Post on 17-Jun-2019
RIDA®GENE Bacterial Stool Panel (Bakteriyel Dışkı Paneli)
real-time PCR
Art. No.: PG2405
100 reaksiyon
In Vitro Diagnostik Kullanım için
-20 °C
R-Biopharm AG, An der neuen Bergstraße 17, D-64297 Darmstadt, Germany
Tel.: +49 (0) 61 51 81 02-0 / Telefax: Faks: +49 (0) 61 51 81 02-20
2 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
1. Kullanım amacı
In Vitro Diagnostik Kullanım için RIDA®GENE Bacterial Stool Panel, insan dışkısında
Salmonella spp., Campylobacter spp. ve Yersinia enterocolitica doğrudan kalitatif
tespiti ve ayrımı için, multipleks real-time PCR'dır. RIDA®GENE Bacterial Stool Panel
multiplex real-time PCR, bakterilerin neden olduğu mide-bağırsak enfeksiyonu
teşhisinde yardımcı olarak kullanılmak üzere tasarlanmıştır.
2. Testin açıklaması
Diyareli hastalık önemli bir sağlık sorunudur ve dünya çapında yaklaşık 2 milyar
vak'aya neden olur. Dünya Sağlık Örgütü (WHO)'ne göre diyareli hastalıklar, özellikle
gelişmekte olan ülkelerde,global olarak 5 yaşın altındaki çocuklar arasında,çocuk
ölümlerinin ikinci en yaygın nedeni olarak yer almaktadır. Her yıl 5 yaşından daha
küçük yaklaşık 1.9 milyon çocuk AIDS, sıtma ve kızamıktan daha fazla olmak üzere
diyareden ölmektedir.
Campylobacter türleri, dünyada bakteriyel diyarenin en sık nedenlerinden biridir ve yılda 400-500
milyon vak'adan sorumludur. Campylobacter türünün neden olduğu hastalık,
Campylobacteriosis olarak adlandırılır. Campylobacter enfeksiyonlarının% 80'inden
fazlasına C.jejuni neden olur. ABD Hastalık Kontrol ve Korunma Merkezleri (CDC),
ABD'de her yıl campylobacteriosis'den kaynaklanan 2 milyondan fazla vak'a olduğunu
tahmin etmektedir. Gıda Kaynaklı Hastalıklar Etkin Gözetim Ağı (FoodNet), 2008
yılında her 100.000 kişi başına 13 vak'a insidansı olduğunu raporlamıştır. C. jejuni,
gelişmekte olan ülkelerde diyare olan çocukların %8-45'inde gelişmiş ülkelerde ishal
olan çocukların %5-16'sında tespit edilmiştir4. ABD'de her yıl, Campylobacter
enfeksiyonu olan yaklaşık 100 kişi ölmektedir3. Campylobacter enfeksiyonu, özellikle
çocuklarda fekal-oral yolla, kontamine yiyecek, özellikle kümes hayvanları, su, enfekte
hayvanlarla temas yoluyla meydana gelir. Bulaşıcı doz, 500 bakteri ile nispeten
düşüktür. Campylobacteriosis'li kişilerde, 2 ila 5 günlük kuluçka döneminden sonra
ateş, ishal, karın krampları, kusma, karın ağrısı ve mide bulantısı baş gösterir.
Potansiyel uzun vadeli komplikasyonları, örneğin Guillain-Barre Sendromu (GBS) için,
otoimmün bozukluklardır.
Salmonella türleri, ayrıca dünya çapında bakteriyel gastroenteritin önde gelen
nedenidir. Salmonella cinsi, S. enterica ve S. Bongori olmak üzere iki türe ayrılmıştır.
Şimdiye kadar 2.500'den fazla Salmonella serotipi, insanlar için patojen olarak
açıklamıştır. Salmonella türleri, tifoya ya da tifoya yol açmayan salmonelloza neden
olur. Global olarak her yıl, 93.8 milyon tifoya yol açmayan salmonelloz enfeksiyon
vak'asının 155.000 ölüme yol açtığı tahmin edilmektedir6. CDC, ABD'de her yıl, 23.000
hastaneye yatış ve 450 ölüm ile, 1.2 milyondan daha fazla tifoya yol açmayan
salmonelloz vak'asının olduğunu tahmin ediyor5. Tifoya, S. typhi , S. paratyphi A, B
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 3
veya C neden olurken, tifoya yol açmayan salmonelloz enfeksiyonlarının çoğu, S.
