Flash informatique 2012 - no 3

FlashInformatique.epfl.ch

p/a EPFL - Domaine IT - Station 8 - CH 1015 Lausanne - tl. +41 21 69 322 11

27.03.20123

tout public public averti expert

ActualitsDIT-info z Arrt du service Usenet/News

z Le DIT vous forme

z propos du mail 2

AnalyseMot-crois: MMOIRE M. Ouwehand,

E. Rosales & G. Coutaz 12

votre serviceDistrilog2 FAQ T. Charles 11

Cloud priv de lEPFL,F. Figueras 16

Un nouvel annuaire des personnes I. Cionca & M. Macowicz 20

Ras al-Khaimah Ecublens si loin et si proche A. El Fawal 22

Logiciel libreArduino, lautre circuit ! R. Timsit 1

Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ D. Sage 3

AsciiDoc pour la production rapide de documents P. Fabbri 8

AgendaPrsentation des logiciels Maplesoft

N. Cottereau 19

Prochaines parutions

No Dlai de rdaction Parution

4 12.04.12 01.05.12

5 10.05.12 12.06.12

SP 21.06.12 24.07.12

page 22

RAK

Arduino, lautre circuit [email protected], EPFL - Domaine IT, responsable des services rseau

Logiciel libre

Arduino, an open-source elec-tronic prototyping platform, is enjoying a tremendous success. As surrounding objects are be-coming software driven, free software has a beautiful future, being potentially everywhere.

Arduino est une petite carte de dveloppement open source au succs fabuleux. Elle nous donne loccasion de raliser quil ny a presque plus de matriel sans logiciel et quainsi le logiciel libre touche potentiellement lensemble des objets techniques qui nous environnent.

Depuis quelques annes, nous sommes entou-rs dun nouveau type dobjets techniques, dits intelligents, ils russissent plus souvent nous abru-tir ou nous aliner qu nous faciliter la vie, mais lvolution du systme de production industrielle a ses lois De nombreux acteurs sociaux tentent danalyser ce systme pour faire des proposi-tions visant transfor-

mer le poison en remde (ArsIndustrialis) [1]; dautres se sont empars de toutes ces techniques numriques pour construire ce qui ressemble plus un bazar qu une ca-thdrale [2], mais qui avec le temps savre fabuleusement important.Le mot libre dans le titre de cette rubrique venait qualier ce qui avait trait une activit purement intellectuelle, celle de lcriture du logiciel. Cette activit sest avre de moins en moins immatrielle jusqu sintroduire dans tous les objets qui nous entourent et qui commencent envahir nos corps en de nouvelles formes de prothses. Le choix dun objet technique commence donc dpendre intimement de notre conception de la libert.Cest dans ce contexte quest n ce tout autre circuit

g. 1 vue de face du circuit arduino.cc/en/Main/ArduinoBoardUno

../.. Suite page 14

27 MARS 2012 - N3flash informatique222

ImpressumRevue consacre aux technologies de linformation, dite par le Domaine IT de lEPFL (DIT). Les articles nengagent que leurs auteurs, sauf ceux qui concernent de faon vidente des prestations ofcielles (sous la responsabilit du DIT ou dautres entits). Toute reproduction, mme par-tielle, nest autorise quavec laccord de la rdaction et des auteurs.

Rdacteur en chef:Jacqueline Dousson, @ep.chMise en page & graphisme: Appoline Raposo de BarbosaComit de rdaction:Jean-Daniel Bonjour, Patrice Fumasoli, Florence Hagen, Laurent Kling, Julia Paolini, Franois Roulet, Christophe Salzmann, Richard Timsit & Predrag Viceic

Impression: Atelier de Reprographie EPFLTirage: 4000 exemplairesAdresse Web: ashInformatique.ep.chAdresse: Domaine IT EPFLStation 8, CH-1015 LausanneTlphone: +41 21 69 32246 & 32247Abonnement au FI par e-mail : [email protected]

DIT-info

Actualits

Le DIT vous forme

Dans notre site Web dit.ep.ch/formation vous trouverez, semaine aprs semaine, notre calendrier complet pour le 1er semestre, consultez le rgulirement. Plusieurs cours sont organiss la demande, faites-nous part de vos dsirs et nous ferons notre pos-sible pour vous donner la formation correspondant au mieux vos besoins. Voici un aperu des formations proposes prochainement:Windowsz Windows Server 2008, Cloud, identits et contrle daccs,

semaine 14z Windows Server 2008, 3 - IIS, SharePoint Server, semaine 15z Windows Server 2008, 4 - Terminal Server - Remote Desktop

Services, semaine 15z Windows scurit, protection daccs rseau, semaine 18z Windows scurit, protection daccs rseau, semaine 18z Windows, Administration des serveurs et des stations de

travail Windows pour dlgus, semaine 19z Windows 7, 1 -Installation et conguration, semaine 19LabVIEW ou lacquisition de donnesz Core I, semaine 17z FPGA, semaine 18Programmationz PERL, level 1 (Eng.), semaine 16z MPI, an Introduction to Parallel Programming (Eng.), semaines

18 et 19z intro la programmation pour iPhone et iPad, semaine 19Linuxz Administration Linux: RHEL, Fedora, UBuntu (Eng.), semaine 17Bureautiquez EndNote, introduction et importation de rfrences bibliogra-

phiques, semaine 14z PowerPoint 2010, 3-diaporama (rapido), semaine 14z Word 2011, les longs documents, semaine 17z Excel 2010, 2-feuilles de calcul, semaine 17z Outlook 2010, calendrier, tches et notes, semaine 17z Dreamweaver CS5, introduction, semaine 18z FileMaker Pro 11, semaines 17, 18, 19.

[email protected]

Arrt dfinitif du service Usenet/News

Le Domaine IT a dcid dinterrompre le service News ds le 1er juin 2012 pour les raisons suivantes: z SWITCH a arrt son service et ne fournit plus les News depuis

quelques mois;z la technologie est vieillissante et son utilisation lEPFL rgu-

lirement dcroissante, principalement en ce qui concerne les forums locaux (ep.*);

z de nouveaux outils de communication remplacent certaines fonctionalits des News (blogs, forums Web );

z le matriel hbergeant ce service devait tre renouvel. Les forums internationaux (tels que fr.* ou comp.*) restent libre-ment accessibles depuis Google Groups: groups.google.com. En local, pour les logements utilisez: logement.ep.ch et pour les jobs-tudiants utilisez: myjob.ep.ch. tant donn quil ny aura aucune archive, protez de ces quelques mois pour rcuprer ds maintenant les messages qui vous int-ressent en utilisant le serveur actuel.

[email protected], Domaine IT

propos du mail

Dornavant, pourz activer vote compte [email protected] changer votre adresse e-mailz rediriger vos mails vers une autre adressez vrier lespace utilis de votre botez activer les gestionnaires dabsenceune seule interface:

ewa.ep.ch/tools

Ds le 1er avril 2012, le quota des botes tudiants sera port 1GB (500MB actuellement).

[email protected]

327 MARS 2012 - N3

Analyse dimage scientifiquele monde [email protected], EPFL-STI, Biomedical Imaging Group (BIG), responsable des dveloppements logiciels

ImageJ is a Java-based image processing and image analysis software for scientic images. ImageJ is in the public domain. It has made an important impact in biomedical imaging, becoming the de facto refer-ence. Its open architecture has enabled the creation of hundreds of plugins, which have sometimes inte-grated the most advanced image-processing tech-niques.

ImageJ est un logiciel Java de traitement dimages et danalyse dimages scientiques qui est dans le domaine public. ImageJ a un impact important en imagerie biomdicale, devenant de facto une rf-rence. Son architecture logicielle ouverte a permis la ralisation de centaines de plugins intgrant par-fois les techniques de traitement dimages les plus avances.

Fiche descriptive

ImageJ /Fiji

Domaine Traitement dimages et analyse dimages

Licence ImageJ: do-

maine public Fiji: GPL v2 ImageJ2: pas

encore dni

langue anglais

version 1.46f

Autres alternatives libres CellProler BioImageXD ICY

Alternatives non libres Metamorph Imaris

Sites Web ImageJ: rsb.info.nih.gov/ij/ Fiji: ji.sc ImageJ2: developer.imagej.net/

Plates-formes

Logiciel libre

ImageJ est un fascinant logiciel de traitement dimages et dana-lyse dimage scientique [1], autant par ses fonctions intrinsques que par le riche ensemble de fonctions dlivres sous forme de plugins. Derrire une interface quelque peu dsute, ImageJ cache des fonctions simples daccs, directes et puissantes pour lanalyse dimage. Ce logiciel sutilise dans tous les domaines scientiques, bien quun accent particulier soit mis sur limagerie biomdicale. Dans un esprit totalement altruiste, ImageJ a t dpos dans le domaine public. ImageJ possde un mcanisme simple pour la cra-tion de plugins. Des centaines de traiteurs dimages, de program-meurs, de chercheurs avertis et dutilisateurs un peu dbrouillards ont ralis des plugins et ont mis leurs contributions en ligne.

Que fait ImageJ

Passer en revue toutes les fonctionnalits dborderait largement du cadre de cet article. En effet, ImageJ dispose dun catalogue complet doprations standards de traitement des images. Si jamais une opration venait manquer, alors on trouvera bien quelquun qui laura programme et mise disposition. ImageJ est capable de lire un grand nombre de formats dimages [2], soit par ses fonctions natives (y compris le format mdical Dicom), soit en utilisant un plugin spcialis comme la trs com-plte librairie BioFormats (licence GPL) [3]. Il y a mme des reverse engineering plugins qui permettent de dcoder certains formats de chiers propritaires, tenus secrets pour des raisons mercan-tiles.

g. 1 illustration de la fonction Image Calculator. Limage rsultat ( droite) est la soustraction des deux images ( gauche et au centre) prises quelques secondes dintervalle. Cette soustraction met clairement en vidence les objets en mouve-ment.

