iPlant's  Taxonomic  Name  Resolu3on  Service  

Naim  Matasci  BIO5  /  The  iPlant  Collabora3ve  

Ancestral  state  of  Hawaiian  lobelioids  

Lobelia  niihauensis  (Image:  David  Eickhoff)  

Cyanea  leptostegia  (Image:  Karl  Magnacca)  

(Schulter  et  al.  1997,  Paradis  2004)  

Con3nuous  Ancestral  Character  Es3ma3on    

?  

Obtain  sequences  •  GetSeq  

Align  sequences  •  Muscle  

Build  Tree  •  FastTree  

(aML)  •  Ninja  (NJ)  •  PHYLIP  

(MP,  NJ,  ML)  

•  RAxML  (ML)  

Visualize  Tree  

•  iPlant  Tree  Viewer  

Integrate  Data  

•  Lopper  •  TNRS  

Run  Analysis  •  CACE  •  DACE  •  Contrast  •  OUch  •  Picante  •  Penalized  

likelihood  

Obstacles  !"#$%&'()'*'$+,&,!"#$%&'(-&%%",'!"#$%&'(.%"/&'01"+2&,3/$1'2"%"#$%&'()'*'&$+,&,3/$1'2"%"#$%&'(1'4/",2'456,!"#$%&'(567"%$*4'!"#$%&'(6*44"&8$,!"#$%&'(+&&5'*$+,&,9/&.5'1&'(&+,&.+&,9/&.5'1&'(/"4)&&:$%&,,$'(/562&8",7$/1':$%&,,$'(,*#4"/8'2';6'+$'(7&%",';6'+$'('4*1&+'2';6'+$'(5&/2$%%';6'+$'(4"/&'4$';6'+$'(%$72",2$.&';%$/1"+2&'()')$'+';%$/1"+2&'(7'/-&<%"/';%$/1"+2&'('/#"/$,4$+,;%$/1"+2&'(<'*/&$&

Number  of  taxa   Taxa  names  

Taxonomic  uncertainty  

1.  Non-­‐existent  names  •  Misspellings  •  Contamina3on  

•  Annota3ons  •  Morphospecies  •  Digi3za3on  issues  (frame  shi[s,  character  encoding)

Lexical  variants  (digi3za3on  conven3ons)  2.  Synonymy  

•  Nomenclatural  synonyms  •  Taxonomic  synonyms  /  concepts  

3.  Misiden3fica3ons,  incomplete  iden3fica3ons    

a)  Centaurium  curvistamineum  (Wi`r.)  Abrams  (1951)  

b)  Centaurium  minimum  (Howell)  Piper  (1915)  

c)  Centaurium  muhlenbergii  (Griseb.)  Wight  ex  Piper  (1906)  

d)  Centaurium  muhlenbergii  (Griseb.)  Wight  ex  Piper  forma  albiflorum  (Suksd.)  St.  John  (1937)  

e)  Centaurium  muhlenbergii  (Griseb.)  Wight  ex  Piper  var.  albiflorum  Suksd.  (1927)  

f)  Centaurodes  muhlenbergii  (Griseb.)  Kuntze  (1891)  

g)  Erythraea  curvistaminea  Wi`r.  (1886)  

h)  Erythraea  minima  Howell  (1901)  i)  Erythraea  muhlenbergii  Griseb.  

(1839)  

Image:  Gordon  Leppig  &  Andrea  J.  Pickart  

How  to  figure  that  out?  

…or  ask  around  at  My-­‐Plant.org  

Makemake  at  de.wikipedia  

Original  Use  Case  –  Density  Plots  (BIEN/NCEAS)  

Hans  Hillewaert  

Taxonomic  Name  Resolu3on  Service  

•  Computer  assisted  standardiza3on  of  plant  names  

•  Corrects  spelling  errors  and  alterna3ve  spellings  to  a  standard  list  of  names  

•  Convert  out-­‐of-­‐date  names  to  currently  accepted  names  

Lobelia  kauaensis  Lobelia  villosa  Galeatella  gloria-­‐mon3s  Trematolobelia  kauaiensis  Trematolobelia  macrostachys  Lobelia  hypoleuca  Neowimmeria  yuccoides  Lobelia  niihauensis  Brighamia  insignis  Brighamia  rockii  Delissea  rhy3dosperma  Delissea  subcordata  Cyanea  acuminata  Cyanea  hirtella  Cyanea  coriacea  Delissea  leptostegia  Clermon3a  kakeana  Clermon3a  parviflora  Clermon3a  arborescens  Clermon3a  fauriei  

Obtain  sequences  •  GetSeq  

Align  sequences  •  Muscle  

Build  Tree  •  FastTree  

(aML)  •  Ninja  (NJ)  •  PHYLIP  

(MP,  NJ,  ML)  

•  RAxML  (ML)  

Visualize  Tree  

•  iPlant  Tree  Viewer  

Integrate  Data  

•  Lopper  •  TNRS  

Run  Analysis  •  CACE  •  DACE  •  Contrast  •  OUch  •  Picante  •  Penalized  

likelihood  

Trematolobelia kauaiensisBrighamia rockiiCyanea hirtellaCyanea acuminataClermontia faurieiClermontia arborescensClermontia kakeanaClermontia parvifloraDelissea leptostegiaCyanea coriaceaBrighamia insignisDelissea rhytidospermaDelissea subcordataTrematolobelia macrostachysLobelia hypoleucaNeowimmeria yuccoidesGaleatella gloria montisLobelia niihauensisLobelia villosaLobelia kauaensis

maxHeight.m

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

●

0.822

0.454

0.881

0.996

0.958

0.750

0.993

0.959

0.839

0.992

0.937

0.757

0.986

0.970

0.931

0.977

1.000

0.426

1.000

0

2

4

6

8

10

12

14

Issues  

•  Plants  only  –  cross-­‐code  homonyms  •  Lexical  reconcilia3on  –  Chondodendron  tomentosum  R.  P.  aff.  =  Chondodendron  tomentosum  Ruiz  &  Pav.  

•  API  •  Performance  (caching)