DOCKING MOL EC ULAR ANTI ATEROSKLEROSIS … Awal.pdf · Invasi : proses masuk nya senyawa asing ke...
Transcript of DOCKING MOL EC ULAR ANTI ATEROSKLEROSIS … Awal.pdf · Invasi : proses masuk nya senyawa asing ke...
DOCKING MOLECULAR ANTI ATEROSKLEROSIS
ANDROGRAFOLID DARI SAMBILOTO
(ANDROGRAPHIS PANICULATA (BURM.F) NESS)
SECARA IN SILICO
SKRIPSI
PUTU EKA AYU SUNARIYANI
1108505046
JURUSAN FARMASI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS UDAYANA
2015
Lembar Pengesahan
D O CKING MOLE CITLA.N ANTI ATEROSKLEROSIS
ANDROGRAFOLID DARI SAMBILOTO(AND RO G RA PH I S PANI CULATA (BURM.tr') NESS)
SECARA IN SILrcO
SKRIPSIskripsi ini diaiukansebagai syarat untuk mcmperoleh gelar sarjana farmasi (S. Farm)di Jurusan Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu rerg"6uoa, Atam universitas udayana
Oleh
PUTU EKA AYU SUNARIYAM
1108505046
Menyetujui:
Jurusan Farmasi
ll
NIP. 1 98302 ,320A6A 420A2
Pembimbing II
NrP. 198509012008122003
IImu Pengetahuan Alam
F[rP. I 9680 420199 402fi01
iii
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadapan Tuhan Yang Maha Esa, Ida Sang
Hyang Widhi Wasa, karena berkat rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan
Skripsi yang berjudul “DOCKING MOLECULAR ANTI ATEROSKLEROSIS
ANDROGRAFOLID DARI SAMBILOTO (ANDROGRAPHIS
PANICULATA (BURM. F) NESS) SECARA IN SILICO”. Skripsi ini diajukan
sebagai syarat untuk memperoleh gelar sarjana farmasi (S. Farm) di Jurusan
Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana.
Penulisan Skripsi ini tentunya tidak terlepas dari dukungan dan bantuan
berbagai pihak, baik secara langsung maupun tidak langsung. Oleh karena itu,
penulis ingin menyampaikan rasa terima kasih kepada:
1. Tuhan Yang Maha Esa atas segala kekuatan yang diberikan sehingga penulis
dapat menyelesaikan penyusunan Skripsi ini.
2. Ir. A. A. Gde Raka Dalem, M.Sc (Hons), selaku Dekan Fakultas Matematika
dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana.
3. Dr. rer. nat. I Made Agus Gelgel Wirasuta, M.Si., Apt., selaku Ketua Jurusan
Farmasi Fakultas MIPA Universitas Udayana.
4. Ni Made Pitri Susanti, S. Farm., M. Si., Apt., selaku dosen pembimbing I
yang telah membantu dalam membimbing serta tak hentinya memberikan
semangat dan dukungan hingga akhir penyusunan Skripsi ini.
5. Ni Putu Linda Laksmiani, S. Farm., MSc., Apt., selaku dosen pembimbing II
yang juga telah membimbing demi kelancaran penyusunan Skripsi ini.
iv
6. Seluruh dosen pengajar beserta staf/pegawai di Jurusan Farmasi Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana yang telah
membantu penulis, terutama para staf yang telah membantu dalam hal
pengurusan surat dan kelengkapan administratif lainnya.
7. Kedua orang tua penulis, I Made Dosen dan Ni Ayu Artini yang tak pernah
henti memberikan dukungan, doa dan semangat.
8. Saudara penulis (I Made Agus Ari Dwipayana) beserta keluarga besar,
sahabat (Dewinta, Mentari, Inten, Krisna, Riani, Maitri, Yuni), dan kekasih
(Edik Mertayasa) tersayang yang selalu mendukung dan memberikan
semangat bagi penulis.
9. Tim Analisis Forensik Dayu Chandra, Krisnantara, Waisnawa, Yuni, Yogi,
Evi, Risma, Suparwata dan Ratu yang telah menjadi teman diskusi dan
berbagi suka duka selama pembuatan Skripsi.
10. Teman-teman mahasiswa Jurusan Farmasi Fakultas MIPA Universitas
Udayana, khususnya Lumiere Onze Vauquelin yang telah berjuang bersama
penulis.
11. Semua pihak yang tidak bisa penulis sebutkan satu per satu.
Penulis sepenuhnya menyadari bahwa penulisan Skripsi ini masih jauh dari
kesempurnaan. Untuk itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang bersifat
membangun dari semua pihak demi karya yang lebih baik di masa yang akan
datang. Semoga Skripsi ini dapat bermanfaat bagi semua pihak.
