemental service. 11 For the record, only 7 anatid specimens, 5 mute swans Cygnus olor and 2 mallards Anas plathyrhynchos, were found to be infected in Moselle in 

2007 and no test on specimens collected in 2008 was found positive. 12 One should note that not all of these cases appear in the 2007 and 2008 bars in  Figure 1 since all the results of the avian influenza monitoring on 

wild birds found dead or sick were not entered into the SAGIR database in 2007, as well as in 2008. 

11 

2006

2007

2008

   

Figure 2 :  Monthly distribution of cases in 2006, 2007, 2008.   Apart  from  anatids,  among  the  species well  represented  in  the  SAGIR  sample,  the  number  of  roe  deer Capreolus capreolus collected in February and March 2006, as well as in November and December 2006, is higher  than  the number  collected  in  the  same months  for  the years 2007 and 2008  (Figure 3). A higher number  of  injuries  was  recorded  in  roe  deer  in  February  and March  2006,  whereas  digestive  system diseases  (enterotoxaemia,  parasitism,  diarrhoea)  dominated  in  November  and  December  2006.  In  July, August and September 2007, the three peaks were notably due to an  increase  in cases of polyparasitized roe deer, as well as an increase in the number of injuries in July 2007.  Since 1997, many departements have reported unusual levels  of dead roe deer discoveries,  associated or not with a population decrease. A large number of investigations were conducted within the framework of the SAGIR network, notably in search of a specific pathogen associated with this phenomenon called MAC for mortalité  anormale  du  chevreuil,  i.e.,  abnormal  roe  deer mortality.  No  specific  pathogen  has  been identified. On  the other hand, autopsy  reports often  reported a massive parasitic  infestation, associated with  a marked  thinness.  At  the  individual  scale,  these  results  did  not  provide  satisfactory   answers  for managers.  Nevertheless,  their  national  aggregation  enabled  biologists  to  elaborate  hypotheses  on  this mortality  phenomenon.    The  roe  deer’s  high  sensitivity  to  its  environment  contributes  to  explain  the observed or perceived mortality (Delorme et al., 2008). Nevertheless, as far as possible, the surveillance of roe  deer  mortality  causes  is  essential  for  the  early  detection  of  diseases.  The  MAC  issue  is  a  good illustration of the collaborative approach between different fields (ecology, population dynamics, pathology, epidemiology, 

histology, parasitology, …), essential to the understanding of some mortality events that pathology alone cannot always explain.    

Source : SA

GIR data..  ONCFS/FNC/FDC netw

ork 

Number of cases 

December

0

100

200

300

500

400

600

January  Feb.  March  April  May June July Aug. September  Oct.  November 

n = 1429 

n = 1743 

12 

2006

2007

2008

2006

2007

2008

  

  

Figure 3 :  Monthly distribution of roe deer cases in 2006, 2007, 2008. 

Figure 4 :  Monthly distribution of  European brown hare cases in 2006, 2007, 2008. 

  With more than 1000 cases per year, the European brown hare Lepus europaeus  is the most represented species  in the SAGIR sample.  In 2006, 2007 and 2008, their numbers  increased  in autumn (Figure 4). This observation  is an abiding feature  in the SAGIR network, and  is probably related to the higher surveillance pressure during the hunting period for this species and to some pathologies frequently observed during this season  (see  infra).  On  the  other  hand  it  is  difficult  to  interpret  the  other  monthly  and  interannual differences in the number of cases. It is worth noting however that cases of pasteurellosis, coccidiosis and European brown hare  syndrom  (EBHS)   were observed  rather  in November 2006 and  in September and October 2007. This is indicative of a later appearance of the disease in 2006 or of a time‐lag in observation. The large number of cases in Octobre 2007 is explained by the more frequent identification of tularemia as the aetiology of death. Lastly, the higher number of cases in March 2007 is explained by an upsurge in cases of pseudotuberculosis, coccidiosis, EBHS, and a not insignificant proportion of  unspecified  causes of death.   II.C Distribution of cases per municipality The distribution of cases per municipality (Figure 5) illustrates the nationwide  coverage of the network and the  dynamism  of  observers  and  SAGIR  ITD,  as  well  as  of  the  LDAV.  No  data  is  available  in  a  few departements.  In  some  departements,  the  absence  of  LDAV  or  of  an  animal  health  activity   in  the departemental laboratory is a handicap for the optimal running of the SAGIR network.  The  web  site    http://carmen.carmencarto.fr/index.php?map=espece_sagir.map&service_idx=38W    presents  the distribution  per municipality  and    per  year  of  species  that  are well  represented  in  SAGIR,  such  as  the mallard Anas plathyrhyncos, roe deer, European brown hare and European rabbit Oryctolagus cuniculus.    

Source :  SAGIR data..  ONCFS/FNC/FDC netw

ork 

Number of cases 

0

Janv 

50

100

150

250

200

0

50

100

150

250

200Fev 

Mar 

Apr 

May 

   june 

July 

Aug 

Sept 

Oct 

Nov 

Dec 

Jan 

Fev 

March 

Apr 

May 

June 

July 

Aug 

Sept 

oct 

Nov 

Dec 

13 

  

 

 

 Figure 5 : Distribution of cases per municipality in metropolitan France and in Martinique in 2006, 2007 and 2008.  

2006* 

2007 

2008

Number of cases / 

Number of cases / 

Number of cases / municipality 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

* H5N1 HP cases are not all represented .  

.

..

.

.

14 

 

III SAMPLE DESCRIPTION   

III.A Species Since  1986,  SAGIR  cases  concern  205  species  of wild  birds  and mammals  (Appendix  1).  Seven  species represent  80 % of SAGIR cases with, in decreasing order of their numbers : 

1. European brown hare  

2. Roe deer ; 

3. European rabbit; 

4. Wild boar Sus scrofa ; 

5. Red fox Vulpes vulpes ; 

6. Mallard ; 

7. Wood pigeon Columba palumbus.  

Although a few species are flagship species in the SAGIR network,  the species richness of the SAGIR sample is exceptional  and, to our knowledge, unique  in France and  in Europe (Figure 6). Whereas departemental hunting  federations  are  heedful   of  the  monitoring  of  mortality  in  all  the  species  whose  hunting  is authorized  in France, the SAGIR network  is also  interested  in other species of wild birds and mammals  in France, in particular with regard to raptor intoxications for example (see infra). The common buzzard Buteo buteo thus ranks in tenth position in the list of the most represented species in SAGIR since 1986.   

0

2000

4000

6000

8000

10000

12000

14000

16000

18000

20000

Lepus europaeus

Capreolus capreolus

Oryctolagus cuniculus

Sus scrofa

Vulpes vulpes

Anas platyrhuncos

Columba palumbus

Rupicapra rupicapra

Cygnus olor

Buteo buteo

Columba sp.

Perdix perdix

Cervus elaphus

Sturnus vulgaris

Streptopelia decaocto

Perdix sp.

Phasianus colchicus

Alectoris rufa

Meles m

eles

Capra ibex

Streptopelia sp.

Fulica

 atra

Passer domesticus

Larus sp.

Felix lynx

Scolopax rusticola

Ardea

 cinerea

Carduelis chloris

Martes foina

Turdus merula

Columba livia

Milvus milvus

Larus michahellis

Rupicapra pyrenaica

Larus ridibundus

Ovis gmelini musimon

Carduelis spinus

others

Number of cases

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

%

 Figure 6 :  Ranking  of species in the SAGIR sample sinced 1986 according to the number of cases (Pareto diagram). 

  This wild bird species diversity increased in 2006 as a result of the avian influenza episode  (Figure 7).  

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

15 

0

20

40

60

80

100

120

140

160

  

Figure 7 :  Species richness of the SAGIR sample in 2005*, 2006, 2007 and 2008. * from Terrier et al., 2006 

  Within the framework of a strengthened  surveillance, the SAGIR network has shown its capacity to detect in  the  field  the mortality of  specimens belonging  to  species other  than  those usually monitored by  the network,  notably  of  small  size,  deemed  to  be more  difficult  to  observe  (Figure  8).  This  episode  is  an illustration of SAGIR’s capacity to rapidly adapt to health stakes of the moment with unequalled results.  

0

50

100

150

200

250

300

moineau domestique

merle noir

héron cendré

tarin des aulnes

buse variable

verdier d'Europe

étourneau sansonnet

tourterelle turque

  

Figure 8 :  Monthly distribution of cases in 2006 for the common buzzard*, starling, grey heron, blackbird, house sparrow, siskin, collared dove and greenfinch. * For the scientific names of these species, refer to Appendix  1. 

 Looking  at  the  seven  first  species mainly  collected  from  2005  to  2008  (Table  I),  the  effect of  the  avian influenza episode  on the species’ structure  of the sample is clear : the classically observed structure of the database  changes drastically in 2006 and in 2007, and the ranking is again respected in 2008. 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

2007 2008 20062005 

Number of species 

Jan.  Fev.  March  April May June July Aug. Sept. Oct.  Nov.  Dec.

Number of cases 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

Passer domesticus 

Turdus merula 

Ardea cinerea 

Carduelis spinus 

Buteo buteo 

Carduelis chloris 

Sturnus vulgaris 

Streptopelia decaocto 

16 

  

Table I : The 7 most represented species in the database in 2005*, 2006, 2007 and 2008. * from Terrier et al., 2006 

Rank  2005  2006  2007  2008 

1  Europe brown hare  mallard  European brown hare Europe brown hare 

2  Roe deer  European brown hare Roe deer  Roe deer 

3  Red fox  Roe deer  mallard  Wild boar 

4  European rabbit  pigeon sp.  European rabbit  European rabbit 

5  Mallard  Mute swan  Wild boar  Red fox 

6  Wild boar  starling  Red fox  Wood pigeon 

7  Wood pigeon  Common buzzard  Mute swan  Mallard 

   III.B Dead animals vs. sick animals From  2006  to  2008,    SAGIR  cases  relating  to  animals  found  alive  and  sick  represent  20 %  of  the  total number of cases. For 50 % of these cases, the observer and/or the LDAV have described symptoms in the SAGIR  form.  This  information  is  invaluable  for  the  orientation  of  the  post mortem  diagnosis  and  the  determination of further possible associated examinations. It was not possible in this report to compare the number of animals found alive during this period with that found in previous years.   

IV MAIN INFECTIOUS AND  PARASITIC  DISEASES DIAGNOSED BETWEEN 2006 AND 2008 

IV.A New pathogens and diseases identified between 2006 and 2008   A new pathogen or a new disease refers to a pathogen or a disease revealed for the first time  in SAGIR’s history since the data centralization, either because no case had been observed until then, or because the case concerned a new wild bird or mammal species.  Between 2006 and 2008, 10 new diseases or pathogens have been observed by the network (Table II). 

17 

 Table II : List of the new pathogens and diseases  identified by SAGIR between 2006 and 2008. 

