II-L2-1 SEP 97

L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments L2 Alignments

L2 SuperGroup A AA-Aln

II-L2-2 SEP 97

most-likely MVAHRAR..RRKR........................................................ASAT 15 HPV54 -AKA--P..----........................................................---- 15 HPV32 -PP--S-..----........................................................---- 15 HPV42 -PPQ-S-..----........................................................---- 15 HPV3 -------..----........................................................---- 15 HPV28 -------..----........................................................---- 15 HPV10 ---Q---..----........................................................---- 15 HPV29 -------..----........................................................---- 15 HPV61 -A...LK..----........................................................---- 12 HPV72 -TQ.AV-..----........................................................---- 14 HPV2a -SV.GDS..YPN-LFIVDVLCPFVKPHLTPPLFYIVLIHFHFDTFVFFLYLLRFNKRATMSIRAKRRKR--P- 70 HPV27 -P..--K..----........................................................--P- 13 HPV57 -SP.--K..----........................................................--P- 14 HPV26 ---V--P..----........................................................---- 15 HPV51 ---T---..----........................................................--V- 15 HPV30 -------..----........................................................---- 15 HPV53 -------..----........................................................---- 15 HPV56 ------T..----........................................................---- 15 HPV66 ------T..----........................................................---- 15 HPV18 --S---A..----........................................................--V- 15 HPV45 --S---A..----........................................................---- 15 HPV39 --S---A..----........................................................---- 15 HPV68ME180 --S---A..----........................................................---- 15 HPV70 --SS--S..----........................................................---- 15 HPV59 --S---A..----........................................................---- 15 HPV7 --SS-P-..----........................................................---- 15 HPV40 --SS-P-..----........................................................---- 15 HPV16 -RHK-SAK.-T--........................................................---- 16 HPV35h -RHK-STK.-V--........................................................---- 16 HPV31 -RSK-STK.-T--........................................................---- 16 HPV52 -RYR-ST..-H--........................................................---- 15 HPV33 -RHK-ST..----........................................................---- 15 HPV58 -RHK-ST..----........................................................---- 15 RhPV1 -KHAHLS..----AAPRPP............................................GGRQKR---- 27 HPV6b -AHS---..----........................................................---- 15 HPV11 -KP.---..----........................................................---- 14 HPV44 -AHS---..----........................................................---- 15 HPV55 -AHS---..----........................................................---- 15 HPV13 -AHS---..----........................................................---- 15 HPV74 ......................................................................... 0 PCPV1 -AHS-P-..----........................................................---- 15 HPV34 -RRK-DTHI----........................................................---- 17 HPV73 -RRK-DTHI-K--........................................................---- 17

L2 SuperGroup A AA-Aln

II-L2-3 SEP 97

most-likely QLYQTCKAAGTCPPDVIPKVEGTTLADQILKWGSLGVFFGGLGIGTGSGTGGRTGYVPLGTRPP..TVVDVG. 85 HPV54 --------S----S----------I-----R---M---------------------I---.--S..-TLEP-P 85 HPV32 --------S----------I--R-W---------T------------A-S--------I-----..V-AEP-. 85 HPV42 --------S------------------K--Q----------------A----------------..VIAEP-. 85 HPV3 ---R-----------------------R--Q------YL-----------------A-IS---G..-----SV 86 HPV28 ---R-----------------------R--Q--G--IYL--------------------S---G..-----SV 86 HPV10 ---R----S------------------R--Q------YL-------------------IS---G..-----SV 86 HPV29 E--K---V-------------------R--Q------YL-------------------V----G..-----SI 86 HPV61 D--R---QS-------V-----D----R----A-------------------------I-----..----I-. 82 HPV72 D--R---Q--------------D----RF---A-------------------------I-----..----I-. 84 HPV2a D--R---Q-------I--R--QN----K----------------------------I-V-S--T..----I-. 140 HPV27 D--R---Q-------I--RL-QN----K----------------------------I-V----T..----I-. 83 HPV57 D--R---Q-------I--R--QD----R----------------------------I-V----T..------. 84 HPV26 D--K---------------I--S----K--Q-SG--I-L--------T-S------I---GGGRP.S---I-. 86 HPV51 ---S------------VN---------K--Q-SG--I-L----------S------I---GGGRP.G---IA. 86 HPV30 -------Q-----S---N-I-H-----K--Q----FT---N------A-S---A---------T..----AS. 85 HPV53 -------QS----E---N-I-HK-W--K--Q----FT-------------------I------S..-----T. 85 HPV56 ---K---LS----E--VN-I-QK-W--K--Q----FTY---------T-S---A------S--S..-I---T. 85 HPV66 ---K---LS----E---N---QK-W--R--Q----FTY-----------S---A------S--S..-I---T. 85 HPV18 D--K---QS-------V----------K--Q-S---I-L-----------------I---G-SN..------. 85 HPV45 D--R---QS--------N---------K--Q-S---I-L----------S----------G-SN..------. 85 HPV39 D--R---QS-------VD---------K--Q-T---I-L--------T--------I---G--N..-----S. 85 HPV68ME180 E--K---QS--------N---------KL-Q-T---I-L-----------------I---GK-N..-----S. 85 HPV70 DI-K---QS-------VN---------RF-Q-A---I-L--------T--------I---G--S..-----T. 85 HPV59 D--K---Q-----S---N---------K--Q-T---I-L-----------------I---G-TN..-I---S. 85 HPV7 ----------------VN---Q--V---------M----------S---S---A-----S-GSR..AIPPKSL 86 HPV40 ----------------VH---Q--V---------M----------S-------A-----S-GSR..A-PPKSL 86 HPV16 ---K---Q-------I------K-I-----QY--M---------------------I-------..-AT-TLA 87 HPV35h ---R------------------N-V------Y--MA---------S-------S-------T--..-AATNI. 86 HPV31 -------------S-----I-H--I-----RY--M----------S-------------S---S..--SEASI 87 HPV52 --------S---------------I---L--Y---------------A-S---A-----S----..-SSITT. 85 HPV33 --------T-------------S-I------Y-----------------S--------I--D--..-AAIPLQ 86 HPV58 --------S---------------I-----RY----------------------------ST--..SEAIPLQ 86 RhPV1 ------------------------V------Y--M--Y-------S-A-----S------S--A..SIPEPL. 97 HPV6b -------LT------------HN-I----------------------------------Q-SAK..PSITS-. 85 HPV11 --------T------------H--I----------------------A-S---A--I---SS-K..PAITG-. 84 HPV44 -------------S-I-----HN-I-------------------------------I--QST-R..PDIPSV. 85 HPV55 -------------S-I-----HN-I-------------------------------I--QST-R..PEIPS-. 85 HPV13 --------S------------QN----K------------------------------V-ST-R..PAIST-. 85 HPV74 ......................................................................... 0 PCPV1 --------S------I-A---QN----K------------------------------VQ-A-R..PAIPF-. 85 HPV34 ---K---QS------I------N--------Y--I----------S-------------P-TT-SRP-EIPLQ 90 HPV73 ---K---Q--------------S-I--N---Y--I----------S---S---------S-GT-SKP-EIPLQ 90

