Mariamariamariamariamariamariabnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdmghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmrtyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfghjklzxcvbnmrtyuiopasdfghjklzxcvbnmqwertyuiopasdfgh

LAPORAN PRAKTIKUM

Ekstraksi DNA

7 Maret 2013

MARIA JENIFER KORDAK11 302 443

Kata Pengantar

Puji syukur kepada TUHAN yang Maha Esa, karena atas kehendak-Nya lah sehingga

Laporan Praktikum Ekstraksi DNA pada Capung ini bisa terlaksana dengan baik.

Terima kasih juga bagi kedua orang tua saya, bahkan orang tua asuh saya yang selalu

memberi motivasi dan dorongan kepada saya dalam menyelesaikan laporan ini.

Terlebih, terima kasih banyak juga bagi Dosen Pembimbing Mata Kuliah Biologi

Molekuler Bpk. Yeremia Mokosuli, S.Si., M.Si, yang selalu menemani dan membimbing

kami sehingga Laporan Praktikum ini bisa terselesaikan dengan baik.

Mohon maaf apabila dalam penyelesaian Laporan Praktikum ini terdapat kesalahan

atau kekeliruan. Kritik dan saran yang membangun dari pembaca, penulis harapkan demi

kemajuan penulisan laporan praktikum yang lebih baik.

Atas perhatiannya, penulis ucapkan terima kasih.

Tondano, 13 Maret 2013

Hormat saya,

Penulis

MARIA J. KORDAK Page 2

I

PENDAHULUAN

1. Latar Belakang

DNA (Deoxyribonulceic acid) merupakan suatu jenis asam nukleat yang menyimpan

totalitas informasi genetik suatu makhluk hidup. Dimana DNA mengkode penghasilan

protein dalam tubuh, yang kemudian diolah oleh sel menjadi enzim, hormon, dsb., yang

berguna untuk kelangsungan hidup suatu spesies. Karena kalau tubuh manusia tidak memiliki

hormon, enzim, otomatis seluruh aktifitas metabolisme dalam dirinya tidak akan terjadi, dan

lama kelamaan sel akan mati.

Ekstraksi menurut Wikipedia Bahasa Indonesia adalah proses pemisahan suatu zat

berdasarkan perbedaan kelarutannya terhadap dua cairan tidak saling larut yang berbeda, biasanya air

dan yang lainnya pelarut organik.

Ekstraksi atau isolasi asam nukleat adalah salah satu teknik dasar yang harus

dikuasai dalam mempelajari teknik biologi molekular. Tujuan dari ekstraksi atau isolasi asam

nukleat adalah membuang dan memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya (protein,

karbohidrat, lemak, dll) sehingga asam nukleat yang diperoleh dapat dianalisis dan atau

dimodifikasi lebih lanjut dengan teknik biologi molekular lainnya.

Oleh karena pentingnya DNA dalam kehidupan makhluk hidup maka para ilmuwan

mencari cara untuk dapat memodifikasi DNA dan untuk keperluan molekuler selanjutnya

seperti pembuatan antibodi, hormon, dan sebagainya, dengan langkah awal ialah

mengekstraksi DNA dan mengetahui konsentrasi dan kemurniannya dalam suatu sampel.

2. Tujuan Praktikum

Tujuan diadakannya praktikum ini adalah untuk mendapatkan DNA dari Capung

sekaligus mengetahui konsentrasi dan kemurniannya.

3. Waktu dan Tempat Pelaksanaan

Praktikum ini dialaksanakan pada hari Rabu, 7 Maret 2013 pukul 08.30 – 13.00

WITA, bertempat di Laboratorium Biologi Molekuler Fakultas Matematika dan Ilmu

Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Manado.

MARIA J. KORDAK Page 3

II

TINJAUAN PUSTAKA

1. Mengenal Capung

Capung atau sibar-sibar dan Capung Jarum adalah kelompok serangga yang tergolong ke

dalam bangsa Odonata. Kedua macam serangga ini jarang berada jauh-jauh dari air, tempat mereka

bertelur dan menghabiskan masa pra-dewasa anak-anaknya. Namanya dalam bahasa daerah adalah

papatong (Sd.), kinjeng (Jw.), coblang (Jw.), kasasiur (bjn), tjapung.