DISEASE  SPECIES* (number of specimens, departement, date, observation) 

Botulism (D) Clostridium botulinum, type D toxin 

Yellow‐legged gull1 (410, 66, May 2008) 

Duck  viral enteritis  Mute swan (1, 68, August 2008, lesions (pathological?) diagnosis) 

FCO  Red deer (2, 51, December 2007, presence unrelated to death) 

Avian histomoniasis  Mute swan (1, 26, February 2006), coot (1, 39, February 2006) 

H5N1 HP1  Common  buzzard  (1,  01,  2006), mute  swan  (54,  01,  2006),  common  pochard  (6,  01,  2006),  grey heron (1, 01, 2006), grey lag goose (1, 01, 2006) 

Leptospirosis  Eurasian beaver (2, 39, October and November 2008) 

Mycoplasma agalactiae  Alpine ibex (9, 73, 2007‐2008, isolated  in the lungs) 

Pseudotuberculosis  Red squirrel (2, 33, February 2006), Eurasian beaver2 (1, 68, May 2006), coypu (1, 26, May 2007) 

Salmonellosis Salmonella mbandaka 

Stock dove (4, 35, January 2007) 

Haemorrhagic syndrome  Hawfinch (6/1, 11/39, 2006, unidentified aetiology) 

Tetrameres infestation13  Wood pigeon (1, 36, January 2008) * For the scientific names of these species, refer to Appendix 1. 1 from Hars et al., 2006 2 Identified  in European beaver in 1998 and in coypu in 2002 in Indre‐et‐Loire    

Among these diseases, type D botulism had not been documented so far  in wildlife  in France, contrary to types C and E. Duck viral enteritis or duck plague is an acute, contagious disease, sometimes chronic, due to a herpesvirus affecting ducks, geese and swans. Even though outbreaks are uncommon,  it  is a permanent threat  for poultry flocks and ornamental birds and for the avifauna. The status of wild anatids is difficult to know  but  wild  ducks  in  the  Anas  genus  seem  less  prone  to  the  clinical  expression  than  domestic palmipedes. They could play a role in the contamination of poultry farms14.    IV.B Diseases with an impact on wildlife species’ populations observed between 2006 and 2008 IV.B.1 Species whose hunting is authorized, key events 

IV.B.1.1 Wood pigeon 

The year 2006 was marked by a significant Newcastle disease episode in Pas‐de‐Calais, as well as a higher number of fowl pox cases. During  the  2007‐2008  winter,  a  high wood  pigeon  mortality  was  observed  and  reported  in  many departements  (Aveyron,  Charente,  Charente‐Maritime,  Côtes  d’Armor,  Dordogne,  Finistère,  Gard,  Gers, Haute‐Loire,  Ille et Vilaine, Isère, Loire‐Atlantique, Marne, Mayenne, Nièvre, Orne, Savoie, Vendée, Yonne and departements of the Centre and Ile de France regions). Every winter, pigeons are found dead as a result of  lesions caused by  the parasite, but  the phenomenon occurred on a  larger scale during  the 2007‐2008 winter. For example, mortality was estimated at 1 000  individuals between December 2007 and February 2008  in Vendée  and  at 400  (wood pigeons  and doves both  taken  into  account)  in  Ille  et Vilaine with  a mortality peak in February. Further details on the distribution of cases are described in SAGIR letters n° 161 and  n°  162  (http://www.oncfs.gouv.fr/Reseau‐SAGIR‐Surveillance‐Sanitaire‐de‐la‐Faune‐Sauvage‐ru105/Consulter‐les‐lettres‐SAGIR‐ar297). IV.B.1.2 Stock dove  

The month of July 2008 was marked by a significant trichomonosis episode in  chicks recorded in Mayenne.  

                                                            13 Tetrameres  infestation  is a parasitic affection due to small nematodes  localized  in the proventriculitis and causing emaciation (wasting,  loss of 

weight) and regurgitation. 14 Fot further information, you can consult http://www.avicampus.fr/PDF/PDFpathologie/Herpesvirosecanard.pdf 

18 

IV.B.1.3 Collared dove  

Trichomonosis  also  affected    the  collared  dove  Streptopelia  decaocto  during  these  three  years  of monitoring. Cases have been reported in Aude,  Dordogne,  Gers,  Gironde, Indre, Loiret,  Nièvre and Pas‐de‐Calais.  Aspergillosis  marked the year 2006, with the mortality of about a hundred individuals.  IV.B.1.4 European rabbit  

Myxomatosis,  which  is  endemic  in  France,  is  not  often  reported  within  the  framework  of  the  SAGIR network,  despite  its    impact  on  rabbit  populations.  Over  3  years,  29  cases  have  been  notified  in  17 departements. The  clinical  features of  this  viral disease  vary according  to  the  virus  strain and  virulence. There  are  several  forms  of  the  disease :  the  first  is  nodular,  the  other  is  called  amyxomatous.  For  the nodular form, the clinical picture  is easy to recognize and sick or dead rabbits are often not submitted to the   LDAV for analysis ; cases are not or rarely notified. As regards the attenuated nodular   form   and the  amyxomatous  form, symptoms are not as characteristic and  the auto‐examination made by the observer leads to an  underestimation the disease. A confirmation diagnosis  performed  by the LDAV is required. Between 2006  and 2008, 62  viral haemorrhagic disease  (VHD)  cases were observed  and  reported  in  30 departements. Between 2006 and 2008, 52 hepatic and digestive coccidiosis, associated with diarrhoea, inflammation and intestine  congestion, were observed and reported in young  individuals. Lastly, in 15 % of cases, the aetiology of death could not be de determined. In 2006 in particular, the LDAV reported  in the majority of cases  an absence of lesions at the autopsy on analysed rabbits.  IV.B.1.5 Roe deer  

Cases of  listeriosis, encephalitis, massive Oestrus ovis  infestations and polyparasitism were recorded each year. Reported pasteurellosis cases were  more numerous in 2006. The LDAV observed quite frequently tumors of the digestive and respiratory systems, concerning adults as well as young animals.  IV.B.1.6 Chamois  

Cases of abscess disease were observed  in  the chamois Rupicapra rupicapra  in 2006  in Drôme and  Isère, and in 2008 in Drôme and Savoie. A higher number of pasteurellosis cases was observed in 2006, as well as other respiratory diseases.  IV.B.1.7 Red fox 

Many cases of mange were reported in the red fox, confirming that this disease is mortal in this species.  IV.B.1.8 European brown hare IV.B.1.8.1 Dominant pathological features 

EBHS (European brown hare syndrom) or viral  hepatitis of hares was the dominant pathology in  2006 and 2007, overtaken  in 200815 by  tularemia  (Figure 9). For all  the  reasons evoked  in Chapter  I. Methods,  the percentages mentioned here are not representative of the diseases’ prevalence in hare populations. On the other hand, they allow the identification of a trend in the occurrence of diseases in hare populations or of the interest shown in them. 

 

                                                            15 This trend for EBHS in 2008 has to be confirmed by further data analyses. 

19 

0

5

10

15

20

25

30

2005 2006 2007 2008

t raumat isme

t ularémie

EBHS

pseudot uberculose

inf ect ion respirat oire

past eurellose

coccidiose

sept icémie

colibacillose

 Figure 9 :  Dominant pathological features in the European brown hare – Relative  evolution between 2005 and 2008*. The % were calculated by dividing the number of individuals screened positive for a disease  by the number of hares collected in the year. *  2008 results have to be further analysed to confirm these trends. Injuries represent a major and constant cause of European brown hare mortality. In some cases, they can be facilitated by exposure to chemical substances that modify behaviour (cf. Chapter V).  Pasteurellosis occupies an  important place among brown hare diseases  recorded by  the SAGIR network.   The spatial distribution of outbreaks is shown in Figure 10. 

Figure 10 :  Cumulated presence and distribution per departement of pasteurellosis in the European brown hare from 2005 to 2008.  Further details on pseudotuberculosis and tularemia are presented in the chapter on zoonoses (see infra). Information on EBHS is detailed below.  Reproductive disorders (abortion, dystocia, genital infection) have been described for 18 cases in 2006, 11 in 2007 and 5 in 2008, without the aetiological agent being identified. 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

% of hares affected 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

1 year 

2 years 

3 years 

4 years 

20 

Cases of verminous pneumonia were observed  in brown hares killed by hunters  in 2008. At  the  time of evisceration, many  brown‐beige  colored  nodules,  localized  in  the  lungs, were  observed  by  hunters  and analysed at  the LDAV. These observations are recurrent, particularly  in some territories  of  the Tarn. The histological examination of lesions revealed the presence of nematode  parasites in the bronchi and alveoli and led to the diagnosis of suppurative bronchopneumonia of verminous origin. Field observations mention animals in good condition, with no abnormal behaviour and showing no sign of impairment. At the  date of edition of  the present  report, new  information on  this parasitic pathology has  led  to  the definition of a specific study programme in several  departements16.   IV.B.1.8.2 Zoom on European brown hare syndrome (EBHS) 

EBHS is a disease of relevance for managers and makes it worth developing the knowledge obtained by the  SAGIR network. The data on macroscopic findings observed by the  LDAV have been analysed in the present report. The approach used is an  example of what can be carried out  for the brown hare and other species and for other pathologies. Nevetheless, it was not possible in this report to develop all these analyses. We chose to develop the example of EBHS.   IV.B.1.8.2.1  EBHS macroscopic findings 

The analysis of macroscopic data presents a double  interest :  i) monitoring of the macroscopic expression of  the  disease  as  a  tool  for  the  detection  of  an  evolution  of  the  virus  pathogenicity ,  ii)  inventory  of evocative lesions to optimize the triggering of the analysis.  In a first stage, lesions were considered independently from organs to rank them according to observation frequency for EBHS cases (Figure 11). The operation enabled the isolation  of lesions of low occurrence. The same approach was used with the organs (Figure 12).   

0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

200

HEM

ORRHAG

ECO

NGESTION

HYPERTROPH

YINFLAM

MATION

NO LESIONS

ABNORM

AL CO

LOR

NECRO

SIS

ROASTING PICTURE

TRANSUDATE/EXSUDATE

PURU

LENT SECRETION

PETECH

IAE

DEGEN

ERATION

OTH

ERS

Frequency

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

%

 Figure 11 : Frequency of lesions associated with EBHS in the European brown hare between 2006 and 2008 (Pareto diagram). The category « other» includes  lesions whose observation frequency is below 1 %. 

 

                                                            16 For further  information, consult the SAGIR  letters n° 165 and n° 167  (http://www.oncfs.gouv.fr/Reseau‐SAGIR‐Surveillance‐Sanitaire‐de‐la‐Faune‐Sauvage‐ru105/Consulter‐les‐lettres‐SAGIR‐ar297). 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

21 

0

20

40

60

80

100

trachea

liver

lung

spleen

intestine

others organs

nose

kidney

thorax

abdomen

bronchus

stom

ach

sinus

others

Frequency

0

20

40

60

80

100

%

 

Figure 12 : Frequency of affected organs in EBHS cases in the European brown hare between 2006 and 2008 (Pareto diagram). The category « other» includes organs whose observation frequency is below 1 %. 

  In  a  second  stage,  the  principal  associations  between  the  modalities  « lesion »  and  « organ »    were determined by a factorial correspondence analysis (Figure 13).  

ASPECT CUIT

COLORATION ANORMALECONGESTION DEGENERESCENCE

HEMORRAGIE

HYPERTROPHIE

INFLAMMATION

NECROSE

PETECHIES

SECRETION MUCOPURULENTE

TRANSUDAT/ EXSUDAT

abdomen

bouche

broncheestomac

foie

intest in

nez

poumon

rate

rein

sinus

thorax

trachee

-1

0

1

2

3

4

-2 -1 0 1 2

- - axe F 1 ( 3 7.9 5 %) - - > 

Figure 13 :  Representation of the principal lesion/organ associations in EBHS cases in the European brown hare from 2006 to 2008. 

Based on  this  analysis,  the modalities having  the most  significant  contributions    in  EBHS  cases    are  the following lesion/organ associations :  

- hypertrophy/spleen ; - transudate‐exsudate/abdomen ; 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

 F2 axis (23,77 %) 

F1 axis (37,95 %)

22 

- abnormal coloration/liver ; - haemorrhage/trachea. 

In other words, these associations have likely been determining to set the diagnoses.  The  second  factorial  plane  retained  (not  represented  here)  showed  an  opposition  of  the  association hypertrophy/spleen and   necrosis‐ cooked  aspect ‐ abnormal coloration/liver. This means that the spleen hypertrophy  is  rarely observed when  the  liver has a  cooked  aspect, an abnormal  coloration or necrotic lesions. Lastly,  the macroscopic  findings most  frequently  described were  revealed  by  a  statistical  classification represented in the dendrogram in Figure 14.  

 Figure 14 : Classification of lesion associations most frequently described in EBHS cases in the European brown hare between  2006 and 2008.  The  lesion/organ modalities most  frequently  associated  in  EBHS  cases  are    haemorrhage/trachea  and hypertrophy/spleen. The pair congestion/lung is aggregated to this group.  The main symptoms recorded for EBHS cases were haemorrhages, mostly nasal,  diarrhoea, depilation and foam at the nostrils. The other described symptoms were  behaviour problems, staggers, apathy, myoclonia and  jaundice. However,  this  information was not  systematically present  in SAGIR  forms,  it was  thus not possible to analyse these symptoms using the same approach as previously.  These analyses establish that no evolution of the macroscopic or symptomatological findings of EBHS in the European brown hare was detected from 2006 to 2008.   IV.B.1.8.2.2 Distribution of cases per departement from 2005 to 2008 

The cumulated  years of EBHS presence from 2005 to 2008 enables one to identify the departements where the  virus  seems  to  be   endemic  (Figure  15).  The  departements  of  the  south  of  France  are  particularly concerned.  However,  the  notification  of  outbreaks  from  one  year  to  another  is  not  systematic.  It  depends  on  the probability of detecting the outbreak (lethal episode or not, presence of observers in the field, …) and the probability that this oubreak, once detected,  is reported to the network by the observer (disease recurrence, knowledge of the disease, interest in the disease, brown hare’s demographic situation in the departement, …). Thus, the absence of EBHS case in a departement or the  apparent disappearance of the disease in a departement does not necessarily mean that it is not or no longer present. All the data should thus be interpreted with caution.  

