Donatella Castelli Istituto di Elaborazione della Informazione – CNR Pisa (Italy)
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Monica Zoppè Scientific Visualization Unit
IFC – CNR Pisa
Scienza, immagine e immaginazione
Istituto Veneto Venezia, 3 Dicembre 2013
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Istituto Veneto, 3 dicembre 2013
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Istituto Veneto, 3 dicembre 2013
PROTEINE
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PROTEINE 30.000 specie diverse nel genoma umano Modificabili a 300.000 Varietà - forma dimensione luogo tempo Sequenze lineari di aa (che sono 20)
SEQRES 1 A 148 ALA ASP GLN LEU THR GLU GLU GLN ILE ALA GLU PHE LYS
SEQRES 2 A 148 GLU ALA PHE SER LEU PHE ASP LYS ASP GLY ASP GLY THR
SEQRES 3 A 148 ILE THR THR LYS GLU LEU GLY THR VAL MET ARG SER LEU
SEQRES 4 A 148 GLY GLN ASN PRO THR GLU ALA GLU LEU GLN ASP MET ILE
SEQRES 5 A 148 ASN GLU VAL ASP ALA ASP GLY ASN GLY THR ILE ASP PHE
SEQRES 6 A 148 PRO GLU PHE LEU THR MET MET ALA ARG LYS MET LYS ASP
SEQRES 7 A 148 THR ASP SER GLU GLU GLU ILE ARG GLU ALA PHE ARG VAL
SEQRES 8 A 148 PHE ASP LYS ASP GLY ASN GLY TYR ILE SER ALA ALA GLU
SEQRES 9 A 148 LEU ARG HIS VAL MET THR ASN LEU GLY GLU LYS LEU THR
SEQRES 10 A 148 ASP GLU GLU VAL ASP GLU MET ILE ARG GLU ALA ASP ILE
SEQRES 11 A 148 ASP GLY ASP GLY GLN VAL ASN TYR GLU GLU PHE VAL GLN
Istituto Veneto, 3 dicembre 2013
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PROTEINE
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Pianeta Galileo – Liceo Artistico
PROTEINE movimenti
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Istituto Veneto, 3 dicembre 2013
PLAY
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PROTEINE interazioni
Solvente Altre proteine Ioni Macromolecole Zuccheri
Lipidi Acidi Nucleici
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PROTEINE interazioni
Forze Agitazione termica Potenziale lipofilico Potenziale elettrostatico
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BioBlender
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pyMLP Molecular Lipophilic Potential evaluator by Julien Lefeuvre
.dx file
.obj file
Atomic MLP library
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.pdb frame by frame
PDB2PQR (assign charge value to each atom)
APBS (calculate potential in 3D space)
.pqr .in
EP.dx
.obj (V)
Render
SciVis (calculate field lines)
pyMOL
field_lines.txt
.wrl
OBJCreator
Curves for particles flowing from + to -
mesh
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10.000.000 x
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PROTEIN EXPRESSIONS Study N. 3
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SOMMARIO
● Esigenza di visualizzazione
● Creazione strumenti
●Determinazione codice visivo
● Uso dei dati per sistemi 'semplici'
● Visualizzazioni complesse (video)
●Nuove domande
●Aspetti artistici / arbitrari
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Pezzetto di video cardio con movimento actin myosin
Play
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SciVis Group Tiziana Loni Stefano Cianchetta Ilaria Carlone Davide Cornolti
Collaborations CNR Marco Callieri – ISTI Massimo Magrini - ISTI
Former members Raluca Andrei Maria Francesca Zini Claudia Caudai Maria Antonietta Pascali Giuseppe Maraziti Yuri Prozov Mike C. Pan
Support IFC CNR SNS Regione Toscana
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www.scivis.it
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www.scivis.it
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Areaperta, Pisa. 13 Novembre 2013
Video Protein Expressions 3D Nanoplanet HIV challenge Cardio-miopatia dilatativa Recettore TSH Glut 1 BPTI
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.pdb
textures
Blender (frame by frame)
curves
movie
PyMOL
.wrl MLP.dx
.obj(V)
OBJCreator
pyMLP.py
PDB2PQR
.pqr .in
APBS
EP.dx
SciVis
field_lines.txt
Mesh (x y z, V)
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MAKING MOVIES
● Show proteins
– in their environment
– focus on behavior
● From 3D to 2D
● 24-30 fps
● Arbitrary (artistic) elements
– Camera
– Lights
– Colors
– ...