InDel - medicinalcrop.org
Transcript of InDel - medicinalcrop.org
้่ฅไฝ่ช(Korean J. Medicinal Crop Sci.) 29(4) : 282 โ 292 (2021) ISSN(Print) 1225-9306ISSN(Online) 2288-0186
http://www.medicinalcrop.org
http://dx.doi.org/10.7783/KJMCS.2021.29.4.282
282
๊ตญ๋ด ๋์ถ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ถ์ ์ํ InDel ๋ง์ปค์ ๊ฐ๋ฐ
๊น๋ฌธ๊ต1 ยท ๊น์ฃผํ2 ยท ์ด๋ฏธ์ 3 ยท ์กฐ๋จ์4 ยท ๋ฐ์์ต5 ยท ๊ธธ์ง์6 ยท Enkhtsetseg Yeruult7 ยท
์คํ๊ฒฝ8 ยท ์ด๊ฒฝํฌ9 ยท ๊นํธ๋ฐฉ10 ยท ์ด๋ฌธ์11 ยท ์ด์ด12โ
Development of Insertion or Deletion Markers to Distinguish Korean Jujube Cultivars
Moon Kyo Kim1, Ju Hyeok Kim2, Mi Sun Lee3, Nam Su Jo4, Sang Ik Park5, Jin Su Gil6, Enkhtsetseg Yeruult7, Ha Kyung Oh8, Kyeong Hee Lee9, Ho Bang Kim10, Moon Soon Lee11 and Yi Lee12โ
์ ์ธ
๋์ถ (Ziziphus jujuba Mill.)๋ ๊ฐ๋งค๋๋ฌด๊ณผ ๋์ถ๋๋ฌด์์ ์
ํ๋ ์๋ฌผ๋ก ์์ด๋ ๋ฐ ์ด๋ ๊ฑด์กฐ ์ง์ญ์ ์ฃผ๋ก ๋ถํฌํ์ง๋ง ์ผ
๋ถ ์ข ์ ๋๋ฅ์ฑ ๊ธฐํ์ ์จ๋ ๋ฐ ๊ฑด์กฐ ์ง์ญ์์ ๋ฐ๊ฒฌ๋๋ค
(Evreinoff, 1964; Liu and Cheng, 1994).
๋์ถ ์ด๋งค๋ ํต๊ณผ๋ฅ์ด๋ฉฐ ํ์ํ์ ๊ดํ์ด ๋๋ ์ ๊ฐ์์ผ๋ก
๊ตญ๋ด์์ ์์ฉ ๋๋ ์ฝ์ฉ์ผ๋ก ์ฐ์ด๊ณ ์๋ค (Park and Kim,
2016; Bang et al., 2020). ๋์ถ ์ด๋งค์๋ ์์ฉ์ฑ ๋น๊ณผ ์นผ๋ฅจ,
์ธ, ์นผ์ ๋ฐ ๋ง๊ฐ๊ณผ ๊ฐ์ ๋ฏธ๋ค๋์ด ํฌํจ๋์ด ์์ผ๋ฉฐ ๋นํ๋ฏผ
C, ํฐ์๋ฏผ, ๋ฆฌ๋ณดํ๋ผ๋น ๋ฑ์ด ํ๋ถํ์ฌ ์์ํ์ ์ผ๋ก๋ ์ฐ์
ํ๋ค (Li et al., 2007; Gao et al., 2013). ๋์ถ์ ์ฝ์ฉ์ฑ๋ถ
์ผ๋ก๋ glycosides, alkaloids, triterpenoids, cyclic adenosine
monophosphate (cAMP), cyclic guanosine monophosphate
ABSTRACT
Received: 2021 March 241st Revised: 2021 May 182nd Revised: 2021 July 83rd Revised: 2021 August 2Accepted: 2021 August 2
This is an open access articledistributed under the terms of theCreative Commons AttributionNon-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/) which permits unrestrictednon-commercial use, distribution,and reproduction in any medium,provided the original work is properlycited.
Background: Jujube (Ziziphus jujuba Mill.) friuts are rich in nutrients and an economically andecologically important medicinal plant in Korea. However, as it is difficult to distinguish jujubecultivars using morphological characters, the development of molecular markers is necessary toprotect and distinguish Korean jujube cultivars.Methods and Results: Next-generation sequencing analysis was performed on six major Koreancultivars; Bokjo, Boeun, Chuseok, Mudeung, Geumseong, and Wolchul. Sites with an insertion ordeletion (InDel) were identified by comparison from the sequence information of the six Koreancultivars using the CLC Genomics Workbench. Among the identified InDels, we developed Zj-InDel-1 and Zj-InDel-2 markers, which could distinguish Bokjo, Chuseok, and Boeun from theother Korean cultivars. Conclusions: The InDel markers developed in this study could be used for classification of domes-tic jujube cultivars and protection of the elite ones.
Key Words: Ziziphus jujuba, Cultivar, Insertion or Deletion, Molecular Marker, Next-generationSequencing
โ Corresponding author: (Phone) +82-43-261-3373 (E-mail) [email protected] 1์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ์์ฌ๊ณผ์ / Master's student, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 2์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ํ๋ถ์ / Undergraduate student, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 3์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ์์ฌ๊ณผ์ / Master's student, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 4์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ๋ฐ์ฌ๊ณผ์ / Ph. D. student, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 5์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ์์ฌ / Mater's degree, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 6์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ๋ฐ์ฌ / Ph. D. degree, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 7์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ์์ฌ๊ณผ์ / Mater's student, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea. 8์ถฉ์ฒญ๋ถ๋๋์ ๊ธฐ์ ์ ๋์ถ์ฐ๊ตฌ์ ์ฐ๊ตฌ์ฌ / Researcher, Jujube Research Institute, Chungcheongbuk-do ARES, Boeun 28130, Korea. 9์ถฉ์ฒญ๋ถ๋๋์ ๊ธฐ์ ์ ๋์ถ์ฐ๊ตฌ์ ์ฐ๊ตฌ๊ด / Researcher, Jujube Research Institute, Chungcheongbuk-do ARES, Boeun 28130, Korea.10(์ฃผ)๋ฐ์ด์ค๋ฉ๋ ์๋ช ๊ณผํ์ฐ๊ตฌ์ ์ฐ๊ตฌ์์ฅ / Chief Technology Officer, Life Sciences Research Institute, Biomedic Co., Ltd., Bucheon 14548, Korea.11์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ๊ต์ / Professor, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea.12์ถฉ๋ถ๋ํ๊ต ํน์ฉ์๋ฌผํ๊ณผ ๊ต์ / Professor, Department of Industrial Plant Science and Technology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Korea.
๋์ถ ํ์ข ๊ตฌ๋ณ๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ
283
(cGMP) ๋ฐ saponins ๋ฑ์ด ์๋ ค์ ธ ์๋ค (Yagi et al., 1978;
Cyong and Hanabusa, 1980; Okamura et al., 1981; Yagi
et al., 1981; Cyong and Takahashi, 1982; Han and Park,
1987).
๋์ถ์ ํจ๋ฅ์ผ๋ก๋ ๋ฉด์ญ๊ธฐ๋ฅ, ํญ์, ํญ์ฐํ, ํญ์๋ ๋ฅด๊ธฐ์ ๊ฐ
์ ํจ๊ณผ์ ๋ํ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ ๋ณด๊ณ ๋์ด ์์ผ๋ฉฐ, ํนํ lysicamine๊ณผ
nornuciferine ์ฑ๋ถ์ ์ง์ ํจ๊ณผ๊ฐ ์๋ ๊ฒ์ผ๋ก ์๋ ค์ ธ ์๋ค
(Yagi et al., 1981; Han and Park, 1987; Na et al., 1996;
Rhee et al., 1998; Zhao et al., 2008).
๋์ถ๋ ์์์์์ ์ธ๊ธฐ ์๋ ๊ณผ์๋ก์จ ๊ฒฝ์ ์ , ์ํํ์ ์ผ
๋ก ์ค์ํ๋ฉฐ ์ต๊ทผ ๋จ์ ์ ๋ฝ, ์ค๋, ์ธ๋์ ๊ฐ์ ๋ค๋ฅธ ์ง์ญ์
์๋ ์ฌ๋ฐฐ ๋ฐ ์์๊ฐ ์ฆ๊ฐํ๊ณ ์๋ค (Qu and Wang, 1993;
Outlaw et al., 2002; Zhao et al., 2014). International Union
for the Protection of New Varieties of Plants (UPOV)๋
์ก์ข ๊ฐ์ ๊ถ๋ฆฌ๋ฅผ ๋ณดํธํ๊ณ ํ์ข ์ ์ง์ ์ฌ์ฐ๊ถ์ ๋ณดํธํ๊ธฐ ์
ํด ์ฌ๋ฐฐ ํ์ข ์ ๋ํ ์ฒด๊ณ์ ์ธ ๊ด๋ฆฌ๋ฅผ ํ๊ณ ์๋ค (Choi,
2002).
๋ฐ๋ผ์ ๊ตญ๋ด ํ์ข ์ ๋ณดํธํ๊ณ ๊ณผ์ค ์๋ฌผ๋ก์จ์ ๊ฐ์น๋ฅผ ๋์ด
๊ธฐ ์ํด ๊ตญ๋ด์์ ์ฌ๋ฐฐ, ์ ํต๋๋ ๋์ถ์ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ถํ์ฌ ์
ํํ๊ฒ ํ์ ํ ํ์๊ฐ ์๋ค (Nam et al., 2013).