 

Dissimilarity 

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Figure 15 :  Cumulated presence  and distripution per departement of EBHS in the European brown hare from 2005 to 2008.   Spread of the EBHS virus in brown hare populations  – Retrospective analysis. by  Jean‐Sébastien  GUITTON,  ONCFS,  Direction  of  studies  and research 

 During  the  last  quarter  of  the  year  2004,  the  SAGIR network observed  a higher number of EBHS cases than in previous years in several departements of the south‐east of France. The spatio‐temporal description of this epizootic enabled  the ONCFS  to put  forward and  test several hypotheses concerning various epidemiological aspects of this still little‐known disease. The hypothesis that the increase in the number of cases in 2004 could be  related  to  the emergence of a new virus genotype was  first  tested.  The  sequencing  performed  by  the AFSSA  supported  this  hypothesis  and  showed  a replacement  of  ancient  viral  genotypes  by  the  novel ones over the 10 previous years. A modelling work was then initiated to investigate  whether it is necessary to assume  that  new  genotypes  have  a  selective 

advantage (in the form of only partial  cross‐immunity  with  the  ancient  genotypes)  to  explain  the  observed dynamics.  The  first  results  do  not  favour  this hypothesis :  the  low   exposure  of  brown  hare populations to EBHS in 2003 could have played a more determining  role.  Some  groups  of    municipalities appeared  to  have  been  little  or  not  affected  by  the disease in 2004. A serological study carried out in 2005 aimed,  but  unsuccessfully,  at  showing  that  the  EBHS virus might have little circulated  in these populations, for example due  to a  relative  spatial  isolation. Lastly, the spatial  spread of the epizootics of 2004 described using  the SAGIR network data at  the  scale of  several departements was  irregular. A work under way   aims at showing that this variation is related to a landscape structure  (rivers,  forests,  relief)  which  influences contacts between brown hares and hence  the  spread of  the  virus.  These   works  are  in  progress  or nearing  publication. 

   IV.B.2 Protected species, key events 

IV.B.2.1 Alpine ibex 

During  the  2007‐2008  winter,  about  ten   dead  Alpine  ibex  were  transported  to  the  departemental veterinary    laboratory  of  Savoie  (LDAV73).  This  number  seemed  large    compared   to  previous  years, particularly as they were adults, and led to the assumption that the mortality was likely to be abnormal (see  SAGIR  Letter17 n° 161). Meanwhile,  the Vanoise National   Park  reported an unusually high mortality  in some populations  cores,  in  particular  in  the  Champagny  en Vanoise  and Villarodin  le  Bourget  territories.  The 

                                                            17  SAGIR  Letters  available  at  http://www.oncfs.gouv.fr/Reseau‐SAGIR‐Surveillance‐Sanitaire‐de‐la‐Faune‐Sauvage‐ru105/Consulter‐les‐lettres‐

SAGIR‐ar297. 

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performed  analyses  enabled  the  identification  of  the  two  main  diseases  found  in  the  species,  i.e., keratoconjonctivitis and pneumonia. No new cause of death was thus identified. Within the framework of the detailed analyses performed by the LDAV73,  along  with the ANSES laboratory in Lyon, the bacteriology revealed for the first time the presence of the Mycoplasma agalactiae bacteria  in the  lungs of some  ibex suffering  from  pneumonia.  This  observation  raises  questions  concerning  the  bacteria’s  role  in  the development  of  pneumonia  in    Alpine  ibex  and  its  potential  impact  on  population  dynamics.    A pluridisciplinary  collaborative study is currently underway to contribute to answering  these questions.  

 IV.B.2.2 Brent goose  

Aspergillosis cases were observed in the  brent goose Branta bernicla in the Manche in 2006.  IV.B.2.3 Red squirrel 

The causes of death of  red squirrel specimens collected by  the SAGIR network have an  infectious origin, with the observation of pseudotuberculosis and respiratory  infection, the aetiological agent of which was unidentified.  IV.B.2.4 Gulls  

In  early March  2008,  the Norman Ornithological Group  reported  to  the  SAGIR  network  a  grouped   gull mortality  on  Tatihou  Island  in  the Manche  (see  SAGIR  Letter11  n°  161).  Slightly  over  60  individuals, mostly herring gulls Larus argentatus, but also lesser black‐backed gulls Larus fuscus and great black‐backed gulls Larus  marinus,  were  found  dead  or  dying  on  this  small  territory.  In  a  first  stage,  19  post‐mortem examinations  were  performed    by  the  Manche  departemental  veterinary  laboratory.  Based  on  the macroscopic findings and the sudden occurrence  of the phenomenon, the first hypotheses turned towards toxicology,  in  particular  an  intoxication  by  anticoagulants.  The  toxicology  laboratory  of  the  veterinary VetAgro Sup Campus of Lyon analysed all the submitted samples and searched for most of the molecules on  the market.  The  analyses  did  not  enable  the  detection  of  the  anticoagulants  searched  for  and  thus invalidated  our  initial  hypothesis. Meanwhile,    gulls were  still  found  dead  or  dying,  only  on  the  island territory, the number of victims reaching about a hundred.  In order to target the further investigations, 2 dying gulls  and 3 new dead ones were analysed again and  tissue samples were submitted to the histology laboratory  Vet Diagnostics    (www.vetdiagnostics.fr).  Any  infectious    hypothesis was  hence  discarded  and another  toxic  hypothesis was  put  forward  in  relation with  the  observed  behaviour  of  the  sick  animals. Chloralose was identified on one sample.  In May 2008, 300 yellow‐legged gulls were found dead or dying on La Corrège  island  in the middle of the Salses‐Leucate pond in Pyrénées‐Orientales. The analyses performed within the framework of the network confirmed    type  D  botulism.  The  opportunistic  and  necrophagous  feeding  behaviour    of  this  species contributed to maintain the phenomenon. State services,  in particular the prefecture, veterinary services and health affairs, could use this information to reassure the populations, although the initial terms used in their communication  («  risk  for humans   », «  transmissible germ », « precaution principle », …) had at first needlessly alerted them. For this reason, the basic  language used during botulism episodes needs  to be precise  (see SAGIR Letter11 n° 162).   IV.B.2.5 Black‐headed gull  

Salmonella  typhimurium was  identified  in  several  cases of black‐headed  gull Chroicocephalus  ridibundus mortality in 2006 in the Somme and in 2008 in Indre‐et‐Loire. Visceral gout was diagnosed in  21 gulls in Pas‐de‐Calais (see  SAGIR Letter11 n° 158).  IV.B.2.6 Siskin  

Salmonella  typhimurium  and  group  B  Salmonella   were  identified  in  several  siskin  Carduelis  spinus specimens  found  dead  in  2006  and  2008  in  several  departements  (Alpes  de  Haute‐Provence,  Creuse, Drôme, Isère, Loire, Savoie, Tarn).  

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IV.B.2.7 Greenfinch  

Salmonella  typhimurium  and  group  B  Salmonella were  identified  in  several  greenfinch  Carduelis  chloris specimens found dead  in   2006 and 2008  in several departements (Cantal, Corrèze, Côte d’Armor, Creuse, Drôme, Gers, Jura, Tarn). A mortality episode due to trichomonosis was recorded in greenfinch during the 2007‐2008 winter.   IV.C Zoonotic pathogens identified  between 2006 and 2008 IV.C.1 Tularemia 

Compared  to  the 2005  situation,  the number of departements where  a  least one  tularemia  case  in  the European brown hare was detected by SAGIR was higher  in 2008  (Figure 16). However, given  the SAGIR protocol, it is impossible to specify whether it was due to a true  progression of the disease, an increase in the observation pressure, an improvement in the disease detection techniques or a more systematic search for the disease even on animals that did not show any evocative sign.  

  

Figure 16 :  Cumulated  presence  and distribution per departement of tularemia in the European brown hare from 2005 to 2008.  The 2007‐2008 winter was marked by an important increase, during a limited period of time, of tularemia cases in the European brown hare and in humans. The increase in human cases was not accompanied by an increase of contact with the brown hare, suggesting one or several common sources of contamination for these  2 species (Mailles et al., 2010).   IV.C.2 Swine erysipelas  

Swine erysipelas  was detected in the wild boar in April 2007 in the Loire, in the roe deer  in June 2007 in the Alpes de Haute‐Provence and the Jura and in the European brown hare in November 2008 in Ardèche.  IV.C.3 Leptospirosis 

Leptospirosis was diagnosed in the Eurasian beaver in autumn 2008 in the Jura.  IV.C.4 Pseudotuberculosis  

Compared  to  the  2005  situation,  the  number  of  departements  where  at  least  one  case  of pseudotuberculosis  in  the European brown hare was detected by  SAGIR was  lower  in 2008  (Figure 17). 

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However, one should bear  in mind  that the same caution as described above  for tularemia is required  in the interpretation.  

  

Figure 17 :  Cumulated presence and distribution per departement of pseudotuberculosis in the European brown hare from 2005 to 2008.   IV.D Pathogens shared with domestic animals identified between 2006 and 2008 The  SAGIR  network  analyses  identified  several  pathogens  or  diseases  shared  with  domestic  animals. Between  2006  and  2008,   waterfowl  botulism,  trichomonosis, Mycobacterium  avium  tuberculosis,  fowl cholera and pox, Newcastle disease, classical swine fever in wild boar, bluetongue in the red deer,   Brucella suis biovar 2 brucellosis in the European brown hare and the wild boar, salmonellosis and pasteurellosis in various wild bird and mammal species, babesiasis in the Pyrenean chamois, listeriosis in the roe deer , were identified.   

V INTOXICATIONS IDENTIFIED BY  SAGIR FROM 2006 TO 2008  

V.A Identified causative agents of intoxications Between 2006 and 2008, the number of cases for which the cause of death was an intoxication reached 359 individuals. These  intoxications were due to one or several molecules,  listed  in Table  III.  In this table,   an individual is mentioned as many times as toxic agents have been identified in its tissues, which explains the total  number  411.  Intoxications  concerned  a  similar  proportion   of  birds  as  mammals.  Birds  were predominantly intoxicated  by  chloralose,  cholinesterase  inhibitors  and  imidaclopride.  Mammals  were mostly intoxicated by anticoagulants  and cholinesterase inhibitors.      

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 Table III : Toxicants quantified per species* and per year from 2006 to 2008. * for species’ scientific names, refer to Appendix 1. 

Name of the agent  Name of the species  2006  2007  2008  Total 

ALDICARBE  Red deer    1    1    Rook    1    1    Beech marten      1  1    Europe brown hare    1    1    Wild boar      2  2 

ALDRINE  Peregrine falcon  4      4    Red fox      1  1 

Common buzzard      2  2 Roe deer    2    2 Storck sp.    2    2 Rook      4  4 European rabbit    2    2 European brown hare    11  1  12 Red fox    3  3  6 

ANTICOAGULANTS (unidentified molecules) 

Wild boar    3  4  7 

BROMADIOLONE  Common buzzard      2  2    Roe deer    1  2  3    Barn owl    1    1    Comon kestrel      1  1    European rabbit  2      2    European brown hare  4  5    9    Red kite      1  1    Red‐legged partridge    1    1    Red fox  3  9  5  17    Wild boar  4  12  16  32    Collared dove    1    1 

CARBOFURAN  Common buzzard  7    3  10    Roe deer    1  1  2    Raccoon‐dog    1    1    Mallard  1      1       Starling      2  2    Beech marten      1  1    European hedgehog      2  2    European rabbit  1      1    Red kite  1      1    Black‐headed gull  1      1    Roose sp.  1      1    Red‐legged partridge  1      1    Red fox  5  3  1  9    European robin      1  1    Wild boar      2  2 

CHLORALOSE  Golden eagle      1  1    Common buzzard  1    1  2    Duck sp.      1  1    Roe deer  2      2    Mallard  7  9  9  25    Crow sp.   1      1    Mute swan  1      1    Pheasant sp.  1  1    2    Coot    1    1    Gull sp.      4  4    Eurasian eagle‐owl  1      1    Grey heron  1      1    Red kite    1    1    House sparrow  3    2  5    Black‐headed gull  1      1    Grey partridge  1  2  1  4      Common wood pigeon  1  2  1  4    Pigeon sp.  4  4  9  17 

28 

   coypu      1  1    Red fox      1  1    Wild boar    3  6  9    Turtle dove      1  1    Collared dove  7  2    9 

