Makalah Isolasi DNA
-
Upload
nasrul-mustain -
Category
Documents
-
view
248 -
download
4
Transcript of Makalah Isolasi DNA
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 1/27
ISOLASI DNA
DISUSUN
Oleh
M. NASRUL MUSTA’IN
NIM. 13222059
PROGAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS TARBIYAH DAN KEGURUAN
UNIERSITAS ISLAM NEGERI !UIN" RADEN FATAH
PALEMBANG
2012BAB I
PENDAHULUAN
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 2/27
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 3/27
merupakan teknik esensial dalam biologi molekuler untuk itulah makalah ini
dibuat.
B. T)*)#'
Adapun tujuan yang ingin dicapai dalam penulisan makalah ini adalah
sebagai berikut :
. Mengetahui pengertian isolasi DNA.
%. Mengetahui metode-metode dalam isolasi DNA.
/. Mengetahui tahapan-tahapan dalam isolasi DNA.
BAB II
PEMBAHASAN
A. Pe'e+)#' DNA
DNA ditemukan pada tahun 12* oleh seorang dokter muda 3riedrich
Miescher yang percaya baha rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui
penelitian kimia pada sel-sel. Ia memilih sel yang terdapat pada nanah untuk
dipelajari dan ia mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang
diperolehnya dari ruang bedah. Sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer
dan dengan cara ini diperolehnya inti sel yang masih terikat pada sejumlah
protein. emudian dengan menambahkan en4im pemecah protein ia dapat
memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel ini ia
memperoleh suatu 4at yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 4/27
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 5/27
G#+,#% 1. S$%)&$)% DNA
!S)+,e%- P%/#' 200"
Menurut )riyani $%&&6(, DNA mempunyai !ungsi-!ungsi yang sangat
penting bagi tubuh kita. 8al tersebut dikarenakan DNA merupakan molekul
kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup. 3ungsi-!ungsi tersebut adalah:
. 9empat menyimpan dan menyalurkan in!ormasi genetik suatu makhluk
hidup.
%. 3ungsi heterokatalis, yaitu !ungsi untuk melaksanakan pengaturan
pembuatan molekul-molekul lain yang penting dalam tubuh dan !ungsi
autokatalis, yaitu !ungsi DNA untuk mereplikasi dirinya sendiri.
Sel eukariotik mengandung sejumlah molekul DNA, masing-masing
pada umumnya berukuran jauh lebih besar dari satu molekul DNA di dalam
prokariotanya. Molekul DNA di dalam eukariotik bergabung dengan protein
dan dikelompokkan menjadi serabut kromatin di dalam nukleus, yang
dikelilingi oleh sistem membran ganda yang bersi!at kompleks $5ian, %&/(.
Asam ribonukleat terdiri benang panjang ribonukleotida. alaupun
molekul ini jauh lebih pendek dari DNA, 5NA ditemukan dalam jumlah yang jauh lebih banyak di dalam kebanyakan sel. )ada sel prokariotik dan
eukariotik, ketiga golongan utama 5NA adalah 5AN data $m5NA ;
messenger 5NA(, 5NA 5ibosom $r5NA(, dan 5NA pemindah $t5NA ;
trans!er 5NA(. Masing-masing terdiri dari satu rantai ribonukleotida, dan
masing-masing mempunyai molekul urutan nukleotida, dan !ungsi biologis
yang khas. DNA mengandung % basa pirimidin utama, sitosin $<( dan timin
$9(, dan dua basa urin utama adenine $A( dan guanin $=(. 5NA juga
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 6/27
mengandung dua pirimidin utama sitosin $<( dan urasil $>(, dan dua basa
purin, adenine $A( dan guanine $=( $5ian, %&/(.
B. Il# DNA
Isolasi DNA pertama kali dilakukan oleh ilmuan asal Siss bernama
3riedrich Miescher pada tahun 12*. Ia menemukan senyaa asam yang
mengandung nitrogen dan !os!at pada inti sel dari sel darah putih. Senyaa
ini diberi nama nuklein, namun pada tahun 11* muridnya yaitu 5ichard
Altmann menamainya asam nukleat . Metode yang digunakan oleh Miescher
adalah alkalyne lysis untuk memecahkan sel dan mengisolasi DNA $Muladno,
%&&%(.1. Il# DNA K%++
Metode ini adalah contoh metode alkalyne lysis. Isolasi kromosom
bakteri dimulai dengan menginokulasi biakan pada media uria #roth
dengan kondisi /' ?< selama 1 jam, lalu suspensi bakteri disentrifugasi
pada 1&&& rpm selama % menit. emudian supernatan dibuang hingga
bersih dan pelet diresuspensi dengan penambahan 6&& @ bu!er 9ris-
D9A B. Suspensi bakteri ditambahkan dengan && @ liso4im C&
mgm, selanjutnya diinkubasi dengan kondisi /' ?< selama jam dan
setiap C menit tabung di-!lip. alu suspensi bakteri ditambahkan dengan
C& @ SDS &+ dan di-!lip, serta ditambahkan & @ )roteinase &
mgm $Euono, %&&1(.
Selanjutnya suspensi bakteri diinkubasi pada suhu /' ?< selama
jam dan setiap C menit tabung di-!lip. e dalam suspensi ditambahkan
&& @ Na<l C M dan && @ <9A# &+ untuk mengikat protein
sehingga DNA terpisah dari protein, kemudian tabung di-!lip. Suspensi
diinkubasi dengan kondisi 2C ?< selama %& menit, dan ditambahkan %&&
@ ):<:I yang terdiri dari phenol yang ber!ungsi untuk degradasi protein.
Dan juga terdiri dari kloro!orm untuk degradasi lemak, dan isoamil
alkohol sebagai anti buih. alu dibolak-balik. emudian suspensi
disentrifugasi &&&& rpm selama & menit $Euono, %&&1(.