๊ณผ๊ฑฐ์ ์ฃผ๋ก ์ฌ์ฉํ ํํํ์ ํน์ฑ์ ๋ฐ๋ฅธ ํ์ข ๊ตฌ๋ถ์ ๋ฎ
์ ๋คํ์ฑ, ๋ฎ์ ์ ์ ์ฑ, ํ๊ธฐ ๋ฐํ ๋ฐ ํ๊ฒฝ ์ํฅ์ ๋ํ ์ทจ
์ฝ์ฑ์ ํฌํจํ์ฌ ๋ง์ ํ๊ณ๊ฐ ์์์ผ๋, ์ต๊ทผ next-generation
sequencing (NGS) ๊ธฐ์ ์ ๋ฐ๋ฌ๋ก ์๋ฌผ์ ์ ์ ์ฒด ์ ๋ณด๋ฅผ ํ๋
ํ๋ ๊ฒ์ด ์ฉ์ดํด์ง์ ๋ฐ๋ผ ๋ถ์๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ ๋ถ๋ฅ๊ฐ ๊ฐ๋ฅํด
์ก์ผ๋ฉฐ ๋ถ์๋ง์ปค๋ ์ ์ ์ ๋ณ์ด๋ฅผ ํ๊ฐํ๊ณ ์ข ๋ด ๋ฐ ์ข ๊ฐ์
์ ์ ์ ๊ด๊ณ๋ฅผ ๋ฐํ๋ ์ค์ ๋๊ตฌ์์ด ์ ์ฆ๋์๋ค (Smith and
Smith, 1992; Chakravarthi and Naravaneni, 2006; Wang et
al., 2014; Park et al., 2017b). ๋ถ์๋ง์ปค๋ ์๋ฌผ์ด ๊ฐ์ง๊ณ ์
๋ DNA์ ์ผ๊ธฐ์์ด ์ ๋ณด๋ฅผ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ์ผ๊ธฐ์์ด์ ์ฐจ์ด๋ฅผ ์ด
์ฉํ์ฌ ์ข ํน์ ์ง๋จ์ ๋น๊ต ๋ถ์ํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ผ๋ก ๋์ ๋คํ์ฑ
์ ๊ฐ์ง๊ณ ์์ผ๋ฉฐ ๊ณต์ฐ์ฑ์ ์ผ๋ก ๊ฒ์ถํ ์ ์๊ณ , ๋์์ผ๋ก ํ
๋ ์๋ฌผ์ ์ ์ ์ฒด ์ ์ฒด์ ๊ณ ๋ฅด๊ฒ ๋ถํฌํ๋ฉฐ ๋ณ์ด ํ์์ ์์ด
์ ๋ ดํ ๋น์ฉ์ผ๋ก ์งง์ ์๊ฐ์ ๋ถ์์ด ๊ฐ๋ฅํ ๋ฟ ์๋๋ผ ์ฌํ
์ฑ์ด ๋๊ฒ ๋ํ๋๋ ๊ฒ์ด ์ข๋ค (Park et al., 2017a).
์ง๊ธ๊น์ง ๋์ถ์ ๋ํ ๋ถ์ ์๋ฌผํ์ ์ ๋ณด๊ฐ ๋ง์ง ์์์ผ๋ฉฐ
์ ์ ์ ๋ง์ปค ์์คํ ์ด ์ฒด๊ณ์ ์ผ๋ก ํ๋ฆฝ๋์ง ์์๋ค (Ma et
al., 2011; Liu et al., 2014). ๋์ถ๋ ์ฃผ๋ก ์์๋ฒ์์ ํ๋
ํน์ฑ์ ๊ฐ์ง๊ณ ์์ด์ ํ์ข ๊ฐ ์ฐจ์ด๊ฐ ์ ์ผ๋ฉฐ ์๋ฐฑ ๊ฐ์ ๋์ถ
ํ์ข ๋ฐ ๊ตญ๋ด ์ฃผ์ ์์ฐ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ณํ๊ธฐ์๋ ์ด๋ ค์์ด ์๊ณ
์ด๋ฅผ ํด๊ฒฐํ๊ธฐ ์ํด์๋ ๋ณ๋ณ๋ ฅ์ด ์ข๊ณ ํจ์จ์ ์ธ ๋ถ์๋ง์ปค์
๊ฐ๋ฐ์ด ํ์ํ๋ค. ๋์ถ์ ๋ํ ๋ถ์๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ์ ๋ํ ์ฐ๊ตฌ๋
์ง์์ ์ผ๋ก ์งํ๋์ด ์์ผ๋ฉฐ ์ ํ์ฐ๊ตฌ๋ก ์ด๋ ๋์ถ ์ ์ ์ํ
์ ์ ์ ์ ๋ค์์ฑ์ ํ๊ฐํ๊ธฐ ์ํ amplified fragment length
polymorphism (AFLP) ๋ง์ปค์ ์ค๊ตญ ๋์ถ ํ์ข ๊ฐ์ ์ ์ ์
๊ด๊ณ๋ฅผ ๋ถ์ํ๊ธฐ ์ํ random amplified polymorphic DNA
(RAPD) ๋ง์ปค์ ๊ฐ๋ฐ์ด ์ด๋ฃจ์ด์ก๋ค. ๋ํ ์ค๊ตญ๋์ถ ํ์ข ํ๋ณ
์ ์ํ inter simple sequence repeat (ISSR) PCR ์์คํ ์ด
๊ตฌ์ถ๋ ๋ฐ ์๊ณ , ๋์ถ ์ ์ ์ ์ฐ๊ตฌ ๋ฐ ์๋ฌผ ์ก์ข ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ์ํ
simple sequence repeat (SSR) ๋ถ์ ๋ง์ปค๋ ๊ฐ๋ฐ๋๊ณ ์๋ค
(Liu and Zhao, 2002; Qi et al., 2008; Shahhoseini et al.,
2012; Wang et al., 2014).
์ฝ์ ๋๋ ๊ฒฐ์ค (insertion or deletion, InDel) ๋ง์ปค๋
DNA ์ผ๊ธฐ์์ด์ ์๋ก ๋น๊ตํ์ฌ ์ฝ์ ๋๋ ๊ฒฐ์ค๋ก ์ธํ ์ผ
๊ธฐ์์ด ์ฌ์ด์ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์ฌ์ฃผ๋ ๋ง์ปค์ด๋ค. InDel ๋ง์ปค๋ ๋ค
ํ์ฑ, ๊ณต์ฐ์ฑ ๋ง์ปค, ํจ์จ์ ์ธ ๋น์ฉ ๋ฐ ์ฌ์ด ๋ถ์ ๋ฑ์ผ๋ก ๋๋ฆฌ
์ด์ฉ๋๊ณ ์๋ค (Chen et al., 2021). InDel ๋ง์ปค๋ ๋ค์ํ ์
๋ฌผ์์ ์ด์ฉ๋๊ณ ์์ผ๋ฉฐ 9 ๊ฐ์ ๋ฒผ ๋์ด๋ณ ์ ํญ์ฑ ์ ์ ์์
๋ํ์ฌ InDel ๋ง์ปค์ ๊ฐ๋ฐ, 116 ๊ฐ์ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ
์ค์ด์ ์์์ง ๊ตฌ๋ณ, Brasica rapa์์ ์งง์ InDel์ ์๋ณ ๋ฐ
639 ๊ฐ์ InDel ๋ง์ปค์ ๋คํ์ฑ ๊ฒ์ฆ ๋ฑ์ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ ์งํ๋์๋ค
(Hayashi et al., 2006; Li et al., 2013; Liu et al., 2013;
Chen et al., 2021). ์ต๊ทผ SSR ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ 24 ๊ฐ์
Ziziphus mauritiana Lam. ํ์ข ๊ฐ์ ์ ์ ์ ๊ด๊ณ๋ฅผ ๋ถ์ํ์
์ผ๋ฉฐ, ISSR ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ Z. jujuba์ Z. acidojujuba ๊ฐ
์ ์ ์ ์ ๊ด๊ณ๋ฅผ ์ถ์ ํ๋ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ ์งํ๋์๋ค (Chiou et al.,
2020; Li et al., 2021). ๊ทธ๋ฌ๋ ๋ค์ํ ์ ํ์ฐ๊ตฌ์๋ ๋ถ๊ตฌํ๊ณ
์์ง์ ๋ง์ ์์ ๋์ถ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ณํ๊ธฐ์๋ ์ถฉ๋ถํ์ง ์์
์ค์ ์ด๋ค.
๊ตญ๋ด ๋์ถ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ถํ๊ธฐ ์ํ InDel ๋ง์ปค์ ๊ดํ ์ฐ๊ตฌ๋
์์ง ๋ณด๊ณ ๋์ง ์์์ผ๋ฉฐ ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์๋ ๊ตญ๋ด ํ์ข ์ ์ฝ๊ณ ๊ฐ
๋จํ๊ฒ ๊ตฌ๋ถํ๊ธฐ ์ํ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ฐ๋ฐํ๊ณ ์ ํ์๋ค.
NGS๋ฅผ ํตํด ๋ณต์กฐ (Bokjo), ๋ณด์ (Boeun), ์ถ์ (Chuseok),
๋ฌด๋ฑ (Mudeung), ๊ธ์ฑ (Geumseong), ์์ถ (Wolchul) ๋ฑ 6
๊ฐ์ ๋์ถ ํ์ข ์ ๋ํ DNA ์ ๋ณด๋ฅผ ํ๋ํ์ฌ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ
๊ฐ๋ฐํ์๊ณ PCR ๋ฐ genotyping์ ์ค์ํ์ฌ ๋์ถ ํ์ข ๊ฐ ๋ค
ํ์ฑ์ ๋ถ์ํ์๋ค. InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ณต์กฐ ํ์ข ์ ํฌํจ
ํ ๊ตญ๋ด ์ฃผ์ ํ์ข ๋ค์ ๊ตฌ๋ณํ ์ ์์์ผ๋ฉฐ, ํด๋น ๊ตฌ๊ฐ์ ์ผ
๊ธฐ์์ด์ ๋ถ์ํ์ฌ ์๋ก ๋ค๋ฅธ ์ ์ ์ํ์ ์ผ๊ธฐ์์ด๋ค์ ๋ฐํ
๋๋ค. ๊ฐ๋ฐ๋ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ๋ณต์กฐ์ ๊ฐ์ ๊ตญ๋ด ์ฃผ์
๋์ถ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ณํจ์ผ๋ก์จ ๊ตญ๋ด ๋์ถ ์ฐ์ ์ ๊ธฐ์ฌํ ์ ์์
๊ฒ์ด๋ผ ๊ธฐ๋ํ๋ค.
