Chem Sketch

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ACD/ChemSketchVersion 5.0 para Microsoft Windows

Gua del Usuario

Dibujando Estructuras Qumicas e Imgenes Graficas

Gane!!! Vea los detalles adentro.

Advanced Chemistry Development Inc.Copyright 1994-2001 Advanced Chemistry Development Inc. Todos los derechos reservados. ACD/Labs es una marca registrada de Advanced Chemistry Development Inc. Microsoft y Windows son marcas registradas de Microsoft Corporation. PDF, Acrobat y Formatos de Documentos Porttiles, sus estructuras, datos y operadores estn registrados por (c) Adobe Corporation. IBM es una marca registrada de International Business Machines Corporation. Todas las otras marcas mencionadas en este manual son propiedad de sus respectivos dueos. Todas las marcas estn reconocidas. La informacin en este documento esta sujeta a cambio sin previo aviso y se provee como esta sin garanta. Advanced Chemistry Development Inc. no da garanta de ninguna clase al observar este documento, incluyendo, sus limitaciones, a las garantas implicadas con el mercadeo y los usos para propsitos particulares. Advanced Chemistry Development Inc. no se har responsable de errores propios o cualquier dao directo, indirecto, especial, accidental o consecuente con el uso de este material. Parte numero: G10_0308

Notas del TraductorLa traduccin de este documento fue realizada por CARLOS ARTURO FRANCO RUIZ, Licenciado en Qumica y Magster en Docencia de la Qumica en la Universidad Pedaggica Nacional, Facultad de Ciencia y Tecnologa, Departamento de Qumica, Bogot (Colombia), con la debida autorizacin de: > Dr. Peter Frank > Technical Support Manager > Advanced Chemistry Development,Inc.. En esta traduccin se mantuvo el esquema del documento original sin alterar su esencia. Algunos trminos que no tienen una traduccin literal adecuada para el ambiente qumico, se mantuvieron como tales. Es el caso del concepto Parachor o de los famosos Goodies (aqu considero que la acepcin ms adecuada es la de utilitarios o bondades). En algunas oportunidades se da la traduccin y entre parntesis se deja el trmino original con el fin de que el lector pueda referenciar fcilmente los nombres de los mens, botones, etc. Cualquier sugerencia al respecto, gustoso la atender en mi correo personal, [email protected] o por intermedio del soporte tcnico de ACD/labs con Peter Frank [[email protected]]

Tabla de Contenidos0 Introduccin.................................................................................................... 101.1 Qu es ACD/ChemSketch.......................................................................................1 11.2 Mdulos Adicionales...............................................................................................1 21.3 Qu hay Nuevo en 5.0.............................................................................................201.3.1 Funciones Generales ACD/Labs.......................................................................................2 11.3.2 Funciones Especficas de ChemSketch ..........................................................................3

31.4 Qu haba en 4.5......................................................................................................3 41.5 Acerca de esta Gua.................................................................................................5 51.6 Definiciones Usadas.................................................................................................7 61.7 Versiones Demo.......................................................................................................7 71.8 Versin Libre............................................................................................................7 81.9 Para ms Informacin..........................................................................................821.9.1 Sitio Web...........................................................................................................................8 31.9.2 Cmo contactarnos...........................................................................................................9 41.9.3 Actualizaciones en LneaNuevo en 5.0!........................................................................9

1 Lo Bsico de ACD/ChemSketch................................................................... 1091.10 Objetivos...............................................................................................................10 101.11 Iniciando ACD/ChemSketch..............................................................................10 111.12 Instalando Asociaciones de ArchivosNuevo en 5.0!......................................1151.12.1 Cambiando Asociaciones de Archivos..........................................................................11

121.13 Cambiando Directorios por Defecto...................................................................12 131.14 Modos Estructura y Dibujo.................................................................................1261.14.1 Pantalla Modo Estructura..............................................................................................13 71.14.2 Pantalla Modo Dibujo....................................................................................................14

141.15 Salir de ChemSketch.........................................................................................15

2 Dibujar Estructuras Simples........................................................................16151.16 Objetivos.............................................................................................................17 161.17 Dibujar Atomos, Enlaces y Etiquetas.................................................................1781.17.1 Uso de la herramienta Dibujo Normal...........................................................................17 91.17.2 Dobles y Triples Enlaces...............................................................................................18 101.17.3 Borrado Individual de Atomos.....................................................................................18 111.17.4 El Comando Deshacer................................................................................................18 121.17.5 Cambiar un Atomo......................................................................................................19 131.17.6 Uso de la Herramienta Dibujo Continuo.....................................................................19 141.17.7 Usando el Arrastre del Ratn......................................................................................20 151.17.8 Depurar (Clean) la Estructura...................................................................................20 161.17.9 Uso de la herramienta enlaces Estereos, Coordinados e indefinidos........................20 171.17.10 Editando Etiquetas de Atomos..................................................................................21 181.17.11 Herramienta Dibujar Cadenas...................................................................................21

171.18 Girando Estructuras...........................................................................................22 181.19 Seleccionar, Rotar, y Rotar en 3D.....................................................................24 191.20 Salir.....................................................................................................................24191.20.1 Guardando un archivo ChemSketch (SK2).................................................................24 201.20.2 Salvando una Estructura como un archivo Mol de MDL.............................................25 211.20.3 Imprimir.......................................................................................................................25 221.20.4 Encajar la Estructura en un Documento.....................................................................26

201.21 Limpiar la pantalla..............................................................................................26

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Tabla de Contenidos

32. Comenzar con ACD/I-Lab..........................................................................28212.1 Objetivos...............................................................................................................28 222.2 Resumen..............................................................................................................28 232.3 Opciones de Coneccin.......................................................................................29 242.4 Acceso como Invitado..........................................................................................30 252.5 Clculos Permitidos.............................................................................................30 262.6 Claves Demo........................................................................................................32232.6.1 Para Obtener la Clave Demo........................................................................................33

272.7 Registrarse...........................................................................................................33 282.8 Activando su Cuenta I-Lab...................................................................................35 292.9 Entrar Usuario-Registrarse (Logging In)..............................................................35

43. Dibujar Estructuras ms Complejas.........................................................36303.1 Objetivos...............................................................................................................36 313.2 Usando la Tabla de Radicales.............................................................................36 323.3 Usando Anillos.....................................................................................................37 333.4 Borrando Atomos y Fragmentos..........................................................................39243.4.1 Borrar Varios Atomos Simultneamente.......................................................................39

343.5 Remplazando Atomos..........................................................................................39 353.6 Hacer Dobles y Triples Enlaces...........................................................................41 363.7 Hacer Cargas y Definir Aniones y Cationes........................................................41 373.8 Cambiando Propiedades de Atomos...................................................................45

5 Estructuras Avanzadas, Notacin SMILES, y Esquemas de Reaccin.....47383.9 Objetivos...............................................................................................................47 393.10 Optimizacin 2D.................................................................................................47253.10.1 Creando la Estructura de un Ciclo Alcano..................................................................47 263.10.2 Creando la Estructura de un Pptido Cclico..............................................................48

403.11 Notas SMILES - Nuevo en 5.0!..........................................................................49273.11.1 Generando Notas SMILES..........................................................................................49 283.11.2 Generando Estructuras desde Notas SMILES...........................................................50

413.12 Optimizacin 3D.................................................................................................51293.12.1 Creando la Estructura del Biciclo[2.2.2]octano...........................................................52 303.12.2 Creando la Estructura del Tripticeno..........................................................................56 313.12.3 Creando la Estructura del Cubano..............................................................................57 323.12.4 Creando la Estructura del Dodecahedrano ([5]Fullerene-C20)..................................59

423.13 Dibujando Esquemas de Reaccin....................................................................61

6 Dibujo Avanzado: Plantillas.........................................................................63433.14 Objetivos.............................................................................................................63 443.15 Resumen............................................................................................................63 453.16 Tabla de Radicales............................................................................................64333.16.1 Creando la Estructura de Fluorescamina...................................................................65

463.17 Herramienta Plantilla Instantnea......................................................................66343.17.1 Creando la Estructura de un Oligmero Cclico.........................................................67

473.18 Ventana Plantilla................................................................................................68353.18.1 Creando un Fragmento de Molcula de ADN.............................................................68 03.18.1.1 Dibujar un Fragmento de la cadena Desoxirribosa-5-fosfato................................70 13.18.1.2 Adicionando las Bases........................................................................................71

483.19 Dibujando Biomolculas Complejas..................................................................72363.19.1 Creando la Estructura de -Maltosa...........................................................................72

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Tabla de Contenidos

493.20 Definiendo una Plantilla de Usuario...................................................................73373.20.1 La Ventana Organizador de Plantillas .......................................................................74 383.20.2 El Archivo Plantilla.cfg.................................................................................................75 393.20.3 Plantillas Disponibles..................................................................................................75

7 Creando Objetos Grficos............................................................................80503.21 Objetivos.............................................................................................................80 513.22 Dibujar un Diagrama de Energa de Reaccin..................................................80403.22.1 Dibujar una Curva.......................................................................................................81 413.22.2 Modificando una Curva...............................................................................................82 423.22.3 Dibujando los ejes X y Y ............................................................................................83

523.23 Dibujar Diferentes Clases de Orbitales.............................................................84433.23.1 Dibujar un orbital p......................................................................................................84 443.23.2 Dibujar un orbital d......................................................................................................85 453.23.3 Dibujar un orbital tipo pi..............................................................................................86

533.24 Dibujar un Aparato de Destilacin al Vaco.......................................................87463.24.1 Anotaciones en un Diagrama......................................................................................89 23.24.1.1 Adicionar Texto Capturado..................................................................................89 33.24.1.2 Insertar Llamadas................................................................................................90 43.24.1.3 Reformar Llamadas.............................................................................................91 53.24.1.4 Agrupar/Desagrupar Elementos.........................................................................91

