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Pedido de Acreditação Prévia de Novo Ciclo de Estudos – Universidade de Aveiro

(PAPNCE)

REQUEST FOR PRIOR ACCREDITATION OF A NEW STUDY CYCLE

(PAPNCE)

(Ensino Universitário e Politécnico)

Guião de apresentação para os órgãos Internos da UA

NOTA:. Para efeitos de aprovação interna do novo ciclo de estudos, não é obrigatório

a apresentação da informação solicitada nos quadros indicados (em azul)


APRESENTAÇÃO DO PEDIDO

A1. Instituição de Ensino Superior Higher Education Institution / Entidade Instituidora

Responsible entity

Universidade de Aveiro / University of Aveiro

A1.a. Outras instituições de ensino superior Other Higher Education Institution /

Entidades instituidoras / Responsible entities: n/a

A2. Unidade(s) orgânica(s) (faculdade, escola, instituto, etc.) / Unit (faculty, school,

institute, etc.):

Universidade de Aveiro

A3. Designação do ciclo de estudos / Study Cycle:

Programa Doutoral em Biotecnologia

Doctoral Program in Biotechnology

A4. Grau / Degree: Doutor/Doctor

A5. Área Científica predominante do ciclo de estudos / Main scientific area of the study

cycle: Biotecnologia/ Biotechnology

A6.1. Classificação da área principal do ciclo de estudos (3 dígitos), de acordo com a

Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março (CNAEF) / Main area of the study cycle

according to Portaria nº 256/2005 of March 16th (CNAEF): 524

A6.2. Classificação da área secundária do ciclo de estudos (3 dígitos), de acordo com a

Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março (CNAEF), se aplicável / Secondary area of

the study cycle according to Portaria n.º 256/2005 of March 16th (CNAEF), if

applicable: n/a

A6.3. Classificação de outra área secundária do ciclo de estudos (3 dígitos), de acordo

com a Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março (CNAEF), se aplicável / Another

secondary area of the study cycle according to Portaria n.º 256/2005 of March

16th (CNAEF), if applicable: n/a

A7. Número de créditos ECTS necessário à obtenção do grau / Number of ECTS credits

necessary for obtaining the degree: 180


A8. Duração do ciclo de estudos (art.º 3 DL-74/2006) / Duration of the study cycle (art.º

3 DL-74/2006): 6 semestres/ 6 semesters

A9. Número de vagas proposto / Proposed number of vacancies: 20

A10. Condições específicas de ingresso / Entry Requirements (1000 caracteres)

a) Titulares do grau de Mestre em Biotecnologia, Bioengenharia, Engenharia

Biomédica, Biologia, Engenharia Química, Química, Bioquímica, Engenharia

Biológica ou numa área científica afim com classificação mínima de 14 (em 20);

b) titulares de um grau de licenciado em Biotecnologia, Bioengenharia,

Engenharia Biomédica, Biologia, Engenharia Química, Química, Bioquímica,

Engenharia Biológica ou numa área científica afim, com um número de unidades

curriculares equivalente a 300 ECTS (5 anos) e com classificação mínima de 14

(em 20); c) detentores de currículo escolar, científico ou profissional relevante

que seja reconhecido como atestando capacidade para a realização do ciclo de

estudos, pela Coordenação do Doutoramento e pelo órgão científico legal e

estatutariamente competente da Universidade onde pretendem ser admitidos;

d) Possuir uma habilitação nacional ou estrangeira considerada, nos termos

legais, como equivalente

a) Master's degree holders in Biotechnology, Bioengineering, Biomedical

Engineering, Biology, Chemical Engineering, Chemistry, Biological Engineering or

on a related scientific area with a minimum mark of 14 (in 20); b) holders of a

bachelor's degree in Biotechnology, Bioengineering, Biomedical Engineering,

Biology, Chemical Engineering, Chemistry, Biological Engineering or on a related

scientific area with a number of courses equivalent to 300 ECTS (5 years) with a

minimum mark of 14 (in 20); c) holders of a relevant academic, scientific or

professional curriculum that is recognized as attesting the capacity to carry out

the study cycle, by the PhD Coordination and by the legal and statutorily

competent scientific board of the University to be enrolled; d) have a national or

foreign qualification considered by law as equivalent.

A11. Percursos alternativos como ramos, variantes, áreas de especialização do mestrado

ou especialidades do doutoramento em que o ciclo de estudos se estrutura (se aplicável)

/ Branches, options, profiles, major/minor or other forms of organisation of alternative

paths compatible with the structure of the study cycle (if applicable)

• Sim (por favor preencha a tabela 11.1. Ramos, variantes, áreas de especialização

do mestrado ou especialidades do doutoramento)


A11.1.

Ramo

Biotecnologia Médica Medical Biotechnology

Biotecnologia Industrial Industrial Biotechnology

Biotecnologia Marinha Marine Biotechnology

MAPA I / ANNEX I

A12. ESTRUTURA CURRICULAR / CURRICULAR STRUCTURE

- O Programa Doutoral em Biotecnologia agora proposto, prevê a existência de uma

parte curricular de modo a integrar e complementar a formação de estudantes com

formações de base diversificadas e a oportunidade de adquirirem competências

transversais. A lecionação formal é de 30 ECTS, de modo a permitir que os estudantes

concentrem a sua aprendizagem num ambiente de investigação e na condução de

trabalho experimental. A componente letiva destina-se fundamentalmente a dotar o

estudante com as competências necessárias à prossecução do trabalho de investigação

a desenvolver na fase seguinte – o trabalho de investigação conducente à preparação

da Tese. Adicionalmente, serão oferecidos cursos de formação avançada e seminários

em Biotecnologia, enfatizando a necessidade de integração em ambientes de

investigação avançada. Uma componente essencial do programa é a colaboração com

grupos de investigação internacionais de excelência e empresas, incluindo a Hovione,

Crioestaminal, AlgaPlus, Merck e P&G, bem como com entidades clínicas (Hospital

Infante D. Pedro, Aveiro). Os estudantes serão encorajados a fazer teses em colaboração

com empresas ou passar períodos de entre 3 a 11 meses numa instituição estrangeira

(laboratório de investigação, hospital ou empresa).

Com a inscrição em Tese, o candidato dará início ao trabalho de investigação conducente

à tese de doutoramento, na qual se privilegia a investigação autónoma que culminará

na apresentação e discussão pública de um trabalho original e de qualidade. A tese será

discutida e avaliada por um júri proposto pela Coordenação do Doutoramento. Durante

esta fase, que corresponde a 120 ECTS, o aluno será incentivado a publicar em revistas


internacionais de qualidade e apresentar os seus resultados em congressos nacionais e

internacionais.

- The Doctoral Program in Biotechnology now proposed has a curricular component to

integrate students with diversified backgrounds. The formal training component is

limited to ca. 30 ECTS, allowing students to focus on training in a research environment

and in conducting experimental work. The teaching component is intended to provide

students with the skills necessary to pursue their research work to be developed in the

next phase, the Thesis. Advanced training courses and seminars in Biotechnology will be

also offered, emphasizing the need for integration in advanced research environments.

An essential component of the program is the collaboration with international research

groups of excellence and companies. Students should spend between 3 and 11 months

in another foreign institution (research laboratory, hospital or industry). With the

enrollment in Thesis, the candidate shall initiate the research work leading to the

doctoral thesis, which is based on autonomous research that will culminate in the public

presentation and discussion of an original work. The thesis will be discussed and

evaluated by a jury proposed by the PhD Coordination. During this phase, corresponding

to 120 ECTS, students will be encouraged to publish their results in international

journals.

A12.4. Áreas científicas e créditos que devem ser reunidos para a obtenção do grau /

Scientific areas and credits that must be obtained for the awarding of the degree.

NOTA: este quadro é preenchido tantas vezes quantas as necessárias para descrever os diferentes

A12.1. Ciclo de Estudos / Study Cycle: Estudos do 3º Ciclo - Doutoramento/3rd

Cycle Studies

A12.2. Grau / Degree: Doutor/Doctor

A12.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do

doutoramento (se aplicável) / Branches, options, profiles, major/minor or

other forms (if applicable): Biotecnologia Médica, / Medical

Biotechnology


percursos alternativos (ramos, variantes,), caso existam, colocando em título a denominação do percurso

Biotecnologia Médica/Medical Biotechnology

ÁREA CIENTÍFICA /

SCIENTIFIC AREA

SIGLA /

ACRONYM

ECTS OBRIGATÓRIOS

/ MANDATORY ECTS

ECTS OPTATIVOS

/ OPTIONAL ECTS

Ciências Biomédicas* |

Biomedical Sciences*

CBM 6

Engenharia

Química/Biologia/Ciências

Biomédicas **| Chemical

Engineering/Biology/Biomedical

Sciencies **

EQ/BIO/C

BM/BT

6

Biotecnologia | Biotechnology BT 162

Qualquer área científica*** QAC 6

TOTAL 162 18

* UC a escolher na área científica Ciências Biomédicas, dentro da oferta formativa do PD| CU to be

chosen in the scientific area of Biomedical Sciences, according to the options of this PD

** UC a escolher nas áreas científicas Ciências Biomédicas, Biologia, Engenharia Química ou Biotecnologia,

dentro da oferta formativa do PD | CU to be chosen in the scientific areas of Biomedical Sciences, Biology,

Chemical Engineering or Biotechnology, according to the options of this PD

*** UC a escolher entre toda a oferta formativa da Universidade de Aveiro para o 3º ciclo | CU to be

chosen within the complete formative offer of Universidade de Aveiro for 3rd cycle

Biotecnologia Industrial/Industrial Biotechnology

ÁREA CIENTÍFICA /

SCIENTIFIC AREA

SIGLA /

ACRONYM

ECTS OBRIGATÓRIOS

/ MANDATORY ECTS

ECTS OPTATIVOS

/ OPTIONAL ECTS

Engenharia Química* | Chemical

engineering*

EQ 6

Engenharia




Sciencies **

EQ/BIO/C

BM/BT

6




TOTAL 162 18

* UC a escolher na área científica Engenharia Química, dentro da oferta formativa do PD| CU to be

chosen in the scientific area of Chemical Engineering, according to the options of this PD






Biotecnologia Marinha/Marine Biotechnology

ÁREA CIENTÍFICA /

SCIENTIFIC AREA

SIGLA /

ACRONYM

ECTS OBRIGATÓRIOS

/ MANDATORY ECTS

ECTS OPTATIVOS

/ OPTIONAL ECTS

Biologia* | Biology BIO 6

Engenharia




Sciencies **

EQ/BIO/C

BM/BT

6



TOTAL 162 18

* UC a escolher na área científica Biologia, dentro da oferta formativa do PD| CU to be chosen in the

scientific area of Biology, according to the options of this PD






A soma do número de ECTS obrigatórios e optativos deve ser igual ao número de ECTS necessário à obtenção do grau

(A6)


A13. Regime de funcionamento / Working regime:

• Diurno / Day time

A13.1. Se outro, especifique / If other, specify:

A14. Local onde o ciclo de estudos será ministrado / Location where the study cycle will

be delivered: As aulas são lecionadas em infraestruturas adequadas do Departamento

Química (DQ) da UA, do Departamento de Ciências Médicas (DCM) e do Departamento

de Biologia da Universidade de Aveiro (DBio).

A16. Observações / Observations

Este programa doutoral resulta da colaboração de 3 departamentos da Universidade de

Aveiro: DQ, DB e DCM, tendo ainda a colaboração e o apoio de diversas entidades:

nomeadamente o Hospital Infante D. Pedro, Hovione, Crioestaminal, Biotrend, Cipan,

UNICER, Proenol, BlueBio Alliance, ALGAPlus e Biocant. Dada a configuração escolhida,

a gestão deste ciclo de estudos será realizada pela Coordenação de Doutoramento

constituída pelo coordenador do Programa Doutoral e um representante de cada ramo

de especialização. Os representantes são responsáveis pela ligação interna com os

colegas da unidade que representam. Para a obtenção da qualificação o doutorando

deverá apresentar uma tese original na Universidade de Aveiro e defendê-la em provas

públicas. Sempre que possível, procura-se favorecer projetos com ligação à indústria e

empresas nacionais, que terão o papel de facilitadores da realização de trabalhos de

investigação na sua estrutura e de identificação de áreas de desenvolvimento. A

atribuição dos temas de tese é decidida pela Coordenação de Doutoramento depois de

ouvidos os docentes envolvidos no programa. Procurar-se-á atrair estudantes

estrangeiros mantendo contacto com programas internacionais de mobilidade como o

ERASMUS +. Pretende-se a criação de um programa doutoral com uma forte vertente de

internacionalização. Vão ser por isso criadas colaborações com um conjunto dos

melhores centros de investigação internacionais na área com quem se possa fazer

intercâmbio de estudantes e a realização de teses em co-tutela, permitindo assim

fortalecer a formação dos nossos estudantes, a atração de estudantes internacionais, e

o reconhecimento internacional da área científica na UA.

This doctoral program results from a collaboration of three departments of the

University of Aveiro: DQ, DBio and DCM, and also the collaboration and support of

A15. Regulamento de creditação de formação e experiência professional / Regulations

for the creditation of prior training and professional experience

Anexar PDF / Attach PDF


several entities: Infante D. Pedro Hospital, Hovione, Crioestaminal, Biotrend, Cipan,

UNICER, Proenol, BlueBio Alliance, ALGAPlus and Biocant. Given the chosen

configuration, the management of this cycle of studies will be carried out by the Doctoral

Coordination constituted by the coordinator of the Doctoral Program and a

representative of each branch of specialization. The representatives are responsible for

the internal link with the colleagues of the Department they represent. To obtain the

qualification the doctorate must present an original thesis at the University of Aveiro and

defend it in a public examination. Whenever possible, projects with connection to the

industry will be favored. The industries which collaborate will have the role of facilitators

by helping to conduct research in their structure and by identifying development areas.

The allocation of thesis topics is decided by the PhD Coordination of the program after

consultation with the staff members involved in the program. This doctoral program will

try to attract foreign students by keeping contact with international mobility programs

such as ERASMUS +. It is intended to create a doctoral program with a strong

internationalization dimension, and will therefore be created collaborations with a group

of the best international research centers in the area with which students can be

exchanged and thesis in co-supervision, Thus, strengthening the training of our students,

the attraction of international students, and the international recognition of the

scientific area in the UA.


INSTRUÇÃO DO PEDIDO

1. Formalização do pedido /

1.1. Deliberações dos órgãos que legal e estatutariamente foram ouvidos no processo

de criação do ciclo de estudos (Introduzir um mapa por órgão) / Deliberations of the

bodies that must be consulted according to the legislation and statutes (Add one map

per body):

MAPA II / ANNEX II

1.1.1. Orgão ouvido / Body consulted

1.1.2. Cópia de ata (ou extrato de ata) ou deliberação deste órgão assinada e datada

(Anexar ficheiro PDF, máx. 100kB) / Copy of minutes (or extract of the minutes) or

decision of this body signed and dated (Attach PDF file, máx. 100kB)

1.2. Docente(s) responsável(eis) pela coordenação da implementação do ciclo de

estudos.

João Filipe Colardelle da Luz Mano (DQ-UA), João Manuel Costa Araújo Pereira

Coutinho (DQ-UA), Odete da Cruz e Silva (DCM-UA), Ricardo Calado (DBio-UA)

A(s) respectiva(s) ficha(s) curricular(es) deve ser apresentada no Mapa V.

MAPA III / ANNEX III

2. Plano de Estudos / Study plan

Por cada ramo, variante, área de especialização de mestrado ou especialidade de

doutoramento, preencher uma tabela para cada ano, semestre ou trimestre / For each

branch, option, etc., fill in a table for each year, semester or trimester.

2.1. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidades

doutoramento (se aplicável) / Branches, options, profiles, major/minor, or other forms

(if applicable):

Medical Biotechnology / Biotecnologia Médica

2.2. Ano/semestre/trimestre curricular / Curricular year/semester/trimester:


1º ano / 1st year

2.3. Plano de Estudos / Study Plan

Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científ

ica (1)

Duração (2) Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

Opção I*/Option I* CBM Semestral 162 De acordo

com o

indicado

na Lista

das UCs#

6 Optativa

dentro da

oferta

formativa do

PD indicada na

Lista das UCs#

Opção II*/Option II* EQ,

CBM,

BIO, BT

Semestral 162 De acordo

com o

indicado

na Lista

das UCs#

6 Optativa

dentro da

oferta

formativa do

PD indicada na

Lista das UCs#

Opção Livre*/Free

Option*

QAC Semestral 162 6 Qualquer UC

do 3º ciclo de

acordo com a

oferta

formativa da

UA

Seminário/Seminar BT Anual/Annual 324 S – 30 12

Projeto de

Tese**/Thesis

Project**

BT Anual/Annual 810 OT – 15 30

* O estudante terá liberdade para selecionar as U.C.s Opção I, Opção II e Opção Livre

que pretende frequentar nos 1º ou 2º semestres do 1º ano letivo, de acordo com a

oferta em vigor na UA. / The student will be able to select to enroll in the course units

Option I, Option II and Free Option in the 1st or 2nd semestres of the 1st year.

**Os ECTS atribuídos por semestre à UC Projeto de Tese dependerão dos semestres

onde decorrerão as UCs Opção I, Opção II e Opção Livre. / The ECTS allocated per

semester to the course unit Thesis Project will depend on the semesters of the UCs

Option I, Option II and Free Option.

# Lista disponível no final da Secção 2. / List available in the end of Section 2.

(1) Indicando a sigla constante da tabela apresentada no Mapa I / Indicating the acronym presented in the Table of Annex 1.

(2) Anual, semestral, trimestral, etc. / Annual, semester, trimester, etc.

(3) Número total de horas de trabalho / Total working hours

(4) Indicar para cada tipo de metodologia adoptada o número de horas totais. Ex. T – 15; PL – 30. (TEnsino teórico, TP-Ensino teórico-

prático,PL-Ensino prático e laboratorial, TC-Trabalho de campo, S-Seminário, E-Estágio, OT-Orientação tutorial, O-Outra) / Indicate


for each adopted methodology the total number of hours. Ex. T – 15; PL – 30. (T-theoretical, TP-theoretical and practical, PL-Practical

and laboratorial, TC-Field work, S-Seminar, E-Training, OT-Tutorial, O-Other)

(5) Assinalar sempre que a unidade curricular for optativa / Indicate whenever a unit is optional.

NOTA / NOTE: este mapa é preenchido tantas vezes quantas as necessárias para descrever os diferentes percursos/períodos do ciclo

de estudos / this map should be repeated as many times as necessary to describe the different alternative path/period of the study

cycle.

2º ano / 2nd year


Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração (2) Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observa

ções (5)

Tese / Thesis BT Anual/Annual 1620 30 OT 60











cycle.

3º ano / 3rd year


Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração (2) Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observa

ções (5)

Tese / Thesis BT Anual/Annual 1620 30OT 60












cycle.



(if applicable):

Biotecnologia Industrial/Industrial Biotechnology


1ºano/1st year

Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração

(2)

Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

Opção I*/Option I* EQ Semestral 162 De acordo

com o

indicado

na Lista

das UCs#

6 Optativa

dentro da

oferta

formativa do

PD indicada na

Lista das UCs#

Opção II*/Option II* EQ, CBM,

BIO, BT


com o

indicado

na Lista

das UCs#

6 Optativa

dentro da

oferta

formativa do

PD indicada na

Lista das UCs#

Opção Livre*/Free

Option*

QAC semestral 162 6 Qualquer UC

do 3º ciclo de

acordo com a

oferta

formativa da

UA

Seminário/Seminar BT Anual/Ann

ual

324 S – 30 12

Projeto de

Tese**/Thesis

Project**

BT Anual/Ann

ual

810 OT – 15 30



que pretende frequentar nos 1º ou 2º semestres do 1º ano letivo, de acordo com a

oferta em vigor na UA. / The student will be able to select to enroll in the course units

Option I, Option II and Free Option in the 1st or 2nd semestres of the 1st year.








2º ano / 2nd year


Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração

(2)

Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

Tese / Thesis BT Anual

/Annual

1620 30OT 60











cycle.


3º ano / 3rd year



Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração (2) Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observa

ções (5)

Tese /Thesis BT Anual/Annual 1620 30OT 60











cycle.



(if applicable):

Biotecnologia Marinha /Marine Biotechnology


1º ano/1st ano

Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração

(2)

Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

Opção I*/Option I* BIO Semestral

162

De acordo

com o

indicado

na Lista

das UCs#

6 Optativa

dentro da

oferta

formativa do

PD indicada na

Lista das UCs#

Opção II*/Option II* EQ, CBM,

BIO, BT


com o

indicado

na Lista

das UCs#

6 Optativa

dentro da

oferta

formativa do

PD indicada na

Lista das UCs#


Opção Livre*/Free

Option*

QAC semestral 162 6 Qualquer UC

do 3º ciclo de

acordo com a

oferta

formativa da

UA

Seminário /Seminar BT Anual 324 S – 30 12

Projeto de

Tese**/Thesis

Project**

BT Anual 810 OT – 15 30


que pretende frequentar nos 1º ou 2º semestres do 1º ano letivo de acordo com a oferta

em vigor na UA. / The student will be able to select to enroll in the course units Option

I, Option II and Free Option in the 1st or 2nd semestres of the 1st year.








2º ano / 2nd year


Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração

(2)

Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

Tese / Thesis BT Anual

/Annual

1620 30OT 60












cycle.


3º ano / 3rd year


Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração

(2)

Horas

Trabalho

(3)

Horas

Contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

Tese /Thesis BT Anual

/Annual

1620 30OT 60











cycle.

Lista das unidades curriculares do PD em Biotecnologia

Semestre Unidade Curricular

/Curricular Unit

Área

Científica

(1)

Duração

(2)

Horas

Trabalho

(3)

Horas de

contacto

(4)

ECTS Observações

(5)

1º Processos Biotecnológicos

de Conversão da Biomassa

EQ Semestral 162 30 T 6

2º Tópicos Avançados de

Biotecnologia Alimentar

EQ Semestral 162 30 (15 h T +

15 h TP)

6


2º Tecnologia de Solventes

Alternativos

EQ Semestral 162 30 T 6

1º Engenharia Bioquímica

Avançada

EQ Semestral 162 45 TP 6

1º Valorização de Plantas

Halófitas

BIO Semestral 162 45 (15 T e 30

P)

6

1º Valorização de micro e

macroalgas

BIO Semestral 162 6 (2 h T + 4 h

TP)

6

2º Novas abordagens na

inativação de bactérias

patogénicas

BIO Semestral 162 45 TP 6 UC

atualmente

não existente

/ Newly

created UC

2º Valorização de

Invertebrados Marinhos e

seu Microbioma

BIO Semestral 162 45 (15 T e 30

TP)

6

1º A Base Molecular da

Biomedicina

CBM Semestral 162 30 TP 6

1º Biologia Celular e

Sinalizacao

CBM Semestral 162 15 T 6

2º Elucidacao Estrutural de

Biomoleculas


2º Imunologia Molecular CBM Semestral 162 30 TP 6

2º Patogenese Molecular do

Cancro

CBM Semestral 162 30TP 6

2º Genetica Humana e

Genomica


3. Descrição e fundamentação dos objetivos, sua adequação ao projeto educativo,

científico e cultural da instituição, e unidades curriculares / Description and

justification of the study cycle’s objectives, organization, and its integration into the

institution’s educational, scientific and cultural project.

3.1. Os objetivos do ciclo de estudos / The study cycle’s objectives

3.1.1. Objetivos gerais definidos para o ciclo de estudos / Study cycle's generic objectives (1000 caracteres)

A Biotecnologia Médica visa promover o desenvolvimento de competências no design

de materiais com aplicações em terapia celular, engenharia de tecidos e libertação

controlada de fármacos, desenvolvimento e estudo do potencial de biomateriais,

biomiméticos, desenvolvimento de tecnologias de diagnóstico e terapêutica. A

Biotecnologia Marinha visa promover o desenvolvimento de competências na produção


de biomassa de holobiontes marinhos com ênfase para a propagação clonal ex situ,

utilização de ómicas na descoberta de biodiversidade química de organismos marinhos

e na sua valorização inteligente sob a forma de produtos nutraceuticos, cosméticos e

farmacológicos, contribuindo assim para o desenvolvimento da economia azul. A

Biotecnologia Industrial visa contribuir para o desenvolvimento de competências

científicas e técnicas que permitam a resolução de problemas no contexto empresarial

no âmbito de um enquadramento socioeconómico, e a criação e implementação de

novas soluções visando a inovação de processo ou produto, e o empreendedorismo.

The branch of Medical Biotechnology aims to promote the development of skills in the

design of materials with application in cell therapy, tissue engineering and controlled

release of drugs, development and study of the potential of biomaterials, biomimetic,

development of technologies of diagnosis and therapeutics. The branch of Marine

Biotechnology aims to promote the development of skills in the production of marine

biomass focusing in the clonal propagation ex situ, use of the omics in the discovery of

chemical biodiversity of marine organisms and in their smart valorization as

nutraceuticals, cosmetics and pharmacological, thus contributing to the development of

the blue economy. The branch of industrial Biotechnology aims to contribute to the

development of scientific skills and techniques that allow the resolution of problems

within a business context in the scope of a socio-economical frame, and the creation

and implementation of new solutions aiming the innovation of the process or product,

and the entrepreneurship.

3.1.2. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências) a

desenvolver pelos estudantes / Intended learning outcomes (1000 caracteres)

• Capacidade de compreensão sistemática no domínio científico e tecnológico de

estudo;

• Capacidade para conceber, projetar, adaptar e realizar investigação científica,

contribuindo para a produção ou instalação de novos produtos ou processos, sujeita às

exigências legais e respeitando os mais elevados padrões éticos e de qualidade e

integridade académicas;


• Capacidade efetiva (documentada pela própria atividade desenvolvida) para realizar

trabalhos de investigação original que contribuam para o alargamento das fronteiras do

conhecimento e que mereçam divulgação pelo menos parcial em publicações com

sistemas de avaliação prévia;

• Capacidade de análise crítica, avaliação e síntese de ideias novas e complexas;

• Capacidade de comunicação com os seus pares, a restante comunidade académica e

a sociedade em geral;

• Capacidade para, numa sociedade baseada no conhecimento, promover o progresso

tecnológico, social e cultural, em contexto académico ou profissional.

• Ability to systematically understand the scientific and technological field of study;

• Ability to conceive, design, adapt and carry out scientific research, contributing to the

production and installation of new products or processes, subject to legal requirements

and respecting the highest ethical and academic quality and integrity;

• Effective Capacity (documented by the very activity developed) to conduct original

research that will contribute to extending the frontiers of knowledge and that require

disclosure at least partially in publications prior assessment systems;

• Ability of critical analysis, evaluation and synthesis of new and complex ideas;

• Communication skills with peers, the academic community and society in general;

• Ability to in a knowledge-based society, promote technological, social and cultural

progress in academic or professional context.

3.1.3. Inserção do ciclo de estudos na estratégia institucional de oferta formativa face à

missão da instituição / Coherence of the defined objectives with the institution's

mission and strategy (3000 characters)

A UA é uma instituição que fomenta a criação de instrumentos para a formação

avançada de quadros em ciência e tecnologia. Este programa insere-se, de forma

perfeita, neste objetivo já que através da investigação científica em Biotecnologia se

pretende trabalhar numa área científica com forte potencial a nível internacional e de


elevada procura no tecido industrial da região centro. A estratégia de especialização

inteligente (RIS3) da região Centro define diferentes áreas de intervenção prioritárias

perfeitamente alinhadas com este PD, nomeadamente: Agroalimentar (incluindo

tratamento e reutilização de resíduos); Economia do Mar (valorização inteligente de

recursos biológicos endógenos); Floresta (por exemplo, reutilização de resíduos ou

produção sustentável de matérias-primas e materiais derivados da floresta); Saúde

(Biotecnologia e saúde); Tecnologias de Produção e Indústria de Processo (Biotecnologia

Industrial, Indústria Farmacêutica; Processos produtivos mais verdes e eficientes; ou

Química verde) e Tecnologias de Produção e Indústria de Produto (Processos produtivos

mais verdes e eficientes ou produtos inovadores e de alto valor acrescentado). Este

programa doutoral vem suprir uma lacuna existente a nível da região Centro para a

valorização destes recursos ao fornecer formação a nível do 3º ciclo de quadros baseada

numa associação de departamentos que possuem o ‘know-how’ e a vocação para

implementarem com sucesso a tarefa atrás mencionada. É o único programa doutoral

na área das Biotecnologia na região Centro, sendo assim determinante para a promoção

do desenvolvimento económico e sustentável desta região. Constitui ainda uma

oportunidade de atrair estudantes estrangeiros. Os docentes na sua totalidade são

doutorados com formação específica nos assuntos que se vão abordar nas u.c. do plano

de estudos do programa.

UA is an institution that promotes the development of tools for the advanced training

of professionals in Science and Technology. This doctoral program is a good example of

the former objective because through scientific research in the Biotechnology area it is

intended to work in a field with high potential at international level with high demand

from the industrial sector. The strategies for smart specialization (RIS3) of the Central

region define different areas of intervention that are primarily aligned with this PD,

namely: Agro-food (including waste treatment and reuse); Economy of the Sea

(intelligent valorization of the endogenous biological resources); Forest (e.g. reuse of

waste or production of raw materials and forest-derived materials); Health

(Biotechnology and health); Production Technologies and Process Industry (Industrial

Technologies, Pharmaceutical Industry, Greener Productive Processes and Green


Chemistry) and Production Technologies and Process Industries. This doctoral program

will fill a gap within the Center Region (as well as within the country) for the valorization

of this resource by providing training at the level of 3rd cycle studies based on in the

association of three departments that possess the know-how and vocation to reach the

aforementioned objectives. This is the only doctoral program on the field of

Biotechnology in the Center Region and it is crucial to promoting economic and

sustainable development. Furthermore, this doctoral program will be a focus of

attraction of foreign students that are looking for this type of training. All the members

of staff are PhD holders with special training on the subjects that are going to be lectured

in this doctoral program.

