NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When...

12
G-Biosciences ♦ 1-800-628-7730 ♦ 1-314-991-6034 ♦ [email protected] A Geno Technology, Inc. (USA) brand name think proteins! think G-Biosciences www.GBiosciences.com 299PR NUCLEIC dotMETRIC ™ 1μl Assay for DNA, RNA & Oligos (Cat. # 786‐60, 786‐61)

Transcript of NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When...

Page 1: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

G-Biosciences ♦ 1-800-628-7730 ♦ 1-314-991-6034 ♦ [email protected]

A Geno Technology, Inc. (USA) brand name 

think proteins! think G-Biosciences www.GBiosciences.com

299PR

NUCLEICdotMETRIC™1µlAssayforDNA,RNA&Oligos

(Cat.#786‐60,786‐61)

   

Page 2: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

Page 2 of 12 

INTRODUCTION ................................................................................................................. 3 

ITEM(S) SUPPLIED .............................................................................................................. 3 

STORAGE CONDITIONS ...................................................................................................... 3 

ADDITIONAL ACCESSORIES ................................................................................................ 4 

QUICK PROTOCOL .............................................................................................................. 4 

PROTOCOL ......................................................................................................................... 5 

APPLICATION METHODS .................................................................................................... 6 

FREE‐DROP METHOD OF APPLICATION ......................................................................... 6 

DOTMETRIC™ APPLICATION METHOD ........................................................................... 6 

SPOT APPLICATION DEVICE ............................................................................................... 7 

USING APPLICATION DEVICE FOR APPLYING NUCLEIC ACID SAMPLES. ......................... 7 

DEVELOPING TEST STRIP .................................................................................................... 7 

DETERMINE CONCENTRATION .......................................................................................... 8 

FOR FREE‐DROP METHOD ............................................................................................. 8 

FOR DOTMETRIC APPLICATION: .................................................................................... 8 

EXAMPLE........................................................................................................................ 8 

TROUBLESHOOTING .......................................................................................................... 9 

Page 3: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

INTRODUCTIONThe patented NUCLEIC dotMETRIC™ kit provides a quick and accurate method for detecting and measuring DNA, RNA and oligonucleotides.  This system is an alternative to spectrophotometry; no expensive equipment or cuvettes are necessary.  NUCLEIC dotMETRIC™ uses as little as a microliter of your sample and provides permanent results in minutes.   

Two methods in one: NUCLEIC dotMETRIC™ offers two separate protocols for measuring nucleic acid concentration; the concentration of nucleic acid can be measured either by measuring the diameter of nucleic acid spots or comparing the color density of the nucleic acid spots with that of a set of known standards. 

To use NUCLEIC dotMETRIC™, dilute samples with dilution buffer, spot 1‐5 µl of each sample onto the NUCLEIC Test Strip, develop the strip with NUCLEIC dyes, wash and dry. Using the NUCLEIC dotMETRIC™ scale, dot diameter is measured for accurate determination of nucleic acid concentration. Alternatively, compare the color density of the nucleic acid spots with that of a set of known standard nucleic acid spots.  

Samples in the range of 10µg/µl to 1ng/µl can be measured accurately regardless of the isolation method or storage buffer. Oligonucleotides as short as 16 bases, have successfully been measured with NUCLEIC dotMETRIC™. Measurements are not affected by proteins. The lower detection limit of the system is 1‐2ng/µl making NUCLEIC dotMETRIC™ one of the most sensitive methods available for measuring nucleic acids. 

ITEM(S)SUPPLIED

Description  Cat. # 786‐60  Cat. # 786‐61 

NUCLEIC Test Strips  50  50 

NUCLEIC Dye  30ml  30ml 

Nucleic Acid Dilution Buffer  10ml  10ml 

dotMETRIC™ Scale  1  1 

dotMETRIC™ Standard  1  1 

Application Board  1  1 

Forceps  1  1 

dotMETRIC™ Application Device  ‐  1 

1µl Application Capillary  ‐  100 

STORAGECONDITIONSThe kit is shipped at ambient temp.  Upon arrival, store it at room temperature. 

Page 3 of 12 

Page 4: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

ADDITIONALACCESSORIESThe following items are also available separately: • Application (Pipette) Tips [Cat #786‐64] • dotMETRIC™ Spot Application Device [Cat #786‐63 ] • 1µl Application Capillary [Cat #786‐23] • Developing Trays [Cat #786‐24] 

QUICKPROTOCOL

 

1. Dilute sample in Dilution Buffer 1:1 to 1:10 fold. 2. Apply 1‐5µl sample on the Test Strip, either as a free drop or as point of contact 

capillary action, or both. 3. Develop the Test Strip and determine concentration. 