543.25 Dibujar una Trenza de dos Cadenas de ADN...................................................92 553.26 Dibujando Lpidos y Micelas..............................................................................96473.26.1 Dibujando el lpido.......................................................................................................96

563.27 Crear un Cartel...................................................................................................98 573.28 Convertir a Adobe PDF Nuevo en 5.0!...........................................................99

84. Trabajando con Estilos en Modo Estructura..........................................100584.1 Objetivos.............................................................................................................100 594.2 Cambiar el Estilo de Estructuras.......................................................................100484.2.1 Aplicar un Estilo de Revista (Diario)...........................................................................101 494.2.2 Preparar una Publicacin...........................................................................................102

604.3 Creando su propio Estilo....................................................................................102504.3.1 Estilo definido por el Usuario: Azcar.........................................................................103 514.3.2 Estilo definido por el Usuario: Fosfato........................................................................104 524.3.3 Estilo definido por el Usuario: Base............................................................................104 534.3.4 Estilo definido por el Usuario: Resaltado....................................................................105

614.4 Aplicar Estilos Existentes...................................................................................106 624.5 Haciendo un Estilo para usarlo por Defecto......................................................107

95. Trabajando con Estilos en el Modo Dibujo.............................................108635.1 Objetivos.............................................................................................................108 645.2 Cambiar el Estilo de un Objeto..........................................................................108 655.3 Guardando un Estilo..........................................................................................108 665.4 Aplicar un Estilo existente..................................................................................109 675.5 Configurando un Estilo Predefinido...................................................................109 685.6 Manejando Estilos..............................................................................................110

106. Calculando Propiedades Macroscpicas.............................................111696.1 Resmen............................................................................................................111 706.2 Calculo de Propiedades Macroscpicas...........................................................111546.2.1 Comando Men...........................................................................................................111 556.2.2 Despliegue Automtico en la Barra de estado............................................................112

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Tabla de Contenidos

716.3 Algoritmos para el Clculo de Propiedades Macroscpicas.............................113566.3.1 Volumen Molar, VM.....................................................................................................113 576.3.2 Refractividad Molar, RM..............................................................................................114 586.3.3 Parachor, Pr................................................................................................................114 596.3.4 Densidad, d.................................................................................................................114 606.3.5 Indice de Refraccin, n...............................................................................................114 616.3.6 Tensin Superficial, ..................................................................................................114 626.3.7 Constante Dielctrica, (Permitividad).......................................................................115 636.3.8 Polarizabilidad.............................................................................................................115 646.3.9 Masa Monoisotpica, Nominal y Promedio.................................................................115

726.4 Correlacin Estadstica con datos Experimentales...........................................115656.4.1 Distribucin de la prediccin del error en la Refractividad Molar...............................115 666.4.2 Distribucin de la Prediccin del error del Volumen Molar.........................................116 676.4.3 Distribucin de la prediccin del error del Parachor...................................................116 686.4.4 Distribucin de la prediccin del error en el Indice de Refraccin ...........................117 696.4.5 Distribucin de la prediccin del error de la Densidad...............................................117 706.4.6 Distribucin de la prediccin del error para la Tensin Superficial ..........................118 716.4.7 Estimacin del Error de la constante Dielctrica (Permitividad).................................118

11 Teclas de Funciones Especiales..............................................................119736.5 Objetivos.............................................................................................................119 746.6 Tautmeros........................................................................................................119726.6.1 Ejemplos......................................................................................................................120 736.6.2 Errores en la Literatura Qumica.................................................................................121

756.7 Diccionario..........................................................................................................124 766.8 Adicin Gratuita ACD/NombreNuevo en 5.0!................................................125746.8.1 Limitaciones del ACD/Nombre Gratuito .....................................................................126

12 Goodies...................................................................................................... 127776.9 Qu son los utilitarios Goodies?......................................................................127 786.10 Dnde puedo encontrarlos?.............................................................................127 796.11 Goodies............................................................................................................127

13 Conclusin................................................................................................. 132

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Introduccin1.1 Qu es ACD/ChemSketch

ACD/ChemSketch es un software para dibujo en Qumica de Dibujo Avanzado en Qumica (Advanced Chemistry Development, Inc). designado para ser usado solo o integrado con otras aplicaciones. ChemSketch es usado para dibujar estructuras qumicas, reacciones y esquemas. Puede usarse para desarrollar reportes y presentaciones. ACD/ChemSketch tiene las siguientes capacidades: Modo Estructura (Structure Mode) para dibujar estructuras qumicas y calcular sus propiedades. Modo Dibujo (Draw Mode) para texto y procesamiento de grficos. Propiedades Moleculares (Molecular Properties) clculos para estimacin automtica de: Peso formula; Composicin en porcentaje; Refractividad molar; Volmen molar; parachor; indice de refraccin; tension superficial; densidad; constante dielctrica; polarizabildad; masa monoistopica, nominal y promedio. ACD/ChemSketch puede soportarse solo como un paquete de dibujo o actuar como el referente para otro software ACD tal como el Predictor RMN.

1.2

Mdulos Adicionales

Hay partes de software ACD adicionales que estn accesibles a travs de la interfase ChemSketch, con un simple clic en un botn. Estas partes, se estn incrementando en nmero con cada mejora, estn disponibles como opciones adicionales y podran considerarse como componentes separados. Por favor contctenos o consulte nuestra pgina web para ms detalles sobre precio y disponibilidad. ChemBasicel lenguaje de programacin especial que habilita su uso para abonados del software ACD (puede bajarse de http://www.acdlabs.com). ChemBasic esta disponible en nuestro sitio web. Mire el captulo 13, Goodies, para ms ejemplos de como ChemBasic puede usarse con ChemSketch.

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Introduccin

ACD/I-Label servicio basado en internet que permite acceder instantneamente a las bases de datos qumicas y a los programas de prediccin. Se puede obtener una cuenta de Interactive Lab en http://www.acdlabs.com/ilab. Desde la primavera del 2000, se dispuso de un demo de 15 das. ChemSketch 4.0 y posteriores pueden acceder a I-Lab automticamente, si se corre con un PC que tenga conexin a Internet. Refirase al captulo 4 para ms detalles. ACD/Tautomerschequea y genera las formas tautmeras ms razonables de estructuras orgnicas (incluidas en las versiones libre y comercial de ChemSketch). Refirase a la Seccin 12.2 para ms detalles. ACD/Dictionary consulta la estructura molecular de nombres de drogas comunes. ACD/Diccionario contiene ms de 85,000 nombres sistemticos y no sistemticos del rea teraputica usados frecuentemente como agentes qumicos y biolgicos. Las entradas cubren ms de 200 reas teraputicas, y los inhibidores para ms de 500 enzimas diferentes (se incluyen en la versin comercial nicamente). Refirase a la Seccin 12.3 para ms detalles. Nuevo! ACD/Free Name (Nombre gratis)genera un nombre de acuerdo a las recomendaciones de la IUPAC sobre Nomenclatura Orgnica, Bioqumica e Inorgnica. Esta herramienta se distribuye como una adicin libre del ChemSketch. Refirase a la Seccin 12.4 para ms detalles. Los siguientes botones son funcionales si se compran como complemento al ACD/ChemSketch: ACD/Boiling Point and Vaporization calcula los puntos de ebullicin a cualquier presin desde 0.001 mm Hg hasta 10 atm, en muchos casos hasta 10 grados o mejor, para una estructura dibujada en la ventana de ChemSketch. Esta opcin se describe en una gua de usuario separada ACD/Boiling Point & Vapor Pressure Calculator. ACD/Sigma muestra los parmetros tipo Hammett o relacionados para diferentes grupos substituyentes tal como se dibujan en la ventana de ChemSketch. Esta opcin se describe en una gua de usuario separada ACD/Sigma. ACD/Name to Structure genera la estructura molecular para el nombre de cualquier sustancia que se teclee. ACD/Name to Structure trata muchos nombres de compuestos orgnicos generales y muchos productos naturales derivados de acuerdo a las recomendaciones de la IUPAC en nomenclatura para orgnica, bioqumica e inorgnica. Esta opcin se describe en una gua de usuario separada en ACD/Name to Structure.

1.3

Qu hay Nuevo en 5.0

Si usted es Nuevo en este software, le recomendamos que trabaje con los ejemplos descritos en los siguientes captulos. Sin embargo, si ha comprado (o esta pensando comprar) este software como una mejora, rpidamente se har familiar con las caractersticas bsicas de ChemSketch. En esta seccin se enumeran solamente las nuevas caractersticas.

1.3.1 Funciones Generales ACD/Labs Todo el software ACD corre como una aplicacin de 32-bit sobre PCs con Sistemas Operativos Windows 95/98/NT/ME/2000, excepto para ACD/I-Lab de Intranets, Series para el SGI y Series para productos Sun Solaris.

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Introduccin

Todos los programas del software ACD que corren en PCs son controlados por ACD/Host el cual permite acceder a un conjunto de parmetros descargables temporizados y recargables. Todas las versiones PC del software ACD (excepto para Series PhysChem, Simulador LC y Simulador GC) incluyen una nueva caracterstica que automticamente detecta el archivo asociado por defecto para ciertas extensiones que son especiales para el software ACD (p.ej. .sk2, .esp, .lud). En la versin 5.0 liberada, hay una ventana ACD que contiene comandos de Asociacin de Archivos... (men File). Todas las versiones PC de software ACD tienen una nueva lista de comandos bajo el men Help: Bug Report / Feature Request. Si usted tiene un PC con conexin a Internet, al seleccionar este comando lo llevar automticamente a la pgina web de ACD para dificultades en reportes y nuevas caractersticas requeridas. Una nueva caracterstica conveniente para todos los dilogos de entrada/salida en todas las ventanas de la versin 5.0 es que la caja de dialogo de Seleccionar Archivo pueden cambiar de tamao (esquina de dialogo inferior derecha). As, las manipulaciones de carpetas y archivos, como creacin de nueva carpeta, limpiar escritorio y mostrar los detalles de los archivos pueden hacerse una vez que se salga de la caja de dialogo. Todo el software ACD para PC puede ser actualizado a travs de Internet, usando la facilidad del trabajo en lnea. Refirase a la seccin 1.9.3.