3.2. Adequação ao projeto educativo, científico e cultural da instituição / Coherence

with the institution’s Educational, Scientific and Cultural Project

3.2.1. Projeto educativo, científico e cultural da instituição / Institution’s educational,

scientific and cultural project (3000 characters)

A UA pretende reforçar a sua afirmação como centro de excelência internacionalmente

reconhecido e potenciar o seu contributo para o desenvolvimento regional e nacional.

Mantendo a dimensão atual, a UA pretende aumentar o impacto da sua atuação:

� Consolidando a implementação dos princípios subjacentes ao processo de Bolonha, designadamente ao nível dos processos de ensino-aprendizagem, promovendo uma maior aproximação entre formação e investigação, desenvolvendo atitudes e autonomia nos formandos, e competências em áreas não curriculares, facilitando a integração profissional num mercado de trabalho aberto e globalizado

� Reforçando o seu projeto educativo, inclusivo e de formação global do indivíduo, através do desenvolvimento de capacidades transversais, do apoio direto e diferenciado a estudantes com necessidades específicas, designadamente através da Ação Social, e da promoção da prática de atividades extracurriculares

� Aumentando a proporção de estudantes de pós-graduação

� Consolidando a sua oferta de formação de ativos, requalificação de licenciados e captação de novos públicos

� Fomentando o aumento do sucesso escolar nas formações que ministra, promovendo a utilização e a partilha de boas práticas, monitorizando os resultados e atuando sobre eles


� Implementando corretamente mecanismos de garantia de qualidade, de modo transversal a toda a sua ação

� Reforçando o caráter internacional do ensino e da investigação através do aumento da mobilidade de estudantes, docentes e funcionários, da oferta de ensino em língua inglesa, e do número de programas de pós-graduação integrados em redes internacionais

A UA pretende reforçar a sua afirmação como centro de excelência de dimensão

internacional, em matéria de investigação e de formação avançada:

• Consolidando a Escola Doutoral da UA que se pretende venha a constituir uma referência em termos nacionais e internacionais

• Estabelecendo parcerias com instituições de ensino superior de referência a nível europeu para o desenvolvimento de programas doutorais internacionais que conduzam a múltipla titulação

• Tornando-se uma instituição líder a nível europeu em algumas das suas áreas de excelência, designadamente Telecomunicações, Ciência e Engenharia dos Materiais, Nanociências, Ambiente e Mar

A UA pretende consolidar a experiência demonstrada no âmbito da relação com a

sociedade e da cooperação com a Região, assumindo um papel determinante no

desenvolvimento regional e nacional:

� Intensificando as relações de investigação, desenvolvimento e transferência de conhecimento e tecnologia com as empresas e outras entidades

� Integrando os desafios societais nas suas agendas de formação e investigação

� Apoiando e dinamizando iniciativas no âmbito da inovação social

� Reforçando o entendimento público da ciência através da promoção de iniciativas de divulgação da ciência

� Dinamizando o desenvolvimento integrado da educação ao nível regional, em parceria com as autarquias e escolas

The UA aims to reinforce its position as an internationally recognised centre of

excellence and to strengthen its contribution to regional and national development.

Maintaining its current size, the UA will increase the impact of its activities, by:

• consolidating the implementation of the principles underlying the Bologna Process,

namely at the level of teaching and learning processes, promoting a greater

approximation between teaching and research, developing the attitudes and autonomy

of students and their competences in non-curricular areas, and facilitating their

professional integration in the open and globalised workplace;


• reinforcing its educational project - the inclusive and global education of each

individual - through the development of transferable skills, personal and differentiated

support for students with special needs, namely through the Student Welfare Services,

and participation in extra-curricular activities;

• increasing the proportion of post-graduate students;

• consolidating its training offer for the active working population, requalification of

graduates and securing new publics;

• improving the academic success rate of its study programmes, promoting the use and

sharing of good practice, monitoring results and acting on them;

• correctly implementing mechanisms of quality assurance throughout the range of its

activities;

• reinforcing the international character of teaching and research through increased mobility of students, teaching and non-teaching staff, a wider offer of instruction in English, and more post-graduate programmes integrated in international networks.

The UA aims to reinforce its position as an internationally recognised centre of

excellence in the field of research and advanced studies, by:

• consolidating its doctoral school , becoming a national and international reference;

• establishing partnerships with European higher education institutions of renown with

a view to developing international doctoral programmes, leading to multiple degrees;

• becoming a leading European institution in some of its fields of excellence, namely

Telecommunications, Materials Science and Engineering, Nanosciences and

Environmental and Marine Studies.

The UA aims to consolidate its experience in the area of cooperation with society and

the region, assuming a leading role in regional and national development, by:

• intensifying the relationship between research, development and knowledge and

technology transfer, and businesses and other entities;

• integrating societal challenges in its teaching and research agendas;

• supporting and promoting initiatives in the field of social innovation;

• reinforcing the public understanding of science through the promotion of initiatives

for the dissemination of science;

• encouraging the integrated development of education at regional level, in partnership

with local government and schools.

3.2.2. Demonstração de que os objetivos definidos para o ciclo de estudos são

compatíveis com o projeto educativo, científico e cultural da instituição /


Demonstration that the study cycle's objectives are compatible with the institution's

educational, scientific and cultural project (3000 characters)

A UA tem como missão genérica a realização no seu âmbito de atuação do serviço

público de ensino superior, designadamente através da promoção de atividades de

investigação, fundamental e aplicada, ensino e formação, da transferência para a

sociedade do saber e da tecnologia. A Universidade promove ativamente o pensamento

e a consciência crítica da sociedade, definindo-se como uma instituição socialmente

responsável e implicada no desenvolvimento sustentável, através da aplicação do

conhecimento e da inovação científica e tecnológica e no indefetível respeito pela

integralidade da pessoa humana e da sua envolvente natural, para o que acentua na sua

intervenção as dimensões da interação permanente com a sociedade, do

desenvolvimento das novas tecnologias e da preservação do ambiente.

Os objetivos e atividades do Programa Doutoral em Biotecnologia alinham-se assim com

a missão da UA.

Tendo em conta

i) a experiência do corpo docente envolvido nos Programas Doutorais em Engenharia

Química, Bioquímica, Biologia, Biomedicina e Tecnologias da Saúde

ii) a elevada qualidade das instalações e recursos do Departamento de Química da UA,

Departamento de Biologia da UA e do Departamento de Ciências Médicas da UA.

iii) a excelência dos Unidades de Investigação CICECO (Laboratório Associado), CESAM

(Laboratório Associado) e do iBiMed (classificado como exceto nas última avaliação da

FCT) e QOPNA (classificado como bom nas última avaliação da FCT) que suportam a

investigação deste ciclo de estudos, estão reunidas todas as condições para que o

Programa Doutoral em Biotecnologia aqui proposto atinja os objetivos estabelecidos e

contribua para a formação de doutores com as competências necessárias para se

tornarem profissionais e/ou investigadores de sucesso.

UA has as a generic mission accomplishment in its scope the higher education public

service, notably by promoting research, fundamental and applied education and


training, the transfer to society of knowledge and technology. UA actively promotes

thought and critical conscience of society, defining itself as socially responsible

institution and involved in sustainable development through the application of

knowledge and scientific and technological innovation and unfailing respect for the

integrity of the human person and his natural surroundings, for which accentuates in his

speech the dimensions of the permanent interaction with society, the development of

new technologies and preserving the environment.

The objectives and activities of the Doctoral Program in Biotechnology is well aligned

with the mission of UA.

Concerning:

i) the experience of the teaching staff involved in the Doctoral Programmes in

Chemical Engineering, Biochemistry, Biology, Biomedicine, and Health

Sciences and Technology;

ii) the high quality of the facilities and resources of DQ-UA, DBio-UA and DCM-

UA;

iii) the excellence of the Research Units CICECO (Associate Laboratory), CESAM

(Associate Laboratory), iBiMed (scored as Excellent in the last evaluation of

FCT) and QOPNA (scored as Good in the last evaluation of FCT), which

support the research of this course of study, are all the conditions for the

Doctoral Program in Biotechnology proposed here achieves the objectives

set and contribute to training of doctors with the skills to become

professional and/or successful researchers.

MAPA IV / ANNEX IV

3.3. Unidades Curriculares / Curricular Units (ficha da Unidade Curricular em anexo;

preencher tantas vezes quantas as necessárias para descrever as diferentes unidades

curriculares)


4. Descrição e fundamentação dos recursos docentes do ciclo de estudos / Description

and justification of the academic staff resources

4.1.2. Equipa docente do ciclo de estudos / Study cycle’s academic staff

Nome / Name Grau /

Degree

Área científica /

Scientific Area

Regime de tempo /

Employment link

Informação /

Information

Ana Maria Rebelo

Barreto Xavier

Doutor Engª Biológica 100%

Jorge Manuel Alexandre

Saraiva

Doutor Biotecnologia 100%

Mara Guadalupe Freire

Martins

Doutor Engenharia

Química

100%

Luísa Alexandra

Seuanes Serafim Leal

Doutor Engenharia

Biológica

100%

Ana Isabel Libello

Batista

Doutor Biologia 100%

Sónia Marisa Gonçalves

da Cruz


Maria Adelaide de Pinho

Almeida


Ricardo Calado Doutor Biologia Animal 100%

Odete Abreu da Cruz e

Silva

Doutor Ciências

Biomédicas

100%

Sandra Maria Tavares

da Costa Rebelo

Doutor Bioquímica 100%

Jens Wiltfang Doutor Medicina 50%

Sandra Isabel Moreira

Pinto Vieira

Doutor Biological

Sciences

100%

Ana Gabriela Henriques Doutor Bioquímica 100%

Vitor Manuel Sousa

Félix

Doutor Química 100%

Brian James Goodfellow Doutor Bioquímica 100%

MAPA V / ANNEX V

4.1.1. Fichas curriculares dos docentes / Academic staff curricular file (em anexo)


Philippe Denis Pierre Doutor Biologia celular 50%

Luísa Alejandra

Helguero Shepherd


Margarida Sancio da

Cruz Fardilha


Gabriela Maria Ferreira

Ribeiro de Moura

Doutor Ciências

Biomédicas

100%

Manuel Antonio da Silva

Santos


João Filipe Colardelle da

Luz Mano

Doutor Química 100%

João Manuel Costa

Araújo Pereira Coutinho

Doutor Engenharia

Química

100%

Maria Rosário

Gonçalves dos Reis

Domingues

Doutor Química

100%

José António Lopes da

Silva

Doutor Biotecnologia 100%

Ivonne Delgadillo

Giraldo


Maria Amparo Ferreira

Faustino

Doutor Química

100%

Total do regime de

tempo

Total ETIs

4.2. Dados percentuais da equipa docente do ciclo de estudos (todas as percentagens

são sobre o nº total de docentes ETI) / Percentage data of the study cycle's academic

staff (all calculated ratios are per total academic staff number ETI):

4.2.1. Corpo docente próprio do ciclo de estudos / Study cycle's academic staff

Corpo docente próprio / Study cycle's academic staff Nº Percentagem*

Nº de docentes do ciclo de estudos em tempo integral na instituição

24 96

* - As percentagens são calculadas sobre o número total de docentes ETI.

4.2.2. Corpo docente do ciclo de estudos academicamente qualificado

Corpo docente academicamente qualificado Nº Percentagem*

Docentes do ciclo de estudos com o grau de doutor (ETI) 25 100%



4.2.3.Corpo docente do ciclo de estudos especializado

Corpo docente especializado Nº Percentagem*

Docentes do ciclo de estudos com o grau de doutor especializados

nas áreas fundamentais do ciclo de estudos (ETI)

25 100

Especialistas, não doutorados, de reconhecida experiência e

competência profissional nas áreas fundamentais do ciclo de

estudos (ETI) **

0 0


** - Especificar de acordo com o estipulado no Decreto-Lei n.º 115/2013, de 7 de Agosto, alínea ii) do art.º 3º.

4.2.4. Estabilidade do corpo docente e dinâmica de formação

Estabilidade e dinâmica de formação / Nº Percentagem*

Docentes do ciclo de estudos em tempo integral com uma ligação à

instituição por um período superior a três anos /

21 84

Docentes do ciclo de estudos inscritos em programas de

doutoramento há mais de um ano (ETI) /

0 0

Nota: os docentes com vínculo à instituição por um período inferior a três anos são elementos com elevada experiência científica e

académica associadas às áreas científica do PD e que se vincularam recentemente à Universidade de Aveiro.


4.3. Procedimento de avaliação do desempenho do pessoal docente e medidas para a

sua permanente atualização /Evaluation procedure for evaluating the performace

of teaching staff and measures for their continuous professional development (3000

caracteres)

O Estatuto da Carreira Docente Universitária, aprovado pelo Decreto-Lei n.º 205/2009,

de 31 de agosto, com as alterações da Lei n.º 8/2010, de 13 de maio, e o Estatuto da

Carreira Docente do Ensino Superior Politécnico, aprovado pelo Decreto-Lei n.º

207/2009, de 31 de agosto, com as alterações da Lei n.º 7/2010, de 13 de maio,

determinam, respetivamente, nos artigos 74.º-A e 35.º-A, que os docentes estão


sujeitos a um regime de avaliação de desempenho constante de Regulamento a aprovar

por cada instituição de ensino superior, ouvidas as organizações sindicais.

No cumprimento legal do acima exposto, a Universidade de Aveiro desenvolveu um

modelo de avaliação baseado na recolha exaustiva de dados relativos à atividade dos

docentes, associado a um processo amplamente participado para obtenção de

resultados rigorosos.

No âmbito da discussão do projeto de Regulamento foi ouvido o Conselho Científico,

promovida a discussão pública e ouvidas as organizações sindicais. O Regulamento foi

aprovado pelo Reitor e publicado em Diário da República a 16 de agosto de 2011 -

Regulamento n.º 489/2011. Através do sistema de avaliação desenvolvido é ponderado

um conjunto de indicadores, tendo em consideração as diferentes vertentes de serviço

dos docentes, ou seja: o ensino; a investigação, criação artística e produção cultural; a

cooperação e transferência de conhecimento; e a gestão universitária.

São múltiplos os intervenientes no processo, nomeadamente: os Avaliados, através do

fornecimento dos dados e informações a considerar no processo de avaliação; os

Diretores das Unidades Orgânicas de Ensino e Investigação, na audição dos Avaliados da

respetiva unidade, relativamente à fixação dos coeficientes de cada vertente,

considerados na definição dos próprios perfis, e a apresentação das propostas finais ao

Reitor, para validação; os Estudantes, através do Sistema de Garantia de Qualidade do

processo de ensino-aprendizagem; o Conselho Coordenador de Avaliação de

Desempenho da Universidade de Aveiro (CCADUA), no acompanhamento de todo o

processo; o Conselho Científico e o Conselho Pedagógico, através, designadamente, da

validação e ou supervisão de resultados; e o Reitor a quem incumbe supervisionar o

processo de avaliação.

Para a implementação do processo de avaliação foi desenvolvida uma plataforma

informática (padua.ua.pt), suportada por diversos sistemas de recolha de dados já

existentes na Universidade (PACO, SGQ) e outras bases de dados externas (ISI, SCOPUS).

Os sistemas de avaliação docente das três Escolas Superiores Agrárias, encontram-se

definidas nos seguintes diplomas: ESACB: Reg. Aval. Desemp. Pessoal Docente do IPCB,

Reg. nº 44/2012, publicado no DR, 2ª Série – Nº 25 de 3/2/2012; ESAC: Reg. Aval.

Desemp. Pessoal Docente do IPC, pelo despacho nº 9209/2010, publicado no Diário da

República, 2ª série, Nº 104, de 20/5/2010; ESAV: Reg. Aval. Desemp. Pessoal Docente

do IPV, Despacho n.º 14000/2012, publicado no DR, 2ª Série – Nº 208 de 26/10/2012.

The University Teaching Career Statutes, Decree-Law n.º 205/2009 of 31st August,

modified under Law n.º 8/2010 of 13th May, determine, in Articles 74-A and 35-A

respectively, that teaching staff are subject to the constant assessment of their activities

in accordance with the Regulations approved by each higher education institution after

consultation with the unions. In accordance with this legal requirement, the University

of Aveiro has developed an assessment model based on the exhaustive collection of data


relating to the activities of its staff, following a widely participated process which aimed

to achieve the most robust results possible. In the context of the discussion of the

Assessment Regulations project, the Scientific Council was heard, public discussion of the

project was promoted, and the unions were consulted. The Regulations were approved

by the Rector of the University and published in the Diário da República on 16th August

2011 - Regulation n.º 489/2011. The system of assessment developed takes into account

a number of indicators which cover the different dimensions of staff activities, namely:

teaching, research, artistic creation and cultural production, cooperation with society

and technology transfer, and university management.

Many people take part in the process. The members of staff being assessed provide the

data and information to be considered in the assessment process. The Directors of the

Departments and Schools consult with the assesses regarding the definition of the

coefficients of each dimension which will make up the profile of each staff member, and

present the finalized proposals to the Rector for validation. The students are also

involved in the process, through the Quality Assurance System, and the entire process is

monitored by The Coordinating Council for the Assessment of Performance in the UA.

The Scientific and Pedagogic Councils validate and/or supervise the results, and finally,

the Rector oversees the whole process.

An on-line platform was created specifically for the implementation of the assessment

process in the University of Aveiro (padua.ua.pt). This platform is supported by a number

of data retrieval systems which already exist in the UA (PACO – the academic Portal, SGQ

– the Quality Assurance System) and other data bases (ISI, SCOPUS).

The teaching evaluation systems of the three ESAs is defined by the following legal

diploma: ESACB: Regulation for the evaluation of teaching personnel performance at

IPCB, Regulamento nº 44/2012, published at DR, 2ª Série – Nº 25 of 3rd February 2012;

EASC: Regulation for the evaluation of teaching personnel performance at IPC, despacho

nº 9209/2010, published at Diário da República, 2ª série, Nº 104, of 20th May 2110; ESAV:

Regulation for the evaluation of teaching personnel performance at IPV, Despacho n.º

14000/2012, published at DR, 2ª Série – Nº 208 of 26th October 2012.


5. Descrição e fundamentação de outros recursos humanos e materiais /

Description and justification of other human and material resources

5.1. Pessoal não docente afecto ao ciclo de estudos / Non academic staff allocated to

the study cycle. (1000 caracteres)

- O DQ-UA tem 25 funcionários não docentes em tempo integral. Estes funcionários têm como

principal função garantir o bom funcionamento dos laboratórios, bem como a manutenção dos

equipamentos científicos. Estes incluem dois funcionários responsáveis pelo armazém de produtos

químicos e de material laboratorial, um soprador de vidro, um técnico de metalomecânica e dois

técnicos de contabilidade, bem como 4 técnicos superiores responsáveis pelos grandes equipamentos

científicos. O DBio tem 14 funcionários técnicos, administrativos e de apoio à gestão em regime de

tempo completo, cuja principal função é garantir o bom funcionamento dos laboratórios, e a

manutenção dos equipamentos científicos. O serviço de secretaria tem três funcionárias cujas tarefas

incluem: apoio administrativo aos Cursos do 1º, 2º Ciclo e doutoramento; preparação de

protocolos/acordos com as entidades de acolhimento no âmbito da UC Estágio; processamento

administrativo de provas de mestrado/doutoramento; organização de dossiers pedagógicos das UC;

registo contabilístico das despesas de investigação e ensino, e inventário do equipamento.

- DQ-UA has 25 administrative staff full time. These employees have the main function to ensure the

smooth running of classes and research laboratories, as well as the maintenance of scientific

equipment. The later, include two employees responsible for the storage of chemicals and laboratory

material, a glass blower a mechanical engineering technician and two accounting technicians and

senior technicians responsible for 4 major scientific equipment (XRD, NMR, MS and thermal analysis).

The Biology Department has 14 clerical staff (administrative and lab technicians) on a full-time basis.

Their main role is to ensure the smooth functioning of classes and research labs, and the maintenance

of scientific equipment. The departmental office has three employees whose duties include:

administrative support to the BSc, MSc and PhD; preparation protocols /agreements with host entities

within the 4th year stage; administrative processing of MSc/PhD dossiers; organization of teaching

dossiers; prepare proposals to the Depart Director for the human teaching resources management

and inclusion in the e-platform; accounting records of expenditure on research and teaching, and

inventory of equipment.


5.2. Instalações físicas afectas e/ou utilizadas pelo ciclo de estudos (espaços lectivos,

bibliotecas, laboratórios, salas de computadores, etc.) / Facilities allocated and/or

used by the study cycle (teaching spaces, libraries, laboratories, computer rooms,

etc.). (1000 caracteres)

A UA dispõe de uma biblioteca com 4800 m2 e o DQ tem 300 m2 de salas de aula, 80 m2

de salas de computadores, 100 m2 de salas de pós-graduados, 1000 m2 de laboratórios

de investigação e 300 m2 de salas de instrumentação.

O DBio possui 520m2 de salas de aula (incluindo 2 anfiteatros), 180 m2 de salas de

computadores, 560 m2 de laboratórios para aulas práticas, 630 m2 de laboratórios de

pesquisa e 150 m2 de salas de pós-graduados.

No DCM existem diversas salas de aula bem equipadas para seminários, aulas teórico-

práticas e aulas práticas, incluindo laboratórios de ensino e as infraestruturas típicas nas

instituições de ensino superior como as bibliotecas, salas de informática e outros.Os

laboratórios têm salas de investigação experimental devidamente equipadas para a

prática de ensino e investigação.

The UA provides a library 4800 m2 and the DQ -UA has 300 m2 of classrooms, 80 m2 of

computer rooms, 100 m2 of graduates post rooms, 1000 m2 of research laboratories and

300 m2 instrumentation rooms. DBio has 520 m2 of classrooms (including 2

amphitheatres), 180 m2 of computer rooms, 560 m2 of laboratories for practical

teaching, 630 m2 of research laboratories and 150 m2 of post-graduates’ rooms.

DCM has several well-equipped classrooms for seminars, theoretical and practical

lessons, including teaching laboratories. Also, all the typical infrastructures of higher

education institutions such as libraries, computer rooms and other exist.The

laboratories have experimental investigation rooms properly equipped for the practice

of teaching and research.


5.3. Indicação dos principais equipamentos e materiais afectos e/ou utilizados pelo ciclo

de estudos (equipamentos didácticos e científicos, materiais e TICs) / Indication of

the main equipments and materials allocated and/or used by the study cycle (didactic

and scientific equipment and materials and ICTs). (1000 caracteres)

O DQ está dotado de um dos mais avançados parques de instrumentação científica do

País. Nomeadamente, equipamentos de RMN, espectrometria de massa, análise

térmica, várias técnicas cromatográficas. Unidade de PSA, Unidade de reação em meio

supercrítico, microscópio de fluorescência, Sistema de Microfluídica e Electrospraying e

Biorreatores.

O Laboratório Associado de que fazem parte os docentes do DBio dispõe de uma

biblioteca viva de invertebrados marinhos e simbiontes microbianos, sistemas de

suporte de vida para a propagação de invertebrados marinhos, fotobiorreactores,

fluorómetros PAM, equipamento de PCR, unidades de análise de imagem, criadores de

gradiente e ultracongeladores, e permitem ainda o acesso às mais modernas técnicas

de microscopia.

O iBiMED tem salas especializadas para cultura microbiana e células de mamíferos. Para

microscopia tem um confocal e epifluorescência. Na componente genomica um

sequenciador de genoma (Ion Proton), ‘DNA microarray’, uma unidade de fenómica com

robos especializados e uma unidade de diagnostico molecular com citometria e RT-PCR.

The Chemistry department has one of the most advanced instrumentation parks of the

country. Particularly regarding Biotechnology, it is important to highlight the

equipments of NMR), mass spectrometry, thermic analysis, several techniques of

chromatography. PSA Unit, supercritical unit, fluorsesnce microscope, microfluidic

platform and Electrospraying and Bioreactors.

The Associated Laboratories to which the department belongs also allow the access to

the most modern microscopy techniques. DBio and the Associate Laboatory to which it

belongs has a living library of marine organisms and symbiotic microorganisms, life


support systems for marine invertebrates, photobioreactors, PAM florometers, PCRs,

image analysis unit, gradient makers, ultrafreezers.

The iBiMED has specialized rooms for mammalian and microbial cell culture. For

microscopy a confocal an epifluorescence microscope. For genomics work a genome

sequencer (Ion Proton), DNA microarray and phenomics facilities with specialized robots

and a molecular diagnostics unit, with citometry and RT-PCR.

MAPA VI / ANNEX VI - Atividades de formação e investigação / Education and research

activities

6.1. Centro (s) de Investigação, na área do ciclo de estudos, em que os docentes

desenvolvem a sua actividade científica / Research Centre(s) duly recognized in the

main scientific area of the new study cycle and its mark.

Centro de Investigação Classificação

(FCT)

IES Observações

CICECO-Instituto de Materiais de

Aveiro, Laboratório Associado

Excelente Universidade de Aveiro

iBiMED - Institute for Research in

Biomedicine

Excelente Universidade de Aveiro

CESAM-Laboratório Associado Excelente Universidade de Aveiro

QOPNA - Unidade de Investigação de

Química Orgânica, Produtos Naturais e

Agroalimentares

Bom Universidade de Aveiro

6.2. Mapa-resumo de publicações científicas do corpo docente do ciclo de estudos,

na área predominante do ciclo de estudos, em revistas internacionais com

revisão por pares nos últimos cinco anos (referenciação em formato APA) /

Number of the unit’s scientific publications, in the main area of the study cycle,

in international journals with peer review, in last five years.

(preenchimento automático a partir das fichas curriculares dos docentes) / Automatically Filled from Staff Curricular files


6.3. Lista dos principais projetos e/ou parcerias nacionais e internacionais em que se

integram as atividades científicas, tecnológicas, culturais e artísticas desenvolvidas

na área do ciclo de estudos / Indications of the main projects and/or national and

international partnerships where the scientific, technological, cultural and artistic

activities developed in the area of the study cycle are integrated. (1000 caracteres)

• ATLAS: Bioengineered autonomous cell-biomaterials devices for generating

humanised micro-tissues for regenerative medicine, (ERC-ADG – Advanced

Grant, 02/01/2015 – 01/01/2020)

• BLUETEETH: Marine Origin Biopolymers as Innovative Building Blocks from the

Sea for the Development of Bioresorbable Multilayered Membranes for Guided

Bone Regeneration, Marine Biotechnology ERA-NET (ERA-MBT, 01/01/2017 –

31/12/2019)

• ENBA: European Network of Bioadhesion Expertise: Fundamental Knowledge to

Inspire Advanced Bonding Technologies (COST Action, 21/10/2016- 20/10/2020)

• GENIALG - GENetic diversity exploitation for Innovative macro-ALGal biorefinery

(H2020) 01/01/2017 - 31/12/2020

• Enviphage - Environmental impacts on bacterial ecology of bacteriophage use in

aquaculture LIFE+ Environment proposal, 2014-2017

• HULK - Functional Chloroplasts inside Animal cells: cracking the puzzle (FCT),

2016-2019

• BBA (Blue BioAlliance – Rede Portuguesa para a Valorização dos Recursos

Biológicos Marinhos)

• EUALGAE: The European Network for Algal-Bioproducts: ESSEM COST ACTION

ES1408 (COST Action, 24/03/2015 - 23/03/2019)

• IF/00402/2015: Purification of R-Phycoerythrin from Red Macroalgae – from

photosynthesis to photovoltaics (01/11/2016 - 31/10/2021)

• SusPhotoSolutions: Sustainable Photovoltaic Solutions (Centro-45-2015-01, 01-

11-2016 – 31-10-2019)

• GFPurIL: Optimization and Scale-up of Novel Ionic-Liquid-based Purification

Processes for Recombinant Green Fluorescent Protein produced by Escherichia

coli (FCT/FAPESP 2014/19793-3, 01/10/2015 - 30/09/2018)

• Electrospun Nano-fibres for bio inspired composite materials and innovative

industrial applications (COST Action MP1206, 01/06/2013 – 31/05/2017)

• TEAMING-Discoveries CTR (H2020-WIDESPREAD-2014-1) – The discoveries

center for regenerative and precision medicine (01/04/2017 – 31/03/2014).

• AD-Blood-Assay, Blood based early and predictive diagnostic’s of Alzheimer’s

dementia. Diagnóstico precoce e preditivo na doença de Alzheimer baseado em

sangue Ref: PTDC/DTP-PIC/5587/2014 (1/06/2016 – 31/05/2019).


7. Atividades de desenvolvimento tecnológico e artísticas, prestação de serviços à

comunidade e formação avançada / Technological development, community

services and advanced training activities.

7.1. Descreva estas atividades e se a sua oferta corresponde às necessidades do

mercado, à missão e aos objetivos da instituição / Describe these activities and if

they correspond to market needs and to the mission and objectives of the

institution (1000 caracteres)

Colaborações com empresas nacionais e internacionais nacionais, incluindo a Hovione,

Crioestaminal, AlgaPlus, Merck e P&G, bem como com entidades clínicas (Hospital

Infante D. Pedro, Aveiro). De destacar a colaboração com diversas empresas do Biocant,

que permitem o estabelecimento de sinergias academia-indústria na Região Centro de

Portugal. Incluem-se ainda colaborações com institutos de investigação nacionais como

o IPO-Porto e Instituto Gulbenkian de Ciência, e diversos grupos de investigação

pertencentes a universidades nacionais como o a Universidade Nova de Lisboa,

Universidade de Coimbra, Universidade do Porto, a Universidade de Lisboa, a

Universidade do Minho e a Universidade da Beira Interior. Colaborações internacionais

que se destacam na investigação e desenvolvimento biotecnológico, como o

Massachusetts Institute of Technology (MIT, EUA), Karlsruhe Institute of Technology

(KIT, DE) e o Grenoble INP (FR).