์ฌ๋ฃ ๋ฐ ๋ฐฉ๋ฒ
1. ์ํ์์ง ๋ฐ genomic DNA ์ถ์ถ
์ด 60 ๊ฐ์ ๋์ถ ํ์ข ์ ๋ํ์ฌ ์ด๋ฆฐ์์ ์์งํ์์ผ๋ฉฐ ์ถฉ
์ฒญ๋ถ๋ ๋์ ๊ธฐ์ ์ (36ยฐ34โฒ38.7โณN, 127ยฐ44โฒ52.9โณE)์์ 42 ๊ฐ,
๊ตญ๋ฆฝ์ฐ๋ฆผํ์ข ๊ด๋ฆฌ์ผํฐ (36ยฐ87โฒ70.1โณN, 127ยฐ97โฒ35.9โณE)์์ 16
๊ฐ, ๋ณด์๊ตฐ ๋์ถ ๋๊ฐ๋ก๋ถํฐ ์๋ ค์ง์ง ์์ ํ์ข ์ ๋์ถ ์ ์
๊น๋ฌธ๊ต ยท๊น์ฃผํ ยท์ด๋ฏธ์ ยท์กฐ๋จ์ ยท๋ฐ์์ต ยท๊ธธ์ง์ ยท Enkhtsetseg Yeruult ยท์คํ๊ฒฝ ยท์ด๊ฒฝํฌ ยท๊นํธ๋ฐฉ ยท์ด๋ฌธ์ ยท์ด์ด
284
์์ 2 ๊ฐ๋ฅผ ์์งํ์๋ค (Table 1). ์ํ ์์ง์ ์ง๋ณ์ด๋ ํด
์ถฉ ํผํด๊ฐ ์๋ ๊ฑด๊ฐํ ์์ผ๋ก ์ฑ์ง๋์๊ณ ์์ง๋ ์์ -70โ
์ ์ด์ ์จ ๋๋๊ณ ์ ๋ณด๊ดํ์๋ค.
NGS ๋ถ์์ ์ํ genomic DNA (์ดํ gDNA)๋ DNeasy
Plant Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germany)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ
์ฌ ์ถ์ถํ์์ผ๋ฉฐ PCR ๋ถ์์ฉ gDNA๋ cetyltrimethylammo-
nium bromide (CTAB) ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ถ์ถํ์๋ค (Doyle
and Doyle, 1990). ์ถ์ถํ DNA๋ DeNovixยฎ DS-11+ spec-
Table 1. List of 60 jujube samples used in this study.
No Variety Collection place IT number Origin
1 6-Wolseonjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317245 China
2 Boeun Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317265 Korea
3 Bokjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 233616 Korea
4 Bolohojo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317222 China
5 Bongsanchwijo National Forest Seed and Variety Center 10449 -
6 Chainabeulaun Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317230 Japan
7 Chajeonjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317220 China
8 Cheomhwadongjo National Forest Seed and Variety Center 10436 -
9 Cheonsang Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317182 Korea
10 Chunhyang-17-ho Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317214 Korea
11 Chuseok Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 233622 Korea
12 Chwijowang National Forest Seed and Variety Center 10414 -
13 Daebaegjo National Forest Seed and Variety Center 10428 -
14 Daelibjong National Forest Seed and Variety Center 10381 -
15 Daeseoljo National Forest Seed and Variety Center 10440 -
16 Dongjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317224 China
17 Geumchang-1-ho Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317248 China
18 Geumsa Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317239 China
19 Geumsa-1-ho National Forest Seed and Variety Center 10468 -
20 Geumseong Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 233612 Korea
21 Hodaechu Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 233623 China
22 Hongan Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
23 Hongjo National Forest Seed and Variety Center 10396 -
24 Hwajeondaechu National Forest Seed and Variety Center 10367 -
25 Hwajeonogjo National Forest Seed and Variety Center 10392 -
26 Ibu Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317241 China
27 Ilbon Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317242 Japan
28 Jd-12 Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317166 Korea
29 Je-1 Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
30 Jenamgodaesiljo National Forest Seed and Variety Center 10408 -
31 Jg-10 Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
32 Jh-9 Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
33 Jj-1 Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
34 Jk-4 Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
35 Jochwiwangjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317232 China
36 Jungdaelibjong National Forest Seed and Variety Center 10373 -
37 Kukwang Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317260 China
38 Lyeongjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317237 China
๋์ถ ํ์ข ๊ตฌ๋ณ๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ
285
trophotometer (DeNovix Inc., Wilmington, DE, USA)๋ฅผ ์ฌ
์ฉํ์ฌ ์ธก์ ํ๊ณ polymerase chain reaction (PCR)์ ์ฌ์ฉํ
DNA ๋๋๋ฅผ ์ ๋ํ์๋ค.
2. ์ฐจ์ธ๋ ์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์
๊ตญ๋ด ๋์ถ ํ์ข 6 ์ข ์ ๋ํ NGS ๋ถ์์ Illumina HiSeq
2500 platform (Illumina, San Diego, CA, USA)์ 151 bp
paired-end sequencing์ ์ฌ์ฉํ์ฌ Macrogen์ฌ (Seoul,
Korea)์ ์๋ขฐํ์ฌ ์ํํ์๋ค.
๋ณต์กฐ (Bokjo), ๋ณด์ (Boeun), ์ถ์ (Chuseok), ๋ฌด๋ฑ (Mu-
deung), ๊ธ์ฑ (Geumseong), ์์ถ (Wolchul) ๋ฑ 6 ๊ฐ์ ๋์ถ
ํ์ข ์ ๋ํ NGS data๋ National Agricultural Biotech-
nology Information Center (NABIC) Sequence Read Archive
(BioProject ID: NN-7295, NN-7296, NN-7297, NN-7298,
NN-7299, NN-7300)์ ๋ฑ๋กํ์๊ณ , InDel ๊ตฌ๊ฐ ํ์์ CLC
Genomics Workbench (ver. 11.0, Qiagen, Aarhus, Denmark)
์ ์ด์ฉํ์๋ค. NGS ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ๋ก ์ป์ read๋ค์ trimming
๊ณผ์ ์ ํตํด ์ ์ ์ฒด์ ํ์ง์ ๋์ธ ํ assembly ๊ณผ์ ์ ํตํ
์ฌ contig๋ฅผ ์์ฑํ์๋ค. ๊ฐ 6 ์ข ์ ํ์ข ์ contig๋ค์ ์ํธ๋น
๊ต ํ์ฌ InDel์ด ์์๋๋ ๊ตฌ๊ฐ์ ํ์ํ์๋ค.
3. ํ๋ผ์ด๋จธ ์ ์
ํ๋ผ์ด๋จธ๋ CLC Main Workbench (ver. 8, Qiagen,
Aarhus, Denmark)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ค๊ณํ์์ผ๋ฉฐ InDel ๋ถ์๋ฅผ ํฌ
ํจํ๋๋ก ์ ๋ฐฉํฅ ํ๋ผ์ด๋จธ์ ์ญ๋ฐฉํฅ ํ๋ผ์ด๋จธ๋ฅผ ๊ฐ๊ฐ ๋์์ธ
ํ์๋ค.
ํ๋ผ์ด๋จธ ๋์์ธ์ ๋งค๊ฐ ๋ณ์๋ ํ๋ผ์ด๋จธ ๊ธธ์ด๋ฅผ 18 bp -
28 bp, G + C ํจ๋์ 0.4 - 0.6, annealing ์จ๋๋ 48โ - 58โ,
ํ๋ผ์ด๋จธ ์ ์ฌ์ด์ annealing ์จ๋ ์ฐจ์ด 5โ ์ดํ, ์ฆํญ ์ฐ
๋ฌผ ๊ธธ์ด 500 bp ์ดํ๋ก ํ์๋ค.
4. PCR (polymerase chain reaction)
PCR์ T100โข Thermal Cycler (Bio-Rad Laboratories Inc.,
Hercules, CA, USA)๋ฅผ ์ด์ฉํ์๊ณ PCR ๋ฐ์์ 10 ng/ใ
๋๋์ gDNA 2ใ, Taq mix (0.25 U/ใ Taq DNA poly-
merase, 2 ร PCR buffer, 0.4 mM dNTPs, 3.2 mM MgCl2,
0.02% bromophenol blue) 10 ใ, ์ ๋ฐฉํฅ ํ๋ผ์ด๋จธ (5 ฮผM)
2 ใ, ์ญ๋ฐฉํฅ ํ๋ผ์ด๋จธ (5 ฮผM) 2 ใ, 3 ์ฐจ ์ฆ๋ฅ์ 4 ใ ๋ก
์ด ์ฉ๋ 20 ใ ์ผ๋ก PCR ์ฆํญ์ ์ํํ์๋ค.
PCR ์กฐ๊ฑด์ 95โ์์ pre-denaturation 3 ๋ถ, 95โ์์
denaturation 30 ์ด, 51โ์์ annealing 30 ์ด, 72โ์์
Table 1. List of 60 jujube samples used in this study.
