Biotechnology 2012-01
-
Upload
bioinformaticsinstitute -
Category
Documents
-
view
100 -
download
3
description
Transcript of Biotechnology 2012-01
![Page 1: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/1.jpg)
DNA sequencing
Смирнов Арсений
ДНК ndash наиболее laquoосвоеннаяraquo биологическая макромолекула
Методики работы с ДНК
1 Выделение
2 Электрофорез
3 Рестрикция
4 Лигирование
5 Гибридизация
6 Полимеразная цепная реакция
7 Секвенирование
8 ДНК-микрочипы
Electrophoresis
Ethidium bromide
CTGGCCTCAAGTTATCCTCCCACTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCTCACCCTGTCAGCCTAAAGACAGTGCTTAATGAAGAGAAATATAAGTGCTTTGAGCAATGGAAGTATAATTAAAATTATACTATGAAAGATTTATAAAGATGACCATTTTGAATGGGACCACACTTATTTGGTTATATAAATTATGATACACTATTAAAAATTCATCATGATGATTTTGTATTTACATTTTATTTACATGTTTGCAATTTGTGAGGAAAGCTAAAATTATGGCTAAGCCATAAATATTTTTGCAGTTTGTTGAGGGTGTTTGTAAAAGTGTTGCCAAGGAAGACCAGTTGGCTACCCAAACAAGGGTTTAGTCTAGGTCTGATCAATACATACACATTATCTCAGGTTTGTCTATCAGAAAAACCTTAGGTTATCCAAATCAAAATAAAATAGATGCATAAAACAAAGGCCAATATGTGTTGAACAATTATATTGTGATATACAACTGCCAAGCATTCCCGATTACCATGACTCCATTTAGTCAGTCCATGGGCAAATGCCATCAATGAGGACAGCCCAGGGTTTCCATATTCTCTCTTGGCTTTACATCCTATAGGAATTGGAGGGGC
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 2: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/2.jpg)
ДНК ndash наиболее laquoосвоеннаяraquo биологическая макромолекула
Методики работы с ДНК
1 Выделение
2 Электрофорез
3 Рестрикция
4 Лигирование
5 Гибридизация
6 Полимеразная цепная реакция
7 Секвенирование
8 ДНК-микрочипы
Electrophoresis
Ethidium bromide
CTGGCCTCAAGTTATCCTCCCACTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCTCACCCTGTCAGCCTAAAGACAGTGCTTAATGAAGAGAAATATAAGTGCTTTGAGCAATGGAAGTATAATTAAAATTATACTATGAAAGATTTATAAAGATGACCATTTTGAATGGGACCACACTTATTTGGTTATATAAATTATGATACACTATTAAAAATTCATCATGATGATTTTGTATTTACATTTTATTTACATGTTTGCAATTTGTGAGGAAAGCTAAAATTATGGCTAAGCCATAAATATTTTTGCAGTTTGTTGAGGGTGTTTGTAAAAGTGTTGCCAAGGAAGACCAGTTGGCTACCCAAACAAGGGTTTAGTCTAGGTCTGATCAATACATACACATTATCTCAGGTTTGTCTATCAGAAAAACCTTAGGTTATCCAAATCAAAATAAAATAGATGCATAAAACAAAGGCCAATATGTGTTGAACAATTATATTGTGATATACAACTGCCAAGCATTCCCGATTACCATGACTCCATTTAGTCAGTCCATGGGCAAATGCCATCAATGAGGACAGCCCAGGGTTTCCATATTCTCTCTTGGCTTTACATCCTATAGGAATTGGAGGGGC
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 3: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/3.jpg)
Методики работы с ДНК
1 Выделение
2 Электрофорез
3 Рестрикция
4 Лигирование
5 Гибридизация
6 Полимеразная цепная реакция
7 Секвенирование
8 ДНК-микрочипы
Electrophoresis
Ethidium bromide
CTGGCCTCAAGTTATCCTCCCACTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCTCACCCTGTCAGCCTAAAGACAGTGCTTAATGAAGAGAAATATAAGTGCTTTGAGCAATGGAAGTATAATTAAAATTATACTATGAAAGATTTATAAAGATGACCATTTTGAATGGGACCACACTTATTTGGTTATATAAATTATGATACACTATTAAAAATTCATCATGATGATTTTGTATTTACATTTTATTTACATGTTTGCAATTTGTGAGGAAAGCTAAAATTATGGCTAAGCCATAAATATTTTTGCAGTTTGTTGAGGGTGTTTGTAAAAGTGTTGCCAAGGAAGACCAGTTGGCTACCCAAACAAGGGTTTAGTCTAGGTCTGATCAATACATACACATTATCTCAGGTTTGTCTATCAGAAAAACCTTAGGTTATCCAAATCAAAATAAAATAGATGCATAAAACAAAGGCCAATATGTGTTGAACAATTATATTGTGATATACAACTGCCAAGCATTCCCGATTACCATGACTCCATTTAGTCAGTCCATGGGCAAATGCCATCAATGAGGACAGCCCAGGGTTTCCATATTCTCTCTTGGCTTTACATCCTATAGGAATTGGAGGGGC
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 4: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/4.jpg)
Electrophoresis
Ethidium bromide
CTGGCCTCAAGTTATCCTCCCACTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCTCACCCTGTCAGCCTAAAGACAGTGCTTAATGAAGAGAAATATAAGTGCTTTGAGCAATGGAAGTATAATTAAAATTATACTATGAAAGATTTATAAAGATGACCATTTTGAATGGGACCACACTTATTTGGTTATATAAATTATGATACACTATTAAAAATTCATCATGATGATTTTGTATTTACATTTTATTTACATGTTTGCAATTTGTGAGGAAAGCTAAAATTATGGCTAAGCCATAAATATTTTTGCAGTTTGTTGAGGGTGTTTGTAAAAGTGTTGCCAAGGAAGACCAGTTGGCTACCCAAACAAGGGTTTAGTCTAGGTCTGATCAATACATACACATTATCTCAGGTTTGTCTATCAGAAAAACCTTAGGTTATCCAAATCAAAATAAAATAGATGCATAAAACAAAGGCCAATATGTGTTGAACAATTATATTGTGATATACAACTGCCAAGCATTCCCGATTACCATGACTCCATTTAGTCAGTCCATGGGCAAATGCCATCAATGAGGACAGCCCAGGGTTTCCATATTCTCTCTTGGCTTTACATCCTATAGGAATTGGAGGGGC
