EpiCollect  

David  Aanensen  Department  of  Infec6ous  Disease  Epidemiology  

Imperial  College  London  

d.aanensen@imperial.ac.uk  

EpiCollect  

•  Background    •  Generic  mobile  data  collec6on  tool  /  web  app.  

•  General  uses  

Background  

•  Use  and  development  of  web  applica6ons  for  infec6ous  disease  epidemiology  

•  Molecular  Epidemiology  of  Human  and  animal  pathogens  

     

Tracking  Animal  disease  

Batrachochytrium  dendroba1dis  (Bd)  

Tracking Animal disease

Bd-­‐Maps  

•  Bd  causing  wide-­‐spread  die-­‐offs  and  species  declines  

•  Demands  logical  collec6on  of  incidence,  loca6on  and  species  distribu6on  

http://www.bd-maps.net

•  GPS  –  ‘loca6on  aware’  •  Cameras  for  s6lls  or  videos  

•  Keyboards  for  text  entry  •  Data  transfer  to  /  from    

       central  databases.  

EpiCollect  -­‐  Smartphones  for  data  collec6on  

Aanensen et al (2009) PLoS ONE 4(9): e6968

Mobile  phone  app  (Android  and  iPhone)  and  web  applica6on  for  data  visualisa6on.  

hTp://www.epicollect.net  

Aanensen et al (2009) PLoS ONE 4(9): e6968

•  Ques6onnaires  /  mobile  data  collec6on  of  any  nature.  

•  Any  projects  where  centralising  textual  data  along  with  GPS  and  /  or  photos  from  many  different  people,  from  many  different  places,  would  be  useful.    

hTp://www.epicollect.net  

Create  a  Project  website  at  EpiCollect.net  

Design  a  form  for  data  collec6on  

Load  Project  into  the  EpiCollect  mobile  app  and  collect  data,  including  GPS  posi6on  and  photo  

View  data  collected  at  your  project  website  or  on  your  phone  (download,  view  on  maps/charts,  filter.)  

hTp://www.epicollect.net  

•  Completely  free  and  open  source.  

•  demo  

hTp://www.epicollect.net  

Some    projects  people  have  set  up  

Archaeological  dig  sites  

Replacing  paper  forms  for  linking  and  mapping  areas  of  dig  sites.  

Dig sites across Europe

Pre – major building works

Street  art*  

•  Categorised  by  type  –  eg  posters,  s6ckers,  stencils  etc.  

*Disclaimer: probably not to be encouraged…

Animal  Health  surveillance  in  Kenya  /  Tanzania  

Ongoing  monitoring  of:          East  Coast  Fever;  anthrax  and  rabies;    FMD                    Gabriel  Turasha  (Vetaid  Tanzania)  Nick  Short  (RVC)  and  Niall  Winters(IOE)    

Maasai vets Carry out Disease Surveillance of 86,000 animals with Google Mobile phones

One  Health  -­‐  SACIDS  •  Surveillance  of  human/  livestock  /wildlife  diseases.  

•  Resource  Mapping  

•  No  reliance  on  data  networks  for  collec6on.  

•  Data  can  be  backed  up.  

•  Data  can  be  sent  to  any  server  

•  Simple  XML  descrip6on  of    project  forms  and  for  defini6on  of  server  loca6ons.  

XML  project  defini6on-­‐  XForms    <xform>        <model>  

       <submission  id="ahBlc"  projectName=”FAOdemo”  allowDownloadEdits="false"  versionNumber="1.0"/>        </model>  

     <input  ref="name"  required="true"  6tle="true">          <label>What  is  your  name?</label>        </input>  

     <select1  ref="sex"  required="true"  chart="pie">          <label>male  or  female?</label>            <item>              <label>male</label>  

           <value>male</value>            </item>            <item>  

           <label>female</label>              <value>female</value>            </item>        </select1>  

 </xform>  

XML  project  defini6on    <xform>        <model>  

       <submission  id="ahBlc"  projectName=“FAOdemo”  allowDownloadEdits="false"  versionNumber="1.0"/>        </model>  

     <input  ref="name"  required="true"  6tle="true">          <label>What  is  your  name?</label>        </input>  

     <select1  ref="sex"  required="true"  chart="pie">          <label>male  or  female?</label>            <item>              <label>male</label>  

           <value>male</value>            </item>            <item>  

           <label>female</label>              <value>female</value>            </item>        </select1>  

 </xform>  

XML  project  defini6on    <xform>        <model>  

       <submission  id="ahBlc"  projectName=”FAOdemo”  allowDownloadEdits="false"  versionNumber="1.0"/>        </model>  

     <input  ref="name"  required="true"  6tle="true">          <label>What  is  your  name?</label>        </input>  

     <select1  ref="sex"  required="true"  chart="pie">          <label>male  or  female?</label>            <item>              <label>male</label>  

           <value>male</value>            </item>            <item>  

           <label>female</label>              <value>female</value>            </item>        </select1>  

 </xform>  

Increasing  project  complexity  

As  well  as  text  fields  each  form  can  also  include  one  or  more..  

•  <gps>  

•  <picture>  

•  <video>  

•  <sound>  

•  <barcode>  

Acknowledgements  

•  Derek  Huntley,  Jon  Evans,  Chris  Powell,  Brian  SpraT  

•  Bd:  Dede  Olsen,  MaT  Fisher  

•  SCI:  Alan  Fenwick  •  RVC:  Nick  Short  IOE:  Niall  Winters  VetAid:  Gabriel  Tarusha  

d.aanensen@imperial.ac.uk