Typhimurium ve S. enteritidis kaynaklıdır.CDC, ABD'de yılda 1.800'den fazla tifo
vak'asının olduğunu tahmin etmektedir.Salmonella kontamine gıda, su veya enfekte
hayvanlarla temas yoluyla bulaşır. Salmonella türlerinin bulaşıcı dozu, 1 ila 1000
bakteriye kadar değişmektedir. Tifoya yol açmayan salmonelloz enfeksiyonu, 6-72
saatlik kuluçka döneminden sonra, kusma, karın krampları, ishal, ateş ve baş ağrısı
gibi klinik semptomlarla ortaya çıkar. Tifo olan kişilerde, organizmaya maruz kaldıktan
1 ila 3 hafta içerisinde, karın ağrısı ve diyare de dahil olmak üzere, baş ağrısı, sancı,
yüksek ateş (39°C - 41°C) gastrointestinal semptomlar baş gösterir3,7.
Yersinia enteroclitica insanlar için patojen olan Yersinia cinsinin üç Yersinia türünden
(Y. pestis, Y. pseudotuberculosis) biridir ve Yersiniosis denilen gastrointestinal
hastalığa neden olur. FoodNet göre her yıl ABD'de, Y. enterocolitica enfeksiyon
insidansı 100.000 kişi başına 1 oranı ile meydana gelmektedir. Avrupa Hastalık
Önleme ve Kontrol Merkezi, 2007 yılında 5.000'i Almanya'da olmak üzere, 8.807 vak'a
bildirmiştir. Yersiniosisli enfeksiyon, kontamine gıda veya suyun
yenilmesi/içilmesinden sonra oluşur. Tahmini bulaşıcı dozu, 104 ila 106 bakteridir.
Yersiniosis kişilerde, 1 ila 11 günlük kuluçka döneminden sonra diyare, kusma, karın
ağrısı baş gösterir. Y. Enterocolitica, ayrıca reaktif artrit ile de
ilişkilidir3,8.
Kültür, bakteriyel diyare laboratuar tanısını saptamak için klasik yöntemdir, ama birkaç
gün gerektirir.
RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR, dışkı örneklerinin testi
için yeni ve ilgi çekici bir alternatiftir ve en önemli diyare nedeni olan üç bakterinin
(Campylobacter spp., Salmonella spp. Ve Y. Enterocolitica) eş zamanlı saptanması
için, son derece hassas ve spesifik olduğu kanıtlanmıştır.
3. Test prensibi
RIDA®GENE Bacterial Stool Panel tahlili, Salmonella spp., Campylobacter spp. ve
Yersinia enterocolitica'nın doğrudan ayırt edilmesi ve kalitatif tespiti için multipleks real-
time PCR'dır. DNA izolayonundan sonra, eğer mevcutsa Salmonella spp. (ttr),
Campylobacter spp. (16s-rDNA) veY. enterocolitica (ail) için spesifik gen
fragmanlarının amplifikasyonları meydana gelir. Amplifiye hedefler, bir ucu quencher
ile, diğer ucu floresan reporter boya (florofor) ile etiketlenmiş olan hidroliz problarıyla
tespit edilir. Hedef varlığında problar amplikonları hibridize eder. Uzatma
aşaması esnasında Taq-polimeraz reporter-quencher yakınlığını kırar.
Raportör real-time PCR cihazının optik birimi tarafından tespit edilen bir flüoresan
sinyal yayar. Bu floresan sinyal, oluşan amplikonların miktarıyla artar. RIDA®GENE CD
4 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
Bacterial Stool Panel testi, örnek hazırlama prosedürünün internal kontrolü olarak ve
olası PCR-inhibisyonunu belirlemek amacıyla bir Internal Control DNA (ICD) içerir.
