3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝...
Transcript of 3D Molecular Designs | Molecular Modeling · %ˇ b 5ˇ *0˚ # ˛ ˛ - ˇ *0˚8 7 c22 7 ˇ # ˝ ˝...
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������
����������� ����� ������ ������������� ��������� ����������������������������� � ����������� ������ � ���
���������� �����������
�������� �����
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������
����������������� ��� ������� ���� � � � ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� ����� � ��� ��� ����� � ������ ������� � ����������������������������������������������������������������������������!"�#��������$�%��"���������������� �������� �������������������������������������������������������������������������������������&������� �"����� �'������ ������� � �������������������������������������������������������������������������������������������������()����������*+�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������(,
" ���
(��'����%��-���.�� ��� ���#��#/)����������*0��' #����������'����%��-���������' #,��1��� #�!�� �����������" ����� �#�2��" �����' �3��4����##����"����&��5��������
�������� ������������������������ �#������.##����������/��� ��# ��� �� 6��������������������� ����7������� �������������-������� ��+������������� ���������������� ��� �������������-���8�����������������+�8�����8� ���� ��������� 3��#�����������������-������ ���9���������������8����������� ��-��������������#��������������%"�. ����������#���#� �/���%"������:������ ��������+�� ����� ����������-� �������� ���������������������� ��!��� ��� ������������ �������;% ����*������������������� ������� �������!����� ��"� ������� ����"��� ����������"���������!�"��#���� ��"� �$
��� ������������������������
(
)
�
,!2
4 &
�������� ������" ��)
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������
�������" #����������� ���������+���
�������� ���+���8��������<#��������#����+�+�����������������������������8��� �������������������*0�����#��=� �8��������������������������*0������� �� ���-�������-���������� �#����������������������8� ����������#����������������������� �����=� 8��������� �#��������������=� ���#��������� ���+���8���������� �� �#����� ���������������-���������������������-���.�� ����+�������/���������#����������� #����������� ��� ���������� �����������#���������0���
��������� ��� ����������� � �
����������������������0����� ���������������� �����-��������*0����������������� ����%���*0����������� ��#�����������������# ��>8����� ���-������ ���������� ���-����� �#������.�� �� ����/��%���� ���+�����������������������������*0������� �� ������������������#�������
(��?�����������������*0��' #� �����3� ����������������:������������ �������#������������ #�
��5� ��������������� ## �����������:���@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
-��5� ���������������#����@�
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
�������� ������" ���
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������
%���� �� ���B����� ��
5���*0��#���� ������� ���� �����-���������������������������*0�8�������������7���� ����C22� ������� ����������7� ���������������#���������������������������*0���%�����������:����� �����+�����������*0����� ��#������� ������ ������*0�����-������ ��#������������������������������D���������� ������������������ ����� ��3 ��������������� �����������
����%� �� �����* ������� ��
)���E��3� ����������� ����� ������ �����-��������������������*0��� #�
��5� ��������������� ## ���������-���:����@������� �������������������� ## ����������:����@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
�������� ������" ��,
������������
����������
������������
������������
������������
������������
������������
������������
������������
������������
������������
������������
������������
��������
������������
������������
������������
��������������
������������
�� ��!�"!�"
������������
��"��"������
������������
������!��!��
������
�������
������������
��������
������������
����������
������������
!��!��!��!��
� � � ��
�
�
�
������
������
����������������
translation start codon
translation stop codon
������#�$��%�"���$���
��������$�"�"&$�����%�"���$���
&�$������%�"���$���
'�$������%�"���$����
$�����"��
Firs
t Let
ter
Second Letter
Thir
d Le
tter
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��!