CHLORMEPHOS  Common wood pigeon    1    1 

CHLOROPHACINONE  Red deer  1      1    Roe deer  2    1  3    Common crane      2  2    Grey heron   1      1    European rabbit      2  2    European brown hare  5  7  2  14    Rock pigeon  2      2    Wild boar    1  1  2 

SODIUM CHLORIDE  Chamois  1      1 

COPPER  Mute swan  1      1    Griffon vulture  1  1    2 

DICHLORODIPHENYLDICHLOROETHANE  Wild boar  1      1 

DICHLORVOS  European brown hare    1    1    Wild boar    4    4 

DIFENACOUM  European rabbit      1  1    Red fox  1      1    Wild boar    2  1  3 

FIPRONIL     Pheasant sp.      1  1 

FLOCOUMAFENE  Eurasian beaver      1  1 

FLUORENE  Wild boar    1    1 

HEPTACHLOR  Common buzzard  1      1    Peregrine falcon  1      1    Grey partridge  1      1    Red fox  1      1 

IMIDACLOPRIDE  Grey partridge    4    4    Partridge sp.    6    6    Stock dove    4    4    Pigeon sp.  1  4  2  7 

CHOLINESTERASE INHIBITORS  Golden eagle      1  1 (unidentified molecules)  Common buzzard      2  2    Roe deer    1  1  2    Mallard  1  7    8    Crow sp.  1      1    Common genet      1  1    Eurasian eagle‐owl  1      1    European brown hare  2  1  1  4    Black kite  5      5    Red‐legged partridge    3    3    Pigeon sp.      1  1    Coypu      1  1    Red fox    3  1  4    Wild boar      4  4    Turtle dove      1  1 

LINDANE  Eurasian badger    1    1    Common buzzard  2      2    Peregrine falcon  5      5    European rabbit    1    1    European brown hare  1      1    Red fox  4    1  5    Wild boar  1      1    Griffon vulture  1      1 

METALDEHYDE  Mallard      11  11    Red fox      1  1    Wild boar      1  1 

METHIDATION  European brown hare    1    1 

MEVINPHOS  Wild boar      1  1 

NAPHTALENE  Wild boar    1    1 

ORGANOCHLORINES   Golden eagle    1    1    Wild boar      1  1 

29 

PARATHION   Rook  1      1 

PCB   Peregrine falcon  5    2  7 

LEAD  Mallard  1      1    Mute swan  2      2    Grey lag goose    1    1    Griffon vulture    1    1 

PYRENE  Wild boar    1    1 

STRYCHNINE  Red fox  1      1 

TERBUPHOS  Wild boar      1  1 

TRIAZOPHOS  Roe deer    1    1 

   Total :  122  146  143  411 

  V.A.1 Intoxications by anticoagulants  from 2006 to 2008  

Intoxications  by anticoagulants  recorded  from  2006  to  2008  were  due  to  bromadiolone,  which  is  the molecule most often identified, to chlorofacinone,  difenacoum and  flocoumafene. This type of  intoxication was identified in 18 species and more often in the wild boar, the red fox, the European brown hare  and  the  roe  deer  (Table  IV).  The wild  boar’s  exposure was  predominantly  caused  by malevolent actions, with  a  particularly  lethal  episode  in  the Meuse  in  2008  (Figure  18).  The  use  of  rodenticides  in agriculture was the cause of  intoxication cases  in the European brown hare. As regards raptors and other predators, secondary intoxication by the consumption of contaminated prey appears to be the main  route  of  exposure,  either  related  to  a malevolent  action  or  following  the  use  of  rodenticides  in  agriculture, particularly in Franche‐Comté (Figure 18). Rodenticide anticoagulants  were a significant cause of wild bird and mammal mortality (Berny et al., 1997 ; Berny et Gaillet, 2008 ; Guitart et al., 2010).   Table IV : Number of anticoagulant intoxication cases per species from 2006 to 2008. 

Common buzzard  6 

Eurasian beaver  1 

Red deer  1 

Roe deer  10 

Barn owl  1 

storck sp.  4 

Rook  8 

Common kestrel  1 

Common crane  2 

Grey heron  1 

European rabbit  9 

European brown hare  47 

Red kite  1 

Red‐legged partridge  1 

Rock pigeon  2 

Red fox  30 

Wild boar  51 

Collared dove  1 

 

30 

0

2

4

6

8

10

12

f locoumafene

difenacoum

chlorophacinone

bromadiolone

ant icoagulant indéterminé

       

Figure 18 : Departements concerned by  anticoagulant intoxications from 2006 to 2008.   V.A.2 Intoxications by cholinesterase inhibitors from  2006 to 2008 

Cholinesterase  inhibitor  intoxications  recorded  from  2006  to  2008  were  due  to  aldicarbe,  carbofuran,  dichlorvos, mevinphos, parathion and terbuphos. This type of intoxication has been identified in 27 species, and more often in the wild boar, the red fox, the common buzzard and the mallard (Table V).   Table V : Number  of cholinesterase inhibitor intoxication cases per species from  2006 to 2008. 

Golden eagle  1 

Common buzzard  12 

Red deer  1 

Roe deer  4 

Raccoon‐dog  1 

Mallard  9 

Rook  2 

Carrion crow  1 

Starling  2 

Beech marten  2 

Common genet  1 

Eurasian eagle‐owl  1 

European hedgehog  2 

European rabbit  1 

European brown hare  6 

Black kite  5 

Red kite  1 

Black‐headed gull  1 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

Number of cases 

2006  2007 2008 

Doubs

Eure

Haute‐Loire

Indre‐et‐Loire

Jura

Loire‐Atlantique

Lot

Manche

Marne

Meu

se

Oise

Somme

Tarn

Aveyron

Deu

x‐Sèvres

Doubs

Eure

Gard

Haute‐Loire

Hérault

Isère

Jura Lot

Meu

se

Oise

Sarthe

Savoie

Somme

Vienne

Yonne

Alpes de Haute‐Provence

Aube

Doubs

Haute‐Loire

Haute‐Saône

Jura

Marne

Meu

se

Seine‐Maritim

e

Vienne

31 

Goose sp.   1 

Grey partridge  1 

Red‐legged partridge  3 

pigeon sp.  1 

Coypu  1 

Red fox  13 

European robin  1 

Wild boar  14 

Turtle dove  1   V.A.3 Intoxications by organochlorines from 2006 to 2008 

Organochlorine intoxications recorded from 2006 to 2008 were due to aldrine, PCB and lindane. This type of intoxication has been identified in 8 species, including the peregrine falcon (Table VI). Following ornithologists’ observations relating to a problem of hatchability of peregrine falcon eggs  in the Jura in April 2006 and 2008,  toxicological analyses were performed.  They revealed a contamination of eggs by  PCB (Monneret, 2008).   Table VI : Number of organochlorine intoxication cases per species from 2006 to 2008. 

Golden eagle  1 

Eurasian badger  1 

Common buzzard  2 

Peregrine falcon  16 

European rabbit  1 

European brown hare  1 

Red fox  6 

Wild boar  2 

Griffon vulture  1 

  V.A.4 Intoxications by chloralose from 2006 to 2008 

Chloralose intoxication was identified in 15 species in 2006 (Table VII). The intoxication was identified in a single mammal species, the roe deer. In case of unexplained nervous disorders in a roe deer, intoxication by chloralose  is   one of  the diagnostic hypotheses.  To  confirm  this hypothesis,  the  toxicological  analysis  is performed on the rumen contents.   Table VII : Number of individuals per species, intoxicated by chloralose in 2006. 

Comon buzzard  1 

Roe deer  2 

Mallard  23 

Rook  3 

Crow sp.  4 

Mute swan  1 

pheasant sp.  1 

Eurasian eagle‐owl  1 

Grey heron  1 

House sparrow  8 

Black‐headed gull  9 

Grey partridge  1 

Common wood pigeon  1 

pigeon sp.  10 

Collared dove  10 

  

32 

In 2006,  the proportion of chloralose  intoxications  in wild birds appears  to have  increased  in  relation  to  other causes of intoxication (Figure 19).  

0%

20%

40%

60%

80%

100%

autres toxiques

chloralose

  

Figure 19 : Proportion of chloralose intoxications among confirmed intoxication cases in wild birds (from Berny, 2007). 

  The weekly distributions  of  chloralose  intoxication  cases  and  highly  pathogenic  avian  influenza  cases  in Europe follow the same trends. There  is a statistically significant co‐movement18 of the two series, with a time‐lag of two weeks between chloralose cases in France and avian influenza cases in Europe (Figure 20). This  time‐lag may correspond  to  the  time elapsed until  intoxication and discovery of animals  following a malevolent  use   of  chloralose.  This  positive  association  is  probably  the  consequence  of  the  fear generated by  the avian  influenza health crisis,  resulting  in  the poisoning of birds, considered as a health hazard.  

                                                            18 Co‐movement test : test of the synchronous variation between two  variables monitored at the same dates. 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

2006 20052004200320022001 2000 

33 

0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

s45/2005

s46/2005

s47/2005

s48/2005

s49/2005

s50/2005

s51/2005

s52/2005

s01/2006

s02/2006

s03/2006

s04/2006

s05/2006

s06/2006

s07/2006

s08/2006

s09/2006

s10/2006

s11/2006

s12/2006

s13/2006

s14/2006

s15/2006

s16/2006

s17/2006

s18/2006

s19/2006

s20/2006

s21/2006

chloralose

IAHP

 Figure 20 :  Weekly distribution of chloralose intoxication cases in wild birds in  France and  highly pathogenic avian influenza cases in Europe in 2006 (from Berny, 2007).   V.A.5 Intoxications by toxicant associations from 2006 to 2008 

Several toxic compounds have sometimes been identified in the same specimen (Table VIII). The majority of such intoxications are due to malevolent actions but they can also be the result of an agricultural practice.   Table VIII : Toxicant associations and  species concerned. 

Toxicant associations   Species (number of cases) 

chloralose and cholinesterase inhibitor  Turtle dove (1), black‐headed gull (1) , Eurasian eagle‐owl (1), mallard (7), coypu (1), common buzzard (1), pigeon sp. (1), golden eagle (1) 

anticoagulants and cholinesterase inhibitor  Red fox (1), European brown hare (1), roe deer (1), wild boar (1) 

DDD and Lindane  Wild boar (1) 

heptachlor and lindane  Red fox (1), common buzzard (1) 

heptachlor, lindane, PCB and Aldrine  Peregrine falcon (5) 

benfuracarbe and dichlorvos  Wild boar (2) 

methidathion and anticoagulant  European brown hare (1) 

lindane and metaldehyde   Red fox (1) 

chlormephos and chloralose  Common wood pigeon (1) 

heptachlor and chlorase  Grey partridge (1) 

cadmium and lead  Mute swan (1) 

cadmium, copper and lead  Griffon vulture (1), mute swan (1) 

cadmium, copper and lindane  Griffon vulture (1) 

dichlorvos and bromadiolone  Wild boar (1) 

aldrine and chloralose  Red fox (1) 

naphtalene, fluorene and pyrene  Wild boar (1) 

carbofuran and aldicarbe  pigeon sp. (1), beech  marten (1) 

chloralose and difenacoum  Wild boar (1) 

Organochlorine and  cholinesterase inhibitor  Wild boar (1) 

 

Number of cases 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

34 

V.B Distribution per departement of intoxication cases from 2006 to 2008 A very large number of departements have reported intoxication cases during these three years (Figure 21). The Doubs recorded a vast majority of intoxication cases due to the use of anticoagulants in agriculture and their non‐intentional  effects on wild birds and mammals, the Jura and Eure to a lesser extent. In  Pas‐de‐Calais, the majority of intoxications were caused by  chloralose, with an imidaclopride intoxication episode in stock doves in 2007, as well as in grey partridges in the Eure the same year. Chloralose intoxication cases were also very common in the Territoire de Belfort and the Lot. The Sarthe  observed a grouped mortality episode in mallards  due  to metaldehyde  in  2008.  In  the  Gard,  an  unidentified  cholinesterase  inhibitor caused the grouped mortality of red‐legged partridges in 2007. Intentional intoxications targeting the wild boar contributed to the  cases recorded in Haute‐Loire,  Meuse and Savoie.  