4. Sunulan reaktifler
Tab.1: Sunulan reaktifler (Kit içindeki reaktifler 100 tespit için yeterlidir)
Kit Kodu Reaktif Miktar Kapak Rengi
1 Reaksiyon Karışımı 2x 1100 µl sarı
2 Taq-Polimeraz 1x 11 µl kırmızı
D İç Kontrol DNA 2x 1800 µl turuncu
N PCR Su 1x 500 µl beyaz
P Pozitif Kontrol 1x 200 µl mavi
5. Saklama talimatları
- Tüm reaktifleri ışıktan koruyun ve -20°C de saklayın. Tüm reaktifler
son kullanma tarihine kadar kullanılabilir. Son kullanma tarihinden sonra kalite
garantisi artık geçerli değildir.
Kullanmadan önce reaktifleri dikkatlice çözün (ör. 2 -8°C de buzdolabında).
- Reaktifler tahlil performansını etkilemeden, 5 defa donma/çözülmeye kadar
dayanabilir.
(örn:ilk çözdürme sonrası, alikotlarına ayırın ve
hemen dondurun)
- PCR hazırlığı esnasında, tüm reaktifler uygun şekilde soğukta saklanmalıdır
(2 - 8 °C) .
6. Ek ekipmanlar ve gerekli materyaller
- DNA-Extraction kit (örn: RTP® Pathogen Kiti, STRATEC Molecular)
veya
DNA-Extraction sistemi (örn:. Maxwell® 16 (Promega), NucliSENS easy®MAG™
(bioMérieux))
- Real-time PCR Cihazı:
Roche: LightCycler 480II
- Cepheid: SmartCycler
Uygulanan Biyosistemler: ABI 7500
Abbott: m2000rt
Stratagene: Mx3000P,, Mx3005P
QIAGEN: Rotor-Gene Q
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 5
- LightCycler 480II çalıştırmak için RIDA®GENE Color Compensation I (PG0001)
- Gerçek zamanlı PCR sarf malzemeleri (plaklar,tüpler,folyo)
- Reaksiyon şişeleri için rotor ile santrifüjleme
- Vortexer
- Pipetler (0.5 – 20 µl, 20 – 200 µl, 100 – 1000 µl)
- Filtre uçları
- Pudrasız tek kullanımlık eldivenler
7. Kullanıcı önlemleri
- Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir.
- DNA izolasyon, PCR hazırlama ve PCR çalışması çapraz-kontaminasyonları
önlemek için farklı odalarda ayrılmalıdır.
- Bu test sadece moleküler biyoloji yöntemlerinde eğitimli laboratuvar personeli
tarafından yapılmalıdır.
- Çalışma talimatlarını sıkıca izleyin.
- Örnekleri kullanırken tek kullanımlık eldivenler giyin. Test bittikten sonra ellerinizi
yıkayın.
- Örneklerin veya test reaktiflerinin kullanıldığı alanlarda sigara içmeyin, birşey
yemeyin veya içmeyin.
- Örnekler ve örneklere maruz kalan reaktifler ve materyaller olası bulaşıcı gibi
işlenmelidir ve ulusal güvenlik düzenlemelerine göre kullanılmalıdır.
- Son kullanma tarihinden sonra kiti kullanmayın.
8. Test prosedürü
8.1 DNA-Ekstraksiyon
İnsan dışkı numunelerinin DNA-ekstraksiyonu için, mevcut olan ticari DNA izolasyon
kitini (örn: RTP® Pathogen Kit (STRATEC Molecular)) veya DNA ekstraksiyon
sistemini (örn: Maxwell® 16 (Promega)) kullanın. Üreticinin talimatlarına göre DNA yı
ekstrakte edin.
Dışkı numunelerinin ekstraksiyon öncesi, su ile 1:3 oranında dilüe edilmesini öneririz.
Dilüe edilmiş dışkı numunelerini, şiddetlice vorteksleyin ve 30 sn. 3,000 rpm'de
santrifüjleyin. Üreticinin talimatlarına göre, süpernatantı uygun hacimde kullanın.