Sebanyak C&& @ lapisan atas diambil dan dipindahkan ke tabung
baru, lalu sebanyak C&& @ <:I ditambahkan ke tabung baru. Suspensi
kembali disentrifugasi pada &&&& rpm selama & menit, dan lapisan atas
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 7/27
sebanyak /&& @ diambil dan dipindahkan ke tabung baru. Selanjutnya
isopropanol dingin sebanyak /&& @ ditambahkan ke tabung baru
tersebut. Suspensi diinkubasi dengan kondisi -%& o< selama jam,
kemudian disentri!ugasi pada &&&& rpm selama & menit. alu pelet
ditambahkan dengan '&& @ etanol '&+ kemudian di-spin selama &
detik. tanol dibuang dan tabung dikeringkan dalam inkubator dengan
kondisi /' ?<, dan pelet diresuspensi dengan C& @ dd8%0 kemudian
diinkubasi dengan kondisi /' ?< $Euono, %&&1(.
2. Il# DNA Pl#+4
Sebanyak ,C m garam !isiologis untuk menjaga tekanan isotonis
dimasukkan ke tabung mikro lalu biakan sebanyak setengah caan
bakteri diambil dan dilakukan pengadukan. 9abung mikro disentrifugasi
2&&& rpm selama % menit. Supernatan dibuang dari pelet. )elet
diresuspensi dengan %C& F larutan A yang terdiri dari 9ris-<l sebagai
pengatur p8, glukosa sebagai penjaga tekanan isotonis, dan D9A
sebagai chelating agent dingin. emudian diinkubasi pada suhu ruang
selama C menit $Muladno, %&&%(.
alu larutan # yang terdiri dari Na08 sebagai pendenaturasi DNA
dan SDS sebagai pelarut membran sel sebanyak %C& F ditambahkan,
dan tabung mikro dibolak balik C kali, lalu diinkubasi baki es selama &
menit. arutan < dingin yang terdiri dari kalium asetat dan asam asetat
yang ber!ungsi untuk merenaturasi DNA sebanyak %C& F ditambahkan
ke campuran, kemudian dibolak balik C kali, lalu diinkubasi C menit tepat
di baki es. Selanjutnya tabung mikro disentrifugasi &.&&& rpm selama
& menit. alu supernatan sebanyak 2&& F dipindahkan ke tabung mikro
steril baru $Muladno, %&&%(.):<:I yang terdiri dari phenol yang ber!ungsi untuk degradasi
protein, kloro!orm untuk degradasi lemak, dan isoamil alkohol sebagai
anti buih sebanyak C&& F ditambahkan ke campuran, lalu dibolak balik
C kali, lalu disentri!ugasi &.&&& rpm selama & menit. Supernatan
sebanyak 6&& F dipindahkan ke tabung mikro steril baru, lalu etanol
*2+ untuk mengikat air sehingga DNA mengendap sebanyak m
ditambahkan. Suspensi diinkubasi freezer -%& ?<, lalu disentrifugasi
&.&&& rpm selama % menit. Supernatan dibuang dengan segera, lalu
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 8/27
etanol '&+ untuk mencuci DNA sebanyak '&& F ditambahkan. 9abung
mikro disentrifugasi &.&&& rpm selama C menit, lalu supernatan segera
dibuang. 9abung mikro dikeringkan pada inkubator /' o< hingga etanol
'&+ kering. 9 atau dd8%0 steril sebanyak /& F ditambahkan ke
tabung mikro $Muladno, %&&%(.
. T#h#6#' Il# DNA
Menurut ubis $%&/(, molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi
atau diisolasi untuk berbagai macam keperluan seperti amplifikasi dan
analisis DNA melalui elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan
untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dankarbohidrat. )risnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran
(lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA. Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan
dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa adanya
kontaminan seperti protein dan 5NAG metodenya harus e!ekti! dan bisa
dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah
struktur dan !ungsi molekul DNAG dan metodenya harus sederhana dan cepat.
Isolasi DNA bergantung pada:
. #anyaknya DNA yang ingin didapatkan dari isolasi.
%. "enis organisme yang akan diisolasi DNA nya.
Isolasi DNA hean berbeda dengan tumbuhan. Isolasi DNA organisme
prokaryotik juga berbeda dengan isolasi DNA organisme eukaryotik. >ntuk
mendapatkan DNA berkualitas, setiap step harus dilakukan dengan benar.
DNA yang baik ciri-cirinya adalah transparan dan tidak lengket seperti jelly.
"ika lengket seperti jelly, berarti terdapat banyak polisakarida dalam isolate
$3aatih, %&&*(.
)risnsip isolasi DNA pada berbagai jenis sel atau jaringan pada berbagai
organisme pada dasarnya sama namun memiliki modi!ikasi dalam hal teknik
dan bahan yang digunakan. #ahkan beberapa teknik menjadi lebih mudah
dengan menggunakan kit yang diproduksi oleh suatu perusahaan sebagai
contoh kit yang digunakan untuk isolasi DNA pada tumbuhan seperti it
Nucleon )hytopure sedangkan untuk isolasi DNA pada hean digunakan
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 9/27
GeneJE! Genomic "#$ %urification &it . Namun tahapan-tahapan isolasi
DNA dalam setiap langkahnya memiliki protokol sendiri yang disesuaikan
dengan keperluan. )enggunaan teknik isolasi DNA dengan kit dan manual
memiliki kelebihan dan kekurangan. Metode kon7ensional memiliki
kelebihan harga lebih murah dan digunakan secara luas sementara
kekurangannya membutuhkan aktu yang relati! lama dan hasil yang
diperoleh tergantung jenis sampel $3aatih, %&&*(.
Isolasi DNA dapat menggunakan 'izard Genomic "#$ %urification &it
atau Genomic "#$ !ini &it . 'izard Genomic "#$ %urification &it
dirancang untuk mengisolasi DNA dari leukosit , jaringan hean dan
tumbuhan, yeast, bakteri gram positi! dan bakteri gram negati!. )rinsip isolasiDNA menggunakan 'izard Genomic "#$ %urification &it yaitu lisis,
ekstraksi, homogenisasi, presipitasi protein, rehidrasi DNA. isis bertujuan
untuk menghancurkan dinding sel maupun membran sel. kstraksi bertujuan
untuk menghancurkan sel sehingga materi yang ada di dalam sel dapat keluar.
omogenisasi bertujuan untuk mencampurkan 4at. omogenisasi biasanya
dilakukan setiap penambahan suatu 4at. 9eknik-teknik homogensasi meliputi
flicking, tha*ing, in+erting , dan +orteing- )resipitasi atau pengendapan
bertujuan untuk memisahkan supernatant dengan pellet. .ehidrasi DNA
merupakan teknik pemurnian DNA dengan cara mengeringkan atau
menguapkan $3aatih, %&&*(.