Page 4 of 12 

Page 5: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

PROTOCOL1. For double stranded DNA, use undiluted Nucleic Acid Dilution Buffer. 

For RNA or oligos, dilute the Nucleic Acid Dilution Buffer 100 fold. i.e. Use 1µl Nucleic Acid Dilution Buffer in 99µl ultrapure water.  

2. Dilute samples at least 1:1 with the appropriate Dilution Buffer. NOTE: For many samples, good results will be achieved by diluting 1:4 to 1:10.  Two or more dilutions and spots per sample will increase the accuracy of your measurements.   NOTE: For genomic DNA, after mixing with the Dilution Buffer, pipette several times to shear the DNA. Unsheared genomic DNA may be difficult to apply on the Test Strip.  For better results, dilute DNA to achieve <1µg/µl.  

3. Open the NUCLEIC Test Strip box, remove a strip, and peel away the protective sheets using the forceps provided.  Attach the white NUCLEIC Strip to the application board with the side magnets.  Either side of the NUCLEIC strip can be used.  Labeling can be done with a soft pencil or ballpoint pen. 

4. Apply 1‐5µl of the diluted samples to the Test Strip.  5. Depending on user’s preference, samples may be applied by one of two methods.  

NOTE: If possible, use both methods of application for each sample. It will allow greater flexibility in interpreting results. NOTE: Make several spots per dilution to increase the accuracy of your measurements.  NOTE: The accuracy of the NUCLEIC dotMETRIC™ system depends on developing a consistent method for applying samples to the NUCLEIC Strip.  

   

Page 5 of 12 

Page 6: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

APPLICATIONMETHODS

Free‐Drop Method Of Application Squeeze the pipette plunger until a drop is formed at the tip of the pipette tip. Lower the drop until it touches the Test Strip. The nucleic acid solution drop will immediately spread on the Test Strip. 

dotMETRIC™ Application Method Apply sample by point of contact capillary action.  Use pipette tips with an outside bore diameterof 0.6‐0.7 mm (Cat. # 786‐64).  Keep the pipette tip straight up and allow the capillary action of the strip to draw the sample from the pipette tip (see figure below).  Do not use the plunger to force the solution out. NOTE: Accurately pipetting 1µl requires skill and caution. A deviation of up to + 20% could be due simply to pipetting errors.  In addition, applying more than >1 µl or multiple spots are sometimes slow & tedious. 

  

Page 6 of 12 

Page 7: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

SPOTAPPLICATIONDEVICEDue to the above‐indicated limitations, we strongly recommend using G‐Biosciences’ Spot Application Device. The Spot Application Device is easy to work with and generally makes application easy and gives better results. 

Using Application Device for Applying Nucleic Acid Samples.  1. Perform nucleic acid application in a well‐lit area and make sure that you can see 

the solution rise and flow through the application capillaries.  2. Use forceps for handling the application capillary tips. Place the application tip into 

the solution mixed with the Dilution Buffer; the solution will rise up into the capillary application tip and fill within 3‐5 seconds. 

3. Position the application tips in the holes provided in the device and lower the tip until the tip touches the membrane surface. As soon as the tip touches the membrane, the solution will begin to flow in to the membrane.  

4. After the samples have been diffused into the membrane and the application tip is empty of the solution, remove the application tip from the device. Same capillary tip can be used for several applications. 

5. For applying more than 1µl sample on each spot (2‐4µl), apply the sample multiple times NOTE:  Allowing the sample to dry before applying a second time is not necessary. 

DEVELOPINGTESTSTRIP1. Samples do not need to dry before adding NUCLEIC Dye.  Place the NUCLEIC strip in 

a developing tray (Cat. # 786‐024) or other small dish. 2. Apply 0.5ml NUCLEIC Dye directly to the strip.   3. Incubate at room temperature for 1 minute without shaking or rocking. 4. Discard the NUCLEIC Dye and rinse the strip for 10 seconds in 50ml ultrapure 

water. 5. Discard the rinse and wash with 50ml ultrapure water for 30‐60 seconds or until 

the blue background disappears. Remove the strip from the second wash as soon as the blue background disappears.   NOTE: Strips do not need to be dry before measuring concentration.  Dried NUCLEIC strips can be kept as a permanent record.   

 

Page 7 of 12 

Page 8: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

DETERMINECONCENTRATION

For Free‐Drop Method Compare the color of the test sample spot with the dotMETRIC™ Standard provided.  