4444 flash informatique44 27 MARS 2012 - N3flash informatique

ImageJ possde une large panoplie doprations usuelles de traitement dimages dites pointwise et de transformation dhis-togramme. Dans ce cadre, une fonction Image Calculator qui au premier abord semble banale savre en pratique trs utile et intuitive. Elle permet de combiner des images pixel--pixel avec des oprations, exactement comme on pourrait le faire avec des nombres (g.1).Les oprations de ltres dans le domaine spatial font partie de ImageJ, aussi bien les ltres linaires classiques que les ltres mor-phologiques. Pour la segmentation dimages, la fonction prf-re des utilisateurs est Analyze Particles qui, aprs binarisation, va extraire tous les composants connexes (objet) dune image et caractriser leurs formes et leurs dimensions.Un avantage de ImageJ est la possibilit dappliquer certains trai-tements dans une troisime dimension. Celle-ci peut indiffrem-ment reprsenter le temps pour les squences dimages (lms), ou une dimension spatiale supplmentaire (z-stack) pour les donnes volumtriques qui sont courantes en imagerie biomdicale.

et ce que ImageJ ne fait pas

Dans le monde des logiciels dimagerie numrique, les genres sont souvent confondus et il nest pas inutile de mentionner ce que ne fait pas ImageJ.z Acqurir des images, except pour les camras compatibles

TWAIN, FireWire.z Visualiser des images en 3D: bien que ImageJ puisse tirer parti

de certains plugins de rendu 3D, ils demeurent nanmoins moins efcaces et moins interactifs que les logiciels spcialiss.

z Retoucher une photo ou un montage. Photoshop ou GIMP sont meilleurs pour cette tche.

z Produire une analyse statistique. Typiquement, dans une chane complte danalyse dimages, les rsultats bruts sont extraits par ImageJ et stocks sur chiers. Ils sont ensuite repris par un logiciel danalyse de donnes comme MS Excel/Open Ofce Calc, Matlab/Octave ou R.

z Rsoudre directement votre problme danalyse automatique dimages. Il est plutt rare quune tche danalyse dimages entre simplement dans une catgorie standard. Il faut alors recourir au dveloppement dun programme spcialis par macro ou par plugin et cest l quintervient la programmabi-lit de ImageJ.

Dveloppement atypique

Jusqu aujourdhui, le dveloppement de ImageJ a repos sur les paules dun seul homme, Wayne Rasband du National Ins-titutes of Health. En 1997, Wayne Rasband avait dj un logiciel danalyse dimages trs populaire mais tournant uniquement sur Macintosh: NIH Image. Il fait alors le pari risqu lpoque de le porter en Java. Ceci deviendra ImageJ. Grce Java, ImageJ devient naturellement un logiciel multi-plateforme, ce qui va en dcupler les usages.Ds sa conception, ImageJ a t construit avec une architecture logicielle capable de recevoir des plugins, un concept assez nova-teur lpoque. Le succs ne sest pas fait attendre. De nombreux dveloppeurs se sont attels la cration de plugins souvent

pour leur propre usage et habituellement, ils les mettent dis-position gratuitement. Toutefois, en labsence de coordination et de contrle de qualit, on trouve de tout dans le monde ImageJ: des plugins au sommet de ltat de lart dans leur domaine aux plugins de quelques lignes non documents souffrant parfois de bugs. Dailleurs, le principal souci de lutilisateur est de se retrou-ver dans la jungle des plugins. Tout de mme, il convient de sou-ligner la courageuse tentative de documentation entreprise par le portail ImageJ [4].Ce dveloppement communautaire non hirarchis, a tout de mme permis des centaines de plugins de devenir trs populaires, tel point que lon peut considrer ImageJ comme une coquille rceptacle de plugins. Certains dentre eux sont si volus quils sont plus grands que ImageJ lui-mme, linstar de TrakEM2 [5].

J comme Java

Vous laurez compris, ltrange J de ImageJ provient du langage de programmation Java dans lequel ImageJ est crit. En traitement dimages, un ternel dbat oppose les partisans de C/C++ ceux de Java. En pratique, Java se prsente comme un excellent lan-gage pour limagerie, rapide, rgulier dans sa structure, capable de manipulations graphiques, mme sil prsente quelques dfauts dans sa gestion de mmoire. Java est riche en librairies de tous genre; grce sa facilit dapprentissage, il satisfait autant le pro-grammeur chevronn quune personne qui ne serait pas un pur programmeur.Malgr les volutions permanentes de Java, ImageJ est toujours compatible avec les toutes premires versions du langage. Cette volont de stabilit explique linterface dpouille dImageJ.Quelques passerelles existent entre ImageJ/Java et dautres envi-ronnements: vers MySQL, vers Javascript, vers Python, vers ITK, vers R avec Bio7 [6], vers Matlab avec MIJ [7] et vers des pro-duits commerciaux comme le logiciel de visualisation Imaris de Bitplane/Andor.

Programmation: macros ou plugins

g. 2 exemple dune macro ImageJ. Avec une dizaine de lignes de code seule-ment, ce programme peut faire le tracking dune souris de laboratoire et tracer ses dplacements, dans des conditions particulirement favorables: une seule cible toujours visible et bien contraste.

Dans ImageJ, les macros assurent le premier niveau de program-mation en permettant dautomatiser une squence de tches de traitement dimages. Les macros offrent la possibilit dappeler des fonctions de ImageJ (g. 2). Lapprentissage du langage macro

Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ

5527 MARS 2012 - N3

est ais car les appels des fonctions sont enregistrables dans des macros la faon Excel. Depuis quelques mois, ImageJ reconnat aussi Javascript comme langage de macro.Mme sil existe des macros trs avances, les limites de la pro-grammation par macro sont vite atteintes dans le cadre dun tra-vail professionnel, pour des raisons de faible performance, din-teraction homme-machine limite et pour le gnie logiciel trs restreint des macros. Les plugins constituent le niveau avanc de programmation [8, 9]. Ils sont crits en Java et permettent daccder non seulement aux fonctions de ImageJ mais galement tout le langage Java et lensemble de ses librairies. En particulier, il permet de crer des interfaces utilisateurs (GUI) qui peuvent interagir avec les don-nes image (g. 3). Il est galement possible dacclrer certaines oprations en faisant appel au multithreading de Java. Bien en-tendu, lcriture de plugins sadresse des personnes qui ont une base de programmation sufsante en Java. Laccs aux sources documentes de ImageJ facilite le dveloppement de plugins.

g. 3 MosaicJ (Philippe Thvenaz) est un plugin pour lassemblage semi-inte-ractif dune mosaque dimages. Lalignement prcis des images est automatis en recourant au plugin TurboReg [18]

ImageJ et ses distributions

Larchitecture logicielle ouverte et la licence domaine public a sti-mul la crativit des dveloppeurs et a permis lmergence de diffrentes distributions qui rencontrent un grand succs dans leurs domaines respectifs.

ImageJ, le classiqueLa version ImageJ du NIH est la plus lgre. Pour un Mac, la ver-sion actuelle 1.46f ne pse que 5.5 Mo, autant dire quil faut moins dune minute entre lintention dutiliser ImageJ et louver-ture de la premire image sur ImageJ. Pas de librairie exotique installer, pas de DLL ! Tout ImageJ est contenu dans un seul rpertoire que lon peut dplacer. La version pour Windows vient avec une machine virtuelle Java (JVM ou JRE); ainsi, tout marche aprs quelques clics.

Manager, le pro pour lacquisitionManager est un logiciel open source (licence BSD / Lesser GPL) pour le contrle et lautomatisation des tches dun microscope [10]. Combin avec ImageJ, il offre une large gamme de pilotes (drivers) pour les microscopes les plus communs, pour les camras scientiques les plus courantes et pour les actionneurs motoriss de platine de microscopes.

Fiji, Fiji is just ImageJ batteries includedFiji est un logiciel open source sous licence GPL, entirement bas sur ImageJ. Il est hberg sur un GIT version control par une pe-tite communaut de dveloppeurs passionns [11]. On y retrouve tout ce qui fait ImageJ, complt par un ensemble cohrent et document de plugins ddis aux sciences du vivant et par de nombreux langages de scripting, tels Javascript, Jython, Jruby, Fiji est certainement la distribution la plus aboutie dImageJ en termes de fonctionnalits, de dveloppement communautaire et de documentation (g. 4).

g. 4 montage illustrant la distribution Fiji de ImageJ. En haut, une reconstruction dune image IRM avec le plugin 3D Viewer (Benjamin Schmid). En bas, segmentation dune image de cerveau dun drosophila avec le plugin TrakEM (Albert Cardona).

Autres projets avec un coeur ImageJBio7 est un logiciel open source sous licence GPL/EPL ddi aux

sciences de la terre et de lenvironnement. Il dmontre que ImageJ est sufsamment polyvalent pour tre utilis en de-hors de limagerie biomdicale [6].

SalsaJ est une spin-off de ImageJ consacre lastronomie.ImageJ for Microscopy est une distribution populaire dImageJ

avec des plugins spciques pour le microscope. Toutefois, la maintenance de cette distribution a t interrompue.

ImageFlow est une tentative de construire un environnement de dveloppement pour ImageJ bas sur la programmation visuelle.

ImageJ, lindispensable compagnon de bioimagerie

Depuis les rcentes dcouvertes des protines uorescentes et lapparition de nouvelles gnrations de microscopes haute-rso-lution 3D nous sommes dans une nouvelle re, celle de limagerie de cellules vivantes [12]. Cette capacit de diffrencier in vivo des composants cellulaires et leurs interactions lchelle molculaire rvle la complexit de la machinerie de la cellule. La bioimage-rie est la source de donnes hyper-volumtrique souvent jusqu 5D, les trois dimensions spatiales, la dimension multichannel et le temps.



Dans ce nouveau secteur en permanente volution, les logiciels commerciaux ont surtout brill par leur absence. ImageJ sest im-pos naturellement comme le logiciel ouvert et il demeure loutil privilgi pour lanalyse dimages en sciences du vivant. titre dexemple, on peut citer quelques applications o ImageJ/Fiji se dmarque:Colocatisation: observation des recoupements dans diffrents

canaux uorescents (plugins: JACoP, Colocazation);Cytomtrie: extraction des cellules ou des composants nuclaires

en 2D ou 3D (plugins: TrakEM2, Image-based Tool for Coun-ting Nuclei);

Segmentation couleur: segmentation base sur la couleur (plu-gins: Threshold Colour, Color Segmentation, Color Inspector 3D);

Trac de neurone: reconstitution de la morphologie neuronale (g. 5) (plugins: NeuronJ, NeuriteTracer);

Super-resolution by photoactivated localization: localisation de molcules uorescences photo-actives (PALM) permet-tant de gagner un ordre de grandeur dans la rsolution spa-tiale (plugins: Octane, QuickPALM).

g. 5 - NeuronJ (Erik Meijering) est un plugin pour le trac interactif de larbre dendritique dun rseau de neurones

ImageJ lEPFL

Des dizaines de laboratoires de lEPFL utilisent quotidiennement ImageJ, comme dautres instituts ou dautres entreprises. ImageJ est trs rpandu dans les plates-formes de microscopie, comme celle de la Facult SV, la plate-forme technologique de bio-ima-gerie et imagerie optique (PTBIOP). Dans le laboratoire dimagerie biomdicale (BIG, Biomedical Ima-ging Group) du Prof. M. Unser, nous avons pris le virage ImageJ en lan 2000, en premier lieu pour rpondre aux besoins de lenseigne-ment. Nous avons mis en place une structure simple et didactique pour enseigner le codage des algorithmes usuels de traitement dimages en nous appuyant sur une classe ImageAccess que nous avons dveloppe [13]. Dans le cadre des cours de Master, Image Processing I et II, nous organisons des sances de laboratoire qui se droulent sur trois heures et en temps limit. Chaque anne, ce sont presque cent-cinquante tudiants au premier semestre

et cinquante tudiants au second semestre qui suivent ces cours. Tous ces tudiants sont amens implmenter individuellement des algorithmes en Java et les tester sur des images. En observant les performances, la stabilit et la convivialit dImageJ, nous avons compris que ImageJ offrait galement un excellent environnement de travail pour dvelopper de nou-veaux algorithmes de traitement dimages et quil pouvait servir de plate-forme dchange pour nos collaborations avec les cher-cheurs en sciences du vivant.Au BIG, nous avons port plusieurs nouveaux algorithmes sous forme de plugins (g. 6) sous licence citationware. Certains ont t dvelopps par des doctorants, dautres par des tudiants [14].

g. 6 montage illustrant lanalyse directionnelle dimages. En haut, un outil mesure lorientation locale des bres. Au centre, le plugin OrientationJ donne la distribution des orientations des bres de collagne. En bas, le plugin MonogenicJ reprsente linformation dorientation dans diffrentes chelles obtenues par une dcomposition en ondelettes orientable (steerable wavelets). Images provenant du laboratoire LHTC de lEPFL

PureDenoising: dbruitage multi-canaux bas sur des transfor-mes en ondelettes (wavelets).