Genomic "#$ !ini &it merupakan salah satu metode untuk pemurnian
DNA dari jaringan hean dan serangga. )rinsip isolasi DNA menggunakan
Genomic "#$ !ini &it yaitu lisis, ekstraksi, dan presipitasi. Sama seperti
prinsip 'izard Genomic "#$ %urification &it, lisis bertujuan untuk
menghancurkan dinding atau menbran sel. kstraksi dilakukan agar sel
hancur sehingga isi sel keluar. %resipitasi dilakukan untuk menghasilkan
supernatant dan pellet. Akan tetapi, dalam Genomic "#$ !ini &it
dibutuhkan G" column $3aatih, %&&*(.
)erusakan dinding sel biasanya menggunakan nitrogen cair yang
memiliki suhu -2*H<. )enggunakan nitrogen cair ini dimaksudkan untuk
membekukan sel, setelah sel beku lalu sel dirusak $digerus( sampai benar
benar halus dengan mortar agar dinding sel rusak. isis membran sel yaitu
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 10/27
proses untuk meluruhkan membran sel pada nukleus. 9eknik ini umumnya
dilakukan menggunakan larutan deterjen kationik yaitu <9A#. 8al ini
dikarenakan aktu isolasi yang relati! cepat serta tahapan metode yang relati!
lebih mudah. #u!er <9A# merupakan detergen kationik yang dapat melisis
membran sel dan mampu mengendapkan polisakarida serta senyaa-senyaa
!enolik $3aatih, %&&*(.
)enggunakan <9A# ber!ungsi untuk mengurangi kontaminan,
mengurangi bro*ning dan untuk menjaga DNA agar tidak rusak. omponen-
komponen yang terkandung dalam bu!er <9A# adalah 9ris-<l, D9A, Na<l,
<9A#, )), dan merkaptoetanol. 9ris-<l ber!ungsi untuk mendenaturasi
protein. Na<l ber!ungsi sebagai bahan penetral pada gula !os!at DNA. D9A ber!ungsi sebagai penghancur sel dengan cara mengikat ion magnesium yang
diperlukan oleh sel untuk menjaga keutuhan selubung sel secara keseluruhan.
arutan <9A#, )), dan merkaptoetanol ber!ungsi untuk mendegradasi
senyaa-senyaa metabolit sekunder sekaligus mengurangi bro*ning akibat
oksidasi $ubis, %&/(.
)emurnian (purifikasi) DNA bertujuan untuk menghilangkan beberapa
kontaminan seperti senyaa sekunder $!enol(, polisakarida, 5NA dan juga
protein. )emurnian dari kontaminan protein dan 5NA dilakukan
menggunakan senyaa kloro!orm isoamilalkohol, asam asetat, dan en4im
5NAse. Senyaa kloro!orm isoamilalkohol dan asam asetat ber!ungsi
mendenaturasi protein sedangkan en4im 5NAse ber!ungsi melisiskan 5NA
dari ekstrak DNA tersebut. %resipitasi $pemekatan( DNA dilakukan
menggunakan isopropanol dingin yang bertujuan agar DNA tersebut
mengendapmengumpul sekaligus memisahkannya dari garam-garam mineral
sisa <9A#. )elet hasil presipitasi oleh isopropanol ini dibersihkan
menggunakan alkohol '&+. )emurnian ini merupakan tahapan paling penting
dalam Isolasi DNA. arena bila ada kontaminan selain DNA maka hasil
isolasi DNA yang dilakukan diangap gagal. ontaminasi ini dapat
menurunkan kualitas DNA hasil isolasi dan mengakibatkan data yang didapat
tidak 7alid $3aatih, %&&*(.
.eagent/reagent yang umum digunakan dalam teknik isolasi DNA yaitu
nitogen cair, poly7inyl pyrrolidone $))(, bu!er <9A#, mercaptoethanol,
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 11/27
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 12/27
rimethylammonium 1romide $<9A#( juga sering dipakai untuk melisiskan
membran sel pada isolasi DNA tumbuhan. )arameter keberhasilan dalam
penggunaan <9A# bergantung pada beberapa hal. )ertama, onsentrasi Na<l
harus di atas .& M untuk mencegah terbentuknya kompleks <9A#-DNA.
arena jumlah air dalam pelet sel sulit diprediksi, maka penggunaan <9A#
sebagai pemecah larutan harus dengan Na<l dengan konsentrasi minimal .6
M $ubis, %&/(.
edua, ekstrak dan larutan sel yang mengandung <9A# harus disimpan
pada suhu ruang karena kompleks <9A#-DNA bersi!at insoluble pada suhu
di baah C?<. etiga, penggunaan <9A# dengan kemurnian yang baik akan
menentukan kemurnian DNA yang didapatkan dan dengan sedikit sekalikontaminasi polisakarida. Setelah ditambahkan <9A#, sampel diinkubasikan
pada suhu kamar. 9ujuan inkubasi ini adalah untuk mencegah pengendapan
<9A# karena <9A# akan mengendap pada suhu C?<. arena e!ekti7itasnya
dalam menghilangkan polisakarida, <9A# banyak digunakan untuk puri!ikasi
DNA pada sel yang mengandung banyak polisakarida seperti terdapat pada
sel tanaman dan bakteri gram negati! seperti )seudomonas, Agrobacterium,
dan 5hi4obium $ubis, %&/(.