Collaboration with the national and international companies, including Hovione,

Crioestaminal, AlgaPlus, Merck and P&G, as well as with clinical entitities (Hospital

Infante D. Pedro, Aveiro). Also, there are established collaborations with Biocant

companies, which allows the exploitation of academia-industry synergies in the Center

Region. Collaboration with national research institutes (IPO-Porto and Instituto

Gulbenkian de Ciência) and several research groups belonging to national universities

such as the University of Lisbon, University of Coimbra, University of Porto, Nova

University of Lisbon, the University of Minho and the University of the Beira Interior.

International collaborations with institutions with relevant role on biotechnological

research and development, including the Massachusetts Institute of Technology (MIT,

EUA), Karlsruhe Institute of Technology (KIT, DE) and the Grenoble INP (FR).


8. Enquadramento na rede de formação nacional da área (ensino superior público) /

Compatibility with the national education area (public higher education)

8.1. Avaliação da empregabilidade dos graduados por ciclo de estudos similares com

base nos dados do Ministério da Economia / Evaluation of the graduates' foreseen

employability based on MTSS data. (1000 caracteres)

Devido à inexistência de programas doutorais semelhantes na oferta formativa das

Universidades portuguesas, a análise da empregabilidade dos diplomados em

Biotecnologia não poderá ser detalhada nesta fase. A UA possui oferta formativa na área

da Biotecnologia a nível de cursos dos 1º e 2º ciclos. Uma análise por aproximação

poderá ser útil na análise da potencial empregabilidade do PD em Biotecnologia. A nível

de 1º ciclo, nos anos letivos de 2008/2009 a 2010/2011, a empregabilidade dos

estudantes da licenciatura em Biotecnologia foi de 75% (“Observatório do Percurso

Socioprofissional dos Diplomados da Universidade de Aveiro”, 2014). No entanto, 50%

da amostra prosseguiu a sua carreira profissional numa área em outro setor de

atividade. A maioria desta amostra prosseguiu ainda os estudos (26 indivíduos em 30).

Os dados recolhidos nos mesmos anos letivos para o Mestrado em Biotecnologia da UA

mostram uma empregabilidade total de 91%, com 82% destes indivíduos trabalhando

em setores de atividade relacionado.

Due to the lack of similar doctoral programs in the pedagogic offer of the Portuguese

Universities, an employment analysis of the Biotechnology graduates cannot be detailed

at this stage. UA has 1st and 2nd cycle Biotechnology courses. An approximated analysis

may be useful to predict the employment potential of a doctoral program in this field.

Regarding the 1st cycle course in Biotechnology, in the curricular years 2008/2009 to

2010/2011, the employability of the graduates in this course was of 75% (data from

“Observatório do Percurso Socioprofissional dos Diplomados da Universidade de

Aveiro”, 2014”). However, only 50% had a career related to Biotechnology. The majority

of these individuals (26 out of 30) proceeded to 2nd cycle studies. Data collected in the

same curricular years for the 2nd cycle of studies in Biotechnology in the UA showed a


total employability of 91%, with 82% of the graduates with jobs in areas related to their

field of study.

8.2. Avaliação da capacidade de atrair estudantes baseada nos dados de acesso (DGES)

/ Evaluation of the capacity to attract students based on access data (DGES). (1000

caracteres)

A UA dispõe de oferta formativa a nível de 1º e 2º ciclos de estudos na área da

Biotecnologia, pelo que os diplomados nestes cursos são estudantes com potencial

interesse no PD aqui proposto. A ausência de um PD na área específica da Biotecnologia

com ênfase nas áreas de elevado reconhecimento da UA, como a Biotecnologia

Industrial, Médica e Marinha, colmatarão um défice na oferta formativa nacional a nível

do 3º ciclo, que será, muito provavelmente, do interesse dos diplomados nos 1º e 2º

ciclos nesta área. Outra oferta formativa como as licenciaturas e mestrados em

Bioquímica, Biologia, Química, Engenharia Biomédica e Ciâncias Biomédicas disponíveis

na UA serão também uma fonte de potenciais interessados neste PD. Outras

Universidades nacionais, bem como internacionais, apresentam ofertas formativas

similares às indicadas anteriormente, consitituindo também uma fonte de potenciais

interessados no PD em Biotecnologia.

The UA offers 1st and 2nd cycle courses in Biotechnology. The graduates from these

courses constitute a cohort with potential to pursue doctoral training in Biotechnology.

The lack of a doctoral program in the specific field of Biotechnology, with emphasis in

areas of particular success in UA (such as Industrial, Marine and Medical Biotechnology),

will fill a gap in the current national offer of 3rd cycle in this specific field which will, most

probably, raise the interest of these 1st and 2nd cycle graduates in Biotechnology.

Another training programs available at the UA, such as bachelor and master degrees in

Biochemistry, Biology, Chemistry, Biomedical Engineering and Biomedical Sciences are

also sources of potential candidates for the Doctoral Program in Biotechnology. Other

national and international Universities have ongoing 1st and 2nd cycle courses similar to


the ones described previously, representing sources of potential future students of the

doctoral program presented here.

8.3. Lista de eventuais parcerias com outras instituições da região que leccionam ciclos

de estudos similares / List of eventual partnerships with other institutions in the

region teaching similar study cycles. (1000 caracteres)

Não existe oferta de ciclos de estudos similares na Região Centro. Não existe também

no país qualquer programa doutoral em Biotecnologia que abranja todas as vertentes

do proposto para a UA: Industrial, Marinha e Médica. Este programa é, como tal,

inovador por agregar o conhecimento da UA em áreas diversificadas dentro do tema

Biotecnologia, estabelecendo uma oferta formativa inédita no país.

There are no similar programs offered in the Portuguese Center Region. There is no

national offer on doctoral programs on Biotechnology including all the scientific

branches of the doctoral program for the UA proposed here: Industrial, Marine and

Medical. Consequently, this program is innovative as it aggregates the know-how of the

UA in diversified fields within Biotechnology, establishing an unprecedented training

action in the country.

9. Fundamentação do número total de créditos ECTS do ciclo de estudos / Justification

of the total number of ECTS of the new study cycle

9.1. Fundamentação do número total de créditos ECTS e da duração do ciclo de estudos,

com base no determinado nos artigos 8.º ou 9.º (1.º ciclo), 18.º (2.º ciclo), 19.º

(mestrado integrado) e 31.º (3.º ciclo) do Decreto-Lei n.º 74/2006, de 24 de Março. /

Justification of the total number of credit units and of the duration of the study cycle,

based on articles no.8 or 9 (1st cycle), 18 (2nd cycle), 19 (integrated master) and 31

(3rd cycle) of Decreto-Lei no. 74/2006. (1000 caracteres)

A área de estudo em Biotecnologia requer conhecimentos diversificados devido à sua

abrangência vasta em termos de aplicações. Os estudantes deverão obter

conhecimentos em áreas gerais da bioquímica, biologia marinha e ciências médicas,

bem como conhecimentos específicos concordantes com o ramo no qual desenvolverão

o seu trabalho de Tese. Esta formação, juntamente com os conhecimentos requeridos


para a sua admissão ao programa, deverá permitir a execução de trabalho científico em

ambiente laboratorial ou empresarial. A elevada especificidade de cada ramo justifica a

realização das 3 unidades curriculares (UC) propostas, incluindo duas UC de escolha

optativa (6 por UC): uma UC escolhida dentro da oferta formativa do ramo do PD, e

outra UC escolhida dentro da oferta formativa do PD geral; e uma UC livre considerando

a oferta formativa total de UC do 3º ciclo da UA (6 ECTS), bem como uma UC de

Seminários (12 ECTS). Exige-se também a apresentação de um Projeto de Tese (30 ECTS)

no final do primeiro ano que se será complementado pela elaboração de uma tese

original em simultâneo e nos dois anos seguintes (120 ECTS). A aprovação em ato

público da tese configurará o grau de Doutor.

The Biotechnology field requires diversified knowledge due to its wide range of

application. Students must acquire know-how in general fields of biochemistry, marine

biology and medical sciences, as well as specific knowledge on the branch in which they

will develop their thesis work. This training, along with the previous knowledge required

for students’ acceptance in the doctoral program, should allow the performance of

scientific work in laboratorial or entrepreneurial environment. The high specificity of

each branch justifies 3 course units, including two general course units (6 ECTS per

course unit): one course unit selected from the specific branch of the PD offer, and

another one from the whole PD offer; and one free unit course considering all 3rd cycle

courses from UA (6 ECTS), as well as one Seminars course unit (12 ECTS). The students

must also present a Thesis Project (30 ECTS) in the end of the first year, which will be

complemented by the preparation of an original thesis simultaneously, and during the

two following years (120 ECTS). The approval of the thesis in the public act sets the

degree of Doctor.

9.2. Metodologia utilizada no cálculo dos créditos ECTS das unidades curriculares /

Methodology used for the calculation of ECTS credits. (1000 caracteres)

Para que se possa fazer uma oferta pedagógica transversal a outros Programas

Doutorais, três das quatro UC (UC livres) adotarão um número fixo de 6 ECTS. A UC anual

(Seminários) terá um número fixo de 12 ECTS. Os conteúdos de cada UC, bem como a


respetiva carga de trabalho total, foram alocados tendo em conta a respetiva limitação

de ECTS. Esta distribuição teve também em conta que o aluno consiga atingir de modo

razoável os objetivos de aprendizagem e aquisição de competências correspondentes

durante a duração das UC. As horas de contacto direto de cada UC serão reduzidas tendo

em conta que são parte de um programa do 3º ciclo.

Methodology used for the calculation of ECTS credits: To be able to make a transversal

pedagogic offer, amenable to be used by other doctoral programs, three of the four

course units (free courses) will adopt a fixed number of 6 ECTS. The annual course unit

(Seminars) will have a fixed number of 12 ECTS. The content of each course unit, as well

as its total workload, were allocated considering the respective limitation of ECTS. This

distribution also accounted for the successful goal reaching of the students, considering

learning objectives and respective skills acquisition during the course units’ timeframe.

Due to the nature and level of a 3rd cycle, most curriculum units only contemplate a

limited number of direct contact time.

9.3. Forma como os docentes foram consultados sobre a metodologia de cálculo do

número de créditos ECTS das unidades curriculares / Indication of the way the

academic staff was consulted about the method for calculating the credit units. (1000

caracteres)

A definição dos ECTS das unidades curricularres enquadra-se nas práticas aceites e

estabelecidas na Universidade de Aveiro. Todos os envolvidos foram ouvidos sobre o

número de ECTS correspondentes a cada UC. O planeamento dos respetivos programas

foi desenvolvido em equipa.

The definition of the ECTS in the disciplines fits in the well accepted and established

standards of University of Aveiro. All involved staff was informed about the ECTS number

corresponding to each course unit. The planning of the programs of the curriculum units

was developed in a teamwork strategy.

10. Comparação com ciclos de estudos de referência no espaço europeu / Comparison

with European study cycles of reference


10.1. Exemplos de ciclos de estudos existentes em instituições de referência do Espaço

Europeu de Ensino Superior com a duração e estrutura semelhantes à proposta /

Examples of study cycles offered in reference institutions of the European Area of

Higher Education with similar duration and structure to the proposed study cycle. (1000 caracteres)

1. Programa doutoral em Biotecnologia e Ciências Biológicas – Universidade de Nottingham, Reino Unido

2. Programa Doutoral em Biotecnologia Molecular e Celular Aplicada às Ciências da Saúde – Universidade do Porto, Portugal

3. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade de Newcastle, Reino Unido 4. Programa Doutoral em Biotecnologia e Biociências, Instituto Superior Técnico,

Lisboa, Portugal

5. Programa Doutoral em Biotecnologia e Bioengenharia, École Polytechnique

Fédérale de Lausanne, Lausana, Suíça

6. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade Católica de Portugal, (Escola

Superior de Biotecnologia) Porto

7. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade Autónoecoma de Barcelona

8. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade de Cambridge, Reino Unido

10.2. Comparação com objetivos de aprendizagem de ciclos de estudos análogos

existentes em instituições de referência do Espaço Europeu de Ensino Superior /

Comparison with the intended learning outcomes of similar study cycles offered in

reference institutions of the European Area of Higher Education. (3000 caracteres)

O programa doutoral aqui proposto apresenta destaque e inovação relativamente aos

programas doutorais nacionais existentes. Nomeadamente, os programas doutorais

apresentados pela Universidade do Porto, Instituto Superior Técnico e Universidade

Católica do Porto apresentam fortes competências a nível da Biotecnologia Industrial e

na Saúde, não explorando, no entanto, a componente de Biotecnologia Marinha. Não

obstante, esta última merece especial atenção dado que a utilização de recursos

naturais de origem marinha tem mostrado grandes avanços no desenvolvimento de

compostos biotecnológico com potenciais aplicações tanto na área médica como

ambiental. Deste modo, o programa de doutoral aqui apresentado sobressai dos

programas doutorais nacionais da mesma categoria estando ao nível de programas

doutorais de renome Europeus. Uma lista detalhada com informação nacional e

internacional é abaixo apresentada.

Nacional:


1. Programa Doutoral em Biotecnologia Molecular e Celular Aplicada às Ciências

da Saúde – Universidade do Porto, Portugal

Apesar de completo e com uma forte componente hospitalar e industrial o programa

não contempla a parte Marinha que o programa por nós proposto apresenta.

2. Programa Doutoral em Biotecnologia e Biociências, Instituto Superior Técnico,

Lisboa, Portugal

Apesar da implementação de empreendedorismo e das inovações no campo da

Biotecnologia Industrial e da Biotecnologia ligada à Saúde, o programa não contempla a

área de Biotecnologia Marinha.

3. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade Católica de Portugal,

(Escola Superior de Biotecnologia) Porto

O programa doutoral não contempla formação específica na área da biotecnologia

médica.

Outros países do espaço europeu

4. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade de Newcastle, Reino Unido

A presente proposta de programa Doutoral aproxima-se da visão do programa Doutoral

em Biotecnologia da Univ. de Newcastle, procurando estimular o desenvolvimento de

compostos biotecnológicos quer de aplicação médica quer de aplicações ambientais,

mas fortemente orientado para o desenvolvimento à larga escala procurando cobrir

ainda o sector de Biotecnologia à escala Industrial.

5. Programa Doutoral em Biotecnologia, Univ. de Cambridge, Reino Unido

O programa doutoral da Universidade de Cambridge com o seu carácter fortemente

ligado à Engenharia Química apresenta ainda como lacuna a falta de uma componente

de Biotecnologia Marinha por forma a dar maior suporte no caminho da

sustentabilidade.

6. Programa Doutoral em Biotecnologia e Bioengenharia, Ecole Polytechnique

Fédérale de Lausana, Lausana, Suíça

Programa doutoral forte na área da biotecnologia médica sem, no entanto, focar as

áreas Industrial e Marinha que a presente proposta pretende abordar.


7. Programa Doutoral em Biotecnologia, Universidade Autònoma de Barcelona

Apesar de completo e com uma forte componente industrial, o programa não contempla

a parte Marinha que o programa aqui proposto apresenta.

EN

The doctoral program herein proposed highlights and innovates from the already

existent national doctoral programs. Particularly, the doctoral programs from Porto

University, IST and Catholic University of Porto present strong competences regarding

Industrial and Health related Biotechnology, not exploring, however, any Marine related

Biotechnology. Nevertheless, this last one is entitled to special attention given the fact

the natural resources from marine origins have been showing impactful progresses in

the developments of biotechnological compounds with potential applications both in

the medical and environmental fields. In this regard, the doctoral program herein

proposed outstands from the national ones from the same category, closely matching

European renown ones. A detailed list with national and international information is

presented below:

National

1. Doctoral Program on Cellular and Molecular Biotechnology Applied to Health

Sciences (BiotechHealth), Porto University

Although complete and strongly linked to both hospitals and industry, this doctoral

program does not include the Marine Biotechnological path that the program herein

proposed presents.

2. Doctoral Program in Biotechnology and Biosciences, IST, Lisbon, Portugal

Despite the implementation of entrepreneurship and innovations in the field of

Industrial Biotechnology and Medical Biotechnology, the Ph.D. program does not

include the sub-area of Marine Biotechnology


3. Doctoral Program in Biotechnology, Universidade Católica de Portugal, (Escola

Superior de Biotecnologia) Porto, Portugal

The doctoral program does not consider the specific training in the medical

biotechnology field.

International

4. Doctoral Program in Biotechnology, Newcastle University, United Kingdom

The Ph.D. program herein proposed is quite similar to this Ph.D. program in

Biotechnology from Newcastle University, looking forward to stimulate the

development of new biotechnological compounds either for medical applications or to

environmental ones, but strongly oriented for a scale up development expecting to

further cover the Biotechnological sector at the industrial level.

5. Doctoral Program in Biotechnology, University of Cambridge, United Kingdom

The doctoral Program from the University of Cambridge with is character strongly linked

to Chemical Engineering still lacking a Marine Biotechnological component in order to

support their path towards sustainability.

6. Doctoral Program in Biotechnology and Bioengineering, Ecole

EcolePolytechnique Fédérale of Lausanne, Lausanne, Switzerland

Doctoral programme with a strong component on medical biotechnology, lacking

Industrial and Marine branches, suggested in the programme presented herein.

7. Doctoral Program in Biotechnology, Universitat Autònoma de Barcelona

Although complete and with a strong industrial character, the Ph.D does not include the

Marine Biotechnological sub area that the program for us presented displays.

11. Estágios e/ou Formação em Serviço / In-service Training

11.1. Locais de estágio e/ou formação em serviço (quando aplicável) / in-service

training places (If applicable)


Protocolos específicos com as entidades onde os estudantes completam a sua

formação. Nos ciclos de estudos que conferem habilitação profissional para a

docência os protocolos devem conter prova do cumprimento dos requisitos

previstos Artigo 22.º do Decreto-Lei 79/2014, de 14 de maio. (1 PDF do protocolo

por entidade) / Indication of the in-service training places. Specific protocols with

the entities where the students complete their degree. Study cycles conferring

qualification for teaching must include proof of compliance with articles Article 22

of Decree Law 79/2014, May 14th (1 PDF per entity).

Não aplicável. Non applicable.

MAPA VII / ANNEX VII – Protocolos de Cooperação / Cooperation Protocols

11.1.1. Entidade onde os estudantes completam a sua formação / Entity where the

students complete their education:


11.1.2. Protocolo (PDF, máx. 100kB) / Protocol (PDF, max. 100kB):

Anexar ficheiro PDF / Attach PDF file


MAPA VIII / ANNEX VII

Plano de distribuição de estudantes / Student distribution plan

11.2. Plano de distribuição dos estudantes pelos locais de estágio e/ou formação em

serviço demonstrando adequação dos recursos disponíveis/ Students’ training places

allocation plan

(PDF, máx. 100kB)/ (PDF, max. 100kB)

Documento com o planeamento da distribuição dos estudantes pelos locais de estágio

e/ou formação em serviço demonstrando a adequação dos recursos disponíveis /

Document with the planning of the distribution of students by in-service training

places demonstrating that the available resources are sufficient.


11.3. Recursos próprios da instituição para o acompanhamento efetivo dos seus

estudantes nos estágios e/ou períodos de formação em serviço / Indication of the

institution's own resources to effectively follow its students during the in-service

training periods. (1000 caracteres)

Não aplicável/Non applicable.


MAPA IX / ANNEX IX - Normas para a avaliação e seleção dos elementos das

instituições de estágio e/ou formação em serviço responsáveis por acompanhar os

estudantes / Norms for the selection and evaluation of the external supervisors for in-

service training periods.

11.4. Orientadores cooperantes / External supervisors responsible for following the

students’ activities.

11.4.1 Mecanismos de avaliação e seleção dos orientadores cooperantes de estágio

e/ou formação em serviço, negociados entre a instituição de ensino superior e as

instituições de estágio e/ou formação em serviço (PDF, máx. 100kB) / Norms for

selecting and evaluating the members of training institutions responsible for

supervising student activities (PDF, max. 100kB).


MAPA X / ANNEX X - Orientadores cooperantes de estágio e/ou formação em serviço

/ External supervisors responsible for accompanying student activities

11.4.2. Orientadores cooperantes de estágio e/ou formação em serviço (obrigatório

para ciclo de estudos de formação de professores) / External supervisors responsible for

following accompanying students’ activities (only for teacher training study cycles).

Nome /

Name

Instituição ou

estabelecimento

a que pertence /

Institution

Categoria

Profissional /

Professional Title

Habilitação

Profissional /

Professional

qualifications

Nº de anos de

Serviço /

Nº of working

years

12. Análise SWOT do ciclo de estudos / SWOT Analysis

A instituição produz uma análise sucinta mas crítica das forças e fraquezas e das

oportunidades e constrangimentos, justificando a apresentação do pedido/The

institution must present a short but critical analysis of the strong and weak points,

opportunities and threats that justify the request

12.1. Pontos fortes / Strengths (1000 caracteres)


- Alinhamento com a estratégia de desenvolvimento científico/tecnológico da

Universidade de Aveiro, concretizada através das unidades de investigação e da Escola

Doutoral.

- O PD vai colmatar um deficit de oferta formativa avançada em Portugal no campo da

Biotecnologia, num momento em que a UE aposta nesta área estratégica.

- Fomento de formação avançada em estreita colaboração com grupos de investigação

internacionais reconhecidos, com a ligação a redes nacionais e internacionais.

- Os estudantes beneficiarão da existência de infraestruturas avançadas únicas no país.

- Os estudantes serão integrados em Unidades de Investigação com atividade

demostrada na área da Biotecnologia.

- Excelente relação entre os proponentes e empresas biotecnológicas, incluindo a

Hovione, Crioestaminal, AlgaPlus, Merck e P&G, bem como com entidades clínicas

(Hospital Infante D. Pedro, Aveiro).

- Acordo firmado entre a UA, a Câmara Municipal de Aveiro, a Universidade Nova de

Lisboa, a Administração Regional de Saúde do Centro, e o Centro Hospitalar do Baixo

Vouga (“Memorando de entendimento mais conhecimento melhor saúde em Aveiro”),

potenciando novos projetos e parcerias.

- The DP is aligned with scientific/technological development strategies of the Research

Units in the Doctoral School of UA.

- The doctoral program will mitigate the deficit in advanced training in Biotechnology in

Portugal, in a moment that the EU is investing in this strategic area.

- Development of an advanced training action in close collaboration with well-known

international research groups with established collaborations with national and

international networks.

- The students will benefit from unique advanced infrastructures in Portugal.


- The students will be integrated in Research Units with well-proved activity in the

Biotechnology.

- Excellent interactions between the proponent and Biotechnology companies, such as ,

Hovione, Crioestaminal, AlgaPlus, Merck e P&G, as well clincal institutions (Hospital

Infante D. Pedro, Aveiro).

- Recent agreement among UA, Aveiro Municipality, Universidade Nova de Lisboa,

Administação Regional de Saúde do Centro and Centro Hospitalar do Baixo Vouga

(memorandum of understanding of more knowledge more health in Aveiro), which will

potentiate new projects and partnerships.

12.2. Pontos fracos / Weaknesses (1000 caracteres)

- Apesar da sua grande experiência em investigação científica, os grupos de investigação

associados ao PD têm uma experiência limitada na implementação industrial e clínica de

soluções desenvolvidas laboratorialmente.

- Os proponentes apresentam uma taxa reduzida de registo de patentes e de proteção

da propriedade intelectual desenvolvida nas suas atividades de investigação quando

comparado com outros grupos congéneres a nível internacional.

- The research groups associated to the DP have a limited experience in the industrial

and clinical implementation of solutions developed in the laboratory, although their high

quality of the scientific research.

- The proponents present a low rate of patents registration and of intellectual property

protection developed under their research activities when compared with other similar

international research groups.

12.3. Oportunidades / Opportunities (1000 caracteres)


- A estratégia de especialização inteligente (RIS3) nacional define diferentes áreas de

intervenção prioritárias alinhadas com este PD, nomeadamente: Agro-alimentar;

Economia do Mar; Floresta; Saúde; Tecnologias de Produção e Indústria de Processo e

Tecnologias de Produção e Indústria de Produto.

- O Compete 2020 e Centro 2020 são uma forte possibilidade de suporte financeiro e

de apoio à empregabilidade/empreendedorismo de doutorados.

- Excelente relacionamento com os hospitais, centros de saúde e bio-indústrias

relacionadas com a Economia Azul e de Biotecnologia Industrial.

- Protocolo de colaboração com a Fundação Oceano Azul que visa a valorização

sustentável dos recursos marinhos.

- Ligação através de atividades conjuntas de investigação ao Biocant (Cantanhede),

reconhecido pela presença de um elevado número de empresas que atuam na área da

Biotecnologia.

- Oportunidade para empresas nacionais que operam nas áreas de atividade deste PD

recrutarem profissionais altamente qualificados.

- The regional national strategy (RIS3) of the Center region defines different intervention

areas which are priority and perfectly aligned with this DP, namely: Agro-food; Sea

Economy; Forest; Health; Technologies of production and industry of the process, and

Technologies of Production and Industry of the Product.

- Compete 2020 and Centro 2020 are a strong possibility for financial support and for

employability and entrepreneurship of PhD.

- Excellent relationship with regional hospitals and health centers, as well as with bio-

industries connected with Sea Economy and Industrial Biotechnology.

- Protocol of cooperation with Fundação Oceano Azul which intends to value marine

resources with sustainability.


- Strengthen the connection with Biocant (Cantanhede), a well-known industrial cluster

with a high presence of biotechnological companies.

- Opportunity for national companies with activity in the fields of this DP to hire highly

qualified professionals.

12.4. Constrangimentos / Threats (1000 caracteres)

- A situação financeira instável que se vive em Portugal e que condiciona o

financiamento das unidades de investigação e estudantes de doutoramento, bem como

as decisões de investimento das empresas em I&D.

- A falta de previsibilidade e de organização das agências financiadoras na abertura de

concursos, bem como a instabilidade dos seus regulamentos e a burocracia do sistema

a nível de gestão de projetos.

- A emigração expressiva de jovens mestres e doutores altamente qualificados a que o

País tem assistido no passado recente e que compromete o funcionamento das

empresas no médio/longo prazo.

- Projeto num sector exigente dadas as pontes a serem estabelecidas entre o sector

universitário e o tecido empresarial e ainda um desafio sensível dada a relevância para

a saúde humana.

- O envelhecimento dos docentes universitários e a limitada renovação dos quadros

docentes das universidades.

- The unstable financial situation that currently exists in Portugal and that constrains the

financing of the research units and PhD students, as well as the decisions of investment

of the companies R&D.

- The lack of predictability and organization of the financing agencies in the opening of

the calls, as well as the instability of their regulations and bureaucracy of the system

regarding projects management.


- The relevant emigration of young Masters and PhD highly qualified that has been

observed in Portugal and that compromises the functioning of the companies at a

medium/long-term.

- Project in a demanding sector giving the bridges that need to be established between

the university sector and the business structure as well as the sensible challenge due to

the relevance to human health.

- The ageing of the university teachers and the limited renovation of the teaching staff

of the universities.

12.5. CONCLUSÕES / CONCLUSIONS (3000 caracteres)

Este projeto de formação avançada situa-se num sector fundamental para a economia

portuguesa, que exige uma profunda transformação/evolução nas suas competências

tecnológicas e filosofia de desenvolvimento. Tal só poderá acontecer com a formação e

integração nas empresas de quadros tecnicos superiores que possuam as competências

e conhecimentos necessários para dinamizar o crescimento relativamente a inovação.

A biotecnologia é uma área onde as disciplinas básicas e aplicadas convergem com o

objetivo de desenvolver novas abordagens.

Este PD tem como objetivo reunir o conhecimento de várias unidades orgânicas na UA

para treinar cientistas/ investigadores capazes de irem para além da academia. A equipa

docente proposta para este PD é composta por investigadores experientes e com linhas

de investigação bem estabelecidas na UA nas sub-áreas da Biotecnologia incluídas neste

programa doutoral. A comprovar a competitividade nacional e internacional da UA na

área da Biotecnologia podem referir-se (i) as infraestruturas exclusivas a nível nacional

para estudos na área da Biotecnologia Marinha que permitem elevada reprodutibilidade

sem risco “perda de fonte”, (ii) o elevado número de parcerias com empresas e

estabelecimento de várias colaborações académicas internacionais bem consolidadas e

(iii) na área da Biotecnologia Médica, iniciativas decorrentes para a consolidação de

oferta formativa na área da Medicina na UA e a interação com o setor clínico local


(através do recentemente assinado “Memorando de entendimento mais conhecimento

melhor saúde em Aveiro”).

A nossa abordagem curricular é original e atende às necessidades especificas da área

(com atenção dirigida para cada um dos ramos abordados). No contexto deste programa

doutoral oferecemos não só um núcleo de cursos de pos-graduação, mas também um

leque de opções para carreiras alternativas. Neste sentido, pretendemos educar e

inspirar uma nova geração de cientistas com um forte conhecimento em áreas

fundamentais para que eles possam desenvolver uma visão mais ampla e a sua aplicação

a vários sectores na industria e saúde. Tal vai permitir-lhes desenvolver competências

sólidas para desenvolver uma carreira académica e não-académica. Apesar de existirem

algumas fraquezas e ameaças, elas estão bem caracterizadas e identificadas e a análise

SWOT permite-nos verificar que este programa possui um grande potencial e forças

consideráveis que garantem a sua viabilidade e sucesso.

This advanced training course is placed in a fundamental sector for national economy,

which demands a profound transformation/evolution in their technological

competences and philosophy of the development. This can only happen with the

training and integration in the companies of superior technical staff that present the

necessary skills and knowledge to boost the growth relatively to the innovation.

Biotechnology in an area in which the basic and applied disciplines converge with the

aim of develop new approaches.