DeconvolutionLab: outil pour la dconvolution 3D en microsco-pie qui rivalise avec les produits commerciaux.


7727 MARS 2012 - N3

PSFGenerator: cration de Point-Spread Function 3D pour la microscopie.

EDF: extension de profondeur de champ pour microscopie champ large.

TurboReg, StackReg, MosaicJ: alignement (registration) dimages et de squences dimages.

SteerableJ, OrientationJ, MonogenicJ: analyse directionnelle par des ondelettes orientables.

Snakuscule, Ovuscule: famille de contours actifs (snakes) pour la segmentation.

SpotTracker: suivi (tracking) de particules individuelles dans des images bruites.

2012, lanne du renouveau pour ImageJ

Wayne Rasband est dsormais la retraite. Avec sa gnrosit habituelle, il continue maintenir ImageJ et faire voluer ImageJ en y intgrant les contributions de dveloppeurs. Main-tenant, tous les regards se tournent vers lquipe de ImageJDev [15] qui sest constitue en 2010 autour dun projet fdrateur de dveloppement de la nouvelle gnration dImageJ, nomm ImageJ2. Lambition est de reconstruire toute larchitecture logi-cielle ImageJ, y compris le modle des donnes, tout en garan-tissant une presque parfaite rtro-compatibilit (backward com-patibility) avec les plugins dImageJ. Cest un d de taille, car la reprsentation des images aux multiples facettes (3D, 4D, 5D, multi-canaux, virtualisation) doit satisfaire autant lutilisateur par sa rapidit que le dveloppeur par sa simplicit.2012 voit merger un tout nouveau logiciel Java danalyse dimages, ICY, spcialis en bioimagerie [16]. ICY a dni un mo-dle homogne des donnes pour la bioimagerie. Il sappuie sur la librairie VTK pour offrir un rendu efcace dimages 2D et 3D. Des tentatives de communication avec les plugins ImageJ sont en cours de dveloppement.Enn, laspect logiciel danalyse est dsormais reconnu comme une infrastructure part entire dans le domaine de limagerie biomdicale; en consquence, il fait lobjet dun workpackage du projet europen Euro-BioImaging . Notre laboratoire organisera le 30 avril et le 1er mai 2012 un workshop [17] consacr aux logi-ciels Java danalyse dimages biologiques pour tenter de dessiner les contours de laprs ImageJ. Si vous avez ralis un plugin, cest une belle occasion de venir Barcelone pour le prsenter !

Rfrences

[1] RASBAND, W. ImageJ, National Institutes of Health, Bethes-da MD, USA. imagej.nih.gov/ij/

[2] ABRAMOFF, M. D. et al. Image Processing with ImageJ, Bio-photonics International 11, pp. 36-42, 2004.

[3] LINKERT, M. et al. Metadata Matters: Access to Image Data in the Real World, Journal of Cell Biology 189, pp. 777-782, 2010. loci.wisc.edu/software/bio-formats/

[4] JAHNEN, A. ImageJ Information and Documentation Portal, CRP Henri Tudor, Luxembourg. imagejdocu.tudor.lu/

[5] CARDONA, A. TrakEM2. ji.sc/wiki/index.php/TrakEM2/[6] AUSTENFELD, M. Bio7. bio7.org/[7] SAGE, D. et al., MIJ. ji.sc/wiki/index.php/Miji/[8] BURGER, W. and BURGE, M. J. Digital Image Processing,

Springer Verlag, 2008. www.imagingbook.com/[9] BAILER, W. Writing ImageJ Plugins A Tutorial. www.

gm.fh-koeln.de/~konen/WPF-BV/tutorial-ImageJ_V1.71.pdf[10] EDELSTEIN, A. et al., Computer Control of Microscopes

Using Manager, Current Protocols in Molecular Biology 14, 2010. valelab.ucsf.edu/~MM/MMwiki/

[11] SCHINDELIN, J. Fiji Is Just ImageJ (Batteries Included). ji.sc[12] VONESCH, C. et al., The Colored Revolution of Bioimaging,

IEEE Signal Processing Magazine 23, pp. 20-31, 2006. bi-gwww.ep.ch/publications/vonesch0601.html

[13] SAGE, D. and UNSER, M. Teaching Image-Processing Pro-gramming in Java, IEEE Signal Processing Magazine 20, pp. 43-52, 2003. bigwww.ep.ch/teaching/iplab/

[14] EPFL-BIG members, Available Algorithms for ImageJ and Fiji. bigwww.ep.ch/algorithms.html

[15] RUEDEN, C. and ImageJdev team, ImageJ2. developer.imagej.net/

[16] Institut Pasteur, Icy: The Open Source Community Software for Bio-Imaging. icy.bioimageanalysis.org/

[17] Euro-Bioimaging Workshop, Bioimage Analysis Software: Is there a Future Beyond ImageJ? bigwww.ep.ch/eurobioima-ging/

[18] THVENAZ, P. et al., A Pyramid Approach to Subpixel Re-gistration Based on Intensity, IEEE Transactions on Image Processing 7, pp. 27-41, January 1998. bigwww.ep.ch/the-venaz/turboreg/

Article du FI-EPFL 2012 sous licence CC BY-SA 3.0 / D.Sage


Licne de dmarrage dImageJ est la reproduction dune photogra-phie du microscope de Hartnack, qui date des annes 1870. Cest un contraste assez saisissant que de double-cliquer sur cette icne dun autre ge pour analyser des images provenant dappareils la pointe du progrs, comme des microscopes 3D confocaux uorescence capables de percevoir des protines.

flash informatique888 27 MARS 2012 - N3

AsciiDoc is a software for writing documents from text-format les. AsciiDoc les can be translated into HTML, PDF or EPUB. Made for everyone even newbies.

AsciiDoc est un logiciel qui aide la rdaction de documents partir de chiers au format texte. Les documents source AsciiDoc peuvent tre transcrits vers des formats comme HTML, PDF ou EPUB. Acces-sible chacun, sans connaissances particulires.

Fiche descriptive

AsciiDoc

Domaine bureautique, langage de balisage lger

Licence GNU GPLv2 ou

suivante

languemultilingue

version 8.6.6

Autres alternatives libres Txt2tags Docutils Stx2any Markdown

Sites Web www.methods.co.nz/asciidoc

Plates-formes Unix POSIX-based ( , , ),

AsciiDoc est un langage de balisage agile, capable de transcrire un document accompagn dune syntaxe simple et naturelle vers un document destin aux pages Web ou limpression, en saffran-chissant des contraintes lourdes quimpose souvent ce type dou-til. AsciiDoc se lit avec nimporte quel diteur de texte, de sorte que tout un chacun, sans connaissance aucune du format de la prsentation peut rdiger un document AsciiDoc qui fournira une prsentation lisible et de bonne facture.Cet article ne traite pas exhaustivement tous les aspects du lan-gage et les formats quil est capable de fournir, mais donne ce-pendant tous les lments ncessaires la rdaction dun article complet.

AsciiDoc pour la production rapide de documents [email protected], EPFL, responsable Unix au Domaine IT A s c i i D o c

Introduction

AsciiDoc est trs puissant, open source, riche en fonctionnalits, multi-plateforme, implment laide de linterprteur python natif sur bon nombre de systmes dexploitation, et destin tous ceux qui ont besoin de publier rapidement de la documentation technique ou plus gnraliste tout en simpliant la vie du rdac-teur autant que celle du mainteneur. Encore peu connu, mais disponible depuis plusieurs annes, son dveloppement demeure rgulier et soutenu tout en gardant le souci de proposer un outil stable. la lecture de sa documentation, on constate demble un outil bien conceptualis, solide et abouti. Capable de produire na-tivement du XHTML ou du HTML, il est, de plus, en mesure dajou-ter une grande varit de formats de prsentation trs rpandue incluant par exemple PDF, EPUB, prsentation (diapositive HTML, HTML slideshows) ou encore le format page de manuel Unix, et tout ceci en partant dun mme chier de texte (.txt).

Installation

Dans la mesure o AsciiDoc est disponible sous forme de paque-tage pour la plupart des distributions GNU/Linux et dans larbre des ports pour BSD, il sinstallera sans coup frir.En prenant AsciiDoc directement son dpt, on a lavantage dobtenir la dernire version en date, sans attendre la mise jour des paquetages proposs par les distributions, et de linstaller localement sur le dossier de dpart ou globalement au niveau du systme (pour tous les utilisateurs). Comme AsciiDoc occupe peu despace (moins de 3 Mo tout compris) on peut envisager de linclure dans un dpt Git au mme titre que la production docu-mentaire produite, on aura ainsi prennis lensemble documen-taire en ayant de ce fait loutil au mme endroit que la matire.Mme si linstallation AsciiDoc sous Windows ncessite linstalla-tion pralable de Python, cette tape ne devrait pas dcourager un rdacteur press.Tout le reste est dj disponible sur tous les systmes, savoir un diteur de texte, un navigateur Web et une ligne de commande.

Premier document

Un document source AsciiDoc ressemble nimporte quel texte accompagn de balises ne gnant que trs peu la lecture lors de la rdaction, dont voici un exemple bref, mais dj complet:

Logiciel libre

9927 MARS 2012 - N3

Sans entrer trop dans les dtails, un document source se structure dune srie de blocs dlments en commenant par un en-tte, suivi dun prambule et de sections. Les lments en ligne agissent dans llment bloc de type contenu textuel en accomplissant des tches de formatage et de substitution.

