1CONFIDENTIAL

EPAM Lifescience Молекулярная биология и биоинформатика

Геннадий Захаров

Aipril 3, 2015

2CONFIDENTIAL

•Про метаболизм малых молекул известно много

•Все основные пути метаболизма изучены и описаны

•Известно много классов лекарственных средств

•Всего порядка 30 миллионов соединений

•Побочные функции

•Производство сложное и дорогое

•Новые лекарства искать все сложнее

•Особенно тяжело найти новые классы лекарственных

веществ

Классическая биохимия и фармацевтика –

мир малых молекул

Классическая биохимия и фармацевтика –

мир малых молекул

3CONFIDENTIAL

•Основные молекулы - ДНК, РНК и белки

•Линейные полимеры, состоящие из небольшого

набора мономеров

•Высоко специализированные

•Могут выполнять активную роль — например

избирательно уничтожать РНК вируса

•Менее исследованы

•Пока не умеем создавать белки с произвольными

функциями

•Трудно доставить в нужное место

Молекулярная биология — мир биополимеровМолекулярная биология — мир биополимеров

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B5%D0%BB%D0%BA%D0%B8#/media/File:Potassium_channel1.png

4CONFIDENTIAL

•Sample Tracking / Inventory

•Разработка IT-инфраструктуры компании

•Интеграция оборудования в IT-инфраструктуру

•Разработка/интеграция специфического ПО

– Дизайн последовательностей макромолекул

– Трекинг процесса синтеза

– Обработка данных экспериментов по контролю качества

Задачи, решаемые EPAM Lifescience Задачи, решаемые EPAM Lifescience

5CONFIDENTIAL

•Сборка геномов по данным ДНК-сиквенсов

•Методы компьютерного анализа геномных последовательностей – выделение консервативных участков,

анализ связи последовательность-функция

•Моделирование структуры и функций биополимеров

Биоинформатика — изучение информационных процессов в

биотических системах

Биоинформатика — изучение информационных процессов в

биотических системах

http://rosalind.info/media/problems/long/fragment-assembly.png http://hawaiireedlab.com/wpress/wp-content/uploads/2013/03/Dmel-mtDNA-genome.png

6CONFIDENTIAL

•Развертывание и оптимизация расчетной инфораструктуры

– Cloud-based кластеры

– Amazon Data Pipeline

•Data Tracking / Collecting

•Оптимизация программ и утилит

– Scientific code

– Паралеллизация

Задачи, решаемые EPAM Lifescience в биоинформатике Задачи, решаемые EPAM Lifescience в биоинформатике