For dotMETRIC Application: Use the NUCLEIC dotMETRIC™ scale to determine the concentration of the diluted sample.   If a dot is not symmetrical measure both the widest and narrowest points of the dot and average.  Use the following formula to determine concentration:  

Sample Concentration = Dilution Fold xµg nucleic acid in spotµl volume applied 

  

   

 0.07    0.31    1.25    5 

µg Nucleic Acid   

Example 1µl test sample is diluted with 5µl Dilution Buffer i.e., sample is diluted 6x fold. (Dilution Fold = 6).  2µl of the diluted sample is applied on the test strip, which reads concentration 0.6 µg. 

Test Sample Concentration = 6 x0.6µg nucleic acid in spot = 6 x 0.3µg =1.8µg/µl

2µl volume applied  µl      

Page 8 of 12 

Page 9: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

TROUBLESHOOTINGProblem: Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid spots is no longer large enough to be measured with the dotMETRIC™ scale. Solution: The lower detection limit of nucleic acid in dotMETRIC™ application averages around 1ng/ µl. Take 1‐2 µl of sample and prepare serial dilutions in dilution buffer, such as x2, x4, x8, x16, x32, x64.fold. Use dotMetric™ application and spot 1 µl from each dilution. Develop the strip. For concentration determination find the last visible spot at the highest dilution. Multiply the dilution fold of the last visible spot by (1+0.1) ng/ul.  Problem: DNA solution does not flow easily into the Test Strip. Solution: This is due to large strings of DNA in the solution. Dilute the DNA solution further with the Dilution buffer to lower the DNA concentration below <1µg / µl and after mixing, shear the DNA by vigorously vortexing, sonication, or pipetting.  Problem:  Dots are not a uniform circle. Solution:  Take care to maintain the pipette tip in a straight up position while the sample is drawn by capillary action of the NUCLEIC Strip. Samples generally take 5‐15 seconds to be absorbed depending on the concentration of nucleic acid. Alternatively, use Spot Application Device.   Problem:  The dots are faint and/or grainy in appearance.  In some instances dots are surrounded by a fuzzy  "halo". Solution:  These problems are usually caused by high concentrations of impurities in your samples (i.e., salts, phenol, organic solvents). Samples with high concentrations of nucleic acids can be diluted further with the appropriate dilution buffer and measured again.   A second solution is to purify your samples using GET™ CLEAN DNA (Cat. # 786‐356 or 786‐357) or ethanol precipitation.  Removing impurities from your samples is also likely to improve your success with any down‐stream applications.  Problem:  Samples of known concentration vary consistently from the NUCLEIC dotMETRIC™ scale measurements.   Solution:  Personal technique and pipette tip size are the most common reasons for inaccurate measurements.  Measuring each sample at different dilutions in dilution buffer several times will normally provide very accurate results.  The NUCLEIC dotMETRIC™ scale was calibrated with fixed volume micro capillary tips, using the application device.  Use of other tips may influence dot diameter. Use Spot Application Device for better results.    

Page 9 of 12 

Page 10: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

RELATEDPRODUCTSDownload our Molecular Biology Handbook. 

  http://www.gbiosciences.com/Molecular‐Biology.aspx For other related products, visit our website at www.GBiosciences.com or contact us. 

Last saved: 8/24/2012 CMH 

   

Page 10 of 12 

Page 11: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

This page is intentionally left blank

Page 11 of 12 

Page 12: NUCLEIC dotMETRIC - G-Biosciences€¦ · Problem : Sample concentrations below 0.03µg/µl. When nucleic acid concentrations fall below 0.03 µg/µl. The diameter of nucleic acid

www.GBiosciences.com 

 


AUTOMATED LIQUID HANDLING · MICROLAB M Volume 10 µL 25 µL 50 µL 100 µL 250 µL 500 µL 1 mL 2.5 mL 5 mL 10 mL 25 mL Model 1701 1702 1705 1710 1725 1750 1001 1002 1005 1010 1025

AUTOMATED LIQUID HANDLING · MICROLAB M Volume 10 µL 25 µL 50 µL 100 µL 250 µL 500 µL 1 mL 2.5 mL 5 mL 10 mL 25 mL Model 1701 1702 1705 1710 1725 1750 1001 1002 1005 1010 1025

Supporting Information Boosting CRISPR/Cas9 …...Bsa I (10 U/µl, NEB) 0.5 µl T7 DNA Ligase (3000 U/µl, NEB) 0.5 µl Total Volume 20 µl For GG assembly reactions to construct PTG1-PTG8,

Supporting Information Boosting CRISPR/Cas9 …...Bsa I (10 U/µl, NEB) 0.5 µl T7 DNA Ligase (3000 U/µl, NEB) 0.5 µl Total Volume 20 µl For GG assembly reactions to construct PTG1-PTG8,