No Variety Collection place IT number Origin
39 Mabanjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317223 China
40 Maechu Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317228 China
41 Mijo National Forest Seed and Variety Center 10386 -
42 Mudeung Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 233614 Korea
43 Muhaeghongjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317247 China
44 Sandongbokjo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317263 China
45 Sangwang Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317261 China
46 Sanjo National Forest Seed and Variety Center 10498 -
47 Senteomi Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317235 USA
48 Seoljo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317227 China
49 Taesangwang Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317225 China
50 Tibetdaegwajong National Forest Seed and Variety Center 10361 -
51 Tibetwang Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317262 China
52 Uiseong-C Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317234 China
53 Wangdaechu Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317226 China
54 Wolchul Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services - Korea
55 Wolgwang Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317246 China
56 Wolgwangjo National Forest Seed and Variety Center 10401 -
57 Wollyeong Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317240 China
58 Yangnaejo Chungcheongbuk-do Agricultural Research and Extension Services 317221 China
59 Market-1 Boeun-gun - -
60 Market-2 Boeun-gun - -
๊น๋ฌธ๊ต ยท๊น์ฃผํ ยท์ด๋ฏธ์ ยท์กฐ๋จ์ ยท๋ฐ์์ต ยท๊ธธ์ง์ ยท Enkhtsetseg Yeruult ยท์คํ๊ฒฝ ยท์ด๊ฒฝํฌ ยท๊นํธ๋ฐฉ ยท์ด๋ฌธ์ ยท์ด์ด
286
extension 1 ๋ถ์ผ๋ก ์ด 35 ํ ๋ฐ๋ณตํ์์ผ๋ฉฐ, 72โ์์ final
extension 10 ๋ถ์ ์ค์ํ์๊ณ , PCR ์ฐ๋ฌผ์ -20โ์ ๋๋๊ณ ์
๋ณด๊ดํ์๋ค.
5. ์ ๊ธฐ์๋ ๋ฐ fragment analysis
๋ถ์๋ ์ ์ ์์๊ฐ ์ผ๊ธฐ์์ด ํฌ๊ธฐ์ ์ฐจ์ด๊ฐ 10 bp ์ด์์ผ
๋ก ํฐ ๊ฒฝ์ฐ ์ ๊ธฐ์๋์ ์ด์ฉํ์ฌ ๋คํ์ฑ์ ๊ด์ฐฐํ์๊ณ 10
bp ์ดํ์ ์์ ์ฌ์ด์ฆ ๊ฒฝ์ฐ์๋ fragment analyzer๋ก ๋ถ์
ํ์๋ค.
์ ๊ธฐ์๋์ ์ฌ์ฉ๋ gel์ 3% ์๊ฐ๋ก์ค๋ก ๋ง๋ค์์ผ๋ฉฐ EtBr
(ethidium bromide)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ DNA๋ฅผ ์ผ์ํ์๋ค. Gel์ 1
ร TAE ์ฉ์ก์ ๋ฃ๊ณ PCR product๋ฅผ ๋ถ์ฃผํ์์ผ๋ฉฐ ๋ฐด๋์
ํฌ๊ธฐ๋ฅผ ๋น๊ตํ๊ธฐ ์ํ์ฌ 1 kb ladder plus (Dongshengbio
Company Ltd., Guangdong, China)๋ฅผ ํจ๊ป ๋ถ์ฃผํ์๋ค. ์ ๊ธฐ
์๋์ 120 V์์ 30 ๋ถ ๋์ ์ํํ์๊ณ Gel Docโข XR+
System (Bio-Rad Inc., Hercules, CA, USA)์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ฐด
๋๋ฅผ ์๊ฐํํ์๋ค.
์ ๊ธฐ์๋์ผ๋ก ๊ตฌ๋ณ์ด ์ด๋ ค์ด ์์ ์ฌ์ด์ฆ์ ๋คํ์ฑ์ ๋ถ์
ํ๊ธฐ ์ํด์๋ DNA Fragment Analyzerโข Automated CE
System (Advanced Analytical Technologies, Ames, IA,
USA)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์๋ค. Fragment ๋ถ์์๋ PCR product, TE
buffer, 930 dsDNA Inlet buffer, dsDNA 905 gel, capillary
conditioning soln, intercalating dye, 35 - 400 bp DNA
ladder, 1 bp lower and 500 bp upper markers๊ฐ ์ฌ์ฉ
๋์๋ค.
6. T-vector ํด๋ก๋ ๋ฐ sequencing
ํด๋ก๋์ ์ํ์ฌ ์ ์ ๋ PCR product๋ฅผ TOPclonerโข TA
Kit (Enzynomics, Daejeon, Korea)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ pTOP TA
V2 vector์ ligation ๋ฐ์์ ์ํํ์๋ค. Ligation ์ฐ๋ฌผ์
Escherichia coli DH5ฮฑ competent cells์ ํ์ง์ ํ ์ํจ ํ
ampicillin ํจ์ (50 ใ/ใ) LB ๊ณ ์ฒด ๋ฐฐ์ง์ ๋๋งํ์๋ค. ํ์ฑ
๋ ์ฝ๋ก๋๋ฅผ ampicillin ํจ์ (50 ใ/ใ) LB ์ก์ฒด ๋ฐฐ์ง์ ์
์ข ํ ํ ํ๋ฃป๋ฐค ๋์ ์งํ๋ฐฐ์ํ ํ Biomedicยฎ Plasmid
DNA Miniprep Kit (Medico Co., Ltd., Ansan, Korea)๋ฅผ ์ฌ
์ฉํ์ฌ plasmid DNA๋ฅผ ์ ์ ํ์๋ค. ์ ์ ํ plasmid DNA์
์ผ๊ธฐ์์ด๋ถ์์ ๋ฒกํฐ์ ํ๋ผ์ด๋จธ (M13-F, M13-R)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ
์ํํ์๋ค.
์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์์ Big Dye Terminator v3.1 Cycle
Sequencing Kit (Applied Biosystems, Foster City, CA,
USA)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์์ฉ PCR ๋ฐ์์ ์ํํ ํ,
ABI 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems, Foster
City, CA, USA)๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ์ผ๊ธฐ์์ด์ ๊ฒฐ์ ํ์๋ค. ์ผ๊ธฐ์์ด
๊ฒฐ์ ๊ฒฐ๊ณผ๋ Lasergene SeqMan (ver. 7.0.0, DNASTAR,
Madison, WI, USA) ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์ด์ฉํ์ฌ ์ ๋ฆฌํ์๋ค.
๊ฒฐ ๊ณผ
1. NGS ๋ถ์์ ํตํ ๊ตญ๋ด ๋์ถ ๊ตฌ๋ณ InDel ๋ง์ปค์ ๊ฐ๋ฐ
CLC Genomics Workbench์ CLC Main Workbench๋ฅผ
์ด์ฉํ์ฌ NGS ๋ฐ์ดํฐ๋ก๋ถํฐ ์ป์ ํ์ข ๋ณ๋ก ์กฐ๋ฆฝ๋ contig๋ค
์ ๋น๊ตํ์ฌ InDel locus๋ฅผ ํ์ํ์๊ณ (Fig. 1), ํด๋น locus
๋ฅผ ์ฆํญํ๊ธฐ ์ํ ์ ๋ฐฉํฅ ํ๋ผ์ด๋จธ์ ์ญ๋ฐฉํฅ ํ๋ผ์ด๋จธ๋ฅผ ๊ฐ๊ฐ
๋์์ธํ์๋ค (Table 2).
In silico์์ ๋ฐ๊ฒฌํ InDel locus๊ฐ ์ค์ ์คํ๊ฒฐ๊ณผ์ ์ผ์นํ
๋์ง ์ฌ๋ถ์ ๋์์ธ๋ ํ๋ผ์ด๋จธ๊ฐ ์ ์์ ์ผ๋ก ์๋ํ๋์ง ํ
์ธํ๊ธฐ ์ํด PCR ๋ถ์์ ์ํํ์๊ณ ์ ๊ธฐ์๋๊ณผ fragment
analyzer๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ๋คํ์ฑ์ ๋ถ์ํ์๋ค. ๊ทธ ๊ฒฐ๊ณผ ๋ ๊ฐ์
ํ๋ผ์ด๋จธ ์ธํธ๊ฐ ๋ชจ๋ ์ฑ๊ณต์ ์ผ๋ก ์ฆํญ๋์์ผ๋ฉฐ ๋ฌด๋ฑ, ๊ธ์ฑ,
์์ถ, ์ฒ์ ํ์ข ์ผ๋ก๋ถํฐ ๋ณต์กฐ, ๋ณด์, ์ถ์์ ๊ตฌ๋ถํ๋ Zj-
InDel-1 ๋ง์ปค์ ๋ฌด๋ฑ, ๊ธ์ฑ, ์์ถ, ์ฒ์, ๋ณต์กฐ ํ์ข ์ผ๋ก๋ถํฐ ์ถ
์, ๋ณด์ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ถํ๋ Zj-InDel-2 ๋ ๊ฐ์ InDel ๋ง์ปค๊ฐ
๊ฐ๋ฐ๋์๋ค.
2. ๊ฐ๋ฐ๋ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ ๋์ถ ํ์ข ์ genotyping
๊ฐ๋ฐ๋ Zj-InDel-1 ๋ง์ปค์ Zj-InDel-2 ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ 58
๊ฐ์ ํ์ข ๊ณผ ๋ณด์๊ตฐ์์ ์์งํ 2 ๊ฐ์ ๋์ถ์์์ ๋์์ผ๋ก
genotyping์ ์ค์ํ์๋ค. ์ ๊ธฐ์๋์ ์ค์ํ์ฌ ๋คํ์ฑ์ ๋ถ์
ํ์๊ณ fragment analyzer๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ 10 bp ์ดํ์ ์์ ์ผ
๊ธฐ์์ด์ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ถ์ํ์๋ค.