RIDA®GENE Bacterial Stool Panel testi, numune hazırlama prosedürü için PCR
inhibasyon kontrolü ya da ekstraksiyon kontrolü olarak ve PCR inhibasyon kontrolü
olarak da kullanılabilen, bir Internal Kontrol DNA (ICD) içerir.
6 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
Eğer ICD sadece PCR inhibasyon kontrolü olarak kullanılırsa Master-Mix'e 1µl ICD
eklenmelidir (Tab.3'e bakınız).
Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prsedürü için ekstraksiyon
kontrolü olarak kullanılırsa, ektraksiyon prosedürü esnasında 20 µl ICD eklenmesi
gerekir. ICD her zaman numune/lysis tampon karışımına eklenmeli, kesinlikle
numuneye doğrudan eklenmemelidir. Ayrıca, negatif ve pozitif kontrol PCR Mix'e 1 µl
ICD ilave edilmesini öneririz.
8.2 Master-Mix hazırlığı
Gereken toplam PCR reaksiyonsayısını (numune ve kontrol reaksiyonları) hesaplayın.
Her tahlil çalışmasının içinde, mutlaka bir pozitif ve negatif kontrolün olması gereklidir.
Pipetlemenin tam olarak karşılanması için, %10 ilave hacim hesaplanmasını tavsiye
ederiz. Kullanmadan önce, Reaksiyon Mix'i, Taq-Polymerase'ı, Pozitif Kontrolü,PCR
Su ve ICD'yi çözün, nazikçe karıştırın ve kısa biz süre santrifüjleyin. Reaktifleri çalışma
aşaması esnasında uygun soğuklukta muhafaza edin (2 - 8 °C).
Tab.2: Hesaplama ve pipetleme örneğin 10 Master-Mix resksiyonu için
(Ekstraksiyon ve PCR inhibasyonu olarak ICD)
Kit Kodu Master-Mix bileşenleri Reaksiyon başına
hacim 10 reaksiyon (ekstra %10)
1 Reaksiyon Karışımı 19,9 µl 218,9 µl
2 Taq-Polymerase 0,1 µl 1,1 µl
Toplam 20,0 µl 220 µl
Master-Mix bileşenlerini yavaşça kısa süreliğine aşağıya döndürerek karıştırın.
Tab.3: Hesaplama ve pipetleme örneğin 10 Master-Mix resksiyonu için
(PCR inhibasyonu olarak ICD)
Kit Kodu Master-Mix bileşenleri Reaksiyon başına
hacim
10 reaksiyon
1 Reaksiyon Karışımı 19,9 µl 218,9 µl
2 Taq-Polymerase 0,1 µl 1,1 µl
D İç Kontrol DNA 1,0 µl 11 µl
Toplam 21,0 µl 231,0 µl
Master-Mix bileşenlerini yavaşça kısa süreliğine aşağıya döndürerek karıştırın.
8.3 PCR-Mix hazırlanması
Her bir reaksiyon şişesine (tüp veya plaka) 20 Master-Mix pipetleyin.
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 7
Negatif Kontrol : Önceden pipetlenen Master-Mix'e negatif kontrol olarak 5 µl PCR
Su ekleyin.
Not: Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prosedüründe ekstraksiyon
kontrolü olarak kullanılırsa, negatif kontrol PCR Mix'e 1 µl ICD ilave edilmesini öneririz.
Örnek: Önceden pipetlenen Master-Mix'e 5 µl DNA-Ekxtract ekleyin.
Pozitif Kontrol: Önceden pipetlenen Master-Mix'e 5 µl Pozitif kontrol ekleyin.
Not: Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama esnasında ekstraksiyon
kontrolü olarak kullanılırsa, pozitif kontrol PCR Mix'e 1 µl ICD ilave edilmesini öneririz.
Tüpleri veya plakayı kapatın. Aşağıya döndürün ve real-time PCR cihazına yerleştirin.
PCR reaksiyonu, PCR cihaz ayarlarına göre başlatılmalıdır. (Tab.4, Tab.5’e bakın).