This DP has the goal of collecting the knowledge of several organic units from University

of Aveiro to train scientists/researchers able to go behind the academy. The proposed

teaching team for this DP consists of experienced researchers with well-established

Biotechnology research lines developed in the UA, in accordance with the three

different branches proposed here – Marine Biotechnology, Industrial Biotechnology and

Medical Biotechnology. The national and international competitiveness of UA in the

Biotechnology field is well proved by (i) the exclusive and unique infrastructures at a

national level that allow high reproducibility and eliminate the risk “loss of biological

source” in the Marine Biotechnology branch; (ii) the large number of well-established


long-term collaborations and partnerships with the industry and international academic

groups; and (iii) in the Medical Biotechnology field, the current initiative to consolidate

and improve the training opportunities in the medical fields in the UA, as well as the

interaction with the local clinical sector.

Our curricular approach is original and answers to the specific necessities of the area

(paying attention to each of the proposed branches). In the context of this DP, we offer

not only a core of post-graduation courses, but also a variety of options to alternative

careers. Following this, we intend to educate and inspire a new generation of scientists

with a strong knowledge in fundamental areas in order for them to develop a broader

vision and their application to several sectors of the industry and health. This will allow

them to develop solid skills to potentiate an academic and non-academic career.

Nevertheless, the weaknesses and threats, they are well identified and the SWOT

analysis allows us to check that this program has great potential and considerable

strengths that ensures its viability and success.


Mapa 1 – Ficha da unidade curricular

6.2.1.1. Unidade curricular

(100 carateres)

Processos Biotecnológicos de Conversão da Biomassa

Biotechnological Processes for Biomass Conversion

6.2.1.2 Docente responsável e respetivas horas de contacto na unidade curricular (preencher o

nome completo)

(1000 caracteres)

Ana Maria Rebelo Barreto Xavier 30 T

6.2.1.3.Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular

(1000 caracteres)

6.2.1.4 Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a

desenvolver pelos estudantes) (1000 caracteres)

Proporcionar conhecimentos relativos às matérias primas renováveis que possam ser utilizadas como

substrato pelas enzimas e/ou culturas de microrganismos, e respetivas condições experimentais que

permitam desenvolver bioprocessos com potencial aplicação industrial. Proporcionar conhecimento

sobre os bioprocessos industriais já implementados com base em recursos renováveis. Promover

discussão sobre processos integrados de acordo com o conceito de biorrefinaria de modo a minimizar

os resíduos e a rentabilizar processos e bioprocessos sustentáveis. No final da UC, o aluno deve

identificar as potencialidades da matéria-prima em estudo e propor processos biotecnológicos que

utilizem matérias-primas renováveis como solução sustentável do ponto de vista tecnológico e

ambiental como alternativa aos processos baseados em matérias-primas de origem fóssil.

This course aims at providing knowledge related to renewable raw materials that can be used as

substrate for enzymes and / or cultures of microorganisms, and experimental conditions to develop

bioprocesses with potential industrial application. Providing knowledge about industrial bioprocesses

already implemented based on renewable resources. Promoting thinking on integrated processes

according to the biorefinery concept to minimize waste and valorize processes and sustainable

bioprocesses.


At the end of the Course, the student should be able to:

Identify the potentialities associated with renewable raw materials with its short renewal cycle as

future prospects. It is intended that students propose processes based on renewable biomass as a

solution to the sustainability of the technology and the environment as alternatives to processes

based on fossilized materials.

6.2.1.5. Conteúdos programáticos (1000 caracteres)

1. Conceitos e fundamentos em microbiologia/biotecnologia

1.1. Micorganismos e enzimas como agentes de conversão de biomassa: Bactérias, fungos

incluindo leveduras e microalgas.

1.2. Culturas líquidas em suspensão, culturas submersas e fermentação em fase sólida

1.3. Culturas puras e culturas mistas

1.4. Vias Metabólicas principais

2. Enzimas, produção e aplicações industriais.

2.1. Cinética enzimática, actividade catalítica

2.2. Imobilização de enzimas

3. Bioprocessamento de ácidos orgânicos, amino-ácidos e álcoois para diferentes tipos de

aplicações: materiais, biocombustíveis, alimentos e fármacos - exemplos.

4. Bioprocessos para a produção de biopolímeros (pululano, xantano, poli-hidroxi-alcanoatos)

5. Bioprocessos para a produção de surfactantes e proteína microbiana - exemplos.

1. Concepts and basics in microbiology / biotechnology

1.1. Microorganisms and enzymes as biomass conversion biocatalysts: Bacteria, fungi, including

yeast and microalgae.

1.2. Free-cell liquid cultures, submerged cultures and fermentation on solid phase

1.3. Pure cultures and mixed cultures

1.4. Main metabolic pathways

2. Enzymes, production and industrial applications.

2.1. Enzyme kinetics, catalytic activity

2.2. Enzymes immobilization

3. Bioproduction of organic acids, amino-acids and alcohols for different types of applications:

materials, biofuels, foods and pharmaceuticals – possible examples –succinic acid, lactic acid,

bioethanol, citric acid and xylitol.

4. Bioprocesses for biopolymer production - possible examples - pullulan, xanthan, polyhydroxy

alkanoates


5. Bioproduction of surfactants and microbial protein - examples.

6.2.1.6 Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos da unidade

curricular (1000 caracteres)

As metodologias de ensino/avaliação adotadas nesta u.c. estão definidas para que os estudantes

desenvolvam, ao longo do semestre, as competências subjacentes aos objetivos definidos para a

disciplina. Para tal, as competências específicas definidas são adequadamente postas em prática ao

escreverem em grupo monografias sobre bioprocessos implementados industrialmente ou estudos

inovadores com potencialidades para tal. Ao esclarecerem as suas dúvidas concretas durante as

aulas, ou junto do docente, e ao fazerem a sua apresentação oral no final do semestre, desenvolvem

e adquirem as competências propostas.

Por outro lado as metodologias de ensino e os objetivos de aprendizagem estão adequadamente

articulados entre si. A avaliação combinada de natureza teórico-prática e contínua respeitante às

monografias (30% + 10%) e à avaliação por 2 testes ou exame final ou (60%) resultam numa

aprendizagem e envolvimento contínuo dos estudantes, ao longo do semestre de acordo com os

objectivos propostos para esta u.c.

The teaching / assessment adopted in this c.u. are set for students to develop, throughout the

semester, the underlying capability to set goals for this course. To attain this, the set of specific skills

is properly implemented by writing a review work about bioprocesses implemented industrially or

innovative studies with potential to be implemented. Students clarify their specific doubts during

classes, or with the professor, and make their oral presentation at the end of the semester,

developing and acquiring the skills offered.

On the other hand the methodologies of teaching and learning are properly articulated with the c.u.

objectives. The evaluation combines ongoing theoretical-practical objectives, concerning review

works (30%+ 10%) and assessment by 2 tests or final exam (60%) resulting in learning and continuous

involvement of the students throughout the semester which meets the proposed objectives for this

c.u.

6.2.1.7. Metodologias de ensino

(avaliação incluída) (1000 caracteres)

As aulas são leccionadas usando meios audiovisuais. Cada tópico é exposto de modo a que os

estudantes possam aplicar os conhecimentos adquiridos em casos práticos. Discutem-se casos

relevantes de actualidade de modo a salientar o “state-of-the-art” mais pertinente.

A avaliação da u.c. está articulada com os objectivos e é discreta compreendendo 1) a elaboração de

monografia sobre um bioprocesso com aplicação industrial ou com potencial para isso, em grupos de

2 ou 3, e a sua apresentação oral (40%) e 2) a avaliação da componente teórica em dois testes ou

num único momento de avaliação (60%).

Classes are taught using audiovisual media. Each topic is presented and discussed, so that students

can apply their knowledge in practical cases. Topics of relevance are also discussed, which allow to

obtain knowledge of the "state-of-the-art" of more relevant issues.


The assessment is articulated with the objectives and comprises 1) the preparation of a review work

about a bioprocess with industrial application or, the potential for it, and its oral presentation (40%)

and 2) the assessment of the theoretical concepts in two evaluation tests or alternatively in one final

exam (60%).

6.2.1.8 Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de

aprendizagem da unidade curricular (3000 caracteres)

A metodologia de ensino está integralmente articulada com os objectivos de aprendizagem do

seguinte modo:

Os conceitos teóricos são leccionados e são sujeitos a avaliação quer seja na avaliação de índole

teórica, nos dois testes ou alternativamente no exame final, quer seja indirectamente através da

avaliação da monografia. A preparação das monografias durante o semestre ou a realização dos dois

testes proporcionam aos estudantes uma aprendizagem contínua e integrada dos conteúdos da

disciplina.

The teaching methodology is integrally linked with the learning objectives as follows:

The theoretical concepts are taught and are either subject to evaluation in the evaluation of

theoretical type in the two tests or alternatively in the final examination, or indirectly by evaluating

the monograph. The preparation of a revision work during the semester or the realization of the two

tests provides students an integrated and continuous learning of course contents.

6.2.1.9 Bibliografia principal (1000 caracteres)

1. Shijie Liu, Bioprocess Engineering: Kinetics, Biosystems, Sustainability, and Reactor Design,

Elsevier, 2013.

2. Debalina Sengupta, Ralph W. Pike Chemicals from Biomass: Integrating Bioprocesses into

Chemical Production Sustainable Development, CRC Press, 2013.

3. Pauline M. Doran, Bioprocess Engineering Principles, 2nd edition, Academic Press, 2013.

4. Ratledge, C., Kristiansan, B.,Basic Biotecnology, Cambridge University Press, 2006.

5. Kamm B., Gruber, P.R., Kamm, M., Biorefineries - Industrial Processes and Products, Status

Quo and Future Directions, Vol 1 and 2, Wiley-VCH 2006.

6. Yang, S.-T., Bioprocessing for value-added products from renewable resources, new

technologies and applications, Elsevier, 2007.

7. Brown, R.C., Biorenewable Resources, Engineering new products from agriculture, Blackwell

Publishing, 2003.

8. Soetaert, W., Vandamme, E., Industrial Biotechnology – Sustainable Growth and Economic

Success, Wiley-VCH, 2010




(100 carateres)

Tópicos Avançados de Biotecnologia Alimentar

Advanced Topics of Food Biotechnology


nome completo)

(1000 caracteres)

Jorge Manuel Alexandre Saraiva, 22 h (11 h T + 11 h TP)


(1000 caracteres)

José António Lopes da Silva, 2 h (1 h T + 1 h TP); Ivonne Delgadillo Giraldo, 2 h (1 h T + 1 h TP); Maria

Adelaide de Pinho Almeida, 2 h (1 h T + 1 h TP); Maria Amparo Ferreira Faustino, 2 h (1 h T + 1 h TP)


desenvolver pelos estudantes)

(1000 caracteres)

No final da disciplina de Tópicos Avançados de Biotecnologia Alimentar os estudantes devem

conseguir compreender:

- os principais processos de biotecnologia atualmente com utilização industrial e em

desenvolvimento, bem como as grandes tendências expectáveis

- de modo global a legislação (USA, Europa, etc.) relativa a produtos alimentares obtidos por

biotecnologia

- o potencial da biotecnologia para a área alimentar, no curto e médio prazo, mas também no longo

prazo, no caso de possibilidades mais emergentes

- e usar de modo mais aprofundado bases de dados de informação cientifica para pesquisa,

sistematizar informação e apresentá-la de modo escrito e oral.

In the end of it of Advanced Topics of Alimentary Biotechnology the students must be able to

understand:


- the main processes of biotechnology currently with industrial use and in development, as well as

the main expectable future trends

- in global the legislation (the USA, Europe, etc.) relative food products produced by biotechnology

- the potential of the biotechnology it the food area, in the short and medium range, but also in the

long range, in the case of more emergent possibilities

- and to use in a more deepened way databases of scientific information to search, systemize

information and to present it in written and verbal way.

6.2.1.5. Conteúdos programáticos

(1000 caracteres)

1. Breve visão geral e introdução ao estado atual da biotecnologia agro/alimentar: principais casos

comerciais e oportunidades de mercado; legislação; atitude e consciência pública

2. Organismos geneticamente modificados (OGMs): culturas transgénicas e microorganismos

3. Biopreservação de alimentos: microorganismos e seus compostos (ex., bacteriocinas e peptídeos);

terapia fágica; materiais de embalagem inteligentes/(bio)ativos e materiais nanoestruturados

(electrospun fibers); fotosensitização; fermentações de alimentos como processos de conservação e

de produção de novos alimentos

4. Alimentos pre/probióticos, nutracêuticos e compostos bioativos de alimentos

5. Novas fontes de proteínas: insetos, algas e aquicultura

6. Segurança alimentar, métodos microbiológicos rápidos e microbiologia preditiva

7. Impacto da biotecnologia no processamento de alimentos, valor nutricional e segurança

8. Resíduos/subprodutos alimentares e economia circular

9. Tendências futuras em biotecnologia agro/alimentar

1. Brief overview and introduction to the status of agro/food biotechnology: main commercial cases

and current and future market opportunities; legislation; public awareness and attitude

2. Genetic modified organisms (GMOs): transgenic crops and microorganisms

3. Food biopreservation: microorganism and their compounds (e.g., bacteriocins and peptides);

phage therapy; intelligent/(bio)active and electrospun fibers nanostructured materials for food;

photosensitization for food preservation; food fermentations as food preservation and new food

production processes

4. Pre/probiotics, nutraceutical foods, and food bioactive compounds

5. Novel sources of food proteins: insects, algae and aquaculture

6. Food safety using fast microbiological methods and predictive microbiology

7. Impact of food biotechnology processes in food processing, nutrition value, food safety


8. Food wastes/subproducts, circular economy and biotechnology

9. Future trends in food/agro biotechnology (e.g., cloning)


curricular

(1000 caracteres)

O programa da disciplina de Tópicos de Biotecnologia Alimentar Avançada está organizado de que os

estudantes possam simultaneamente adquirir conhecimentos teóricos e práticos, ligados a processos

concretos e reais do mundo industrial de Biotecnologia Alimentar, com exemplos constantes por

parte dos docentes. As aulas que poderão ser lecionadas por especialistas de áreas importante de

biotecnologia alimentar avançada, particularmente de empresas industriais e de desenvolvimento,

darão uma visão muito importante e diferente aos estudantes, nomeadamente da realidade

industrial, nomeadamente ao nível de racionalidade económica na biotecnologia industrial alimentar

e do empreendedorismo.

The program of Advanced Topics of Food Biotechnology is organized so the students can,

simultaneously acquire theoretical and practical knowledge, on actual and real processes of the

industrial Food Biotechnology, with examples presented by the teachers. The lessons that can be

taught by specialists from industry in important areas of advanced food biotechnology, particularly

from industrial and development companies, will give a very important and different vision to the

students of the industrial reality, namely of economical rationality in industrial food biotechnology

and of food biotechnology entrepreneurship.


(avaliação incluída)

(1000 caracteres)

As aulas são lecionadas tendo por base o recurso a meios audiovisuais e procurando fomentar a

participação ativa dos estudantes, no sentido de poderem alargar os seus conhecimentos de

biotecnologia alimentar e da expectável evolução desta área, a nível fundamental e industrial, com

apresentação e discussão de casos concretos.

Algumas aulas poderão ser lecionadas por especialistas de áreas importante de biotecnologia

alimentar avançada, particularmente de empresas industriais e de desenvolvimento.

De acordo com o Regulamento dos Estudos de Licenciatura da Universidade de Aveiro, a avaliação é

realizada por Avaliação Discreta, com duas componentes de avaliação: um teste escrito, na época de

exames e a realização de um trabalho escrito e sua apresentação oral para que os estudantes

desenvolvam competências de pesquisa, sistematização, escrita e apresentação de conteúdos

científicos em público. A nota do teste terá um peso de 70% para a nota final e a nota do trabalho de

30%.


Classes are taught using audiovisual media. Each topic is presented and discussed, so that students

can apply their knowledge in practical cases. Topics of relevance are also discussed, which allow to

obtain knowledge of the "state-of-the-art" of more relevant issues.

According to the Regulation of Graduate Studies of the University of Aveiro, the evaluation is carried

out by Discrete Evaluation, with two evaluation moments: a written test (weight of 70%), at the time

of examinations and the completion of a work written and its oral presentation (weight of 30%), so

the students develop abilities of information search, systematization, writing and presentation of

scientific contents in public.


aprendizagem da unidade curricular

(3000 caracteres)

A metodologia de ensino está integralmente articulada com os objectivos de aprendizagem do

seguinte modo:

Os conceitos teóricos são leccionados e são sujeitos a avaliação quer seja na avaliação de índole

teórica, nos dois testes ou alternativamente no exame final, quer seja indirectamente através da

avaliação da monografia. A preparação das monografias durante o semestre ou a realização dos dois

testes proporcionam aos estudantes uma aprendizagem contínua e integrada dos conteúdos da

disciplina.

The teaching methodology is integrally linked with the learning objectives as follows:

The theoretical concepts are taught and are either subject to evaluation in the evaluation of

theoretical type in the two tests or alternatively in the final examination, or indirectly by evaluating

the monograph. The preparation of a revision work during the semester or the realization of the two

tests provides students an integrated and continuous learning of course contents.

6.2.1.9 Bibliografia principal

(1000 caracteres)

- Fruit and Vegetable Biotechnology, 2002, CRC Press, Cambridge, England, Ed. by Victoriano Valpuesta,

ISBN 0-8493-1436-4

- Food Biotechnology, 2006, Ed. by Kalidas Shetty, G. Paliyath, A. Pometto, and R. E. Levin, CRC Press,

Boca Raton, USA, 13: 978-0-8247-5329-0

- Food Biotechnology, R. Quintero-Ramírez, In Engineering and Food for the 21st Century, 2002, Ed.

by J. Welti-Chanes, G. V. Barbosa-Cánovas, and J.M. Aguilera, CRC Press, Boca Raton, USA 1-56676-

963-9

- Food Science and Food Biotechnology, 2003, Ed. By Gustavo F. Gutiérrez-López and Gustavo V.

Barbosa-Cánovas, CRC Press, Boca Raton, USA, ISBN 1-56676-892-6


- Novel Food Preservation and Microbial Assessment Techniques, Ed. by Loannis S. Boziaris, CRC Press,

Boca Raton, USA, 2014.

- Pereira et al., (2016). Bacteriophages with potential to inactivate Salmonella Typhimurium: use of

single phage suspensions and phage cocktails. Virus res. In press, doi:10.1016/j.virusres.2016.04.020

- Noruzi, M. (2016). Electrospun nanofibres in agriculture and the food industry: a review. J. Sci. Food

Agric., doi:10.1002/jsfa.7737

- And topic-by-topic scientific articles




(100 carateres)

Tecnologia de Solventes Alternativos

Alternative Solvents Technologies


nome completo)

(1000 caracteres)

Mara Guadalupe Freire Martins (DQ – UA) – 30 T


(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

Esta unidade curricular visa proporcionar um conhecimento mais aprofundado em química verde,

sustentabilidade, biorefinaria, e em tecnologias e solventes alternativos. Após a conclusão desta

unidade curricular o estudante deverá:

- Compreender os conceitos fundamentais da Química Verde, Sustentabilidade e Biorefinaria;

- Compreender as métricas de sustentabilidade para avaliar o impacto de diferentes processos e

tecnologias;

- Identificar solventes alternativos mais sustentáveis e compreender as suas propriedades;

- Identificar potenciais aplicações de solventes alternativos à escala industrial;

- Conseguir estimar o impacto económico, ambiental e social de um determinado produto e/ou

processo.


This curricular unit aims to provide a deep knowledge in Green Chemistry, sustainability, biorefinery,

and on alternative solvents and technologies. Upon completion of this curricular unit students should

be able to:

- Understand the fundamental concepts of Green Chemistry, Sustainability and Biorefinery;

- Understand the sustainability metrics to evaluate the impact of different processes and

technologies;

- Identify more sustainable alternative solvents and understand their properties;

- Identify potential applications of alternative solvents at the industrial scale;

- Estimate the economic, environmental and societal impact of a given process and/or product.


(1000 caracteres)

1 Química Verde e Sustentabilidade

1.1 Solventes orgânicos e COVs

1.2 Princípios da Química Verde

1.3 Eficiência das reações, economia atómica e fator E

1.4 Biorefinaria, prevenção e valorização de resíduos

1.5 Tecnologias, solventes e produtos mais sustentáveis

2 Solventes Alternativos

2.1 Indicadores e métricas de sustentatibilidade e Análise de Ciclo de Vida

2.2 Solventes alternativos e propriedades dos solventes

2.3 Água

2.4 Fluidos supercríticos

2.5 Solventes renováveis (de fontes naturais)

2.6 Líquidos Iónicos

2.7 Misturas eutéticas e solvents eutéticos profundos

2.8 Polímeros

2.9 Solventes com propriedades comutáveis

3 Tecnologias à base de Solventes Alternativos e Aplicações Industriais

3.1 Tecnologias envolvendo água

3.2 Tecnologias envolvendo fluidos supercríticos


3.3 Tecnologias envolvendo líquidos iónicos

3.4 Tecnologias “sem-solvente”

4 Apresentações orais de 2-3 Investigadores Convidados que Desenvolvam Investigação em

Tecnologias e Solventes Alternativos

1 Green Chemistry and Sustainability

1.1 Organic solvents and VOCs emissions

1.2 Green Chemistry Principles

1.3 Reaction efficiency, Atom economy and E-Factor

1.4 Biorefinery, waste prevention and valorization

1.5 Greener technologies, solvents and products.

2 Alternative Solvents

2.1 Safety considerations, Life Cycle Assessment and Green metrics

2.2 Overview on alternative solvents and solvents properties

2.3 Water

2.4 Supercritical fluids

2.5 Renewable (nature-derived) solvents

2.6 Ionic liquids

2.7 Eutetic mixtures and deep eutectic solvents

2.8 Polymers

2.9 Switchable solvents

3 Technologies based on Alternative Solvents and Industrial Case Studies

3.1 Technologies based on water

3.2 Technologies based on supercritical fluids

3.3 Technologies based on ionic liquids

3.4 Solvent-free technologies

4 Talks of 2-3 Invited Speakers developing Research on Alternative Technologies and Solvents


curricular

(1000 caracteres)


O programa da unidade curricular encontra-se organizado de modo a proporcionar uma visão geral

de Química Verde e sustentabilidade de produtos, solventes e tecnologias (Capítulo 1), seguido da

apresentação dos vários tipos de solventes alternativos, incluindo definições detalhadas e

propriedades físico-químicas e métricas que os caracterizam como solventes mais sustentáveis

(Capítulo 2). Posteriormente (Capítulo 3) segue-se a apresentação de várias tecnologias à base de

solventes alternativos e exemplos de aplicações industriais relevantes.

Os conceitos fundamentais de Química Verde, sustentabilidade, biorefinaria, solventes alternativos e

tecnologias mais sustentáveis e à escala industrial (aulas expositivas + exame final com um peso de

50%) serão complementados pela realização de um trabalho individual acerca de um processo

industrial que recorra a tecnologias e solventes alternativos, que deverá ser apresentado pelo aluno

seguido de uma discussão crítica com o docente. Alguns exemplos da aplicação dos conteúdos

lecionados serão também fornecidos através de 2-3 palestras finais de convidados que têm

desenvolvido trabalho de investigação na área de tecnologias e solventes alternativos.

The course syllabus is organized to provide an overview on Green Chemistry and sustainability of

products, solvents and technologies (Chapter 1), followed by the presentation of the various types of

alternative solvents, including detailed definitions and physicochemical properties and metrics that

characterize them as more sustainable solvents (Chapter 2). Subsequently (Chapter 3), alternative

solvent technologies and examples of relevant industrial applications will be given.

The fundamental concepts of Green Chemistry, sustainability, biorefinery, alternative solvents and

more sustainable technologies at an industrial scale (lectures + final exam with a weight of 50%) will

be complemented by the accomplishment of an individual work on industrial processes based on

alternative solvents and technologies, which should be presented by the student followed by a

critical discussion with the responsible of the curricular unit. Some examples of the curricular unit

contents also will be provided through a series of 2-3 talks by invited speakers who develop research

activities in alternative solvents and technologies.



(1000 caracteres)

Exposição formal em aula dos Capítulos 1-3 pelo docente, procurando fomentar a participação ativa

dos estudantes e de modo a prepará-los para um ambiente profissional futuro. Serão fornecidas visões

mais amplas através de apresentações orais adicionais de 2-3 investigadores convidados cuja

investigação recaia em tecnologias e solventes alternativos.

A avaliação da unidade curricular encontra-se articulada com os objectivos propostos e é discreta

(artigos 29º a 31º do REUA) compreendendo: (1) a apresentação e discussão de uma monografia

relativa a um processo à escala industrial que recorra a tecnologias e solventes alternativos, realizada

durante o semestre e com peso de 50%; e (ii) avaliação da componente teórica através de um exame

final com peso de 50%.

Formal lectures on Chapters 1-3 by the responsible of the curricular unit, while trying to foster active

student’s participations and to prepare them for a future professional environment. Additional

knowledge and broader views will be provided by the talks of 2-3 invited speakers working on

alternative technologies and solvents.


This curricular unit evaluation (according to Articles 29º to 31º of REUA) comprises: (i) the presentation

and discussion of a monography regarding an industrial process based on alternative solvents and

technologies, to be held during the semester and weighing 50%; and (ii) a final exam to appraise the

students theoretical concepts, weighting 50%.



(3000 caracteres)

A metodologia de ensino está integralmente articulada com os objetivos de aprendizagem. Os

conceitos teóricos serão lecionados e sujeitos a avaliação, quer seja na avaliação de índole teórica, no

exame final, quer através da avaliação da monografia. A preparação de uma monografia e a realização

de um exame final proporcionará aos estudantes uma aprendizagem contínua e integrada dos

conteúdos da disciplina, fomentando ainda o espírito crítico dos estudantes através da apresentação

e discussão da monografia com o responsável pela unidade curricular.

The teaching methodology is integrally linked with the learning objectives. The theoretical concepts

will be given and further subject to evaluation, both in the evaluation of the final exam and by

evaluating the monography. The preparation of one monography and the realization of a final exam

will allow students to perform an integrated and continuous learning of the curricular unit contents,

while fomenting the students’ critical point of view through the presentation and discussion of the

monography with the responsible for the curricular unit.


(1000 caracteres)

P.T. Anastas (Ed.) (1999-2012) Handbook of Green Chemistry, Volumes 1-9. John Wiley & Sons, Inc.

A.P. Dicks, A. Hent (2015) Green Chemistry Metrics. A Guide to Determining and Evaluating Process

Greenness. Springer, Netherlands.

F.M. Kerton (2009) Alternative Solvents for Green Chemistry, RSC Publishing, UK.

Artigos científicos de revisão na área fornecidos pelo docente ao longo do semester/scientific review

manuscripts on the field given by the responsible of the curricular unit along the semester




(100 carateres)

Engenharia Bioquímica Avançada

Advanced Topics in Biochemical Engineering


nome completo)

(1000 caracteres)

Luísa Alexandra Seuanes Serafim Leal 30TP


(1000 caracteres)

Ana Maria Rebelo Barreto Xavier 15 TP



(1000 caracteres)

Esta disciplina tem como objetivos: (i) rever e integrar os princípios fundamentais dos Fenómenos de

Transferência em Sistemas Biológicos, da Cinética das Reações Biológicas e Químicas e da Engenharia

de Bioprocessos; (ii) apresentar fundamentos de engenharia e aplicações biológicas de forma

unificada, promovendo as competências para desenvolver e analisar criticamente modelos de

transporte biológico e de processos reacionais; (iii) apresentar tópicos avançados nos vários temas de

interesse tendo sempre em conta a vertente dos processos biológicos. A disciplina poderá funcionar

também com módulos dedicados à Introdução aos Fenómenos de Transferência , à Engenharia das

Reações Químicas e à Engenharia de Bioprocessos para os estudantes que não tenham formação neste

domínio ao nível dos respetivos 1º e 2º ciclos. O objetivo de cada um dos módulos, que podem variar

de ano para ano, será adquirir os conceitos fundamentais de cada área em questão e aplicá-los a

sistemas biológicos.

This course aims to: (i) to review and integrate the fundamental principles involved in Biochemical

Engineering, namely Transport Phenomena in Biological Systems, Kinetics of Biological and Chemical

Reactions and Bioprocess Engineering; (ii) to present engineering fundamentals and biological

applications, promoting the skills to develop and critically analyze models of biological transport and

reaction processes; (iii) present advanced topics in the different areas of interest always taking into


account the biological processes. This course unit will also work with modules dedicated to an

Introduction to Transport Phenomena (momentum, mass and heat), Chemical Reaction Engineering

and Bioprocess Engineering for students who do not have background in this field in the previous 1st

and 2nd cycles of studies. The objective of each module, which may vary from year to year, will be the

acquisition of fundamental concepts of each area and their application to biological systems.