 

0

5

10

15

20

25

30

35

40

2008

2007

2006

       

Figure 21 : Number of intoxication cases per departement from 2006 to 2008 identified by SAGIR.   V.C Intentional intoxication  In a number of cases, the case histories19, recorded in the SAGIR form (Appendix 2) and accompanying  the collected specimen, are sufficiently detailed to allow the analysis of intoxication circumstances. Besides the major  interest of case histories for the diagnosis and  identification and for the analysis of substances that are  likely  to  have  been  the  cause  of  death,  they  enable  one  to  discriminate,  in wild  bird  and mammal intoxications, the portion of intentional actions,  of the misuse of commercial preparations, and agricultural practices in accordance with approved use. Between 2006 and 2008, 107 poisoning intentions were recorded, including 53 established intoxications. Intentional intoxication cases concerned 16 species (Table IX). There were as many intoxicated mammals as birds and a third of affected animals were carnivores. The main species affected among the analysed dead 

                                                            19 The case histories refer to all the information collected by the observer and specifying circumstances of the discovery, the animal’s environment, 

the animal, the context of the discovery, … 

Number of cases 

Source : Données SA

GIR. R

éseau

 ONCFS/FNC/FDC 

Loire‐Atlantique

Manche

Tarn

Aveyron

Eure

Gard

Hérault

Isère

Lot

Oise

Sarthe

Savoie

Somme

Yonne

Alpes de Haute‐Provence

Doubs

Haute‐Saône

Jura

Marne

Meu

se

Seine‐Maritim

e

Vienne

Aisne

Alpes‐M

aritim

esArdèche

Aube

Bouches‐du‐Rhône

Calvados

Cantal

Charen

teCôte d’Or

Dordogne

Finistère

Gers

Gironde

Ille‐et‐Vilaine

Indre

Indre‐et‐Loire

Landes

Loire

Haute‐Loire

Lot‐et‐Garonne

Maine‐et‐Loire

Haute‐M

arne

Meu

rthe‐et‐M

oselle

Morbihan

Nord

Orne

Pas‐de‐Calais

Pyrén

ées‐Atlantiques

Pyrén

ées‐Orien

tales

Bas‐Rhin

Haut‐Rhin

Rhône

Saône‐et‐Loire

Haute‐Savoie

Seine‐et‐M

arne

Deu

x‐Sèvres

Vaucluse

Ven

dée

Vosges

Territoire de Belfort

Essonne

35 

bodies were the mallard and the red fox, followed by the common buzzard and the wild boar. For some of them, a bait found in the vicinity accompanied the dead body. Among the collected baits, 39 were targeted at carnivores  (carcasses  stuffed   with  toxic  substances,  croquettes,  eggs,  viscera, meat  filled with  toxic substances),  25    at  granivores  (maize,  wheat,  sunflower  filled  with  toxic  substances),  6  at  herbivores (cabbage,  beetroot,  carrots,  apples  filled  with  toxic  substances)  and  2  at  several  feeding  categories (sardines and maize).   Table IX : Number of individuals per species intoxicated intentionally from 2006 to 2008. 

Common buzzard  8 

Red deer  2 

Mallard  13 

Rook  3 

Starling  2 

Beech martin  3 

Eurasian hedgehog  1 

European rabbit  5 

European brown hare  3 

Red kite  2 

Goose sp.  1 

Chaffinch  3 

Coypu  2 

       Red fox  12 

Wild boar  6 

Turtle dove  2 

  

The  main  toxicants  used  were  cholinesterase  inhibitors,  in  particular  carbofuran,  chloralose  and anticoagulants.  The  low  representation  of  toxicants  such  as  strychnine  and metaldehyde  compared  to actions of the same type concerning domestic  carnivores has been noted (Berny, pers. com.).   

VI EXAMPLES OF COMPLEMENTARY SAGIR EPIDEMIOLOGICAL MONITORING PROGRAMMES  

SAGIR  is a health watch network.  It provides a general surveillance over  the  long  term  since over  fourty years 20.  It  is an effective system  for  the detection of health events. But  it does not have  the capacity  to monitor a disease  in space and  time, given  its protocol. SAGIR  is  thus articulated with other surveillance systems to carry out an effective monitoring. The examples of the monitoring of avian influenza, West‐Nile virus, bovine tuberculosis, classical swine fever of the wild boar  and avian schistosoma are presented here to illustrate this complementarity.   VI.A Monitoring of influenza viruses in the wild avifauna by Jean HARS, ONCFS, department of studies and research 

 Wild  waterfowl (mainly  the  orders  Anseriformes  and  Charadriiformes)  are  considered  as  the  main reservoirs (asymptomatic carriers)  of LP (low pathogenicity) AI (avian influenza) viruses.  Since  2003,  following  the  occurrence  of  two  very  severe  avian  influenza    epizootics  among  poultry  in Europe  (in  Italy and  then  in  the Netherlands), and a growing awareness of  the  risk  that a wild  reservoir could pose for domestic birds, a national programme for the active surveillance of influenza viruses in the wild avifauna  was entrusted to the ONCFS by the Ministry of Agriculture. The latter is conducted every year on  cloacal swabs  from  a  sample  of  1000  to  2000  water  birds  either  captured  or  killed  by  hunters (dabbling ducks, diving ducks, gulls, waders…) on several reference sites (Loire Estuary, Dombes, Camargue, Lake  Der,  shores  of  Nord  Pas  de  Calais….),  as  well  as  from  invasive  species  that  are  subjected  to                                                             20 its name was created by Claude MALLET in 1986 but the health surveillance carried out by hunting federations and the ONCFS exists since 1968 

for the surveillance of the effects of phytopharmaceutical products on the mortality of small game and since   1972 for the survey on small game mortality. 

36 

management plans (African  sacred  ibis  Threskiornis  aethiopicus,  ruddy  duck Oxyura  jamaicensis, Canada goose Branta canadensis). This programme  is under  the scientific responsibility of  the national reference laboratory of ANSES at Ploufragan. The monitoring of  influenza viruses covers all  the subtypes known  to date, although  it  is  targeted  in priority on  the virus subtypes containing hemagglutinin H5 and H7, which are subjected to international regulations owing to their propensity to evolve into highly pathogenic viruses (HP) in poultry, responsible for very severe epizootics such as those mentioned above. Between 2003 and 2008, on 5736 birds that were tested in active surveillance, more than 200  LP viral strains were detected, including 18 H5 strains and 2 H7 strains, mainly on dabbling ducks   (mallard, garganey Anas querquedula, teal Anas crecca, shoveler Anas clypeata). On  the other hand, no highly pathogenic strain has ever been isolated in France on birds that were in apparent good health.  Since September 2005, date at which there began to be fears of an introduction into  Europe of the Asian lineage H5N1 HP virus  (known  to  cause mortalities  in wild birds) by migratory birds,  the monitoring has been strengthened in France with a virus search on dead birds found in the field. This monitoring relied  in rural areas on the SAGIR network. The H5N1HP virus was detected for the first time on 13 February 2006 on 3 dead common pochards collected on a pond of the Dombes (Ain). A single turkey farm in the vicinity was   contaminated a few days  later. In 2006, among 3426 dead birds analysed  in France,  including 734  in the Ain departement, only 65 birds were tested positive (Baroux et al., 2007), including 64 in the Ain. 82 % of  infected birds were mute swans. The epidemiological analysis of  this epizootic suggests  that  the virus was  introduced  into the Dombes by common pochards or other migratory ducks  following a cold spell  in Eastern Europe, and that the swan subsequently served as an excellent sentinel species for (signaling?) the infection,  since  it  is  very  sensitive  to  the  infection  and  very  visible  on  the  ponds. Wild  bird mortalities  remained in the end very moderate and the epizootics was on the whole restricted to the Dombes (Hars et al., 2007a ; Hars et al., 2008a). A very similar scenario was observed during the summer 2007 when seven cases of H5N1HP virus  infections  (5 mute swans and 2 mallards) were detected on the ponds of Moselle (Lindre  Estate),  some  time  after  common  pochards  had  assembled  there  for moulting. Mortality  thus remained  very  low  and  this  outbreak  did  not  spread  outside  of  the  primary  infection  zone.  These observations suggest that  the Asian lineage  H5N1HP virus is not very lethal and/or not very contagious in wild birds and that prevention and  control measures implemented in poultry farms have been effective. Since August 2007, no highly pathogenic virus has been isolated in wild birds in France.   VI.B Monitoring of the West‐Nile virus in the wild avifauna by Jean HARS, ONCFS, department of studies and research  In relation with the 76 equine cases observed in 2000, the ONCFS has conducted an epidemiological survey which enabled the assessment of the West‐Nile (WN) virus circulation intensity among wild birds. The aim of  this surveillance  in  the avifauna was  to allow  the early detection of  the   presence of  the WN virus  to enable the implementation of risk control measures for horses and humans. This surveillance was based on two operations : 

- the detection, by the SAGIR network, of wild bird mortality ; 

- the monthly serological monitoring, during the summer, of sentinel birds distributed in about thirty sites along the Mediterranean coast.  

Between 2000 and 2007, no abnormal mortality due to  the WN virus has ever been observed in the French avifauna by the SAGIR network. The virus was isolated only twice in 2004 in Camargue, on a house sparrow and a magpie.  As regards the  serological monitoring results, between 2000 and 2007, except for rare cases of serological conversion  observed  in  2001  and  2002  in  sentinel  birds,  showing  a  low‐level  viral  circulation,  several serological conversions were observed  in Camargue  in 2004 shortly before the occurrence of about thirty equine cases. This showed the interest of using sentinel birds as an early warning  system.  Since 2008, the WN virus surveillance in wild birds is based on the surveillance of mortality and the search for the virus on dead birds in Mediterranean departements.  

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 VI.C SAGIR, an essential link for the monitoring of classical swine fever by Sophie Rossi, ONCFS, department of studies and research 

 When  the  classical  swine  fever  (CSF)  virus  emerges  in  a  naïve  wild  boar  population,  it  causes  a  high mortality,  predominantly  among  young  animals,  and  this  infection  can  be  detected  in  the  field  by  the discovery of dead bodies. This was notably the case in  France in January 1992 (former outbeak of Vosges du  Nord),  in  April  2002  (Eifel‐Luxembourg‐Thionville  outbreak)  and  April  2003  (new  epizootic wave  in Vosges du Nord). Still more recently, in the beginning of 2009, the discovery of  dead wild boars that were infected  by  CSF  has  revealed  the  re‐emergence  of  the  infection  in  Palatinate  (Rhineland‐Palatinate, Germany) and  the  spread of  the Eifel outbreak  to  the  right bank of  the Rhine  (North Rhine‐Westphalia, Germany).  More  generally,    the  recent  report  by  the  EFSA  (2008)  shows  the  interest  of  mortality surveillance, such as that conducted by SAGIR, with respect to the detection of CSF in the wild boar in most of  the wild outbreaks  recorded  in Europe.    It  is particularly  interesting  to note  that, during  the epizootic  phase,  the discovery of  infected dead  bodies  is  almost  concomitant with  the discovery of CSF  cases by active surveillance, although the latter uses a hunting sample which is much larger than the sample of dead animals. The monitoring carried out in 2005 in the infected zone of Vosges du Nord thus used a sample of 7 256 wild boars shot by hunters, of which 23 were virology positive, and 63 wild boars found dead or shot sick, among which 5 were CSF positive. In other words, the mortality surveillance can be considered as an excellent  mode of detection of CSF in the epizootic phase, both technically and economically speaking.   Whereas  the  relevance  of mortality  surveillance  is  crucial    in  the  first  stages  of  a wild  CSF  outbreak,  it becomes  less  obvious  after  the  peak  of  infection.  The  experience  gained  in  France  is  interesting  to  illustrate this established fact since the CSF diagnosis on dead bodies has been systematized since 2002 in infected zones and  those under surveillance, at  the  joint  instigation of  the ONCFS department of studies and research, the veterinary services and the Ministry of Agriculture, local and national actors of the SAGIR network and the national reference laboratory of ANSES for CSF (Chenoufi et al., 2006).  This systematized monitoring has shown that whereas CSF cases are detected during the epizootic phase, no CSF  infected dead body  is on  the other hand detected one year after  the emergence of  the outbreak (Hars  et  al.,  2007).  This  result  is  explained  by  the  fact  that  the  CSF  virus  is  able  to  persist  at  very  low incidence levels. The lower number of deaths caused by CSF during these so‐called enzootic phases makes the detection of the  infection by mortality surveillance unlikely, at  least until a potential re‐emergence of the oubreak in a more visible form (new epizootic peak and hence peak in amount of dead bodies). For this reason, the CSF surveillance in infected zones uses essentially an active disease surveillance  carried out on hunter‐killed animals. As an example, the monitoring conducted in the infected zone of Vosges du nord in 2007 used a sample of 9 910 hunter‐killed wild boars, a single one of which was  virology positive, and 91 wild boars found dead or shot sick, all CSF negative. It can be noted that, contrary to what was supposed in the 1990s (Crucières et al., 1998), the non‐detection of dead bodies  is not related to a reduced virulence of the virus. The studies conducted by the ONCFS on wild  boars monitored  using  capture‐mark‐recapture  (2005‐2007)  have  shown  that  CSF  results  in  a  high mortality among  infected  individuals aged  less than 6 months,    including after the  infection peak (Hars et al., 2007b ; Rossi et al.,  in prep.). But  this mortality  is hard  to detect  in  the  field, probably owing  to  the difficulty of detecting  small  sized  carcasses  concealed by  the vegetation  cover and quickly  consumed by scavengers in the summer.  By way of example, the dead body detection probability was estimated at less than  2 %  in  the  Petite  Pierre national hunting  and wildlife  reserve, despite  the  continuous   monitoring carried out by agents of the ONCFS and the National Forest Agency (Rossi et al., in prep.). This undetected mortality is often translated into a decrease in the hunting bag, particularly for the young wild boars, in the autumn (Rossi et al., 2005), often mistakenly  interpreted as a reproduction problem by hunting managers (Rossi et al., in prep.).     