L2 SuperGroup A AA-Aln

II-L2-4 SEP 97

most-likely .P...A.RPPVVVEPV.....GPSDPSIVSLVEESSIINSGAP..VPTF..TGTGGFEITTSST...TTPAVL 141 HPV54 .-...V.--AGA--T-.....A--------------VVDV---..T--I..PSQ-----A---D...A---I- 141 HPV32 .-...-I------DTI.....--T---VI--L---AV-D-SI-..---D..-SH---N--S-ASGPSS----- 145 HPV42 .-...-V---IA-DT-.....----------L----V-DA-IT..--DI..-SH---N----TGGPAS---I- 145 HPV3 .-...-.K----I---.....--------N-L-D-------ST..I---..---D---VIS-A-...------ 142 HPV28 .-...-.-----I---.....--------N-L-D-------ST..----..S------V-S-A-...------ 142 HPV10 .-...-.-----I---.....--------N-L-D-------ST..I---..S--S---V-S-A-...------ 142 HPV29 .-...T.-----I---.....--------T-L----V-----T..I---..---S-----S-A-...------ 142 HPV61 .-...VS-----ID--.....-AA-----T------V-EA--T..----..S-S---NV-S---...------ 139 HPV72 .-...TT-----I---.....-AA-----T------VVEA--T..----..--S----V-----...------ 141 HPV2a .-...TP----II---.....-A-E----T---D-----A--S..H---..-------V---TV...-D---- 197 HPV27 .V...-PK----I---.....-A-E----T---D-----A--S..H---..-------V---TV...-D---- 140 HPV57 .L...-P-----I---.....-A-E----N---D-----A-SS..H---..-------V---TV...-D---- 141 HPV26 .-...T.---III---.....--TE----T--------Q----..I---..S-GN---L----A...------ 142 HPV51 .-...-.---IIIDLW.....HHTE----N---D----Q--S-..I---..---D-----S---...------ 142 HPV30 .-...-.---I---S-.....--T-----T------VV-A--S..F-N-..---A---V-S---...------ 141 HPV53 .-...-.---I---S-.....--T-----T------V-E---S..F-N-..---A---V-S---...------ 141 HPV56 .-...-.---I---S-.....--T-----T------V-E---G..I-N-..--S------S---...------ 141 HPV66 .-...-.---I---S-.....--T-----T------V-----G..--N-..--S----V-S---...------ 141 HPV18 .-...T.-----I---.....--T-----T-I-D--VVT----..R---..---S--D--SAG-...------ 141 HPV45 .-...T.-----I---.....--T-----T---D--VVA----..----..---S-----S-G-...------ 141 HPV39 .-...-.-----I---.....---E----Q---D--V-T--T-..----..---S-----S---...------ 141 HPV68ME180 .-...-.-----I---.....--TE----Q---D--V-T--T-..----..---S-----S---...------ 141 HPV70 .-...-.-----I---.....--TE----Q------VVS--T-..I---..---S-----S-A-...------ 141 HPV59 .-...-.K----I---.....--T----