Τμήμα Μηχανικών Η/Υ & Πληροφορικής - Εργαστήριο Αναγνώρισης Προτύπων

• This research has been co-financed by the European Union (European Social Fund – ESF) and Greek national funds through the Operational Program "Education and Lifelong Learning" of the National Strategic Reference Framework (NSRF) - Research Funding Program: THALIS. Investing in knowledge society through the European Social Fund.

Εγκατάσταση πλατυόρμας FEniCS σε Clusters/Blades/Cloud

Αλζξανδροσ Σπφρου, Τμήμα Μηχ. Η/Υ & Πληρ/κής (ΚΕΟ 3)

FEniCS Basics

• Τι είναι το FEniCS?– είναι μια ςυλλογι από δωρεάν, ανοιχτοφ κώδικα, ςτοιχεία

λογιςμικοφ με κοινό ςτόχο να καταςτεί δυνατι αυτοματοποιθμζνθ επίλυςθ των διαφορικών εξιςώςεων.

• Βασικά στοιχεία FEniCS:– UFL (Unified Form Language)

– FIAT (Finite Element Automatic Tabulator),

– FFC (FEniCS Form Compiler),

– UFC (Unified Form-assembly Code

– Instant

– DOLFIN

FEniCS Basics

How to install – General Guidelines

• Automatic Installation with Dorsal:– Το DORSAL είναι ζνα απλό πρόγραμμα το οποίο αυτοματοποιεί

τθν διαδικαςία τθσ ανάκτθςθσ , μεταγλώττιςθσ και εγκατάςταςθσ των πολλών υπο-εργών του FEniCS και τισ αλλθλεπιδράςεισ τουσ ςε UNIX λειτουργικά ςυςτιματα.

• Supported Platforms– Debian GNU/Linux 6.0, Unstable– Fedora 13, 14, 15– Gentoo Linux– Mac OS X 10.6, 10.7 (with MacPorts)– openSUSE 11.3, 11.4– Red Hat Enterprise Linux 6– Ubuntu 10.04 LTS, 10.10, 11.04, 11.10

Installation with Dorsal – Step by step how to

• Να προμθκευτοφμε με τθν πιο πρόςφατθ ζκδοςθ του DORSAL απο τθν ακόλουκθ ςελίδα download page.

• Τροποποίθςθ του dorsal.cfg ζτςι ώςτε να ικανοποιεί τισ ςυνκικεσ για το λειτουργικό ςφςτθμα ςτο οποίο κζλουμε να κάνουμε τθν εγκατάςταςθ.

• Ξεκινιςτε τθν διαδικαςία για τθν δθμιουργία. Σε αυτό το ςθμείο το DORSAL αναγνωρίηει το λειτουργικό ςφςτθμα και παρζχει μια λίςτα από εντολζσ για να επιβεβαιώςουμε πωσ το ςφςτθμα είναι ζτοιμο για να γίνει εγκατάςταςθ τθσ FEniCS

• Πταν ζχουν ολοκλθρωκεί τα βιματα τότε μπορεί να ξεκινιςει θ εγκατάςταςθ.

Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER

• Χαρακτθριςτικά Cluster– αποτελείται από 14 blades εκ των οποίων

χρθςιμοποιιςαμε τα 2– 3 Virtual Machines - το ζνα χρθςιμοποιείται ωσ είςοδοσ

ςτο blade για τουσ χριςτεσ (pleiada), το άλλο για το configuration του blade (puppet) και το 3ο για διαχειριςτικοφσ λόγουσ (home)

– Interblade communication με infiniband δίκτυο– Το κάκε blade ζχει 4 πυρινεσ (Intel(R) Xeon(R) CPU

E5530 @ 2.40GHz), 6GB RAM, και 256GB ςκλθρό δίςκο. – Το λειτουργικό το οποίο τρζχει πάνω ςτο cluster είναι το

SL5 (Scientific Linux 5) το οποίο είναι ουςιαςτικά κλώνοσ του RH6.

Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER

• Ζλεγχοσ για ςυμβατότθτα του FEniCS με τθν ζκδοςθ του λειτουργικοφ ςυςτιματοσ που ιταν ιδθ εγκατεςτθμζνο και παραμετροποιθμζνο πάνω ςτο cluster.

• Διαπιςτώκθκε πωσ θ ζκδοςθ του λειτουργικοφ ςυςτιματοσ το οποίο ιταν εγκατεςτθμζνο ςτο ςφςτθμα, δεν ιταν ςτα Binary packagesγια να γίνει θ εγκατάςταςθ αυτόματα με τθν χριςθ του Dorsal.

Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER -Ρροβλιματα

• Κατά τθν διάρκεια τθσ semi-automaticεγκατάςταςθσ είχαμε failures μερικά από τα αυτά επιλφκθκαν κάνοντασ χριςθ του launchpadτου FEniCS (user community).

• Ραρουςιάςτθκε πρόβλθμα ςυμβατότθτασ τθσ ίδιασ τθσ πλατφόρμασ FEniCS με το SL5, πάνω και ςτο οποίο κα γινόταν θ εγκατάςταςθ.

• Κατάλθξθ ιταν ότι θ εγκατάςταςθ δεν μποροφςε να ςυνεχιςτεί ςε αυτιν τθν πλατφόρμα.

Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER –Επίλυςθ Ρροβλθμάτων

• Εγκατάςταςθ ςε VM του UBUNTU SERVER και από εκεί και πζρα ςυνεχίςτθκε θ παραμετροποίθςθ και εγκατάςταςθ τθσ FEniCS γνωρίηοντασ ότι πλζον θ ζκδοςθ UBUNTU τθν ζχει προ-εγκατεςτθμζνθ οπότε και δεν κα υπιρχε ιδιαίτερο πρόβλθμα

Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLOUD

• Χαρακτθριςτικά CLOUD– Το cloud αποτελείται από 8CPU με 8GB μνιμθ και

20GB ςκλθρό. Το λειτουργικό το οποίο τρζχει πάνω ςτο cloud είναι το UBUNTU Server Edition

• Διαδικαςία Εγκατάςταςθσ:– Δθμιουργία VM ςε Cloud περιβάλλον κάνοντασ χριςθ

τθσ υπθρεςίασ OKEANOS τθσ ΕΔΕΤ.

– Αφοφ εγκαταςτάκθκε το λειτουργικό (UBUNTU) και ζχοντασ τθν προθγοφμενθ εμπειρία για τθν εγκατάςταςθ τθσ FEniCS εγκαταςτάκθκε λειτουργικι ζκδοςθ τθσ.

References

• OCEANOS how to create a VMhttps://okeanos.grnet.gr/static/medialibrary/2013/03/20130228-

nkoziris-okeanoscloudforum2013-v2.pdf

• OCEANOS INTERFACEhttps://accounts.okeanos.grnet.gr/im/login?next=https://cyclades.

okeanos.grnet.gr/ui/

• Ubuntu installation guidehttp://fenicsproject.org/download/ubuntu_details.html

• General Installation Guide for other installations using Dorshalhttp://fenicsproject.org/download/installation_using_dorsal.html#

installation-using-dorsal

• Manual Installation Guide from sourcehttp://fenicsproject.org/download/installation_from_source.html#

installation-from-source