Homology modeling,molecular dynamic simulation and docking studies
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Homology modeling, molecular
dynamic simulation
and docking studies of cyclin
dependent kinase 1
Lei Zhang, Huawei Zhu, Qiang Wang, Hao
Fang,
Wenfang Xu, Minyong Li Autor:
Jon Luzuriaga
OBJETIVO
Modelar la estructura teórica de CDK-
1 y simular interacciones con sus
inhibidores para conocer las
modificaciones químicas y
optimización necesaria para
mejorarlos.
EXPLICACIÓN
Homología
◦ Mejorar la eficiencia y racionalidad para el
desarrollo de inhibidores de CDK1.
Fue verificada la buena calidad de la
estructura para analizar.
Dinámica molecular
◦ Conocer las propiedades estructurales.
◦ Detalles de unión del complejo
Flavopiridol-CDK1.
EXPLICACIÓN
Acoplamiento y modelamiento
farmacofórico
◦ Estudiar interacción entre otros
inhibidores y los residuos centrales.
◦ Así conocer la estructura necesaria de los
inhibidores de la unión a CDK1.
RESULTADOS y DISCUSIÓN
Verificación del modelo construido
CDK TIPO % COMPARTIDO RMSD
CDK2 64 1,241
CDK4 44 1,337
CDK5 56 0,748
CDK6 46 0,967
CDK7 44 1,258
CDK9 41 0,813
CONCLUSIÓN
Para diseñar inhibidores más potentes
◦ Tiene que haber múltiples dadores y
aceptores de puentes de H.
◦ La cadena lateral que se extiende al
bolsillo más grande debe ser prolongado
Grupos hidrófobos- Unión al bolsillo
hidrofóbico.
Terminación átomos polares- Unión a Leu83
◦ Algunos átomos de oxigeno deben ser
reemplazados por átomos de nitrógeno y
sulfuro en la apertura del bolsillo.