%� �� �����* ������� ���.��������/
-��5� ���������������#����@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
���5� ��������� �������#�-�������������������� �������#�����������#�������-������� �����-�����@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
���5��� ����������-���:����@�
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
��5� �������������3���� �����3��.>/��#�����������-���:����@�
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
�������������������� � ��� �������� � ��
%���������#������ ��� �������������������# � ���� ���8�3����� ������������ ��������������%�� ����� �����:����������������� ���� ��������-��$
���������������������������� ���� ���������
��������������� ��������� ������ ��� �������������������������
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��2
���������������� � ��� �������� � ���.��������/
���E�� �8���������� ��� -�������� ��� ���������� ��� ����� �����:���������������������������*0��' #�
��5� ��������������� -��������� ��������������� ��� ������� ��� ����� �����:�������������������-�������� ������ #@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
���� �%����-��������#������������������.������ ���/�� ��3�����-��������:�������������� �����������?������� ��8������������ ���:����� ������������ �������� ��8����� �������+����� ��������� ���� ��������-����������� ����7�������� ��-������������-��������������+������F
%� �� ������*0�������"�����
%���� �� ���*0�������#�����8������-�����������G�� ���?B�������7� ���-�����������������*0�� �������+�������������������.!H�����H/����������*0���:��������� �����8� �#�������-������������ ����� �������������.'�8�'/� �������0������ ������
������ ��� ���������3 �����������-�����-������������G����#������� �����=�����?B���������������!H�����������*0��
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��4
%� �� ������*0�������"�����
��������!��������"���� �����������
%� �� ������*0�������"��������������
,��������������#�������� ������������G��-�� ���-����������%����-�����-�����������=�����?B��� ���������� ������.�����������/�������!H�����������*0�����-�������������������
��5����������#���������#@
�AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
-������� ��� ����� ����� ���������������#�����@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��&
"�#��������������"����������������������
�����������������G�����-� ��������������# ��� ������������ �� 8���������������������������������-������ ���"��������� �� ������������-�� ��������������� +���������������# ������������� ���B���� ## � �������# ��� ������������������� ����������� ��-�������
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��C
"�#��������������"����������������������
���� �������� ����%��#��������.�� ���+/�������������������3����� ����� ��"� ����%��=����),� ����� ��������#�#���������� 3��#������#�������������� � �$�.1*/���%������� �������������#���������-�����������G�8���������� ��:����-����������������������-������9����#���������������������G������##���� ������3������-�������������1*�������������������#����������������G�8�����������������������������-� �8�������������������1*�����������8����#�#�������������������#�������.� +������������#���/� �������+�������������1*�������B���8� ��������������� ��
!��E�� �8���������� ��� -����1*����� ��:���������������������������� ������ #���
��*��������������� �� ���B����� ���� -8������� %��������� �#��#�������� �������������),� ����� ������� ��� 3��#����1*����� �"#����.�����#��-��8������#����8�#�����+��� ��8���������� ��+��� ��/���5� �������� -� -������������ �#��#����������� ����� ������� ��� 3��#��������1*����� �"#���@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��(I
"�#������������"��������
����� ���������-������� ������������G����#�#���������������3����������1*8� �#��� ��������1*���������#��������#������-���� ����� �����),� ���)!�.� ���8�� 8��� ���"��� ���8�"�8��/��%��),� ����� �������� �##�������� #������� ��8���������� ������&2� ����� ����#���������-���������6��������� ������B���� ��������� ����
"���������������������������� ���.�I� ����� ����/� ���������� ���.)(� ����� ����/8��# � ���-������!� ����� ���� �##����
���#����������#��� ��������������������=� ������� #�������1*8� ������#��� ����������#������ ����������$�-���� ����� �����!,� ���!!�.%������8�%��8�%� ����������8����8�*/� ���-���� ����� �����&C� ���CI�.�������8����8�*� ���B����8�B�8�B/��������� �##�������� �������������������� ��� ������� ������#<8����J� ��� � �� ��������� ����
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��((
"�#������������"���������.��������/