1.3.2 Funciones Especficas de ChemSketch Ahora puede escribir sus archivos ChemSketch en formato PDF, apropiado para uso con Adobe Acrobat Reader y software relacionado. Puede tambin exportar estructuras en formato Chemical Markup Language (CML). Convertir frases SMILES a estructuras, y convertir estructuras a SMILES. (Designaciones Estereoqumicas Excludas.) La masa atmica puede ser calculada, no exactamente la masa promedio, pero si los istopos ms comunes. Las instrucciones en lnea de Autores ha sido expandida y actualizada con la ltima informacin de sus diarios favoritos. Hay nuevas plantillas, y algunas mejoras de las plantillas existentes. Un Nuevo mduloACD/Nombre Gratisesta disponible como botn sobre la barra de herramientas. Refirase a la Seccin 12.4. La convencin rotacin 3D se ha hecho idntica a la usada por el visor ACD/3D.

1.4 Los botones Ms de Reaccin

Qu haba en 4.5estn disponibles

y Flechas de Reaccin

directamente en el modo Estructura. Usted no tiene que escoger el modo Dibujo para dibujar estos objetos. El Nuevo tabulador Reaccin en la caja de dialogo Preferencia (men Opciones) permite escoger varias opciones para los signos + y flechas de reaccin. Los Objetos Grficos (los creados en el modo Dibujo) pueden seleccionarse y moverse en el modo Estructura. Esto facilita el dibujo de reportes complejos. Para habilitar esta caracterstica, asegrese de escoger Seleccionar Grficos en el tabulador Estructura de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones).

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Introduccin

La configuracin Estreo puede controlarse cuando se aplican las herramientas Depurar y Girar. Del men Opciones seleccionar Preferencias y referirse a la parte inferior del tabulador Estructura. Pueden importarse nuevos formatos de archivos: archivos ChemDraw CDX (*.cdx) y REACCS RXN (*.rxn). Los formatos de Exportacin RXN son tambin nuevos. Un modulo adicional Nuevo se puede comprar para integrarse en la ventana de ChemSketch ACD/Name to Structure (refirase a la Seccin 1.2 para ms detalles). La adicin de ACD/I-Lab permite acceder a nuestros mdulos de prediccin y a varias bases de datos va Internet. Inscrbase para una cuenta en Interactive Lab en http://www.acdlabs.com/ilab. Desde la primavera del 2001, se dispone de un demo de 15 das de I-Lab. El I-Lab puede accederse automticamente, si se dispone de un PC con conexin a Internet. Refirase al Captulo 4 para usar muestras de I-Lab con la interfase ChemSketch.

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Introduccin

1.5

Acerca de esta Gua

Para empezar a usar ACD/ChemSketch en su potencia total no tiene que leer el manual, este programa es intuitivo y simple de usar. Esto es porque esta gua no provee descripciones comprensivas de todas las opciones disponibles en el programa; as que, usted puede comenzar. Despus de revisar estos ejercicios, estar en capacidad de usar usted mismo el ACD/ChemSketch, sin ninguna asistencia y con mxima velocidad y eficiencia. Usted ser capaz de ver de cerca cada seccin de esta gua en forma animada en la pelculas basadas en LotusCam-, descargables de nuestro sitio web. (Estas pelculas estn presentes tanto en nuestro CD demo como en el CD de instalacin.) Esta gua de usuario se provee en forma electrnica, la cual se puede leer en los procesadores de texto disponibles comnmente. Si no puede localizar algo especfico en el ndice, escriba una frase que contenga la palabra o frase buscada, o en su defecto palabras relacionadas. Los pantallazos mostrados a lo largo de esta gua han sido tomados con tamaos relativamente pequeos. La pantalla por defecto es una ventana que cubre toda la pantalla. Haga clic sobre el botn minimizar (lado superior derecho de la ventana) para obtener un rea pequea de trabajo; haga clic sobre el botn maximizar para regresar a pantalla completa. Los pantallazos han sido tomados de las ltimas versiones del software. Hemos hecho cada esfuerzo para lograr que se vea el ACD/ChemSketch tal y como se muestra en la gua, pero hay algunas pequeas discrepancias. Esta gua asume que usted esta familiarizado con el uso del ratn y la manipulacin de Microsoft Windows.

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Introduccin

Gane!!! Su opinin es importante para nosotros.

Una vez que usted ha usado esta gua, nos gustara su concepto. Cmo podemos mejorar la documentacin para este producto?. Tenemos un pequeo cuestionario que esperamos usted complete. Todos los que respondan el dibujo formarn parte para un premio de ACD/ChemFolder (o descuento equivalente en la compra de cualquier software ACD). Por favor use MS Word 6.0 o posterior para abrir el archivo survey.doc o use Adobe Acrobat Reader para abrir survey.pdf en la documentacin del CD que usted ha recibido con este software, o visite la pgina Feedback en nuestro sitio Web, http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html. los ganadores del dibujo son anunciados al final de cada ao calendario.

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Introduccin

1.6 Puntero (Point) significa mover el puntero del ratn

Definiciones Usadashacia un elemento.

En este tutorial se usarn los siguientes trminos para describir diferentes acciones: Clic (Click) significa mover el puntero del ratn, y presionar el botn izquierdo. Clic derecho (Right-click) significa mover el puntero del ratn hacia un elemento, y presionar el botn derecho. Doble clic (Double-click) significa mover el puntero del ratn hacia un elemento, y rpidamente presionar dos veces el botn izquierdo. Arrastrar (Drag) significa presionar el botn izquierdo del ratn y mantenerlo presionado mientras se mueve el ratn.Nota

En Windows el lado izquierdo del ratn se usa por defecto. Para cambiarlo al lado derecho por defecto, desde el Panel de Control de Windows seleccione Mouse y haga los cambios que quiera. (esto tambin permite cambiar la velocidad y los atributos de movimiento del ratn.)

1.7

Versiones Demo

Cuando la versin demo se ejecuta, se ver un mensaje que se desplaza para informarlo que es un software ACD de Demostracin. Tambin ver este mensaje a lo largo del curso normal cuando usa el software de demostracin. Las versiones de los programas Demo de ACD/Labs tienen algunos comandos restringidos como Guardar, Copiar, Cortar, Pegar y caractersticas de impresin. Si usted trata de llevar a cabo una operacin restringida en la versin demo, aparecer una caja de dialogo para informarle que esa operacin no esta permitida. Si desea conocer ms acerca de una restriccin especfica en la versin completa del programa, por favor contctenos. De todas formas, muchos de los ejercicios y ejemplos en esta gua estn diseados para que los pueda ejecutar con la versin demo del programa ACD/Labs.

1.8

Versin Libre

Desde Abril de 1999, Advanced Chemistry Development ha estado ofreciendo de forma libre el ChemSketch, a travs del vnculo Free Stuff en nuestro sitio Web.Importante

El software libre ACD/ChemSketch puede instalarse en una carpeta separada. Esta carpeta puede contener otro software ACD libre corrientemente disponible, tal como el visor ACD/Spec, el visor ACD/CNMR, el visor ACD/HNMR, etc. pero no debe contener ningn software ACD comprado.

La versin libre 5.0 de ACD/ChemSketch tiene varias mejoras, comparadas con la versin anterior. Esta versin contiene ms, pero no todas, las funcionalidades de la versin comercial 5.0. la siguiente tabla totaliza las diferencias entre las versiones libre y comercial del ChemSketch 5.0:

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Introduccin

OpcinACD/Tautmeros ACD/Nombre Libre ACD/Visor 3D ACD/I-Lab adiciones Instrucciones de Autores Exportar a Adobe PDF ACD/Diccionario Soporte TcnicoNota

Libre

Comercial

(puede ser instalado separadamente1) (puede ser instalado separadamente)

Aunque el ACD/ChemSketch libre no le permite soporte tcnico, nosotros lo invitamos a visitar el Nuevo grupo ChemSketch en la direccin mencionada en la prxima seccin donde usted puede poner sus preguntas o compartir sugerencias.

1.91.9.1 Sitio Web

Para ms Informacin

Para ver lo ultimo en software ACD y servicios, visite nuestro sitio web en http://www.acdlabs.com Nuestro sitio Web es accedido diariamente unas diez mil veces. Hay una razn para esto: mucho se ofrece a travs de nuestro sitio Web. Ya que desde la primavera del 2001, nosotros ofrecimos la versin 4.5 de ChemSketch libre, una adicin libre de ISIS 3D, ChemDraw y extensiones libres y un demo libre de 15 das de Interactive Lab donde usted puede realizar clculos usando applets de java sin comprar el software. Tenemos pelculas basadas en Lotus Cam las cuales muestran la operacin de muchos paquetes nuestros (especialmente ChemSketch) disponible para bajarse.

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Resaltamos que podra ser ms conveniente ofrecer todo el paquete en un solo descargable para ciertos usuarios, pero otros usuarios tienen dificultades al bajar un archivo grande. As que nosotros los proveemos por partes.

