Phylogenetic tree

1. Query sequence(내 sequence)를 FASTA format으로 저장한다.

>>> Sequencing한 정보를 메모장에서 ‘다른 이름으로 저장’을 누른 후 .fast 로 저장하면 된다.

2. BLAST에서 내 sequence와 비슷한 virus의 sequence를 다운받는다.

>>> nucleotide blast > 내 sequence를 넣고, Others 선택 > BLAST > Select all > Get selected sequences >

Send to:∇ > FASTA > Create file > 저장된 FASTA file을 메모장에서 열어 복사한 후 한글에서 열고, 여기서 다시

복사 후 메모장에서 열면 파일이 제대로 정렬된다.

3. Out group의 sequence를 3-5개 다운 받는다.

>>> Wikipedia에서 내 virus가 속하는 과, 속을 찾아 out group으로 설정하여 full genome을 다운 받는다.

>>> 메모장 파일을 편집한다.

> 바이러스명 (NCBI accession #)

ATTTCGATCTTCATCAAACAAACTCTTTCAATTTCAGTGTAAGCTA

TCGTAATTCAGTAAGTTATTTCAAACTCTCGTAAATTGCAGAAGAT

CATCCATGGCAACTTACACATCAACAATCCAGTTTGGTTCCATTG

> 바이러스명 (NCBI accession #)

ATTTCGATCTTCATCAAACAAACTCTTTCAATTTCAGTGTAAGCTA

TCGTAATTCAGTAAGTTATTTCAAACTCTCGT

> 바이러스명 (NCBI accession #)

ATTTCGATCTTCATCAAACAAACTCTTTCAATTTCAGTGTAAGCTA

TCGTAATTCAGTAAGTTATTTCAAACTCTCGTAAATTGCAGA

out group 1

out group 2

out group 3

내 sequence

다운 받은 sequence들

순서가 되도록 파일을 편집한다.

4. Bio-Edit을 열어 multiple alignment하고 맞춰준 양 끝을 잘라낸 후 저장한다.(보통 1,200 bp 정도 사용)

>>> Accessory Application > ClustalW Multiple alignment > Run ClustalW > .fas 로 저장

>>> Mode: Edit으로 변경 > 자르고자 하는 부분의 시작 눈금을 클릭한 뒤 아래에 있는 bar를 움직여

삭제하고자 하는 부분까지 이동 후 shift+클릭 > delete > _aln.fas 로 저장

5. Mega를 열어 aln.fas file을 열고, mega file로 저장( _aln.mega)한 후 mega file을 연다.

6. Tree making method를 선택한다.

>>> Phylogeny > tree making method 선택(Neighbor-Joining tree)

No. of Bootstrap Replication : 1000, Model/Method: Jukes-Cantor model 선택 > compute

>>> Bootstrap consensus tree로 확인