(1000 caracteres)

O programa será constituído por três módulos principais podendo os respetivos conteúdos variar

ao longo do semestre

I. Fenómenos de Transferência em Sistemas Biológicos

1. Introdução e revisão de conceitos fundamentais

2. Introdução à mecânica de fluidos em sistemas biológicos

3. Transporte de massa em sistemas biológicos

4. Transferência de calor em sistemas biológicos

II. Engenharia das Reações Biológicas e Químicas

1. Cinética e catálise

2. Dimensionamento de Reatores Biológicos

3. Reatores multifásicos

III. Engenharia de Bioprocessos

1. Modelação e controle de bioprocessos

2. Processos de biosseparação

3. Integração de bioprocessos.

4. Scale up e Scale down de processos

The program will consist of three main modules, and their contents may vary throughout the

semester

I. Transport Phenomena in Biological Systems

1. Introduction and revision of fundamental concepts

2. Introduction to fluid mechanics in biological systems

3. Mass transport in biological systems

4. Heat transfer in biological systems

II. Engineering of Biological and Chemical Reactions

1. Kinetics and catalysis

2. Dimensioning of Biological Reactors

3. Multiphase reactors

III. Bioprocess Engineering

1. Modeling and control of bioprocesses

2. Bio-separation processes

3. Integration of bioprocesses.

4. Scale up and Scale down processes


curricular


(1000 caracteres)

Nesta UC apresentam-se os vários aspetos relacionados com a Engenharia Bioquímica desde os

conceitos mais básicos, como os fenómenos de transporte e a cinética dos processos, até aos aspetos

mais avançados, como a integração de processos e o aumento de escala, passando pelo

dimensionamento de reatores para os diferentes processos biológicos. O programa da UC é lecionado

em aulas TP suportadas pela resolução de problemas apresentando casos específicos. Nesta UC prevê-

se a existência de estudantes com diferentes formações ao nível do 1º e 2º ciclos e, por esta razão,

serão abordados temas específicos para cada situação. A UC está estruturada de modo a permitir uma

integração dos conteúdos programáticos e a proporcionar ao aluno as ferramentas para compreender

o desenvolvimento dos processos biológicos. As metodologias de ensino/avaliação adotadas nesta UC

permitem a aquisição ao longo do semestre das competências subjacentes aos objetivos definidos para

a disciplina.

This course unit aims to present different areas of Biochemical Engineering from the most basic

concepts related to transport phenomena and the kinetics of processes, followed by the dimensioning

of reactors for different biological processes, to the most advanced aspects such as process integration

and scaling up. The different components of the syllabus are taught in TP classes supported by problem

solving describing case-studies. In this CU it is foreseen the existence of students with different

formations at the level of 1º and 2º cycles and for this reason specific themes for each situation will be

approached. The course unit is structured to allow for the integration of the chapters of the program

and to provide the student the tools to understand the development of biological processes. The

teaching and evaluation methodologies adopted in this course unit are defined to allow students to

develop, throughout the semester, the competences underlying the objectives defined.



(1000 caracteres)

As aulas são lecionadas usando meios audiovisuais. Cada tópico é exposto de modo a que os

estudantes possam aplicar os conhecimentos adquiridos resolvendo problemas descrevendo casos

práticos. A avaliação da UC está articulada com os objetivos e é discreta compreendendo testes que

avaliam cada um dos módulos, correspondendo a três momentos de avaliação ao longo do semestre,

sendo a nota final determinada pela média ponderada.

Classes are taught using audiovisual media. Each topic is presented to allow students to apply the

knowledge acquired by solving problems presented case studies. The evaluation is articulated with

the objectives and is discrete including tests that will evaluate each of the modules, corresponding to

three evaluation moments throughout the semester. The final grade will be determined by the

weighted average.



(3000 caracteres)


A metodologia de ensino está integralmente articulada com os objetivos de aprendizagem. Os

conceitos básicos da UC são lecionados recorrendo a exemplos de aplicação e aprofundados através

da resolução de problemas. Os testes ao longo do semestre propiciam:

i) um maior acompanhamento dos conteúdos por parte dos estudantes;

ii) divisão dos conteúdos da disciplina que são extensos em três momentos distintos de avaliação

iii) informação constante sobre a evolução dos estudantes, que permite ao docente corrigir

problemas atempadamente.

The teaching methodology is fully articulated with the learning objectives. The basic concepts of the

UC are taught using examples of application and deepened through problem solving. The tests during

the semester provide:

I) follow up of syllabus components by students;

II) division of the extensive contents of the UC in three distinct moments of evaluation

III) constant monitoring of students’ evolution, which allows the teacher to correct problems on time


(1000 caracteres)

P.T. Anastas (Ed.) (1999-2012) Handbook of Green Chemistry, Volumes 1-9. John Wiley & Sons, Inc.

A.P. Dicks, A. Hent (2015) Green Chemistry Metrics. A Guide to Determining and Evaluating Process

Greenness. Springer, Netherlands.

F.M. Kerton (2009) Alternative Solvents for Green Chemistry, RSC Publishing, UK.

Artigos científicos de revisão na área fornecidos pelo docente ao longo do semester/scientific review

manuscripts on the field given by the responsible of the curricular unit along the semester



(100 carateres)

Valorização de Plantas Halófitas


Valorization of Halophyte Plants


nome completo)

(1000 caracteres)

Ana Isabel Lillebø Batista (15T, 30P)


(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

Esta disciplina combina conhecimentos de várias áreas de investigação, fazendo uma síntese holística

no domínio da ecologia marinha aplicada, biologia de halófitas, biogeoquímica, química analítica e da

biotecnologia azul.

São objetivos da disciplina a aquisição de conhecimentos/competências que permitam:

- Reconhecimento do potencial das plantas halófitas para aplicações em biotecnologia azul;

- Reconhecimento das principais características das plantas halófitas autóctones da região;

- Compreensão dos requisitos para o cultivo de plantas halófitas tendo em conta os objetivos da

produção.

As competências serão atingidas através da:

- Consciencialização progressiva da interligação e integração das temáticas a considerar na produção

e valorização de plantas halófitas no contexto dos desafios da valorização inteligente dos recursos

biológicos endógenos e da biotecnolgia azul.

This discipline combines knowledge from different research fields, making a holistic synthesis of

applied aquatic ecology, halophytes biology, biogeochemistry, analytical chemistry and blue

biotechnology.

The objectives of the course are to provide students with knowledge and skills enabling:

- Recognition of the potential of halophytes for applications in blue biotechnology;

- Recognition of the main characteristics of the autochthonous halophytes plants of the region;

- Understanding of the requisites for cultivating halophytes taking into account the production

purposes.

The skills will be achieved through:

- Progressive awareness of the links and integration of disciplines to be considered in the production


and valorization of halophytes in the context of the smart valorization of endogenous biological

resources and the challenges in the scope of the blue biotechnology.


(1000 caracteres)

Caracterização geral dos ecossistemas de zonas húmidas costeiros e da vegetação halófita; Visita ao

sapal do Castro (campus da Univ. de Aveiro) para discussão in situ dos conceitos abordados na

componente teórica; Processos biogeoquímicos mediados por plantas halófitas com especial enfoque

nos ciclos do carbono, azoto e fósforo; Métodos de cultivo de plantas halófitas, em solo e em

aquaponia; Avaliação dos métodos de cultivo tendo em conta os objectivos da produção;

Monitorização dos sistemas de cultivo, incluindo a determinação dos parâmetros ambientais, a análise

de nutrientes, a avaliação da produção e da taxa de crescimento da biomassa vegetal, com recurso a

métodos não invasivos. Recolha, preservação e análise da biomassa de halófitas, tendo em conta os

objectivos de produção e a sua valorização. Métodos de caracterização da biomassa produzida (análise

sensorial, química e bioquímica). Exemplos de biotecnologia azul envolvendo a produção e valorização

de biomassa de halófitas.

Overall characterization of coastal wetlands ecosystems and halophyte plants; Visit to the Castro

saltmarsh (campus of the University of Aveiro) for discussion in situ of the concepts refereed to in the

theoretical component; Biogeochemical processes mediated by halophytes with special focus on the

carbon, nitrogen and phosphorus cycles; Methods of halophytes production, in soil and aquaponics;

Assessment of the methods taking into account the objectives of the production; Monitoring of the

systems, including the determination of environmental parameters, nutrient analysis, evaluation of the

production of biomass and growth rate, using non-invasive methods. Collection, preservation and

analysis of the produced halophytes biomass, taking into account the production objectives and its

valorisation; Methods for the characterization of the produced biomass (sensorial, chemical and

biochemical analysis); Examples of blue biotechnology involving the production and valorisation of

halophytes.


curricular

(1000 caracteres)

Os estudantes devem adquirir conhecimento e competências sobre: (i) Ecologia marinha aplicada com

recurso a plantas halófitas (ii) métodos de produção de halófitas (iii) métodos de valorização de

biomassa de halófitas no contexto da biotecnologia azul (iv) enquadramento da biotecnologia azul na

estratégia nacional e Europeia para os oceanos e na política Europeia sobre a biotecnologia no âmbito

da bioeconomia azul.

O programa do curso irá debruçar-se sobre o enquadramento multidisciplinar a ter em conta na

resposta aos desafios que se colocam à valorização inteligente dos recursos biológicos endógenos das

zonas húmidas costeiras e marinhas e no desenvolvimento de novos produtos com enquadramento

nas estratégia que englobam a biotecnolgia azul. Serão apresentados e discutidos exemplos de


biotecnologia envolvendo a produção e valorização de biomassa de halófitas, com enfâse para a

valorização de espécies autóctones das zonas húmidas nacionais e para a sustentabilidade ambiental.

Students should acquire knowledge and skills on: (i) applied marine ecology supported by the use of

halophytes (ii) halophytes production methods (iii) halophytes biomass valuation methods in the

context of blue biotechnology (iv) framework of the blue biotechnology in the national and European

strategies for the oceans, and in the European policy for biotechnology under the blue bioeconomy. The

program of the course will focus on the multidisciplinary approach to be taken into account when

addressing the challenges regarding the smart valorization of endogenous biological resources of

coastal and marine wetlands; and when addressing the development of new products framed in the

strategies that include the blue biotechnology. Examples of biotechnology involving the production and

valorization of halophytes biomass will be presented and discussed, with emphasis to the promotion

autochthonous species from of national wetlands, and to the environmental sustainability.



(1000 caracteres)

A metodologia de ensino assenta em aulas teóricas e prática, de modo a proporcionar aos estudantes

a aplicação prática dos conceitos teóricos a casos de estudo concretos. As teóricas têm como suporte

a apresentação em diapositivos (“power-point”), que inclui exemplos e casos de estudo de modo a

promover a discussão e a participação ativa dos estudantes. Na componente prática os estudantes são

convidados a aplicar os conceitos teóricos, no estudo conceptual da valorização inteligente de uma

halófita autóctone visando o desenvolvimento de novos produtos, e com enquadramento na

sustentabilidade ambiental. A escolha da halófita para realização do exercício teórico-prático é feita

pelos estudantes em concordância com a docente. A avaliação é constituída pela apresentação e

defesa do trabalho desenvolvido em grupos de dois estudantes, sendo o trabalho entregue em suporte

digital. Durante o curso, os estudantes poderão receber apoio complementar para esclarecimento de

dúvidas.

The teaching methodology is based on theoretical and theoretical-practical classes in order to provide

students with the practical application of the theoretical concepts to specific cases studies. Classes are

supported by power-point presentations, which include examples and case studies to promote

discussion and active participation of students. In theoretical-practical classes students are invited to

apply theoretical concepts in a conceptual study for smart valorisation of endogenous biological

resources aiming for the development of new products, and framed in the environmental

sustainability. The students in agreement with the lecturer do the choice of the halophyte for the

practical exercise. The evaluation consists of the presentation and defense of the work developed in

groups of two students each. The work delivered in digital support. During the course, students might

receive additional support for queries if requested.




(3000 caracteres)

A metodologia de ensino permite que os estudantes adquiram um conjunto de conceitos teóricos e

práticos de abrangência multidisciplinar, nomeadamente no domínio da ecologia marinha aplicada,

biologia de halófitas, biogeoquímica, química analítica e da biotecnologia azul, com vista a dar resposta

aos desafios que se colocam à valorização inteligente dos recursos biológicos endógenos das zonas

húmidas costeiras e marinhas e ao desenvolvimento de novos produtos com enquadramento nas

estratégia que englobam a biotecnolgia azul. A aplicação destes conceitos durante a realização do

exercício teórico-prático, em grupos de dois estudantes cada, permite ainda que os estudantes

adquiram competência em aplicar na prática os conhecimentos teóricos; competência em gestão da

informação; competência em trabalho em grupo; competência em raciocínio crítico; adaptabilidade a

novas situações e competência em investigar. Mais, o modelo de avaliação que consiste na

apresentação e discussão do trabalho desenvolvido permite ainda que os estudantes adquiram

competências para comunicar e competências em autocrítica e autoavaliação.

The teaching methodology allows students to acquire a set of theoretical and practical concepts of

multidisciplinary approach, particularly in the field of applied aquatic ecology, halophytes biology,

biogeochemistry, analytical chemistry and blue biotechnology; with the view on the challenges

regarding the smart valorization of endogenous biological resources of coastal and marine wetlands;

and when addressing the development of new products framed in the strategies that include the blue

biotechnology. The application of these concepts during the practical exercise, developed in groups of

two students each, will also allow students to acquire competences in applying the theoretical

knowledge in to practice; competences in manage information; competences in working in group;

competence in critical thinking; adaptability to new situations and competences to investigate. More,

the evaluation model which consists of the presentation and discussion of the work developed will

allows students to acquire skills to communicate and skills in self-criticism and self-evaluation.


(1000 caracteres)

- Adam, P. 1990. Saltmarsh Ecology (Cambridge Studies in Ecology) Published by Cambridge University

Press ISBN 10: 0521245087

- Fundamentos de Ecologia. (7ª Edição). de Eugene P. Odum. Edição/reimpressão:2004. Páginas: 928.

Editor: Fundação Calouste Gulbenkian.

- H. J. De Lange , M. P. C. P. Paulissen & P.A. Slim (2013) ‘HALOPHYTE FILTERS’: THE POTENTIAL OF

CONSTRUCTED WETLANDS FOR APPLICATION IN SALINE AQUACULTURE, International Journal of

Phytoremediation, 15:4, 352-364, DOI: 10.1080/15226514.2012.702804

- Elisabete Maciel, Miguel Costa Leal, Ana Isabel Lillebø, Pedro Domingues, Maria Rosário Domingues

and Ricardo Calado (2016) Bioprospecting of Marine Macrophytes Using MS-Based Lipidomics as a New

Approach. Marine Drugs. 14, 3



(100 carateres)


Valorização de micro e macroalgas

Valorization of micro and macroalgae


nome completo)

(1000 caracteres)

Sónia Marisa Gonçalves da Cruz 15 T


(1000 caracteres)

Ana Isabel Lillebø Batista 6 T, Ricardo Jorge Guerra Calado 5 T, Maria Rosário Gonçalves dos Reis

Marques Domingues 4 T



(1000 caracteres)

As micro e macroalgas são cada vez mais um alvo de interesse económico e de investigação. Este facto

deve-se à versatilidade das suas aplicações, desde os biocombustíveis avançados ao desenvolvimento

de produtos para a industria química e farmacêutica ou para o sector agro-alimentar. Esta unidade

curricular tem como principal objectivo permitir que os estudantes adquiram conhecimentos sobre os

atuais usos de micro e macroalgas nas mais variadas industrias, levando-os a explorar ideias de novas

soluções e aplicações.

Especificamente, os estudantes deverão:

Aprofundar o conhecimento dos principais usos e potenciais aplicações de micro e macroalgas;

Adquirir conhecimento teórico e prático de cultivo de micro e macroalgas;

Compreender a fisiologia das algas desde a captação de energia à produção de biomassa;

Compreender algumas respostas fisiológicas das mico e macroalgas ao ambiente que as rodeia;

Apresentar uma ideia de aplicação comercial usando algas e/ou os seus derivados.

Micro and macroalgae are increasingly becoming one of the most promising fields of research and

investment due to the versatility of its uses, from advanced biofuels to the development of products

for the chemical and pharmaceutical industries or the agro-alimentary sector. This course will focus on

the research topics allowing students to understand the micro and macroalgae sector and guiding

them through an investigation on new solutions to increase the market penetration potential.


Specifically, students must:

Increase their knowledge on the main uses and products derived from micro and macroalgae;

Acquire theoretical and practical knowledge on algal culturing techniques;

Understand algae physiology from light harvesting to biomass production;

Understand some of the physiological responses of algae to abiotic factors;

To be able to present a business idea based on algal uses and/or products


(1000 caracteres)

Diversidade de micro e macroalgas;

Aplicações comerciais e industriais de micro e macroalgas, tais como:

- Microalgas na produção de biocombustíveis

- Painéis Fotovoltaicos biológicos

- Algas como fertilizantes

- Algas – comida ou alimento?

- Derivados de algas nas industrias química, farmacêutica e cosmética

- Produção integrada de macroalgas

- Algas para captação de carbono atmosférico

Ecofisiologia de micro e macroalgas;

Técnicas de cultivo de algas;

Aplicação de métodos não destrutivos e não invasivos no controlo de qualidade de culturas de micro

e macroalgas;

Efeito de fatores abióticos (e.g. luz, nutrientes, temperatura) na produção de biomoléculas de

elevado valor comercial;

Perspectivas e obstáculos no desenvolvimento de novos produtos a partir de micro e macroalgas.

Micro e macroalgal diversity;

Versatility of micro and macroalgae uses:

- Microalgae as a feedstock for biofuel production

- Biological photovoltaics

- Algae as fertilizers


- Algae as food and feed

- Algal based high value products for cosmetics, chemical and pharmaceutical industry

- Ecosystem based approach to macroalgal cultivation

- Algae for sequestering atmospheric carbon

Ecophysiology of micro e macroalgae;

Algal culturing techniques;

Using non-destructive and non-invasive methods for monitoring algal health and growth;

Effects of abiotic parameters (e.g. light, nutrients, temperature) on the production of high value

biomolecules;

Future perspectives and potential obstacles on the development of micro and macroalgal products.


curricular

(1000 caracteres)

Os conteúdos programáticos apresentados permitirão aos estudantes consolidarem conhecimentos e

adquirirem novas competências e aptidões no que respeita à valorização de micro e macroalgas. A

abordagem dos temas escolhidos e a sequência dos mesmo foi pensada de modo a que os estudantes

se familiarizem com o sector das algas em todas as suas vertentes, desde a diversidade de algas e os

variados usos e aplicações das mesmas, à fisiologia e técnicas de cultivo. Foram ainda escolhidos temas

científicos que permitirão adotar metodologias práticas no que respeita ao manuseamento de micro e

macroalgas.

The content of the course will allow the students to consolidate their knowledge on algae and acquire

new competences and skills related to the valorization of micro and macroalgae. The choice and

sequence of topics were though in a way that students would be familiar with all aspects of algae, from

diversity to the multiple uses and applications of micro and macroalgae, physiology and culturing

methods. Specific subjects will allow practical methodologies to be applied in the handling of micro

and macroalgae.



(1000 caracteres)

A disciplina será lecionada recorrendo a métodos expositivos e demonstrativos. As metodologias

utilizadas permitirão uma aprendizagem baseada na lógica e compreensão dos temas. A componente

prática será baseada no cultivo de algas em diferentes condições de luz, nutrientes e temperatura. Os


efeitos de fatores abióticos na produção de biomassa e um produto de elevado valor serão analisados.

A capacidade fotossintética das algas de diferentes cultivos será comparada.

Os objectivos incluem a pesquisa autónoma de bibliografia e a análise de artigos científicos que

permitam elaborar uma ideia de aplicação comercial baseada na exploração de algas. Os trabalhos

serão apresentados, discutindo-se em grupo a viabilidade da ideia e os possíveis obstáculos no

desenvolvimento da mesma. Estes trabalhos serão avaliados tendo em conta a preparação prévia e a

capacidade de argumentação dos estudantes na sustentação das suas ideias. A avaliação incluirá o

trabalho apresentado na sala de aula e um exame final no qual serão abordadas todas as matérias

lecionadas.

This course will be lectured using expository and demonstrative methods. The methodologies used will

allow learning based on logic and understanding. The pratical course will be based on the cultivation

of algae in different conditions of light, nutrients and temperature. The effects of abiotic factors in the

production of biomass and the synthesis of a high value product will be studied. The photosynthetic

capacity of different algal cultures will be compared. Objectives will include the independent search

for references and the analysis of scientific papers that will be used for a business idea based on micro

or macroalgal culturing.

Reports will be presented and discussed within the classroom regarding the viability of the idea and

main obstacles to be faced. The work will be graded depending on preparation and arguing capacities

of the students. Final score will include the report presented and a final exam which may include all

subjects discussed in the classroom.



(3000 caracteres)

No final da disciplina os estudantes terão aprofundado os seus conhecimentos em questões científicas

relacionadas com a valorização de micro e macroalgas; terão desenvolvido a iniciativa e estimulado a

criatividade num contexto de excelência científica. As metodologias aplicadas, que incluem uma

componente prática, permitirão aos estudantes a total compreensão dos temas abordados. Na

componente prática, serão utilizadas técnicas de espectrofotometria na quantificação de biomassa,

cromatografia liquída na quantificação de fucoxantina (derivado de alga de elevado valor) e medições

da variação de fluorescência da clorofila a na avaliação da capacidade fotossintética. Estas

metodologias juntamente com a pesquisa autónoma fora da sala de aula e a apresentação do trabalho

desenvolvido permitirão alcançar os objetivos específicos enumerados. A consolidação de todo o

conhecimento adquirido será comprovado no exame final.

After concluding the course, students will have knowledge on scientific aspects related to the

valorization of micro and macroalgae, will developed initiative and stimulated creativity in a context

of scientific excellence. The applied methodologies, which include a pratical component, will allow the

students to acquire robust knowledge on the subjects. In the pratical component, several techniques

will be used such as spectrophotometry for biomass quantification, liquid chromatography for

fucoxanthin (high-value product) quantification, and chlorophyll a fluorescence for photosynthetic

capacity estimation. These methodologies together with the independent search for references and

the the presentation of the report will allow specific objectives to be achieved. The consolidation of

the acquired knowledge will be demonstrated in the final exam.



(1000 caracteres)

Larkum, A. W. D., Douglas, S. E., Raven, J. A. (Eds.). (2003). Photosynthesis in Algae. Advances in

Photosynthesis and Respiration, vol. 14. Springer (Chapters 1, 13 & 15-18)

Rebeiz, C. A., Benning, C., Bohnert, H. J., Daniell, H., Hoober, J. K., Lichtenthaler, H. K., Portis, A. R., &

Tripathy, B. C. (Eds.). (2010). The Chloroplasts – Basics and Apllications. Advances in Photosynthesis

and Respiration, vol. 31. Springer (Chapters 15, 18, 21 & 24)

Papageorgiou, G. C., & Govindjee. (Eds.). (2004). Chlorophyll a Fluorescence – A Signature of

Photosynthesis. Advances in Photosynthesis and Respiration, vol. 19. Springer (Chapters 3, 11, 14, 15,

18, 22, 25 & 30)

Suggett, D. J., Prášil, O., Borowitzk, M. A. (2010). Chlorophyll a Fluorescence in Aquatic Sciences –

Methods and Applications. Springer (Chapters 1-6, 9, 11, 13)

Andersen, R. A. (2005). Algal Culturing Techniques. (Chapters 11-23)




(100 carateres)

Novas abordagens na inativação de bactérias patogénicas


nome completo)

(1000 caracteres)

Adelaide Almeida (15T, 30PL)


(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

A UC tem como objetivos:

- proporcionar uma visão aprofundada sobre os principais microrganismos implicados nas doenças

de origem infeciosa, relacionando os sintomas da infeção com o tipo de microrganismo, com os seus

fatores de virulência, com o seu modo de transmissão e com as defesas do hospedeiro;

- desenvolver nos estudantes a capacidade de identificar situações de infeção emergente e causadas

por microrganismos resistentes;

- consciencializar os alunos para os perigos associados ao uso generalizado, e frequentemente

inadequado, de agentes quimioterapêuticos;

- capacitar os alunos para apresentar metodologias alternativas que possam ser usada sem

substituição destes agentes quimioterapêuticos.

- desenvolver nos estudantes a capacidade de síntese, apresentação e discussão pública de trabalhos

científicos.

The UC aims are:

- to provide an in-depth view on the main microorganisms involved in diseases of infectious origin,

relating the symptoms of infection to the type of microorganism, its virulence factors, its mode of

transmission and host defenses;

- to develop in students the capacity to identify emergent infections and infections caused be

resistant microorganisms;

- to make students aware of the dangers associated with the widespread and often inadequate use of

chemotherapeutic agents;

- enable students to present alternative methodologies that can be used in replacement of


chemotherapeutic agents.

- to develop in students the capacity for synthesis, presentation and public discussion of scientific

works.


(1000 caracteres)

Os antibióticos e a resistência aos antibióticos

Fotodinâmica inactivação de microorganismos como uma alternativa aos antimicrobianos

convencionais

Terapia do fago como uma tecnologia inovadora para inativar bactérias patogênicas

Estratégias de síntese para agentes de fotossensibilização em terapia fotodinâmica

Novos materiais para aplicações ambientais fotoactivas

"Photo-antibióticos" a próxima geração de antibióticos

A inativação fotodinâmica de microorganismos: um inativação fotodinâmica tecnologia eficiente e

ambientalmente amigável de microorganismos associados a biofilmes

Alvos microbianos de inactivação fotodinâmica

Terapia fágica como uma tecnologia inovadora para inativar bactérias patogénicas.

Antibiotics and antibiotic resistance

Photodynamic inactivation of microorganisms as an alternative to conventional antimicrobials

Phage therapy as a innovative technology to inactivate pathogenic bacteria

Synthetic strategies for photosensitizing agents in photodynamic therapy

New photoactive materials for environmental applications

“Photo-antibiotics“ the next antibiotics generation

Photodynamic inactivation of microorganisms: an efficient and environmentally friendly technology

Photodynamic inactivation of biofilm-associated microorganisms

Microbial targets of photodynamic inactivation

Phage therapy as a innovative technology to inactivate pathogenic bacteria.


curricular

(1000 caracteres)

Os conteúdos programáticos são apresentados de forma a despertar o interesse dos alunos nas

temáticas lecionadas. O ensino da Unidade Curricular é feito de modo a apresentar aos alunos os

conceitos específicos e as aplicações de novas tecnologias na inativação de microrganismos. O primeiro

tópico tem um carácter introdutório abrangente em que se introduz o conceito de resistência aos

antibióticos por parte de bactérias patogénicas. Nos restantes tópicos são introduzidos conceitos mais

específicos e atuais da das novas tecnologias de forma a que os alunos adquiram competências para

transmitir conhecimentos avançados sobre tratamentos alternativos, desenvolvendo ao mesmo

tempo pensamento crítico, autonomia, parceria na aprendizagem e aprendam a comunicar com

clareza.


The contents are presented in order to stimulate the interest of students for the subjects. The teaching

is planned in order to introduce to the students the concepts and the specific applications of new

approaches to inactivate pathogenic bacteria in aquaculture. The first chapter has an introductory

extensive character in order to introduce concepts of antibiotic resistance by pathogenic bacteria. In

the remaining chapters more specific and emergent concepts of new approaches to inactivate

microrganismswill be introduced so that students acquire skills to transmit advanced knowledge about

microbial diseases, developing at the same time critical thinking, autonomy, partnership and develop

also capabilities to communicate clearly.



(1000 caracteres)

Palestras expositivas e interativas com os alunos. Discussão de casos de estudo.

A metodologia de ensino usada tem como objetivo apresentar aos alunos os conceitos específicos e as

aplicações das novas tecnologias na inativação de microrganismos patogénicos. De modo a concretizar

estes conceitos é dada especial atenção à sua relação com os desafios da vida real.

Os métodos de ensino/aprendizagem usados nesta unidade curricular incluem: seminários sobre os

tópicos programáticos, ensaios experimentais e tratamento e discussão dos resultados obtidos.

A avaliação é do tipo final, apenas com um momento de avaliação.

Expository and interactive lectures with students. Presentation and discussion of case studies.

The teaching methodology used aims to introduce to the students the specific concepts and the

applications of new technologies in the inactivation of pathogenic microorganisms. To realize these

concepts special attention is given to its relation with the challenges of real life.

The methods of teaching/learning used in this course include: seminars on program topics,

experimental experiments and analysis and discussion of the results.

The evaluation is type “final”, a moment of evaluation.



(3000 caracteres)

As metodologias de ensino usadas nesta Unidade Curricular (seminários sobre tópicos programáticos,

ensaios experimentais e tratamento e discussão dos resultados obtidos) assentam em princípios e

metodologias de ensino que visam o desenvolvimento de competências individuais, o incentivo e a

promoção da autonomia intelectual subjacente ao desenvolvimento destas competências, de forma a

permitir a resolução de problemas e o desenvolvimento de um espírito crítico e de um forte dinamismo

científico. Por outro lado, as metodologias usadas nesta Unidade Curricular que incluem a utilização

de métodos de ensino dinâmico são fundamentais para o desenvolvimento de competências

necessárias para o trabalho de equipa, fundamental na vida académica e profissional.

Os seminários permitem divulgar conhecimento científico atual relativo às áreas nas quais o docente

e investigadores estão envolvidos e estimulam o interesse dos alunos por campos em que a

microbiologia desempenha um papel relevante. Por outro lado, o contacto com especialistas com uma


vida profissional ativa, permite uma interação entre o palestrante e os alunos, possibilitando que estes

fiquem com uma noção de como se estrutura o mercado de trabalho.

The teaching methodologies used in this Course (seminars on program topics, experimental

experiments and analysis and discussion of the results) are based on principles and teaching methods

in order to develop individual skills, encourage and promote intellectual autonomy, allowing the

resolution of problems, the development of a critical spirit and the development of a strong scientific

dynamism. Moreover, the methodologies used in this Course which include the use of dynamic

methods of teaching are fundamental to the development of skills necessary for teamwork, critical in

academic and professional life.

The seminars allow promotion of current scientific knowledge regarding the areas in which teachers

and researchers are involved and stimulate student interest in fields that microbiology plays an

important role. On the other hand, the contact with experts with an active professional life, allows an

interaction between the speaker and students, enabling them to become a notion of how to structure

the work market.


(1000 caracteres)

1. Alves E, Tomé JPC, Faustino MAF, Neves MGPS, Cunha A, Almeida A (2014) An insight on bacterial

cellular targets of photodynamic inactivation. Future Medicinal Chemistry. 6(2): 141-164.

2. Chan BK, Abedon ST, Catherine Loc-Carrillo (2013) Phage cocktails and the future of phage

therapy. Future Microbiology. 8(6):769-783.