Dalam penggunaan bu!!er <9A# seringkali ditambahkan reagen/reagen
lain seperti Na<l, D9A, 9ris-8<l, dan %-mercaptoethanol. Na<l ber!ungsi
untuk menghilangkan polisakarida sementara %-mercaptoethanol be!ungsi
untuk menghilangkan kandungan senyaa poli!enol dalam sel tumbuhan. %-
mercaptoethanol dapat menghilangkan poli!enol dalam sel tanaman dengan
cara membentuk ikatan hidrogen dengan senyaa poli!enol yang kemudian
akan terpisah dengan DNA. Senyaa poli!enol perlu dihilangkan agar
diperoleh kualitas DNA yang baik. )oli!enol juga dapat menghambat reaksi
dari en4im 9aJ polimerase pada saat dilakukan amplifikasi. Di samping itu
poli!enol akan mengurangi hasil ektraksi DNA serta mengurangi tingkat
kemurnian DNA. )enggunaan %-mercaptoethanol dengan pemanasan juga
dapat mendenaturasi protein yang mengkontaminasi DNA $ubis, %&/(.
onsentrasi dan p8 dari buffer yang digunakan harus berada dalam
rentang p8 C sampai %. arutan buffer dengan p8 rendah akan
mengkibatkan depurifikasi dan mengakibatkan DNA terdistribusi ke !ase
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 13/27
!enol selama proses deproteinisasi. Sedangkan p8 larutan yang tinggi di atas
% akan mengakibatkan pemisahan untai ganda DNA. 3ungsi larutan buffer
adalah untuk menjaga struktur DNA selama proses penghancuran dan
purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan 5NA
serta mencegah akti7itas en4im pendegradasi DNA dan mencegah perubahan
pada molekul DNA. >ntuk mengoptimalkan !ungsi larutan bu!!er, dibutuhkan
konsentrasi, p8, kekuatan ion, dan penambahan inhibitor DNAase dan
detergen $ubis, %&/(.
)ada tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan chelating agent
seperti Ethylenediamine etraacetic $cid $D9A( yang berperan
menginakti7asi en4im DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi,D9A menginakti7asi en4im nuklease dengan cara mengikat ion magnesium
dan kalsium yang dibutuhkan sebagai ko!aktor en4im DNAse. DNA yang
telah diekstraksi dari dalam sel selanjutnya perlu dipisahkan dari kontaminan
komponen penyusun sel lainnya seperti polisakarida dan protein agar DNA
yang didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi. 3enol seringkali digunakan
sebagai pendenaturasi protein, ekstraksi dengan menggunakan !enol
menyebabkan protein kehilangan kelarutannya dan mengalami presipitasi
yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA melalui sentrifugasi $ubis,
%&/(.
Setelah sentrifugasi akan terbentuk % !ase yang terpisah yakni !ase
organik pada lapisan baah dan !ase aquoeus $air( pada lapisan atas
sedangkan DNA dan 5NA akan berada pada !ase aquoeus setelah
sentrifugasi sedangkan protein yang terdenaturasi akan berada pada interfase
dan lipid akan berada pada !ase organic. Selain !enol, dapat pula digunakan
campuran !enol dan kloro!orm atau campuran !enol, kloro!orm, dan isoamil
alkohol untuk mendenaturasi protein. kstrak DNA yang didapat seringkali
juga terkontaminasi oleh 5NA sehingga 5NA dapat dipisahkan dari DNA
ekstrak dengan cara pemberian 5NAse $ubis, %&/(.
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 14/27
G#+,#% 3. F#e78#e 6#4# Il# DNA
!S)+,e%- L), 2013"
Asam nukleat adalah molekul hidrofilik dan bersi!at larut dalam air.
Disamping itu, protein juga mengandung residu hidrofobik yang
mengakibatkan protein larut dalam pelarut organik. #erdasarkan si!at ini,
terdapat beberapa metode deproteinisasi berdasarkan pemilihan pelarut
organik. #iasanya pelarut organik yang digunakan adalah !enol atau
kloro!orm yang mengandung 6+ isoamil alkohol. )enggunaan kloro!orm
isoamil alkohol $<IA( berdasarkan perbedaan si!at pelarut organik.
loro!orm tidak dapat bercampur dengan air dan kemampuannya untuk
mendeproteinisasi berdasarkan kemampuan rantai polipeptida yang
terdenaturasi untuk masuk atau termobilisasi ke dalam !ase antara kloro!orm
K air. onsentrasi protein yang tinggi pada !ase antara tersebut dapat
menyebabkan protein mengalami presipitasi. Sedangkan lipid dan senyaa
organik lain akan terpisah pada lapisan kloro!orm $ubis, %&/(.
)roses deproteinisasi yang e!ekti! bergantung pada besarnya !ase antara
kloro!orm-air. )roses ini dapat dilakukan dengan membentuk emulsi dari air
dan kloro!orm. 8al ini hanya dapat dilakukan dengan penggojogan atau
sentrifugasi yang kuat karena kloro!orm tidak dapat bercampur dengan air.
2soamil alkohol ber!ungsi sebagai emulsifier dapat ditambahkan ke kloro!orm
untuk membantu pembentukan emulsi dan meningkatkan luas permukaan
kloro!orm-air yang mana protein akan mengalami presipitasi. )enggunaan
kloro!orm isoamil alkohol ini memungkinkan untuk didapatkan DNA yang
sangat murni, namun dengan ukuran yang terbatas $%&.&&&KC&.&&& bp(.
3ungsi lain dari penambahan <IA ini adalah untuk menghilangkan kompleks
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 15/27
<9A# dan meninggalkan DNA pada !ase aquoeus. DNA kemudian diikat dari
faseaquoeus dengan presipitasi etanol $ubis, %&/(.
Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan melalui
presipitasi.)ada umumnya digunakan etanol atau isopropanol dalam tahapan
presipitasi. edua senyaa tersebut akan mempresipitasi DNA pada !ase
aquoeus sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk
pellet setelah dilakukan sentrifugasi. %resipitasi juga ber!ungsi untuk
menghilangkan residu-residu kloro!orm yang berasal dari tahapan ekstraksi
$3aatih, %&&*(.
)rinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama, menurunkan kelarutan
asam nukleat dalam air. 8al ini dikarenakan molekul air yang polar
mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positi! dari air
berinteraksi dengan muatan negati! pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi
ini meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Isopropanol dapat bercampur
dengan air, namun kurang polar dibandingkan air. Molekul isopropanol tidak
dapat berinteraksi dengan gugus polar dari asam nukleat sehingga isopropanol
adalah pelarut yang lemah bagi asam nukleatG kedua, penambahan
isopropanol akan menghilangkan molekul air dalam larutan DNA sehingga
DNA akan terpresipitasiG ketiga, penggunaan isopropanol dingin akan
menurunkan akti7itas molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA
$3aatih, %&&*(.
)ada tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari
residu-residu 5NA dan protein yang masih tersisa. 5esidu tersebut juga
mengalami koagulasi namun tidak membentuk struktur !iber dan berada
dalam bentuk presipitat granular . )ada saat etanol atau isopropanol dibuang
dan pellet dikeringkan dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam tabungadalah DNA pekat. )roses presipitasi kembali dengan etanol atau isopropanol
sebelum pellet dikeringkan dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang
diisolasi. )encucian kembali pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol
dengan menggunakan etanol bertujuan untuk menghilangkan residu-residu
garam yang masih tersisa. =aram-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi
bersi!at kurang larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama
DNA, oleh sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 16/27
presipitasi dengan isopropanol untuk menghilangkan residu garam $3aatih,
%&&*(.
Setelah dilakukan proses presipitasi dan dilakukan pencucian dengan
etanol, maka etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan,
perlakuan tersebut bertujuan untuk menghilangkan residu etanol dari pelet
DNA. )enghilangan residu etanol dilakukan dengan cara e7aporasi karena
etanol mudah menguap. )ada tahap pencucian biasanya etanol dicampur
dengan ammonium asetat yang bertujuan untuk membantu memisahkan
kontaminan yang tidak diinginkan seperti dN9) dan oligosakarida yang
terikat pada asam nukleat $5osana, %&6(.
Setelah pellet DNA dikeringanginkan, tahap selanjutnya adalah
penambahan bu!!er 9 ke dalam tabung yang berisi pellet dan kemudian
disimpan di dalam !ree4er dengan suhu sekitar -%&L<. #u!!er 9 dan
penyimpanan suhu pada -%&L< bertujuan agar sampel DNA yang telah
diekstraksi dapat disimpan hingga aktu berminggu-minggu. )elarutan
kembali dengan bu!!er 9 juga dapat memisahkan antara 5NA yang
mempunyai berat molekul lebih rendah dibandingkan DNA sehingga DNA
yang didapatkan tidak terkontaminasi oleh 5NA dan DNA sangat stabil ketika
disimpan dalam keadaan terpresipitasi pada suhu -%&L< $5osana, %&6(.
Menurut 5osana $%&6(, isolasi DNA juga dapat dilakukan dengan
menggunakan kit yang sudah diproduksi oleh beberapa perusahan untuk
mempermudah dan mempercepat proses isolasi DNA. it isolasi juga
disesuaikan dengan kebutuhan oleh konsumen dan jenis sel yang akan
digunakan.
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 17/27
G#+,#% . Il# DNA
!S)+,e%- R#'# 201"
D. Me$4e Il# DNA
1. Te&'& R#'4+ A+6l8e4 Pl/+%6h DNA !RAPD"
9eknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi
dari segmen-segmen DNA acak yang menggunakan primer tunggal yang
sekuen nukleotidanya ditentukan secara acak. )rimer tunggal ini biasanya
berukuran & basa. )<5 dilakukan pada suhu anealing yang rendah yang
memungkinkan primer menempel pada beberapa lokus pada DNA.
Aturan sederhana untuk primer adalah terdiri atas 1-%1 susunan basa
dengan persentase =< C&-2&+ $5osana, %&6(.
2. Me$4e TAB
Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat
memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan
karakteristik kelarutan (differensial of solubility)- Di samping diperoleh
fragmen DNA, dengan metode <9A# juga akan diperoleh 5NA dengan
pita tipis yang terletak jauh berada di baah pita DNA. eberadaan pita
5NA tergantung bahan yang diekstraksi $5osana, %&6(.3. Phe'l-hl%8%+
Mengunakan senyaa )henol-choloro!orm-isoamyl alcohol, Metode
standard untuk ekstraksi DNA, Akhir-akhir ini ditinggalkan, karena si!at
toksik phenol $5osana, %&6(.
. S#l$'( O)$
Menggunakan garam konsentrasi tinggi $Na<l 2 M(, untuk
medenaturisasi protein menggunakan )roteinase untuk denaturasi
protein $5osana, %&6(.
5. G)#'4'e I$h/#'#$e
Metode ini lebih cepat dibanding dua metode sebelumnya,
9hiocyanate bersi!at toksik, untuk lisis dinding sel, memerlukan
chloro!orm untuk denaturasi protein $5osana, %&6(.
:. Sl# Gel
Silica gel dapat mengikat DNA dengan perantaraan garambu!!er
tertentu $NaI(, <epat, tetapi reco+ery DNA kurang $5osana, %&6(.
;. PR !Pl/+e%#e h#' Re#$'"
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 18/27
Merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA
secara in +itro pada daerah spesi!ik yang dibatasi oleh dua buah primer
oligonukleotida- )rimer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang
diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen
dengan DNA templatnya. )roses tersebut mirip dengan proses replikasi
DNA secara in +i+o yang bersi!at semi konser7ati! $5osana, %&6(.
E. Te&'& Me+$'( R#'$# Ml DNA
)ada tahun *2&, erner Arber 8amilton Smith menemukan en4im
dari mikroba yang dapat memotong DNA utas ganda. n4im tersebutsekarang dikenal dengan en4im restriksi atau endonuklease restriksi. n4im
tersebut mengenal dan memotong DNA pada sekuen spesi!ik yang panjang 6
sampai dengan 2 pasang basa. n4im tersebut dikenal dengan en4im restriksi
atau en4im endonuklease restriksi- Secara alami, bakteri menghasilkan en4im
restriksi untuk menghancurkan DNA fage yang mengin!eksinya $yang masuk
ke dalam sel bakteri( Sampai saat ini sudah banyak jenis en4im restriksi yang
telah ditemukan dan diisolasi dari berbagai spesies bakteri. Nama setiap
en4im restriksi diaali dengan tiga huru! yang menyatakan nama bakteri
yang menghasilkan en4im tersebut $Euono, %&&1(.
