Thierry de Meeûs

Laboratoire de recherches et de coordination sur les Trypanosomoses,UMR177 IRD/CIRAD, TA A-17/G,

Campus International de Baillarguet,34398 Montpellier Cedex 5, France.

Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165

E-mail: demeeus@mpl.ird.fr

http://gemi.mpl.ird.fr/SiteSGASS/SiteTDM/EnseignMeeus.html

Méthodes indirectes

Méthodes directes

Neutralité: une hypothèse assez forte

TYPES DE MARQUEURS

Enzymes

mRNA

+

-

CTCTCTCTAGAGAGAG

Primer1

Primer2

PCR

CTCTCTCTCTAGAGAGAGAG

Primer1

Primer2

+

-

Microsatellites

Electrophorèse

AUGCAGCCAUAGGCG

Phe-Pro-Leu-Ileu-Val

f( ) = +

= p

f( ) = q

Proportions de Hardy-Weinberg

f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²

Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergDéficits en hétérozygotesDéficits en hétérozygotes

Effet Wahlund

Taenia soliumTaenia solium

Nasonia vitripenisNasonia vitripenis

Endogamies

RhRh--RhRh--

RhRh++RhRh--

Sous dominance

Causes techniques

Allèles nulsDominance des allèles courts

Homogamie

Schistosoma

Candida albicans

Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergExcès d'hétérozygotesExcès d'hétérozygotes

HLA

Ixodes ricinus

Anémie falciforme et

Plasmodium falciparum

SuperdominanceHétérogamie

Clonalité

Biais de dispersion sexe spécifique

Hétérosis

Trypanosoma brucei

Les F-Statistics de Wright

FISl

FFISIS

FFSTST

Estimations

RAPPEL: Variance: ² = [1/n].i[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].i[(xi-x)²]

Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham

FFITIT

)1)(1(1

1

1

1

STISIT

t

ObsIT

t

sST

s

ObsIS

FFF

H

HF

H

HF

H

HF

HObs=2p1(1-p1)-2p1(1-p1)FIS

e

Obs

e

ObseObsIS H

H

H

HH

pp

HppF

1)1(2

)1(2

11

11

Structure d'une Population

Taille des Unités de Reproduction

Migration

Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse

B. burgdorferi

B. valaisiana

B. garinii

B. afzelii

B. Spielmanii

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All

f (F

is e

stim

ator

)

-1

-0.75

-0.5

-0.25

0

0.25

0.5

0.75

1

109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131

Allele size

Fis

(pa

rtia

ls)

Déficits en hétérozygotes

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

0.8

0.9

1

111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131

Allele size

Fis

pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing

pi's increasing pi's randomised

Distribution sexe spécifique du polymorphisme

B. burgdorferi

B. valaisiana

B. gariniiB. afzelii

Biais de dispersion sexe spécifique des tiques

Détection des Borrelia dans les tiques

Pour Borrelia burgdorferi

P =0.012

0.02

0.03

0.04

0.05

0.06

0.07

0.08

F M

Sex of the tick

Prév

alen

ce o

f B

. bur

gdor

feri

ss

Pour Borrelia afzelii

Saines Infectées

Détection des borrélies dans les tiques

Saines Infectées

Vers adultes (couple)dans la veine mésenthérique.

La femelle est contenue dans le canal gynécophore

du mâle

Œuf évacué avec les selles

de l’hôte définitif

Eclosion d’unelarve aquatique:

miracidium

Reproduction sexuée

Biomphalaria glabratamollusque d’eau douce

hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales

Reproduction asexuée

Rattus rattus (rat noir)infecté lors d’un "bain"

Zone de transmission

Site detransmission

(arrière mangrove)

Région d’étude

Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe

Les F-Statistics de Wrightet Clones

Fisl

FFisis

FFstst

FFitit

T

oTit

T

sTst

s

osis

H

HHF

H

HHF

H

HHF

T

TIIT

T

TSST

S

SIIS

Q

QQF

Q

QQF

Q

QQF

1

1

1

0

1

IT

SST

S

SIS

F

QF

Q

QF

Génétique des populations des diploïdes clonaux

ou partiellement clonaux

Fis 0

-1Loci

C=[0.99-0.95], Nm not small

Fis 0

-1Loci

C=1, Nm small

FST~0.5

Fis 0

-1Loci

C=[0.999-0.99], Nm small

Fst>>0.5

Fis 0

-1Loci

C=1, Nm not small

Fst<<0.5

Clones structurés en nombreux dèmes

Fst=-Fis/(1-Fis); Fit=0st

st

F

FNm

4

21

is

is

F

FNm

4

1

n =1000, N =10, m =0.001

-0.03

-0.02

-0.01

0

0.01

0.02

0.03

0.04

0.05

0.06

0.07

Expected(IAM)

Long, 99alleles

Long, 5alleles

Long, 2alleles

Short, 99alleles

Short, 5alleles

Short, 2alleles

Veryshort, 99alleles

Veryshort, 5alleles

Veryshort, 2alleles

Nm

T

TIIT

T

TSST

S

SIIS

Q

QQF

Q

QQF

Q

QQF

1

1

1

0

1

IT

SST

S

SIS

F

QF

Q

QF

Candida albicans à Abidjan (Côte d’Ivoire)

42 Patients AIDS

19 patientes 23 patients

J0

Traitement anti-fungique

J15

Rechute de 13 patients

FPatient≈0.5 (P<0.001)

FSex≈0.08 (P<0.02)

FD0-D15≈0.2 (P<0.001)

14 loci enzymatiques

Fis=-0.66 Fis=-0.97

Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire

Week 1, with the seven most polymorphic loci

-1

-0.8

-0.6

-0.4

-0.2

0

0.2

Womenuncombined

Womencombined

Menuncombined

Men combined Women andmen combined

Fis