8.4 PCR Cihaz ayarları
Tab.4: LightCyler 480II, SmartCycler ve Rotor-Gene Q için Real-time profili
İlk Denatürasyon
Cycling
PCR denatürasyonu
Sertleştirme/Uzatma
1 dk, 95 °C
45 Cycles
10 sn, 95 °C
15 sn, 60 °C
Sıcaklık Geçiş Hızı /Ramp Oranı
Maksimum
Not: Sertleşme ve uzatma aynı aşamada meydana gelir.
Tab.5: Mx3000P, Mx3005P, ABI 7500 ve m2000rt için Real-time PCR profili
İlk Denatürasyon
Cycling
PCR denatürasyonu
1 dk, 95 °C
45 Cycles
10 sn, 95 °C
30 sn, 60 °C
Sıcaklık Geçiş Hızı /Ramp Oranı
Maksimum
Not: Sertleşme ve uzatma aynı aşamada meydana gelir.
8 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
8.5. Tespit Kanal Ayarı
Tab.6: Uygun tespit kanallarını seçin.
Real-time PCR Cihazı:
Tespit Tespit Kanalı Dark-Quencher
Not
Roche
LightCycler 480II
Salmonella spp. 465/510 + RIDAGENE Color
Compensation Kit I (PG0001)
gereklidir.
ICD 533/580 +
Yersinia enterocolitica 533/610 +
Campylobacter spp. 618/660 +
Cepheid
SmartCycler
Salmonella spp. Kanal 1 +
- ICD Kanal 2 +
Yersinia enterocolitica Kanal 3 +
Campylobacter spp. Kanal 4 +
ABI 7500
Salmonella spp. FAM yok Pasif referans ROX
seçeneğinin olmadığını kontrol
edin.
ICD VIC yok
Yersinia enterocolitica ROX yok
Campylobacter spp. Cy5 yok
Abbott: m2000rt
Salmonella spp. FAM yok
- ICD VIC yok
Yersinia enterocolitica ROX yok
Campylobacter spp. Cy5 yok
Stratagene Mx3000P/ Mx3005P
Salmonella spp. FAM + Referans boyanın olmasığını kontrol
edin.
ICD HEX +
Yersinia enterocolitica ROX
Campylobacter spp. Cy5 +
Qiagen Rotor-Gene Q
Salmonella spp. Yeşil +
- ICD Sarı +
Yersinia enterocolitica Turuncu +
Campylobacter spp. Kırmızı +
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 9
9. Sonuçların Yorumlanması
Numune analizleri, üreticinin talimatlarına göre kullanılan real-time PCR cihazının
yazılımı taraından yapılır. Pozitif ve negatif kontroller doğru sonuçları göstermek
zorundadır (şekil 1, şekil 2, şekil 3’e bakın)
Pozitif kontrol, konsantrasyonu 103 kopya / µl ‘dir. Her bir PCR çalışmasında, toplam
5 x 103 kopya miktarı kullanılır.
Şekil 1: LightCycler 480II da pozitif ve negatif kontrol (Salmonella spp.) doğru
çalışması
10 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
Şekil 2: LightCycler 480II da pozitif ve negatif kontrol (Yersinia enterocolitica) doğru
çalışması
Şekil 3: LightCycler 480II da pozitif ve negatif kontrol (Campylobacter spp.) doğru
çalışması
LightCycler 480II
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 11
Sonuç yorumlanması Tablo 7'ye göre yapılır
Tab.7: Numune yorumlama
Hedef genler
Salmonella spp.
Yersinia enterocolitica
Campylobacter spp.
ICD Sonuç
pozitif negatif negatif pozitif/negatif Salmonella spp.
negatif pozitif negatif pozitif/negatif Yersinia enterocolitica
negatif negatif pozitif pozitif/negatif Campylobacter spp.
negatif negatif negatif pozitif Negatif (Hedef
genler tespit edilebilir değildir)
negatif negatif negatif negatif Değerlendirilebilir değil
Numune, tespit sisteminde amplifikasyon sinyali göstermezse, numune negatif olarak
değerlendirilir, ancak Internal Kontrol (ICD) pozitif. Ekstraksiyon prosedüründeki PCR
inhibasyonu ya da başarısızlığı, Internal Kontrol DNA (ICD) tespitiyle ekarte edilebilir.