En-tte et prambuleIl contient le titre du document, les informations relatives lau-teur, ainsi que le suivi de lvolution du document par le numro et la date de la version. Si lon choisit de regrouper la documen-tation avec un logiciel de gestion de versions, celui-ci marquera la version, laide dun trigger, chaque action de check-in du document. Len-tte permet en outre de qualier la langue place dans le document de prsentation produit. Le prambule sert prsenter la matire tout en tant facultatif.

SectionsUn document source est fractionn en sections et jusqu quatre niveaux de sous-sections. chaque section son titre form dune ou deux lignes selon la syntaxe, se retrouve sans surprise dans la table des matires.

ContenuLe contenu textuel permet de dvelopper la matire dans son ensemble. Il est constitu dune suite de paragraphes et de blocs contenant le texte. Les paragraphes sont simplement spars par des lignes vides, et les blocs sont envelopps en dbut et en n par un dlimiteur, habituellement une suite de quatre caractres. Les formes les plus courantes de bloc sont celles-ci:z Les paragraphes qui sont des blocs de texte qui commencent

et nissent par une ligne vide.z Le texte littral o chaque ligne commence par une indentation

avec au moins un ou plusieurs espaces. Ce type de bloc pr-sente le texte sans modication avec une police chasse xe.

z Dans les listes et numrations, chaque lment commence par une puce, un nombre ou une lettre. Le bloc liste par un tiret simple ou un cinq astrisques suivis dun espace et du texte pouvant stendre sur plus dune ligne.

Un titre peut tre ajout chaque bloc ou paragraphe avec au-dessus du bloc une ligne commenant par un point suivi du texte joindre. Le formatage du texte nest pas trs riche, mais sufsant pour augmenter le relief de la prsentation avec les attributs de polices ordinaires: italique, gras, chasse xe, exposant ou indice.

// article_2012-03.txt:lang: fr= AsciiDoc vite fait pour crer des documents XHTMLFictif Lefous version 1.0, fvrier 2012: Commentaire de version avec ou sans marqueur Git.

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== SectionMaecenas aliquam maecenas ligula nostra, accumsan taciti.

=== Sous-sectionNisl rhoncus turpis est, vel elit, congue _wisi_ enim nuncultricies sit, magna tincidunt.

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.Illustration du logo de lPFLimage:images/logoEPFL.png[height=100]

// fin du document

AsciiDoc pour la production rapide de documents


ProductionUne fois la rdaction termine du document source AsciiDoc contenu dans un chier dont le nom se termine par .txt (res-pectant le jeu de caractres UTF-8 par dfaut), la transcription se lance en ligne de commande. Auparavant, on aura pris soin de crer un dossier contenant le document source, un sous-dossier images regroupant les images rfrences et un dernier sous-dos-sier images/icones qui est une copie de celui que lon trouve dans larborescence AsciiDoc.

% asciidoc -a data-uri -a icons -a toc -n .txt

La commande produit un chier de prsentation XHTML dans le mme dossier que le document source et portant le mme nom, mais avec lextension .html. La prsentation safche directe-ment avec un navigateur Web en prenant lURL & le:////.html.Le mme document source se transcrit au format PDF en passant par loutil de gestion de transcription a2x de la suite logiciel Ascii-Doc. Il en rsulte un document de type DocBook au format PDF.

% a2x --verbose --format=pdf .txt

Cependant, au moins les logiciels DocBook et dblatex devront tre prsents sur le systme. Ils sinstallent rapidement avec la com-mande en ligne sudo yum install asciidoc dblatex sous Fedora et sudo apt-get install asciidoc sous Ubuntu.

PublicationUne fois le chier de prsentation disponible, il peut tre employ tel quel dans un Wiki ou un site Web. An de maintenir le style propre au site Web auquel la prsentation est destine, on peut lui retirer sa feuille de style lors de la transcription en ajoutant les paramtres -s et --unsafe. De plus le chier de prsentation de-vra contenir les marqueurs en premire ligne et son correspondant en dernire ligne. Maintenant le chier XHTML est n prt pour tre publi.

Avantages

z Prise en main trs rapide sans connaissance pralable du for-mat de prsentation.

z Le rdacteur dite le document source avec lditeur de son choix. Pour certains diteurs la colorisation syntaxique est dis-ponible (en particulier vim &).

z La publication dun site Web entirement en AsciiDoc est envi-sageable.

z Plusieurs thmes sont dj fournis et peuvent servir en crer dautres donnant une empreinte propre lorganisation sex-posant sur le Web.

z Se marie aisment un logiciel de gestion de version dcen-tralis an de travailler plusieurs et ainsi viter les conits ddition concurrente.

z Lintgration dillustration ne pose pas de problme et utilise les formats standards.

z Lorganisation du document source permet de clairement sparer le style de prsentation et le contenu de la matire prsenter.

GLOSSAIRE &CSS (Cascading Style Sheets): langage informatique qui sert

dcrire la prsentation des documents HTML et XML W

URL (Uniform Ressource Locator): adresse Web dsignant lendroit o sont stockes les informations sur Internet

vim: diteur de texte (Vi IMproved) W

W = tir de Wikipdia

z Chane de publication trs courte et automatisable (scripts ou MakeFile).

z Feuille de style (CSS &) prvue pour contourner les incom-patibilits de lexplorateur IE6.

Conclusion

Cet article est encore loin de prsenter lensemble des fonction-nalits dAsciiDoc, mais en prenant un peu le temps dy goter, on aura rapidement lenvie dadopter loutil et de produire des prsentations vers dautres formats que XHTML, comme EPUB.

Pour plus dinformations

z Installation dtaille pour tous les systmes dexploitation: www.methods.co.nz/asciidoc/INSTALL.html

z Git, un logiciel de gestion de version dcentralise, FI 6/2011: ashinformatique.ep.ch/spip.php?article2316

z Diapositive (slideshow) en HTML: csrp.iut-blagnac.fr/jmiweb-site/

z Gnration de documents formats partir de texte clair: andrewk.webfactional.com/asciidoc.php?language_code=fr

z Aide-mmoire: powerman.name/doc/asciidocz Lensemble de larticle AsciiDoc: documents.ep.ch/users/f/fa/

fabbri/www/AsciiDoc-FI-2012-03/

Article du FI-EPFL 2012 sous licence CC BY-SA 3.0 / P. Fabbri

AsciiDoc pour la production rapide de documents

1127 MARS 2012 - N3

Distrilog2Foire Aux [email protected] EPFL - Domaine IT, dveloppeur de Distrilog2

Frequently asked questions and answers about the new release of Distrilog2.

Une nouvelle version du serveur de logiciels Distri-log2 a t mise en place le 1er fvrier dernier, do des interrogations de la part des utilisateurs. Voici les rponses aux questions les plus frquentes.

Dois-je entrer une machine prive dans linventaire pour pouvoir commander sur Distrilog ?

Oui, non seulement la che dinventaire est indispensable, mais une tiquette jaune doit tre colle sur la machine et le numro de cette tiquette associe ladite che din-ventaire.

Jai une machine prive qui avait t entre dans linventaire, mais qui na pas dtiquette jaune, que dois-je faire ?

Vous devez contacter le responsable de linventaire de votre unit et lui demander de modier la che dinven-taire pour y rajouter le code dune tiquette jaune.

Je suis accrdit auprs de plusieurs units. Lors du login Tequila, celui-ci me propose la liste de ces units, mais, selon le choix que je fais, Distrilog mafche une page Accs refus. Que se passe-t-il ?

Cela signie simplement que vous ntes pas accrdit avec le droit-distrilog pour cette unit. Actuellement Tequila proposera toujours la liste de toutes les units auprs desquelles vous tes accrdit, malgr le fait quon lui exige le droit-distrilog au login.

Je dois rinstaller un logiciel sur une machine, mais je dois le re-commander sur Distrilog2 alors que je lavais dj command sur Distrilog1. Le logiciel sera-t-il dcompt deux fois ?

Non. Dans un dlai raisonnable tous les logiciels com-mands sur Distrilog1 devront tre rapports sur Distri-log2 et seul celui-ci fait foi pour les dcomptes de logiciel. Astuce: vous pouvez encore consulter les logiciels com-mands sur la version prcdente de Distrilog via lURL d1.ep.ch.

Je dois valider une commande pour un logiciel coteux. Je vois le cot de celui-ci en CrD (Crdits Distrilog). Quel est son cot rel en francs suisses ?

Il nest contractuellement pas possible de donner les prix des logiciels sur Distrilog pour des raisons de condentialit. Dautre part, la dcision dautoriser un lo-

giciel ne doit pas tre fonction de son cot, mais fonction de son utilit relle dans le contexte dans lequel il doit tre utilis. Le but de la validation nest donc pas que le responsable contrle le prix, mais quil conrme par son accord que ce collaborateur est bien un expert dans le domaine et quil fera une utilisation justie de ce celui-ci.

Dune manire gnrale, pour linstant ce nest pas le laboratoire qui paiera la facture. Tant que nous arrivons supporter le cot des logiciels, nous continuerons les proposer sans contrepartie. Si notre budget logiciel venait diminuer drastiquement ou sil y avait une explosion des demandes pour les logiciels coteux nous nous verrions dans lobligation, aprs vous en avoir averti bien lavance, de rpercuter tout ou une partie de ces cots aux units. Cela se fera alors au prorata des Crd consomms.

Jai le droit dutiliser Microsoft Ofce la maison, comment je fais pour le commander sur Distrilog ?

En fait, vous avez un droit dutilisation non concurrentiel de Microsoft Ofce pour autant que vous lutilisiez sur votre machine de lEPFL. Comme vous avez donc command sur Distrilog une version pour votre ordinateur professionnel, vous navez pas le commander nouveau et vous pouvez utiliser les informations dinstallation fournies prcdem-ment par Distrilog pour votre ordinateur personnel.

Lors dune commande, je rentre le numro de ltiquette jaune de lordinateur correctement, mais Distrilog me dit que cet quipe-ment ne peut recevoir de logiciels, que faire ?

Tout dabord, vriez bien quil sagit de ltiquette de lordinateur lui-mme et pas celui de lcran ou dun p-riphrique raccord votre machine. Si le numro vous semble correct cela signie que ltiquette nest pas lie une che dinventaire pour un ordinateur, dans ce cas demandez au responsable de linventaire de votre unit de vrier ladite che en consquence. Pour quun qui-pement soit accept par Distrilog, il faut quil fasse par-tie de lune des classes suivantes: Serveurs, Ordinateur de bureau, Ordinateur portable, Composant calcul, Composant stockage, Cluster de calcul.

Lors dune commande, je rentre le numro de ltiquette jaune de lordinateur correctement, mais Distrilog me dit quaucune che dinventaire ne correspond ce numro, que faire ?

Cela signie quaucune che dinventaire nest lie ce numro dinventaire. Contactez le responsable de linven-taire de votre unit pour quil remplisse au plus vite ladite che.

votre service


Analyse

Un mot: mmoire quelques regards: archiviste, informaticien et illustrateur.