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 5: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/5.jpg)
Ethidium bromide
CTGGCCTCAAGTTATCCTCCCACTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCTCACCCTGTCAGCCTAAAGACAGTGCTTAATGAAGAGAAATATAAGTGCTTTGAGCAATGGAAGTATAATTAAAATTATACTATGAAAGATTTATAAAGATGACCATTTTGAATGGGACCACACTTATTTGGTTATATAAATTATGATACACTATTAAAAATTCATCATGATGATTTTGTATTTACATTTTATTTACATGTTTGCAATTTGTGAGGAAAGCTAAAATTATGGCTAAGCCATAAATATTTTTGCAGTTTGTTGAGGGTGTTTGTAAAAGTGTTGCCAAGGAAGACCAGTTGGCTACCCAAACAAGGGTTTAGTCTAGGTCTGATCAATACATACACATTATCTCAGGTTTGTCTATCAGAAAAACCTTAGGTTATCCAAATCAAAATAAAATAGATGCATAAAACAAAGGCCAATATGTGTTGAACAATTATATTGTGATATACAACTGCCAAGCATTCCCGATTACCATGACTCCATTTAGTCAGTCCATGGGCAAATGCCATCAATGAGGACAGCCCAGGGTTTCCATATTCTCTCTTGGCTTTACATCCTATAGGAATTGGAGGGGC
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 6: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/6.jpg)
CTGGCCTCAAGTTATCCTCCCACTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCTCACCCTGTCAGCCTAAAGACAGTGCTTAATGAAGAGAAATATAAGTGCTTTGAGCAATGGAAGTATAATTAAAATTATACTATGAAAGATTTATAAAGATGACCATTTTGAATGGGACCACACTTATTTGGTTATATAAATTATGATACACTATTAAAAATTCATCATGATGATTTTGTATTTACATTTTATTTACATGTTTGCAATTTGTGAGGAAAGCTAAAATTATGGCTAAGCCATAAATATTTTTGCAGTTTGTTGAGGGTGTTTGTAAAAGTGTTGCCAAGGAAGACCAGTTGGCTACCCAAACAAGGGTTTAGTCTAGGTCTGATCAATACATACACATTATCTCAGGTTTGTCTATCAGAAAAACCTTAGGTTATCCAAATCAAAATAAAATAGATGCATAAAACAAAGGCCAATATGTGTTGAACAATTATATTGTGATATACAACTGCCAAGCATTCCCGATTACCATGACTCCATTTAGTCAGTCCATGGGCAAATGCCATCAATGAGGACAGCCCAGGGTTTCCATATTCTCTCTTGGCTTTACATCCTATAGGAATTGGAGGGGC
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 7: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/7.jpg)
Севенирование ДНК - анализ первичной структуры ДНК
(прочтение последовательности нуклеотидов)
Классические методы bull Максам-Гилберт (химическое)
bull Сэнгер (энзиматическое)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 8: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/8.jpg)
Химическое секвенирование (Максам-Гилберт)
Четыре группы химических реагентов разрезающих молекулу ДНК перед нуклеотидами
bull G (DMS ndash dimethylsulphate диметилсульфат)
bull A или G (FA ndash formic acid муравьиная кислота)
bull T или C (H ndash hydrazine гидразин)
bull C (H+S ndash гидразин+соль)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 9: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/9.jpg)
Секвенирование (Максам-Гилберт)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 10: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/10.jpg)
DNA structure
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 11: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/11.jpg)
DNA replication
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 12: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/12.jpg)
Chemistry of DNA synthesis
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 13: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/13.jpg)
DNA synthesis catalized by DNA polymerase
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 14: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/14.jpg)
Энзиматическое секвенирование (Сэнгер)
Исскуственный синтез ДНК в пробирке
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 15: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/15.jpg)
Секвенирование (Сэнгер)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 16: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/16.jpg)
Сравнение секвенирования по Максаму-Гилберту и по Сэнгеру
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 17: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/17.jpg)
Капиллярный электрофорез
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 18: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/18.jpg)
Автоматическое секвенирование
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 19: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/19.jpg)
