Identification of Functional Modules in Protein Complexes ...Identification of Functional Modules in...

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Identification of Functional Modules in Protein Complexes via Hyperclique Pattern Discovery H. Xiong, X. He, C. Ding, Y. Zhang, V. Kumar, and S.R. Holbrook Pacific Symposium on Biocomputing 10:221-232(2005)

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Identification of Functional Modules in Protein Complexes via Hyperclique PatternDiscovery

H. Xiong, X. He, C. Ding, Y. Zhang, V. Kumar, and S.R. Holbrook

Pacific Symposium on Biocomputing 10:221-232(2005)

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Pre2 Pre4 Pre5 Pre8 Pre6 Pre9 Pup3 Scl1

molecular function

catalytic activity

peptidase activity

endopeptidase activity 8/5.00e-18

Pre2 Pre4 Pre5 Pre8 Pre6 Pre9 Pup3 Scl1

biological process

physiological process

protein catabolism

ubiquitin-dependent protein catabolism

8/7.16e-16

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molecular function

binding

Yhc1

Cus1 Msl1 Prp9

Prp3 Sme1 Smx2 Smx3

RNA binding 8/4.97e-10

mRNA binding 5/2.70e-08

pre-mRNA splicing factor activity

4/2.33e-07

biological process

physiological process

RNA metabolism

mRNA metabolism RNA processing

mRNA processing

nuclear mRNA splicing via spliceosome

8/8.21e-15

Cus1 Msl1 Prp3 Prp9 Sme1 Smx2 Smx3 Yhc1

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molecular function

catalytic activitytranslation regulator activity

binding transporter activity

hydrolase activity

endopeptidase activity histone deacetylase activity

protein phosphatase

type 2A activity

Pre1 Pre10 Pre7 Pup1 Pup2

<Pre2 Pre4 Pre5 Pre6 Pre8 Pre9 Pup3 Scl1>

NAD-independent hsitone

deacetylase activity

NAD-dependent hsitone

deacetylase activity

<Hos2 Hos4 sif2 Snt1 Set3>

<Cdc55 Pph21 Pph22 Rts1 Rts3 Tpd3>

translation factor activity, nucleic

acid binding

translation elongation

factor activity

Tef4 Yef3

protein carrier activity

kap95 Srp1

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Page 13: Identification of Functional Modules in Protein Complexes ...Identification of Functional Modules in Protein Complexes via Hyperclique Pattern Discovery H. Xiong, X. He, C. Ding, Y.

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