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Introduccin

Estamos continuamente actualizando la informacin en nuestro sitio web. El sitio web le dir qu conferencia cientfica puede visitar en la casilla. Puede buscar las preguntas frecuentes en la pgina y entrar a conversar en nuestro grupo de noticias, el cual puede tambin alcanzar mediante nuestra pgina web. Si usted quiere estar informado de los ltimos desarrollos en software qumico de ACD, por favor asegrese de inscribirse en el correo de nuestro sitio web: http://www.acdlabs.com/feedback/mailing.html si desea compartir o hacer parte de nuestro grupo de noticias ChemSketch, por favor acceda a: news://news.acdlabs.com/acd.public.chemsketch

1.9.2 Cmo contactarnosSe puede acceder a travs de nuestro sitio web, por telfono, fax y correo regular, pero la va ms popular para contactarnos es mediante el correo electrnico. Preguntas sobre precio, ventas, disponibilidad y cosas generales pueden dirigirse a: [email protected]. El Soporte tcnico y cientfico debe ser dirigido a: [email protected]. Por favor dganos el software comprado, el nmero de la versin y fecha de emisin del producto para el cual usted nos esta contactando. (Esta informacin esta disponible al seleccionar Ayuda.). Si aplica, dganos el nombre del distribuidor a quin usted compr el software.

1.9.3 Actualizaciones en LneaNuevo en 5.0!La versin 5.0 de todo el software ACD para PC contiene la capacidad de actualizar software disponible en lnea. Usted necesitar el nmero de registro del software y una conexin a Internet desde el mismo computador donde esta instalado el software. Las actualizaciones son pequeos ajustes, por ejemplo, llevando la versin 5.00 a la versin 5.01. Por favor Refirase al documento Actualizaciones en Lnea, incluido con el resto de la documentacin en su Carpeta de Documentos para mayor informacin, o por correo electrnico a nuestro departamento de soporte.

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Lo Bsico de ACD/ChemSketch1.10 ObjetivosEste captulo lo familiarizar con: Cmo comenzar el programa; Cmo instalar y cambiar las asociaciones de archivos; Cmo instalar los directorios por defecto; Las bases de la interfase ChemSketch, es decir, los modos Estructura y Dibujo; y Como salir de ChemSketch.

1.11 Iniciando ACD/ChemSketchUna vez que ACD/ChemSketch ha sido instalado en su computador, siga los siguientes pasos bsicos: 1. Iniciar Microsoft Windows. 2. Haga Doble-clic en el icono ChemSketch. O Desde el men Empezar/Correr en Windows 95/98/2000 o la barra de tareas NT, escoja ACD/Labs y luego escoja el icono de ChemSketch. O Haga Doble-clic en el archivo chemsk.exe en la carpeta donde usted instal todo el software ACD. Por defecto esta es ACD50. O si usted tiene otros programas ACD/Labs corriendo, desde el men ACD/Labs escoja ChemSketch. 3. Usted debera ver una pantalla parpadeante. Si es la versin libre, usted ver la pantalla para los Productos ACD/Labs. Clic OK para cerrarla. Si desea suprimir esta caja de dialogo en los subsecuentes inicios, escoja Ayuda (HELP)> ACD/Labs Productos y haga clic en Mostrar esta pantalla al inicio (Show this Screen at Startup).

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1.12 Instalando Asociaciones de ArchivosNuevo en 5.0!1. Si esta es la primera vez que usted comienza el programa, puede aparecer la caja de dialogo Asociacin de Archivos (File Association).

2. Esta caja contiene una lista seleccionable de extensiones y tipos de archivosCS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) y posiblemente otras que usted puede querer abrir automticamente con el software ACD desde ahora. Si es as, haga clic en la caja de chequeo para los formatos que quiere adicionar y luego escoja el botn Si. 3. si no quiere que ChemSketch abra automticamente los archivos de la extensiones mostradas, o no esta seguro, deje las cajas en blanco y escoja el botn No. 4. Entonces usted ver el Consejo del Da, que podr cerrarlo despus de leerlo.

1.12.1 Cambiando Asociaciones de ArchivosSi usted no seleccion los formatos, la asociacin puede verse o cambiarse en cualquier tiempo escogiendo del men Archivo la opcin Asociacin de Archivos (File Association). Si seleccion todos los formatos, entonces usted recibe un mensaje, todos los tipos de archivo soportados estn asociados con la presente versin. En este caso, para cambiar la asociacin de archivos, debe hacerlo a travs de Windows Explorer. 1. Abra Windows Explorer, y seleccione un archivo con el que quiere asociar la extensin. 2. Tenga presionada la tecla SHIFT y haga clic con el botn derecho sobre el archivo. Desde el men emergente, seleccione Abrir con... 3. Escoja la aplicacin que usted quiere usar para abrir el archivo y seleccione Siempre usar este programa . 4. Haga Clic sobre OK y cierre Windows Explorer.

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1.13 Cambiando Directorios por DefectoSi usted esta corriendo una copia de ChemSketch para usuario individual, las caractersticas del directorio por defecto son igualmente refinadas. Si tiene una copia para trabajo en red, es aconsejable cambiar el directorio por defecto en el software ACD/Labs as que el drive por defecto para guardar los trabajos es el disco duro del usuario y no el del servidor remoto. Despus de crear el acceso local para cada limitado o ilimitado nmero de registros, entonces para cada instalacin local: 1. En la ventana ChemSketch, desde el men Opciones, escoja el comando Preferencias. 2. Haga clic sobre el tabulador General. En la parte inferior de la caja especifique el directorio que se abrir cada vez que usted abra la caja de dialogo Importar, Abrir, Guardar, Exportar en la ventana del ChemSketch:

En la caja Privada usted puede escoger el directorio para grabar la configuracin del programa ChemSketch (por ejemplo., archivos template.cfg y qrstyles.stl). 1. Hacer clic en OK.Nota

1.14 Modos Estructura y DibujoCuando inicia ACD/ChemSketch, usted encuentra muchos comandos men y botones de barras de herramientas que aparecen inactivos. Ellos se harn disponibles tan pronto como dibuje una estructura. En la ventana de ChemSketch, hay dos modos, Estructura y Dibujo. Usted los escoge usando los botones en la esquina superior izquierda:

en el modo Estructura usted dibuja estructuras y esquemas de reaccin mientras que el modo Dibujo le presenta herramientas para entrar texto y dibujar diferentes objetos grficos.

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1.14.1 Pantalla Modo EstructuraAbajo puede ver la pantalla habilitada del modo Estructura. Los nombres y posiciones de las barras de herramientas, pueden usarse a travs de la gua completa. Title bar Menu bar General toolbar ChemBasic toolbar Structure toolbar

Atoms toolbar

Reference toolbar

Workspace

Color Palette Status bar La barra Titulo muestra el nombre del programa y el nombre del archivo abierto. El nombre por defecto del archivo es NONAMExx.SK2, donde xx es un contador. Barra Men contiene una serie de palabras. Cada una vincula a una lista (menu) de comandos relacionados para trabajar en la ventana de ChemSketch en el modo Estructura. Barra de Herramientas General localizada al lado derecho debajo de la barra men, incluye herramientas que estn presentes en los dos modos y le ayudarn con tareas relevantes para los dos modos tal como: guardar y abrir archivos, deshacer/rehacer operaciones, copiar y pegar, acercarse y alejarse, como tambin insertar diferentes plantillas. Barra de Herramientas ChemBasic localizada debajo de la barra de herramientas General es opcional y contiene utilitarios (Goodies) u otras aplicaciones ChemBasics. Para ms detalles referirse al captulo 13. Barra de herramientas Estructura ubicada al lado derecho arriba de la zona de trabajo y solamente esta presente en el modo Estructura. Contiene herramientas para dibujar y manipular estructuras qumicas. Barra de herramientas tomos desplazada verticalmente al lado izquierdo de la pantalla en la esquina izquierda, contiene botones que representan tomos y herramientas para cambiar propiedades de los tomos (carga, valencia, numeracin, etc.). Barra de herramientas Referencia localizada al lado derecho de la ventana, contiene la Tabla de Radicales y diferentes botones que representan radicales ya hechos que usted puede tomar de la tabla. Usted puede adems acceder al Diccionario desde esta barra de herramientas. Espacio de trabajo es el rea abierta en el centro donde se dibujan las estructuras. (Ejemplo mostrado.)

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Paleta de Colores al final de la zona de trabajo le permite acceder rpidamente a los colores de los tomos y los enlaces en la estructura qumica seleccionada (presionando con el botn derecho del ratn sobre el color). Barra de Estado contiene informacin que puede usarse al momento: nombre del archivo SK2 que usted esta trabajando, nmero de fragmentos en la zona de trabajo, frmula molecular de la estructura seleccionada y otras propiedades disponibles para esa estructura. Esta barra tambin contiene un botn para acceso automtico a I-Lab.

1.14.2 Pantalla Modo DibujoAbajo puede ver la pantalla en el modo Dibujo habilitado. Se introducen los nombres y posiciones de las barras de herramientas, para ser usadas durante la gua.Title bar Menu bar General toolbar ChemBasic toolbar Editing toolbar

Drawing toolbar

Workspace

Color Palette Status bar

Barra Titulo muestra el nombre del programa y el nombre del archivo activo. Por defecto el nombre del archivo es NONAMExx.SK2, donde xx es un contador. Barra Men contiene una serie de palabras. Cada una vincula a una lista (menu) de comandos relacionados para trabajar en el modo Dibujo de la ventana de ChemSketch. Barra de herramientas General localizada al lado derecho debajo de la barra men e incluye herramientas que estn presentes en los dos modos y le ayudarn en las tareas generales como guardar y abrir archivos, rehacer/deshacer operaciones, copiar y pegar, alejar y acercar e insertar diferentes plantillas. Barra de herramientas ChemBasic localizada debajo de la barra de herramientas General es opcional y contiene ayudas para otras aplicaciones ChemBasic. Para ms detalles referirse al captulo 13. Barra de herramientas Edicin ubicada debajo de la barra de herramientas General, solo est presente en el modo Dibujo, incorpora herramientas para edicin y manipulacin de objetos grficos. Barra de herramientas Dibujo desplazada verticalmente al lado izquierdo de la pantalla, contiene botones para dibujar objetos grficos y texto.