Автоматическое секвенирование
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 20: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/20.jpg)
Полногеномное секвенирование
1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты
2 Фрагменты секвенируются 3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность
bull картирование bull перекрывание
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 21: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/21.jpg)
Проект laquoГеном человекаraquo 1990-2003
Джеймс Уотсон и Крейг Вентер ndash первые люди с индивидуальными прочитанными геномами
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 22: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/22.jpg)
Международный консорциум Celera Genomics
Метод Hierarchical shotgun Whole-genome shotgun
Планируемые сроки 1990 ndash 2005 1998 ndash раньше гос проекта
Планируемый бюджет 3 млрд $ 300 млн $
Доступность результатов
Полностью доступны Полностью запатентованы
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 23: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/23.jpg)
laquoГеном человекаraquo Государственный проект vs частная компания
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 24: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/24.jpg)
Полногеномное секвенирование подход основанный на картировании
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 25: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/25.jpg)
Библиотеки ДНК
- большое число молекул векторной ДНК со встроенными фрагментами чужеродной (анализируемой) ДНК
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 26: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/26.jpg)
Полногеномное секвенирование подход основанный на перекрывании
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 27: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/27.jpg)
1990 1995 2000 2003
3 500 000 000 $
laquoГеном человекаraquo
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 28: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/28.jpg)
Стоимость секвенирования одного генома
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
ldquoSangerrdquo ldquoNGSrdquo
1 000 000 000 $
1 000 000 $
100 000 000 $
10 000 000 $
100 000 $
10 000 $
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 29: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/29.jpg)
Next-generation sequencing = High-throughput sequencing =
Massive parallel sequencing
34
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 30: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/30.jpg)
Стоимость секвениорвания
Sanger NGS NNGS 35
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 31: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/31.jpg)
Накопление данных
bases bytes 36
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 32: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/32.jpg)
Накопление данных
37
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 33: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/33.jpg)
38
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 34: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/34.jpg)
Sanger NGS
Library preparation
Template preparation
Sequencing
39
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 35: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/35.jpg)
NGS approaches
bull Sequencing by synthesis
ndash Pyrosequencing
ndash Semiconductor sequencing
ndash Sequencing by reversible termination
ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing
bull Sequencing by ligation
40
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 36: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/36.jpg)
41
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42
![Page 37: Biotechnology 2012-01](https://reader033.fdocuments.us/reader033/viewer/2022051818/5499bce5ac7959412e8b5927/html5/thumbnails/37.jpg)
ldquoBenchtoprdquo sequencers
42