Setiap en4im restriksi mengenal sekuens dan situs pemotongan yang
khas. n4im restriksi memotong DNA bukan pada sembarang tempat, tetapi
memotong DNA pada bagian tertentu. #agian pada DNA yang dikenai aksi
pemotongan oleh en4im restriksi ini dinamakan sekuens pengenal. Suatu
sekuens pengenal adalah urutan nukleotida $urutan basa( tertentu yang dikenal
oleh en4im restriksi sebagai tempat atau bagian yang akan dipotongnya.
n4im retriksi (endonuklease) adalah en4im yang berasal dari bakteri, yang
dapat memotong rantai DNA (double stranded) atau 5NA $Euono, %&&1(.
Dalam bakteri en4im ini ber!ungsi sebagai perlindungan diri dengan cara
memotong DNA pada sisi pemotongan tertentu. Salah satu contoh en4im
retriksi adalah n4im co5I yang telah diisolasi pertama kali oleh 8erbert
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 19/27
#oyer pada tahun *2* dari bakteri scherichia coli. n4im cor memotong
DNA pada bagian yang urutan basanya adalah =AA99< $ sekuens pengenal
bagi co5I adalah =AA99<(. Di dalam sekuens pengenal tersebut, n4im
co5I memotongnya tidak pada sembarang situs tetapi hanya memotong
pada bagian atau situs anara = dan A $Euono, %&&1(.
Menurut Euono $%&&1(, pada DNA utas ganda, sekuens =AA99< ini
akan berpasangan dengan sekuens yang sama tetapi berlaanan arah. n4im
co5I ini memotong setiap utas dari utas ganda tersebut pada bagian anatara
= dan A. Sebagai akibatnya, potongan-potongan atau !ragmen-!ragmen DNA
utas ganda yang dihasilkan akan memliki ujung berutas tunggal. >jungseperti ini yang dikenal dengan istilah sticky ends atau cohesi+e ends- #erikut
adalah contoh organisme-organisme penghasil en4im retriksi. nama en4im
sekuens pengenal organisme asal yaitu :
. co5I = AA99< Escherichia coli
%. 8indIII A A=<99 aemophilus influenza
/. 8haI =<= < aemophilus haemolyticus
3- 9aJI 9 <=A hermus aquaticus
C. #su5I == << 1acillus subtilis
2. #alI 9== <<A 1re+ibacterium albidum
4- NotI =< ==<<=< #ocardia otidis/ca+iarum
1. #am8I = =A9<< 1acillus amylolyquefaciens
*. SmaI <<< === Serratia marcescens
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 20/27
Menurut Euono $%&&1(, berdasarkan cara pemotongannya en4im
retriksi digolongkan menjadi dua :
. Endonuklease, memtotong nukleotida dari arah dalam
%. Eksonuklease memotong nukleotida hanya pada ujung atau dari arah luar
Endonuklease dapat mengenal urutan atau sekuen nukleotida pendek, antara
6-1 nuklotida, yang sering dikenal dengan restrictionsite atau sisi
pemotongan, atau situs pemotongan yang spesi!ik dan berbeda-beda. Secara
umum berdasarkan hasil pemotongan DNA double strain dengan en4im
endonuklease memilik dua bentuk yaitu hasil pemotongan sticky end $ujung
runcing( dan blund end $ujung tumpul(.
emampuan memotong DNA pada sisi spesi!ik menjadi tonggak penting
dalam pengembangan metode manipulasi DNA sekarang ini. Endonuklease
restriksi merupakan en4im bakteri yang memotong DNA dupleks pada urutan
target spesi!ik. n4im ini dapat diperoleh secara komersial dari perusahaan-
perusahaan produk bioteknologi. )enamaan en4im restriksi didasarkan pada
sistem sederhana yang diusulkan oleh Smith and Nathans. Nama en4im
$seperti #am8I, co5I( menunjukkan baha asal en4im, tetapi tidak
menunjukkan in!ormasi spesi!isitas pemotongan. Sisi pengenalan en4im
restriksi pada umumnya adalah urutan palindromik dengan panjang 6, C, atau
2 pasang basa $pb( seperti A=<9 $untuk AluI(, =AA99< $untuk co5I(, dan
lain sebagainya $Euono, %&&1(.
Masing-masing en4im restriksi memotong urutan palindrom pada sisi
spesi!ik, dan dua en4im berbeda dapat mempunya urutan pengenalan yang
sama, tetapi memotong DNA pada titik berbeda di dalam urutan basa tersebut.
>jung DNA hasil pemotongan en4im restriksi dapat dikelompokkan menjadi
tiga ketergori: ujung tumpul, ujung lengkaet CO dan ujung lengket /O
$Euono, %&&1(.
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 21/27
Agarose gel elektroforesis atau southern analisis digunakan untuk
memisahkan !ragmen DNA berdasarkan berat molekulnya. Metode ini
ditemukan oleh d sourthern pada tahun *'C. Metode ini digunakan untuuk
mengidenti!ikasi !ragmen DNA yang secara menyeluruh untuk mengetahui
DNA sekuen. Sourthern hibridisasi juga disebut sourthern blotting digunakan
untuk mengetahui perbandinagn antara genome dari suatu particular
organisme dan dengan gen penanda atau gen fragmen (probe)- Ini dapat
menjelaskan apakah suatu organisme berisi pertikel gen dan mengandung
in!ormasi tentang pengorganisasian dan restriction map dari suatu gen
$Euono, %&&1(.
angkah-langkah dalam analisis sourthern gen DNA pada organisme
dipotong dengan en4im retriksi (endonuklease) menjadi !ragmen-!ramen
DNA lalu !ragmen DNA tersebut dimasukkan pada gel agarose lalu dilakukan
elektro!oresis dengan mengalirkan arus listrik dari kutub negati! ke positi!
kemudian hasil pemisahan DNA tersebut didenaturasi dalam suatu alkali dan
ditrans!erkan pada membran nitroselulosa. )ada membrane !ragmen DNA
telah menjadi single stranded lalu dimasukkan kedalam larutan yang
mengandung DNA probe, proses ini disebut DNA hibridisasi dengan kata lain
DNA target dan DNA probe membentuk suatu 5 hybdrid5 karena keduanya
saling melengkapi sekuen dan juga dapat membentuk ikatan satu sama lain
$Euono, %&&1(.