Bukit - Jimbaran, Juni 2015
Penulis
v
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL................................................................................. i
LEMBAR PENGESAHAN.............................................................. ii
KATA PENGANTAR............................................................................... iii
DAFTAR ISI............................................................................................. v
DAFTAR SINGKATAN........................................................................... viii
DAFTAR ISTILAH................................................................................... x
DAFTAR TABEL..................................................................................... xiii
DAFTAR GAMBAR................................................................................. xiv
DAFTAR LAMPIRAN............................................................................. xv
ABSTRAK................................................................................................. xvi
ABSTRACT............................................................................................. . xvii
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang.................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah........................................................ 5
1.3 Tujuan Penelitian................................................................ 5
1.4 Manfaat Penelitian.............................................................. 5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Aterosklerosis...................................................................... 6
2.1.1 Jalur MAPK (mitogen-activated potein kinase)........ 8
2.1.2 Jalur NF-κß (nuclear factor-kappa-Beta)................ 9
vi
2.2 Sambiloto........................................................................... 11
2.3 Andrografolid..................................................................... 11
2.4 Docking Molecular............................................................ 13
BAB III METODE PENELITIAN
3.1 Rancangan Penelitian.......................................................... 15
3.2 Lokasi dan Waktu Penelitian.............................................. 15
3.3 Bahan Penelitian.................................................................. 16
3.4 Alat Penelitian..................................................................... 16
3.5 Prosedur Penelitian............................................................. 16
3.5.1 Preparasi Protein....................................................... 17
3.5.2 Optimasi Andrgrafolid 3D........................................ 17
3.5.3 Validasi Metode Docking Molecular........................ 18
3.5.4 Docking Andrografolid pada ERK1, ERK2, JNK1,
JNK2, p38MAPK dan IκK..................................... 18
3.5.5 Analisis Data............................................................. 18
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Preparasi protein.......................................................... 20
4.2 Validasi Metode Docking Molecular.................................. 22
4.3 Optimasi Struktur 3D Andrografolid.................................. 27
4.4 Docking Andrografolid pada ERK1, ERK2, JNK1,
JNK2, p38MAPK dan IκK............................................. 29
4.5 Analisis Data....................................................................... 31
BAB IV KESIMPULAN DAN SARAN
vii
5.1 Kesimpulan......................................................................... 39
5.2 Saran.................................................................................... 39
DAFTAR PUSTAKA................................................................................ 40
LAMPIRAN.............................................................................................. 45
viii
DAFTAR SINGKATAN
AP-1 : Apoprotein-1
ATF-2 : Activating Transcription Factor 2
ECs : Endothel cells
ERK : Extracellular signal-regulated kinase
FC : Free cholesterol
GLUT-4 : Glukosa transporter-4
ICAM-1 : Intercellular Adhesion Molecule 1
Iκß : I Kappa Beta
IκK : I Kappa Kinase
IL-1 : Interleukin 1
IL-1α : Interleukin 1 alpha
IL-1ß : Interleukin 1 beta
IL-1ra : Interleukin-1 receptor antagonist
IL-6 : Interleukin 6
IL-12 : Interleukin 12
IL-18 : Interleukin 18
INF/IFN-γ : Interferon gamma
JNK : Jun N-terminal kinase
κß : Kappa Beta
LDL : Low density lipoprotein
MAPK : Mitogen-activated protein kinase
ix
MKK3/4/6/7 : MAP kinase kinase 3/4/6/7
NF- κß : Nuclear factor-kappa-Beta
NO : Nitrat Oksida
SBDD : Structure-based drug design
STZ : Streptosotozin
TGF-ß : Transforming Growth Factors- Beta
TNF-a : Tumor Necrosis Factor-alpha
VCAM-1 : Vascular cell adhesion molecule-1
x
DAFTAR ISTILAH
Afinitas : kecenderungan suatu unsur atau senyawa untuk membentuk
ikatan kimia dengan unsur atau senyawa lain
Agen infeksi : organisme hidup atau pertikel yang menyebabkan penyakit
menular
Agregrasi : berkumpulnya atau bergabungnya bagian-bagian yang terpisah
