3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝...

14

Transcript of 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝...

Page 1: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������

����������� ����� ������ ������������� ��������� ����������������������������� � ����������� ������ � ���

���������� �����������

�������� �����

Page 2: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������

����������������� ��� ������� ���� � � � ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� ����� � ��� ��� ����� � ������ ������� � ����������������������������������������������������������������������������!"�#��������$�%��"���������������� �������� �������������������������������������������������������������������������������������&������� �"����� �'������ ������� � �������������������������������������������������������������������������������������������������()����������*+�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������(,

" ���

(��'����%��-���.�� ��� ���#��#/)����������*0��' #����������'����%��-���������' #,��1��� #�!�� �����������" ����� �#�2��" �����' �3��4����##����"����&��5��������

�������� ������������������������ �#������.##����������/��� ��# ��� �� 6��������������������� ����7������� �������������-������� ��+������������� ���������������� ��� �������������-���8�����������������+�8�����8� ���� ��������� 3��#�����������������-������ ���9���������������8����������� ��-��������������#��������������%"�. ����������#���#� �/���%"������:������ ��������+�� ����� ����������-� �������� ���������������������� ��!��� ��� ������������ �������;% ����*������������������� ������� �������!����� ��"� ������� ����"��� ����������"���������!�"��#���� ��"� �$

��� ������������������������

(

)

,!2

4 &

�������� ������" ��)

Page 3: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������

�������" #����������� ���������+���

�������� ���+���8��������<#��������#����+�+�����������������������������8��� �������������������*0�����#��=� �8��������������������������*0������� �� ���-�������-���������� �#����������������������8� ����������#����������������������� �����=� 8��������� �#��������������=� ���#��������� ���+���8���������� �� �#����� ���������������-���������������������-���.�� ����+�������/���������#����������� #����������� ��� ���������� �����������#���������0���

��������� ��� ����������� � �

����������������������0����� ���������������� �����-��������*0����������������� ����%���*0����������� ��#�����������������# ��>8����� ���-������ ���������� ���-����� �#������.�� �� ����/��%���� ���+�����������������������������*0������� �� ������������������#�������

(��?�����������������*0��' #� �����3� ����������������:������������ �������#������������ #�

��5� ��������������� ## �����������:���@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

-��5� ���������������#����@�

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

�������� ������" ���

Page 4: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������

%���� �� ���B����� ��

5���*0��#���� ������� ���� �����-���������������������������*0�8�������������7���� ����C22� ������� ����������7� ���������������#���������������������������*0���%�����������:����� �����+�����������*0����� ��#������� ������ ������*0�����-������ ��#������������������������������D���������� ������������������ ����� ��3 ��������������� �����������

����%� �� �����* ������� ��

)���E��3� ����������� ����� ������ �����-��������������������*0��� #�

��5� ��������������� ## ���������-���:����@������� �������������������� ## ����������:����@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

�������� ������" ��,

������������

����������

������������

������������

������������

������������

������������

������������

������������

������������

������������

������������

������������

��������

������������

������������

������������

��������������

������������

�� ��!�"!�"

������������

��"��"������

������������

������!��!��

������

�������

������������

��������

������������

����������

������������

!��!��!��!��

� � � ��

������

������

����������������

translation start codon

translation stop codon

������#�$��%�"���$���

��������$�"�"&$�����%�"���$���

&�$������%�"���$���

'�$������%�"���$����

$�����"��

Firs

t Let

ter

Second Letter

Thir

d Le

tter

Page 5: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��!

