COVID-19 pandemijos raida ir rekomendacijos dėl laboratorinės

diagnostikos kokybės

LIETUVOS RESPUBLIKOS PREZIDENTO INICIJUOTASVEIKATOS EKSPERTŲ TARYBA

2021 m. sausio 6 d.

COVID-19 atvejų kaita Lietuvoje

(Šaltinis: Oficialios statistikos portalas, 2020)

4368

65272

0

500

1000

1500

2000

2500

3000

3500

4000

4500

0

10000

20000

30000

40000

50000

60000

70000

80000

Spal

io 2

0 d

.

Spal

io 2

2 d

.

Spal

io 2

4 d

.

Spal

io 2

6 d

.

Spal

io 2

8 d

.

Spal

io 3

0 d

.

Lap

krič

io 1

d.

Lap

krič

io 3

d.

Lap

krič

io 5

d.

Lap

krič

io 7

d.

Lap

krič

io 9

d.

Lap

krič

io 1

1 d

.

Lap

krič

io 1

3 d

.

Lap

krič

io 1

5 d

.

Lap

krič

io 1

7 d

.

Lap

krič

io 1

9 d

.

Lap

krič

io 2

1 d

.

Lap

krič

io 2

3 d

.

Lap

krič

io 2

5 d

.

Lap

krič

io 2

7 d

.

Lap

krič

io 2

9 d

.

Gru

od

žio

1 d

.

Gru

od

žio

3 d

.

Gru

od

žio

5 d

.

Gru

od

žio

7 d

.

Gru

od

žio

9 d

.

Gru

od

žio

11

d.

Gru

od

žio

13

d.

Gru

od

žio

15

d.

Gru

od

žio

17

d.

Gru

od

žio

19

d.

Gru

od

žio

21

d.

Gru

od

žio

23

d.

Gru

od

žio

25

d.

Gru

od

žio

27

d.

Gru

od

žio

29

d.

Gro

ud

žio

31

d.

Sau

sio

2 d

.

Sau

sio

4 d

.

Aktyvių užsikrėtusių asmenų skaičius COVID-19 atvejų skaičius per dieną

1,50

1,01 0,99 0,99

0,50

1,00

1,50

2,00

Efektyvusis Rt Lietuvoje

Apskaičiuota pagal metodiką: Cori A, Ferguson NM, Fraser C, Cauchemez S. A new framework and software to estimate time-varying reproduction numbers during epidemics. Am J Epidemiol. 2013;178(9):1505-1512.1 Anderson RM, Vegvari C, Truscott J, Collyer BS. Challenges in creating herd immunity to SARS-CoV-2 infection by mass vaccination [published online ahead of print, 2020 Nov 4]. Lancet.

Efektyvaus viruso reprodukcijos dydžio (Rt) dinamika

Lietuvoje Rt = 0,89 (0,84–0,91)(2021 m. sausio 4 d. duomenimis)

Lietuvos gyventojų mobilumo pokyčiaiVeikla Mobilumo pokyčiai (proc.)*

2020 m. kovo 25 d. balandžio

15 d. (vid., min–

max.)

Lapkri-čio 7 –

gruodžio 13 d.

(vid., min–max.)

12.14

12.15

Gruodžio 16–23 d.

(vid., min–max.)

12.26

12.27

12.28

12.29

12.30

12.31

01.01

Parduo-tuvės ir pramogos

-64,8(-53; -90)

-44,0(-39; -51)

-25 -24-60,0

(-49; -70)-81 -72 -60 -59 -51 -59 -89

Maisto prekės

-26,9(0; -89)

+8,2(0; 14)

21 265,5

(37; -10)-43 -23 -3 4 30 22 -68

Parkai19,2

(-23; 87)+2,6

(-12; +35)17 30

-9,4(6; -21)

-4 21 -9 -15 32 4 -3

Darbo vieta

-50,0(-28; -88)

-24,8(-8; -38)

-39 -38-39,9

(-22; -50)-50 -26 -54 -54 -53 -63 -90

Namai19,1

(8; 32)+8,8

(3; 12)10 9

15,3(10; 19)

15 10 19 19 17 21 34

•Remiasi Google mobilty report ir parodo gyventojų mobilumo pokyčius lyginant su 2020 m. sausio 3 – vasario 6 d. situacija.