์ ๊ธฐ์๋ ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ Zj-InDel-1 ๋ง์ปค์์๋ ์ฒ์, ์ทจ์กฐ์,
๊ธ์ฑ, ํธ๋์ถ, ํ์ ๋์ถ, ์ด๋ถ, Jd-12, Jh-9, ๋ น์กฐ, ๋งค์ถ, ๋ฌด๋ฑ,
์ค์กฐ, ์์ฑ-C, ์์ถ, ์๊ด ํ์ข ์ด 444 bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ํ์ฑ
ํ์๊ณ , 6์์ ์กฐ, ๋ณด์, ๋ณต์กฐ, ๋ณด๋กํธ์กฐ, ๋ด์ฐ์ทจ์กฐ, ์ฐจ์ด๋๋ธ๋ผ
์ด, ์ฐจ์ ์กฐ, ์ฒจํ๋์กฐ, ์ถํฅ17ํธ, ์ถ์, ๋๋ฐฑ์กฐ, ๋๋ฆฝ์ข , ๋์ค
์กฐ, ๊ธ์ฐฝ1ํธ, ๊ธ์ฌ, ๊ธ์ฌ1ํธ, ํ์, ํ์กฐ, ํ์ ์ฅ์กฐ, ์ผ๋ณธ, Je-1,
์ ๋จ๊ณ ๋์ค์กฐ, Jg-10, Jj-1, Jk-4, ์กฐ์ทจ์์กฐ, ์ค๋๋ฆฝ์ข , ๊ตญ๊ด, ๋ง
๋ฐ์กฐ, ๋ฏธ์กฐ, ๋ฌดํตํ์กฐ, ์ฐ๋๋ณต์กฐ, ์์, ์ผํฐ๋ฏธ, ํ์์, ํฐ๋ฒณ๋
๊ณผ์ข , ํฐ๋ฒณ์, ์๋์ถ, ์๊ด์กฐ, ์๋ น, ์๋ด์กฐ ํ์ข ์ 341 bp
ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ํ์ฑํ์๋ค. ๋ํ Market-1, Market-2๋ 545
bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ํ์ฑํ์์ผ๋ฉฐ ๋์กฐ, ์ฐ์กฐ ํ์ข ์ 349 bp ํฌ
๊ธฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ํ์ฑํ์ฌ Zj-InDel-1 ๋ง์ปค์์ ์ด 4 ๊ฐ์ ์ ์ ์
ํ์ ๋ํ๋๋ค (Fig. 2-A).
Zj-InDel-2 ๋ง์ปค์์๋ ๋ณด์, ์ทจ์กฐ์, ํ์ ๋์ถ, ์ด๋ถ, Jk-4,
๋ น์กฐ, ๋งค์ถ, ์ฐ์กฐ, ์๊ด ํ์ข ์ด 188 bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ํ์ฑํ
์๊ณ ๋ณต์กฐ, ๋ด์ฐ์ทจ์กฐ, ์ฐจ์ ์กฐ, ๊ธ์ฑ, ํธ๋์ถ, ํ์, Jd-12, Jg-
10, ์กฐ์ทจ์์กฐ, ๋ง๋ฐ์กฐ, ๋ฌด๋ฑ, ์ค์กฐ, ํฐ๋ฒณ๋๊ณผ์ข , ์์ฑ-C, ์์ถ,
Market-1, Market-2 ํ์ข ์ด 222 bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ํ์ฑํ์
์ผ๋ฉฐ ๋ณด๋กํธ์กฐ, ์ฐจ์ด๋๋ธ๋ผ์ด, ์ฒจํ๋์กฐ, ์ถํฅ17ํธ, ์ถ์, ๋๋ฐฑ
์กฐ, ๋๋ฆฝ์ข , ๋์ค์กฐ, ๋์กฐ, ๊ธ์ฌ, ๊ธ์ฌ1ํธ, ํ์กฐ, ํ์ ์ฅ์กฐ, Je-
1, ์ ๋จ๊ณ ๋์ค์กฐ, Jh-9, Jj-1, ์ค๋๋ฆฝ์ข , ๊ตญ๊ด, ๋ฏธ์กฐ, ๋ฌดํตํ์กฐ,
๋์ถ ํ์ข ๊ตฌ๋ณ๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ
287
์ฐ๋๋ณต์กฐ, ์์, ์ผํฐ๋ฏธ, ํ์์, ํฐ๋ฒณ์, ์๊ด์กฐ, ์๋ น, ์๋ด์กฐ
ํ์ข ์ 188 bp์ 222 bp ๋ ๊ฐ์ ๋ฐด๋๋ฅผ ๋ชจ๋ ๊ฐ๋ ์ ์ ์
ํ์ ๋ํ๋๋ค. 6์์ ์กฐ, ๊ธ์ฐฝ1ํธ, ์ผ๋ณธ, ์๋์ถ ํ์ข ์
fragment analyzer ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ 188 bp์ 213 bp ์ฌ์ด์ฆ์ ๋ฐด
๋๋ฅผ ๋ํ๋ด์ด ์์ ๋ํ๋ ์ ์ ์ํ๊ณผ๋ ๋ค๋ฅธ ์ ํ์ ๋ํ๋
๋ค (Fig. 2B).
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์ ๊ฐ๋ฐํ ๋ ๋ง์ปค Zj-InDel-1, Zj-InDel-2๋ฅผ 60
๊ฐ์ ๋์ถ ์ ์ ์์์ ์ ์ฉํ์ฌ ๋ถ์ํ ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ๋ฐํ์ผ๋ก ๊ฐ
๋ง์ปค์ ํต๊ณ์ ๋ถ์์ ์ค์ํ์๋ค. ๋ถ์์ PowerMarker
version 3.25๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ major alleles frequency (MAF),
genotype number (GN), allele number (AN), gene diversity
(GD), heterozygosity (H), polymorphism information content
(PIC)๋ฅผ ๋ถ์ํ์๋ค (Liu and Muse, 2005).
MAF ๊ฐ์ Zj-InDel-1์์ 0.683, Zj-InDel-2์์ 0.542,
ํ๊ท 0.613์ ๊ฐ์ ๋ํ๋๋ค. GN๊ฐ์ Zj-InDel-1๊ณผ Zj-InDel-
2 ๋ชจ๋ 4 ๊ฐ๋ก ๋ํ๋ฌ๋ค. GD๋ Zj-InDel-1์์ 0.468, Zj-
InDel-2์์ 0.525, ํ๊ท 0.497์ ๊ฐ์ ๋ํ๋๋ค. H๋ Zj-
InDel-1๋ 0, Zj-InDel-2๋ 0.55๊ฐ์ ๋ํ๋์ผ๋ฉฐ PIC๋ Zj-
InDel-1๊ฐ 0.408, Zj-InDel-2๊ฐ 0.418, ํ๊ท ์ด 0.413๊ฐ์ ๋ํ
๋๋ค (Table 3).
3. Zj-InDel-1 ๋ง์ปค PCR product์ DNA ์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์
Zj-InDel-1 ๋ง์ปค๋ก genotypingํ ๊ฒฐ๊ณผ in silico์์ ๋ฐ๊ฒฌ๋
์ง ์์ ์ ์ ์ํ์ด ๋ํ๋จ์ ๋ฐ๋ผ ์ ์ ์ํ ๋ถ์์์ ๋ฐ๊ฒฌ
๋ ์๋ก ๋ค๋ฅธ 4 ๊ฐ์ง ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐด๋์ ์ผ๊ธฐ์์ด์ ํ์ธํ๊ธฐ ์
ํ์ฌ ๋ฌด๋ฑ, ๋์กฐ, ์ถ์, Market-1์ ๋ํ์ฌ PCR product๋ฅผ
Fig. 1. InDel locus sequence of the developed markers. A; Zj-InDel-1, B; Zj-InDel-2.
Table 2. Primer information of Z. jujuba InDel markers.
Marker Amplicon size (bp) Primer sequence (5' โ 3') Annealing temperature (โ)
Zj-InDel-1 341, 349, 444, 545F: GAACCCGCTATTTGCTAT
52R: TAACCCCCTCCTAAACAAC
Zj-InDel-2 188, 222, 188/213, 188/222F: CATCACCTTCAAAACCCC
52R: CCAATGACAGCGATTCCG
๊น๋ฌธ๊ต ยท๊น์ฃผํ ยท์ด๋ฏธ์ ยท์กฐ๋จ์ ยท๋ฐ์์ต ยท๊ธธ์ง์ ยท Enkhtsetseg Yeruult ยท์คํ๊ฒฝ ยท์ด๊ฒฝํฌ ยท๊นํธ๋ฐฉ ยท์ด๋ฌธ์ ยท์ด์ด
288
Fig. 2. Results of electrophoresis performed on 60 Z. jujuba genetic resources using two Z. jujuba InDel markers. A; Zj-InDel-1,B; Zj-InDel-2.
๋์ถ ํ์ข ๊ตฌ๋ณ๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ
289
ํด๋ก๋ ํ์ฌ ์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์์ ์ํํ์๋ค. ๋ฌด๋ฑ๊ณผ ๋์กฐ๋ 13
๊ฐ์ ํด๋ก , ์ถ์์ 14 ๊ฐ์ ํด๋ก , Market-1์ 10 ๊ฐ์ ํด๋ก
์ ๋ํ์ฌ ์ฑ๊ณต์ ์ผ๋ก ์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์์ ์ํํ์๋ค. ํ์ข ๋ณ
๋ก ๋ถ์ํ ์ผ๊ธฐ์์ด ๊ฒฐ๊ณผ๋ CLC Main Workbench๋ฅผ ์ด์ฉํ
์ฌ assembly ์์ ์ ๊ฑฐ์น ๋ค consensus๋ฅผ ํ์ฑํ์์ผ๋ฉฐ
alignment ํด์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋น๊ตํ์๋ค.