DNA probe biasanya mengandung pelabelan radioakti! dengan P- Q/%)R
dan polynucleotide kinase sering dengan pemindahan C phosphate dari probe
dengan menggunakan alkaline phosphatase- Setalah itu membrane dicuci
untuk menghilangkan ikatan probe yang non spesi!ik, kemudian dengan
memajangkannya pada !ilm sinar B akan terbentuk arna hitam apabila
positi! terbentuk ikatan antara DNA dan probe. )roses ini disebut
autoradiography. 8al ini dapat digunakan untuk mengidenti!ikasi ukuran
DNA dan sejumlah !ragmen gen kromosom dengan kekuatan yang sama
dengan !ragmen gen yang digunakan oleh probe $Euono, %&&1(.
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 22/27
F. Il# DNA 4e'(#' Te&'& PR
8asil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam !raksi yang terpisah,
yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian baah. %resipitasi
merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran. )olymerase <hain 5eacton $)<5( adalah suatu teknik sintesis
dan ampli!ikasi DNA secara in +itro- 9eknik ini pertama kali dikembangkan
oleh arry Mullis pada tahun *1C. 9eknik )<5 dapat digunakan untuk
mengamplifikasi segmen DNA $3aatih, %&&*(.
)engukuran secara kualitas, dilakukan pengecekan hasil isolasi DNA
pada gel agarose, hori4ontal elektro!oresis. Seban7ak 6 ml DNA sampel dan
ml loading dye di/running dalam tangki elektro!oresis agarose + pada &&
7olt selama /& menit. =el hasil elektro!oresis kemudian direndam dalam
larutan ethidium bromide selama & menit. emudian pola pita yang
dihasilkan dilihat di baah > transilluminator dan di!oto dengan kamera
)olaroid M)6. "ika muncul pita berarti DNA hasil isolasi siap untuk
digunakan sebagai template untuk )<5 $3aatih, %&&*(.
1. K+6'e' PR
omponen- komponen yang diperlukan pada proses )<5 adalah
templat DNAG sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang
mempunyai urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan
nukleotida DNA templatG dN9)s $DeoTynucleotide triphosphates(G bu!!er
)<5G magnesium klorida $Mg<l%( dan en4im polimerase DNA $3aatih,
%&&*(.
#. Te+6l#$ DNA
3ungsi DNA templat di dalam proses )<5 adalah sebagai
cetakan untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama. 9emplat
DNA ini dapat berupa DNA kromosom, DNA plasmid ataupun
!ragmen DNA apapun asal di dalam DNA templat tersebut
mengandung !ragmen DNA target yang dituju. )enyiapan DNA
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 23/27
templat untuk proses )<5 dapat dilakukan dengan menggunakan
metode lisis sel ataupun dengan cara melakukan isolasi DNA
kromosom atau DNA plasmid dengan menggunakan metode standar
yang ada. )emilihan metode yang digunakan di dalam penyiapan
DNA templat tergantung dari tujuan eksperimen $3aatih, %&&*(.
,. P%+e%
eberhasilan suatu proses )<5 sangat tergantung dari primer
yangdigunakan. Di dalam proses )<5, primer ber!ungsi sebagai
pembatas !ragmen DNA target yang akan diampli!ikasi dan sekaligus
menyediakan gugus hidroksi $-08( pada ujung /O yang diperlukan
untuk proses eksistensi DNA. )erancangan primer dapat dilakukan berdasarkan urutan DNA yang telah diketahui ataupun dari urutan
protein yang dituju. Data urutan DNA atau protein bisa didapatkan
dari database =en#ank. Apabila urutan DNA maupun urutan protein
yang dituju belum diketahui maka perancangan primer dapat
didasarkan pada hasil analisis homologi dari urutan DNA atau
protein yang telah diketahui mempunyai hubungan kekerabatan yang
terdekat $3aatih, %&&*(.
. 4NTP !De</')le$4e T%6h6h#$e"
dN9)s merupakan suatu campuran yang terdiri atas dA9)
$deoksiadenosin tri!os!at(, d99) $deoksitimidin tri!os!at( , d<9)
$deoksisitidin tri!os!at( dan d=9) $deoksiguanosin tri!os!at(. Dalam
proses )<5 dN9)s bertindak sebagai building block DNA yang
diperlukan dalam proses ekstensi DNA. dN9) akan menempel pada
gugus K08 pada ujung /O dari primer membentuk untai baru yang
komplementer dengan untai DNA templat. onsentrasi optimal
dN9)s untuk proses )<5 harus ditentukan $3atih, %&&*(.
4. B)88e% PR 4#' M(l2
5eaksi )<5 hanya akan berlangsung pada kondisi p8 tertentu. 0leh
karena itu untuk melakukan proses )<5 diperlukan bu!!er )<5. 3ungsi
bu!!er di sini adalah untuk menjamin p8 medium. Selain bu!!er )<5
diperlukan juga adanya ion Mg%, ion tersebut berasal dari berasal
Mg<l%. Mg<l% bertindak sebagai ko!aktor yang ber!ungsi menstimulasi
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 24/27
akti7itas DNA polimerase. Dengan adanya Mg<l% ini akan meningkatkan
interaksi primer dengan templat yang membentuk komplek larut dengan
dN9) $senyaa antara(. Dalam proses )<5 konsentrasi Mg<l%
berpengaruh pada spesi!isitas dan perolehan proses. >mumnya bu!!er
)<5 sudah mengandung senyaa Mg<l% yang diperlukan. 9etapi
disarankan sebaiknya antara Mg<l% dan bu!!er )<5 dipisahkan supaya
dapat dengan mudah dilakukan 7ariasi konsentrasi Mg<l% sesuai yang
diperlukan $3aatih, %&&*(.
e. E'=+ Polimerase DNA
n4im polimerase DNA ber!ungsi sebagai katalisis untuk reaksi
polimerisasi DNA. )ada proses )<5 en4im ini diperlukan untuktahap ekstensi DNA. n4im polymerase DNA yang digunakan untuk
proses )<5 diisolasi dari bakteri termofilik atau hipertermofilik oleh
karena itu en4im ini bersi!at termostabil sampai temperatur *C ?<.