%� �� �����* ������� ���.��������/

-��5� ���������������#����@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

���5� ��������� �������#�-�������������������� �������#�����������#�������-������� �����-�����@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

���5��� ����������-���:����@�

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

��5� �������������3���� �����3��.>/��#�����������-���:����@�

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

�������������������� � ��� �������� � ��

%���������#������ ��� �������������������# � ���� ���8�3����� ������������ ��������������%�� ����� �����:����������������� ���� ��������-��$

���������������������������� ���� ���������

��������������� ��������� ������ ��� �������������������������

Page 6: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��2

���������������� � ��� �������� � ���.��������/

���E�� �8���������� ��� -�������� ��� ���������� ��� ����� �����:���������������������������*0��' #�

��5� ��������������� -��������� ��������������� ��� ������� ��� ����� �����:�������������������-�������� ������ #@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

���� �%����-��������#������������������.������ ���/�� ��3�����-��������:�������������� �����������?������� ��8������������ ���:����� ������������ �������� ��8����� �������+����� ��������� ���� ��������-����������� ����7�������� ��-������������-��������������+������F

%� �� ������*0�������"�����

%���� �� ���*0�������#�����8������-�����������G�� ���?B�������7� ���-�����������������*0�� �������+�������������������.!H�����H/����������*0���:��������� �����8� �#�������-������������ ����� �������������.'�8�'/� �������0������ ������

������ ��� ���������3 �����������-�����-������������G����#������� �����=�����?B���������������!H�����������*0��

Page 7: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��4

%� �� ������*0�������"�����

��������!��������"���� �����������

%� �� ������*0�������"��������������

,��������������#�������� ������������G��-�� ���-����������%����-�����-�����������=�����?B��� ���������� ������.�����������/�������!H�����������*0�����-�������������������

��5����������#���������#@

�AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

-������� ��� ����� ����� ���������������#�����@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Page 8: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��&

"�#��������������"����������������������

�����������������G�����-� ��������������# ��� ������������ �� 8���������������������������������-������ ���"��������� �� ������������-�� ��������������� +���������������# ������������� ���B���� ## � �������# ��� ������������������� ����������� ��-�������

Page 9: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��C

"�#��������������"����������������������

���� �������� ����%��#��������.�� ���+/�������������������3����� ����� ��"� ����%��=����),� ����� ��������#�#���������� 3��#������#�������������� � �$�.1*/���%������� �������������#���������-�����������G�8���������� ��:����-����������������������-������9����#���������������������G������##���� ������3������-�������������1*�������������������#����������������G�8�����������������������������-� �8�������������������1*�����������8����#�#�������������������#�������.� +������������#���/� �������+�������������1*�������B���8� ��������������� ��

!��E�� �8���������� ��� -����1*����� ��:���������������������������� ������ #���

��*��������������� �� ���B����� ���� -8������� %��������� �#��#�������� �������������),� ����� ������� ��� 3��#����1*����� �"#����.�����#��-��8������#����8�#�����+��� ��8���������� ��+��� ��/���5� �������� -� -������������ �#��#����������� ����� ������� ��� 3��#��������1*����� �"#���@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Page 10: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��(I

"�#������������"��������

����� ���������-������� ������������G����#�#���������������3����������1*8� �#��� ��������1*���������#��������#������-���� ����� �����),� ���)!�.� ���8�� 8��� ���"��� ���8�"�8��/��%��),� ����� �������� �##�������� #������� ��8���������� ������&2� ����� ����#���������-���������6��������� ������B���� ��������� ����

"���������������������������� ���.�I� ����� ����/� ���������� ���.)(� ����� ����/8��# � ���-������!� ����� ���� �##����

���#����������#��� ��������������������=� ������� #�������1*8� ������#��� ����������#������ ����������$�-���� ����� �����!,� ���!!�.%������8�%��8�%� ����������8����8�*/� ���-���� ����� �����&C� ���CI�.�������8����8�*� ���B����8�B�8�B/��������� �##�������� �������������������� ��� ������� ������#<8����J� ��� � �� ��������� ����

Page 11: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��((

"�#������������"���������.��������/

2��E�� �8���������8� ��� -���� �##�������������������������������� �����' #���

���������� �##������������������#�������������� ����������=� �� �����������.���� ��� ������� ��/��� ��������������������3���� �##����������# ������������-������������������ �����������#�����@