3. Tavares A, Carvalho CMB, Faustino MA, Neves MGPMS, Tomé JP C, Tomé AC, Cavaleiro JAS, Cunha

A, Gomes NCM, Alves E, Almeida A. (2010) Antimicrobial Photodynamic Therapy: Study of Bacterial

Recovery Viability and Potential Development of Resistance after Treatment. Marine Drugs, 8(1):91-

105.

4. Vatansever F, Melo WCMA, Avci P, Vecchio D , Sadasivam M, Gupta A, Chandran R , Karimi M ,

Parizotto NA, Yin R, Tegos G P, Hamblin MR (2013) Antimicrobial strategies centered around reactive

oxygen species - bactericidal antibiotics, photodynamic therapy and beyond. FEMS microbiology

reviews, 37(6):955-989.

5. Vieira A, Yolanda S, Cunha A, Gomes NCM, Ackermann H, Almeida A. (2012) Page therapy to

control multidrug-resistant P. aeruginosa skin infections: in vitro and ex vivo experiments. European

Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 31:3241-3249.

6. CDC. National and State Healthcare-associated Infections Progress Report. Centers for Disease

Control and Prevention, Mar 2014.

7. Magill SS, Edwards JR, Bamberg W, et al. (2014) Multistate point-prevalence survey of health care-

associated infections. New England Journal of Medicine, 370(13):1198-1208.

8. Hamblin M, Jori G. 2011 Photodynamic Inactivation of Microbial Pathogens: Medical and

Environmental Applications. Cambridge: Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK

9. Hatfull G 2014 Recent progress in bacteriophage research. MDPI, Basel, Switzerland




(100 carateres)

Valorização de Invertebrados Marinhos e seu Microbioma

Valorization of Marine Invertebrates and their Microbiome


nome completo)

(1000 caracteres)

Ricardo Calado (15T, 30TP)


(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

O objetivo da disciplina é dar a conhecer quais as metodologias existentes para realizar a

bioprospecção de invertebrados marinhos e do seu microbioma (holobionte) para identificação de

compostos bioativos com aplicações de valor acrescentado. A biodiversidade dos invertebrados

marinhos extantes e dos seus respetivos micobiomas, assim como os distintos habitats que ocupam,

serão abordados no contexto da biotecnologia azuk, realçando quais os grupos mais relevantes na

descoberta de novos compostos bioativos. Serão revistos e discutidos de forma crítica os principais

constrangimentos associados à bioprospecção deste grupo de organismos e do seu microbioma. A

relevância da aquacultura in situ e ex situ para a biotecnologia azul será igualmente abordada, assim

como a importância da aquacultura in toto para preservação do microbioma e manutenção da

integridade do holobionte. A presente disciplina irá permitir ainda aos alunos adquirir conhecimentos

teóricos e teórico-práticos referentes ao desenvolvimento de estratégias para a valorização das

coleções vivas e de coleções de estratos obtidos de invertebrados marinhos e do seu microbioma.

The objective of this discipline is to provide knowledge which methods are currently available to

perform the bioprospecting of marine invertebrates and their microbiome (holobiont) for the

identification of value.



(1000 caracteres)

Invertebrados marinhos - biodiversidade e relevância na biotecnologia azul

Invertebrado hospedeiro e microbioma associado – o holobionte

Bioprospecção de invertebrados marinhos – onde, como e porquê

Constrangimentos da bioprospecção de invertebrados marinhos e do seu microbioma

Aquacultura in situ e ex situ de Invertebrados marinhos

Aquacultura in toto de invertebrados marinhos e do seu microbioma

Estratégias de valorização

Marine invertebrates – biodiversity and relevance in marine biotechnology

Invertebrate host and associated microbiome – the holobiont

Marine invertebrates bioprospecting – where, how and why

Bioprospecting constraints of marine invertebrates and their microbiome

Ex situ and in situ aquaculture of marine invertebrates

In toto aquaculture of marine invertebrates and their microbiome

Valorization strategies


curricular

(1000 caracteres)

No final da disciplina, de acordo com os conteúdos programáticos apresentados, os estudantes terão

adquirido as seguintes competências:

Identificação dos grupos de invertebrados marinhos e dos habitats que estes ocupam que apresentam

maior potencial para a biotecnologia azul, assim como a relevância do microbioma associado aos

hospedeiros invertebrados (valorização do holobionte).

Análise e síntese de informação complexa referente aos constrangimentos associados à biprospeção

de invertebrados marinhos e do seu microbioma.

Utilização de diferentes estratégias de bioprospecção associadas à utilização da aquacultura in situ e

ex situ e da aquacultura in toto para a biotecnologia azul.

Implementação de estratégias de valorização das coleções vivas e de coleções de estratos obtidos de

invertebrados marinhos e do seu microbioma.

According to the theoretical and practical contents of the discipline, students will be able to:

Identify the groups of marine invertebrates and the habitats these occupy with the highest potential

for blue biotechnology, as well as the relevance of the microbiome associated with the invertebrate


host (valorization of the holobiont).

Analyze and synthesize complex information on the constraints associated with the bioprospecting of

marine invertebrates and assocaiated microbiome.

Use different bioprospecting strategies associated with in situ and ex situ aquaculture, as well as in

toto aquaculture, for blue biotechnology.

Implement valorization strategies of living collections and extract collections originating from marine

invertebrates and their microbiome.



(1000 caracteres)

A disciplina é lecionada recorrendo a métodos expositivos e demonstrativos. No que respeita a trabalho

autónomo fora da sala de aula são traçados objetivos relacionados com a pesquisa de informação

bibliográfica e a análise de artigos científicos que permitam elaborar uma campanha de bioprospeção

de um grupo de invertebrados marinhos e do seu microbioma (portanto do holobionte) e a valorização

de compostos de interesse para a biotecnologia. Os estudantes terão igualmente oportunidade de

visitar instituições onde é realizada a bioprospeção de invertebrados marinhos e valorização de

compostos bioactivos. Os estudantes serão avaliados através da apresentação oral de um projeto

referente à realização de uma campanha de bioprospecção de um grupo de invertebrados marinhos à

sua escolha, tendo em atenção a motivação para realização da mesma, os constrangimentos que podem

encontrar, como os poderão ultrapassar e qual a estratégica de valorização. A avaliação irá incluir ainda

um exame final no qual serão abordadas todas as matérias lecionadas.

The theoretical and practical contents discipline will be lectured using a mix of expositive and

demonstrative methodologies. Concerning student’s autonomous work outside the class room, it will

consist of bibliographic research and analysis of scientific literature that may allow them to elaborate

a bioprospecting campaign of marine invertebrates of their choice, as well as associated microbiome

(thus the holobiont). Students will also have the opportunity to visit institutions addressing the

bioprospecting of marine invertebrates and the valorization of bioactive compounds. Students will be

evaluated through the oral presentation of a project describing a bioprospecting campaign targeting a

group of marine invertebrates of their choice, taking into account the motivation for that campaign,

the constraints they may find, how they may overcome them and which valorization strategies will

they employ. Students will also be evaluated through a final exam covering all the contents of the

discipline.



(3000 caracteres)

No final da disciplina, de acordo com as metodologias de ensino empregues, os estudantes terão

aprofundado os seus conhecimentos de planificação e implementação de campanhas de

bioprospecção de invertebrados marinhos e do seu microbioma, dos constrangimentos associados a


esta atividade e da importância da aquacultura in situ e ex situ, assim como da aquacultura in toto,

para a biotecnologia azul. Os estudantes terão igualmente adquirido sensibilidade para as questões de

valorização de compostos bioativos isolados destes organismos e de coleções vivas e/ou de extratos,

tendo igualmente desenvolvido a capacidade de trabalhar em equipa, estimular a sua criatividade e

iniciativa num contexto de excelência científica.

According to the teaching methodologies employed, at the end of the teaching period students will

have gained knowledge on the planning and implementation of bioprospecting campaigns targeting

marine invertebrates and their microbiome, of associated constraints, and the relevance of in situ and

ex situ aquaculture, as well as in toto aquaculture, for blue biotechnology. Students will also have

acquired the background necessary to critically discuss valorization issues of bioactive compounds, as

well as living and/or extract collections, while simultaneously developing their team work ability and

stimulated their creativity and initiative under an environment of scientific excellence.


(1000 caracteres)

1- Se-Kwon, K. 2015 Springer Handbook of Marine Biotechnology. Springer. (66 chapters, 1512 pp)

2- Leal, M.C., Sheridan, C., Osinga, R., Dionísio, G., Rocha, R.J.M., Silva, B., Rosa, R., Calado, R.

2014 Drug discovery from marine microorganism-invertebrate assemblages: perspectives to solve

the “supply problem". Marine Drugs. 12: 3929-3952.

3- Leal, M.C., Puga, J., Serôdio, J., Gomes, N.C.M., Calado, R. 2012. Trends in the discovery of new

marine natural products from invertebrates over the last two decades – where and what are we

bioprospecting? PLOS ONE. 7(1): e30580.




(100 carateres)

A Base Molecular da Biomedicina

The Molecular Basis of Biomedicine


nome completo)

(1000 caracteres)

Odete Abreu da Cruz e Silva – 15 TP


(1000 caracteres)

Jens Wiltfang – 5 TP; Sandra Isabel Moreira Pinto Vieira – 4 TP; Ana Gabriela Henriques – 4 TP;

Sandra Rebelo – 2 TP



(1000 caracteres)

O objetivo geral é a compreensão da Biomedicina molecular de forma multidisciplinar, integrada com

as várias areas do conhecimento e relacionar com a medicina. Ao completar esta unidade curricular o

estudante deve ser capaz de:

• compreender os princípios fundamentais das disciplinas representadas na biomedicina molecular

• descrever as funções fundamentais e mecanismos moleculares ao nıvel da molecula, célula, orgao,

em relação ao corpo humano e compreender estes conceitos no que diz respeito ao desenvolvimento

de doencas

• descrever a aplicação da medicina molecular nas estratégias de tratamento e na pratica clinica

• integrar a teoria de medicina molecular com procedimentos de biologia molecular

• formular a base molecular para compreender e potenciar a relevancia de outros aspectos tratados

no PDBM

• providenciar uma visao inovadora relevante para a investigação básica e atual nos problemas da

saude humana.

The overall objective is to understand the multidisciplinary nature of molecular Biomedicine,

integrating various areas of knowledge and relate them to medicine.

Upon completion of this curricular unit the student should be able to:

• understand the fundamental principles of the disciplines represented in molecular biomedicine;

• describe the fundamental functions and molecular mechanisms at the level of the molecule, cell and


organ, in relation to the human body and understand these concepts with respect to the development

of disease,

• describe the application of molecular medicine in treatment strategies and in clinical practice,

• integrate the theory of molecular medicine with molecular biology procedures,

• form the molecular basis to understand and enhance the significance of the other aspects addressed

within the DPBM;

• provide innovative insights and know the relevance of basic research for current problems in human

health.


(1000 caracteres)

A unidade curricular focar-se-a nos mecanismos moleculares, celulares e fisiologicos da doenca

incluindo estrategias

de diagnostico e terapia.

Processos moleculares e celulares na patogenese

• danos celulares/morte celular

• adaptacao celular

Base molecular e celular da inflamacao

• tipos de celulas, mediadores químicos

• inflamacao descontrolada

Agregacao proteica e doença

• princıpios de agregação proteica

• desenvolvimento de doencas amiloidogénicas

Interacao hospedeiro patógeno

• microrganismos patogenicos/virulência;

• principais grupos de microrganismos responsaveis por patologias humanas;

• infecoes associadas aos cuidados de saude;

Exemplos de patogenese molecular e celular na doenca humana

Focar-se-á em exemplos de patologias humanas mais comuns, ao nıvel molecular e celular, por

exemplo: • doencas cardiovasculares

• cancro

• sındromes metabolicos

• neuropatologias

Princıpios e a prática de patologia molecular

• procedimentos de diagnostico

• estrategias terapeuticas.

The advanced course will focus on the molecular, cellular and physiological mechanisms of disease

and will include diagnostic and therapeutic strategies.

Cellular and molecular processes in pathogenesis

• cell injury/cell death

• cellular adaptation

Molecular and cellular basis of inflammation

• cell types, chemical mediators

• uncontrolled inflammation

Protein aggregation and disease


• principles of protein aggregation

• development of amyloidogenic diseases

Host pathogen interaction

• pathogenic microorganisms/virulence

• major groups of microorganisms responsible for human pathologies

• infections associated with health care

Examples of molecular and cellular pathogenesis in human diseases

Focus on selected major human diseases at the molecular and cellular levels: • cardiovascular

diseases

• cancer

• metabolic syndromes

• neuropathologies

Principles and practice of molecular pathology

• diagnostic approaches

• therapeutic strategies.


curricular

(1000 caracteres)

O plano de estudos inicia com uma introdução aos processo moleculares e celulares que contribuem

para as condições patogenicas. Ep um ponto de partida importante, dado que este primeiro modulo ira

fornecer aos estudantes informacao fundamental que pode ser aplicada, não só para o resto da

disciplina mas no PDBM no seu todo. Após esta introdução os estudantes irão considerar bases

moleculares e celulares comuns a estados de doenca. Em particular os estudantes serao motivados

para considerar os processos de inflamação e agregação. Começa a ficar evidente que estes processos

sao comuns a muitas doencas e nao estão associados a uma so condicao patologica.

Doencas infeciosas serao tratadas num modulo especifico. São doencas que trazem constantemente

novos desafios para a nossa sociedade. A fonte do problema varia desde surtos a multi resistências. A

base molecular subjacente a estes eventos sera abordada.

De seguida os estudantes serao guiados a estudar patologias humanas, com exemplos específicos, do

ponto de vista molecular e celular.

O último modulo esta desenhado para integrar os conhecimentos adquiridos e aplica-los num contexto

inovador de diagnostico e terapêutica.

O objetivo global e fornecer uma introducao solida para os tópicos abordados no PDBM. Como tal,

esta disciplina forma as fundações para trabalho posterior e devia preparar os estudantes para futuras

disciplinas/cursos avancados. Em particular, ao terem que escolher o seu projeto de investigação, esta

disciplina devia auxiliar na definição dos seus interesses especıficos.

The syllabus starts with an introduction to the cellular and molecular processes, which can contribute

to pathogenic conditions. It is an important starting point as this first module will provide the students

with fundamental information which can be applied, not only to the remainder of this discipline but

also to the entire doctoral programme. Following this introduction the students will address common

cellular processes associated with disease states. In particular they will be motivated to consider

inflammation and protein aggregation processes. It is becoming evident that these processes are


common to many disease states and are not associated with a given disease condition. Infections

diseases will be treated in a specific module. These diseases are constantly bringing new challenges to

our society. The source of this problem is varied from specific outbreaks to multi resistance. The

underlying molecular basis of these types of infections will be addressed.

Subsequently, the students will be guided to address specific examples of human pathologies from a

molecular and cellular viewpoint.

The last module is designed to integrate the acquired knowledge and apply it in the context of

innovative diagnostics and therapeutics.

The overall objective is to provide a solid introduction to the subject matters addressed in the DPBM.

As such this discipline sets the foundations for subsequent work and should prepare the students for

the following course units. In particular they will have to choose their research project and this should

assist in defining specific interests.



(1000 caracteres)

É expectavel que os estudantes tomem a responsabilidade do seu proprio processo de aprendizagem.

As componentes formativas incluem palestras, seminarios, e discussoes em grupo.

Sessões de discussão serão organizadas em pequenos grupos de modo a facilitar avaliacoes detalhadas

dos topicos em discussao. Os grupos de discussao irão incluir um docente ou mais, sempre que

possível, justificando o envolvimento de vários docentes. Artigos publicados recentemente serao

introduzidos na discussao. Peritos nas varias areas serao convidados sempre que possível para

seminarios.

A avaliacao tomara dois formatos distintos. O primeiro será um exame final, de respostas curtas, no

fim do curso avançado. A segunda componente está associada à discussao em grupo. Estudantes serao

avaliados qualitativamente pela sua participação ativa na discussao e quantitativamente com base nos

relatorio que serao entregues.

It is expected that the students will take responsibility for their own learning. Teaching components

will resort to lectures, seminars, group-based discussions.

Discussions sessions will be organised in small groups to facilitate an in-depth examination of individual

topics. The discussion groups will involve faculty staff whenever possible thus justifying the number of

teaching members involved. Recently published research articles, will also be brought into the

discussion.

Experts on specific areas will be invited as speakers whenever possible.

Evaluation will be in two different formats. The first will be an exam at the end of the advanced course,

students will have to answer short questions. The second component will be tied in to the discussion

groups. Students will be qualitatively evaluated for their active participation in the discussion and

quantitatively evaluated based on reports, which they will have to hand in.




(3000 caracteres)

A base molecular de doenças e um topico altamente complexo e muitas vezes desconhecemos todos

os componentes moleculares e celulares envolvidos nas patologias. O estudante será levado a iniciar

o seu processo de compreensão dos princípios fundamentais em Biomedicina (tal como indicado no

primeiro objective). Os grupos de discussao irao auxiliar ir ao encontro das questoes de modo

integrado desde perspectivas moleculares e celulares à doença no seu todo. Isto naturalmente levara

a aplicacao dos conceitos adquiridos na vertente de diagnosticos inovadores e estrategias

terapeuticas. Ep expectável que em alguns casos resultem novas linhas e/ou projetos de investigacao.

Isto e também um dos objetivos do curso avancado.

Ep evidente que existem um número tremendo de patologias e seria impossıvel estuda-las todas. Por

esta razao só as doencas mais comuns serao abordadas. No entanto espera-se que os estudantes

adquirem a capacidade para explorar outras patologias quando enfrentados com essas pela primeira

vez. Ao completar este curso avancado o estudante deve ser capaz de integrar a teoria da medicina

molecular com procedimentos de biologia molecular e entender como estes conhecimentos podem

ser aplicados à prática clínica de rotina. O estudante estará equipado com as ferramentas para ir ao

encontro de novos desafios na Biomedicina a partir de uma perspectiva molecular e celular.

Ep nosso objectivo que o estudante, ao completar a disciplina, terá adquirido mais conhecimentos que

a soma dos tópicos identificados no plano de estudos. Resumindo, o estudante deve ficar bem

preparado para colocar as questoes corretas do ponto de vista molecular e celular, identificar a

investigacao de base que tem que ser executada e saber aplicar os conhecimentos adquiridos aos

problemas de saude humana.

Molecular basis of diseases is a highly complex topic and often we are unaware of all the molecular

and cellular components involved in the pathogenic states. Hence the student will be guided to start

to comprehend the fundamental principles in Biomedicine (as outlined in the first objective). The

discussion groups should help to address the questions in an integrated manner going from molecular

and cellular perspectives to the disease as a whole. This should lead naturally into applying the learned

concepts to innovative diagnostics and therapeutic strategies. It is expected that in some cases these

could result in possible future research lines or projects. This is also one of the fundamental objectives

of this discipline.

It is self evident that there is a tremendous number of disease states and it would be impossible to

tackle them all in such a short time. Thus focus will be placed on the more common pathologies.

However, it is hoped that the students will gain the capacity to explore other disease conditions when

the problem is placed before them for the first time. Hence the focus will be in guiding and training

rather than teaching. Upon completion of this advanced course the student should be able to integrate

the theory of molecular medicine with molecular biology procedures and understand how it can be

applied to routine clinical practice. The student should be equipped with the tools to meet new

challenges in biomedicine from a molecular and cellular perspective.

It is our aim that the student emerging from this discipline will acquire more knowledge than the sum

of the topics identified in the syllabus. In essence the student should be well equipped to ask the

correct questions from a molecular and cellular viewpoint, identify the relevant basic research that has

to be carried out and be able to apply it to human health problems.


(1000 caracteres)

Molecular Biology of the Cell. B. Alberts et al., (2008), 5th Edition, Garland Science Publishing. ISBN:


978-0815341116

Essential Concepts in Molecular Pathology. William Coleman and Gregory Tsongalis (2010) ELSEVIER.

ISBN: 978-0-12-374418-0

Cellular and Molecular Pathobiology of Cardiovascular Disease. Monte Willis, Jonathon Homeister

and James Stone (2014), Academic Press.

ISBN: 9780124052062

Fundamentals of Inflammation. Charles N. Serhan, Peter A. Ward, Derek W. Gilro (2010). Cambridge

University Press.

ISBN: 978-0-521-88729-8

Protein Misfolding, Aggregation and Conformational Diseases: Part A: Protein Aggregation and

Conformational Diseases. Vladimir N. Uversky and Anthony Fink (2006). Springer.

ISBN: 978-0-387-25919-2



(100 carateres)


Biologia Celular e Sinalizacao

Cell biology and signaling


nome completo)

(1000 caracteres)

Odete Abreu da Cruz e Silva - 15 TP


(1000 caracteres)

Sandra Maria Tavares da Costa Rebelo – 15 TP



(1000 caracteres)

Esta unidade curricular pretende integrar a biologia celular e as suas vias de sinalização. Assim sendo,

pretende-se que os estudantes comecem por reconhecer a célula como unidade funcional do ser vivo,

através do estudo dos seus compartimentos subcelulares, destacando-se por exemplo a membrana

plasmatica que tem um papel central na sinalização celular. De seguida vários processos celulares

serao detalhados nomeadamente: a comunicação célula-celula, proliferacao, a diferenciacao, a

mobilidade, a fertilização e a morte celular assim como as vias sinalização subjacentes a estes

processos. Pretende-se que os estudantes adquiram conhecimentos sólidos de cascatas destes

processos celulares. Esta UC vai permitir que se conheçam algumas patologias que resultam de vias

alteradas de sinalização, como por exemplo a diabetes, a esquizofrenia e o cancro. Adicionalmente

serao destacados topicos que se encontrem actualmente em investigação nesta área relacionados

com vias de sinalizacao alteradas.

This course aims to integrate cell biology and its signaling pathways. Accordingly, it is intended that

students recognize the cell as the functional unit of living organisms through the study of their

subcellular compartments, highlighting for example the plasma membrane which has a central role in

cell signaling. Moreover, various cellular processes will be detailed including: cell-cell communication,

proliferation, differentiation, mobility and cell death as well as the signaling pathways underlying

these cellular processes. It is the intent that students will acquire a solid knowledge of the signaling

pathways that regulate these cellular processes. Some pathologic conditions are associated with

signaling deregulation (such as diabetes, schizophrenia and cancer), these will be studied. Additionally

topics that are currently under investigation in this area will be highlighted.



(1000 caracteres)

Todos os processos celulares são regulados por vias de sinalização. A correcta regulação destes

processos celulares é crítica para o desenvolvimento e para a homeostasia dos seres vivos. Assim

sendo, a sua desregulação resulta normalmente em diversas doencas.

1. Aula introdutoria: programa da UC, bibliografia e metodologias de avaliação

2. Celula: diversidade de compartimentos subcelulares e suas funções

3. Alguns compartimentos subcelulares em detalhe: Membrana plasmatica, citoesqueleto 4.

Conceitos de sinalizacao celular

5. Processos celulares: Comunicação célula-celula e vias de sinalizacao reguladoras

6. Proliferação celular e vias de sinalização reguladoras

7. Vias de sinalização reguladoras da diferenciação celular

8. Fertilizacao e vias de sinalizacao reguladoras;

9. Vias de sinalizacao reguladoras da morte celular

All cellular processes are regulated by signaling pathways. The proper regulation of these cellular

processes is critical for the development and for homeostasis of living organisms. Therefore, the

deregulation of cell signaling pathways normally results in several disorders.

1. Introductory Lecture: UC program, bibliography and assessment methodologies 2. Cell: diversity of

subcellular compartments and their functions

3. Deep understanding of cell compartments: plasma membrane, cytoskeleton

4. Concepts of cell signaling

5. Cellular processes: cell-cell communication and regulatory signaling pathways 6. Cell proliferation

and associated signaling pathways

7. Signaling pathways regulating cell differentiation

8. Fertilization and regulatory signaling pathways

9. Signaling pathways regulating cell death


curricular

(1000 caracteres)

Os conteudos programaticos permitem que os estudantes adquirem uma visao global das vias


sinalizacao que regulam processos celulares cruciais, nomeadamente proliferacao celular,

diferenciacao celular, fertilizacao, morte celular e comunicacao celula-celula, sendo este o principal

objectivo de aprendizagem desta UC. A aquisicao destes conhecimentos sera gradual e comecaremos

com os conceitos basicos da celula e fisiologia dos seus compartimentos. Os conceitos de sinalizacao

celular serao tambem abordados. Os seguintes processos celulares serao detalhados: proliferacao

celular, diferenciacao celular, fertilizacao, morte celular e comunicacao celula-celula, assim como as

vias de sinalizacao reguladoras destes eventos celulares. O conhecimento das vias de sinalizacao

subjacentes a estes processos celulares sera importante para que os estudantes identifiquem e

compreendam algumas patologias humanas onde claramente ocorre uma desregulacao dessas vias de

sinalizacao. Assim os estudantes terao oportunidade de aplicar os conhecimentos base adquiridos e

identificar as alteracoes nas vias de sinalizacao que surgem nestas doencas humanas, evidenciando o

estado da arte em investigacao nestas vias sinalizacao alteradas (‘research highligts’), identificando

novos focus de investigacao e novas potenciais moleculas para intervencao farmacologica.

Esta aquisicao de conhecimentos sera gradual e muito centrada no estudante, uma vez que uma parte

consideravel das aulas será ministrada em aprendizagem baseada em problemas (‘Problem Based

Learning’-PBL, sessões tutoriais). Assim conseguiremos trabalhar com os estudantes outro tipo de

competencias nomeadamente, trabalhar em grupo, capacidade de analise crıtica, capacidade de

relacionar conceitos e capacidade de apresentar e discutir oralmente assuntos cientıficos.

The UC program allows students to obtain an overview of the signaling pathways that regulate crucial

cellular processes, including cell proliferation, cell differentiation, fertilization, cell death and cell-cell

communication and this is the main learning outcome of this course. The acquisition of this knowledge

will be gradual and will start with the basics of cell biology including the physiology of the subcellular

compartments. The basic concepts of cell signaling will also be addressed. The following cellular

processes will be detailed: cell proliferation, cell differentiation, fertilization, cell death and cell-cell

communication, as well as the signaling pathways regulating these cellular events. The understanding

of the signaling pathways underlying these cellular processes will be important for students to identify

and understand some human diseases where dysregulation of these signaling pathways clearly occurs.

Thus students will have opportunity to apply acquired knowledge and identify and understand changes

in the signaling pathways that arise in those human diseases, highlighting the state of the art research

in those altered signaling pathways ('Highlights research'), identifying new focus of research and

potential new molecules for pharmacological intervention.

This acquisition of knowledge will be gradual and very student-centered, since a considerable part of

the classes will be taught in problem-based learning ('Problem Based Learning'-PBL, tutorial sessions).

This way we can work

with students other skills in particular, work in groups, capacity for critical analysis, ability to relate

concepts and ability to orally present and discuss scientific matters.



(1000 caracteres)

O ensino da UC baseia-se em aulas presenciais teorico-praticas. As aulas incluem seminarios e serao

principalmente dadas em aprendizagem baseada em problemas (sessoes tutoriais). As ultimas duas


serao as apresentacoes dos trabalhos (‘Research highlights’). A distribuicao dos materiais das aulas

(powerpoint, vıdeos e artigos cientıficos) sera feita ‘online’ atraves do servidor moodle (moodle.ua.pt).

Este sera tambem usado para comunicar com os estudantes, em particular para clarificar duvidas.

Os estudantes terão oportunidade de realizar trabalhos onde evidenciarão o estado da arte da

investigação das vias de sinalização desreguladas associadas a patologias humanas e que serão

apresentados nas ultimas duas aulas teorico-praticas.

A avaliação da UC é contínua, baseada no teste, no desempenho nas tutoriais, presenca nos seminarios

e apresentacao dos trabalhos.

The teaching of this UC is based on attending classes mainly theoretical-practical. The classes will

consist of seminars and mainly in the format of Problem-based learning (tutorial sessions) and the last

two will be project presentations ('Research highlights'). The online distribution of school materials

(powerpoint, videos and scientific articles) will be done through Moodle (moodle.ua.pt) server. This

will also be used to communicate with students, in particular to clarify doubts.

Students will have the opportunity to develop projects that will summarize the state of the art of

research in altered signal transduction associated with human diseases and will be presented in the

last two theoretical-practical classes.

The evaluation of UC is continuous based on test performance in tutorials, seminars and presentation

of the projects.



(3000 caracteres)

Os estudantes irão compreender as vias de sinalização subjacentes a diversos processos celulares e

entender que a sua desregulação resulta em processos patologicos. Assim sendo e necessário que

conhecam a célula e sua organização funcional basica assim como a fisiologia dos seguintes processos

celulares: proliferação, diferenciação, fertilizacao, morte celular e a comunicação celula-celula que sao

um pouco complexos. Deste modo, os seminarios sao importantes para a introducao e explicação dos

conceitos básicos da célula e da sua organização funcional. Alguns conceitos de sinalização serao

igualmente introduzidos e explicados. Quanto aos processos fisiológicos: proliferação, diferenciação,

fertilizacao, morte celular e a comunicação celula-celula e as suas formas de regulacao serao

trabalhados nas aulas teórico-praticas atraves de aprendizagem baseada em problemas (sessoes

tutoriais). Estas ultimas serao complementadas com seminarios dados pelos docentes da UC ou por

alguns convidados peritos na área. O conhecimento das vias que regulam estes processos celulares

permitirá que os estudantes entendam que da sua desregulação resultam certos processos

patologicos. Assim os estudantes terao oportunidade de relacionar os conhecimentos base das vias

sinalização adquiridos, com as alteracoes das vias sinalizacao e associa-los a certas patologias

humanas. Esta sera a ultima parte da UC e consistira num trabalho realizado autonomamente e que

sera apresentado, nas últimas aulas teórico-praticas. Este trabalho consistira num aspecto muito

importante da UC já que os estudantes terão oportunidade de identificar potenciais novas áreas de

investigação, assim como potenciais alvos (moleculas ou vias) para intervencao terapeutica.