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Zona de trabajo es el rea abierta en el centro donde se dibujan los objetos grficos y se teclea texto. Paleta de Colores en la parte inferior de la zona de trabajo, permite colorear rpidamente objetos seleccionados (haciendo clic con el botn derecho sobre los colores). Barra de Estado contiene informacin que puede usarse al instante: nombre del archivo, estado del documento y nmero de pgina.

1.15 Salir de ChemSketchUsted puede salir del programa por cualquiera de las siguientes vas: Haciendo clic -O Desde el men ACD/Labs escoger el comando Cerrar todo. Esto cerrar todos los programas ACD abiertos uno a continuacin del otro. -O seleccionar el comando Salir del men Archivo. Esto cerrar solo el programa ACD activo. Usted estar habilitado para salvar su trabajo en el formato de archivo apropiado, dependiendo de la ventana que est cerrando. en la esquina superior derecha de la barra de ttulo de cualquier ventana;

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1.16 ObjetivosEn este captulo se consideran las bases para el dibujo de estructuras, las cuales solo se permiten en el modo Estructura. El objeto de este captulo es dar un panorama de las caractersticas del dibujo en qumica de ChemSketch. En esta seccin aprender a: Dibujar tomos, enlaces (simples, dobles, triples; acuados, coordenados, indefinidos) y etiquetas; Girar una estructura molecular dibujada; seleccionar, rotar y redimensionar estructuras dibujadas; enviar la estructura a un archivo, documento o impresora; y limpiar la pantalla. Dibujar enlaces y tomos es la actividad bsica en el espacio de trabajo de ChemSketch. Asegrese que est en el modo Estructura para las siguientes acciones:

1.17 Dibujar Atomos, Enlaces y Etiquetas1.17.1 Uso de la herramienta Dibujo NormalLa herramienta Dibujo Normal es la herramienta por defecto cuando se inicia el programa. En este modo usted puede fcilmente dibujar cadenas normales o ramificadas y remplazar los tomos dibujados con otros tomos de la Tabla Peridica de Elementos. 1. Asegrese que la herramienta Dibujo Normal est habilitada en la barra de esta seleccionado en la barra

herramientas Estructura y que el tomo de Carbono tomos. 2. Haga Clic en un espacio vaco para dibujar CH4 3. Haga Clic sobre elCH4

para adicionar un grupo -CH3, para obtener

CH3-CH3

con una longitudH3C CH3 H3C

de enlace estndar. Haga Clic dos veces ms sobre el mismo Carbono para dibujar

4. Haga Clic en el botn Colocar los Enlaces Verticalmente (Set Bond Vertically) sobre la barra Estructura y haga clic en cualquier enlace de la estructura para rotarlo en esta orientacin:H3C CH3 CH3

5. Haga Clic en el botn Dibujo Normal

sobre la barra Estructura.H3C CH3 CH3

6. Haga Clic sobre el Carbono derecho para dibujar

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7. Repita los pasos anteriores para dibujar las siguientes estructuras:H3C CH3 CH3 H3C CH3 CH3 H3C CH3 C H3H3C CH3 CH3

,

,

y

1.17.2 Dobles y Triples Enlaces1. Sobre la ltima estructura dibujada, haga clic una vez en el ultimo enlace para ubicar un doble enlace all:H3C CH3 CH2

2. Haga Clic en el mismo lugar para ubicar un triple enlace:H3C CH3 CH

3. Haga Clic sobre el triple enlace para hacer de Nuevo un enlace sencillo.

1.17.3 Borrado Individual de AtomosSi ha adicionado muchos tomos, usted puede removerlos de uno en uno. 1. Haga Clic en el botn Borrar (Delete) .

2. Haga Clic sobre algunos tomos para practicar el borrado.

1.17.4 El Comando DeshacerOtra importante operacin es cmo rescatar un cambio que no deseaba haber hecho. 1. Haga Clic en el botn Deshacer (Undo)Nota

. Esto volver la pantalla del ChemSketch

exactamente en donde se hizo el ltimo cambio. Tan pronto como el botn Deshacer es oprimido, el botn Rehacer (Redo) (al lado de este) se activar. 2. Haga Clic varias veces en el botn Deshacer hasta que retorne a la siguiente estructura:H3C CH3 CH3

Nota

El comando Deshacer puede repetirse hasta 50 veces. Cuando usted comienza a dibujar molculas ms complejas u objetos grficos, se recomienda que adquiera el hbito de guardar su trabajo en un archivo despus de hacer varios cambios.

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1.17.5 Cambiar un Atomo1. Haga Clic en el botn Tabla Peridica de la Tabla Peridica: en la barra Atomos para abrir los Elementos

2. Haga Clic en el botn Flor tomos.

. Note que el botn Flor ahora aparece en la barra

3. Haga Clic en el Carbono de la izquierda para remplazarlo por el tomo de Flor:F CH3 CH3

Nota

Cuando se seleccionan nuevos elementos de la Tabla Peridica de Elementos, los correspondientes botones se adicionan automticamente a la barra de tomos. Para remover estos botones, haga doble clic en cualquiera de ellos o doble clic en la barra tomos y escoja Si. Esta accin remover todo excepto los botones de los tomos por defecto.

1.17.6 Uso de la Herramienta Dibujo ContinuoCuando la herramienta Dibujo Continuo esta active, se pueden dibujar enlaces sobre el tomo resaltado. Para resaltar un tomo, haga clic en este. Este modo es muy conveniente para generar nuevos tomos del tomo seleccionado. 1. Haga clic en el botn Dibujo Continuo 2. Asegrese que el botn Flor en la barra Estructura. Alternativamente, puede presionar el botn derecho del ratn para escoger este modo de dibujo. esta seleccionado en la barra tomos.

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3. Haga clic en el carbono que esta ms a la derecha para seleccionarlo. Haga clic otra vez para generar un flor en el carbono seleccionado. Haga Clic dos veces sobre el mismo carbono para generar un Segundo tomo de flor:F F F CH3

1.17.7 Usando el Arrastre del RatnCon las dos herramientas de dibujo, Dibujo Normal o Dibujo Continuo , arrastrar el ratn desde un tomo a otro dibuja un enlace sencillo entre ellos. Si arrastra desde un espacio vaco, se inserta un Nuevo tomo al comienzo o al final del enlace dibujado. Con las dos herramientas activas Dibujo Normal o Dibujo Continuo, lleve el puntero del ratn desde uno de los carbonos terminales y arrstrelo hasta el otro carbono terminal para dibujar la siguiente estructura:F F F

1.17.8 Depurar (Clean) la EstructuraHaga Clic en el botn Depurar en la barra Estructura para estandarizar todas las longitudes de enlace y ngulos en la estructura dibujada para obtener lo siguiente:F F F

Nota

el comando Depurar no solo estandariza todas las longitudes de enlace sino los ngulos para hacer la estructura ms agradable hace que la estructura dibujada se cierre para hacerla qumicamente correcta. Para fragmentos aciclicos, por ejemplo, ubica los enlaces cerca de los carbonos sp2 a un ngulo de 120o y los enlaces cercanos a los carbonos sp a 180o (lineales). Si dibuja ismeros geomtricos y estreo ismeros, el comando "depurar" estandariza sus longitudes de enlace y ngulos mientras retiene todos sus significados estructurales.

1.17.9 Uso de la herramienta enlaces Estereos, Coordinados e indefinidosUsted puede dibujar una amplia variedad de enlaces, adems de las conexiones ordinarias: Enlaces estreo dirigidos hacia usted Enlaces estreo dirigidos hacia atrs Enlaces coordinados Y enlaces indefinidos ; . ; ;

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Seleccione una de estas herramientas y haga clic sobre cualquier enlace en la estructura dibujada. Haga clic repetidamente sobre un enlace estreo o coordinado para cambiar su direccin.

1.17.10

Editando Etiquetas de AtomosLa herramienta Editar Etiquetas de tomos le permite sustituir tomos

terminales con abreviaturas cortas. 1. Haga Clic en el botn Editar Etiquetas de tomos desde la barra tomos en el tomo de flor que esta ms a la derecha de la estructura dibujada. 2. en el dialogo Editar Etiqueta, teclee (CH2)3Ph y haga clic en Insertar. Note que la etiqueta es insertada en la posicin escogida y los ndices se colocan automticamente:F F (CH2)3Ph

3. Seleccione la herramienta Cambiar PosicinF F

y haga clic en la etiqueta para invertirla:

Ph(H 2C) 3

Si usted hace clic sobre la etiqueta con la herramienta Cambio de Posicin (Change Position) activa mientras mantiene presionada la tecla SHIFT, el punto de conexin de la etiqueta se cambiar. 4. Con la herramienta Editar Etiquetas de tomos activa haga clic sobre la abreviatura obtenida para abrir el dialogo Editar Etiquetas de nuevo. Entonces haga clic sobre el botn Expandir para obtener la siguiente estructura:Importante

F F

1.17.11

Herramienta Dibujar CadenasUsando la herramienta Dibujar Cadenas, usted puede fcilmente dibujar cadenas cortas o largas con un simple clic y arrastre del ratn.

1. Haga Clic en el botn Dibujar Cadenas ratn hacia el tomo indicado por la flecha:

de la barra Estructura y lleve el puntero del

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F F

2. Presione el botn del ratn y arrstrelo sobre el lado izquierdo. Tan pronto como mueva el ratn desde la estructura, se crea una cadena de carbonos. Note que el contador de carbonos (C #) localizado al lado de la flecha del ratn cambia con cada carbono adicionado o removido. Contine hasta que el contador alcance C 8, entonces libere el botn del ratn para finalizar la cadena:

F F

H3C

3. con la herramienta Dibujar Cadenas activa seleccione el botn Flor

desde la barra

tomos y haga clic en el grupo CH3 de la izquierda tres veces para generar tres tomos de flor. Entonces haga clic en el botn Depurar (Clean) en la barra Estructura para obtener la siguiente estructura:F F

F F F

1.18 Girando EstructurasUsted puede rotar o girar la estructura completa con un simple clic. Intente las tres primeras operaciones sobre el enlace rodeado con un crculo en la molcula de cafena:H3C N O N H3C N N O CH3

Intente las dos ltimas operaciones sobre la molcula, una vez que ha sido seleccionada.

