Bio16S :Une Interface Web d’analyse du géne ARNr 16S Breakthrough Session (Hiba JABRI)
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Hiba Jabri-Breakthrough session-2016 3
Metagénomique
Métagenomique = l’étude de l’ensemble des génomes des population de micro-organismes dans un échantillon prélever.Gène 16S ARNr = Le gène est le marqueur génétique le plus connu utilisé pour identifier et classer les bactéries, notamment parce qu'il se compose à la fois de régions très bien conservées et de régions hypervariables.
Whole-genome shotgun
Géne 16S ARNr
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Séquençage à haut débit
Géne 16S ARNr
Problème :Quantité de données à traiter est énorme,
Complexité,recoure à des outils boinformatiques...
L'objectif de l'analyse métagénomique est d'identifier l'abondance en microorganismes (qualité et quantité) dans un echantillon.
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Outils de Metagénomique
Problème :Peu d'outils proposent une interface
conviviale pour le biologiste, la plus part des outils
sont en ligne de commande et génèrent des outputs difficile à interpréter
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Interface Web : Bio16S
● Facilité d’utilisation de ces outils d’analyse par les biologistes via une interface web.● Gestion de données massives et complexes.● Traitement rapide et complet des données.
Solution proposée pour contourner ce problème
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Solution proposée
utilisateur
Email :« html »
Charger un Fichier paire-end
« fastq »
Interface web
Pipeline d’interfaceMetagenomique du
géne 16SServeur
Envoi du résultatl'utilisateur sera alerté lorsque le job est fini
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Stratégie d'accés au marché
● Diffusion de l'existence du service dans tout le réseau de l’institut Pasteur et dans les réseaux sociaux.
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Le Marché disponible
● Tellement de données NGS publique ou privée qui sont très difficiles à exploités, il faut avoir toujours recoures a un bio-informaticiens.
● On vise tout d’abord Les marchés Nationaux (les hôpitaux, institution, les agences de surveillance de l’environnement, les industries...) et même internationaux.
● L'interface serait ouverte au pasteuriens et payante pour les utilisateurs extérieurs.
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Équipe : Laboratoire de Bioinformatique
● Dr. Kais Ghedira (Biologist Assistant), Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT) : Superviseur du projet.
● Dr. Haïtham SGHAIER, (Profeseur associées au Centre National des Sciences et Technologies Nucléaires (CNSTN) ([email protected], Sidi Thabet Technoparc, 2020 Ariana,Tunisie) : Superviseur du projet.
● Hiba JABRI (Étudiante en thèse),Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT) : mètre au point un pipeline bioinformatique intégrant les différents outils d’analyse taxonomique
● Ines Tiouiri (Administateur systeme),Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT) : Administrateur système.
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Nos besoins :Des Formations
● Formation en langage python, perl et XML: pour la combine des outils bioinformatique.
● Une formation en langage Php/ htmL/ CSS pour la création de l’interface web.
Des Formations
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Merci pour votre attention
Contact : Hiba JABRI, Kais Ghedira ,Haithem Sghaier, ines Tiouiri Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT), Tunis, Tunisie.Email : [email protected] : [email protected]