Apoptosis : suatu bentuk kematian sel yang diprogram dalam urutan
kejadian yang mengarah pada penghapusan sel tanpa
melepaskan zat berbahaya ke daerah sekitarnya
Diferensiasi : suatu perubahan sel dimana sel yang telah mencapai volume
pertumbuhan akhir menjadi terspesialisasi sesuai fungsinya
menghasilkan jenis jaringan, organ atau organisme baru
Docking : metode yang dapat memprediksi interaksi antar molekul
Edema : pembengkakan yang disebabkan oleh terkumpulnya cairan -
cairan berlebihan yang terperangkap pada jaringan tubuh
Fosfo akseptor : penerima gugus fosfat pada fosforilasi
Fosforilasi : penambahan gugus fosfat pada suatu protein atau molekul
organik lain
Hiperglikemia : keadaan dimana kadar gula dalam darah lebih tinggi dari nilai
normal
Hipertensi : keadaan seseorang apabila mempunyai tekanan sistolik sama
dengan atau lebih tinggi dari 140 mmHg dan tekanan diastolik
xi
sama dengan atau lebih tinggi dari 90 mmHg secara konsisten
dalam beberapa waktu
Homosistein : asam amino (bagian terkecil dari protein) yang merupakan
produk antara dalam siklus metionin menjadi sistein
Homeostasis : suatu kondisi keseimbangan internal yang ideal, di mana semua
sistem tubuh bekerja dan berinteraksi dalam cara yang tepat
untuk memenuhi semua kebutuhan dari tubuh
Inflamasi : peradangan
In silico : pemodelan virtual komputer
Intraperitoneal : injeksi suatu zat ke dalam peritoneum (rongga tubuh)
Invasi : proses masuknya senyawa asing ke dalam sel inang/jaringan dan
menyebar ke seluruh tubuh
Kardiovaskuler : sistem yang terdiri dari jantung dan pembuluh darah
Konformasi : suatu penataan ruang tertentu dari atom – atom dalam molekul
Lesi : jaringan yang fungsinya terganggu karena penyakit atau cedera
Ligan : suatu molekul yang berikatan pada reseptor
Lipoprotein : partikel yang terdiri dari lipid dan protein yang memungkinan
lipid melalui aliran darah
Makrofag : sebuah sel fagosit besar seri mononuklear yang ditemukan
dalam jaringan
Molekul : sekelompok atom (paling sedikit dua) yang saling berikatan
dengan sangat kuat (kovalen) dalam susunan tertentu dan
bermuatan netral serta cukup stabil
xii
Monosit : jenis leukosit atau sel darah putih yang berperan dalam fungsi
sistem kekebalan tubuh
Mortalitas : ukuran jumlah kematian pada suatu populasi
Obesitas : suatu keadaan dimana berat badan tubuh melebihi 25% indeks
massa tubuh
Permeabilitas : suatu sifat atau kemampuan dari suatu membran untuk dapat
dilewati oleh suatu zat
Proinflamasi : memicu terjadinya peradangan
Proliferasi : pertumbuhan atau berkembangbiakan pesat untuk menghasilkan
jaringan baru, bagian, sel, atau keturunan
Radikal bebas : atom atau molekul bermuatan listrik atau netral yang memiliki
satu atau lebih elektron yang tidak berpasangan di orbital terluar
mereka
Reseptor : penerima molekul yang akan diikatkan
Sitokin : protein yang dibuat oleh sel-sel yang mempengaruhi perilaku
sel-sel lain
Transkripsi : proses sintesis RNA dengan menggunakan DNA sebagai
template
xiii
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 3.1. Jadwal Kegiatan Penelitian ........................................................... 16
Tabel 4.1. Interaksi yang terjadi antara native ligand dengan protein
ERK1, ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK, IκK .............................. 27
Tabel 4.2. Interaksi antara protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK
dan IκK dengan andrografolid ...................................................... 30
Tabel 4.3. Perbandingan interaksi yang terjadi antara protein dengan native
ligand dan andrografolid ............................................................... 35
Tabel 4.4. Nilai energi ikatan native ligand, andrografolid, aspirin,
indometasin, dexametason, dan prednisolon terhadap protein
ERK1, ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK dan IκK ........................ 37
Tabel 4.5. Interaksi yang terjadi antara protein dengan native ligand,
andrografolid aspirin, indometasin, dexametason, dan
prednisolon terhadap protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2,
p38MAPK dan IκK ....................................................................... 37
xiv
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 2.1. Skema proses terjadinya Aterosklerosis ..................................... 7
Gambar 2.2. Jalur Sinyal Inflamasi Sitokin ..................................................... 10
Gambar 2.3. Struktur Andrografolid ............................................................... 12
Gambar 4.1. Interaksi yang terjadi antara Protein ERK1 vs ligan DHC (A),
Protein ERK2 vs E75(B), Protein JNK1 vs GS7(C), Protein
JNK2 vs B96(D) Protein p38MAPK vs 094(E), dan Protein
IΚK vs BLZ(F) ........................................................................... 26
Gambar 4.2. Struktur 3D andrografolid dengan kalkulasi single point (A)
dan geometri optimasi (B) .......................................................... 28
Gambar 4.3. Visualisasi interaksi yang terjadi antara andrografolid dengan