Hem numune ve hem de Internal Kontrol DNA (ICD), tespit sisteminde bir
amplifikasyon sinyali gösterirse, numune pozitif olarak değerlendirilir.
Numune, tespit sisteminde amlifikasyon sinyali gösteriyorsa pozitif olarak
değerlendirilir, ancak Internal Kontrol DNA (IDC) negatiftir. Internal amlifikasyon
kontrolün tespiti gerekli değildir, çünkü amlifikasyonun yüksek konsantrasyonları,
internal amplifikasyon kontrolün zayıf ya da olmayan sinyaline neden olabilir.
Tespit sisteminde, hem numune hem de Internal Kontrol DNA (ICD) sinyal vermiyorsa,
numune geçersiz olarak değerlendirilir. Ekstraksiyon prosedüründe bir hata
oluşmuştur ya da numune PCR inhibütörü içeriyordur. Ekstrakte numunenin PCR su
ile daha fazla dilüe (1:10) ve yeniden amplifiye edilmesi ya da numune izolasyon ve
purifikasyonun edilmesi geliştirilmesi gerekmektedir.
12 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
10. Performans Özellikleri
10.1 Klinik Verimlilik
Magdeburg (Almanya)’da Professor Schenk / Ansorge & Colleagues Medikal
Laboratuarında yapılan bir prospektiv çalışmada,semptomatik hastaların dışkı
numuneleri RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR kullanılarak
test edilmiş ve sonuçlar kültür ile takip edilen MALDI-TOF analizle karşılaştırılmıştır.
Sonuçlar aşağıdaki tabloda özetlenmiştir:
Tab.8: RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR ve kültür ile Salmonella
spp. sonuçlarının korelasyonu
.
Kültür
pozitif negatif
RIDA®GENE
Bacterial Stool Panel
pozitif 44 0
negatif 0 250
Tab.9: RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR ve kültür ile Y.
enterocolitica sonuçlarının korelasyonu
Kültür
pozitif negatif
RIDA®GENE
Bacterial Stool Panel
pozitif 11 0
negatif 0 283
Tab.10: RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR ve kültür ile
Campylobacter spp. sonuçlarının korelasyonu
Kültür
pozitif negatif
RIDA®GENE
Bacterial Stool Panel
pozitif 51 3
negatif 0 240
Duyarlılık 100,0 %
Özgünlük %100,0
PPV %100,0
NPV %100,0
Duyarlılık %100,0
Özgünlük %100,0
PPV %100,0
NPV %100,0
Duyarlılık %100,0
Özgünlük % 98.4
PPV % 94.4
NPV %100,0
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 13
10.2 Analitik duyarlılık
RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR’ın tespit sınırı Salmonella
spp., Yersinia enterocolitica ve Campylobacter spp. için reaksiyon başına 5 DNA
kopyadır (şekil 4, şekil 5, şekil 6’ya bakın).
Şekil 4: LightCycler 480II ‘de Salmonella spp. dilüsyon serisi( µl başına 105 – 101 DNA
kopya)
Şekil 5: LightCycler 480II ‘de Yersinia enterocolitica dilüsyon serisi( µl başına 105 –
101 DNA kopya)
14 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
Şekil 6: Campylobacter spp. dilüsyon serisi( µl başına 105 – 101 DNA kopya)
LightCycler 480II
Tüm prosedürün tespit limiti, numune matrisine, DNA ekstraksiyonuna ve DNA
konsantrasyonuna bağlıdır
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 15
10.3 Analitik özgünlük
RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR analitik özgünlüğü,
Salmonella spp., Yersinia enterocolitica ve Campylobacter spp. için spesifiktir.
Aşağıdaki türler için (Tab.11’e bakın) çapraz reaktivite tespit edilmemiştir.