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VI.D Monitoring of tuberculosis in wild animals in France by Jean HARS, ONCFS, department of studies and research 

 Bovine  tuberculosis  is  an  infectious  and  contagious  disease, widespread  in  the  animal  kingdom,  due  to Mycobacterium bovis. Owing to the damage  that it caused in  livestock farms and its zoonotic properties, an eradication programme for this disease, which is listed as a regulated  disease under the rural code, has been successfully implemented in French cattle stocks since 1965. In 2000, France was officially recognized as being  free  from bovine  tuberculosis and, until  this   date, M. bovis had never been  isolated  in a  free‐ranging wild  animal.  In  2001,  the disease was discovered  for  the  first  time  in  France, within  the  SAGIR framework,  on  red  deer  killed  by  hunters  in  the  Brotonne  forest  in  Seine‐Maritime.  M.  bovis  was subsequently  isolated  on wild  ungulates  in  Côte  d’Or  and Haute‐Corse  as  from  2003,  and  in  Pyrénées‐Atlantiques  in 2005 and 2006. The evolution of  the  situation  in  these various departements  is described below. 

In the  Brotonne forest (Seine‐Maritime and Eure)  During  the  2001‐2002  hunting  season,  the  epidemiological  survey  conducted  in  the    Brotonne  forest revealed  very high apparent infection prevalences, 14 % in the red deer and 28 % in the wild boar (Hars et al., 2004). Despite the implementation by veterinary services of a control plan (reduction of wild ungulate densities, destruction of the viscera of  hunter‐killed animals, ban on supplemental feeding at fixed points, …),  the phenomenon worsened.  Indeed,  in 2005‐2006,  the apparent prevalence  reached 24 %  in  the  red deer and over 30 % in the wild boar (Zanella et al., 2008), with an aggravation of the macroscopic fundings. The  same bacterial  strain, SB 0134, was  isolated  in wild ungulates and  in  the  ten  infected  cattle   herds  observed  in  the  vicinity  of  this  forest  since  1986,  suggesting  that  there  is  a  real    epidemiological  link between wild and domestic animals. Faced with this situation and taking  into account the very particular environmental context, the decision was taken in 2006 to remove totally the red deer population from the Brotonne forest, counting on this species being  the reservoir or maintenance host of the disease, and to drastically  reduce  the wild boar population, hoping  that  it  is only a  spill‐over host  (hypotheses  retained, based  on  the  difference  in  the macroscopic  fundings  observed  in  red  deer  and wild  boar,  the    foreign bibliography and the modelling works   of the ANSES (Zanella et al., 2008)). During the 2007‐2008 hunting season, among  the 65 culled  red deer, 22 % were  still  tuberculous, while  in  the wild boar,  the apparent infection prevalence had decreased to 19 % (n= 382). At the end of 2008, it was considered that less than 50 red deer remained  in the forest, some of which could still be tuberculous, and that wild boar numbers had significantly decreased. During the 2008‐2009 hunting season, among 19 red deer that were shot and examined, a single animal was  tuberculous, while  the  infection prevalence had decreased  to 11 %  in  the wild boar (Hars et al., 2008b ; Hars et al., 2009). Although it is too soon for us to draw conclusions, we hope that these encouraging  results reveal the effectiveness of the control plan.  It should be noted that since 2001, among several dozens of  tested animals  for each species, a single badger, a single  roe deer and a single fox were found to be infected by M. bovis in the Brotonne forest. 

In Cote d’Or Following several bovine tuberculosis oubreaks in the Pouilly en Auxois canton in 2002, an epidemiological survey of wildlife  in  the « infected  zone»  (massif and valley of Ouche)  revealed  the   presence of a hind suffering from a generalized tuberculosis, involving the same bacillus (SB0134) as that isolated in cattle. The surveys conducted between the 2003‐2004 and 2006‐2007 hunting seasons did not reveal the presence of any  other  tuberculous  red  deer  (n = 284)  or  badger  (n =  63),  and  only  two  wild  boars  with  stabilised ganglionic  cephalic  lesions  (n =  160).  This  apparently  favourable  situation  showed  that  wildlife  was obviously  not  at  the  origin  of  the  bovine  epizootic.  However,  on  account  of  the  fact  that  the  bovine infection, far from dying out, was also revealed  in a second zone (Vénarey‐Vitteaux region), with another M.  bovis  strain  involved  (spoligotype  SB0120),  the wildlife  surveillance was maintained, wisely,  since  it enabled the discovery of 7  infected wild boars  (n = 99)  in 2007‐2008,  including a young   animal suffering from  an evolutive  tuberculosis,  and  23  infected wild  boars  (n =  150),  including  six  young  animals with evolutive lesions in 2008‐2009. The apparent infection prevalence seemed  to be much higher in the Ouche zone (16,5 %), where the wild boar density was much higher than  in the Vénarey‐Vitteaux zone (Hars and Rossi, 2009). While more  than 60 cattle herds  have been   slaughtered on account of    tuberculosis since 

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2002, there has been an emergence of tuberculosis oubreaks  among wild boars in the infected  zones since 2007, and reinfection risks for cattle are not well under control.  Elsewhere  in France,  tuberculosis cases have been discovered  in wild boars  in Corsica  (Richomme et al., under press) since 2003  (nine cases  including  four  in 2007) and  in Pyrénées‐Atlantiques since 2005  (four cases,  n =  227,  including  3  in  2006‐2007),  some  of  which  exhibited  evolutive  pulmonary  lesions.  The bacterial strains affecting wild boar, to date, have always been  identical to those  isolated  in cattle  in  the considered region. These cases, more sporadic than  in the Brotonne forest and  in Côte d’Or, enable us to say that the wild boar  is a good epidemiological sentinel for bovine  infections, but  it  is unclear whether  it poses a real risk of re‐contamination of cattle herds that have meanwhile been rendered free from disease. It should be noted that in Dordogne, where, as in Côte d’Or, a spectacular upsurge of tuberculosis occurred in cattle herds  since 2004, M. bovis has never been  isolated on   almost 500 red deer, roe deer and wild boars that were analysed in areas « at risk ».  The discovery of a wild reservoir of bovine tuberculosis is the example of an emerging problem, or pseudo‐emerging problem  (since ancient but recently revealed)  in wildlife, concerning a disease that  is regulated under the rural code, undergoing eradication  in the French cattle population and resulting  in a  long term risk of re‐contamination of domestic animals and/or of transmission to humans.    VI.E Avian schistosoma : biodiversity,  host – parasite relationships, implications  in cercarial dermatitis by Damien Jouet and Hubert Ferté, JE2533 ‐ USC Vecpar Afssa – UFR of Pharmacy, Reims 

 The  increase  in aquatic bird populations  (migratory and  sedentary) on various  lakes and  the  increase  in human activities, in particular touristic, on the same sites have favoured the emergence or re‐mergence in France  of  a  parasitosis  caused  by  avian  schistosoma :  cercarial  dermatitis.  At  the  adult  stage,  these trematodes  parasitize  aquatic  birds.  The  cycle  involves  freshwater  molluscs  which  release cercariae belonging to the furcocercariae group, which  is the  infective stage for   the final host. These cercariae can accidentally enter  in humans, with ensuing more or  less  important  cutaneous  signs.  In partnership with managers  of  lakes  with  a  recreational  calling  (Der‐Chantecoq  lake, Annecy  lake),  epidemiosurveillance missions have been set up to isolate and identify the various causative agents  among the different species involved in the cycle (aquatic birds and molluscs).  We were  thus able  to establish  the presence of  the  various  types of  carcariae  shed by molluscs and  to specify  the  prevalence  of  those  of  avian  schistosoma,  causing  cercarial  dermatitis.  We  identified Trichobilharzia szidati, T. franki and T. regenti, for which the complete parasitic cycle is achieved in France.  Thanks to the help of the technicians of the ONCFS station on Der‐Chantecoq lake and of the LDAV of Aube and Haute‐Savoie, we could instigate a fauna inventory on several aquatic birds (26 studied species), which enabled us to characterize from a morphological and /or molecular point of view the avian schistosoma in the Bilharziella, Dendrithobilharzia or Trichobilharzia genuses, the latter including the major known species acknowledged  as potential  causative  agents of  cercarial dermatitis  in  Europe. According  to  the nasal or visceral localization of these parasites, the observed prevalences  among aquatic birds are detailed in Table X.   

Table IX : Observed prevalences of avian schistosoma in 16 bird species according to the visceral or nasal localization of parasites 

Visceral species  Nasal species Host species 

Examined Infested  Examined Infested 

Anas platyrhynchos  32  27  196  108 

Anas clypeata  5  2  5  2 

Anas crecca  15  9  22  0 

Anas acuta  2  1  3  0 

Anas strepera  2  0  3  0 

Aythya fuligula  1  1  6  3 

Aythya ferina  2  0  11  1 

Cygnus olor  13  6  59  17 

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Anser anser  10  6  9  0 

Mergus merganser  0  0  1  1 

Grus grus  5  1  3  0 

Fulica atra  1  0  3  0 

Gallinula chloropus  3  1  3  0 

Phalacrocorax carbo  3  0  9  0 

Podiceps cristatus  1  0  2  0 

Ardea cinerea  2  1  2  0 

Total  97  55  337  132 

 In  addition  to  the  standard morphological  study  of  adult worms,  a molecular  approach was  applied  on several  domains of the ribosomial (D2, ITS) and mitochondrial (COX1) DNA (markers considered as species‐ or population‐ specific, commonly used in Trematodes and Nematodes). This molecular approach enabled us  to  establish  the  existence of  several haplotypes  corresponding  to  the  T.  franki,  T.  regenti,  T.  szidati, Bilharziella  polonica  and  Dendritobilharzia  pulverulenta  species,  but  also  several  new  haplotypes  non‐attributable to a given species. The continuation of our works should allow us to confirm or not their status of new species or species formerly characterized on other continents (Africa, North America).  

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CONCLUSIONS  

The  SAGIR network has  recorded  11  634  cases  from  1rst  Janurary  2006  to 31 December  2008  inclusive. These cases concerned 175 species of wild birds and mammals, either found dead or captured sick  in the field. The species whose hunting  is authorized  in France were predominant  in  the sample of  these  three years. The seven most represented species are, in decreasing order of the number of cases, the European brown hare, the roe deer, the mallard,  pigeon sp., the wild boar, the European rabbit and the red fox. The sample also  includes a significant portion of specimens belonging to species that are protected  in France, with 3 % of  raptors and 2 % of  larid species. The common buzzard  for example  ranks  in  the 9th position among the most analysed species. 

The  SAGIR network  surveillance  is  conducted  throughout  the  year. Cases have been  recorded  in  all  the months of each year, with monthly variations related to health events and to the presence  in the field of the network’s observers, hunters, naturalists,  technicians of  the Departemental hunting  federations and agents of  the National hunting and wildlife agency  (ONCFS). The surveillance has a nationwide coverage. Cases  have  been  recorded  in  almost  all  departements, with,  since  2007,  cases  in Martinique,  the  first overseas departement to have joined the network. 

Aetiological diagnoses, when they could be set by veterinary analyses, ranged from infectious and parasitic diseases to intoxications by chemical substances. The dominant pathological features  of the main flagship species of  the  SAGIR network  identified during  these  three  years were  the  same  as  in   previous  years, except  for slight differences. New health events have extended  the range of pathogens  identified  in wild animals since the network’s  creation. Either the pathogen was determining in the observed mortality, this is  the  case  of  type  D  botulism  identified  in  the  yellow‐legged  gull,  or  of  the  highly  pathogenic  avian influenza virus H5N1  in various anatid species. Or the pathogen was simply  isolated thanks to the various analyses, without there being an apparent relation of cause and effect with the animal’s death, this  is the case  of  the  bluetongue  virus  identified  in  red  deer.  Or  the  pathogen was  isolated  and  its  role  in  the pathology  is  unknown,  a  relationship  is  possible  between  its  presence  and  the  death  or  disease  of individuals, this is the case of Mycoplasma agalactiae isolated in the lungs of Alpine ibex, or parasites in the Protostrongylus genus identified in the lungs of European brown hares. 