Capung (subordo Anisoptera) relatif mudah dibedakan dari capung jarum (subordo

Zygoptera). Capung umumnya bertubuh relatif besar dan hinggap dengan sayap terbuka atau

terbentang ke samping. Sedangkan capung jarum umumnya bertubuh kecil (meskipun ada beberapa

jenis yang agak besar), memiliki abdomen yang kurus ramping mirip jarum, dan hinggap dengan

sayap-sayap tertutup, tegak menyatu di atas punggungnya.

a. Klasifikasi Capung

Kerajaan : Animalia

Filum : Arthropoda

Kelas : Insekta

Ordo : Odonata

Upaordo : Epiprocta

Infraordo : Anisoptera (Selys, 1854)

Suku : Aeshnidae, Austropetaliidae, Cordulegastridae, Corduliidae, Gomphidae,

Libellulidae, Macromiidae, Neopetaliidae, Petaluridae

b. Habitat dan Kebiasaan

Capung dan capung jarum menyebar luas, di hutan-hutan, kebun, sawah, sungai dan danau,

hingga ke pekarangan rumah dan lingkungan perkotaan. Ditemukan mulai dari tepi pantai hingga

ketinggian lebih dari 3.000 m dpl. Beberapa jenisnya, umumnya jenis capung, merupakan penerbang

yang kuat dan luas wilayah jelajahnya. Beberapa jenis yang lain memiliki habitat yang spesifik dan

wilayah hidup yang sempit. Capung jarum biasanya terbang dengan lemah, dan jarang menjelajah

jauh.

Siklus hidup capung, dari telur hingga mati setelah dewasa, bervariasi antara enam bulan

hingga maksimal enam atau tujuh tahun. Capung meletakkan telurnya pada tetumbuhan yang berada

di air. Ada jenis yang senang dengan air menggenang, namun ada pula jenis yang senang menaruh

MARIA J. KORDAK Page 4

telurnya di air yang agak deras. Setelah menetas, tempayak (larva) capung hidup dan berkembang di

dasar perairan, mengalami metamorfosis menjadi nimfa, dan akhirnya keluar dari air sebagai capung

dewasa.

Sebagian besar siklus hidup capung dihabiskan dalam bentuk nimfa, di bawah permukaan air,

dengan menggunakan insang internal untuk bernapas. Tempayak dan nimfa capung hidup sebagai

hewan karnivora yang ganas. Nimfa capung yang berukuran besar bahkan dapat memburu dan

memangsa berudu dan anak ikan. Setelah dewasa, capung hanya mampu hidup maksimal selama

empat bulan.

c. Macam-macam Capung

Pic 1 Aeshna cyanea female

Pic 2 Capung merah

Pic 3 Army dragonfly

MARIA J. KORDAK Page 5

Pic 4 Capung Kuning

Sumber : http://id.wikipedia.org/wiki/Capung

2. Ekstraksi DNA

Metode yang paling dikenal untuk ekstraksi/isolasi asam nukleat adalah metode

fenol/khloroform/isoamilalkohol. Metode ini sangat bermanfaat untuk aplikasi PCR karena

dapat membantu menghilangkan penghambat PCR yang terdapat pada larutan ekstrak.

Metode ini akan menghasilkan lapisan air yang mengandung asam nukleat, lapisan antara

fenol dan air yang berisi protein penghambat yang mengalami presipitasi dan polimer

(termasuk karbohidrat), dan lapisan khloroform-isoamilalkohol yang mengikat lemak. Setelah

ektraksi fenol ini, lapisan air dipindahkan ke tabung mikrosentrifus steril dan asam nukleat

dipresipitasi dengan menambahkan 3 M Sodium asetat pH 5,2 yang diikuti dengan pencucian

menggunakan etanol 100% dilanjutkan dengan etanol 70% untuk membuang sisa fenol dan

garam. Meskipun sangat murah dan relatif mudah, yang perlu diingat adalah

phenol/khloroform/isoamilalkohol sangat toksik dan limbahnya perlu perlakukan khusus

sebelum dibuang.

Saat ini kita dapat menemukan berbagai macam metode ektraksi DNA. Para peneliti

selalu berusaha menyederhanakan tahapan yang digunakan atau mengurangi jumlah

perlakukan. Tahapan atau perlakuan yang terlalu panjang dan terlalu kompleks sering

meningkatkan resiko kegagalan, terutama bagi pemula. Tahapan atau perlakuan dalam

ekstraksi DNA juga dipengaruhi asal sel/jaringan target.