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Botn

FuncinSeleccione este botn y haga clic sobre el enlace para ubicarlo horizontalmente, rotando el resto de la estructura consecuentemente.

ResultadoO N H3C N O CH3

N

NO

CH3CH3 N

Seleccione este botn y haga clic sobre el enlace para girarlo verticalmente, rotando as el resto de la molcula.

H3C

N

O

N CH3

N

Gire la estructura alrededor del enlace escogido.N

CH3 N O

N N H3C ON N N N H 3C O

CH 3

Seleccione primero toda la molcula (o fragmento). Este botn gira la estructura o fragmento seleccionado (o si nada esta seleccionado toda la estructura dibujada) desde arriba hacia abajo.

H 3C

O

CH3

O CH3 Seleccione primero toda la molcula (o N fragmento). Este botn gira el fragmento H3C O o la estructura seleccionada (o si no hay N N nada seleccionado, se toma todas las N estructura dibujadas) de izquierda a CH3 derecha. Importante Al aplicar la herramienta Girar puede cambiar la configuracin estreo. Para controlar esto, desde el men Opciones seleccione Preferencias y escoja la opcin Estructura. Al final del panel est el rea de guardar estreo configuracin (Keep Stereo Configuration on):

estos controles harn que el programa recuerde como cierto los arreglos 3D de la molcula. Recomendamos que se seleccione Girar (Flips). En este caso, la molcula anterior es la misma que la molcula despus del giro, aunque su representacin ha cambiado:CH3 Br H Cl

Y

e

sH Cl

CH3

Br

Para el caso de No, las molculas antes y despus del giro son enantimeros:CH3 Br H Cl

N

oH Cl

CH3

Br

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1.19 Seleccionar, Rotar, y Rotar en 3DUsted puede seleccionar tomos, enlaces y fragmentos por dos diferentes formas, usando la segunda fila de botones. Trate de hacerlo con las molculas que usted ha diseado con: el Selector Laso o . el Selector Rectngulo

Una vez que el o los fragmento(s) han sido seleccionados, hay tres caminos para hacer movimientos: Mover , , ,

Rotar/Redimensionar Rotar en 3D o usted puede realizar otras operaciones: Borrar , . o Optimizacin 3D

Optimizacin 2D (o Depurar)

.

1.20 SalirTan pronto como usted haya dibujado una o ms estructuras puede guardarlas en un archive o imprimirlas o insertarlas en otras aplicaciones tal como MS Word, Excel, etc. Usted puede tambin usar la(s) estructura(s) dibujada(s) para intentar llevarlas a los servicios de I-Lab (referirse al Captulo 4).

1.20.1 Guardando un archivo ChemSketch (SK2)Permtanos guardar el documento con las estructuras creadas en las secciones previas en el formato propio de ACD,2 como un archivo que llamaremos chapter3.sk2. 1. desde el men Archivo escoja Guardar. 2. en la caja de dialogo que aparece, especificar el nombre del archivo y el directorio donde el archivo ser ubicado. Haga clic en OK.

2

Los detalles para el formato de archivo SK2 se encuentran en el Formato de documento disponible en http://www.acdlabs.com/download/#misc.

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1.20.2 Salvando una Estructura como un archivo Mol de MDLUn formato estndar compartido por muchos programas es el formato mol, desarrollado por MDL, Inc. Note que este no retiene imgenes grficas, texto, etc. nicamente retiene la estructura molecular. 1. Seleccione la estructura que usted quiere guardar como un archivo mol. 2. Desde el men Archivo escoja el comando Exportar. Al final de la caja de dialogo que aparece asegrese que se selecciona el formato MDL Molfiles (*.mol):

3. Especifique el nombre del archivo y el directorio para guardar el archivo y haga clic en OK.Nota

La versin 5.0 de ACD/ChemSketch puede exportar en los siguientes formatos: ISIS/ Sketch (*.skc), REACCS Rxnfiles (*.rxn), CS ChemDraw CHM-file (*.chm), CML file (*.cml) - Nuevo!, Adobe Acrobat (*.pdf) - Nuevo!, Windows Metafiles (*.wmf), Windows Bitmap (*.bmp, *dib), Paintbrush (*.pcx), TIFF Bitmaps (*.tif), GIF Bitmaps (*.gif), MDL MOL-File (*.mol).

1.20.3 Imprimir1. Antes de comenzar a imprimir usted puede desear verificar los arreglos del escenario de la pgina. Desde el men Archivo escoja Disposicin de Pgina (Page Setup) para mostrar la caja de dialogo donde usted puede especificar el tamao del papel, orientacin, mrgenes para la pgina y las opciones para el cartel (ms detalles sobre la creacin de carteles pueden encontrarse en la seccin 8.7):

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2. Haga clic en OK para guardar los cambios. 3. Haga clic en el botn Pgina Completa imprimirse. 4. Si es necesario mueva los objetos sobre la pgina y arrglelos apropiadamente. 5. Desde el men Archivo escoja Imprimir o haga clic para mostrar la caja de dialogo Imprimir donde usted puede especificar el nmero de copias a imprimir. Haga clic en OK para comenzar la impresin. para observar cmo se ver la pgina al

1.20.4 Encajar la Estructura en un DocumentoAlgunas veces usted necesita insertar la estructura en un reporte escrito diferente a las otras aplicaciones de ChemSketch (por ejemplo, documentos Word, hojas de clculo de Excel, etc.). 1. Seleccione la estructura requerida o varias estructuras. 2. Para copiar la seleccin al portapapeles, haga clic en el botn Copiar -O- Desde el men Editar escoja el comando Copiar. -O- Presione CTRL+C en su teclado. 3. Seleccione la aplicacin donde usted quiere insertar la estructura y pegue usando la funcin Pegar de esa aplicacin.Nota

.

Cuando pegue estructuras copiadas desde ChemSketch en otras aplicaciones (por ejemplo, Microsoft Excel), la estructura puede ser representada como un conjunto de nmeros y figuras (como un archivo MDL mol). Para ubicar un cuadro de la estructura, use la caracterstica Pegado especial en la aplicacin en la cual se esta haciendo el pegado. Para la cantidad de opciones de pegado escoja una de las dos opciones ACD ChemSketch 2.0 Objeto o Cuadro. El formador inserta la estructura como un objeto OLE as que le permite editar la estructura va ChemSketch haciendo doble clic en la figura.

1.21 Limpiar la pantallaPara limpiar la pantalla, puede escoger una de las siguientes opciones: Para abrir un nuevo documento, desde el men Archivo escoja el comando Nuevo.

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Escoja el botn Pgina Nueva desde el conjunto de botones de la parte superior izquierda para insertar una pgina nueva en blanco. Desde el men Editar escoja el comando Seleccionar Todo y seleccione el comando Borrar. Haga clic en el botn Borrar de la barra General. Haga clic en un espacio vaco lejos de la estructura dibujada para seleccionar todas las estructuras, entonces haga clic en cualquier estructura para borrar todo lo que hay en la pantalla.

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2.

Comenzar con ACD/I-Lab2.1 Objetivos

Ahora que usted ha aprendido como dibujar molculas en ChemSketch, queremos que haga una prueba de lo que puede hacer con todo ello! Este captulo le dar las bases para trabajar con I-Lab (cosas para Laboratorio Interactivo) mediante la interfase de ChemSketch. No se provee una descripcin completa de todas las opciones y funciones; es el momento que usted comience. Usted aprender: Qu es el ACD/I-Lab y qu requiere para usar este servicio; Como escoger las opciones en el caso de que este conectado a Internet por una lnea o por un proxy; Cmo acceder a I-Lab como invitado; Cul es la clave demo y cmo se obtiene; Cmo registrarse a I-Lab; Cmo activar su cuenta; Cmo identificarse; y Cmo calcular una propiedad. Nosotros usamos el servicio Libre de Nombres de la IUPAC como un ejemplo.

2.2

Resumen

ACD/I-Lab es un servicio basado en Internet que le permite acceder instantneamente a la base de datos qumica de ACD y a programas de prediccin de propiedades. El ILab incluye dos servicios, libre y con pago. El registro y la asociacin son libres. Para el uso de los recursos de ACD/I-Lab con ChemSketch, usted debe tener: Una conexin directa a Internet (acceder a las direcciones http://www.acdlabs.com y http://www2.acdlabs.com ) desde el PC donde usted tenga instalado el programa ChemSketch, Una direccin de correo electrnico, ChemSketch ver. 4.0 o posterior con la adicin I-Lab instalado. Si la adicin I-Lab ya esta instalada, cuando usted comience ChemSketch, ver la interfase estndar con el men adicional I-Lab sobre la barra de men:

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Comenzando con ACD/I-Lab

y el botn adicional I-Lab Login (remplazado por el botn I-Lab tan pronto como usted se registre) en la parte izquierda de la barra de estado:

Si usted ha comprado ACD/ChemSketch 5.0, la adicin I-Lab estar presente (este ser el conjunto que se instalar durante la instalacin regular del software). Si no ve el men I-Lab, por ejemplo, si tiene la versin libre de ChemSketch, o desactiv esta opcin durante la instalacin de su copia comprada, puede bajarla en forma libre desde http://www.acdlabs.com/download/ilab_addon.html. Instale la Adicin en el mismo directorio donde se instal ChemSketch.