In 2006, as in 2007 and 2008, the SAGIR network has once more demonstrated its capacity to detect, report observed events and, according to the pathogens  involved,   strengthen the surveillance and participate  in health crisis management. The purpose of SAGIR is to carry out surveillance in order to act  (surveiller pour agir). This motto makes sense when SAGIR, aware of the limits of its methodological scope, hands the work over  to other  surveillance  systems or other  research  teams, or works  jointly with  them,  to enhance  the understanding of a pathological phenomenon.  Indeed, the network’s useful results have also shown their limitations  for  the  characterization of a disease  in  space and  time,  in particular  regarding  the dominant pathological features regularly monitored by the network since its creation. The case of tularemia raises the question of  the perceived but not quantified progression of  the disease, while  the case of  the European brown hare syndrom  raises questions on  the mechanisms underlying   epizootics periodically observed  in populations.  In both cases, the SAGIR network contributes to  inform research teams  in epidemiology and population dynamics,  to  improve knowledge and,  in  the  long  run, often after  several years of works,  to determine risk management measures.  

Although the SAGIR network is effective for the epidemiovigilance of some wild bird and mammal diseases, it can still aim to progress, following its long history and its commitments to its objectives. In this field, the results  of  these  three  years  have  emphasized  once  more  the  essential  importance  of  case  histories collected by  the observer at the time of the discovery.   This  information  is helpful  for the diagnosis – no good  diagnosis  without  a  case  history !  –  and  can  be  used  in  epidemiological  analyses.  Pulmonary  strongylosis of the European brown hare is a perfect illustration since case histories have been determining to put forward hypotheses on the disease epidemiology  and to set up the research protocol. In the field of the surveillance of non intentional effects of the use of phytopharmaceutical products in agriculture, these case  histories  have  a  major  importance  for  distinguishing  the  effects  due  to  the  use  of  products  in accordance with  the conditions of their authorized marketing, from the other effects, due to their misuse  (failure  to  respect  authorization  regulations  or  approved  agricultural  practices),  and  those  due  to  an 

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intentional action aiming at destroying wild birds and mammals.  In the first case, surveillance  in the field provides knowledge that allows a better correspondance  between the a priori risk assessment, which has methodological limitations, and the real risks in the field. In this regard, SAGIR, in addition to the regulatory assessment  of  risks,  can  serve  as  a  decision  support  tool  for  risk managers.  In  this way,  the  study  of intoxications by rodenticide anticoagulants among wild birds and mammals has enabled the  identification of  two  risk  situations  and  the  characterization  of  overall management  solutions  for  reducing  the  risk (Lasseur et al., under press). One can thus hope that the still very high number of intoxication cases due to these  molecules  recorded  from  2006  to  2008  will  decrease  thanks  to  the  implementation  of  these management measures by farmers, under the instigation of manufacturers and the authorities. 

Still  in  the  field  of  phytopharmaceutical  products,  a  very  high  number  of  intoxication  cases  due  to molecules  inhibiting  cholinesterase  –  in  practice,  most  insecticides  –  confirm  the  impact  of  these substances on exposed wild birds and mammals. Thanks to the case histories, a portion of cases have been detected on animals  that were captured  in  the  field, exhibiting a particular behaviour, or on animals  for which the aetiology of death was attributed to predation or to a shock, but found to be contaminated by these  substances.  These  data,  already  extensive,  are worth  consolidating  since  they  contribute  to  the knowlege  of  sublethal  effects  of  chemical  substances  on  the  environment,  a  wide  area  still  largely undocumented. 

SAGIR is thus obviously a reference network for the biological surveillance of the territory. Its effectiveness for wildlife  health monitoring  and  for  the  surveillance  of  some  diseases  and  some  effects  of  anthropic activities relies on  a collaboration system at the center of  which hunters, staff of the Hunting federations, agents of  the National hunting  and wildlife  agency  (ONCFS),  specialists of  the departemental  veterinary laboratories, play essential roles. Always on the move –   this has been SAGIR’s  line of conduct since over forty years – directions for  improvement  to strengthen   epidemiovigilance results have bee  identified, as well  as  for  the  epidemiosurveillance  of  some  diseases  of  relevance  for  the  network.  SAGIR  relentlessly carries on  the monitoring by always endeavouring  to strengthen  its capacities  to  further  the objective of excellence, while not exceeding its scope of intervention.  

43 

VII REFERENCES  

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Programme de surveillance de la tuberculose des animaux sauvages de la forêt de Brotonne, Rapport final de l’enquête 2007‐2008, Office national de la chasse et de la faune sauvage (ed), Paris, 33 p. 

Hars J., Petitpas F., Payne A., Tosi J.C., Rolland B., Rambaud T., Game Y., Ferme M., Garin‐Bastuji B., Hénault S., Boschiroli M.L., 2009, Programme de surveillance de la tuberculose des animaux sauvages de la forêt de Brotonne, Rapport final de l’enquête 2008‐2009, Office national de la chasse et de la faune sauvage (ed), Paris, 30 p.  

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Appendix 1  

LIST OF BIRD AND MAMMAL SPECIES REPRESENTED IN THE SAGIR DATABASE (by alphabetical order of the vernacular name) 

Threskiornis aethiopicus  African sacred ibis  Falco subbuteo  Hobby 

Capra ibex  Alpine ibex  Delichon urbicum  House martin 

Marmota marmota  Alpine marmot  Mus musculus  House mouse 

Recurvirostra avosetta  Avocet  Rattus rattus  House rat 

Anser indicus  Bar‐headed goose  Passer domesticus  House sparrow 

Tyto alba  Barn owl  Lymnocryptes minimus  Jack snipe 

Branta leucopsis  Barnacle goose  Coloeus monedula  Jackdaw 

Anser fabalis  Bean goose  Garrulus glandarius  Jay 

Gypaetus barbatus  Bearded vulture  Alcedo atthis  Kingfisher 

Martes foina  Beech marten  Regulus sp.  Kinglet sp.  

Botaurus stellaris  Bittern  Rissa tridactyla  Kittiwake 

Lyrurus tetrix  Black grouse  Vanellus vanellus  Lapwing 

Milvus migrans  Black kite  Vanellus sp.  Lapwing sp. 

Phoenicurus ochruros  Black redstrart  Mustela nivalis  Least weasel 

Ciconia nigra  Black storck  Larus fuscus  Lesser black‐backed gull 

Cygnus atratus  Black swan  Carduelis cannabina  Linnet 

Turdus merula  Blackbird  Ixobrychus minutus  Little bittern 

Sylvia atricapilla  Blackcap  Egretta garzetta  Little egret 

Chroicocephalus ridibundus  Black‐headed gull  Tachybaptus ruficollis  Little grebe 

Himantopus himantopus  Black‐winged stilt  Charadrius dubius  Little ringed plover 

Cyanistes caeruleus  Blue tit  Sternula albifrons  Little tern 

Aquila fasciata  Bonelli’s eagle  Asio otus  Long‐eared owl 

Fringilla montifringilla  Brambling  Pica pica  Magpie 

Branta bernicla  Brent goose  Anas platyrhynchos  Mallard 

Ursus arctos  Brown bear  Aix galericulata  Mandarin 

Anous stolidus  Brown noddy  Circus aeruginosus  Marsh harrier 

Rattus norvegicus  Brown rat    Meadow vole sp. 

  Budgerigar sp.  Ichthyaetus melanocephalus  Mediterranean gull 

Branta canadensis  Canada goose  Falco columbarius  Merlin 

 Tetrao urogallus  Capercaillie  Turdus viscivorus  Mistle thrush 

Corvus corone  Carrion crow  Circus pygargus  Montagu’s harrier 

Bubulcus ibis  Cattle egret  Gallinula chloropus  Moorhen 

Fringilla coelebs  Chaffinch  Ovis gmelini musimon  Mouflon 

Rupicapra rupicapra  Chamois  Lepus timidus  Mountain hare 

Emberiza cirlus  Cirl bunting  Ondatra zibethicus  Muskrat 

Serinus serinus  Citril finch  Cygnus olor  Mute swan 

Periparus ater  Coal tit  Procyon lotor  Northern raccoon 

  colibri sp.  Nucifraga caryocatactes  Nutcracker 

Streptopelia decaocto  Collared dove  Sitta europaea  Nuthatch 

Buteo buteo  Common buzzard  Pandion haliaetus  Osprey 

Genetta genetta  Common genet  Haematopus ostralegus  Oystercatcher 

Larus canus  Common gull  Falco peregrinus  Peregrine 

Cricetus cricetus  Common hamster   Phasianus colchicus  Pheasant 

Falco tinnunculus  Common kestrel  Anas acuta  Pintail 

Aythya ferina  Common pochard  Pipistrellus sp.  Pipistrelle sp.  

Actitis hypoleucos  Common sandpiper  Lagopus muta  Ptarmigan 

Melanitta nigra  Common scoter  Rupicapra pyrenaica  Pyrenean chamois 

Trachemys scripta  Common slider  Coturnix coturnix  Quail 

Fulica atra  Coot  Nyctereutes procyonoides  Raccoon‐dog 

Phalacrocorax carbo  Cormorant  Corvus corax  Raven 

Myocastor coypus  Coypu  Alca torda  Razorbill 

Grus grus  Crane  Amandava amandava  Red adavat 

 

Numenius sp.  Curlew sp.  Cervus elaphus  Red deer 

Prunella modularis  Dunnock  Vulpes vulpes  Red fox 

Neophron percnopterus  Egyptian vulture  Milvus milvus  Red kite 

Somateria mollissima  Eider  Sciurus vulgaris  Red squirrel 

Mustela erminea  Ermine  Netta rufina  Red‐crested pochard 

Meles meles  Eurasian badger  Alectoris rufa  Red‐legged partridge 

Castor fiber  Eurasian beaver  Podiceps grisegena  Red‐necked grebe 

Bubo bubo  Eurasian eagle‐owl  Tringa totanus  Redshank 

Erinaceus europaeus  Eurasian hedgehog  Turdus iliacus  Redwing 

Felis lynx  Eurasian lynx  Syrmaticus reevesii  Reeve’s pheasant 

Lepus europaeus  European brown hare  Erithacus rubecula  Robin 

Lutra lutra  European otter  Columba livia  Rock pigeon 

Martes martes  European pine marten  Capreolus capreolus  Roe deer 

Mustela putorius  European polecat  Corvus frugilegus  Rook 

Oryctolagus cuniculus  European rabbit  Philomachus pugnax  Ruff 

Dama dama  Fallow deer    Sandpiper sp. 

Mustela furo  Ferret  Tadorna tadorna  Shelduck 

Turdus pilaris  Fieldfare   Circaetus gallicus  Short‐toed eagle 

Phoenicopterus roseus  Flamingo  Certhia brachydactyla  Short‐toed tree creeper 

  Flycatcher sp.  Anas clypeata  Shoveler 

Fulmarus glacialis  Fulmar  Cervus nippon  Sika deer 

Anas strepera  Gadwall  Carduelis spinus  Siskin 

Morus bassanus  Gannet  Alauda arvensis  Skylark 

Eliomys quercinus  Garden dormouse  Gallinago gallinago  Snipe 

Anas querquedula  Garganey  Turdus philomelos  Song thrush 

Aquila chrysaetos  Golden eagle  Accipiter nisus  Sparrow hawk 

Bucephala clangula  Goldeneye  Platalea leucorodia  Spoonbill 

Carduelis carduelis  Goldfinch  Porzana porzana  Spotted crake 

Mergus merganser  Goosander  Aquila clanga  Spotted eagle 

Accipiter gentilis  Goshawk  Sturnus vulgaris  Starling 

Podiceps cristatus  Great crested grebe  Columba oenas  Stock dove 

Dendrocopos major  Great spotted woodpecker  Ciconia sp.  Storck sp. 

Parus major  Great tit    Striped skunks sp. 

Ardea alba  Great white egret  Hirundo rustica  Swallow 

Rhinolophus ferrumequinum  Greater horseshoe bat  Cygnus sp.  Swan sp. 