DNA biasanya diisolasi dari sel dengan menggunakan metode yang melisiskan sel

tetapi mencegah fragmentasi DNA. Langkah ini biasanya melibatkan EDTA

(ethylenediaminetetraacetic acid) yang dalam proses tersebut akan mengikat ion magnesium

(kofaktor yang dibutuhkan oleh enzim DNase). Idealnya dinding sel (jika ada) didigesti

secara enzimatis (misalnya dengan enzim lisosim). Selanjutnya membran sel sebaiknya

MARIA J. KORDAK Page 6

disolubilisasi dengan detergen. Jika disrupsi fisik dibutuhkan sebaiknya dilakukan seminim

mungkin. Dalam proses disrupsi ini enzim nuklease yang terlepas dari komponen selular

dapat mencerna asam nukleat secara efisien, sehingga kerja enzim nuklease harus dihambat.

Disrupsi sel dan sebagian besar langkah selanjutnya sebaiknya dilakukan pada suhu 4 0C,

menggunakan alat yang terbuat dari gelas dan larutan yang telah di-autoclave (fungsi

autoclave adalah untuk menghancurkan aktivitas DNase pada alat atau larutan tersebut).

Setelah melepaskan asam nukleat dari sel, RNA dapat dihilangkan dengan penambahan

RNase yang telah diterapi panas untuk menginaktivasi DNase kontaminan (RNase relatif

stabil terhadap panas karena adanya ikatan disulfida yang akan menyebabkan proses

renaturasi ketika didinginkan). Kontaminan mayor lainnya, yaitu protein, dihilangkan dengan

dengan larutan fenol atau campuran fenol-khloroform (keduanya akan mendenaturasi protein

tetapi tidak mendenaturasi asam nukleat). Setelah campuran tersebut dibuat menjadi emulsi,

dilakukan pemusingan. Setelah pemusingan akan terbentuk bagian organik di bagian bawah

dan bagian aqueous di bagian atas dipisahkan lapisan yang terdiri dari protein yang

terdenaturasi. Cairan aqueous diambil dan dideproteinisasi beberapa kali sampai tidak ada

lagi material yang terlihat pada lapisan tengah. Kemudian DNA yang sudah tidak

mengandung protein ini dicampur dengan dua bagian etanol. DNA akan menjadi presipitat,

terpisah dari larutan sampel tersebut. Setelah dipusingkan, pelet DNA kemudian dilarutkan

kembali.

Secara umum mekanisme isolasi total DNA seluler secara konvensional adalah

sebagai berikut:

1. homogenisasi sel/jaringan (dalam suhu 4 0C, semua bahan dan peralatan steril)

2. lisis seluler (dengan detergen atau lisosim)

3. penambahan chelating agents: EDTA/sitrat

4. penambahan proteinase (proteinase K)

5. ekstraksi fenol (atau fenol-khloroform)

6. presipitasi alkohol (70% atau 100% etanol)

7. pelarutan kembali DNA, misalnya dengan bufer TE (Tris-EDTA)

Beberapa senyawa mempunyai fungsi multipel dalam protokol ekstraksi asam nukleat.

Agen chaotropic seperti GuSCN (guanidine isothiocyanate), NaI (sodium iodide), dan LiCl

(lithium chloride) memiliki kemampuan untuk menghancurkan kapsul lemak dan merusak

integritas sel, denaturasi protein dan menginaktivasi nuklease. GuSCN dengan molaritas di

atas 4 M dapat mempresipitasi DNA dan RNA berberat molekular tinggi. Dalam lingkungan

yang tinggi garam chaotropic ini senyawa silika dapat berikatan secara spesifik dengan

MARIA J. KORDAK Page 7

molekul DNA dan RNA, sedangkan lemak dan protein kontaminan hanya mempunyai

afinitas yang moderat terhadap silika sehingga dapat dicuci bersih darinya. Absorbsi asam

nukleat pada matriks silika meningkat pada pH asam dan konsentrasi garam yang tinggi,

sehingga larutan bufer yang mengandung pH yang tinggi dan konsentrasi garam yang rendah

dapat digunakan untuk mencuci-lepaskan asam nukleat dari matriks silika. Cara lain

pemanfaatan silika dalam proses ekstraksi asam nukleat adalah dengan melakukan perubahan

kimia pada matriks silika sehingga akan secara spesifik berikatan dengan protein atau

polisakarida (prosesnya berkebalikan dengan penjelasan sebelumnya). Ekstraksi asam nukleat

berbasis silika ini telah menjadi dasar metode ekstraksi asam nukleat kit komersial. Matriks

silika dalam kit komersial tersebut dapat ditemukan dalam berbagai bentuk, seperti filter