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

��������� ���������#��������� ����������������������� �����+�������������������8������������� -��G��-��������+ �������=��-������� ��6����������� ������������� �����1 ����� ���������-�������������� ����� ����. ��8� /���� �������=��-������

� ��4����������� ��������� �����=��-��������� ��4����������� ���

� ��(C����������� ��������� �����=��-��������� ��)I����������� ���

������������=��-����������-���� ��2� ��� ��((8�-���������������� ���

4�� ���� ��� �������������������*0�����"�������� #��� ��# �����# ����������=��-�������� ����8������ ����������.����� ���/����# ������ ������ ����������� �������=��-������������

Page 12: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��()

����������"����� �'������������

E�3� �#������8������������������ ��#��=�������� #8���������- ����#�����#��������������������������������� #��� �� ����������-�������������������#����#���������������� ������+�8�����8� ���� �������������������#� 3������������������-������ �����������=� � ���+���8���������� #�������������-����������������� #��������������#������

(��B ���� �������# �����������.����������#��������# ��)/�����������������������-���������� #�������9� ��� ���#��#���������-���������� �������# ����������������-��� ����������� ���� ���# �������#��� ��##����#������ 5��������� " ������ �3���� 1��� #�

)�������� ��������������� �����# �������#�

���?����������������'����%��-���������' #� �������������������������� ��&�� �'� ������������������ ��&��#'���� ���#�������� ���-������#������������� ������-������ #����������������������� �����������-��

,��?��������� #8��� ������������ ����� �������� ���#������������ ����5����������-����� �����������<����������������������������� ��� ����������-�������������<�# �������#��

�������#�����������������������.)/���������.2/�-�������� �����3��������������� ���� ������ �������������� �����#��������� ���.�� �����������-�/� ��������# �������������� ���.#��#���������-�/�

Page 13: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��(�

!�� ����� ���� �����������-���������������#��������� ��������������������'����%��-���������' #�� �������������� #�������������� ������������� #��������� #��������� ##��#�� ������-�������# �������#����������������-���%��# �������#���#�������� #� ������ �-������ ���������� ����� ����

2������� ���������K������� ����� ���#�������� ���-��# ���������������# ������ �3��� �����-�������� ������������ ���K���<������������ ���������L������ ����� ���#�������� ���7�-��# ����������������# ������ �3�����������������-�� �����-�������� ���������������� ���L������������������ #�

4�����������������-�������� ���������K�������.������� ���/� ����������L�������� ����.<�����G���G �/�������� ���#�������� ������#������ -�+�

%����������+� ������� #���� ���#�������� ��8������������M���+��� �G ��������� �������� �������;% ����*����������� ��;�������� ��� ��������������� #��������������������

&������-���������� ������������=� ����������������-��#���������������� ���������� ��������������#���������������� �������������� #� ��;������M�������+��� �G ���������

(��� �%������# �������������� ����� ������� ���������+ �������=��-�����������-�������� ��������������=� �������?���������# �������##����#���������� -��G����#�����8� ��������������#�����

����������"����� �'���9���������.��������/

Page 14: 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝ ˇ

������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��(,

���N� %����������������� ��������������� ����������������((������� ����

���N� %����������������� �����-������� ����������*0�������������������������-� ��������������# ��� ����

���&� ���"� ���*0������� ��#���������������# ��������������� ���-�����������G�����=�����?B�� �����!H�����������*0�� ���-������� �� ��������#�����8��� ��������������������

���N� %����-������������G�� �#����������������������8�3����� ��#�#���������

���N� "�#������������#����������-����� ���8��������� �������� �����#��������������������# ������������� ���B���� ## � ���8���+������� ����������-� ���������� ��-�����������������

���N� 5������� �������+�������� ��������-���8������������ �����������-� ��������-����������#��������������� ������+�8�����8� ���� ������%����-���������������� ���������� ������������������8�.� �� ����� �� �� �/8� ���������������������+��������� �������������� ��#�����#�������.BE?%�/�����������-� ���%��BE?%���� ��#��������������������8�����������������

��� ���������)��*