Students will understand the signaling pathways underlying diverse cellular processes and uthat their

deregulation results in pathological conditions. Therefore it is necessary to know the basic cell biology

including the functional organization of its subcellular compartments and the physiology of following

cellular processes: proliferation, differentiation, fertilization, cell death and cell-cell communication

that are somewhat complex. Thus, the lectures will be important for the introduction and explanation

of the concepts of cell biology and its functional organization. Some concepts of signaling will also be

introduced and explained. Regarding the cellular processes: proliferation, differentiation, fertilization,

cell death and cell-cell communication and their means of regulation will be worked on theoretical-

practical classes through problem-based learning (tutorial sessions). The latter will be supplemented

by seminars given by the professors associated to the UC or some invited expertise colleagues. By

understanding pathways that regulate these cellular processes the students will recognize that its

dysregulation result certain pathological processes. Thus students will have the opportunity to identify

and understand the alterations in the signaling pathways that are associated with certain human

diseases. This will be the last part of the UC and consist of an autonomous project that students will

present in last two theoretical-practical classes. This work will consist of a very important aspect of UC

since students have the opportunity to identify potential areas for further research, as well as potential

targets (molecules or pathways) for therapeutic intervention.


(1000 caracteres)

1. Lodish, H.; Berk, A.; Matsudaira, P.; Kaiser, C.A.; Krieger, M.; Scott, M.P.; Zipursky, L.; Darnell,

J.(2005) Biologia Celular e Molecular, 5aed., ARTMED, Porto Alegre.

2. Azevedo, C. and E. Sunkel, C (). Biologia Celular e Molecular, 5a Ed, LIDEL

3. Gomperts, B.D., Kramer, I.M., and Tatham, P.E.R. (2009). Signal Transduction (Second Edition) San

Diego, Academic Press

4. Fardilha, M., da Cruz e Silva, O. & Conde, M. (2012). eSsenciais em: Sinalização Celular,

Biologicando, Edicoes Afrontamento e Departamento de Biologia, ISBN:978-972-36-1253-0. 310

paginas

5. Artigos de revisao (Pubmed)



(100 carateres)


Elucidacao Estrutural de Biomoleculas

Structural Elucidation of Biomoloecule


nome completo)

(1000 caracteres)

Vıtor Manuel Sousa Felix – 15 T


(1000 caracteres)

Brian James Goodfellow – 15 TP



(1000 caracteres)

Esta unidade de credito (UC) pretende dar a conhecer aos estudantes do programa doutoral em

Biotecnologia, com formações científicas diversas, um visão integrada da ressonancia magnetica

nuclear e da cristalografia na determinação de estruturas de biomoleculas.

No final do curso, os estudantes deverao ter adquirido competencias que permitam: a) descrever

comparativamente ambos os métodos; b) saber como e quando podem ser aplicados; c) a análise

critica de artigos científicos na materia; d) saber relacionar a estrutura de uma biomolecula com a

sua funcao biologica; e) saber como é que ambos métodos podem ser utilizados no estudo dos no

reconhecimento molecular em sistemas celulares ou no design de fármacos. Adicionalmente, os

estudantes deverao adquirir competencias na pesquisa em bases de dados estruturais (i.e.“Protein

Data Bank”), bem como representar graficamente estruturas 3-D de biomoleculas utilizando software

apropriado.

This course aims to acquaint the students of the doctoral program in Biotechnology, from diverse

scientific backgrounds, with an integrated view of nuclear magnetic resonance and x-ray

crystallography as used to determine the 3D structures of biomolecules.

At the end of the course, students should have acquired skills that allow them to: a) comparatively

describe both methods; b) decide how and when they can be applied; c) critically analyse scientific

articles on the subject; d) relate the knowledge of the structure of a biomolecule with its biological

function; e) recognise how both methods can be used to study molecular recognition in cellular


systems or to design drugs. Additionally, students should be able to search structural databases (i.e.

Protein Data Bank) as well as use programs to visualize 3D structures of biomolecules.


(1000 caracteres)

RMN:

As bases – RMN 1D: desvio quımico, acoplamento J, relaxacao

RMN Multidimensional: 2, 3 e 4D

Preparação de amostras e marcação isotopica: 15N,13C e 2H

Identificação sequencial de sinais: experiencia e estrategias para identificacao sequencial da cadeia

principal e as cadeias laterais

Calculo de estruturas: CYANA

Dinamica de biomoleculas por RMN: T1, T2 e hetNOE

Cristalografia de raios-X

Introdução: perspectiva historica e exemplos ilustrativos.

Cristais: cristalizacao, habitos cristalinos, periocidade e simetria cristalina

Difração de raios X: radiação de raios-X, planos atomicos, lei de Bragg, recolha de dados, intensidades

difractadas, simetria do padrao de difracao.

Da difração a densidade electronica: factor de estrutura, densidade electronica, o problema da fase.

Resolucao e refinamento: resolução do problema da fase, construcao do modelo, refinamento e

validacao do modelo

Bases de dados estruturais e software de visualização de graficos moleculares.

Nuclear magnetic resonance

The basics – 1D NMR: chemical shift, J coupling, relaxation

Multidimensional NMR: 2, 3 and 4D

Sample preparation and isotopic labelling: 15N, 13C and 2H

Resonance assignment: experiments and strategies for backbone and sidechain assignment

Structure calculation: CYANA

Measuring biomolecule dynamics by NMR: T1, T2 and hetNOE

X-Ray Crystallography

Introduction to crystal structure analysis: historical outline and illustrative examples


Crystals: crystallization, crystal habits, periodicity and crystalline symmetry.

X-Ray diffraction: X-ray radiation, atomic planes, Bragg’s law, data collection; diffraction intensities and

diffraction pattern symmetry.

From diffraction data to electron density: structure factor, electron density, the phase problem

Structure solution and refinement: solving the phase problem, model building, refinement and model

validation Structural data bases and molecular graphics visualisation software


curricular

(1000 caracteres)

Nesta unidade curricular serão abordadas os métodos mais utilizados na determinação de estruturas

tridimensionais de biomoleculas: ressonancia magnetica nuclear em solucao e cristalografia de raios X

no estado solido. Este curso foi concebido para estudantes com conhecimento cientıfica mınimo ou

nulo em ambas as técnicas, comecando com a leccionação dos princıpios basicos, que podera assumir

um caracter de revisão, dependendo da formacao inicial dos estudantes. Posteriormente, serão

abordados aspectos específicos da resolucao de estruturas de biomoleculas. Os conteudos leccionados

permitirao ao aluno do programa doutoral em biomedicina ter uma formação solida e equilibrada em

ambas as componentes. A coerência entre conteúdos e objectivos e assegurada, enfatizando-se a

complementaridade de ambas as técnicas, bem como as limitacoes e vantagens de cada uma. No final

do curso, o aluno devera ser capaz de decidir qual das tecnicas a utilizar num estudo estrutural concreto,

ou alternativamente, se devem ser utilizadas conjuntamente. Com esta unidade de crédito, o aluno

devera ainda ter desenvolvido proficiencias na utilização e valorizacao de estruturas (determinadas por

RMN ou cristalografia de raios X) depositadas em bases de dados estruturais de biomoléculas. Por

exemplo, utilizando software gráfico apropriado, devera saber ilustrar aspectos estruturais de uma

proteına relevantes para a sua funcao, ou interacoes intermoleculares que mediem o reconhecimento

entre um farmaco e um alvo biologico.

In this course nuclear magnetic resonance spectroscopy in solution and X-ray crystallography in the solid

state as used to determine 3D structures of biomolecules will be covered. This course is designed for

students with minimal or no scientific knowledge in both techniques. Initially a revision of the basic

principles of both methods will be carried out with specific aspects of the resolution of structures of

biomolecules being discussed subsequently. The course content allows the students in the doctoral

program to have a solid and balanced training. The coherence between content and objectives is

ensured by emphasizing the complementarity of both techniques, as well as their limitations and

advantages. At the end of the course the student will be able to decide which techniques to use in a

structural study, or alternatively, when they should be used together. With this course, the student will

develop proficiency in the use and recovery of structures (determined by NMR or X-ray crystallography)

deposited in structural databases of biomolecules and will be able to visualise, through software, the

relevant structural aspects of a protein in terms of its function or in terms of intermolecular interactions

that mediate recognition between a drug and a biological target.




(1000 caracteres)

Os módulos do curso serão leccionados atraves de aulas teorico-praticas presenciais de tres horas. A

primeira hora será dedica a exposição dos conteudos programaticos, seguindo-se uma aprendizagem

contextualizada atraves da realizacao de problemas concebidos a partir de dados reportados em

artigos científicos. Os materiais das aulas (powerpoint, artigos científicos) serao facultados online

atraves do servidores moodle da UA. No espaco de aula, os estudantes terao ainda oportunidade de

aprender a fazer pesquisas de estruturas nas bases de dados de biomoléculas e utilizar software na

representação de biomoleculas. O tempo de aula podera ainda ser ocupado com seminarios sobre o

state-of-the-art de ambas as técnicas preferidos por investigadores conceituados.

A avaliação da UC será continua e consiste de duas componentes: realizacao de um trabalho

bibliografico baseado (revisao critica) num pequeno numero artigos seguido de apresentacao publica

e discussao.

Course modules will be taught through theoretical and practical classes of three hours. The first hour

will be used to teach concepts and will be followed by a contextual learning in context through the

problem solving using data reported in scientific articles. The materials used in these classes

(powerpoint, scientific articles) will be made available online through the UA moodle server. Within

the class the students will also have the opportunity to learn how to do search structural databases

and use software for the 3D visualisation of biomolecules. Seminars on the state-of-the-art techniques

of both preferred by reputable researchers will also be included.

The evaluation will via continuous assessment and will consist of two components: a literature-based

report (critical review) based on a few articles followed by a public presentation.



(3000 caracteres)

O espaco inicial de cada aula será dedicado a explicacao dos conteudos programaticos de modo a que

os estudantes possam adquirir uma formação solida e estruturada em ambas as tecnicas. Estes espaco

de aula, sera tambem, sempre que necessario, utilizado para introduzir os problemas propostos para

resolução, que poderao ser de natureza teorica ou experimental.

Sempre que possível os problemas serão inspirados em artigos recentes ou em artigos pedagogicos

ilustrativos dos conceitos leccionados. Espera-se assim promover ativamente a participação dos

estudantes nas aulas teorico- praticas.

Os temas para os trabalhos de revisão critica serão propostos pelos docentes da UC de modo a

complementar e a consolidar os conhecimentos adquiridos pelos estudantes nas aulas. Contudo, a

selecao dos artigos supervisionada pelos docentes, será efectuada pelos estudantes através de

pesquisas bibliográficas em bases de dados gerais ou em bases dados estruturais como PDB. O trabalho

visa estimular a autoaprendizagem, desenvolver o poder sıntese e estimular o espírito critico na análise

de artigos científicos. Por outro lado, os estudantes serão incentivados a criar imagens ilustrar os seus

trabalhos utilizando os conhecimentos adquiridos nas aulas sobre grafismo molecular.

A apresentacao publica dos trabalhos, para alem de avaliar a capacidade do aluno expor com clareza

o trabalho efectuado, servira para promover a discussao entre os estudantes dos temas apresentados,


permitindo o esclarecimento de duvidas e clarificacao de conceitos.

The initial period of each class will be used so that students acquire a solid and structured training in

both techniques via standard theoretical lectures. Problem solving will also play and important role and

real problems and actual experimental data will be introduced whenever possible. Recent scientific

articles that illustrate the concepts taught will also be introduced. This is expected to actively promote

the participation of students in practical classes. The themes for the report containing a critical review

of the work will be proposed by faculty to complement and consolidate the knowledge acquired by

students in class. However, the selection of articles, supervised by teachers, will be performed by

students through a literature search in general databases or in structural databases such as PDB. Here

we aim to stimulate self-learning, develop and to stimulate critical thinking when analysing scientific

papers. Furthermore students will be encouraged to create appropriate images that illustrate their work

using the knowledge acquired in lectures on molecular graphics. The public presentation of the students

work, in addition to assessing the student's ability to clearly explain the work carried out, also serves to

promote discussion among students allowing clarification of any doubts or concepts.


(1000 caracteres)

- Teng, Q. “Structural Biology: Practical NMR applications” Springer Science, USA (2005)

- Evans, J.N.S. “Biomolecular NMR Spectroscopy”, Oxford University Press (1995)

- Wüthrich, K. “NMR of Protein and Nucleic Acids”, Wiley-Interscience Pub., (1986)

- Levitt, M.H. “Spin Dynamics. Basics of Nuclear Magnetic Resonance”, John Wiley & Sons, Ltd,

England (2002)

- Gil, V.M.S., Geraldes, C.F.G.C. “Ressonancia Magnética Nuclear. Fundamentos e aplicações”,

Fundacao Calouste Gulbenkian, ed. (1988)

- Friebolin, H. “Basic One- and Two-Dimensional NMR Spectroscopy”, VCH publishers, New York-

Germany, 2a ed. (1993)

- Rhodes G. , Crystallography, Made Crystal Clear, 2th Academic Press (2000).

Ladd M. & Palmer R., “Structure Determination by X-ray Crystallography. Springer, 5th ed. (2013)

- Blow D. “Outline of Crystallography for Biologists ”, Oxford University Press, (2002)

- Messerschmidt A. “X- Ray Crystallography of Biomacromolecules: A Practical Guide”, Wiley, (2007).



(100 carateres)


Imunologia Molecular

Molecular Immunology


nome completo)

(1000 caracteres)

Philippe Denis Pierre - 30 T


(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

Esta UC fornecerá ao aluno conhecimentos atualizados sobre imunologia e o sistema imune. Os

estudantes serao capazes de:

- Compreender os componentes celulares e moleculares do sitema imune inato e os pricipios básicos

do seu funcionamento.

- Compreender a forma como as células dendrıticas estabelecem a ponte entre a imunidade inata e

adaptativa, assim como os mecanismos pelos quais expoem os antigenios as células T.

- Compreender o desenvolvimento das células T e B a nível celular e molecular e explicar como

reconhecem e respondem aos antigenios.

- Compreender os mecanismos de defesa do hospedeiro perante a infecção e as estrategias de evasao

do sistema imune pelos microorganismos.

- Compreender os mecanismos de autotolerância e como os erros nestes mecanismos, juntamente

com fatores ambientais, dao origem a imunopatologias, incluindo doencas autoimunes e alergias

- Analisar criticamente as evidencias e abordagens experimentais pelas quais o conhecimento atual na

area foi obtido.

This course will provide the student with an updated knowledge about immunology and the immune

system. The students will be able to:


- understand the cellular and molecular components of the innate immune system and the basic

principles by which it functions.

- understand how dendritic cells act as a bridge between innate and adaptive immunity and the

mechanisms by which they present antigens to T cells

- understand how T and B cells develop at a cellular and molecular level and explain how they recognize

and respond to antigens.

- understand the principles of host defence to infection and microbial immune evasion strategies.

- understand self-tolerance mechanisms and how deficits in these mechanisms along with

environmental factors give rise to immunopathologies, including autoimmune and allergic diseases

- be able to critically review the evidence and experimental approaches by which current knowledge

in the field was obtained.


(1000 caracteres)

Esta UC abordará os princípios básicos e a regulacao do sistema imune, e fornecera uma visao

atualizada da imunologia molecular moderna. A seguinte lista inclui os principais topicos a serem

abordados:

- Visao geral das respostas imunes

- Células e tecidos do sistema imunitário - Células T e celulas B

- Linfocitos

- Anticorpos e antigenios

- Sistema imunitario inato

- Sistema imunitario adaptativo

- Imunidade a microorganismos

- Interacoes Hospedeiro - Parasita

- Imunodeficiencias

- Tolerancia imunologica e autoimunidade

- Leucemias e linfomas - Inflamacao

The course will cover the basic principles of the immune system and its regulation and give an updated

insight into modern molecular immunology. The following list includes the main topics to be

addressed:

- Overview of immune responses

- Cells and tissues of the immune system


- T cells and B cells

- Lymphocytes

- Antibodies and antigens

- Innate Immune System

- Adaptive immune system

- Immunity to microbes

- Host – Parasite interactions

- Immunodeficiency disorders

- Immunologic tolerance and autoimmunity - Leukemias and lymphomas

- Inflammation


curricular

(1000 caracteres)

A imunologia é uma área da biomedicina em rapida evolucao que tem despertado a atencao devido a

sua contribuição em várias patologias, como e caso das doencas infeciosas, cancro e autoimunidade.

Com o objetivo de promover a aquisição continua e gradual de conhecimentos, esta UC irá incidir sobre

a base molecular e celular do sistema imunitário e ira proporcionar ao estudante a possibilidade de

alargar os seus conhecimentos sobre aspetos científicos dentro da área da imunologia. Para alem de

proporcionarem o conhecimento base, as sessões irão expor aos estudantes a investigação basica atual

em imunologia. As aulas irao abordar os principais topicos em imunologia como a imunidade inata e

adaptativa, os principais componentes celulares do sistema imunitário, autoimunidade, alergia e

doenças imunossupressoras, assim como os novos avancos na imunologia de intervenção e clınica e

na base molecular e genetica das doenças mediadas pelo sistema imunitário. O conhecimento sobre o

estado de arte e investigação sera discutido em todos os topicos abordados. As sessoes irao permitir

que os estudantes se familiarizem com as celulas e a base estrutural do sistema imunitario. No final,

os estudantes serão capazes de compreender os mecanismos da resposta imunitária inata e do

desenvolvimento de inflamação. Irão adquirir conhecimento sobre as interacoes hospedeiro-

patogenio e sobre as vias de reconhecimento e combate específico de patogénios. Com sessoes

centradas nos princípios básicos do controlo da imunidade adaptativa, os estudantes serao capazes de

compreender os mecanismos de desenvolvimento de recetores especıficos de antigenios (TCR e BCR),

natureza e função das moléculas MHC, ativacao e regulacao de celulas T e B, e desenvolvimento de

memória imunológica. Através da integração do conhecimento transmitido nas varias sessões teoricas,

sessoes tutoriais e de autoaprendizagem, os estudantes terão que ser capazes de descrever a função

do sistema imunitário durante os processos de autoimunidade, alergia e deficiências imunes,

transplantes e cancro, assim como serem familiares com o conhecimento atual nas vias (moleculares)

envolvidas na indução e regulacao das respostas imunitarias na saude e na doença.

Immunology is a rapid growing field of research in biomedicine that attracts a lot of attention for its

contribution in various diseases such as infection diseases, cancer and auto-immunity. In order to


promote gradual and continuous acquisition of knowledge, this course will cover the molecular and

cellular basis of the immune system and will give the student the opportunity to enhance the

knowledge on the scientific aspects within the field of immunology. In addition to providing

background material, the lectures will also attempt to bring students up to date with current areas of

basic research in immunology. The lectures cover major topics such as innate and adaptive immunity,

main cellular components of the immune system, autoimmune, allergic and immunodeficiency

diseases, as well as new advances in interventional and clinical immunology and the molecular and

genetic basis of immunologically-mediated diseases. State of the art knowledge and research will be

discussed for all topics. The lectures will allow the students to be familiar with the cells and structural

building of the immune system. They will be able to understand the mechanisms of innate immune

response and the development of inflammation. They will also acquire knowledge on host-pathogen

interactions and specific ways of pathogen recognition and combat. With specific lectures on the basic

principles that control adaptive immunity, the students will be able to understand the mechanisms of

development of antigen specific receptors (TCR and BCR), nature and function of MHC molecules,

activation and regulation of T and B cells and development of immunological memory. By integrating

the knowledge transmitted in the different theoretical lessons, tutorial classes and self-learning

sessions, the students will be able to describe the function of the immune system during

autoimmunity, allergy, immune defects, transplantation and cancer and be familiar with current

knowledge on the (molecular) pathways involved in the induction and regulation of immune responses

in health and disease.



(1000 caracteres)

O ensino da UC baseia-se em aulas presenciais teoricas, sessoes tutoriais e de autoaprendizagem

focadas na resolução de problemas. Os estudantes terão acesso ao material das aulas (apresentacoes

powerpoint, artigos científicos e vıdeos) atraves do servidor online (moodle.ua.pt), onde poderao

tambem comunicar com os professores para esclarecer eventuais dúvidas.

A avaliação da UC irá consistir em relatórios e em apresentações (individuais e em grupo) sobre

diversos topicos do programa. Os estudantes poderao ser tambem avaliados atraves do metodo

comum de exames definido no calendario escolar. Estes consistirao em questoes de escolha multipla,

questoes de resposta curta ou de desenvolvimento que terão o objetivo de avaliar a capacidade dos

estudantes em interpretar e integrar o conhecimento obtido durante a UC.

This course will be composed by theoretical lessons, tutorial classes and self-learning focused on the

resolution of questions. The students will make use of the e-learning server from the University of

Aveiro (moodle.ua.pt) through which they will have access to the course materials (powerpoint

presentations, scientific articles, videos, etc) and be able to communicate with the teachers in order

to clarify any doubts. The course evaluation will consist of essays and (individual and group)

presentations about the several topics addressed. Students may also be evaluated though the standard

exams defined in the academic calendar. These exams will consist of multiple choice questions as well

a series of short-answers or essay questions aimed at testing the capacity of the students to interpret

and integrate the acquired knowledge.




(3000 caracteres)

As sessoes teoricas irao fornecer aos estudantes conhecimentos sobre a base molecular e celular do

sistema imunitário, assim como sobre os aspetos científicos dentro da área da imunologia. A interacao

dos estudantes com os palestrantes sera encorajada atraves do levantamento de questões e

discussões durante as sessões de apresentação. Algumas sessoes poderao ser orientadas por

palestrantes convidados que serão escolhidos com base nos seus conhecimentos sobre topicos

especıficos dentro da imunologia basica e clínica. Com o objetivo de complementar o conhecimento

básico dos estudantes, informações sobre o estado de arte, assim como resultados científicos serao

discutidos em cada topico.

Para alem das sessoes teoricas, os estudantes terao sessoes de autoaprendizagem onde se espera que

leiam e apresentem (através de poster e de apresentações orais) artigos de revisão e artigos cientıficos

originais sobre os diferentes temas abordados. Os estudantes serão também organizados em grupos

com opinioes contrarias sobre os processos moleculares imunológicos que ocorrem em diferentes

etapas do controlo das doenças, estimulando assim a sua discussão. Os estudantes terão ainda tempo

para desenvolver e apresentar uma proposta de investigação.

Nas sessoes tutoriais os estudantes serão estimulados a resolver questões especıficas propostas pelo

professor. Neste sentido, os estudantes terão que pesquisar e estudar a literatura disponível e

apresentar as suas conclusoes a toda a turma. O professor ira apoiar os estudantes fomentando a sua

capacidade crıtica sobre os materiais publicados.

Através das metodologias apresentadas os estudantes serão capazes de usar o conhecimento

adquirido sobre imunologia em varias questoes cientıficas associadas à saude. Eles irão adquirir o

conhecimento necessário para discutir a literatura e questões atuais em imunologia, assim como

sugerir a analise experimental sobre algumas das questoes existentes.

The theoretical lessons will provide the student with knowledge on the molecular and cellular basis of

the immune system as well as on several scientific aspects within the field of immunology. Interaction

of the students with the lecturers will be encouraged through questions and discussions during lecture

time. Some lessons may be given by invited speakers that will be chosen based on their expertise on

specific topics within basic and clinical immunology. In order to complement the basic knowledge,

state of the art information and research results will be discussed for all topics.

Besides the theoretical lessons, the students will also have self-learning sessions where they will read

and present (by means of oral or poster presentations) review articles as well as primary scientific

articles on the different subjects discussed. Students will also be organized in groups with opposing

views on the molecular immunological processes that occur in the different stages of disease control

and discussions will be stimulated. Students will also have time to design and present a research

proposal. In the tutorial classes the students will be stimulated to solve specific questions proposed by

the teacher. In order to do so, students will search and study the literature and will be asked to present

their conclusions in the classroom. The teacher will support the students by stimulating their critical

capacity towards the published materials.

With these methodologies the students be able to use immunologically founded reasoning on various


scientific health-related problems. They will acquire knowledge to discuss immunological literature

and immunological problems as well as suggest experimental analysis of some immunological

questions.


(1000 caracteres)

Janeway's Immunobiology, 8th Ed. Garland Science 2011.

"Kuby Immunology"; 7th Edition; Owen, Punt and Stranford, 2013

Abbas, Abul K., and Andrew Lichtman. Cellular and Molecular Immunology. 6th ed. Philadelphia, PA:

Saunders, 2005.

Rosen, Fred, and Raif Geha. Case Studies in Immunology: A Clinical Companion. 4th ed. New York, NY:

Garland Pub., 2004.

Scientific papers and seminars / Artigos cientıficos e seminarios



(100 carateres)

Patogenese Molecular do CancroMolecular Pathogenesis of Cancer



nome completo)

(1000 caracteres)

Luisa Alejandra Helguero Shepherd – 25 TP


(1000 caracteres)

Margarlda Sanclo da Cruz Fardllha – 15 TP



(1000 caracteres)

O objetivo do curso e apresentar os mecanismos moleculares envolvidos na transformacao celular,

carcinogenese e progressão do cancer.

1) Os estudantes serão introduzidos aos mecanismos genéticos e epigeneticos, bem como vias de

transdução de sinal de apoio ao crescimento do cancro. O foco sera colocado nos dois tipos de cancro mais comuns que afetam as mulheres e os homens: de mama e de prostata, respectivamente

2) Os estudantes irao ler, entender, discutir e comentar sobre a literatura recente sobre os topicos do

curso

3) Os estudantes serao apresentados com questoes reais na biologia do cancro e apresentarao um

plano de investigação baseado numa hipótese com o objetivo de responde-la.

The aim of the course is to present the molecular mechanisms involved in cellular transformation,

carcinogenesis and cancer progression.

1) The students will be introduced to genetic and epigenetic mechanisms as well as signal transduction

pathways supporting cancer growth. Focus will be put in the two most common cancers affecting

women and men: breast and prostate, respectively

2) Students will read, understand, discuss and comment on recent literature on the course topics

3) Students will be presented with real questions in cancer biology and asked to provide a hypothesis-

driven research plan to answer it.



(1000 caracteres)

A. Biologia molecular e bases moleculares do cancro Bioquımica Fundamental

omica

Perfil genetico

Perfil de microRNA

B. Carcinogenese e Genetica

Genetica do cancro

Genes supressores de tumor

Instabilidade Genomica e Reparacao do ADN Epigenetica e Cancro

Agentes Infecciosos no cancro

C. Biologıa do Cancro

Celulas estaminais do cancro

Regulacao do ciclo celular

Metabolismo das celulas de cancro

Apoptose, autofagia e necrose

Detenção do crescimento celular e senescencia Interacoes estroma epitelio e o microambiente Hipoxia

e angiogenese

Invasao e metastase

Inflamacao e Cancer

Vias moleculares e biologia de sistemas

D. Patologia Molecular do cancer de prostata Hereditario

Esporadico

microarrays de cDNA

Proteomica microRNAs Sinalizacao celular Inflamacao

E. Sinalização e estratégias terapeuticas no cancro da mama Hereditario

Subtipos e perfil de microarray

Luminal

Her2 +

Triplo negativo

Resistencia à terapia: de novo e adquirida


A. Molecular biology approaches used to research on the molecular basis of cancer Fundamental

Biochemistry

Omics

Gene Profiling

microRNA profiling

Animal Models

Cancer Imaging

B. Carcinogenesis and Genetics Genetics of cancer

Tumor Suppressor Genes

Genomic Instability and DNA Repair

Epigenetics and Cancer

Infectious Agents in cancer

Environment in cancer

C. Cancer Biology

Cancer Stem Cells

Regulation of the Cell Cycle

Cancer Cell Metabolism

Apoptosis, Autophagy and Necrosis

Cell Growth Arrest and Senescence

Stromal-Cancer Interactions in the Microenvironment Hypoxia and Angiogenesis

Invasion and Metastasis

Inflammation and Cancer

Molecular Pathways and Systems Biology

D. Molecular Pathology of prostate cancer

Hereditary

Sporadic

cDNA microarrays

Proteomics

microRNAs

Signaling

Inflammation

E. Breast cancer signaling and therapeutic strategies Hereditary


Subtypes and microarray profiling

Luminal

Her2 +

Triple negative

De novo and acquired resistance to therapy


curricular

(1000 caracteres)

A investigação sobre o cancro é um dos campos mais estudados em Biomedicina. Este curso destina-

se a dar uma educação sólida e equilibrada sobre os conceitos básicos de Biologia do cancro, com foco

nos mecanismos moleculares subjacentes a doença. Os objetivos de aprendizagem são para

compreender as metodologias utilizadas nos níveis celulares e moleculares na pesquisa do cancro e

associa-los a verdadeiras questoes que permanecem abertas na biologia do cancro.

Este curso ira tambem contribuir para a aquisicao das seguintes habilidades:

• Uso de conhecimento basico para resolver problemas relacionados com a doenca e / ou tratamento

em humanos.

• Avaliacao crıtica de artigos cientıficos.

• Capacidade de apresentar e discutir um assunto cientıfico.

Cancer research is one of the most studied fields in Biomedicine. This course is intended to give a solid

and balanced education about the basic concepts in Cancer Biology with focus on the molecular

mechanisms underlying the disease. The learning objectives are to understand the methodologies used

at the cellular and molecular levels in cancer research and to associate them to real open questions in

cancer biology.

This course will also contribute to the acquisition of the following skills:

• Use of basic knowledge to solve problems of human disease and / or treatment. • Critical appraisal

of scientific articles.