(spin column), gel (glassmilk, silica gel), suspensi (celite, plain-coarse silicate), bahkan

partikel berselubung magnetik (Dynabeads). Filtrasi, sentrifugasi, atau penggunaan magnet

memungkinkan pemisahan asam nukleat yang berikatan dengan silika dari kontaminasi

lemak, karbohidrat dan protein melalui langkah pembilasan yang multipel. Metode ini juga

mendasari pembuatan alat ekstraksi asam nukleat. Metode alternatif yang berbasis matriks

silika antara lain teknik hibridisasi fragmen asam nukleat yang menggunakan probe yang

didesain spesifik yang melekat pada matriks solid atau bead magnetik. Kelemahan umum

dari teknik penangkapan seperti ini adalah selama proses pelekatan dan cuci-lepas, dapat

terjadi fragmentasi dan hilangnya DNA target.

DNA juga dapat diisolasi dari organela spesifik atau partikel virus. Untuk ekstraksi

DNA semacam ini sebaiknya dilakukan isolasi organela target atau virus tersebut terlebih

dahulu sebelum dilakukan ekstraksi DNA-nya karena isolasi DNA target dari campuran DNA

(DNA total) relatif sulit. Jika dibutuhkan isolat DNA dengan kemurnian yang tinggi, DNA

dapat dimurnikan dengan density gradient centrifugation menggunakan CsCl (Caesium

chloride).

Untuk memeriksa integritas DNA dapat dilakukan dengan elektroforesis pada gel

agarose. Secara kasar gambaran yang diperoleh dari elektroforesis pada gel agarose tersebut

juga dapat digunakan untuk menaksir konsentrasi isolat DNA kita. Cara yang lebih akurat

untuk mengetahui konsentrasi dan kemurnian DNA yang diperoleh adalah dengan

menggunakan spektrofotometer UV. DNA untai tunggal mempunyai koefisien absorbsi

0,027, DNA untai ganda 0,02 dan RNA 0,025 g per-ml per-cm pada panjang gelombang

260 nm. Rasio absorbsi 260/280 nm dapat digunakan untuk mengetahui adanya kontaminasi

protein atau fenol (protein memiliki absorbsi maksimum pada 280 nm). Sampel DNA yang

murni memiliki rasio 260/280 nm sebesar 1,8-1,9, sedangkan sampel RNA yang murni 1,9-

MARIA J. KORDAK Page 8

2,0. Jika rasio tersebut di bawah 1,8 berarti ada ketidakmurnian yang signifikan yang masih

tertinggal di dalam sampel. Saat ini sudah banyak dijual alat spektrofotometer otomatik yang

secara otomatis mengkalkulasi rasio 260/280 nm dan kuantitas asam nukleat. Yang perlu

diingat dalam penggunaan spektrofotometer adalah jangan lupa untuk selalu melakukan

kalibrasi dengan larutan “blank” sebelum memeriksa konsentrasi asam nukleat sampel. Yang

digunakan sebagai “blank” adalah pelarut yang digunakan untuk melarutkan asam nukleat

yang diperiksa. (Sumber : afie.staff.uns.ac.id/.../2009/.../materi-asistensi-biom...)

MARIA J. KORDAK Page 9

III

METODOLOGI

1. Alat dan Fungsi

Dalam praktikum ini, alat yang digunakan adalah sebagai berikut.

- Vortex : untuk mencapur komposisi sampel

- Tube : sebagai tempat menaruh sampel

2 ml collection tube

QIAshredder spin column

DNeasy mini spin column

Microcentrifuge tube

- Centrifuge : Tempat untuk memisahkan sampel yang padat dan yang ringan

- Micropipet : Sebagai pengukur volume yang akan digunakan

- Timbangan analitik : Sebagai tempat penimbangan sampel sebelum digunakan

- Nano-Photomer : Mesin yang dapat membaca konsentrasi dan kemurnian DNA suatu

sampel

- Lumpang porselen : Sebagai tempat menaruh es batu yang digunakan untuk inkubasi

- QIAcube : tempat melakukan ekstraksi dengan secara otomatis

- Dry Block Thermostat : inkubator suhu tinggi.