Tab.11: Çapraz reaktivite testi
Arcobacter butzleri -
Clostridium sordellii -
Pseudomonas
aeruginosa -
Aeromonas hydrophila - Enteropathogenic E. coli -
Serratia liquefaciens -
Bacillus cereus - Enterotoxigenic E. coli -
Shigella flexneri -
Bacteroides fragilis -
Shiga toxin producing E. coli
- Staphylococcus aureus
-
Candida albicans -
Enterobacter cloacae -
Staphylococcus
epidermidis -
Citrobacter freundii -
Enterococcus faecalis -
Vibrio parahaemolyticus -
Clostridium difficile -
Klebsiella oxytoca -
Clostridium perfringens -
Proteus vulgaris -
16 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28
10.4 Analitik reaktivite
RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR reaktivitesi multiple
Campylobacter türlerine, Salmonella serotiplerine ve Yersinia enterocolitica karşı
değerlendirilmiştir (bakınız Tab. 12). Tüm Campylobacter türleri, Salmonella serotipleri
ve Yersinia enterocolitica paneli RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time
PCR ile test edilmiştir.
Tab.12: Analitik reaktivite testi
Campylobacter türleri
C. coli + C. jejuni + C. fetus +
C. lari + C. upsaliensis +
Salmonella serotipleri
S. enteritidis + S. typhimurium + S. heidelberg +
S. brandenburg + S. agona + S. infantis +
S. kiel + S. paratyphi A + S. gloucester +
S. haifa + S. wilhelmsburg + S. essen +
S. virchow + S. montevideo + S. blegdam +
S. rostock + S. moscow + S. pullorum +
S. wernigerode + S. hadar + S. duesseldorf +
S. glostrup Serovar + S. poona + S. oranienburg +
S. senftenberg + S. bongori + S. bovismorbificans +
S. derby + S. anatum + S. newport +
S. goldcoast + S. dublin + S. livingston +
S. muenchen + S. kentucky + S. amsterdam +
S. berta + S. caracas + S. ealing +
S. augustenbourg +
Yersinia türleri
Y. enterocolitica
+
RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 17
11. Yöntem limitleri
1. Moleküler analiz sonuçları, tanı için yol gösterici olmamalıdır, ancak her zaman
hastanın semptomları ve tıbbi geçmişi bağlamında ele alınmalıdır.
2. Bu tahlil, sadece dışkı numuneleri için onaylanmıştır.
3. Uygunsuz örnek toplama, taşıma , depolama ve işleme veya patojen, analitik
hassasiyetin altındaki numunede, yalancı negatif sonuçlara neden olabilir.
4. PCR inhibitörlerinin varlığı geçersiz sonuçlara neden olabilir.
5. Primer veya prob bağlayıcı bölgelerdeki polimorfizm ya da mutasyonlar,
RIDAGENE Bacterial Stool Panel tahlili ile bir yalancı negatif sonuçta ortaya çıkan
yeni türevlerin tespiti etkileyebilir.
6. In vitro diagnostik testlere dayalı tüm PCR'larda olduğu gibi, tespit sınırı altında
(LoD) hedefin çok düşük seviyeleri taspit edilebilie ancak sonuçların
tekrarlanabilirliği olmayabilir.
12. Literatür
1. World Gastroenterology Organisation Global Guidelines: Acute diarrhea in adults
and children : a global perspective.
2. UNICEF/WHO, Diarrhoea: Why children are still dying and what can be done, 2009.
3. FDA 2012. Bad Bug Book 2nd Edition. Foodborne Pathogenic Microorganisms and
Natural Toxins Handbook.
4. Ruiz-Palacios GM. Clinical Infectious Diseases 2007; 44:701–703.
5. CDC. National Salmonella Surveillance Overview. Atlanta, Georgia: US
Department of Health and Human Services, CDC, 2011.
6. Majowicz SE et al. Clinical Infectious Diseases 2010; 50:882-889.
7. Pui CF et al. International Food Research Journal 2011; 18: 465-473.
8. Rosner BM et al. BMC Public Health 2010; 10:337.