Lietuvos gyventojų mobilumo palyginamas šv. Velykų ir šv. Kalėdų laikotarpiu

Veikla

Velykų laikotarpis Kalėdų laikotarpis

4/9 4/10 4/11 4/12 4/13 12/22 12/23 12/24 12/25

Parduotuvės ir pramogos

-53 -56 -69 -90 -80 -50 -49 -77 -91

Maisto prekės -1 0 -22 -89 -53 +26 +37 -19 -87

Parkai +17 +22 -13 -12 +2 -5 +6 -34 0

Darbo vieta -53 -53 -39 -47 -88 -42 -41 -70 -90

Namai +19 +21 +16 +14 +32 +15 +16 +29 +34

•Remiasi Google mobilty report ir parodo gyventojų mobilumo pokyčius lyginant su 2020 m. sausio 3 – vasario 6 d. situacija.

Stacionare gydomų COVID-19 pacientų skaičiaus dinamika

(Šaltinis: Valstybinė ligonių kasa, 2020)

199

2568

20

20

.10

.15

20

20

.10

.17

20

20

.10

.19

20

20

.10

.21

20

20

.10

.23

20

20

.10

.25

20

20

.10

.27

20

20

.10

.29

20

20

.10

.31

20

20

.11

.02

20

20

.11

.04

20

20

.11

.06

20

20

.11

.08

20

20

.11

.10

20

20

.11

.12

20

20

.11

.14

20

20

.11

.16

20

20

.11

.18

20

20

.11

.20

20

20

.11

.22

20

20

.11

.24

20

20

.11

.26

20

20

.11

.28

20

20

.11

.30

20

20

.12

.02

20

20

.12

.04

20

20

.12

.06

20

20

.12

.08

20

20

.12

.10

20

20

.12

.12

20

20

.12

.14

20

20

.12

.16

20

20

.12

.18

20

20

.12

.20

20

20

.12

.22

20

20

.12

.24

20

20

.12

.26

20

20

.12

.28

20

20

.12

.30

20

20

.01

.01

20

20

.01

.03

Gydomų COVID-19 pacientų skaičius

Hospitalizuojamų COVID-19 ligonių procentas sumažėjo nuo 5,0 iki 3,7.

Data

Pacientai,

kuriems

patvirtinta

COVID-19

infekcija

Pacientai,

kuriems

patvirtinta

COVID-19

infekcija su

deguonies

kaukėmis

Pacientai,

kuriems

patvirtinta

COVID-19

infekcija su

deguonies

kaukėmis

(proc.)

Pacientai,

kuriems

patvirtinta

COVID-19

infekcija,

ventiliuo-

jami

Pacientai,

kuriems

patvirtinta

COVID-19

infekcija

ventiliuo-

jami (proc.)

Pacientai,

kuriems

patvir-

tinta

COVID-19

RITS

Pacientai,

kuriems

patvirtinta

COVID-19

infekcija

RITS (proc.)

2020.11.16-22 1457 789 54,2 69 4,8 113 7,7

2020.11.23-29 1747 943 54,1 84 4,8 129 7,4

2020.11.30-12.06 1976 1045 53,0 85 4,4 148 7,5

2020.12.07-13 2179 1173 53,8 104 4,8 178 8,2

2020.12.14-20 2396 1268 52,9 120 5,0 190 7,9

2020.12.21-27 2366 1400 59,2 118 5,0 191 8,1

2020.12.28-

2021.01.032483 1517 61,1 129 5,2 201 8,1

Pokytis

(proc.)(lyginant su 2020.11.16-20)

+1025

(70,4)

+727,1

(92,0)

+6,9

(12,7)

+59,8

(85,9)

+0,4

(8,3)

+88,2

(78,1)

+0,4

(5,2)

Stacionare gydomų COVID-19 pacientų skaičiaus dinamika (detali)

COVID-19 scenarijai Lietuvoje ir hospitalinės pagalbos poreikis (skliausteliuose pateikiamos prognozės, kurios buvo pateiktos 2020.12.15)

Data Realūs skaičiai

m/SEIR

modelis

II-Amodelis

II-Bmode-

lis

IIImodelis

IV modelis

Lovų sk. Ligoniai su deguonies kaukėmis

Ventiliuojami ligoniai

Ligoniai RIT* skyriuose

Aktyvių užsikrėtusių asmenų skaičius Min. Maks. Min. Maks. Min. Maks. Min. Maks.

12.20 61 288 (55 270) - - - - 63200 - -(2299 – 3160)

2487(1264 - 1738)

1431(115 – 158)

106(184 – 253)

187

12.27 67 905 (59 950) - - - - 65900 - -(1830 – 3295)

2510(1007 – 1812)

1521(92 – 165)

112(146 – 264)

198

01.03 67 571 (63 620 - - - - 65800 - -(1514 – 3290)

2571(833 – 1810)

1598(76 – 165)

132(121 - 263)

189

01.10 - - (66 250) 54 811 70 91962500

(62500)82178 ±

237992028 2624 1217 1574 103 134 164 213

01.17 - - (67 940) 58 027 73 10854700

(54700)