- Perangkat QIAcube : rotor adaptor, dan lain-lain.

Bahan

- Aluminium foil secukupnya : sebagai tempat menaruh sampel yang akan dihancurkan

- Sampel (Seluruh tubuh capung) bermassa 38,5 mg

- Buffer :

AP1

AP2

AP3/E

AW

AE

- Rnase A : sebagai pendegradasi RNA dalam sel

- Es batu : sebagai inkubator pada suhu rendah

d. Langkah Kerja

MARIA J. KORDAK Page 10

Sebagai larutan penyangga

Langkah kerja yang dilakukan adalah sebagai berikut.

1) Sampel ditimbang hingga mencapai 38,5 mg

2) Hancurkan secara manual, menggunakan alat-alat yang steril seperti collection tube dan

tip disposable

3) Masukkan sampel yang telah hancur ke dalam 2 ml collection tube

4) Tambahkan 400µl Buffer AP1 kemudian campurkan dengan menggunakan vortex

5) Masukkan 5µl Rnase kemudian vortex lagi

6) Inkubasi 10 menit pada Dry Block Thermostat, pindahkan sampel ke lubang yang lain

setiap 3 menit.

7) Tambahkan 130 µl buffer AP2 kemudian vortex

8) Centrifuge pada Tom centrifuge (centrifuge sederhana) selama beberapa detik

9) Inkubasi dengan es batu selama 5 menit

10) Sentrifius sampel selama 6 menit pada 13.000 rpm dalam suhu 250C.

11) Ambil lysate dengan mikropipet, pindahkan ke microcentrifuge tube yang baru

12) Sentrifius agar memisah antara sampel ringan dan padat

13) Tempatkan buffer di botol-botol baru yang akan ditempatkan pada QIAcube. Buffer-

buffer tersebut ialah Buffer AP3, AE, dan AW.

14) Pada rotor adaptor yang akan ditempatkan di dalam QIAcube, urutan penempaatan tube

(dari sebelah kiri) yaitu : Dneasy, QIAshredder mini spin column, 1,5 m collection tube.

Perhatian : Penutup tube-tube ini, yang samping kiri-kanannya dilekatkan pada sisi

kanan-kirinya seperti yang telah tersedia. Sedangkan untuk bagian tengahnya, penutup

tube harus dipotong karena tidak ada tempat untuk melekatkan penutupnya.

15) Keadaan rotor adaptors harus seimbang posisinya. Jika rotor adaptornya hanya satu,

tambahkan satu lagi di lubang yang sejajar dengan rotor yang pertama, tanpa harus

mengisi dengan tube-tube. Kemudian tempatkan rotor pada tempatnya.

16) Tempatkan lid pada tempatnya, dan tempatkan semua alat dan bahan yang harus tersedia

sesuai petunjuk pemakaian.

17) Jangan lupa untuk membuka penutup botol-botol buffer di dalam QIAcube dan tube

sampel.

18) Ikuti petunjuk yang ada dan mulailah mengekstraksi DNA menggunakan QIA cube.

19) Setelah melewati tahap Clear lysate, Blind, Wash, dan Elute, Ambil sampel dan sampel

siap di uji kemurniannya pada nano-spektometer.

20) Pada nano-photomer, ambil dulu dengan mikropipet DNA 0,7µl kemudian taruh di cufet

dan tutup dengan lid factor 10 kemudian klik sample. Maka muncullah hasil pembacaan

konsentrasi dan kemurnian DNA tersebut.

MARIA J. KORDAK Page 11

Perhatian : sebelum menaruh 0,7µl DNA pada cuvet, kosongkan dulu nanospektrometer

dengan menekan tombol “Blank”.

21) Didapatlah hasilnya.

MARIA J. KORDAK Page 12

IV

PEMBAHASAN

1. Data Hasil Pengamatan

Pada tahap terakhir DNA extraction, didapatilah konsentrasi dan kemurnian DNA tersebut.