• Ability to present and discuss a scientific subject



(1000 caracteres)

Um terco do curso sera fornecido pela teoria dos professores. Todo o material, incluindo

apresentacoes de powerpoint serao disponibilizados apos cada aula. Dois tercos do curso serao

dedicados a discussao da literatura cientıfica relacionada aos topicos previamente explicado pelos

professores. As discussoes serao feitas em grupos e uma discussao oral seguira na ultima hora da aula.


A avaliacao sera contınua e incluira:

-Discussao de artigos de pesquisa recentes e apresentacao dos resultados principais (grupo).

-Fichas com perguntas (individual)

-Geracao de uma proposta de investigação baseada numa hipotese para resolver uma questao em

aberto da investigacao no cancro (grupo).

One third of the course will be theory provided by the lecturers. All material, including slides will be

made available after each class. Two thirds of the course will be dedicated to discussion of scientific

literature related to topics previously explained by the teachers. Discussions will be done in groups and

an oral discussion will follow in the last hour of the class.

The evaluation will be continuous and will include:

-Discussion of recent research articles and presentation of main findings (group).

-Exercises with questions (individual)

-Generation of a hypothesis-driven research proposal to tackle an open question in cancer research

(group).



(3000 caracteres)

As aulas serão ministradas pelos dois professores do curso. A apresentação e discussão de artigos

permitirá aos estudantes adquirir experiencia em leitura e interpretação de dados crıticos, bem como

tomar conhecimento da aplicacao prática de técnicas de bioquımica, biologia celular e molecular /

metodologias na pesquisa do cancro. Os debates orais servirão para estimular a participacao dos

estudantes na avaliação crítica de trabalhos cientıficos; uma vez que sera relacionado para o conteúdo

ensinado nas aulas, servira para esclarecer duvidas, conceitos e incentivar o pensamento crıtico.

Classes will be taught by the two lecturers of the course. The presentation and discussion of articles

will allow students to gain experience in critical reading and interpretation of data, as well as become

aware of the practical application of biochemistry, cell and molecular biology techniques/

methodologies in cancer research. The oral discussions will serve to stimulate student participation in

critical evaluation of scientific works; since it will be related to content taught in the classes, it will

serve to clarify doubts, concepts and encourage critical thinking.


(1000 caracteres)

1. Molecular Pathology and Diagnostics of Cancer Series: Cancer Growth and Progression, Vol. 16

Coppola, Domenico (Ed.)


2014, VIII, 601 p. 31 illus., 19 illus. in color.

2. The molecular basis of cancer

By John Mendelsohn, MD, Peter M. Howley, MD, Mark A. Israel, MD, Joe W. Gray, PhD and Craig B.

Thompson, MD Saunders (Ed.)

3. The Biology of Cancer

By Robert Weinberg, 2nd Ed

Garland Sciences, 2013

4. Papers from journals such as Nature, Cell, Cancer Research, Oncogene, PNAS, etc...



(100 carateres)

Genetica Humana e Genomica


Human Genetics and Genomics


nome completo)

(1000 caracteres)

Gabriela Maria Ferreira Ribeiro de Moura – 30 TP


(1000 caracteres)

Manuel Antonio da Silva Santos – 6 TP



(1000 caracteres)

A UC visa dar aos estudantes a capacidade de integrar conhecimentos da Biologia Molecular,

Bioquımica, Estatıstica, Bioinformatica e Fısica para compreender a biologia do gene e do genoma

humano, nas suas vertentes estrutural, evolutiva e funcional. Os estudantes irão 1) familiarizar-se com

o tema da Genetica e Genomica humanas, 2) conhecer as revistas cientıficas e a bibligrafia de

referencia nesta area, 3) conhecer a saber usar as principais ferramentas bioinformáticas dedicadas ao

estudo do genoma humano, de forma crıtica e ajustada aos objetivos que lhes sejam colocados neste

domınio.

This course aims to give the students the ability to integrate knowledge coming from molecular

biology, biochemistry, statistics, bioinformatics and physics in order to understand the biology of

human genes and genomes, at a structural, evolutionary and functional level. The students will 1) get

acquainted with the theme of human genetics and genomics, 2) know the scientific magazines and the

reference literature of the field, 3) know and be capable of using the main bioinformatic tools

dedicated to the study of the human genome, in a way that is both well informed and adjusted to the

objectives that might be placed to them under a research environment.


(1000 caracteres)

1. Variação Genética: o que nos faz unicos variacoes na sequencia de DNA

causas de mutacoes nos nucleotidos genes duplicados e evolucao polimorfismo genetico

2. Genomica estrutural

sequenciacao de genomas: metodologias de sequenciacao e montagem de genomas; projetos de


sequenciacao do genoma humano

mapeamento de genomas: mapas geneticos e mapas fısicos

anotacao de genomas: localização de genes no genoma; determinação da função dos genes; elementos

geneticos do genoma humano; projeto Encode

3. Genomica comparativa e evolutiva

diferencas e semelhancas entre genomas: metodos de alinhamento, visualizacao e anotacao; projetos

HapMap e Varioma humano

mecanismos de evolução dos genomas: a origem dos genomas; aquisição de genes novos; o papel do

DNA nao codificante na evolucao dos genomas

4. Genomica funcional

Como funcionam os genomas: transcritomica e proteómica humanas; genes nao codificantes; outros

elementos geneticos de funcao conhecida no genoma humano

Introducao à Biologia de Sistemas

1. Genetic variability: what makes us unique? DNA sequence variants

causes of nucleotide mutations

gene duplication and evolution

genetic polymorphism

2. Structural genomics

Genome sequencing: methodologies of sequencing and assembly of genomes; human genome

sequencing projects

Genome mapping: genetic vs physical genome maps

Genome annotation: localization of genes in the human genome; gene function identification; genetic

elements present in the human genome; Encode project

3. Comparative and evolutionary genomics

Differences and similarities between genomes: alignment, visualizationand annotation methods; the

HapMap project and the Human Variome project

Mechanisms for the evolution of genomes: the origin of genomes; acquisition of new genes; the role

of non coding DNA on genome evolution

4. Functional genomics

How do genomes work: human transcriptomes and proteomes; non-coding genes; other genetic

elements with known function in the human genome

Introduction to Systems Biology


curricular

(1000 caracteres)

Depois de uma breve recapitulacao de termos da genetica classica, com principal enfoque no que torna

cada humano unico, o resto do programa da UC esta dividido em 3 partes, genomica estrutural,

comparativa e evolutiva. Estas permitem explicar ao estudante como e que o genoma humano e

constituıdo, como varia de pessoa para pessoa, e como permite que a vida das celulas humanas se

desenrole de forma saudavel ou possa estar na origem de inumeras doencas. Disciplinas de base, como

a Biologia Molecular e a Bioquımica, dao os conhecimentos necessarios para que se entenda a forma

como funcionam todos os processos celulares. Ja a Estatıstica, a Bioinformatica e a Fısica, permitem

compreender as metodologias utilizadas para estudar o genoma humano. Desta forma, nesta UC, os


estudantes terao uma visao.

The program starts with a brief introduction to some contents from classical genetics that allows us to

explain why are all humans unique. After this, the program of the course divides in 3 parts: structural

genomics, comparative and evolutionary genomics and functional genomics. They allow to explain to

the student how the human genome is organized, how it varies from person to person, and how it

permits human cells to live their lives in a healthy manner or to develop several disease states. Basic

disciplines, such as molecular biology or biochemistry, give the necessary knowledge to understand

the way all cellular processes are conducted. Statistics, bioinformatics and physics allow to understand

the methodologies that are used to study the human genome in all its complexity. Therefore, in the

course, the students will gain an integrated view of all these disciplines, in the way they become

relatable with the human genome.



(1000 caracteres)

O ensino desta UC baseia-se em aulas teóricas na forma de seminários, cobrindo todos os pontos do

programa, e aulas teórico-práticas com demonstação prática de software e bases de dados relevantes

para a resolução de exercícios propostos. Paralelamente, será dada aos estudantes a possibilidade de

realizarem estudo autónomo adicional, na forma de um projeto, que será acompanhado pelos

docentes numa lógica tutorial, sobre um tema integrado no programa da UC. A distribuição dos

materiais das aulas será feita online através do servidor moodle (moodle.ua.pt). A avaliação será

realizada por exame final (80% da nota final) na época normal e de recurso. Estes terão duas partes:

uma com perguntas de resposta múltipla que testam conhecimentos específicos, e outra com

perguntas de resposta curta, que testam a capacidade de integrar e interpretar informação. Os

estudantes que optem pela realização de projeto, beneficiarão de uma componente adicional de até

2 valores (20%) na nota final.

The teaching method is based on theoretical classes, covering all topics of the program and theoretical-

practical classes, where relevant software and databases will be used to solve exercises. Students will

also have the possibility of embracing a small project covering a topic of the program. For this, they

will have to solve a given problem autonomously, counting only with the knowledge obtained in the

classes of the course, their self learning skills and weekly tutorial discussions with the teacher. Course

materials will be available through the University of Aveiro elearning server (moodle.ua.pt). Evaluation

is based on final exams (80% of the mark) as defined in the academic calendar. These have two parts:

one with multiple choice questions to text specific concepts and another with short answer questions

to test the capacity to integrate and interpret data. Students that decide to carry out the course’s

project can increase they final mark up to 2 values (20% of the mark).



(3000 caracteres)

Em virtude da complexidade associada aos conhecimentos a ensinar, torna-se necessaria a existencia


de aulas teoricas onde possam ser introduzidos os diversos temas e feita uma panoramica geral do

respetivo estado da arte. Dada a dimensao e a importancia do genoma humano e da informacao a ele

associada, grande parte deste conhecimento esta armazenado em bases de dados publicas. Por sua

vez, estas bases de dados disponibilizam inumeras ferramentas computacionais que visam auxiliar os

investigadores na extracao de informacao util a partir das sequencias de DNA conhecidas. Para que

esta informacao chegue aos estudantes de forma eficaz, serao dadas aulas teorico-praticas que

incluirao demonstracoes sobre o melhor uso de todas essas ferramentas, por forma a que os

estudantes tomem consciencia do processo de estudo do genoma humano e, consequentemente,

daquilo que ja se sabe sobre o mesmo. Por ultimo, como forma de permitir que os estudantes escolham

subareas, que lhes sejam uteis em projetos de investigacao futuros, e que possam desenvolver com

uma profundidade superior a possıvel nas aulas teorico-praticas programadas, ser-lhes-a

disponibilizada a realizacao autonoma de projetos com acompanhamento personalizado por parte dos

professores da UC.

In view of the complexity associated to the present knowledge about human genetics and genomics it

becomes necessary that the students are introduced to the several points of the program through

theoretical classes. Also, due to the size and importance of all data related to the human genome this

is usually deposited into publically available dedicated databases. These are complex sites that help

overcoming some of this complexity by offering tutorials and additional bioinformatics tools. These

allow the users to get acquainted with the site and to further extract useful information from the data

available. In order to the students to gain this knowledge the course will include theoretical-practical

classes where tutorials will be explained and additional tools will be demonstrated. Finally, as a way to

allow the students to gain deeper knowledge on the subjects, they will be invited to carry out

autonomous small projects. The will be related to specific points of the program that each student

would like to study in more detail. During the project, the students will be accompanied by the teachers

on a weekly basis, to discuss strategies, solve problems and report results.


(1000 caracteres)

Human Genetics and Genomics. Bruce R. Korf and Mira B. Irons (2012), 4th Edition, John Wiley & Sons

ISBN 978-0470654477

Genomes 3. T.A. Brown (2007), 3rd Edition, Garland Science Publishing ISBN 0-8153-4138-5

Structural and Evolutionary Genomics, Giorgio Bernardi (2004), Elsevier B.V. ISBN 0-444-51255-1

Comparative Genomics, Nicholas H. Bergman (2007), Volume 1, Humana Press ISBN 978-1-58829-693-

1

The Evolution of the Genome, T. Ryan Gregory (2005), Elsevier Academic Press ISBN 0-12-301463-8

Human Gene Evolution, David N. Cooper (1999), Bios Scientific Publishers ISBN 1-859961-51-7




(100 carateres)

Seminário

Seminar


nome completo)

(1000 caracteres)

João Filipe Colardelle da Luz Mano 30 OT


(1000 caracteres)

Qualquer professor ou investigador doutorado do Departamento de Química, Departamento de

Biologia ou Departamento de Ciências Médicas da Universidade de Aveiro.



(1000 caracteres)

Esta UC visa dar aos estudantes a capacidade de integrar conhecimentos abrangentes da sua área de

especialização no programa doutoral: Biotecnologia Industrial, Médica ou Marinha. Pretende-se que

os estudantes frequentem seminários em formato de aula teórica, onde terão contacto com diferentes

equipas de investigação académicas e/ou empresariais que partilharão a sua experiência e trabalhos.

Numa das sessões, a definir durante o ano letivo, os estudantes serão incentivados a frequentar um

dos Seminários organizados no âmbito de uma das outras áreas de especialização do programa

doutoral. Os estudantes irão entrar em contacto com o trabalho efetuado por diferentes equipas de

investigação académicas ou empresariais, bem como com profissionais da indústria, cujos membros

serão convidados a efetuar palestras com duração de 30 minutos a 2 horas. No final de cada sessão,

haverá interação entre o palestrante e os estudantes visando o esclarecimento de dúvidas de cariz

científico e organizacional. Pretende-se que os estudantes estabeleçam contacto e adequiram

conhecimento sobre (1) investigação académica/empresarial, (2) atividade industrial relacionada com

a sua área de especialização e, (3) de uma forma geral, de outras áreas do programa doutoral.

This curricular unit aims to provide the students with wide know-how on their field of specialization in

the doctoral program: Industrial, Medical or Marine Biotechnology. The students are expected to

attend seminars in the form of theorical classes, in which they will contact with different research

teams of academic or industrial background, who will share their experience and work. In one of the


Seminar sessions, the students will be encouraged to participate in one of the sessions of the other

doctoral program branches. The sessions will be focused on the work developed by different academic

and industrial research teams, whose membres will be invited to give 30 minutes to 2 hours talks. In

the end of each session, the students and the speaker will discuss scientific and organizational issues.

The students are expected to acquire know-how on (1) academic/industrial reseach, (2) industrial

activity related to their field of specialization, as well as, (3) in a general sense, the state of the art of

the other fields of the doctoral program.


(1000 caracteres)

O conteúdo programático desta unidade curricular será dependente dos palestrantes convidados.

Cada seminário deverá, de uma forma geral, servir de veículo para que os estudantes do programa

doutoral adequiram conhecimentos sobre o estado da arte da sua área de especialização e, de forma

geral, das áreas afins inseridas no programa doutoral. Serão convidados palestrantes de grupos de

investigação académicos e do tecido industrial.

The syllabus of the Seminars curricular unit will depend on the background of the invited speakers.

Each seminar must, in a general way, allow the students to acquire know-how on the state of the art

of their specific branch of studies and, in a more general manner, of the other branches of the doctoral

program. Speakers from different research groups and industry will be invited to give Seminar classes.


curricular

(1000 caracteres)

Investigadores do ramo académico, investigadores fundadores de pequenas e médias empresas

(nomeadamente spin-offs e start ups), bem como membros da indústria com elevada experiência

serão convidados para dar palestras de 30 minutos a 2 horas e apresentar o seu trabalho. Assim, os

estudantes terão a oportunidade de entrar em contacto com investigadores e profissionais

experientes, que desenvolvem o seu trabalho em áreas relevantes para os estudos do programa

doutoral.

Academic researchers, founders of small to medium enterprises (namely of academic spin-offs and

start-ups), as well as members of the industrial tissue with long term experience will be invited to give

30 minutes to 2 hours talks to present their current works. Therefore, the students will have the chance

to contact with researchers and professionals who develop their current work in relevant fields related

to the scope of this doctoral program.



(1000 caracteres)


Participação em seminários organizados pela equipa docente de cada ramo do programa doutoral,

baseados em apresentações de 30 minutos a 2 horas, de investigadores (preferencialmente

investigadores principais) de grupos de investigação académicos e do setor industrial. Serão dados 30

minutos no final de cada apresentação para a exposição de dúvidas e estímulo da discussão.

Alternativamente, e quando pertinente, os estudantes poderão ser aconselhados a participar em

conferências nacionais na área. Estas participações terão equivalência a ECTS da unidade curricular,

de acordo com as horas dedicadas pelo aluno.

Attendance of talks/seminars organized by the teaching team of each branch of the doctoral program,

based on presentations of 30 minutes to 2 hours, of researchers (preferentially principal investigators)

of academic research groups and industrial sector. In the end of each presentation, 30 minutes will be

used for questions of discussion stimulation. Moreover, and whenever it is pertinent, the students will

be advised to participate in national meetings in their research field. The number of hours spent on

such conferences will be converted in ECTS of the curricular unit.



(3000 caracteres)

O contacto dos estudantes com investigadores e profissionais da indústria de áreas relevantes e

similares às suas áreas de especialização permitirão que os estudantes tenham acesso ao mais recente

e atualizado estado da arte da sua área de conhecimento e formação. Adicionalmente, os estudantes

terão a oportunidade de esclarecer possíveis dúvidas relativas à componente científica e

organizacional referentes a diferentes grupos de investigação e membros da indústria.

The contact between the students and researchers/professionals of industrial areas similar to the ones

of specialization of the doctoral program proposed herein will allow the students to have access to the

most recent and updated state of the art of their field of training. Moreover, the students will have the

opportunity to direct contact the speakers and clarify possible doubts on scientific and organizational

issues referring to research and industry.


(1000 caracteres)

A definir consoante a área de investigação

To be defined according to the research area



(100 carateres)


Projecto de Tese

Thesis Project


nome completo)

(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

Qualquer professor ou investigador doutorado do Departamento de Química, Departamento de Biologia

ou Departamento de Ciências Médicas da Universidade de Aveiro. / Any faculty member with PhD degree

of the Department of Chemistry Department of Biology or Department of Medical Sciences from UA. 30

OT



(1000 caracteres)

O Projecto de Tese que incide sobre o tema de investigação escolhido para a subsequente tese, tem a

forma de um documento escrito, devendo incluir, entre outros elementos, o estado da arte, os

objetivos, a descrição do(s) problemas(s) que se pretende resolver, as técnicas, metodologias e

ferramentas informáticas e computacionais de suporte a utilizar, o plano de atividades, os resultados

esperados e os indicadores previstos, incluindo as implicações éticas e sociais. O candidato deve

revelar dominar os tópicos fundamentais que lhe foram transmitidos nas u.c obrigatórias do 1º

semestre, evidenciando designadamente competência para pesquisa bibliográfica, raciocínio crítico,

criatividade e inovação, um profundo conhecimento do tema escolhido, capacidade para delinear e

programar o trabalho, capacidade para redigir um documento que reflita de um modo claro e sucinto

o estado do conhecimento e capacidade para o apresentar e discutir.

The Thesis Project will be devoted to the research topic chosen for the subsequent thesis, has the form

of a written document and must include, among other things, the state of the art, the objectives, the

description of the(s) problem(s) to be solved, techniques, methodologies and computational tools to

use, the activities plan and timeline, the expected results and expected indicators, including the ethical

and social repercussions.

The candidate must show that dominate the fundamental topics that have been learned in mandatory

courses of the 1st semester, highlighting competencies in the domains of literature review, critical

thinking, creativity and innovation, a deep knowledge of the chosen topic of study, ability to define


and to schedule the work, ability to write a document that reflects in a clear and concise manner the

state of the art and the ability to present and to discuss the work.


(1000 caracteres)

Pretende-se que o aluno apresente um trabalho que será o resultado de uma exaustiva pesquisa

bibliográfica sobre o tema escolhido para a tese, do qual conste o estado da arte relativo ao trabalho

de investigação a realizar, bem como o percurso experimental que ele implica, incluindo metodologias

a adotar, ferramentas de suporte a utilizar e implicações éticas e sociais dos resultados obtidos.

Pretende-se igualmente que o documento final evidencie com clareza os objetivos que se pretendem

alcançar, antecipando resultados, as lacunas que o trabalho irá colmatar, a contribuição potencial da

tese para o preenchimento dessas lacunas e o impacto que irá ter na área de estudo correspondente.

O tema do trabalho é proposto pelo orientador que pode considerar os interesses profissionais dos

estudantes.

The PhD student should submit a document that will be the result of an exhaustive literature review

on the topic chosen for the thesis, including the state of art on the research work to be carried out and

the experimental plan that it implies, including methodologies to be adopted, support tools and ethical

and social repercussions of the results. The final document must clearly show the objectives, anticipate

the results to be achieved, the gaps that the work will address the potential contribution of the thesis

to fill these gaps and the impact it will have on the corresponding area of study. The theme of the work

is proposed by the supervisor where the professional interests of the students may be considered.


curricular

(1000 caracteres)

O tema do projeto de Tese (e da correspondente Tese de Doutoramento) deve ser apropriado a um

curso de Doutoramento, em termos de profundidade científica, rigor e extensão.

The topic of the Thesis project (and of the corresponding PhD Thesis) must be appropriate for a PhD

program, in terms of scientific detail, accuracy and length.



(1000 caracteres)

O Projeto de Tese é uma u.c. de índole tutorial sendo orientado por um orientador temporário com o

grau de Doutor. O doutorando elaborará um relatório escrito sobre o estado da arte e o programa de


investigação que pretende desenvolver. Deste trabalho resultará um documento escrito de cuja

aprovação depende a admissão do aluno ao trabalho de investigação conducente à preparação da

tese. De modo a fazer cumprir o calendário, os estudantes são incentivados a apresentar, com prazos

definidos, partes do seu documento final, iniciando-se pela elaboração do índice, como meio de ajuda

à organização do documento.

The Thesis Project is a c.u. with a tutorial character being guided by a temporary supervisor with a PhD

degree. The PhD candidate will produce a written document with the state of the art and a research

plan to be followed. The admission of the student to the research project leading to the PhD thesis will

be dependent on the approval of the written document. In order to fulfill the timeline, PhD students

are encouraged to submit, with defined deadlines, parts of the final document, starting with the

preparation of the index, as a means to help the organization of the document.



(3000 caracteres)

Espera-se que o trabalho do aluno, devidamente acompanhado e orientado, o prepare para os seus

trabalhos futuros na Tese de Doutoramento. O responsável da unidade curricular estabelece um

horário de 1h a cada duas semanas para esclarecimento de duvidas sobre os formatos de organização

e apresentação do documento escrito e indica datas de apresentação do índice e de conclusão de

partes do documento como forma de cumprimento dos prazos.

It is expected that the work of the student, properly followed and supervised, will prepare him for the

future work involved in the preparation of the PhD Thesis. The responsible of the course establishes a

period of 1h each two weeks to clarify doubts about the formats of organization and presentation of

the written document and indicates dates for abstracts and table of contents submission as well as

parts of the document as a way to meet the course deadlines.


(1000 caracteres)





(100 carateres)


Tese (2º ano)

Thesis (2nd year)


nome completo)

(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

Qualquer professor ou investigador doutorado do Departamento de Engenharia Química,

Departamento de Biologia ou Departamento de Ciências Médicas da UA / Any faculty member with

PhD degree of the Department of Chemistry Department of Biology or Department of Medical Sciences

from UA. 15 OT



(1000 caracteres)

A Tese incide sobre um tema de investigação inovador, escolhido para o trabalho de tese. Nesta, o

estudante deverá incluir entre outros elementos, o estado de arte (revisão crítica), os objetivos do

estudo, a descrição do(s) problemas(s) que pretendeu resolver, as técnicas, metodologias e

ferramentas de suporte utilizadas, os resultados, detalhadamente discutidos e fundamentados, as

principais conclusões e a bibliografia.

The Thesis will be devoted to an innovative research topic chosen by the student and supervisor. The

thesis must include, among other information, the state of the art, the objectives, the description of

the(s) problem(s) solved, techniques, methodologies and tools used, the results adequately discussed

and supported, the main conclusions and bibliography.


(1000 caracteres)

Pretende-se que o aluno apresente uma tese resultante de um trabalho de investigação inovador e


aprofundado sobre um tema selecionado. O documento final deve incluir um estado da arte, um

resumo em Português e um abstract em Inglês, o percurso experimental, incluindo metodologias

adotadas e ferramentas de suporte utilizadas, e os resultados obtidos e sua discussão detalhada.

Pretende-se igualmente que o documento final evidencie com clareza os objetivos que pretendeu

alcançar, a contribuição potencial da tese para o preenchimento das lacunas na área e uma

apresentação e discussão detalhada e fundamentada dos resultados obtidos. O tema do trabalho é

proposto pelo orientador que pode considerar os interesses profissionais dos estudantes.

The PhD student should submit a written document that will be the result of a deep and innovative

research work on a selected topic. The final document must include a state of the art, an abstract

written in English and Portuguese, the experimental plan, including adopted methodologies and

supporting tools used, the results and their detailed discussion. The final document must clearly

evidence the objectives to be achieved, the contribution of the results obtained for the advance in the

field of study, the presentation of a detailed and supported discussion of the results. The research

topic is proposed by the supervisor, but the professional interests of the students may be taken into

account.


curricular

(1000 caracteres)

O tema da Tese deve ser apropriado a um curso de Doutoramento, em termos de profundidade

científica, rigor e extensão.

The topic of the Thesis must be appropriate for a PhD program, in terms of scientific detail, accuracy

and length.



(1000 caracteres)

A Tese é uma u.c. de índole tutorial sendo orientado por um orientador com o grau de Doutor. O

doutorando elaborará um relatório escrito sobre o estado da arte e o programa de investigação que

pretende desenvolver e apresentá-los-á ao seu orientador quando o orientador achar necessário. Os

estudantes são incentivados a apresentar os seus resultados em congressos internacionais e em

revistas científicas de circulação internacional.

The Thesis Project is a tutorial course in nature guided by a supervisor with a PhD degree. The PhD

candidate will produce periodical reports on his work at dates decided by the supervisor. PhD students

are encouraged to submit their results in international conferences and in international scientific

journals.




(3000 caracteres)

Espera-se que o trabalho do aluno, devidamente acompanhado e orientado, o prepare para uma

carreira de elevada especialização.

It is hoped that the work of the student, properly guided and supervised, will prepare him for a high

specialized carreer.


(1000 caracteres)





(100 carateres)


Tese (3º ano)

Thesis (3rd year)


nome completo)

(1000 caracteres)



(1000 caracteres)

Qualquer professor ou investigador doutorado do Departamento de Engenharia Química,

Departamento de Biologia ou Departamento de Ciências Médicas da UA / Any faculty member with

PhD degree of the Department of Chemistry Department of Biology or Department of Medical Sciences

from UA. 15 OT



(1000 caracteres)

A Tese incide sobre um tema de investigação inovador, escolhido para o trabalho de tese. Nesta, o

estudante deverá incluir entre outros elementos, o estado de arte (revisão crítica), os objetivos do

estudo, a descrição do(s) problemas(s) que pretendeu resolver, as técnicas, metodologias e

ferramentas de suporte utilizadas, os resultados, detalhadamente discutidos e fundamentados, as

principais conclusões e a bibliografia.

The Thesis will be devoted to an innovative research topic chosen by the student and supervisor. The

thesis must include, among other information, the state of the art, the objectives, the description of

the(s) problem(s) solved, techniques, methodologies and tools used, the results adequately discussed

and supported, the main conclusions and bibliography.


(1000 caracteres)

Pretende-se que o aluno apresente uma tese resultante de um trabalho de investigação inovador e

aprofundado sobre um tema selecionado. O documento final deve incluir um estado da arte, um

resumo em Português e um abstract em Inglês, o percurso experimental, incluindo metodologias

adotadas e ferramentas de suporte utilizadas, e os resultados obtidos e sua discussão detalhada.


Pretende-se igualmente que o documento final evidencie com clareza os objetivos que pretendeu

alcançar, a contribuição potencial da tese para o preenchimento das lacunas na área e uma

apresentação e discussão detalhada e fundamentada dos resultados obtidos. O tema do trabalho é

proposto pelo orientador que pode considerar os interesses profissionais dos estudantes.

The PhD student should submit a written document that will be the result of a deep and innovative

research work on a selected topic. The final document must include a state of the art, an abstract

written in English and Portuguese, the experimental plan, including adopted methodologies and

supporting tools used, the results and their detailed discussion. The final document must clearly

evidence the objectives to be achieved, the contribution of the results obtained for the advance in the

field of study, the presentation of a detailed and supported discussion of the results. The research

topic is proposed by the supervisor, but the professional interests of the students may be taken into

account.


curricular

(1000 caracteres)

O tema da Tese deve ser apropriado a um curso de Doutoramento, em termos de profundidade

científica, rigor e extensão.

The topic of the Thesis must be appropriate for a PhD program, in terms of scientific detail, accuracy

and length.



(1000 caracteres)

A Tese é uma u.c. de índole tutorial sendo orientado por um orientador com o grau de Doutor. O

doutorando elaborará um relatório escrito sobre o estado da arte e o programa de investigação que

pretende desenvolver e apresentá-los-á ao seu orientador quando o orientador achar necessário. Os

estudantes são incentivados a apresentar os seus resultados em congressos internacionais e em

revistas científicas de circulação internacional.

The Thesis Project is a tutorial course in nature guided by a supervisor with a PhD degree. The PhD

candidate will produce periodical reports on his work at dates decided by the supervisor. PhD students

are encouraged to submit their results in international conferences and in international scientific

journals.




(3000 caracteres)

Espera-se que o trabalho do aluno, devidamente acompanhado e orientado, o prepare para uma

carreira de elevada especialização.

It is hoped that the work of the student, properly guided and supervised, will prepare him for a high

specialized carreer.


(1000 caracteres)



(PAPNCE) REQUEST FOR PRIOR ACCREDITATION OF A NEW … · Pedido de Acreditação Prévia de Novo...

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Transcript of (PAPNCE) REQUEST FOR PRIOR ACCREDITATION OF A NEW … · Pedido de Acreditação Prévia de Novo...