Akti7itas polimerase DNA bergantung dari jenisnya dan dari mana
bakteri tersebut diisolasi. Sebagai contoh adalah en4im )!u
polimerase $diisolasi dari bakteri %yrococcus furiosus( mempunyai
akti7itas spesi!ik &T lebih kuat dibandingkan akti7itas spesi!ik
en4im 9aJ polymerase $diisolasi dari bakteri hermus aquaticus(
$Muladno, %&&%(.
)enggunaan jenis polymerase DNA berkaitan erat dengan bu!!er
)<5 yang dipakai. Dengan menggunakan teknik )<5, panjang
!ragmen. DNA yang dapat diampli!ikasi mencapai /C kilo basa.
Ampli!ikasi !ragmen DNA pendek $kurang dari tiga kilo basa( relati!
lebih mudah dilakukan. >ntuk mengampli!ikasi !ragmen DNA
panjang $lebih besar dari tiga kilo basa( memerlukan beberapa
kondisi khusus, di antaranya adalah diperlukan polimerase DNA
dengan akti7itas yang kuat dan juga bu!!er )<5 dengan p8 dan
kapasitas tinggi (igh/salt buffer) $Muladno, %&&%(.
2. T#h#6#' 6#4# P%e PR
)roses )<5 melibatkan beberapa tahap yaitu: $ pra/denaturasi DNA
templatG denaturasi DNA templatG penempelan primer pada templat
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 25/27
(annealing)6 pemanjangan primer (etension) dan pemantapan
(postetension)- )enjelasan tentang tahapan )<5 adalah sebagai berikut:
a. Denaturasi
"enaturasi dilakukan dengan pemanasan hingga *2o
< selama
/&-2& detik. )ada suhu ini DNA utas ganda akan memisah menjadi
utas tunggal $Muladno, %&&%(.
b. Annealing
Setelah DNA menjadi utas tunggal, suhu diturukan ke kisaran
6&-2&o< selama %&-6& detik untuk memberikan kesempatan bagi
primer untuk menempel pada DNA template di tempat yang
komplemen dengan sekuen primer $Muladno, %&&%(.
c. Ekstensi/Elongasi Dilakukan dengan menaikkan suhu ke kisaran suhu kerja
optimum en4im DNA polymerase, biasanya '&-'%o<. )ada tahap ini
DNA polymerase akan memasangkan dN9) yang sesuai pada
pasangannya, jika basa pada template adalah A, maka akan dipasang
dN9), begitu seterusnya $ingat pasangan A adalah 9, dan < dengan
=, begitu pula sebaliknya(. n4im akan memperpanjang rantai baru
ini hingga ke ujung. amanya aktu ekstensi bergantung pada
panjang daerah yang akan diampli!ikasi, secara kasarnya adalah
menit untuk setiap &&& bp $Muladno, %&&%(.
3. M#'8##$ PR
Menurut Muladno $%&&%(, )olymerase <hain 5eaction $)<5( dapat
digunakan untuk:
a. Ampli!ikasi urutan nukleotida.
b. Menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami
mutasi. b. #idang kedokteran forensik .
c. Melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan finger print-
BAB III
PENUTUP
A. Ke+6)l#'
Isolasi DNA merupakan teknik pemisahan DNA dari 4at-4at lain selain
DNA. Metode-metode untuk isolasi DNA yaitu teknik 5andom Ampli!ied
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 26/27
)olymorphic DNA $5A)D(, Metode <9A#, )henol:<hloro!orm, Salting 0ut,
=uanidine Isothiocyanate, Silica =el, serta )<5 $)olymerase <hain
5eaction(. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain:,
lisis, ekstraksi, presipitasi, purifikasi, dan pengaetan. Isolasi DNA akan
sangat bergantung dengan banyaknya DNA yang ingin didapatkan dari isolasi
serta jenis organisme yang akan diisolasi DNAnya.
DAFTAR PUSTAKA
Donata. %&&'. &omunikasi %ribadi- 0iri/ciri "#$ !urni dan %enyebab
&eberhasilan serta &egagalan dalam %0. dan Elektroforesis- "akarta:
rlangga.
3aatih, M. %&&*. 2solasi dan "igesti "#$ &romosom. ebsite: https:publikas
iilmiah.ums.ac.idbitstreamhandle2'6/%'.+%&3A9I8.pd!UseJuence;.
Diakses Senin, 1 "anuari %&2 pukul *.61 I#.
8/18/2019 Makalah Isolasi DNA
http://slidepdf.com/reader/full/makalah-isolasi-dna 27/27
ubis, N.A. %&/. aporan %raktikum 2solasi "na !anusia (Epitelial !ulut dan
"arah) dan eknik %cr dan 2solasi %rotein dari "arah, Elektroforesis
$garose dan Sds/%age. ebsite: http:openetare.orgimages11!
ap.V)raktikumVisolasiVDNA,V)roteinVdanVlektro!oresis.pd! . DiaksesSenin, 1 "anuari %&2 pukul *.6' I#.
Muladno. %&&%. Seputar eknologi .ekayasa Genetika- #ogor: )usataka
irausaha Muda.
)riyani, N. %&&6. Sifat 7isik dan &imia "#$- ebsite: http:library.usu.ac.id
donload !mipabiologi-nunuk%.pd! . Diakses Senin, 1 "anuari %&2 pukul
'.&& I#.
5ian. %&/. Struktur "#$- ebsite: http:eb.unair.ac.idadmin!ile!V/C*2*V
)<5.pd! . Diakses Senin, 1 "anuari %&2 pukul 2.&& I#.
5osana, A. %&6. %enuntun %raktikum Genetika- Eogyakarta: anisius.
Euono, 9. %&&1. 1iologi !olekuler- "akarta : rlangga.