Konsentrasi yang di dapat adalah 150 atau 15, sedangkan kemurniannya pada A260/A280 adalah

1,000 dan pada A260/A230 adalah 0,356.

2. Analisis Prosedur

Sampel yang berupa keseluruhan tubuh capung, pertama-tama ditimbang hingga mencapai

38,5 mg. Sebenarnya massanya tidak harus sama seperti itu , hanya saja untuk mencegah terjadinya

kekurangan DNA yang akan diuji kemurniannya, jadi diambil jalan untuk membuat massa sampel

lebih banyak dari sebelumnya. Setelah itu, hancurkan secara manual, menggunakan alat-alat yang

steril seperti collection tube dan tip disposable. Kemudian masukkan sampel yang telah hancur ke

dalam 2 ml collection tube yang masih baru. Setelah itu, tambahkan 400µl Buffer AP1 kemudian

campurkan dengan menggunakan vortex dan masukkan 5µl RNase kemudian vortex lagi. Selesai itu,

inkubasi 10 menit pada Dry Block Thermostat, pindahkan sampel ke lubang yang lain setiap 3 menit.

Tambahkan 130 µl buffer AP2 kemudian vortex dan kemudian centrifuge pada Tom centrifuge

(centrifuge sederhana) selama beberapa detik. Inkubasi dengan es batu selama 5 menit. Es batu itu

ditempatkan di lumpang porselen. Sentrifius sampel selama 6 menit pada 13.000 rpm dalam suhu

250C. Setelah itu, ambil lysate dengan micropipet, pindahkan ke microcentrifuge tube yang baru,

sentrifius agar memisah antara sampel ringan dan padat pada sentrifius sederhana. Lalu, tempatkan

buffer di botol-botol baru yang akan ditempatkan pada QIAcube. Buffer-buffer tersebut ialah Buffer

AP3, AE, dan AW.

Pada rotor adaptor, alat yang akan ditempatkan di dalam QIAcube, urutan penempatan tube

(dari sebelah kiri) yaitu : Dneasy, QIAshredder mini spin column, 1,5 m collection tube.

Perlu diperhatikan, penutup tube-tube ini, samping kiri dan kanan dilekatkan pada sisi kiri maupu

kanan seperti yang telah tersedia. Sedangkan untuk bagian tengahnya (tempat QIAshredder mini spin

column), penutup tube harus dipotong karena tidak ada tempat untuk melekatkan penutupnya. Karena

jika tidak demikian, mesin QIAcube tidak akan berhasil menghasilkan DNA yang utuh. Keadaan rotor

adaptorspun harus seimbang posisinya. Jika rotor adaptornya hanya satu, tambahkan satu lagi di

lubang yang sejajar dengan rotor yang pertama, tanpa harus mengisinya dengan tube-tube tadi.

Kemudian tempatkan rotor pada tempatnya. Tempatkan lid pada tempatnya, dan tempatkan semua

alat dan bahan yang harus tersedia pada tempatnya sesuai petunjuk pemakaian. Jangan lupa untuk

MARIA J. KORDAK Page 13

membuka penutup botol-botol buffer di dalam QIAcube dan tube sampel juga. Ikuti petunjuk yang

ada, dan mulailah mengekstraksi DNA menggunakan QIA cube. Setelah melewati tahap Clear lysate,

Blind, Wash, dan Elute, ambil sampel, kemudian lihat ada perbedaan antara sampel yang pertama

sebelum dimasukkan di QIAcube, warnanya menjadi bening. Kami berasumsi bahwa sampel tersebut

bukan lagi sampel yang tadi melainkan tinggal DNA saja. Sampel pun dibawa di ruang khusus, di

tempat dimana terdapat nano-photomer. DNA diuji kemurniannya menggunakan alat tersebut.

Dengan cara, DNA diambil sedikit demi sedikit dari tube menggunakan micropipet berskala kecil,

karena pada nano-photomer tidak boleh memasukkan tetesan DNA lebih dari 1 µl. Namun, sebelum

memasukkan DNA, mesin harus dikosongkan dengan menekan tombol “Blank” agar memudahkan

mesin membaca konsentrasi dan kemurnian DNA. Setelah beberapa kali mencoba, akhirnya

konsentraasi dan kemuian DNA dapat dibaca pada volume 0,7 µl dengan mnggunakan lidfactor 10.