2.3

Opciones de Coneccin

Si su computador tiene acceso libre a Internet, por favor salte esta seccin. Si su computador es un computador de un grupo de trabajo protegido por una lnea o por un servidor proxy, entonces hay algunas situaciones requeridas antes de que pueda usar ChemSketch para acceder al I-Lab. 1. desde el men I-Lab mostrado arriba, escoja Opciones

2. llene los datos en las cajas Host Name of HTTP Proxy: y Port: de su red. Esta informacin puede obtenerse de su administrador de red. Si encuentra un mensaje de error con fallo de Requerimiento (403) o fallo de Requerimiento (407), esto significa que usted no puede acceder a I-Lab por la seguridad de su servidor proxy. El servidor proxy requiere autenticacin de usuario (entrando un usuario/contrasea). Desafortunadamente, la versin corriente de la adicin I-Lab para ChemSketch no tiene ninguna caracterstica para manejar este mtodo de autenticacin. En esta situacin slo podr acceder al I-Lab mediante un buscador Web. Muchos de los buscadores proveen las caractersticas necesarias. Esperamos tener la autenticacin propia del proxy en la prxima versin de ChemSketch.

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Comenzando con ACD/I-Lab

2.4

Acceso como Invitado

El camino rpido para mirar como trabaja I-Lab es usar el Acceso como Invitado. En este caso, usted no tiene que registrarse. Como un Usuario Invitado, puede ver la lista de servicios disponibles pero slo puede usar el servicio de Nombres Libres de la IUPAC. 1. escoja el comando Usuario del men I-Lab O haga clic en el botn Usuario I-Lab en la barra de estado (ver arriba). 2. en la caja de dialogo que aparece, haga clic en el botn Usuario Invitado. 3. espere durante un tiempo (dependiendo de la velocidad de su conexin a Internet) hasta que aparezca el mensaje de Bienvenida. 4. Haga clic en OK para cerrar la caja de dialogo (o puede hacer clic en el botn Noticias para ver la pgina Web con las ltimas noticias de I-Lab). Ahora puede ver los servicios disponibles (haga clic en el botn I-Lab de la barra de estado o escoja el men I-Lab) y use servicio libre de nombres de la IUPAC.

2.5

Clculos Permitidos

Tan pronto como usted sea invitado (como usuario o como invitado), puede comenzar a hacer clculos. En esta versin describiremos como usar el servicio libre de los nombres de laIUPAC. Primero, debe dibujar una estructura de la que quiere generar el nombre. 1. Asegrese de que esta en el modo Estructura y usando las herramientas de ChemSketch introducidas en el Captulo 3, dibuje la estructura de inters. Por ejemplo:O F N CH3 OH O

2. si hay varias estructuras dibujadas en la pgina, seleccione la que quiera nombrar. 3. Asegrese que usted esta inscrito. Verifique la parte izquierda de la barra de estado. Esta debe contener el botn I-Lab y las luces de trfico aparecer oscurecidas: Before Login: After Login:Nota

La caja muestra la cantidad de dinero que usted tiene en su cuenta (si se muestra en negro) la cantidad que usted debe (en amarillo) si esta conectado por un Sitio Licenciado o es un Usuario Invitado.

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4. Haga clic en el botn I-Lab y en el men panel que aparece escoja Nombrar > nombre libre IUPAC:

5. Aparece una caja de dialogo informndole que no se necesitan parmetros adicionales. (Para otras propiedades, esta caja de dialogo puede contener otra informacin u otras opciones.) Haga clic en OK y en la siguiente caja muvase para confirmar su requerimiento y para informarlo de la cuota (libre en este caso).

6. Haga clic en Si. Tan pronto como su requerimiento sea procesado, aparece la caja de dialogo con los resultados:

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Si los Resultados mostrados en la recepcin no se seleccionaron en la caja de dialogo de Opciones ACD/I-Lab (men I-Lab > Opciones), los resultados de la caja de dialogo no se mostrarn, pero puede ver los resultados en el Administrador de Tareas (men I-Lab). 8. Para crear el reporte del nombre generado, escoja el botn Insertar. La estructura dibujada, el nombre generado y la informacin de los clculos I-Lab se sacan en una hoja separada en la ventana ChemSketch:Nota

Para referirlo como clculo I-Lab en un artculo, se sugiere escribir una frase en la pgina de salida. 9. Para regresar a la pgina de estructura, use el botn de flechas de la barra de estado (abajo).Nota

2.6

Claves Demo

Si usted quiere aparecer durante el acceso como Invitado y tener los clculos de la oferta Nombre Gratis IUPAC, considere realizar los siguientes pasos: una clave demo. Las claves Demo le permiten obtener los servicios de I-Lab por un periodo limitado de tiempo. Durante este periodo de demostracin, tendr acceso a todos los servicios de I-Lab de forma gratuita. Despus de que el periodo demo expire, su cuenta I-Lab ser cargada por una transaccin bsica. Las claves Demo duran dos semanas (14 das). Puede requerirle a un distribuidor o representante de ventas una clave de un cliente para periodos ms largos de uso. Por favor contctese directamente con el Administrador I-Lab. Las claves Demo son generadas por el Administrador de I-Lab. Cuando una clave demo se solicita, esta requiere intervencin humana. No es un proceso automtico como la activacin de una cuenta. Slo una clave demo es generada anualmente por cuenta. Tpicamente las claves demo se dan a cuentas recientemente abiertas. Las claves demo deben solicitarse, ellas no se aplican automticamente. La claves Demo se deben aplicar solo una vez! Ellas no deben entrarse cada vez que se acceda al demo. Una vez que esta ha sido aplicada a la cuenta, el usuario tiene un acceso normal. Si hay problemas aplicando la clave demo para una cuenta I-Lab, el administrador puede manualmente colocar el periodo de demostracin para la cuenta.

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2.6.1 Para Obtener la Clave Demo1. Estar seguro de no estar inscrito en I-Lab. Si ya lo est, desde el men I-Lab escoja Inscrito (Log Out). 2. Desde el men I-Lab escoja el comando Requerir Clave Demo . Su correo por defecto ser activado con un mensaje estndar. Lea el mensaje, adicione la informacin requerida y envela. Si la cuenta de correo no comienza automticamente, puede enviar un mensaje de correo manualmente a [email protected] con el propsito Enveme una Clave Demo y escriba su nombre y nmero de telfono. Note que, al solicitar la clave demo, usted sabe que I-Lab es un servicio comercial y despus que su periodo de demostracin acabe, usted pagar por los servicios de I-Lab. 3. El mensaje que contiene la Clave de Acceso Demo se enviar a travs de correo electrnico posteriormente, normalmente el siguiente da hbil. En este mensaje hallar tambin las instrucciones para activar la clave.Nota

2.7

Registrarse

Para poder trabajar con los servicios comerciales de I-Lab y para poder usar la Clave Demo, primero debe registrarse y obtener su propia cuenta. 1. Si ya esta registrado como un Invitado, desde el men I-Lab escoja Log Out. 2. Desde el men I-Lab escoja el comando Registrarse en I-Lab. Aparecer la siguiente caja de dialogo:

3. Si no tiene una Clave Demo disponible (refirase a la Seccin 4.6 para ms detalles), limpie la caja de chequeo Quiero usar mi Clave Demo y haga clic en OK. Si quiere usar su Clave Demo, seleccione la correspondiente caja de chequeo. En este caso el procedimiento de registro descrito abajo no ser diferente: algunas cajas de dialogo adicionales le harn preguntas para proveer la Clave Demo. 4. Lea el acuerdo de licencia que aparece al final y si esta de acuerdo con los trminos, escoja De acuerdo.Nota

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5. La siguiente caja de dialogo le preguntar si ya esta registrado en el sitio web de ACD. Si va a usar el servicio comercial, se recomienda escoger No igual si esta registrado en el sitio, los detalles que proporcion en el sitio web no sern suficientes. Haga clic en OK.

6. La forma de Registro de la Cuenta ACD/I-aparece para que usted especifique sus detalles. Los elementos marcados con puntos rojos son obligatorios:

7. Especifique sus datos personales y cuando haga clic en OK, se le preguntar para reescribir su contrasea y se muestra la informacin que ha entrado. Chequear los detalles y si todo es correcto, haga clic en OK.

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8. Un correo se enviar automticamente a la direccin de correo que usted envi. El mensaje tendr el asunto Su clave de activacin de ACD/I-Lab que debe contener la clave, como recordarle su usuario y contrasea.

2.8

Activando su Cuenta I-Lab

Una vez que se ha registrado y recibido la clave de activacin puede activar su cuenta. 1. Desde el men I-Lab escoja Activar Cuenta para que se desplace la siguiente caja de dialogo:

2. Teclee el usuario y la clave de activacin que recibi en el mensaje de correo. Haga clic en OK para comenzar la activacin. Usted puede copiar y pegar la clave desde su mensaje de coreo directamente en la caja de dialogo usando CTRL+C y CTRL+V. 3. Recibir una confirmacin de que su clave fue aplicada exitosamente. Su cuenta I-Lab esta lista para ser usada. Esta es la nica vez que necesita usar la clave.Importante

2.9

Entrar Usuario-Registrarse (Logging In)

Tan pronto como se registra y activa su cuenta usted puede entrar como usuario. 1. Desde el men I-Lab escoja el comando Login o haga clic en el botn I-Lab Login en la barra de estado. 2. En la caja de dialogo que aparece teclee su usuario y contrasea. En el caso de que quiera inscribirse como un invitado, simplemente haga clic en el correspondiente botn sin proveer usuario y contrasea. 3. Haga clic en OK. La caja de dialogo de confirmacin aparecer cuando usted sea inscrito exitosamente en I-Lab.Nota

Si no es posible la conexin, aparecer un mensaje de error en la caja de dilogo. Debe tratar de nuevo posteriormente. 4. Vaya a la Seccin 4.5 y, si quiere, haga clculos para otro nombre de la IUPAC gratis.Nota

5. Ahora esta listo para seleccionar cualquiera de las opciones disponibles. Desde el men ILab escoja el servicio que desee. Recuerde que aparecer una caja de dialogo para confirmar su solicitud, en la cual debe seleccionar No, si decide no continuar.