protein ERK1 (A), ERK2 (B), JNK1 (C), JNK2 (D),
p38MAPK (E), dan IκK (F) ........................................................ 31
Gambar 4.4. Grafik perbandingan nilai energi Ikatan Andrografolid dengan
Native Ligand pada protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2,
p38MAPK dan IκK ..................................................................... 32
Gambar 4.5. Grafik Perbandingan Energi Ikatan Native Ligand,
Andrografolid, Aspirin, Indometasin, Dexametason dan
Prednisolon ................................................................................ 36
xv
LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1. Protein, rantai protein dan native ligand dari protein ERK1/2,
JNK1/2, p38MAPK dan IκK .................................................... 45
Lampiran 2. Nilai RMSD, energi ikatan dan ikatan hidrogen antara protein
ERK1/2, JNK1/2, p38MAPK dan IκK dengan native ligand .. 47
Lampiran 3. Hasil docking protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2,
p38MAPK dan IκK dengan andrografolid ............................... 49
Lampiran 4. Prosedur penelitian ................................................................... 51
Lampiran 5. Preparasi Protein....................................................................... 52
Lampiran 6. Optimasi Struktur 3D Andrografolid ....................................... 53
xvi
xvi
ABSTRAK
Aterosklerosis merupakan penyakit akibat respon inflamasi kronis pada sel
endotel yang cedera. Kerusakan sel endotel akan mengaktifkan jalur nuclear
factor-κappa Beta (NF-κß) and mitogen-activated protein kinase (MAPK). Jalur
MAPK terdiri ERK, JNK dan p38MAPK, sedangkan jalur NF-κß terdiri dari IκK
dan NF-κß. Sambiloto (Andrographis paniculata) memiliki kandungan kimia
andrografolid mampu menghambat agregasi platelet pada ERK1 dan ERK2.
Docking secara in silico merupakan teknik kimia komputasi yang aman, bebas
dari limbah bahan kimia, efisien dan secara fisik lebih dekat dengan
farmakodinamik manusia. Sehingga dilakukan penelitian docking molecular anti
aterosklerosis andrografolid dari sambiloto (Andrographis paniculata) secara in
silico terhadap protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK dan IκK untuk
mengetahui mekanisme andrografolid mencegah pembentukan plak di pembuluh
darah pada aterosklerosis.
Penelitian dilakukan secara eksploratif dengan tahapan penyiapan database
protein dan struktur 3D andrografolid, preparasi protein, validasi metode docking
molecular dengan RMSD 1-3Å, optimasi struktur 3D andrografolid, docking
molecular andrografolid terhadap protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK
dan IκK dengan parameter energi ikatan. Semakin rendah energi ikatan, maka
ikatan antara andrografolid dengan protein semakin kuat dan stabil.
Hasil penelitian menyatakan bahwa andrografolid memiliki mekanisme
sebagai antiinflamasi karena mampu menghambat protein ERK1, ERK2, JNK1,
JNK2, p38MAPK dan IκK dengan nilai energi ikatan -6,42; -7,35; -7,94; -7,61; -
7,7 dan -8,47 kkal/mol. Sehingga andrografolid dapat mencegah pembentukan
plak di pembuluh darah pada aterosklerosis.
Kata kunci : aterosklerosis, antiinflamasi, andrografolid, MAPK, NF-κß
xvii
xvii
ABSTRACT
Atherosclerosis is a disease caused by a chronic inflammatory response in
endothelial cells injury. Endothelial cell damage pathway activates nuclear factor-
κappa Beta (NF-κß) and mitogen-activated protein kinase (MAPK). MAPK
pathway consists of ERK, JNK and p38MAPK. NF-κß pathway consists of IκK
and NF-κß. Sambiloto (Andrographis paniculata) is a plant that contains
andrographolide are able to inhibit platelet aggregation by inhibiting ERK1 and
ERK2. In silico docking is computational chemistry techniques safe, free of
chemical waste, efficient, and as well as physically closer to human
pharmacodynamics. So do molecular docking studies of anti atherosclerosis
andrographolide in silico against the protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2,
p38MAPK and IκK to know andrografolid mechanism prevents the formation of
plaques in blood vessels in atherosclerosis.
Research conducted exploratory stages of preparation of a database with the
3D structure of proteins and andrografolid, protein preparation, validation of
molecular docking method with rmsd 1-3Å, andrographolide 3D structure
optimization, molecular docking andrographolide against the protein ERK1,
ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK and IκK with parameters bond energy. The lower
of bond energy, the bond between the protein andrographolide getting stronger
and stable.
The study states that andrografolid have anti inflammatory mechanism of
being able to inhibit the protein ERK1, ERK2, JNK1, JNK2, p38MAPK and IκK
with an bond energy is -6.42; -7.35; -7.94; -7.61; -7.7 and -8.47 kcal/mol. So
andrographolide can prevent the formation of plaques in blood vessels in
atherosclerosis.
Keyword : atherosclerosis, antiinflammatory, andrographolide, MAPK, NF-κß