Dan akhirnya, hasilnya keluar dengan menekan tombol “Sample”.

3. Analisa Hasil

Setelah mencoba beberapa kali, akhirnya, hasil yang ditunggu-tunggu bisa di dapatkan,

dimana kami bisa melihat konsentrasi dan kemurnian dari DNA Capung tersebut. Dimana konsentrasi

yang didapat adalah 15 dan kemurnian pada A260/A280 adalah 1, dan kemurnian pada A260/A230

adalah 0,356. Namun, bila dilandaskan pada teori yang ada, dimana suatu DNA dikatakan murni bila

rasio A260/A280 yang didapatkan adalah 1,8-2,0. Sehingga, berpaling pada kemurnian yang didapat

saat ini, bisa dikatakan bahwa DNA yang didapat berarti ada ketidakmurnian yang signifikan

yang masih tertinggal di dalam sampel.

V

PENUTUP

MARIA J. KORDAK Page 14

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil percobaan, kami menyimpulkan bahwa terdapat DNA dalam

sampel yang telah di ekstraksi dengan konsentrasi 15 dan kemurnian A260/A280 = 1, dan

pada A260/A230 = 0,356. Namun, kemurnian yang didapatkan belum dapat diakatakan murni

karena rasio kemurniaannya 1, yang berarti kurang dari 1,8. Sedngkan, rasio terendah suatu

kemurnian DNA adalah 1,8.

B. Saran

Saya harap, praktikum mengekstraksi DNA akan terus berlanjut bahkan sampai ke

generasi berikutnya, sehingga akan semakin banyak mahasiswa terlebih khusus mahasiswa

Program Studi Ilmu Biologi yang mengetahui dan mengerti Cara Mengekstraksi DNA pada

Capung. Dan semoga pada hari-hari yang mendatang, kami bisa mendapatkan DNA dengan

kemurniannya yang lebih baik.

MARIA J. KORDAK Page 15

GAMBAR

Sampel ditimbang

Gambar 1 Proses penghancuran sampel secara manual

Gambar 2 Sampel yang telah dihaluskan di masukkan ke dalam 2 ml collection tube

MARIA J. KORDAK Page 16

Gambar 3 Penambahan Buffer AP1 ke dalam tabung sampel

Gambar 4 Sampel dicampur dengan cara vortex

Pic 5 Penambahan Rnase

Pic 6 Vortex kembali

MARIA J. KORDAK Page 17

Pic 7 Inkubasi panas

Pic 8 Penambahan Buffer AP2 dan dilanjutkan dengan vortex

Pic 9 Tom Sentrifius (sentrifius sederhana)

Pic 10 Inkubasi dengan es batu

MARIA J. KORDAK Page 18

Pic 11 Senrifius 6 menit

Pic 12 Pemindahan lysate ke microcentrifuge yang baru dan kemudian di sentrifius

Pic 13 Lysate

Pic 14 Persiapan botol-botol Buffer

MARIA J. KORDAK Page 19

Pic 15 Rotor Adaptor, didalamnya DNeasy minispin column, QIAshredder mini spin column, 1,5 ml collection tube

Pic 16 Posisi penempatan rotor adaptor

Pic 17 Penempatan tip

Pic 18 Penempatan tube sampel

MARIA J. KORDAK Page 20

Pemrosesan dimulai

MARIA J. KORDAK Page 21

Pic 19 Proses selesai

MARIA J. KORDAK Page 22

Pic 20 DNA

Pic 21 Micropipet membuat volume menjadi 0,7 µl

Pic 22 Nano-photomer dikosongkan

Pic 23 Penempatan DNA di atas cuvet

MARIA J. KORDAK Page 23

Pic 24 Lidfactor 10

Pic 25 Hasil

MARIA J. KORDAK Page 24

DAFTAR PUSTAKA

Wikipedia.2013. Ekstraksi, from http://id.wikipedia.org/wiki/Ekstraksi, 19 Maret 2013

Wikipedia.2013. Capung, from http://id.wikipedia.org/wiki/Capung, 18 Maret 2013

Anonymous.2009. Materi Asistensi Biomedik FK UNS 2009-Afiono Agung Prasetyo, from

afie.staff.uns.ac.id/.../2009/.../materi-asistensi-biom..., 18 Maret 2013

MARIA J. KORDAK Page 25