Verification Procedure for Accuracy and Precision · P10, P10N, U10 1.0 µL to 10 µL D10, DL10 DF10, DFL10 C10, C8x10, C1 x10 0. to 10 µL P 0, P 0N, U 0 µL to 0 µL U8x 0, U1 x

Verification Procedure for Accuracy and Precision · P10, P10N, U10 1.0 µL to 10 µL D10, DL10 DF10, DFL10 C10, C8x10, C1 x10 0. to 10 µL P 0, P 0N, U 0 µL to 0 µL U8x 0, U1 x

Instruction Manual Bedienungsanleitung Mode d’ emploi ......Cat.No. Range Tip Standard Plus 722001 5 µl 10, 300, 350 µl - - 722004 10 µl 10, 300, 350 µl - - 722010 20 µl 300,

Instruction Manual Bedienungsanleitung Mode d’ emploi ......Cat.No. Range Tip Standard Plus 722001 5 µl 10, 300, 350 µl - - 722004 10 µl 10, 300, 350 µl - - 722010 20 µl 300,

Features - lumitron.co.il€¦ · • 2 µL low volume nucleic acid quantification with Take3 and Take3 Trio plates • Cell friendly orbital shaking and advanced incubator design

Features - lumitron.co.il€¦ · • 2 µL low volume nucleic acid quantification with Take3 and Take3 Trio plates • Cell friendly orbital shaking and advanced incubator design

1 mL Distilled water · 1 mL-10 µL-10 µL Triglycerides (mg/dl) = Reagent R1 Distilled water Calibrator Sample Blank 300 µL 3 µL-300 µL--3 µL Standard 300 µL 3 µL - - TRGG

1 mL Distilled water · 1 mL-10 µL-10 µL Triglycerides (mg/dl) = Reagent R1 Distilled water Calibrator Sample Blank 300 µL 3 µL-300 µL--3 µL Standard 300 µL 3 µL - - TRGG

Combination of epT.I.P.S.® with Eppendorf Pipettes...pearl white 0.5 – 100 µL light yellow 2 – 20 µL yellow 2 – 100 µL yellow 2 – 200 µL yellow 20 – 300 µL orange 50

Combination of epT.I.P.S.® with Eppendorf Pipettes...pearl white 0.5 – 100 µL light yellow 2 – 20 µL yellow 2 – 100 µL yellow 2 – 200 µL yellow 20 – 300 µL orange 50

PROCEDURE FOR CANINE MAJOR CROSSMATCH - alvedia.com · 10 µl 10 µl 10 µl 10 µl N°3 : RBCs suspension preparation Drop gently the suspension on the top of the gel without touching

PROCEDURE FOR CANINE MAJOR CROSSMATCH - alvedia.com · 10 µl 10 µl 10 µl 10 µl N°3 : RBCs suspension preparation Drop gently the suspension on the top of the gel without touching

KAPA RNA HyperPrep Kit Roche Platforms · 2019. 9. 20. · KAPA HiFi HotStart ReadyMix (2X) 300 µL 300 µL 25 µL 780 µL 50 µL 1 mL ... and is the polymerase of choice for NGS

KAPA RNA HyperPrep Kit Roche Platforms · 2019. 9. 20. · KAPA HiFi HotStart ReadyMix (2X) 300 µL 300 µL 25 µL 780 µL 50 µL 1 mL ... and is the polymerase of choice for NGS

pET Express & Purify Kits User Manual - Takara Bio Manual/PT5018-1.pdf15 µl pET6xHN-C Vector (In-Fusion Ready) [100 ng/µl] 10 µl pET6xHN-GFPuv Vector [500 ng/µl] 15 µl 1.1 kb

pET Express & Purify Kits User Manual - Takara Bio Manual/PT5018-1.pdf15 µl pET6xHN-C Vector (In-Fusion Ready) [100 ng/µl] 10 µl pET6xHN-GFPuv Vector [500 ng/µl] 15 µl 1.1 kb

hMeDIP kit - Diagenode · • Get your hydroxymethylation profile in 24h • ... 5-hmC monoclonal antibody (rat) 1,6 µg/µl 32 µl (50 µg) -20°C Rat IgG 1 µg/µl 50 µl -20°C/4°C

hMeDIP kit - Diagenode · • Get your hydroxymethylation profile in 24h • ... 5-hmC monoclonal antibody (rat) 1,6 µg/µl 32 µl (50 µg) -20°C Rat IgG 1 µg/µl 50 µl -20°C/4°C

A Practical Guide to Analyzing Nucleic Acid Concentration ......2 Purity Ratio Measurements A 260 /A 280 ratios are unusable at concentrations

A Practical Guide to Analyzing Nucleic Acid Concentration ......2 Purity Ratio Measurements A 260 /A 280 ratios are unusable at concentrations

Minicircle DNA Technology · 1 µl 10x T4 DNA ligase buffer 6 µl deionized water 1 µl T4 DNA ligase (40 U/ µl) 10 µl Total Volume b. Incubate the ligation reaction at 16°C overnight.

