Embedding  underpinning  mechanisms  for  data  reuse  and    

reproducibility  in  bioscience  

The  ISA  Exemplar    (Inves=ga=on/Study/Assay)  

-­‐behind  the  PDF-­‐    

Alejandra  González-­‐Beltrán,  PhD  Oxford  e-­‐Research  Centre,  University  of  Oxford,  UK  

Beyond  the  PDF  2,  Amsterdam,  Netherlands,  March  20th  2013  

Source  of  the  figure:  EBI  website  

Bioscience      Mul=ple  domains      Mul=ple  communi=es      Mul=ple  technologies      Mul=ple  data  types      Mul=ple  data  formats      Mul=ple  data  repositories      …  

ISA    infrastructure  

Generic  format  for    rich  experimental    descrip=ons  

Open  source  soVware  tools  

Community  engagement  

Minimise  the  burden    and  provide  tools  and  incen=ves  for  

 repor=ng,  cura=ng,  sharing  

data  and  metadata  of  bioscience    experiments  

 to  enable  the    

comprehension,  re-­‐use  of  data  in  subsequent  inves=ga=ons  

and  reproducibility  of  bioscience    

Community  engagement  

commun

ity  standards  

use  cases  

Community  engagement  

commun

ity  standards  

use  cases  

Community  engagement  

commun

ity  standards  

use  cases  

Community  engagement  

commun

ity  standards  

use  cases  

cura=on  at  source  incremental  across  the  research  cycle  

(from  planning/grant  wri=ng  up  to  manuscripts  publica=on  and  beyond)  

experimental    design  

+  sta=s=cal    methods  

provenance/aZribu=on    tracking   aggrega=on:  

publica=ons,  data  workflow  

samples    characteris=cs  

Experimental  descrip=on  

ontology    annota=ons  

…  

community    standards  

curate  

create  

collaborate  

store  

analyse  

share  

infer  

nanopub  

submit  

visualize  share  

link  query   integrate  

query  filter  

research  objects  

research  objects  

links  between  under

lying  

data/methods  and  

publica=ons  

research  objects  

Follow  us:  @isatools  @biosharing                    Find  us:  isa-­‐tools.org      isacommons.org      biosharing.org