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3.

Dibujar Estructuras ms Complejas3.1 Objetivos

Ahora que usted ha estudiado las bases del dibujo de estructuras descrito en el captulo 3, y ha visto como puede usarse la estructura como entrada para los clculos basados en la web del captulo 4, puede desear dibujar estructuras ms complejas usando herramientas avanzadas de ChemSketch. En este captulo aprender como hacer: Uso de la Tabla de Radicales para dibujar fragmentos qumicos tpicos; Rpidamente dibujar Anillos. borrar y remplazar tomos; hacer dobles y triples enlaces; hacer la carga de un tomo, dibujar cationes y aniones; y cambiar varias propiedades atmicas

3.2

Usando la Tabla de Radicales

La Tabla de Radicales incluye estructuras prediseadas de amino cidos, sus grupos protegidos, como los nucletidos y otros radicales frecuentemente usados. 1. Limpie la pantalla usando las directrices dadas en la seccin anterior. 2. Haga clic en el botn Tabla de Radicales los radicales: de la barra Referencias para desplazar

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Dibujar Estructuras ms Complejas

3. Haga clic en el botn Ciclohexano

en la Tabla de Radicales.

4. Un botn Ciclohexano se localiza ahora en la barra Referencias al lado derecho de la pantalla. 5. Repita estos pasos para el botn CiclopentanoNota

. Cuando usted selecciona nuevos radicales de la Tabla de Radicales, el correspondiente botn se adiciona automticamente a la barra de Referencias. Para remover estos botones de la barra Referencias, haga doble clic en cualquiera de ellos o doble clic en la barra Referencias y escoja SI.

3.31. Seleccione el botn ciclopentano seleccionarlo de la Tabla de Radicales. 2. Haga clic en la pantalla para crear un anillo de cinco miembros. 3. En la barra de herramientas, seleccione el botn ciclohexano del ratn en la flecha para resaltar el enlace indicado, siguiente estructura:

Usando Anillos

en la barra Referencias al lado derecho O

. Ahora ponga el puntero y haga clic para crear la

4. Repita estos pasos para crear la siguiente estructura;

5. Haga clic en el botn Hacer el Enlace verticalmente

y clic en el enlace indicado

para rotar la estructura alrededor de este enlace y obtener la siguiente

estructura: 6. Haga clic en el botn Tabla de Radicales sobre la barra Referencias.OH O

7. En la ventana Tabla de Radicales, seleccione el grupo carboxilo botn radical carboxilo .

haciendo clic en el

8. Haga clic sobre los tomos indicados en carboxilos en ellos:

para generar grupos

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Dibujar Estructuras ms Complejas

O OH HO O

O HO HO HO O

OH O O

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Dibujar Estructuras ms Complejas

3.4

Borrando Atomos y FragmentosO HO OH O OH O O HO HO O

Borre los tomos indicados por flechas en

O HO

para dibujar

CH3 CH3 O H3C CH3 CH3

Usted puede hacer esto de dos formas: borrar cada uno de los tomos individualmente (tratado en la Seccin 3.2.3) o borre simultneamente varios tomos.

3.4.1 Borrar Varios Atomos Simultneamente1. Haga clic en el botn Laso On/Off seleccin Laso de la barra Estructura para habilitar el modo de . Note que la herramienta Seleccionar/Mover se activa.

2. Arrastre para incluir todos los tomos especificados en la lnea Laso cerrada para seleccionarlos:O HO O HO O HO HO O OH O OH O

Nota

La ruta punteada en este cuadro muestra la ruta sugerida incluyendo los escogidos y que no aparecern en su espacio de trabajo. Se seleccionan los tomos enlazados en la curva. en la barra de Herramientas General.

3. Haga clic en el botn BorrarNota

4. Haga clic en todos los tomos resaltados simultneamente para borrarlos al mismo tiempo. Usted puede seleccionar tomos, enlaces y fragmentos de dos formas, usando el selector Laso o el selector Rectngulo . Para deseleccionar el fragmento(s), haga clic en cualquier espacio vaco.

3.5

Remplazando AtomosCH3 CH3

Remplace los tomos indicados con flechas enNH2 HN N HO N OH NH OH NH2

O H3C CH3 CH3

para dibujar

NH N O

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Dibujar Estructuras ms Complejas

1. Haga clic en el botn Nitrgeno al lado izquierdo de la barra Atomos, luego haga clic sobre todos los carbonos sealados por una flecha de cabeza abierta en la estructura de arriba. 2. Haga clic en el botn Oxgeno en la barra Atomos y luego haga clic sobre los tres Carbonos marcados con una flecha slida.Nota

Usted no puede remplazar tomos con la herramienta Dibujo Continuo (ver Seccin 3.2.6).

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Dibujar Estructuras ms Complejas

3.6de CadenasN O HO N OH NH N OH

Hacer Dobles y Triples Enlaces, Dibujo ContinuoNH2 HN N HO N+

1. Con cualquiera de las herramientas Dibujo NormalNH2 HN

o Dibujo

activa, haga clic sobre los enlaces indicados enNH N NH2 N O N OH NH2 OH

para hacer dobles enlaces:

2. Usando el botn Cambiar Dobles Enlaces o Posicin de Hidrgenos

la apariencia

de la estructura puede refinarse (fine-tuned). Seleccione este botn y haga clic en los hidrgenos y dobles enlaces indicados. Note el movimiento del hidrgeno alrededor del nitrgeno y del oxgeno, y el doble enlace alrededor del simple:N N O HO N+

NH2 HN NH2 OH

N

OH

3.7

Hacer Cargas y Definir Aniones y Cationes

En esta seccin dibujaremos el siguiente conjunto de estructuras:

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Dibujar Estructuras ms Complejas

H3C+ NH2

H3C CH3 H3C NH+

H3C N-

CH3

N

CH3 H3C N N

catin

anin

Radical libre

H3C CH3

H3C NH CH3

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In radical positivo

in radical negativo

birradical singulete

birradical triplete

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Dibujar Estructuras ms Complejas

1. Escoja el botn Carbono Normal estructura:

en la barra tomos y verifique que la herramienta Dibujo

esta activa. Haga clic tres veces en un lugar para dibujar la siguienteH3C CH3

2. Escoja el botn Nitrgeno nitrgeno:

y haga clic en el carbono central para remplazarlo por un

3. Haga clic en la esquina del botn Incrementar (+) Carga barra tomos para expandir los siguientes grupos: Incrementar (+) Carga; Disminuir (-) Carga; Radical; In Radical Positivo; In Radical Negativo. 4. Haga clic en el botn Disminuir (-) Carga anin:

en la parte izquierda de la

y luego clic en el grupo NH para hacer un

H3C N-

CH3desde el grupo de

5. Con el botn derecho escoja Incrementar (+) Carga (o escoja botones) y haga clic dos veces para hacer un catin: H3C

NH2 CH3Nota

+

Cuando usa los botones de Carga,

o

, para cambiar la carga de

un no metal, el correspondiente nmero de tomos de hidrgeno se adiciona automticamente, o se remueve de este para conservar la valencia qumica adecuada. Si cambia la carga de un metal, la carga es cambiada en aumentos o disminuciones de acuerdo con la siguiente carga qumica valida del correspondiente in. (Usted puede ver valencias comunes en la Tabla Peridica de Elementos.) 6. Escoja el botn Radical desde el grupo de botones mostrado en el paso 3 y haga clic sobre el grupo NH2 para dibujar un radical libre: H3C

N

CH3

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Dibujar Estructuras ms Complejas

7. Con el botn derecho en una zona de la hoja haga clic para escoger la herramienta In Radical positivo o escoja el botn correspondiente radical H3C y hacer clic para dibujar el in positivo:

NHRadical Negativo y hacer H3C

+

CH3para dibujar el in radical negativo:

8. Con el botn derecho en una zona de la hoja haga clic para escoger la herramienta In clic

NH9. Escoja el botn Borrar

CH3

en la parte superior de la barra General y haga clic en el grupo y haga clic en

CH3 de la derecha para borrarlo. 10.Desde el grupo de botones en el paso 3 escoja la herramienta Radical el grupo NH varias veces hasta que se obtenga el siguiente birradical singulete: H3C

N11.Contine hacienda clic con la herramienta radical hasta que el birradical triplete aparezca: H3C

N

3.8

Cambiando Propiedades de Atomos

Si quiere mostrar la valencia o la masa isotpica de un tomo en una estructura ChemSketch o igual cambiar el aspecto o el tamao del tomodebe usar el panel Propiedades. 1. Haga clic en el botn Seleccionar/Mover .

2. Haga doble clic en el tomo que quiere mostrar y cambiar las propiedades. Esto hace que la caja de dialogo Propiedades aparezca. Escoja el tabulador Propiedades de tomos:

3. Haciendo clic en los botones

muestra las opciones para cambiarlas

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Dibujar Estructuras ms Complejas

C smbolo tomo, H hidrgenos relacionados, n ndice de Hidrgenos relacionados, q carga, V valencia, I masa isotpica, N numeracin de tomos en toda la molcula. 4. Cuando escoja los valores, haga clic en Aplicar para que el cambio aparezca inmediatamente en el tomo seleccionado.

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Estructuras Avanzadas, Notacin SMILES, y Esquemas de Reaccin3.9 Objetivos

Este captulo es el prximo paso para dibujar estructuras ms sofisticadas. Se cubren dos clases de optimizaciones: optimizar para mostrar propsitos (2D) y optimizacin de acuerdo a modelos simples de campos de fuerza (3D). si es la primera vez que esta usando ChemSketch se recomienda que haga los ejercicios descritos