74929 ±21699

2147 2705 1288 1623 109 138 174 219

01.24 - - (68 750) 58 432 66 05448500

(48500)

66438 ±19240

2162 2444 1297 1466 110 125 175 198

01.31 - - (68 830) 50 162 68 10838000

(38000)

57422 ±16629

1856 2520 1114 1512 95 129 150 204

* – reali tos dienos epidemiologinė situacija ir stacionarinių paslaugų užimtumo rodikliai.Detalią informaciją apie prognozavimą ir jam taikomas metodikas galima rasti čia: https://www.lrp.lt/data/public/uploads/2020/11/sveikatos-ekpertu-tarybos-rekomendacijos.pdf

Pasiūlytos karantino lygių sistemos ir realios pandemijos raidos palyginimas(spalvomis pažymėti karantino lygiai pagal LRV siūlomą karantino lygių projektą; A – žalia, B – geltona; C – oranžinė, D – raudona)

A scenarijus baigėsi rugsėjo 20 d. (žalia) B scenarijus baigėsi spalio 21 d. (geltona)C scenarijus baigėsi lapkričio 7 d. (oranžinė) D scenarijus tęsiasi iki šiol (raudona)

COVID-19 testų skaičius šventiniu laikotarpiu sumažėjo(100 000 gyvenojų, 14 dienų)

Mobiliuosiuose punktuose atliktų COVID-19 testų šventiniu laikotarpiu taip pat sumažėjo(100 000 gyv., 14 dienų)

COVID-19 teigiamų testų dalies dinamika taip pat buvo mažėjanti(žalia linija – dienos rodiklis, raudona – 7 d. vidurkis)

Atskirų COVID-19 kontrolės priemonių ir jų derinių poveikis Rt dydžiui

Priemonė Pokytis (proc.) 95 proc. PI p

Atskiros priemonės

Tik privalomas veido kaukių naudojimas -34,06 (-60,78 iki 10,87) 0,116 (sn)

Tik karantinas -10,60 (-15,31 iki -5,64) <0,001

Tik socialinė distancija -23,03 (-24,43 iki -17,22) <0,001

Tik judėjimo ribojimas -9,64 (-12,21 iki -7,00) <0,001

Dviejų priemonių taikymas

Socialinė distancija + veido kaukės 53,30 (?) 0,064 (sn)

Socialinė distancija + karantinas -38,58 (-44,23 iki 32,37) <0,001

Judėjimo ribojimas + veido kaukės -66,58 (-92,67 iki 52,41) 0,157 (sn)

Judėjimo ribojimas + karantinas -17,83 (-20,07 iki -15,53) <0,001

Judėjimo ribojimas + socialinė distancija -44,11 (-46,37 iki -41,76) <0,001

Trijų priemonių taikymas

Socialinė distancija + karantinas + veido kaukės -69,73 (-82,48 iki -47,69) <0,001

Judėjimo ribojimas + karantinas + veido kaukės -17,06 (-24,99 iki -8,29) <0,001

Judėjimo ribojimas + socialinė distancija + veido kaukės -54,32 (-79,59 iki 2,24) 0,057 (sn)

Judėjimo ribojimas + socialinė distancija + karantinas -54,12 (-55,63 iki -52,56) <0,001

Keturių priemonių taikymas

Judėjimo ribojimas + socialinė distancija + karantinas + veido kaukės

-62,81 (-66,27 iki -58,98) <0,001

(Bo

, 20

21

)

SARS-CoV-2 viruso laboratorinė diagnostika

Išliekant didelėms testavimo apimtims, laboratorinė koronaviruso testavimo sistema Lietuvoje iki šiol neįgyvendino kai kurių esminių autoritetingų pasaulio organizacijų (pvz., IFCC) rekomenduojamų priemonių, taikomų SARS-Cov-2 testavimo kokybei užtikrinti.

Tai didina klaidingų atsakymų tikimybę su visomis iš to išplaukiančiomis epidemiologinėmis ir klinikinėmis pasekmėmis.

Siekiant užtikrinti testavimo kokybę, itin didelis dėmesys turi būti skiriamas visose laboratorijose vykdomų diagnostinių protokolų (AT PGR ir kitų) verifikavimui prieš pradedant juos taikyti rutininėje praktikoje.

Lietuvoje iki šiol detali verifikavimo procedūra nėra reglamentuota.

SARS-CoV-2 viruso laboratorinė diagnostika(rekomendacijos)

Nedelsiant užtikrinti šalies laboratorijų, atliekančių SARS-Cov-2 testavimą AT PGR ir kitais metodais, išorinio kokybės vertinimo (IKV) procedūrą, tam pasitelkiant akredituotą IKV paslaugos teikėją iš užsienio. Trumpuoju laikotarpiu rekomenduojama neatidėliotinai įgyvendinti preliminarią kokybės vertinimo procedūrą alternatyviais būdais pagal galiojančius teisės aktus.