๊ทธ ๊ฒฐ๊ณผ ํด๋น InDel locus์์ CAATTATTTTGAATT
GAAAAAGGTTTCATCCTATTTTTATTTTATCATATATAGA
GAAGAGATACTCCGGATTCTCGCAAGGGATAATCACTT
TTTTTTTT์ ์์ด์ ๊ฐ์ง๋ 101 bp ๊ธธ์ด์ ๋ฐ๋ณต๊ตฌ๊ฐ์ ํ์ธ
ํ ์ ์์๋ค. 341 bp๋ฅผ ํ์ฑํ์๋ ์ถ์์ InDel locus์์
101 bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐ๋ณต ์ผ๊ธฐ์์ด์ด 1 ํ ๋ฐ๋ณต๋์ด ์์์ผ๋ฉฐ,
444 bp๋ฅผ ํ์ฑํ๋ ๋ฌด๋ฑ์ 101 bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐ๋ณต ์ผ๊ธฐ์์ด์ด
2 ํ ๋ฐ๋ณต๋์ด ์์๊ณ , 545 bp ํฌ๊ธฐ์ ์์ด์ด ๋ํ๋
Market-1์ ๊ฒฝ์ฐ 101 bp ํฌ๊ธฐ์ ๋ฐ๋ณต ์ผ๊ธฐ์์ด์ด 3 ํ ๋ฐ๋ณต
๋์ด ์๋ ๊ฒ์ ์ ์ ์์๋ค. 349 bp๋ฅผ ํ์ฑํ์๋ ๋์กฐ์
๊ฒฝ์ฐ ์ถ์๊ณผ ๋น๊ตํ์์ ๋ ์ฆํญ ๋ถ์์ A, T, T, TAAAT
๋ฑ์ InDel ๋ถ์๊ฐ ์ถ๊ฐ๋ก ์๋ ๊ฒ์ด ํ์ธ๋์๋ค.
4. Z. jujuba ํ์ข ์ ์ ์ ์ ๊ด๊ณ ๋ถ์
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์ ๊ฐ๋ฐ๋ Zj-InDel-1์ Zj-InDel-2 ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ
์ฌ 60 ๊ฐ์ ๋์ถ ์ ์ ์์์ ๋ถ์ํ ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ๊ณํต์
๋ถ์์ ์ํํ๋ค. ์ ์ ์ ์ ์ฌ์ฑ ๊ณ์๋ ๋ถ์ ์งํ ์ ์ ๋ถ์
ํ๋ก๊ทธ๋จ์ธ MEGA version 7์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๊ณ์ฐ๋์๊ณ ์ ์ ์
๊ฑฐ๋ฆฌ๋ PowerMarker version 3.25๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ shared allele
distance ๋ฐฉ๋ฒ์ผ๋ก ๊ณ์ฐ๋์๋ค (Liu and Muse, 2005; Kumar
et al., 2016).
๊ณํต์๋ unweighted pair group method with arithmetic
mean (UPGMA) ๋ฐฉ์์ผ๋ก ์์ฑํ์์ผ๋ฉฐ ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ 60 ๊ฐ์
ํ์ข ์ Zj-InDel-1, Zj-InDel-2 ๋ ๊ฐ์ ๋ง์ปค๋ฅผ ์ ์ฉํด ๋ณด๋ฉด
์ด 10 ๊ฐ์ ๊ทธ๋ฃน์ผ๋ก ๋๋์ด์ง์ ๋ณผ ์ ์์๋ค. ๋์กฐ, ์ฐ์กฐ,
Jh-9๋ ๋ ๊ฐ์ ๋ง์ปค๋ก ๋๋จธ์ง ํ์ข ๋ค๋ก๋ถํฐ ๊ฐ๊ฐ์ ํ์ข ์ด ๊ตฌ
๋ถ๋์์ผ๋ฉฐ ๋๋จธ์ง 57 ๊ฐ์ ํ์ข ์ 7 ๊ฐ์ ๊ทธ๋ฃน์ ํ์ฑํ์
๋ค. ์ฒซ ๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน์ ๋ณด์, Jk-4๊ฐ ์ํ์๋ค. ๋ ๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน์ 6
์์ ์กฐ, ๊ธ์ฐฝ1ํธ, ์ผ๋ณธ, ์๋์ถ ํ์ข ์ด ์ํ์๋ค. ์ธ ๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน
์ ๋ณต์กฐ, ๋ด์ฐ์ทจ์กฐ, ์ฐจ์ ์กฐ, ํ์, Jg-10, ์กฐ์ทจ์์กฐ, ๋ง๋ฐ์กฐ, ํฐ
๋ฒณ๋๊ณผ์ข ํ์ข ์ด ์ํ์๋ค. ๋ค ๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน์ ํ์์, ํฐ๋ฒณ์, ์
๊ด์กฐ, ์๋ น, ์๋ด์กฐ, ๋ณด๋กํธ์กฐ, ์ฐจ์ด๋๋ธ๋ผ์ด, ์ฒจํ๋์กฐ, ์ถํฅ17
ํธ, ์ถ์, ๋๋ฐฑ์กฐ, ๋๋ฆฝ์ข , ๋์ค์กฐ, ๊ธ์ฌ, ๊ธ์ฌ1ํธ, ํ์กฐ, ํ์ ์ฅ
์กฐ, Je-1, ์ ๋จ๊ณ ๋์ค์กฐ, Jj-1, ์ค๋๋ฆฝ์ข , ๊ตญ๊ด, ๋ฏธ์กฐ, ๋ฌดํตํ์กฐ,
์ฐ๋๋ณต์กฐ, ์์, ์ผํฐ๋ฏธ๊ฐ ์ํ์๋ค. ๋ค์ฏ ๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน์ Market-
1, Market-2๊ฐ ์ํ์๋ค. ์ฌ์ฏ ๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน์ ์ฒ์, ๊ธ์ฑ, ํธ๋
์ถ, Jd-12, ๋ฌด๋ฑ, ์ค์กฐ, ์์ฑ-C, ์์ถ ํ์ข ์ด ์ํ์๋ค. ์ผ๊ณฑ
๋ฒ์งธ ๊ทธ๋ฃน์ ๋งค์ถ, ์๊ด, ์ทจ์กฐ์, ํ์ ๋์ถ, ์ด๋ถ, ๋ น์กฐ๊ฐ ์ํ
์๋ค (Fig. 3).
๊ณ ์ฐฐ
InDel ๋ง์ปค๋ ์ง๋จ์ ์ ํ, ๋ถ๋ฅํ์ ์ง๋จ ๋๊ตฌ, ์ ์ ์ ์ง
๋ ์์ฑ ๋ฑ ๋ค์ํ ์์ฉ ๋ถ์ผ์ ์ฌ์ฉ๋๊ณ ์๋ค (Jain et al.,
2019). ์ ์ ์ฐ๊ตฌ ๋ฐ ์ก์ข ์ ์ํ B. rapa์ InDel ๋ง์ปค๊ฐ
์ด์ฉ๋์์ผ๋ฉฐ (Liu et al., 2013), ๊ณํต์ ์์ฑ๊ณผ ์ ์ ์ ์ง
๋๋ฅผ ๋ง๋๋๋ฐ ํ์ฉ ๊ฐ๋ฅํ์ฌ ๊ฐ๋ญ์ฝฉ์ InDel ๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ
(Moghaddam et al., 2014), ๊ณ ์ถ์์ ๊ฐ๋ฐ๋ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ
์ฌ์ฉํ์ฌ ์ฐ๊ด์ง๋๋ฅผ ์์ฑ, (Li et al., 2015), ํ ๋งํ ์์
InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ํ์ฉํ์ฌ ์ ์ ์ ๊ฑฐ๋ฆฌ ๊ณ์ฐ๊ณผ ํด๋ฌ์คํฐ ๋ถ์
(Yang et al., 2014) ๋ฑ์ ์ด์ฉ๋๊ณ ์๋ค.
๊ตญ๋ด ๋์ถ๋ฅผ ๊ตฌ๋ณํ ์ ์๋ InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ฐ๋ฐํจ์ผ๋ก์จ ๋
์ถ์ ์ ์ ์ ์ฐ๊ตฌ์ ๋ถ์์ก์ข ๋ฑ์ ๊ธฐ์ด๋ฅผ ๋ง๋ จํ์์ผ๋ฉฐ ์ถ๊ฐ
์ ์ธ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ ์ด๋ฃจ์ด์ง๋ค๋ฉด InDel ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ ๋ค์ํ ๋์ถ
ํ์ข ์ ํด๋ฌ์คํฐ ๋ถ์๊ณผ ์ฐ๊ด์ง๋ ์์ฑ ๋ฐ ํ์ง๊ณผ ๊ด๋ จ๋
quantitative trait locus (QTL) ๋ถ์ ๋ฑ์ ํ์ฉํ ์ ์์ ๊ฒ
์ด๋ผ ๊ธฐ๋ํ๋ค.
์ฝ๋ก์ฒด ๊ฒ๋์ DNA ๋ฐ์ฝ๋์ ๋ถ์๋ง์ปค๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ข ์๋ณ
์ ์ฌ์ฉํ ์ ์์ด ํํํ์ ์ผ๋ก ์ ์ฌํ ์ข ์ ๊ตฌ๋ณํ ์ ์์
์ด ๋ฐํ์ ธ ์๋ค (Kim et al., 2015).
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์ ๊ฐ๋ฐํ Zj-InDel-1 ๋ง์ปค๋ ์ฝ๋ก์ฒด DNA, Zj-
InDel-2 ๋ง์ปค๋ ํต DNA์ ๊ธฐ๋ฐ์ ๋ ๋ง์ปค๋ก ์ฝ๋ก์ฒด DNA์
ํต DNA๋ฅผ ์ด์ฉํ ๋ถ์ ๋ง์ปค ๋ชจ๋ ๊ตญ๋ด ํ์ข ๊ตฌ๋ถ์ ์ด์ฉํ
์ ์์์ ๋ณด์ฌ์ฃผ์๋ค. ๊ตญ๋ด ์ฃผ์ ๋์ถ ํ์ข ์ผ๋ก ๋ณต์กฐ, ๋ฌด๋ฑ,
๊ธ์ฑ, ์์ถ, ์ฒ์, ์ถ์, ๋ณด์ ๋ฑ์ด ์๋ ค์ ธ ์์ผ๋ฉฐ ์ด ์ค ๋ณต์กฐ
ํ์ข ์ ๊ตญ๋ด์์ ๊ฐ์ฅ ๋ง์ด ์ฌ๋ฐฐ๋๋ ๋งค์ฐ ์ค์ํ ์ ์ ์์์ผ
๋ก ํ์ข ๋ณดํธ์ ๊ตฌ๋ณ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๊ดํ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ ํ์ํ ์์์ด๋ค.