Mmoire, valeur talon GC

Nous vivons plusieurs paradoxes avec la gnralisation des tech-nologies informatiques dans les changes et la globalisation de linformation. Si nous navons jamais dispos dautant dinforma-tions la fois ni aussi rapidement, celles-ci nont jamais t aussi fragiles et volatiles en raison de lobsolescence des technologies et de linconstance des standards et des environnements. Pour la premire fois dans lHistoire, les donnes ne sont plus solidaires dun support physique, la dmatrialisation rend complexe et pr-coce tout dispositif de capture et de maintenance des donnes. Linformatique constitue ce jour un outil rtrograde dans la conservation et la prennisation de linformation, dans la mesure o elle impose des calendriers rapprochs et rguliers de migra-tion et des cots xes. Elle ne reproduit pas dans le long terme les russites des modes opratoires antrieures. Elle pourrait tre tout simplement le fossoyeur de la Mmoire, quand on lui oppose les exigences dauthenticit, dintgrit et de lisibilit des donnes. Pire, elle pourrait nous rendre amnsiques. Le diagnostic a mis du temps tre tabli, les promoteurs et les utilisateurs de linformatique ayant constamment fait valoir les facilits dans les changes, les capacits croissantes du stoc-kage et laccs en temps rel et chaque instant, dun point de connexion, linformation. leldorado informatique, dautres voix dont en particulier celle des archivistes oppose le chaos docu-mentaire. Des solutions matures commencent surgir et tre pratiques. Elles font appel l ha rmon i sa t ion des pratiques et la mutualisation des ressources. Le d relever est global; il exige des stratgies gnrales et

[email protected], directeur des Archives cantonales vaudoises [email protected], gologue et [email protected], EPFL, informaticien au Domaine IT

Je recherche dans lactuel Distrilog un logiciel qui existait dans la version prcdente, mais je le trouve pas, que faire ?

Certains logiciels distribus par Distrilog1 nont pas t reports vers Distrilog2 car le volume de commande de ces logiciels tait trop faible, voire inexistant ou que le logiciel ait t abandonn par son diteur ou mme que lditeur du logiciel ait disparu. Nous gardons cependant tous les binaires et toutes les licences prcdentes (si elles sont encore utilisables). Si vous avez donc besoin de lun de ces logiciels, faites simplement une demande au help desk du DIT.

En cas de problme, nhsitez pas appeler le help desk du DIT: tlphone 1234 ou email [email protected] n

Distrilog2, FAQ

1327 MARS 2012 - N3

[email protected], directeur des Archives cantonales vaudoises [email protected], gologue et [email protected], EPFL, informaticien au Domaine IT

linformatique nont pas encore t tous mesurs leur juste titre. La Mmoire simposera, de notre point de vue, comme valeur ta-lon dans lapprciation des consquences de lre technologique dans laquelle nous sommes entrs de manire dnitive.

Mmoire et antmmoire MO

Les informaticiens appellent mmoire tout moyen de stocker de linformation (digitale bien sr: elle a t transforme dune manire ou dune autre en suite de zros et de un) pour plus tard pouvoir y accder, la traiter, la transformer avant de la stocker de nouveau, peut-tre dans une mmoire dun type diffrent.Il y a en effet toutes sortes de mmoires, qui se distinguent par la technologie utilise (lectronique, magntique, optique et plus rcemment spintronique), leur capacit, la taille de lunit trai-te (octet, mot, bloc), leur rapidit (le temps ncessaire accder une quantit donne dinformation), par leur permanence ou leur volatilit (cas o linformation disparat quand lalimentation lectrique est coupe), la possibilit dcritures multiples ou non, le type daccs (direct ou squentiel, ce qui nest gure le cas que pour les bandes magntiques).Pour illustrer quelques-unes de ces possibilits, prenons cet amas froid et inerte de ferraille, de circuiterie et dlectronique quest un PC teint et allumons-le. Le processeur va dabord lire et ex-cuter la partie de la mmoire morte du BIOS qui contient les ins-tructions ncessaires pour lire son tour sur la mmoire de masse (disque, CD-ROM) le contenu du noyau du systme dexploitation et le charger en mmoire vive. Le noyau sexcute alors et met en place la mmoire virtuelle et la mmoire tampon (qui acc-lre laccs aux donnes stockes sur le disque). Le PC est alors vigoureusement prt et lutilisateur pourra lancer les programmes de son choix. Leur excution est acclre par lutilisation de la mmoire cache (ce que lAcadmie franaise appelle parat-il antmmoire) place entre le processeur et la mmoire vive, et qui sert attnuer les effets de la diffrence entre leurs vitesses de raction.Le PC est sans doute dot dune connexion Internet et lutilisa-teur peut alors accder notre mmoire commune, au sens tra-ditionnel de ce mot, cest--dire le souvenir dvnements, dopi-nions et dmotions du pass (il semble parfois que cest devenu le seul moyen de le faire, mais noublions pas les discussions au bistrot et latmosphre feutre des bibliothques, qui gardent tout leur charme). Il pourra encore y publier un article scientique ou une page de blog tellement bien tourns que nos descendants les trouveront mmorables n

nationales, si ce nest internationales. Il est heureux de relever que les administrations publiques, en particulier la Confdration suisse et celle de plusieurs cantons, ont rcemment introduit des politiques darchivage prenne: leur organisation a d tre repen-se, les procdures et les processus ont t harmoniss et sont contraignants, le personnel bncie de formations continues. La prise de conscience passe lvidence par des dcisions politiques. Le dbat ne se rsume pas, comme on la trop souvent invoqu, des aspects techniques et nanciers; il ressort de la perception que lon se fait de la Mmoire dun tat ou dune collectivit. Il ne sagit pas seulement de constituer une Mmoire qui puisse rpondre immdiatement aux demandes daujourdhui, mais dor-ganiser et de structurer une Mmoire qui pourra tmoigner dans 20, 50 ans et bien plus, lorsque les interrogations (il faut encore savoir lesquelles) seront formules. Le temps informatique nest pas ce jour le temps historique, sauvegarde et archivage ne sont pas des termes synonymes. Le vritable indicateur de la Mmoire sera sa capacit porter de manire durable et perptuelle, donc intelligible et visible, les informations et des donnes, et surmonter la contradiction entre approche consumriste et exigences conservatoires. Les risques de rupture sont considrables dans ce contexte: au-del de la volont politique, il faudra assumer la continuit des investis-sements nanciers et sadapter aux bouleversements technolo-

giques. Si jusqu prsent, la Mmoire avait un cot plus ou moins bien support (on pouvait intervenir mme tar-

divement dans la conservation), dsormais, elle est entre dans des surcots rcurrents

que seuls les plus riches et les plus puissants pourront satisfaire (il

est impratif dtre prsent la conception et lla-boration des donnes). La vritable fracture num-rique sera entre la M-moire du nanti et celle du pauvre. lvidence,

les effets col-latraux de


La prolongation du logiciel vers le monde physique paraissait laf-faire de spcialistes et lapanage dune industrie lourde. Massimo Banzi [3] avec quelques amis a voulu montrer le contraire. On peut, on veut, on doit pouvoir faire ce que lon veut avec du logi-ciel libre ou open source, il ny a pas de raison de ne pas commen-cer le faire aussi avec du matriel. Lide de mettre disposition une carte dinterface facilement programmable avec du logiciel libre et facilement ralisable par une petite industrie voire par un lectronicien seul, tait ne. La carte toute faite ne devait pas coter plus cher quune place de cinma et ne devait rien avoir envier tout ce qui se fait de mieux dans le domaine. Le langage de prototypage rapide mis au point par le MIT des-tin des non-informaticiens (lves des beaux arts, graphistes ou designers) Processing [4], logiciel libre mentionn dans larticle du FI SR/11 Les logiciels libres pour vos tudes et la recherche [5] allait devenir loutil idal pour programmer la carte et lui faire faire des choses

Des choses: interroger des capteurs, agir sur des actionneurs, asservir des systmes, comprendre comment marchent les auto-mates, dmystier les robots et mettre la porte de tous la ma-tire mme de ce qui nous environne. Apprendre pratiquer les objets techniques comme des instruments pour refuser un destin de consommateur de marchandises jetables, tel est le sens que prend ce projet pour tous ceux qui, de plus en plus nombreux, empruntent ce circuit.Grce un cble USB la carte se connecte un ordinateur (Linux, Windows, Mac) sur lequel il suft dinstaller le logiciel de dve-loppement disponible sur le site dArduino [6] pour immdia-tement pouvoir lui faire faire ces choses dont nous parlions. La carte possde une quantit de ports sur lesquels on branchera les capteurs et actionneurs dont on aura besoin pour raliser son projet. Mesurer une temprature, une pression, lhumidit ou la radioactivit ambiante ? Faire tourner des moteurs, programmer des LED RGB comme celles proposes par ThingM [7] ? Tout cela devient facilement ralisable si lon nest ni lectronicien ni infor-maticien. Le cble USB fait fonction de cordon ombilical pendant la programmation. Cest lui qui alimente la carte. Ensuite, si le but du projet nest pas de fournir des informations lordinateur, le circuit devra tre aliment pour raliser de faon autonome son programme. Les artistes qui ont os suivre ces pistes ont russi raliser leurs dsirs les plus simples, et ont trouv laide ncessaire ou les partenaires adquats quand les projets devenaient plus ambitieux. Comme on pouvait sy attendre les hackers sont venus aider lquipe initiale dmontrer lutilit de la carte dans mille et une situations, en traduisant de la documentation, en produisant des tutoriaux dans toutes les langues pour tous les ges, en organisant des sances pratiques dinitiation au circuit, des enseignants et pas des moindres [8] sont dailleurs venus leur porter main forte. Des revues comme Make [9] ne sortent plus un numro sans quun article ne soit consacr cette carte magique. De multiples petites socits rivalisent daudace et de crativit pour proposer des composants utilisables avec un Arduino ou des cartes plus performantes avec la mme licence ouverte (Snootlab [10]). Les

fabricants de composants lectroniques se font un plaisir de four-nir les schmas dinterfaage de leurs produits avec un Arduino pour en dmontrer les qualits et la facilit demploi.

g. 2 le dos du circuit arduino.cc/en/Main/ArduinoBoardUno

Il nest pas dans mon intention de donner un mode demploi ou des exemples dutilisation de la carte dans cet article, les moteurs de recherche ramnent des rfrences dune trop grande richesse par rapport ce que je peux donner ici. Le contenu du site du pro-jet [11] est exemplaire de ce quun travail collaboratif peut offrir. Je voudrais cependant vous inviter oser vous lancer sans vous ruiner, car Massimo a tenu son pari.Lclairage est en pleine rvolution, les LED offrent de nombreux avantages qui surpasseront bientt les inconvnients quun ensei-gnant de lEPFL, descendant direct des lumires a su mettre en vidence dans un beau petit livre [12]. Le schma donn par la