Myotis myotis  Greater mouse‐eared bat  Strix aluco  Tawny owl 

Tringa ochropus  Green sandpiper  Anas crecca  Teal 

Picus viridis  Green woodpecker  Aythya fuligula  Tufted duck 

Carduelis chloris  Greenfinch  Streptopelia turtur  Turtle dove 

Tringa nebularia  Greenshank  Rallus aquaticus  Water rail 

Ardea cinerea  Grey heron  Motacilla alba  White wagtail 

Perdix perdix  Grey partridge  Anser albifrons  White‐fronted goose 

Anser anser  Grey‐lag goose  Anas penelope  Wigeon 

Gyps fulvus  Griffon vulture  Sus scrofa  Wild boar 

Uria aalge  Guillemot   Felis silvestris  Wild cat 

Gelochelidon nilotica  Gull‐billed tern  Canis lupus  Wolf 

Phoca vitulina  Harbour seal  Aix sponsa  Wood duck 

Lepus sp.  Hare sp.  Columba palumbus  Wood pigeon 

Coccothraustes coccothraustes  Hawfinch  Scolopax rusticola  Woodcock 

Tetrastes bonasia  Hazel grouse  Troglodytes troglodytes  Wren 

Circus cyaneus  Hen harrier  Emberiza citrinella  Yellowhammer 

Larus argentatus  Herring gull  Larus michahellis  Yellow‐legged gull 

 

3 - MORTALITÉ GROUPÉE Oui NonEspèce(s) et nombre observé : .........................................

Nombre collecté : .........................................................Date(s) de découverte : ..................................................N° de fiche SAGIR des animaux portés au laboratoire : ............................................................................................

SURVEILLANCE SANITAIRE NATIONALE DE LA FAUNE SAUVAGE

SAGIRNom du laboratoire : ...............................Numéro du laboratoire : ...........................Date de dépôt : .....................................Prélèvement(s) à conserver Photo(s)

DÉCOUVREURNom et prénom .............................................................

Organisme ...................................................................

Téléphone

Email .........................................................................

OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL

COMMENTAIRES :

Cause de la mort suspectée :............................................ à cause des symptômes ou parce que la maladie circule dans la région

COLLECTEURNom et prénom ..............................................................

Organisme ....................................................................

Téléphone

Email .........................................................................

1 - DÉCOUVERTEPrécisez à quelle date : ....................................................

Commune : ..................................................................

Lieu-dit : .....................................................................

Coordonnées GPS (X et Y) : ...............................................

Système de projection : ...................................................

Précisez si lieu remarquable ( ) : .................................

La facture est à adresser à : FDC ONCFS

Autre (précisez) ..........................

Il s’agit d’une opération spéciale : oui non

Précisez : ........................................................

Feuillet n° 1 : à conserver par le Laboratoire départemental

2 - DESCRIPTION DU PRÉLÈVEMENTEspèce (nom complet, ex : Pigeon ramier) : .........................................

Animal trouvé vivant, si achevé, précisez comment :

................................................................................

Animal trouvé mort, vous avez collecté : Le cadavre entier Des organes (précisez lesquels) : ................................... Autres (précisez) : ..................................................

Comment avez-vous conservé le cadavre ?

A température ambiante Au réfrigérateur ou avec des pains de glace A quelle date l’avez-vous réfrigéré : ............................... Au congélateur A quelle date l’avez-vous congelé : ................................

Quel est l’état physiologique de l’animal ? Bon Mauvais Indéterminé

Quel est le sexe de l’animal ? Mâle Femelle Indéterminé

L’âge de l’animal est déterminé à partir Des cornes Des dents Des plumes Des os / cartilage (précisez) : .............................................

Quel est l’âge de l’animal ? Nouveau-né Immature Adulte Indéterminé

4 - COMMÉMORATIFSA - ENVIRONNEMENT DU CADAVREY-a-t-il des infrastructures à moins de 150 m ? Ligne électrique, câble (précisez) : ...................................... Route, chemin (précisez, ex. RN10, ...) : ...................................... Autres (précisez, ex. barbelés, éoliennes, ...) : .....................................Quelles sont les cultures et leurs stades végétatifs dans un rayon de 500 m : ............................................................................................................................................Y-a-t-il eu des traitements pesticides récemment ? Ne sais pas Non Oui, il y a combien de temps ? ...............................Avez-vous remarqué des tas ou des semences non enfouies ? Non Oui

B - EXAMEN EXTERNE DU CADAVREAvez-vous remarqué une position particulière de l’animal ? RAS Particulière (précisez) : ...........................................La rigidité cadavérique s’est-elle installée ? Oui Non IndéterminéAvez-vous remarqué la présence d’indices biologiques ? Non Oui, précisez : Du sang (précisez la localisation) : ............................................ De l’urine, (précisez la couleur) : ............................................ Des écoulements, (précisez la nature et la localisation) : .................... De la diarrhée Autres (précisez) : ..........................................................Y-a-t-il des traces de morsures ? Non Par les chiens à la découverte Avant la découverteY-a-t-il des traces de désordre autour de l’animal indiquant Qu’il y a eu lutte Qu’il y a eu pédalageAvez-vous trouvé des insectes morts autour du cadavre ? Oui

C - SYMPTÔMES SI L’ANIMAL EST TROUVÉ VIVANTTroubles Boiterielocomoteurs Autre (précisez) : ....................................Troubles visuels Aveugle Autre (précisez) : ....................Troubles digestifs Salivation Autre (précisez) : ...................Troubles pulmonaires Toux Écoulementnasal Essoufflement Autre (précisez) : .......................................... .................Troubles nerveux L’animal a conservé sa vigilance Oui Non L’animal tourne sur lui-même L’animal se démange furieusement L’animal ne s’enfuit pas L’animal est paralysé Autres :....................................................................

grotte, cours d’eau, sommet, ...

N° de fiche SAGIR

3 - MORTALITÉ GROUPÉE Oui NonEspèce(s) et nombre observé : .........................................

Nombre collecté : .........................................................Date(s) de découverte : ..................................................N° de fiche SAGIR des animaux portés au laboratoire : ............................................................................................

SURVEILLANCE SANITAIRE NATIONALE DE LA FAUNE SAUVAGE

SAGIRNom du laboratoire : ...............................Numéro du laboratoire : ...........................Date de dépôt : .....................................Prélèvement(s) à conserver Photo(s)

DÉCOUVREURNom et prénom .............................................................

Organisme ...................................................................

Téléphone

Email .........................................................................

OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL DE LA CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE OFFICE NATIONAL

COMMENTAIRES :

Cause de la mort suspectée :............................................ à cause des symptômes ou parce que la maladie circule dans la région

COLLECTEURNom et prénom ..............................................................

Organisme ....................................................................

Téléphone

Email .........................................................................

1 - DÉCOUVERTEPrécisez à quelle date : ....................................................

Commune : ..................................................................

Lieu-dit : .....................................................................

Coordonnées GPS (X et Y) : ...............................................

Système de projection : ...................................................

Précisez si lieu remarquable ( ) : .................................

La facture est à adresser à : FDC ONCFS

Autre (précisez) ..........................

Il s’agit d’une opération spéciale : oui non

Précisez : ........................................................

Feuillet n° 1 : à conserver par le Laboratoire départemental

2 - DESCRIPTION DU PRÉLÈVEMENTEspèce (nom complet, ex : Pigeon ramier) : .........................................

Animal trouvé vivant, si achevé, précisez comment :

................................................................................

Animal trouvé mort, vous avez collecté : Le cadavre entier Des organes (précisez lesquels) : ................................... Autres (précisez) : ..................................................

Comment avez-vous conservé le cadavre ?

A température ambiante Au réfrigérateur ou avec des pains de glace A quelle date l’avez-vous réfrigéré : ............................... Au congélateur A quelle date l’avez-vous congelé : ................................

Quel est l’état physiologique de l’animal ? Bon Mauvais Indéterminé

Quel est le sexe de l’animal ? Mâle Femelle Indéterminé

L’âge de l’animal est déterminé à partir Des cornes Des dents Des plumes Des os / cartilage (précisez) : .............................................

Quel est l’âge de l’animal ? Nouveau-né Immature Adulte Indéterminé

4 - COMMÉMORATIFSA - ENVIRONNEMENT DU CADAVREY-a-t-il des infrastructures à moins de 150 m ? Ligne électrique, câble (précisez) : ...................................... Route, chemin (précisez, ex. RN10, ...) : ...................................... Autres (précisez, ex. barbelés, éoliennes, ...) : .....................................Quelles sont les cultures et leurs stades végétatifs dans un rayon de 500 m : ............................................................................................................................................Y-a-t-il eu des traitements pesticides récemment ? Ne sais pas Non Oui, il y a combien de temps ? ...............................Avez-vous remarqué des tas ou des semences non enfouies ? Non Oui

B - EXAMEN EXTERNE DU CADAVREAvez-vous remarqué une position particulière de l’animal ? RAS Particulière (précisez) : ...........................................La rigidité cadavérique s’est-elle installée ? Oui Non IndéterminéAvez-vous remarqué la présence d’indices biologiques ? Non Oui, précisez : Du sang (précisez la localisation) : ............................................ De l’urine, (précisez la couleur) : ............................................ Des écoulements, (précisez la nature et la localisation) : .................... De la diarrhée Autres (précisez) : ..........................................................Y-a-t-il des traces de morsures ? Non Par les chiens à la découverte Avant la découverteY-a-t-il des traces de désordre autour de l’animal indiquant Qu’il y a eu lutte Qu’il y a eu pédalageAvez-vous trouvé des insectes morts autour du cadavre ? Oui

C - SYMPTÔMES SI L’ANIMAL EST TROUVÉ VIVANTTroubles Boiterielocomoteurs Autre (précisez) : ....................................Troubles visuels Aveugle Autre (précisez) : ....................Troubles digestifs Salivation Autre (précisez) : ...................Troubles pulmonaires Toux Écoulementnasal Essoufflement Autre (précisez) : .......................................... .................Troubles nerveux L’animal a conservé sa vigilance Oui Non L’animal tourne sur lui-même L’animal se démange furieusement L’animal ne s’enfuit pas L’animal est paralysé Autres :....................................................................

grotte, cours d’eau, sommet, ...

N° de fiche SAGIR

 

 ABSTRACT  

From 2006  to 2008,  the  SAGIR network has analysed 11 634  specimens belonging  to 175 wild bird and mammal species in  almost all departements in France.  Species whose hunting is authorized in France are predominant in the sample, with the European brown hare, the roe deer, the mallard, pigeon sp., the wild boar,  the  European  rabbit  and  the  red  fox  at  the  top of  the  list.  The  sample  also  includes  a  significant portion of protected species specimens. For example, the common buzzard ranks in the 9th position among the most analysed species. 

Aetiological diagnoses range from infectious and parasitic diseases to intoxications by chemical substances. The dominant pathological  features of  the network’s  flagship species    identified during  these  three years were the same as in previous years, except for slight differences. 

New health events have   extended the range of pathogens  identified  in wild animals since the network’s creation. Among the ten new pathogens and diseases detected by SAGIR between 2006 and 2008 : 

- identification of type D botulic toxin in  the yellow‐legged gull ; 

- isolation of Mycoplasma agalactiae in the lungs of Alpine ibex ; 

- detection of the avian influenza virus H5N1 HP in 65 wild birds among the 3426 analysed in 2006 ; 

- detection of the bluetongue virus in 2 red deer in 2007 ; 

- observation of the first cases of duck viral enteritis ; 

- emergence of pulmonary strongylosis  of the European brow hare. 

Meanwhile,  the  network  recorded  particularly  lethal   trichomonosis  episodes  in    columbids,  during  the wintering period, but also at  the  time of  reproduction,  in particular  in  the stock dove.  In  the  field of  the surveillance of the network’s dominant pathological features, tularemia cases in the European brown hare were particularly important during the 2007‐2008 winter. 

Lastly, 411 cases of  intoxication were confirmed by analyses. The use of phytopharmaceutical products  in agriculture and  intentional actions were  the  source of  these  intoxications. During  these  three years,  the high  number  of  cases  due  to  chloralose,  to  cholinesterase  inhibiting  molecules  and  anticoagulant rodenticides, have confirmed the impact of these substances on exposed wild birds and mammals. These results as a whole confirm that the SAGIR network is an effective epidemiosurveillance system. In the field of the epidemiosurveillance of some wildlife diseases, including those that are shared with domestic animals, the SAGIR network is articulated with other  surveillance systems to enable the understanding of  diseases’ functioning. The SAGIR network participates in this way to the determination of management measures for wildlife, the protection of hunters, and more generally, public health.