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์๋ 6 ๊ฐ์ ๊ตญ๋ด ๋์ถ ํ์ข ์ ์ด์ฉํ NGS ๋ถ์
๊ฒฐ๊ณผ๋ก ํ๋ณด๋ ์ผ๊ธฐ์์ด์ ์ด์ฉํ์ฌ InDel locus๋ฅผ ํ์ํ์
๊ณ ๊ทธ ๊ฒฐ๊ณผ Zj-InDel-1 ๋ง์ปค์ Zj-InDel-2 ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ฐ๋ฐ ํ
Table 3. Diversity statistics of 60 Z. jujuba genetic resources analyzed by 2 InDel markers.
Marker MAF1) GN2) SS3) AN4) GD5) H6) PIC7)
Zj-InDel-1 0.683 4 60 4 0.468 0 0.408
Zj-InDel-2 0.542 4 60 3 0.525 0.55 0.4181)MAF; major allele frequency, 2)GN; genotype number, 3)SS; sample size, 4)AN; allele number, 5)GD; gene diversity, 6)H; heterozygosity, 7)PIC;polymorphism information content.
๊น๋ฌธ๊ต ยท๊น์ฃผํ ยท์ด๋ฏธ์ ยท์กฐ๋จ์ ยท๋ฐ์์ต ยท๊ธธ์ง์ ยท Enkhtsetseg Yeruult ยท์คํ๊ฒฝ ยท์ด๊ฒฝํฌ ยท๊นํธ๋ฐฉ ยท์ด๋ฌธ์ ยท์ด์ด
290
์ ์์๋ค. In silico ๋ถ์์์๋ 2 ๊ฐ์ง ํ์ ์ ์ ์ ์ํ๋ง
๋ฐ๊ฒฌ๋ Zj-InDel-1 ๋ง์ปค๋ 60 ๊ฐ์ ๋์ถ ์ ์ ์์์ ๋ํ
screening ๋ถ์์์ 4 ๊ฐ ํ์ ์ ์ ์ ์ํ์ ๋ณด์ฌ ์ด์ ๋ํ
๊ฒ์ฆ์ ์ํด ์ฆํญ๋ DNA ์ผ๊ธฐ์์ด์ ๋ํ ๋ถ์์ด ํ์ํ๋ค.
ํด๋น InDel ๊ตฌ๊ฐ์ ๋ํ ๋ถ์์ ์ํด PCR product์ ๋ํ
์ผ๊ธฐ์์ด๋ถ์์ ์ค์ํ์์ผ๋ฉฐ ์ด๋ฅผ ํตํด 101 bp ํฌ๊ธฐ์ ์์ด
์ด ๋ฐ๋ณต๋๋ ๊ฒ์ ํ์ธํ์๋ค. ํนํ ๋ฌด๋ฑ, ๊ธ์ฑ, ์์ถ, ์ฒ์ ํ
์ข ์๋ ์ด ์ผ๊ธฐ์์ด์ ๋ฐ๋ณต์ด 2 ํ ์๋ ๋ฐ๋ฉด ๋ณต์กฐ ํ์ข ์๋
1 ํ ๋ฐ๋ณต๋์๋ค.
Zj-InDel-1 ๋ง์ปค๋ฅผ ์ด์ฉํ genotyping ๊ฒฐ๊ณผ์์ ๋ณต์กฐ ํ์ข ์ด
343 bp๋ฅผ ๋ํ๋ด๊ณ ๋ฌด๋ฑ, ๊ธ์ฑ, ์์ถ, ์ฒ์ ํ์ข ์์ 444 bp
๋ฅผ ๋ํ๋ด์ด ๊ตญ๋ด ํ์ข ๋ค๋ก๋ถํฐ ๋ณต์กฐ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ถํ ์ ์์
๊ณ , Zj-InDel-2 ๋ง์ปค๋ ๋ณต์กฐ, ๋ฌด๋ฑ, ๊ธ์ฑ, ์์ถ, ์ฒ์์ผ๋ก๋ถํฐ
์ถ์๊ณผ ๋ณด์์ ๊ฐ๊ฐ ๊ตฌ๋ถํ ์ ์์๋ค. NGS data๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ
ํต ๋ฐ ์ฝ๋ก์ฒด DNA์์ ๊ตญ๋ด ์ฃผ์ ํ์ข ์ ๊ตฌ๋ณํ ์ ์์
๊ฒ์ผ๋ก ์์ํ ๋๋์ InDel ๋ถ์๋ฅผ ๋์์ผ๋ก genotyping์
์ํํ์ฌ ๋ณต์กฐ, ์ถ์, ๋ณด์ ๋ฑ์ ํ์ข ์ ๋ค๋ฅธ ๊ตญ๋ด ํ์ข ์ผ๋ก๋ถ
ํฐ ๊ตฌ๋ณํ ์ ์๋ ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ฐ๋ฐํ์์ผ๋, ๋ฌด๋ฑ, ๊ธ์ฑ, ์์ถ, ์ฒ
์ ํ์ข ์ฌ์ด์๋ ๋คํ์ฑ์ด ๊ด์ฐฐ๋์ง ์์ ๊ตญ๋ด ๋์ถ ํ์ข ์ฌ
์ด์๋ ๋ค์์ฑ์ด ๋ฎ์ ๊ฒ์ผ๋ก ์๊ฐ๋๋ค. ๊ตญ๋ด ํ์ข ์ ๋ชจ๋ ๊ตฌ
๋ณํ๊ธฐ๋ ํ๊ณ๊ฐ ์์๊ณ ์ด๋ฅผ ๊ทน๋ณตํ๊ธฐ ์ํด์๋ SSR, SNP
๋ฑ ์๋ก์ด ๋ถ์ ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ฐ๋ฐํ ํ์๊ฐ ์๋ค๊ณ ์๊ฐ๋๋ค.
Zj-InDel-1๊ณผ Zj-InDel-2 ๋ง์ปค์ ๊ฐ๋ฐ์ ๊ตญ๋ด ๋์ถ ํ์ข ํ
๋ณ์ ๊ธฐ์ค์ผ๋ก ์ด์ฉ๋ ์ ์์ ๊ฒ์ด๋ฉฐ, ๊ตญ๋ด ๋์ถํ์ข ์ ๋ณดํธ
์ ๋์ถ์ฐ์ ์ ๋ฐ์ ์ ๊ธฐ์ฌํ ์ ์์ ๊ฒ์ด๋ค. ๊ตญ๋ด ์ฐ์ ํ
์ข ์ ๊ตฌ๋ถ์ ์ํ ์ถ๊ฐ์ ์ธ ๋ง์ปค๋ฅผ ๊ฐ๋ฐํ๋ค๋ฉด ๋์ถ๋ฅผ ์ก์ข ํ
๋๋ฐ ํ์ฉํ ์ ์๋ ์ ์ ์์์ ๊ตฌ๋ถํ๋๋ฐ ํ์ฉ๋์ด ๊ณ ํ์ง
์ ์ ํ์ข ์ ๊ฐ๋ฐํ๋๋ฐ ๊ธฐ์ฌํ ์ ์์ ๊ฒ์ด๋ค.
๊ฐ์ฌ์ ๊ธ
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ๋ ์ฐ๋ฆผ์ฒญ(ํ๊ตญ์์ ์งํฅ์) ์ฐ๊ตฌ์ฌ์ (๊ณผ์ ๋ฒํธ:
2018123C10-1820-AB01)์ ์ง์์ ์ํด ์ด๋ฃจ์ด์ง ๊ฒ์ผ๋ก ์ด
์ ๊ฐ์ฌ๋๋ฆฝ๋๋ค.
REFERENCES
Bang MH, Yu HY, Bae BS, Park CS and Han MW. (2020).
Studies on physicochemical characteristics for quality control of
Zizyphi Fructus by appearance grade. Korean Journal of
Medicinal Crop Science. 28:455-462.
Chakravarthi BK and Naravaneni R. (2006). SSR marker based
DNA fingerprinting and diversity study in rice(Oryza sativa L).
African Journal of Biotechnology. 5:684-688.
Chen R, Chang L, Cai X, Wu J, Liang J, Lin R, Song Y and
Wang X. (2021). Development of InDel markers for Brassica
rapa based on a high-resolution melting curve. Horticultural
Fig. 3. Phylogenetic analysis of 60 Z. jujuba genetic resourcesanalyzed using 2 InDel markers. Arrows indicate themajor Korean jujube cultivars.
๋์ถ ํ์ข ๊ตฌ๋ณ๋ง์ปค ๊ฐ๋ฐ
291
Plant Journal. 7:31-37.
Chiou CY, Shih HC, Tsai CC, Jin XL, Ko YZ, Mantiquilla JA,
Weng IS and Chiang YC. (2020). The genetic relationships of
Indian jujube(Ziziphus mauritiana Lam.) cultivars using SSR
markers. Heliyon. 6:e05078. https://www.sciencedirect.com/
science/article/pii/S2405844020319216 (cited by 2021 March
12).
Choi KJ. (2002). International union for the protection of new
varieties of plants(UPOV) and its 1991 convention. Korean
Journal of Horticultural Science and Technology. 20:151-159.