Arduino, lautre circuit

../.. Suite de la premire page

BlinkM BlinkM MinM

SCLSDA

GNDPWR

BlinkM

SCLSDA

GNDPWR

MinM

SCL SCLSCL SCL

g. 3 montage dun BlinkM sur Arduino

BlinkM MaxM

151527 MARS 2012 - N3

socit ThingM pour programmer les composants de la famille BlinkM, dont jai donn les rfrences un peu plus haut, avec un Arduino montre bien la simplicit laquelle on peut arriver.Moyennant quelques petites astuces de conception et de pro-grammation, il est possible de placer les platines de LED directe-ment sur un bornier de lArduino pour les programmer. Utiliser un ou plusieurs BlinkM (MinM) pour se fabriquer un clairage original dont la lumire variera dans le temps selon un certain programme avec des couleurs bien dnies devient extrmement simple, il suft dinsrer ce qui deviendra la source lumineuse sur lArduino comme indiqu dans les schmas et de les programmer sur son ordinateur On peut aussi utiliser lArduino pour programmer un MaxM (tou-jours de ThingM) et en faire un gradateur de bande LED RGB anode commune. On insre la platine master dun MaxM pour la programmer an quelle remplisse la fonction dsire. Une fois celle-ci spare de lArduino, alimente et pourvue de ses trois po-tentiomtres on a fabriqu un nouvel objet technique recyclable pour une tout autre application si besoin.

g. 4 master de MaxM mont comme un MinM

g. 5 gradateur termin et autonome

Les modules de la socit ThingM sont des ensembles de trois LED montes sur un petit circuit autour dun microcontrleur dont la qualit du logiciel fait la richesse du composant. Ce circuit nest pas du open hardware mais il na pas fallu attendre bien long-temps pour quun projet se constitue et propose une alternative open source au logiciel embarqu sur le composant et open hard-ware pour raliser soi-mme un dispositif de ce genre Quand Massimo Banzi a obtenu le prix Ars Electronica en 2006, il devait tre certain davoir conu un instrument pdagogique prometteur meilleur que toutes les cartes de dveloppement exis-

tantes. Le choix douvrir la description de la carte et de mettre celle-ci sous une licence Creative Commons a permis de donner une vie au projet. Aujourdhui force est de constater que cette dmarche inaugure un tout autre circuit en ouvrant de nouvelles voies. Les articles open hardware [13] et matriel libre [14] de Wikipdia montrent parfaitement que nous sommes dsormais de plain-pied dans un nouveau paradigme.Cette toute petite histoire dbute dans un bar dune petite ville du nord de lItalie dmontre le fabuleux instrument dmancipa-tion que reprsente la conjugaison de louverture du logiciel (et du hardware ) avec le dveloppement dInternet. Du Fablab de Lucerne [15], au futur Fablab de Neuchtel [16], en passant par les Hackerspaces de Lausanne ou de Genve, vous aurez toujours les moyens de donner jour vos ides. Lre numrique dans laquelle nous sommes a ses maux terriants, elle a aussi ses remdes miraculeux.

lArduino luvre

Rfrences

Larticle comporte de nombreuses rfrences qui vous conduiront en trouver bien dautres[1] arsindustrialis.org[2] fr.wikipedia.org/wiki/La_Cathdrale_et_le_Bazar[3] massimobanzi.com[4] processing.org[5] asinformatique.ep.ch/spip.php?article2483[6] arduino.cc/en/Main/Software[7] thingm.com/products/blinkm[8] fr.wikipedia.org/wiki/Jean-Daniel_Nicoud[9] makezine.com/[10] shop.snootlab.com/[11] arduino.cc/[12] www.ppur.org/livres/978-2-88074-942-2.html[13] en.wikipedia.org/wiki/Open_hardware[14] fr.wikipedia.otg/wiki/Matriel_libre[15] luzern.fablab.ch/[16] www.fablab-neuch.ch/

Jen ajoute encore deux concernant un sujet dont je nai pas parl, la liaison entre un circuit Arduino et un smartphone Android z wiki.processing.org/w/Androidz www.amarino-toolkit.net/

Article du FI-EPFL 2012 sous licence CC BY-SA 3.0 / R. Timsit

Arduino, lautre circuit


The hosting of virtual machines at the EPFL, this is a private cloud that goes largely unnoticed by the me-dia. Its 5th birthday deserves a celebrating article.

Le service dhbergement de machines virtuelles de lEPFL, voil un cloud priv qui ne fait pas de bruit mdiatique, son premier quinquennat mritait bien un article pour fter cet anniversaire.

Introduction

Les avantages de la virtualisation sont nombreux, citons-en seu-lement trois qui nous semblent les plus signicatifs: elle permet damliorer lefcacit nergtique [1] en consolidant les ins-tances de diffrents systmes dexploitation sur une mme ma-chine. Elle permet de gagner en exibilit et en dynamique dans la gestion des ressources IT en disposant rapidement de machines, les modiant selon les besoins et les rendant lorsquelles ne sont plus utilises.Dans cet article nous reviendrons sur lhistorique du projet de mise en production de ce service et nous verrons quelles volutions ont t apportes depuis son lancement. Ensuite nous prsenterons quelques statistiques dutilisation. Enn nous terminerons par quelques perspectives davenir.

Historique du projet (2006-2007)

Ds 2004, linitiative du directeur du DIT, un groupe de rexion a t mis sur pied pour se pencher sur la question de la virtualisa-tion lEPFL. Fin 2005, les conclusions de ltude mene avec un consultant ont conduit au lancement dun projet de mise dispo-sition dun service dhbergement de machines virtuelles.Une tude approfondie a t ralise dans la deuxime moiti de 2006. Elle a permis de dnir plus prcisment le nombre et le type de machines virtuelles supporter, le choix technique de lhyperviseur (Xen, VMWare ou Microsoft ) et nalement lanalyse des cots et la rentabilit de la solution propose. Au printemps 2007 un pilote a t ralis au DIT. la n de lt, tous les voyants tant au vert, le service fut ouvert pour toute lcole [2].Le service tait compos dun site Web (myvm.ep.ch) qui offrait aux utilisateurs la possibilit de demander des machines virtuelles (Windows ou Linux), de les modier et de les supprimer. La ma-chine virtuelle de base propose tait compose dun CPU 64 bits, de 2 GB de RAM, de 36 GB de disque et dune carte rseau, avec systme dexploitation install ou non selon la volont de lutili-sateur.

Des objectifs annuels de abilit et disponibilit ont t xs: un maximum de deux pannes et un total de cinq heures dinterrup-tion de service, soit plus de 99.94% de disponibilit. Ces objectifs ont toujours t dpasss ! Aujourdhui il est possible davoir jusqu 4 CPU, 32 GB de RAM et quelques centaines de GB de disque avec bien sr toutes les combinaisons possibles des ressources.Les ressources demandes sont garanties, contrairement au cloud public qui, pour dvidentes raisons nancires, partage au maximum les ressources physiques entre les machines virtuelles !Comme laugmentation des ressources ne prend que quelques mi-nutes, il est bien sr recommand de commencer avec la machine la plus petite possible et daugmenter les ressources en fonction des besoins: des statistiques dtailles des ressources consom-mes par les machines sont disponibles en temps rel pour les utilisateurs. Lutilisateur a aussi accs une console, bien utile en cas de plantage de lOS de la machine virtuelle.

volutions techniques (2007-2012)

En 2007, les machines virtuelles fonctionnaient avec la version 3 de lhyperviseur de VMWare ESX. Les serveurs pour lhyperviseur taient des Dell PE6950 quadri processeur bi-cores AMD 64 bits avec 32 GB de mmoire vive, 6 connexions pour rseau IP 1Gbps et deux connexions bre & 2Gbps pour le rseau de stockage. Les disques des machines virtuelles taient stocks sur une baie EMC.Depuis son ouverture en 2007, tous les composants de linfrastruc-ture sous-jacente ont volu librement et chacun leur propre rythme de manire quasi-transparente pour les utilisateurs.Les quatre gnrations de serveurs qui se sont succdes (PE6950, R805 et R805_2, R715) ont permis de passer de onze machines virtuelles par serveur trente-six aujourdhui !Les huit connexions IP et bre ont t remplaces par deux connexions FCoE & 10GBps. La baie de stockage utilise au-jourdhui des disques SSD & et des disques SAS &.Ces volutions ont permis daugmenter les performances, de r-duire le nombre de serveurs physiques et de faire rgulirement baisser le cot de la machine virtuelle depuis 2007 un rythme lgrement suprieur celui de la loi de Moore, loi qui divisant par deux le prix tous les 18 mois sur 5 ans donnerait un ratio de 3.33 alors que nous sommes 3.81 ! Le service offert sest aussi enrichi avec, entre autres, la possibilit de faire une image (snaps-hot) de la machine virtuelle un instant prcis.Initialement uniquement hberge dans la salle informatique du btiment MA, linfrastructure sest tendue la salle informatique du btiment INJ. Ce qui permet aux utilisateurs dont le service supporte un fonctionnement sur plusieurs machines de les rpar-tir sur les deux sites et dobtenir ainsi un haut niveau de rsistance aux sinistres.

Cloud priv de lEPFL, bilan et [email protected], EPFL Domaine IT, chef du groupe Exploitation

votre service

171727 MARS 2012 - N3

Statistiques dutilisation du service (2007-2012)

Le service a connu pendant les quatre premires annes une crois-sance trs forte, elle sest cependant considrablement inchie en 2011. La virtualisation des machines physiques vieillissantes doit tre presque termine et on rentre maintenant dans une croissance organique normale, mais quand mme avec un taux de 17% en 2011 ! Sur lensemble des machines 6% ont 4 vCPU, 29% 2 vCPU et 65% 1 vCPU. La machine virtuelle moyenne dispose de 1631 MHz de frquence processeur, 2748 GB de mmoire et 17 GB de disque.55% des systmes dexploitation sont sous Linux et 45% sous Windows. 72% sont en 64 bits et 28% en 32 bits. 51% des Win-dows sont encore en 32 bits alors que seulement 14% des Linux le sont. 56% de la puissance CPU totale est alloue aux machines Windows et 44% aux machines Linux. 49% de la mmoire totale est alloue aux machines Windows et 51% aux machines Linux.62% de lespace disque est allou aux machines Windows et 38% aux machines Linux. 99 machines virtuelles (21% du total) ont t sauvegardes par le service de sauvegarde centralis Veritas Net-backup, dont 57% de Windows et 43% de Linux. En 2011, 108 TB ont t sauvegards et le temps de sauvegarde journalier est en moyenne de 20 minutes par machine. Les machines Windows re-prsentent 77% du volume sauvegard pour 87% du temps total contre 33% du volume et 13% du temps pour les machines Linux.