2��E�� �8���������8� ��� -���� �##�������������������������������� �����' #���
���������� �##������������������#�������������� ����������=� �� �����������.���� ��� ������� ��/��� ��������������������3���� �##����������# ������������-������������������ �����������#�����@
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
��������� ���������#��������� ����������������������� �����+�������������������8������������� -��G��-��������+ �������=��-������� ��6����������� ������������� �����1 ����� ���������-�������������� ����� ����. ��8� /���� �������=��-������
� ��4����������� ��������� �����=��-��������� ��4����������� ���
� ��(C����������� ��������� �����=��-��������� ��)I����������� ���
������������=��-����������-���� ��2� ��� ��((8�-���������������� ���
4�� ���� ��� �������������������*0�����"�������� #��� ��# �����# ����������=��-�������� ����8������ ����������.����� ���/����# ������ ������ ����������� �������=��-������������
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��()
����������"����� �'������������
E�3� �#������8������������������ ��#��=�������� #8���������- ����#�����#��������������������������������� #��� �� ����������-�������������������#����#���������������� ������+�8�����8� ���� �������������������#� 3������������������-������ �����������=� � ���+���8���������� #�������������-����������������� #��������������#������
(��B ���� �������# �����������.����������#��������# ��)/�����������������������-���������� #�������9� ��� ���#��#���������-���������� �������# ����������������-��� ����������� ���� ���# �������#��� ��##����#������ 5��������� " ������ �3���� 1��� #�
)�������� ��������������� �����# �������#�
���?����������������'����%��-���������' #� �������������������������� ��&�� �'� ������������������ ��&��#'���� ���#�������� ���-������#������������� ������-������ #����������������������� �����������-��
,��?��������� #8��� ������������ ����� �������� ���#������������ ����5����������-����� �����������<����������������������������� ��� ����������-�������������<�# �������#��
�������#�����������������������.)/���������.2/�-�������� �����3��������������� ���� ������ �������������� �����#��������� ���.�� �����������-�/� ��������# �������������� ���.#��#���������-�/�
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��(�
!�� ����� ���� �����������-���������������#��������� ��������������������'����%��-���������' #�� �������������� #�������������� ������������� #��������� #��������� ##��#�� ������-�������# �������#����������������-���%��# �������#���#�������� #� ������ �-������ ���������� ����� ����
2������� ���������K������� ����� ���#�������� ���-��# ���������������# ������ �3��� �����-�������� ������������ ���K���<������������ ���������L������ ����� ���#�������� ���7�-��# ����������������# ������ �3�����������������-�� �����-�������� ���������������� ���L������������������ #�
4�����������������-�������� ���������K�������.������� ���/� ����������L�������� ����.<�����G���G �/�������� ���#�������� ������#������ -�+�
%����������+� ������� #���� ���#�������� ��8������������M���+��� �G ��������� �������� �������;% ����*����������� ��;�������� ��� ��������������� #��������������������
&������-���������� ������������=� ����������������-��#���������������� ���������� ��������������#���������������� �������������� #� ��;������M�������+��� �G ���������
(��� �%������# �������������� ����� ������� ���������+ �������=��-�����������-�������� ��������������=� �������?���������# �������##����#���������� -��G����#�����8� ��������������#�����
����������"����� �'���9���������.��������/
������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������ ������" ��(,
���N� %����������������� ��������������� ����������������((������� ����
���N� %����������������� �����-������� ����������*0�������������������������-� ��������������# ��� ����
���&� ���"� ���*0������� ��#���������������# ��������������� ���-�����������G�����=�����?B�� �����!H�����������*0�� ���-������� �� ��������#�����8��� ��������������������
���N� %����-������������G�� �#����������������������8�3����� ��#�#���������
���N� "�#������������#����������-����� ���8��������� �������� �����#��������������������# ������������� ���B���� ## � ���8���+������� ����������-� ���������� ��-�����������������
���N� 5������� �������+�������� ��������-���8������������ �����������-� ��������-����������#��������������� ������+�8�����8� ���� ������%����-���������������� ���������� ������������������8�.� �� ����� �� �� �/8� ���������������������+��������� �������������� ��#�����#�������.BE?%�/�����������-� ���%��BE?%���� ��#��������������������8�����������������
��� ���������)��*