Remiantis tarptautinių organizacijų rekomendacijomis, paruošti SARS-Cov-2 laboratorinio testavimo AT PGR bei kitais testavimo metodais proceso visumos verifikavimo reglamentą ir jį įteisinti kaip privalomą kokybės užtikrinimo priemonę.

SARS-CoV-2 viruso laboratorinė diagnostika(rekomendacijos)

Tikslinga vykdyti nuolatinį (pvz., savaitinį) išplėstinį ir detalų testavimo rezultatų šalies laboratorijose variacijos monitoringą.

Užtikrinti SARS-Cov-2 mėginių paėmimo kokybės kontrolę.Užtikrinti, kad mėginių paėmimas būtų atliekamas ar prižiūrimas apmokytų sveikatos priežiūros specialistų.

Užtikrinti reagentų pirkimus tokiu būdu, kad laboratorijoms būtų sudaryta galimybė ilgalaikiam verifikuotų testavimo priemonių naudojimui.

Greitieji antigeno testai: plataus masto testavimas

Serologiniai testai: plataus masto testavimas

➢ Užsitęsė viešųjų pirkimų prrocedūros

SARS-CoV-2 pilno genomo analizė

➢ Būtina pradėti sistemingą Lietuvoje cirkuliuojančio SARS-CoV-2 pilno genomo analizę ir užtikrinti tam nuolatinį finansavimą

➢ Mutacijos gali turėti poveikį kuriamų vakcinų ir vaistų efektyvumui

➢ Pasaulyje – JK, PAR – plinta nauji viruso variantai

➢ Serologinis testavimas ir jo duomenų kaupimas leistų įvertinti infekcijos išplitimo ir visuomenės persirgimo mastą

➢ Persirgę ir IgG antikūnų turintys asmenys 10 kartų rečiau užsikrečia

➢ Persirgę asmenys neturi būti pirmo prioriteto skiepijimo sąraše

SARS-CoV-2 viruso laboratorinė diagnostika

REKOMENDACIJA

1. Dėl „kovidinių“ skyrių sukūrimo visoje Lietuvoje

2. „Atraminių kovidinių“ ligoninių finansavims 1/12

3. Dėl sveikatos priežiūros specialistų veiklos teisinės reguliacijos

4. Dėl ASPĮ aprūpinimo greitaisiais PGR ir antigeno testais

5. Dėl papildomo finansavimo, skirto ASPĮ darbuotojams testuoti

6. Dėl karščiavimo klinikų veiklos ir finansavimo

7. Dėl mobiliųjų komandų

8. Dėl sveikatos priežiūros paslaugų prieinamumo gerinimo ir

kolateralinio pažeidimo mažinimo

9. Aprūpinimas pulsoksimetrais

REKOMENDACIJA

10. Pacientų pervežimas

11. Dėl duomenų kokybės

12. Dėl COVID-19 testavimo ir identifikavimo priemonių tobulinimo

13. Dėl greitųjų antigeno testų naudojimo

14. Dėl serologinių tyrimų naudojimo

15. Dėl COVID-19 (SARS-Cov-2) viruso pilno genomo analizės vykdymo

16. Dėl psichologinių visuomenės informavimo aspektų COVID-19

pandemijos metu

17. Dėl karantino priemonių

18. Dėl Nacionalinio visuomenės sveikatos centro (NVSC) sustiprinimo

būtinumo

REKOMENDACIJA

19. Dėl vakcinavimo įgyvendinimo priemonių ir skiepijimą

koordinuojančios struktūros sukūrimo

20. Dėl komunikavimo apie vakcinaciją

21. Dėl pažangių gydymo metodų

22. Dėl reanimacijos ir intensyviosios terapijos paslaugų vystymo

pandemijos ir popandeminiu laikotarpiu

23. Dėl viruso laboratorinės diagnostikos

SET renkasi prieš kiekvieną Europos Vadovų Tarybos susitikimą, kuriame diskutuojama pandemijos klausimais.

Mažėja veiklos intensyvumas, posėdžiai vyksta kas dvi savaites.

Siūlomi Sveikatos ekspertų tarybos (SET) veiklos pokyčiai

Iki šiol spręstus operatyvius, einamuosius klausimus keičia labiau mokslinio tipo, ilgesnės perspektyvos klausimai.

LRP ir LRV ekspertų grupės derinasi darbotvarkes, kad būtų išvengta dubliavimosi.

SET teikia Prezidentui nepriklausomą požiūrį ir analizę pandemijos klausimais, kurie apima SET narių kompetencijų ribas.