Ubuntu, 1%Solaris, 1 %

Suse, 6 %

Other, 1%Debian, 1%

Fedora, 6%

CentOS9%

RedHat

75%

Pourcentage dOS Linux par distribution

200847 %

200338%

XP, 7%

Vista, 2%

Seven, 4%2000, 2%

Pourcentage dOS Windows par distribution

500

400

300

200

100

02007 2008 2009 2010 2011

52

140

283

410

481

Nombre de machines virtuelles

La courbe ci-dessus ne donne malheureusement quune image ge en n danne du nombre de machines virtuelles actives. Ainsi on pourrait croire quen 2011 il ny a eu que 71 demandes de nouvelles machines alors quen fait cest plus de 300 demandes qui ont t traites. Le graphique ci-dessous montre la rpartition des diffrents pro-cessus du service depuis 2007. Le processus de snapshot a t ajout en 2009 (il reprsente 10% des processus en 2011). En 2011 les trois principaux processus sont les crations (39%), les modications (28%) et les suppressions (16%).Nous garantissons que pour fournir une machine virtuelle stan-dard avec ou sans OS, il ne scoulera en moyenne pas plus de 3 jours, en 2011 la moyenne est de 1,92 jour.Pour les demandes spciques, aucune limite de temps nest pr-vue, pour 2011 ces machines, qui ncessitent des changes entre utilisateurs et administrateurs du service, ont t fournies en moyenne en 2.27 jours.

Cloud priv de lEPFL, bilan et perspectives

0

50

100

150

200

250

300

350

400

2007 2008 2009 2010 2011

cration

modification

modlisation

snapshot

supression

clonage3

90

41003

10

134

4

33

0

41

6

221

6

71

3

83

11

144

13

59

13

86

5

122

14

87

32

51

supression snapshot modification modlisation cration clonage

cration

modification

modlisation

snapshot

supression

clonageclonage

cration

cration

cration

modification

modification

supression

supression

Rpartition des processus du service


Les facults disposent dun quota annuel de machines virtuelles. Dans le cas o elles souhaiteraient plus de ressources, il est pos-sible den acheter un tarif convenu en dbut danne.Le graphique ci-dessous montre le nombre de machines virtuelles par facult dbut 2012.Depuis 2007, 199 machines virtuelles ont t cres puis suppri-mes, la dure de vie moyenne de ces machines est de 212 jours. 50% des machines ont eu une dure de vie suprieure 385 jours.

50

40

30

20

10

03 6 9 12 15 18 21 24 27 30 33 36 39 42 45 48

26

44

18

9

57

14

3 4 3 3 3 46

22 1

Dure de vie en mois des machines virtuelles

ENAC IC SB STI SV CDM

25

20

15

10

5

0

23

19

26

14

11

0

Nombre de machines virtuelles par facult au 09 fv. 2012

La rpartition globale du nombre de machines est de 27 % pour les facults et 73% pour les vice-prsidences et le support des services destination de lcole (VP-SC). Le graphique ci-aprs en montre la rpartition dbut 2012.

VP-SC73%

ENAC7%

IC5%

SB8%

STI, 7%

SV, 4%

CDM, 0%

Rpartition du nombre de machines virtuelles au 09 fv. 2012

Et pour la suite ?

Du ct de linfrastructure, le site Web utilisateur est en cours de re-dveloppement. La nouvelle version protera du travail dj ralis pour les sites mynas, sanas et backup. La nouvelle version devrait tre en production au dbut de lt, une prsentation sera organise avant le passage en production.La technologie FCoE dj prsente en MA sera dploye au prin-temps dans le nouveau centre informatique en INJ.Lhyperviseur sera mis jour au printemps pour la version la plus rcente (vSphere 5). Cette version repousse les limites dune ma-chine virtuelle 32 vCPU, 1 TB de RAM et presque 2TB par disque virtuel ! Pour plus de dtail, voir [3].Nous avons, pendant lt 2011, compar les caractristiques et le prix du cloud priv de lEPFL aux offres du cloud public Amazon. Les rsultats ont montr qu caractristiques identiques et pour une utilisation permanente pendant un an, le prix dune machine virtuelle chez Amazon tait 30% plus cher que celui dune ma-chine hberge dans notre cloud priv ! Pour le calcul scientique hautes performances, actuellement point de salut dans le cloud public non plus [4].Cependant dans le cadre de dploiements massifs, mais de courte dure, lutilisation de ressources externes pourrait tre utile. Nous allons donc tudier la faisabilit technique dun Hybrid-Cloud:


GLOSSAIRE &connexion fibre: au sens Fiber Channel

- Fibre Channel est un protocole dfini par la norme ANSI X3T1 permettant une connexion haut dbit (de lordre du gigabit, fr.wikipedia.org/wiki/Gigabit, par seconde) entre un ordinateur et son systme de stockage ou dautre type de priphrique. Il garantit larrive des donnes, il permet de crer un rseau pouvant transporter plusieurs protocoles de faon native comme lIP (Internet Protocol) et il offre la possibilit dun mode canal utilis pour transporter le protocole SCSI dans le cas des SAN. Il a t conu lorigine pour les superordi-nateurs , mais il est maintenant devenu

le protocole standard des SAN. Pour plus de dtails: /fr.wikipedia.org/wiki/Fibre_Channel.

connexion fibre: au sens mdia de transport une fibre optique est un fil en verre ou en plastique trs fin qui a la proprit dtre un conducteur de la lumire et sert dans la transmission de donnes. Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/Fibre_optique.

FCoE (Fibre Channel over Ethernet): technique de rseau de stockage SAN consistant faire passer les trames du protocole Fibre Channel sur un rseau Ethernet. La norme FCoE a t publie en juin 2002. Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/FCoE.

SAS (Serial Attached SCSI): technique din-terface pour disques durs, elle constitue une volution des bus SCSI en termes de performances, et apporte le mode de transmission en srie de linterface SATA. Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/Serial_Attached_SCSI.

SSD (solid-state drive): matriel infor-matique permettant le stockage de donnes, constitu de mmoire flash. Le terme anglais solid-state signifie que ce matriel est constitu de mmoires semi-conducteurs ltat solide par opposition aux disques durs (HDD). Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/Solid-state_drive.

191927 MARS 2012 - N3

cest--dire la possibilit de dployer dans un cloud public de nouvelles machines en plus de celles dj existantes dans notre cloud priv et ce si possible de manire transparente pour luti-lisateur.

Conclusion

Pour conclure cet article je souhaiterais simplement remercier tous les collaborateurs du groupe exploitation du DIT qui ont par-ticip la mise en place de ce service, le font vivre au jour le jour et voluer, pour la plus grande satisfaction de ses utilisateurs. En commenant par son responsable Jean-Claude De Giorgi, puis par ordre alphabtique: Patrice Beaud, Lucien Chaboudez, ric Krejci, Julia Paolini et Alexandre Van Meteren.Jencourage aussi tous les utilisateurs de machines virtuelles tmoigner auprs de leur collgues du temps quils ont gagn en ne soccupant plus dinstaller, de maintenir et de remplacer des machines physiques.


lundi 23 avril 2012 14h-17hsalle de confrences du DIT (MA A0 364)

accueil ds 13h45 Prsentation de Maple (30 min)

z Ecriture naturelle et intuitive dexpressions analytiquesz Manipulations et rsolutions symboliques de problmes ma-

thmatiquesz Calcul numrique utilisant les nombreuses bibliothques int-

gres Maplez Visualisation avancez Cration de documents techniques interactifs et connectivit

avec des programmes externes. Les nouveauts de Maple 15/16 (30 min)

z Calcul interactifz Calcul parallle et performances amlioresz Tracs graphiques intelligentsz Gestionnaire de variablesz Nouveaux algorithmes de calcul pour les quations diffren-

tielles, loptimisation, la gomtrie diffrentielle, les matrices creuses,

z Nouvelles applications mathmatiques interactivesz Nouveaux outils de connectivitz iPad Player.

Et noubliez pas, si vous avez des questions sur le service de vir-tualisation, vous pouvez contacter les administrateurs ladresse [email protected], ils se feront un plaisir de vous renseigner.

Rfrences

[1] Prenne-IT, La virtualisation aide-t-elle la rduction du r-chauffement climatique ?. FI SP/08. ashinformatique.ep.ch/spip.php?article1516

[2] Virtualisation (2me partie). FI 6/07. ashinformatique.ep.ch/spip.php?article1298

[3] Conguration maximums for VMWare vSphere 5.0, www.vmware.com/pdf/vsphere5/r50/vsphere-50-conguration-maximums.pdf

[4] HPC dans le Cloud. FI 7/11. ashinformatique.ep.ch/spip.php? article2464 n

Agenda

Prsentation des logiciels MaplesoftNicolas Cottereau, [email protected]

Prsentation de MapleSim (1h00)

z Construction dun modle physique multi-domaine et simula-tion

z Gnration automatique des quations du modle et exporta-tion dans Maple

z Construction dun bloc utilisateur partir dun jeu dquations sous Maple

z Analyse du systme sous Maple: temporelle, frquentielle, sensibilit,

z Connecteurs permettant dexporter les modles vers dautres environnements

Prsentation de MapleTA, outil densei-gnement et dexamen en ligne (45 min)

z Structure de MapleTA et principe de fonctionnementz Cration de questions utilisant le moteur de calcul Maplez Cration dexamens avec notation automatique par Maplez Gestion des rsultats avec le carnet de notes.

Pour vous inscrire, allez sur www.maplesoft.com/lausanne et parti-cipez ainsi au tirage au sort pour gagner un cadeau Maplesoft. n


The new version of the EPFL directory recently up-dated offers a unied vision of ofcial and personal (aka people pages) information.Set up according to web2010 graphical chart your prole management provides updated and new functions. Get a glimpse here below or explore your personal proles on people.ep.ch.

La nouvelle version de lannuaire mise en produc-tion le 22 fvrier permet deffectuer des recherches sur des personnes et des units de lEPFL. Offrant une prsentation conforme la charte graphique Web2010, le nouvel annuaire intgre dsormais lapplication people, utilise pour afcher les infor-mations sur une personne particulire. Il offre une nouvelle prsentation des informations et propose de nouvelles fonctionnalits.

Nouveauts pour la recherche dune per-sonne ou dune unit

Parmi les changements majeurs, par rapport la version prc-dente mentionnons: Recherche plus pertinente: lannuaire utilise les techniques de

recherche oue, bases sur la similarit phontique, et les sug-gestions la Google, issues de pages Web les plus populaires.

Suggestions de noms de famille lors de la recherche de per-sonnes. partir de la troisime lettre saisie dans le champ de recherche, lannuaire propose une liste droulante de suggestions corres-pondant au terme de recherche. Cette fonctionnalit est pour le moment prsente sur search.ep.ch, nous loffri-rons comme composant du bandeau de lEPFL, utilisable donc dans les sites Web de lcole.