Cyong JC and Hanabusa K. (1980). Cyclic adenosine mono-
phosphate in fruits of Zizyphus jujuba. Phytochemistry. 19:
2747-2748.
Cyong JC and Takahashi M. (1982). Identification of guanosine
3โฒ:5โฒ-monophosphate in the fruit of Zizyphus jujuba. Phyto-
chemistry. 21:1871-1874.
Doyle JJ and Doyle JL. (1990). Isolation of plant DNA from
fresh tissue. Focus. 12:39-40.
Evreinoff VA. (1964). Notes sur le Jujubier(Zizyphus sativa G.).
Journal D'agriculture Traditionnelle et de Botanique Appliquรฉe.
11:177-187.
Gao QH, Wu CS and Wang M. (2013). The jujube(Ziziphus
jujuba Mill.) fruit: A review of current knowledge of fruit
composition and health benefits. Journal of Agricultural and
Food Chemistry. 61:3351-3363.
Han BH and Park MH. (1987). Sedative activity and its active
components of Zizyphi Fructus. Archives of Pharmacal
Research. 10:208-211.
Hayashi K, Yoshida H and Ashikawa I. (2006). Development of
PCR-based allele-specific and InDel marker sets for nine rice
blast resistance genes. Theoretical and Applied Genetics. 113:
251-260.
Jain A, Roorkiwal M, Kale S, Garg V, Yadala R and Varshney
RK. (2019). InDel markers: An extended marker resource for
molecular breeding in chickpea. PLoS One. 14:e0213999.
https:// journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/
journal.pone.0213999 (cited by 2021 March 21).
Kim KH, Lee SC, Lee JK, Lee HO, Joh HJ, Kim NH, Park
HS and Yang TJ. (2015). Comprehensive survey of genetic
diversity in chloroplast genomes and 45S nrDNAs within
Panax ginseng species. PLoS One. 10:e0117159. https://
journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.
0117159 (cited by 2021 March 11).
Kumar S, Stecher G and Tamura K. (2016). MEGA7: Molecular
evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets.
Molecular Biology and Evolution. 33:1870-1874.
Li JW, Fan LP, Ding SD and Ding XL. (2007). Nutritional
composition of five cultivars of Chinese jujube. Food Chemistry.
103:454-460.
Li S, Guo M, Tian S, Liu H and Zhao X. (2021). Genetic
diversity and population structure of Chinese jujube(Ziziphus
jujuba Mill.) and sour jujube(Ziziphus acidojujuba Mill.) using
inter-simple sequence repeat(ISSR) Markers. Molecular Plant
Breeding. 12:1-21.
Li S, Shen D, Liu B, Qiu Y, Zhang XH, Zhang ZH, Wang H
and Li X. (2013). Development and application of cucumber
InDel markers based on genome re-sequencing. Journal of Plant
Genetic Resources. 14:278-283.
Li W, Cheng J, Wu Z, Qin C, Tan S, Tang X, Cui J, Zhang L
and Hu K. (2015). An InDel-based linkage map of hot
pepper(Capsicum annuum). Molecular Breeding. 35:1-10.
Liu B, Wang Y, Zhai W, Deng J, Wang H, Cui Y, Cheng F,
Wang X and Wu J. (2013). Development of InDel markers
for Brassica rapa based on whole-genome re-sequencing.
Theoretical and Applied Genetics. 126:231-239.
Liu J, Liu H, Ma L, Wang S, Gao J, Li Y, Wu R and Pang X.
(2014). A Chinese jujube(Ziziphus jujuba Mill.) fruit-expressed
sequence tag(EST) library: Annotation and EST-SSR charac-
terization. Scientia Horticulturae. 165:99-105.
Liu K and Muse SV. (2005). PowerMarker: An integrated analysis
environment for genetic marker analysis. Bioinformatics. 21:
2128-2129.
Liu M and Zhao J. (2002). RAPD analysis on the cultivars,
strains and related species of Chinese jujube. Acta Horticulturae.
622:477-484.
Liu MJ and Cheng CY. (1994). A taxonomic study on the genus
Ziziphus. Acta Horticulturae. 390:161-166.
Ma QH, Wang GX and Liang LS. (2011). Development and
characterization of SSR markers in Chinese jujube(Ziziphus
jujuba Mill.) and its related species. Scientia Horticulturae.
129:597-602.
Moghaddam SM, Song Q, Mamidi S, Schmutz J, Lee R,
Cregan P, Osorno JM and McClean PE. (2014). Developing
market class specific InDel markers from next generation
sequence data in Phaseolus vulgaris L. Frontiers in Plant
Science. 5:185. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.
2014.00185/full (cited by 2021 March 11).
Na HS, Kim KS and Lee MY. (1996). Effect of jujube methanol
extract on the hepatotoxicity in CCl4-treated rats. Journal of the
Korean Society of Food Science and Nutrition. 25:839-845.
Nam JI, Kim YM, Choi GE, Lee GY and Park JI. (2013).
Assessment of genetic relationship among date(Zizyphus jujuba)
cultivars revealed by I-SSR marker. Journal of Korean Society
of Forest Science. 102:59-65.
Okamura N, Nohara T, Yagi A and Nishioka I. (1981). Studies
on the constituents of Zizyphi Fructus. III. Structures of
dammarane-type saponins. Chemical and Pharmaceutical Bulletin.
29:676-683.
Outlaw WH Jr, Zhang S, Riddle KA, Womble AK, Anderson
LC, Outlaw WM, Outlaw NN, Outlaw EC and Thistle AB.
(2002). The jujube(Ziziphus jujuba Mill.), a multipurpose plant.
Economic Botany. 56:198-200.
Park KC, Kim YG, Hwangbo K, Gil J, Chung H, Park SG,
Hong CP and Lee Y. (2017a). Development of simple
sequence repeat markers from Adenophora triphylla var.
japonica(Regel) H. Hara using next generation sequencing.
Korean Journal of Medicinal Crop Science. 25:411-417.
Park SI, Hwangbo K, Gil JS, Chung H, Kim HB, Kim OT,
Kim SC, Koo SC, Um YR and Lee Y. (2017b).
Determination of the origin of Angelica roots using Angelica
gigas chloroplast based SSR markers. Korean Journal of
Medicinal Crop Science. 25:361-366.
Park YG and Kim JH. (2016). Antioxidant activity, total
phenolics, vitamin C and sugar content during fruit ripening of
๊น๋ฌธ๊ต ยท๊น์ฃผํ ยท์ด๋ฏธ์ ยท์กฐ๋จ์ ยท๋ฐ์์ต ยท๊ธธ์ง์ ยท Enkhtsetseg Yeruult ยท์คํ๊ฒฝ ยท์ด๊ฒฝํฌ ยท๊นํธ๋ฐฉ ยท์ด๋ฌธ์ ยท์ด์ด
292
five different jujube cultivars. Korean Journal of Plant
Resources. 29:539-546.
Qi J, Dong Z, Shen L, Mao Y and Chen L. (2008). Establish-
ment of ISSR-PCR reaction system in Chinese jujube. Acta
Agriculturae Boreali-Sinica. 23:209-212.
Qu ZZ and Wang YH. (1993). China fruitโs monographโChinese
jujube volume. China Forestry Publishing House, Beijing,
China, p.229.
Rhee YK, Kim DH and Han MJ. (1998). Inhibitory effect of
Zizyphi Fructus on ฮฒ-glucuronidase and tryptophanase of
human intestinal bacteria. Korean Journal of Food Science and
Technology. 30:199-205.
Shahhoseini R, Babaei A, Kazemi M and Omidbaigi R. (2012).
A study on genetic variation in Iranian jujube(Zizyphus jujuba
Mill.) genotypes using molecular AFLP marker. Iranian Journal
of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic
Research. 20:55-68.
Smith JSC and Smith OS. (1992). Fingerprinting crop varieties.
Advances in Agronomy. 47:85-140.
Wang S, Liu Y, Ma L, Liu H, Tang Y, Wu L, Wang Z, Li Y,
Wu R and Pang X. (2014). Isolation and characterization of
microsatellite markers and analysis of genetic diversity in
Chinese jujube(Ziziphus jujuba Mill.). PLoS One. 9:e99842.
https:// journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/
journal.pone.0099842 (cited by 2021 March 11).
Yagi A, Koda A, Inagaki N, Haraguchi Y, Noda K, Okamura
N and Nishioka I. (1981). Studies on the constituents of
Zizyphi Fructus. IV. Isolation of an anti-allergic component,
ethyl alpha-D-fructofuranoside from EtOH extract of Zizyphi
Fructus(author's transl). Yakugaku zasshi: Journal of the
Pharmaceutical Society of Japan. 101:700-707.
Yagi A, Okamura N, Haraguchi Y, Noda K and Nishioka I.
(1978). Studies on the constituents of Zizyphi Fructus. I.
structure of three new p-coumaroylates of alphitolic acid.
Chemical and Pharmaceutical Bulletin. 26:1798-1802.
Yang J, Wang Y, Shen H and Yang W. (2014). In silico
identification and experimental validation of Insertion-Deletion
polymorphisms in tomato genome. DNA research. 21:429-438.
Zhao J, Jian J, Liu G, Wang J, Lin M, Ming Y, Liu Z, Chen
Y, Liu X and Liu M. (2014). Rapid SNP discovery and a
RAD-based high-density linkage map in jujube(Ziziphus Mill.).
PLoS One. 9:e109850. https://journals.plos.org/plosone/article?id
=10.1371/journal.pone.0109850 (cited by 2021 March 11).
Zhao Z, Liu M and Tu P. (2008). Characterization of water
soluble polysaccharides from organs of Chinese jujube(Ziziphus
jujuba Mill. cv. Dongzao). European Food Research and Tech-
nology. 226:985-989.