REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf
Transcript of REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf
![Page 1: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/1.jpg)
REPLIKASI DAN REPLIKASI DAN POLYMERASE CHAIN REACTIONPOLYMERASE CHAIN REACTION
(PCR)(PCR)Debbie S. Retnoningrum
Sekolah Farmasi, ITB
Pustaka:1. Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, hal. 27-28; 110-1202. Groves MJ, 2006, hal. 40 – 443. Brown TA, 2006, hal 6-7; 181-193
![Page 2: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/2.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 22
DOGMA SENTRAL BIOLOGI MOLEKULERDOGMA SENTRAL BIOLOGI MOLEKULER
![Page 3: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/3.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 33
REPLIKASIREPLIKASI
• Replikasi adalah penggandaan DNA• Sintesis 2 molekul DNA dari 1 molekul DNA• Konsep pasangan basa• Arah 5’ ke 3’ pada untai yang disintesis• Dikatalisis oleh DNA polimerase
www.uic.edu/.../lecture4/replication4.jpg
![Page 4: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/4.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 44
KomponenKomponen –– komponenkomponen ReplikasiReplikasi DNADNA
Mulai pada origin of replication (ori)Protein pengikat DNA untai tunggalHelikase (pembukauntai)Primase (RNA polimerase)DNA polimerase
![Page 5: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/5.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 55
ReplikasiReplikasi DNADNA
• REPLIKASI DNA:– Pemanjangan untai baru
DNA– dNTP: dATP, dTTP, dGTP,
dCTP– Dikatalisis oleh DNA
polimerase
![Page 6: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/6.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 66
Gap filling & DNA repairPol-εReplikasi pada mitokondriaPol-γReplikasi leading strandPol-δGap filling & DNA repairPol-βReplikasi lagging strandPol-α
EukariotReplikasiPol IIIGap filling & DNA repairPol IIGap filling & DNA repairPol I
FungsiProkariot
DNA DNA PolimerasePolimerase
![Page 7: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/7.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 77
Polymerase Chain Reaction (PCR)Polymerase Chain Reaction (PCR)
Karry Mullis, penemu PCRPemenang hadiah Nobel
![Page 8: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/8.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 88
SIKLUS PCRSIKLUS PCR
94 oC
55 oC
72 oC
SIKLUS 1 SIKLUS 2 SIKLUS 3
T
WAKTU (DETIK)
![Page 9: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/9.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 99
SIKLUS PCR dan HASIL AMPLIFIKASISIKLUS PCR dan HASIL AMPLIFIKASI
![Page 10: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/10.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1010
Polymerase Chain Reaction (PCR)Polymerase Chain Reaction (PCR)
www.scq.ubc.ca/wp-content/uploads/2006/07/PCR.gif
![Page 11: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/11.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1111
KOMPONEN PCRKOMPONEN PCR
• cetakan DNA
• oligonukleotida pendek (primer)
• DNA polimerase termostabil :Taq Polymerase(Thermus aquaticus) & buffer
• dNTP (dATP, dTTP, dCTP dan dGTP)
![Page 12: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/12.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1212
Genom yang ditentukan urutannyaGenom yang ditentukan urutannyahttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome
![Page 13: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/13.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1313
Contoh informasi pada data genBankContoh informasi pada data genBank
![Page 14: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/14.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1414
Amplifikasi DNA target dalam genom organismeAmplifikasi DNA target dalam genom organisme
![Page 15: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/15.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1515
Amplifikasi DNA targetAmplifikasi DNA target dalam genom organismedalam genom organisme
![Page 16: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/16.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1616
DETEKSI PRODUK PCRDETEKSI PRODUK PCR
![Page 17: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/17.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1717
![Page 18: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/18.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1818
PCR PCR untukuntuk deteksideteksi PatogenPatogen
GEN TARGETP1
P2
PRODUK PCR: 490 pb
TARGET HARUS SPESIFIK PATOGEN
![Page 19: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/19.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 1919
PCR UNTUK DETEKSI PATOGENPCR UNTUK DETEKSI PATOGEN
DETEKSI Mycobacterium tuberculosisDNA TARGET: FRAGMEN TARGET IS6110 BERSALINAN TINGGI Bahan dahak
DETEKSI Chlamydia trachomatisDNA TARGET: GEN MAJOR OUTER MEMBRANE PROTEIN = MOMPBahan usap vagina (4), darah (5), mata (6)
![Page 20: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/20.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2020
MODIFIKASI PCRMODIFIKASI PCR
• PCR-HIBRIDISASI (PRODUK PCR DIHIBRIDISASI DENGAN PELACAK)
• PCR multipleks• Nested-PCR• PCR-sekuensing• Real-time PCR
![Page 21: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/21.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2121
Denaturation
Addition of probe
Hybridization
PRINSIP HIBRIDISASIPRINSIP HIBRIDISASI
![Page 22: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/22.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2222
lisis
PCR
denaturasi
hibridisasisubstrat
deteksi kolorimetriΣ molekul target ⇒ Σ sinyal
PCR PCR HIBRIDISASI DENGAN DETEKSI HIBRIDISASI DENGAN DETEKSI KOLORIMETRIKOLORIMETRI
![Page 23: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/23.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2323
DETEKSI KOLORIMETRIDETEKSI KOLORIMETRI
Produk PCRBiotin
AvidinHorse radish peroxidase
H2O2
TMB
Pelacak
![Page 24: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/24.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2424
PCR MULTIPLEKSPCR MULTIPLEKS
• PASANGAN PRIMER UNTUK DNA TARGET > 1• CONTOH:
– Escherichia coli: GEN TARGET gen LT1, ST1, SLT1, SLT2, VT1, VT2, VTE
– 7 PASANGAN PRIMER– 7 PRODUK PCR
![Page 25: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/25.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2525
LT1
ST1
SLT1SLT2VT1VT2VTE
S A B C D
HASIL PCR MULTIPLEKSHASIL PCR MULTIPLEKS
![Page 26: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/26.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2626
Contoh Hasil PCR multipleksContoh Hasil PCR multipleks
![Page 27: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/27.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2727
NestedNested--PCRPCR
GEN FLAGELIN S. typhiST1
ST2
458 pb
343 pb
PCR pertama
PCR kedua
ST3
ST4
![Page 28: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/28.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2828
![Page 29: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/29.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2929
PCR SEKUENSINGPCR SEKUENSING
![Page 30: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/30.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3030
PCR REALPCR REAL--TIMETIME
• PCR KONVENSIONAL: – TAHAP AMPLIFIKASI DAN DETEKSI TERJADI
SECARA KONSEKUTIF
• PCR REAL-TIME– TAHAP AMPLIFIKASI DAN DETEKSI TERJADI
SECARA SIMULTAN
![Page 31: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/31.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3131
Deteksi pada PCR konvensionalDeteksi pada PCR konvensional
![Page 32: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/32.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3232
Daerah deteksi realDaerah deteksi real--time PCRtime PCR
![Page 33: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/33.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3333
PELACAK HIBRIDISASIPELACAK HIBRIDISASI
![Page 34: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/34.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3434
PELACAK HIBRIDISASIPELACAK HIBRIDISASI
![Page 35: REPLIKASI DAN PCR 2010.pdf](https://reader037.fdocuments.us/reader037/viewer/2022102918/5849d2661a28aba93a945789/html5/thumbnails/35.jpg)
Sekolah Farmasi ITBSekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi FarmasiFarmasi--FA 4202FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3535
Contoh hasil realtime PCRContoh hasil realtime PCR