Minicircle DNA Technology · 1 µl 10x T4 DNA ligase buffer 6 µl deionized water 1 µl T4 DNA ligase (40 U/ µl) 10 µl Total Volume b. Incubate the ligation reaction at 16°C overnight.

CAC Fall Meeting (Sacramento, CA) October 25, 20111.4 – 1.9 ng DNA/µL B 50 µL of anonymous male genomic DNA 1.3 – 1.5 ng DNA/µL C 50 µL of anonymous male genomic DNA 1.3 –

CAC Fall Meeting (Sacramento, CA) October 25, 20111.4 – 1.9 ng DNA/µL B 50 µL of anonymous male genomic DNA 1.3 – 1.5 ng DNA/µL C 50 µL of anonymous male genomic DNA 1.3 –

Thermo Scientific Finnpipette Novus Electronic Pipette...s.d.*µl CV%* Color code Finntip 21377010 1-10 µl 0.5-10 µl 0.01 µl 10 ±0.10 ±1.0 0.05 0.5 pink Flex 10, 10, 20 micro,

Thermo Scientific Finnpipette Novus Electronic Pipette...s.d.*µl CV%* Color code Finntip 21377010 1-10 µl 0.5-10 µl 0.01 µl 10 ±0.10 ±1.0 0.05 0.5 pink Flex 10, 10, 20 micro,

Digital Isothermal Quantification of Nucleic Acids via ...ismagilovlab.caltech.edu/...Chem_2011_digital_RPA_FS_ED_WD_JEK_SI.pdf · (Figure 1, blue line). 4 µL of 280mM of Mg(OAc)

Digital Isothermal Quantification of Nucleic Acids via ...ismagilovlab.caltech.edu/...Chem_2011_digital_RPA_FS_ED_WD_JEK_SI.pdf · (Figure 1, blue line). 4 µL of 280mM of Mg(OAc)

U N O- NCOL M O M G I Y PD1/PD-L1 BINDING ASSAY · Inhibitor Tag1-PD-L1 Tag2-PD1 Anti-Tag1- Cryptate Anti-Tag2- XL665 Diluent Detection buffer Sample 2 µL 4 µL 4 µL 5 µL 5 µL

U N O- NCOL M O M G I Y PD1/PD-L1 BINDING ASSAY · Inhibitor Tag1-PD-L1 Tag2-PD1 Anti-Tag1- Cryptate Anti-Tag2- XL665 Diluent Detection buffer Sample 2 µL 4 µL 4 µL 5 µL 5 µL

The oKtopureTM and sbeadexTM plant nucleic acid …O7 1.785307 O15 1.860785 O8 1.809242 O16 2.008495 Median conc. 1.852.566 Median total (100 µL) 185.256.638 Median Nanodrop 5.358

The oKtopureTM and sbeadexTM plant nucleic acid …O7 1.785307 O15 1.860785 O8 1.809242 O16 2.008495 Median conc. 1.852.566 Median total (100 µL) 185.256.638 Median Nanodrop 5.358

10 µl 10 µl 10 µl 20 µl 100 µl 200 µl 300 µl 1.000 µl 1.250 µl … · 2017. 3. 9. · w w .nerbe-lus conformity tested (ISO 8655) Certified RNase/DNase Pyrogen, DNA, ATP

10 µl 10 µl 10 µl 20 µl 100 µl 200 µl 300 µl 1.000 µl 1.250 µl … · 2017. 3. 9. · w w .nerbe-lus conformity tested (ISO 8655) Certified RNase/DNase Pyrogen, DNA, ATP

Combination of epT.I.P.S.® with Eppendorf Pipettes · pearl white 0.5 – 100 µL light yellow 2 – 20 µL yellow 2 – 100 µL yellow 2 – 200 µL yellow 20 – 300 µL orange

Combination of epT.I.P.S.® with Eppendorf Pipettes · pearl white 0.5 – 100 µL light yellow 2 – 20 µL yellow 2 – 100 µL yellow 2 – 200 µL yellow 20 – 300 µL orange