Recherche disponible travers des webservices ouverts aux applications tierces

Pagination de rsultats de recherche facilitant lutilisation de lannuaire et amliorant la lisibilit.

Nouveauts pour le profil dune personne

La recherche dune personne dans lannuaire nouvelle mouture aboutit sur une page contact qui prsente la ou les fonctions prin-cipales souhaites par la personne. Exemple, une personne qui est la fois professeur ordinaire, doyen, et responsable de quelques associations et qui dsire mettre en avant sa fonction de professeur peut masquer et/ou rordonner sur cette premire page les autres accrditations moins reprsentatives de son activit lEPFL.

Important: cette page est sous la responsabilit de chaque personne pour rendre accessibles les principales informations de contact.

En suivant le lien Liste complte des adresses et fonctions , on retrouve toutes les accrditations actives dans lordre ofciel. Depuis cette page, il est aussi possible daccder linterface de mise jour offerte par lapplication prestations de base [1].En haut de la page, le bandeau menu rouge donne accs aux in-formations ofcielles et personnelles travers des onglets:z Contactz Biographie & travail en coursz Recherchez Publicationsz Enseignement et PhD.Depuis la page Contact (qui est une page personnelle) on arrive sur la page des fonctions (accrditations) qui correspond lan-cienne version de lannuaire.La page Enseignement contient les informations respectives pour les personnes ayant une activit denseignement enregistre

votre service

Un nouvel annuaire des [email protected] & [email protected], EPFL, dveloppeurs Web au Domaine IT

212127 MARS 2012 - N3

Un nouvel annuaire des personnes

dans le service IS Academia (ISA). Les demandes de mise jour de ces informations doivent tre soumises au support ISA ([email protected]).Les pages Biographie, Recherche et Publications sont dis-ponibles seulement pour les personnes ayant, au sens de laccr-ditation, le statut personnel ou tudiant ou avec une fonction de type professeur, hte acadmique, doctorant, matre densei-gnement ou charg de cours; ces pages reprennent plus ou moins les informations de lancien people.Pour la mise jour de ces informations il faut suivre le lien Login en bas, droite de la page daccueil et effectuer lauthentication Tequila/Gaspar.Parmi les fonctions nouvelles disponibles en mode dition:z accs au contenu en franais ou anglais des onglets;z des botes au contenu libre (HTML);z extraction des publications des donnes Infoscience [2] ou

gestion de donnes de publications locales people; z gestion des photos externes avec recadrage possible (format

3x4 portrait);z page de Recherche avec des botes au contenu libre pour

parler de vos travaux.

Vous avez tout moment la possibilit de consulter la prsenta-tion des pages en cliquant sur Aperu.Si vous avez des donnes spciques qui nont pas t impor-tes dans la nouvelle version, vous pouvez les reprendre avec le lien Importer lancien prol. Bien videmment, les donnes en cours seront crases par le contenu de limportation.Pour ce qui est de la visibilit de votre photo, vous pouvez contr-ler de manire indpendante lafchage:z sur la page annuaire etz dans les listes de personnes des units.La mise jour de toutes ces informations est personnelle ou sous le contrle des personnes qui ont le droit accred gestionprols.

Une dernire prcision sur la notion de prol par dfaut: people@ep vous permet de grer le contenu personnel dans les deux lan-gues ofcielles de lEPFL: franais et anglais. Sans dnir un prol par dfaut, le contenu est donn selon la langue du navigateur de la personne qui consulte la page ou selon la valeur du paramtre lang de ladresse Web de la page.Si vous dnissez un prol par dfaut, cest son contenu qui sera prsent dans tous les cas.Vous trouverez plus de dtails propos de people@ep sur la page daide en ligne: help-people.ep.ch/.

Rfrences

[1] accred.ep.ch/prestations[2] help-infoscience.ep.ch/gerer-les-publications/people n

Le but de ce projet est de donner chaque colla-borateur la possibilit de grer une carte de visite professionnelle personnalise dans le cadre de ses activits lEPFL.Pour le confort de linternaute, nous avons favo-ris la cohrence entre chaque prsentation indi-viduelle en employant une mise en page, une na-vigation et des libells communs, tout en plaant tant que se peut les informations administratives au second plan. Mme sil reste possible de se limiter une infor-mation minimum, enrichir son prol garantit une image publique matrise, soigne et crdible.


EPFL ME is an off-shore branch of EPFL in the Middle-East. Being 5000 Km away from Lausanne creates new challenges. In this article, we describe these challenges and we explain the measures we have taken to solve them.

LEPFL Middle East (www.ep.ae) est un centre de re-cherches de lEPFL. Son loignement gographique Ras al-Khaimah impose un nouveau modle pour rpondre des besoins spciques. Dans cet article nous allons dvelopper cette particularit.

Vision, rflexion et stratgie

Intgration dans lEPFLLEPFL ME prvoit de nombreux changes de personnel acad-mique avec lEPFL; les tudiants Master voyageront plusieurs re-prises entre les deux campus, ainsi que les professeurs et les doc-torants. Le Blended Learning & aura lieu pour les programmes Master et PhD. En outre, les chercheurs de lEPFL ME auront besoin des ressources informatiques du campus lausannois. Pour rendre possible cet change, linfrastructure RAK doit tre bien int-gre dans celle de Lausanne. Nous lavons donc conue comme une extension de celle de Lausanne pour permettre une transition transparente entre les deux campus: les utilisateurs de Lausanne viennent RAK et bncient du mme rseau sans l ep, ce qui leur permet de continuer leur travail comme sils taient sur le campus lausannois. De plus, les mmes cartes Camipro sont utili-ses dans les deux campus.Une forte coordination entre le DIT de Lausanne et le dpartement IT de RAK est mise en place pour garantir lintgration des nou-veaux services en maintenant le standard suisse dans le cam-pus de RAK malgr les milliers de kilomtres qui le sparent de Lausanne.

emplacement de nos locaux provisoires RAK

Intgration aux miratsLEPFL ME tout comme lEPFL Ecublens tablit des collaborations nationales (au niveau des mirats) ainsi quinternationales. Le rle de dpartement IT est de prparer linfrastructure de communica-tion ncessaire pour faciliter ce genre de collaborations. Dans ce cadre, plusieurs initiatives ont t prises:Connexion physique: lEPFL ME est connecte Ankabut, le

NREN (National Research and Education Network) local. Quand cette connexion sera active (dans deux mois environ), lEPFL ME fera partie du rseau de la communaut acad-mique nationale et internationale.

Communaut IT locale: le dpartement IT est un membre actif dans la communaut IT locale. Il fait partie du Higher Edu-cation CIO Council, ce qui lui permet douvrir avec les autres entits IT des canaux de communication et dvelopper avec elles les outils collaboratifs ncessaires. En plus, il participe aux vnements IT rgionaux o il reprsente lEPFL ME.

Promouvoir la technologie suisse: ceci se manifeste par des prsentations qui ont eu lieu au sein des runions rgionales. Cet effort a t couronn par linvitation de Dr Constentin Toenz (Directeur gnral adjoint de SWITCH) pour donner une prsentation sur Federated Identity lors du Ankabut UsersMeeting le 12 janvier 2012.

Infrastructure simple grerLEPFL et lEPFL ME partagent pratiquement les mmes besoins IT avec la diffrence que les utilisateurs de lEPFL ME ne dpassent pas 5% de ceux du campus lausannois. Do la ncessit davoir une infrastructure qui dlivre tous les services requis, compacte et simple grer pour convenir la petite taille du campus de RAK. Plusieurs dcisions ont t prises dans cette direction:Plate-forme homogne: pour simplier la gestion de linfras-

tructure, nous avons adopt uniquement les produits Micro-soft pour nos serveurs tant quils arrivent dlivrer la per-formance requise. Lavantage de ce choix est que Microsoft est compatible avec les systmes dexploitation Windows de la majorit des utilisateurs. Ces produits sont maintenus rgulirement et automatiquement par Microsoft travers des patchs. En outre, avec Microsoft nous nous limitons aux produits standards et user friendly, et nous vitons ainsi tout dveloppement trop lourd vu la petite taille de lEPFL ME.

Choix de matriel: comme vous le verrez dans les spcications techniques, notre matriel est choisi dune manire dlivrer une infrastructure compacte tout en assurant exibilit et efcacit.

One-Stop Shop: vu notre petite taille, le dpartement IT est de-venu un one-stop shop pour assurer une gestion efcace de linfrastructure et des ressources. Il regroupe tous les services lis lIT, y compris les parties serveurs, rseaux, impressions,

Ras al-Khaimah Ecublenssi loin et si [email protected], EPFL Middle East Ras al-Khaimah - directeur de IT-Administration

votre service

232327 MARS 2012 - N3

tlphonie IP, audiovisuel et linfrastructure pour le contrle daccs. Ceci permet un changement et/ou une implmenta-tion plus rapide des solutions potentielles, assure une compa-tibilit entre les diffrents services et linfrastructure IT ainsi quune meilleure conformit avec les stratgies de lEPFL ME.

AutonomieUne infrastructure intgre la fois avec celle de Lausanne et localement avec celle des mirats facilite linteraction de lEPFL ME avec son environnement. Mais cette intgration nimplique jamais la dpendance. Notre infrastructure est autonome et gre localement avec des expertises que nous dveloppons progressi-vement RAK; si le VPN entre Lausanne et RAK tombe pour une raison quelconque, notre infrastructure continue fonctionner. Si la connexion vers Ankabut (NREN local) est coupe, on prote de notre connexion vers lEPFL pour accder travers SWITCH (NREN Suisse) aux rseaux acadmiques internationaux.

Proter des contrats-cadres cause de sa petite taille, lEPFL ME na aucune marge de ngo-ciation pour les achats informatiques. Elle narrive mme pas attirer les grands revendeurs de la rgion, qui seuls seraient ca-pables doffrir des contrats de support dune qualit acceptable. Pour surmonter ce problme, nous avons ouvert des canaux de communication vers les grands acteurs informatiques de la rgion par le truchement de Lausanne en protant du poids de lEPFL en Europe et des contrats-cadres quelle possde avec des entreprises comme Cisco, DELL et HP. Dans la plupart des cas, nous avons russi obtenir le prix EPFL et proter dun niveau de support acceptable.

Spcifications techniques

Infrastructure temporaire

LEPFL ME a dbut avec neuf personnes pour mettre en place linfrastructure de base pour accueillir le personnel acadmique. Pour rpondre ses besoins informatiques immdiats, une petite infrastructure IT temporaire a t mise en place comprenant:z un accs internet ADSL 100 Mbps;z un serveur de chier 1TB RAID1;z un UPS pour le serveur pour assurer un graceful shutdown en

cas de panne dlectricit, ce qui arrive souvent RAK;z un serveur dimpression;z un accs FTPs distant, utilis en particulier par la

Flash informatique 2012 - no 3

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